AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780041502.01

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MsG0780041502.01.T01 AT3G02750 43.236 377 181 4 14 361 21 393 6.84e-105 318
MsG0780041502.01.T01 AT1G16220 46.037 328 158 3 50 362 54 377 1.18e-104 317
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MsG0780041502.01.T01 AT1G79630 45.860 314 137 3 81 362 18 330 5.48e-97 296
MsG0780041502.01.T01 AT4G03415 46.667 315 158 4 63 370 70 381 6.63e-97 296
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MsG0780041502.01.T01 AT4G03415 46.667 315 158 4 63 370 70 381 6.63e-97 296
MsG0780041502.01.T01 AT1G03590 45.806 310 163 4 55 361 55 362 1.02e-95 293
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MsG0780041502.01.T01 AT5G24940 30.996 271 133 8 91 361 64 280 5.84e-25 105
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MsG0780041502.01.T01 AT4G31750 30.588 255 120 10 93 344 66 266 9.59e-24 100
MsG0780041502.01.T01 AT4G28400 32.234 273 122 13 94 362 70 283 9.98e-24 99.8
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MsG0780041502.01.T01 AT1G78200 34.314 204 111 8 157 359 54 235 3.81e-20 89.0
MsG0780041502.01.T01 AT2G25620 29.861 288 148 12 91 372 128 367 4.00e-20 91.3
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MsG0780041502.01.T01 AT1G43900 28.938 273 143 9 65 336 128 350 5.77e-20 90.9
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MsG0780041502.01.T01 AT1G34750 36.111 180 90 8 183 361 126 281 6.29e-20 89.4
MsG0780041502.01.T01 AT1G34750 36.111 180 90 8 183 361 126 281 6.29e-20 89.4
MsG0780041502.01.T01 AT1G78200 34.314 204 111 8 157 359 99 280 6.71e-20 89.4
MsG0780041502.01.T01 AT1G78200 34.314 204 111 8 157 359 99 280 6.71e-20 89.4
MsG0780041502.01.T01 AT1G78200 34.314 204 111 8 157 359 99 280 6.71e-20 89.4
MsG0780041502.01.T01 AT5G53140 27.324 355 200 13 9 362 52 349 1.08e-19 90.5
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MsG0780041502.01.T01 AT1G07430 30.328 244 111 9 91 321 157 354 1.99e-19 89.7
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MsG0780041502.01.T01 AT3G15260 37.640 178 86 8 183 359 133 286 7.28e-19 86.3
MsG0780041502.01.T01 AT3G11410 30.488 246 122 9 87 320 133 341 1.48e-18 87.0
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MsG0780041502.01.T01 AT2G40180 27.707 314 165 14 58 362 126 386 4.95e-18 85.1
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MsG0780041502.01.T01 AT3G55050 31.731 208 88 10 196 362 165 359 3.19e-16 79.7
MsG0780041502.01.T01 AT1G22280 34.270 178 92 8 183 359 131 284 3.56e-16 78.6
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MsG0780041502.01.T01 AT3G51370 26.537 309 155 13 91 361 79 353 5.77e-16 79.0
MsG0780041502.01.T01 AT3G51470 25.507 345 173 13 50 372 56 338 6.20e-16 79.0
MsG0780041502.01.T01 AT5G51760 38.000 150 76 4 171 320 219 351 6.79e-16 79.0
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MsG0780041502.01.T01 AT1G72770 30.279 251 112 9 91 320 238 446 4.19e-15 77.0
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MsG0780041502.01.T01 AT5G66080 29.902 204 95 9 196 361 59 252 1.15e-13 71.2
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MsG0780041502.01.T01 AT2G34740 33.113 151 83 8 182 330 173 307 2.75e-13 70.5
MsG0780041502.01.T01 AT3G12620 31.373 204 92 9 196 361 164 357 5.16e-13 70.1
MsG0780041502.01.T01 AT3G12620 31.373 204 92 9 196 361 164 357 5.16e-13 70.1
MsG0780041502.01.T01 AT4G28400 29.730 222 100 11 94 311 70 239 5.75e-13 68.6
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MsG0780041502.01.T01 AT4G31860 27.132 258 139 9 91 321 52 287 7.21e-13 68.9
MsG0780041502.01.T01 AT2G40860 28.962 183 109 6 158 334 461 628 8.33e-13 70.1
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MsG0780041502.01.T01 AT4G38520 30.244 205 93 10 196 361 162 355 1.14e-12 69.3
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MsG0780041502.01.T01 AT5G06750 28.141 199 110 7 195 361 162 359 2.75e-11 65.1
MsG0780041502.01.T01 AT5G06750 28.141 199 110 7 195 361 162 359 2.75e-11 65.1
MsG0780041502.01.T01 AT5G06750 29.808 208 95 10 195 361 80 277 3.97e-11 63.9

Find 93 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 199 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TGTTTGATCCTATTTATTTA+TGG 0.106569 7:+91761652 None:intergenic
ACGATTAAATTATAGGAATT+TGG 0.150752 7:-91759887 MsG0780041502.01.T01:intron
GATTATTGTATTAAAGATTA+TGG 0.199525 7:-91758766 MsG0780041502.01.T01:CDS
GGTTCCTTTCTGACCTCTTT+TGG 0.202885 7:+91760235 None:intergenic
CTTGCCATGTCAAGGGCTTT+TGG 0.208056 7:-91758790 MsG0780041502.01.T01:CDS
CATTGACTCTCTTACTCTTT+TGG 0.217341 7:+91759799 None:intergenic
AAGTACTAACGAGGTAAATT+TGG 0.252923 7:+91758988 None:intergenic
AACAACAAAGATTCAATATA+TGG 0.311956 7:-91759670 MsG0780041502.01.T01:CDS
ATCCTCTATGTTCAATGGTT+TGG 0.312680 7:-91760417 MsG0780041502.01.T01:CDS
CGAGAAAGAAAAGATGTAAA+AGG 0.318796 7:+91761571 None:intergenic
GTCTATTTAACAGTTTCAAT+TGG 0.327269 7:+91757987 None:intergenic
AATGTCTACTGCTTCTTGAT+TGG 0.329653 7:+91758163 None:intergenic
TCTGGCACTATTAATGTTGA+TGG 0.338334 7:-91760284 MsG0780041502.01.T01:CDS
GCTATCTTGCTCAGGGGAAA+TGG 0.343840 7:+91758010 None:intergenic
TCTCAGATTCACCTTCATTA+AGG 0.358244 7:-91761487 MsG0780041502.01.T01:intron
CATTTATCCTCTATGTTCAA+TGG 0.363846 7:-91760422 MsG0780041502.01.T01:CDS
ATATTCTGCGGTATATTTGA+TGG 0.364778 7:-91759848 MsG0780041502.01.T01:CDS
ATATTCCTCTGAGTTACTTC+AGG 0.378333 7:+91758730 None:intergenic
ATCAGACGATGATGGAAGTT+TGG 0.389577 7:-91759040 MsG0780041502.01.T01:CDS
TCACAAAATTGAGGATTTGA+TGG 0.399038 7:-91760447 MsG0780041502.01.T01:exon
CAAGGTCTTTGCTATGCAAT+TGG 0.407044 7:-91759775 MsG0780041502.01.T01:CDS
TTTGTTGTGCTTGCCACTGA+TGG 0.408199 7:-91758691 MsG0780041502.01.T01:CDS
TCCGTAGGCCATAAATAAAT+AGG 0.409749 7:-91761660 MsG0780041502.01.T01:five_prime_UTR
CACCATGCAACAGTCTTGAT+TGG 0.411872 7:+91760214 None:intergenic
TCAATTGGGCTATCTTGCTC+AGG 0.413365 7:+91758002 None:intergenic
TATTTGATGGACACGGGCCA+TGG 0.420048 7:-91759835 MsG0780041502.01.T01:CDS
CTATCTTGCTCAGGGGAAAT+GGG 0.431506 7:+91758011 None:intergenic
TCTATTTAACAGTTTCAATT+GGG 0.444557 7:+91757988 None:intergenic
GCCCTTGACATGGCAAGTCC+TGG 0.445151 7:+91758796 None:intergenic
AGCAAAATCAGCTAAACGTT+TGG 0.451570 7:-91758120 MsG0780041502.01.T01:CDS
TCCTATTTATTTATGGCCTA+CGG 0.455800 7:+91761659 None:intergenic
ATGCTCAAGTTCTTGATCAA+TGG 0.462238 7:+91759619 None:intergenic
TGGTGACTCTCGTGCAGTAC+TGG 0.463725 7:-91759070 MsG0780041502.01.T01:CDS
ATAAATAAATAGGATCAAAC+AGG 0.472624 7:-91761650 MsG0780041502.01.T01:five_prime_UTR
TTGTTGTGCTTGCCACTGAT+GGG 0.475803 7:-91758690 MsG0780041502.01.T01:CDS
GTTGTGCTGAGTTGAGGAAC+AGG 0.476515 7:+91761518 None:intergenic
TGCCCTCTCAATTGTTAGAC+AGG 0.479242 7:-91759561 MsG0780041502.01.T01:intron
TATAACATAGACACATTAAG+AGG 0.479566 7:-91760478 MsG0780041502.01.T01:five_prime_UTR
CAGTGGCAAGCACAACAAAC+TGG 0.480296 7:+91758695 None:intergenic
AACCAGGAGTGCATAGGGTC+TGG 0.482895 7:-91758837 MsG0780041502.01.T01:CDS
CACAAAATTGAGGATTTGAT+GGG 0.483155 7:-91760446 MsG0780041502.01.T01:exon
AACCAGACCCTATGCACTCC+TGG 0.483257 7:+91758835 None:intergenic
CGCAGAATATCATGTCCTCT+TGG 0.484795 7:+91759861 None:intergenic
ATTTGATGGACACGGGCCAT+GGG 0.489246 7:-91759834 MsG0780041502.01.T01:CDS
AATAGCAGAAATATCATCAA+TGG 0.495485 7:+91758052 None:intergenic
TTATTTATGGCCTACGGAGA+AGG 0.496678 7:+91761665 None:intergenic
CTCCAGGACTTGCCATGTCA+AGG 0.496930 7:-91758798 MsG0780041502.01.T01:CDS
TTCTCCAAAAGAGGTCAGAA+AGG 0.500364 7:-91760239 MsG0780041502.01.T01:CDS
GTCTTTGTTTCCTTCTCCGT+AGG 0.507518 7:-91761675 MsG0780041502.01.T01:five_prime_UTR
AGTCCTGGAGACTCTACATC+TGG 0.508363 7:+91758811 None:intergenic
TGATGAACCAGGAGTGCATA+GGG 0.509549 7:-91758842 MsG0780041502.01.T01:CDS
TTACCAGATGTAGAGTCTCC+AGG 0.526827 7:-91758814 MsG0780041502.01.T01:CDS
TGCATGGAAACGCAAGAGAA+GGG 0.527483 7:-91758081 MsG0780041502.01.T01:CDS
GAGAGAATAATTCAGTGTCA+AGG 0.530299 7:-91758883 MsG0780041502.01.T01:CDS
ATCAAGACTGTTGCATGGTG+TGG 0.533904 7:-91760211 MsG0780041502.01.T01:CDS
CAATTGGGCTATCTTGCTCA+GGG 0.538157 7:+91758003 None:intergenic
ATCACTTGACGATCATGTAA+AGG 0.552534 7:-91759726 MsG0780041502.01.T01:CDS
GAAAGTATATCACAAAATTG+AGG 0.554475 7:-91760456 MsG0780041502.01.T01:five_prime_UTR
GAGAGAAGCTGTTGAAGCAA+TGG 0.555010 7:-91760345 MsG0780041502.01.T01:CDS
TGCGGTATATTTGATGGACA+CGG 0.560385 7:-91759842 MsG0780041502.01.T01:CDS
TCCAGGACTTGCCATGTCAA+GGG 0.561968 7:-91758797 MsG0780041502.01.T01:CDS
GCTACAACATCAGACGATGA+TGG 0.562423 7:-91759048 MsG0780041502.01.T01:CDS
ATGCATGGAAACGCAAGAGA+AGG 0.563663 7:-91758082 MsG0780041502.01.T01:CDS
TACCTGTCTAACAATTGAGA+GGG 0.565339 7:+91759559 None:intergenic
AAAATCAGCTAAACGTTTGG+TGG 0.569397 7:-91758117 MsG0780041502.01.T01:CDS
TGCCAAACCATTGAACATAG+AGG 0.573400 7:+91760415 None:intergenic
CAATTGCATAGCAAAGACCT+TGG 0.578108 7:+91759776 None:intergenic
GAAATTCTGTGAGATGTGAA+AGG 0.584077 7:-91760367 MsG0780041502.01.T01:CDS
GCGGTATATTTGATGGACAC+GGG 0.590895 7:-91759841 MsG0780041502.01.T01:CDS
CTTGCTCAGGGGAAATGGGA+GGG 0.592417 7:+91758015 None:intergenic
GTAACAGTTGTGCTGAGTTG+AGG 0.593859 7:+91761512 None:intergenic
CAATTAAGAGACCTTAATGA+AGG 0.594485 7:+91761476 None:intergenic
AGAGAATAATTCAGTGTCAA+GGG 0.594886 7:-91758882 MsG0780041502.01.T01:CDS
TCTTGCTCAGGGGAAATGGG+AGG 0.601493 7:+91758014 None:intergenic
TGTTGTGCTTGCCACTGATG+GGG 0.603053 7:-91758689 MsG0780041502.01.T01:intron
TTACCTGTCTAACAATTGAG+AGG 0.603400 7:+91759558 None:intergenic
TTGGCTACAAAGTGACCCCA+TGG 0.606377 7:+91759818 None:intergenic
GAGTAAGAGAGTCAATGCCA+AGG 0.613440 7:-91759793 MsG0780041502.01.T01:CDS
ATGATGAACCAGGAGTGCAT+AGG 0.615902 7:-91758843 MsG0780041502.01.T01:CDS
ATCTCCAAAAGCCCTTGACA+TGG 0.615912 7:+91758786 None:intergenic
TCAAGACTGTTGCATGGTGT+GGG 0.621717 7:-91760210 MsG0780041502.01.T01:CDS
TGGAATGTGCAGTACATGCA+TGG 0.626814 7:-91758097 MsG0780041502.01.T01:CDS
AACCAATCAAGACTGTTGCA+TGG 0.651730 7:-91760216 MsG0780041502.01.T01:CDS
GCATGGAAACGCAAGAGAAG+GGG 0.652422 7:-91758080 MsG0780041502.01.T01:CDS
ACAAAATTGAGGATTTGATG+GGG 0.663664 7:-91760445 MsG0780041502.01.T01:exon
TTCTGTTTAAATGATGAACC+AGG 0.665974 7:-91758853 MsG0780041502.01.T01:CDS
CAAGATACTTACCCCATCAG+TGG 0.666268 7:+91758678 None:intergenic
CAAGAGGACATGATATTCTG+CGG 0.676913 7:-91759860 MsG0780041502.01.T01:CDS
ATAGGAATTTGGATGCCAAG+AGG 0.678718 7:-91759876 MsG0780041502.01.T01:intron
TTTGATGGACACGGGCCATG+GGG 0.686895 7:-91759833 MsG0780041502.01.T01:CDS
AGACTGTTGCATGGTGTGGG+AGG 0.695512 7:-91760207 MsG0780041502.01.T01:intron
AATTGGGCTATCTTGCTCAG+GGG 0.712499 7:+91758004 None:intergenic
CAGTACCTGAAGTAACTCAG+AGG 0.714319 7:-91758735 MsG0780041502.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAAATACAAATATAACAAAA+TGG - Chr7:91758266-91758285 MsG0780041502.01.T01:intron 10.0%
!! ACGAATAAAAATTATTAATA+TGG - Chr7:91759086-91759105 MsG0780041502.01.T01:CDS 10.0%
!! AAAAATAAAGTCTTCATAAA+TGG - Chr7:91758085-91758104 MsG0780041502.01.T01:CDS 15.0%
!! AAAAGAAGAAAAATAATGAA+TGG + Chr7:91758245-91758264 None:intergenic 15.0%
!! AAAATTGAGATTAAATATGT+TGG - Chr7:91761195-91761214 MsG0780041502.01.T01:intron 15.0%
!! ACAAATAAATAAATAATCAC+CGG - Chr7:91761355-91761374 MsG0780041502.01.T01:intron 15.0%
!! ATATCAAAGACAAATAAAAT+GGG + Chr7:91759731-91759750 None:intergenic 15.0%
!! CAAATTTATATAGAAGAAAA+AGG + Chr7:91759150-91759169 None:intergenic 15.0%
!! GATTATTGTATTAAAGATTA+TGG - Chr7:91760924-91760943 MsG0780041502.01.T01:intron 15.0%
!! TATATCAAAGACAAATAAAA+TGG + Chr7:91759732-91759751 None:intergenic 15.0%
!! TTTGATATAAAATTCAATTC+TGG - Chr7:91759743-91759762 MsG0780041502.01.T01:CDS 15.0%
!!! AAATATGTCACTTTTTTTTA+AGG - Chr7:91758452-91758471 MsG0780041502.01.T01:intron 15.0%
!!! AGTTAATTATGTTTTTAGTT+TGG + Chr7:91761429-91761448 None:intergenic 15.0%
!!! GTATTTTTCCTATTTTTATT+TGG - Chr7:91758288-91758307 MsG0780041502.01.T01:intron 15.0%
!!! TTATCTATTTATTTGTTATC+TGG + Chr7:91761295-91761314 None:intergenic 15.0%
!! AACAACAAAGATTCAATATA+TGG - Chr7:91760020-91760039 MsG0780041502.01.T01:intron 20.0%
!! ACGATTAAATTATAGGAATT+TGG - Chr7:91759803-91759822 MsG0780041502.01.T01:CDS 20.0%
!! ATAAATAAATAGGATCAAAC+AGG - Chr7:91758040-91758059 MsG0780041502.01.T01:CDS 20.0%
!! TAATTTAATCGTCAATAGAT+AGG + Chr7:91759795-91759814 None:intergenic 20.0%
!! TACAAACACCAAATAAAAAT+AGG + Chr7:91758299-91758318 None:intergenic 20.0%
!! TATATATTAAGTTCCATAAG+AGG + Chr7:91758685-91758704 None:intergenic 20.0%
!! TCTATTGACGATTAAATTAT+AGG - Chr7:91759796-91759815 MsG0780041502.01.T01:CDS 20.0%
!! TGCATATTGAAAATAGATTA+AGG + Chr7:91759179-91759198 None:intergenic 20.0%
!! TGTTTGATCCTATTTATTTA+TGG + Chr7:91758041-91758060 None:intergenic 20.0%
!! TTAAATTTATTGCTGAAATG+TGG - Chr7:91761450-91761469 MsG0780041502.01.T01:intron 20.0%
!! TTGAATATACTATATGCAAA+TGG + Chr7:91758868-91758887 None:intergenic 20.0%
!!! AATCATAGTAACTAGTTTAT+AGG + Chr7:91761039-91761058 None:intergenic 20.0%
!!! ATATGATTTTTGATTTTCTC+AGG - Chr7:91758511-91758530 MsG0780041502.01.T01:intron 20.0%
!!! TGGGTTGATTATAAATATAT+AGG + Chr7:91759712-91759731 None:intergenic 20.0%
!!! TTATTTTATAATGGTTTGCA+GGG - Chr7:91760573-91760592 MsG0780041502.01.T01:intron 20.0%
!!! TTTATTTTATAATGGTTTGC+AGG - Chr7:91760572-91760591 MsG0780041502.01.T01:intron 20.0%
! AATAGCAGAAATATCATCAA+TGG + Chr7:91761641-91761660 None:intergenic 25.0%
! ATGGATAAAGAAATCAGAAA+AGG + Chr7:91758833-91758852 None:intergenic 25.0%
! ATTTGTTCATGTTACAAGTT+TGG + Chr7:91760419-91760438 None:intergenic 25.0%
! CTTACTTTGATGAATTTAAG+AGG - Chr7:91758373-91758392 MsG0780041502.01.T01:intron 25.0%
! GATATAAAATTCAATTCTGG+TGG - Chr7:91759746-91759765 MsG0780041502.01.T01:CDS 25.0%
! TATAACATAGACACATTAAG+AGG - Chr7:91759212-91759231 MsG0780041502.01.T01:intron 25.0%
! TCTGCTAACTAGTATATATA+CGG + Chr7:91760214-91760233 None:intergenic 25.0%
! TGAGACATTTAGATTATGAT+TGG - Chr7:91761253-91761272 MsG0780041502.01.T01:intron 25.0%
!! AGATCATTTTCACTAAAGAA+AGG - Chr7:91759298-91759317 MsG0780041502.01.T01:intron 25.0%
!! GAAAGTATATCACAAAATTG+AGG - Chr7:91759234-91759253 MsG0780041502.01.T01:intron 25.0%
!! GAGTTTATTGTTGTCAATTT+TGG + Chr7:91761159-91761178 None:intergenic 25.0%
!! TTTTAATGAATTTCTCCCTA+CGG + Chr7:91760183-91760202 None:intergenic 25.0%
!! TTTTCATGATACTGAATCAT+AGG - Chr7:91758565-91758584 MsG0780041502.01.T01:intron 25.0%
!!! AATAAATAGAAGTACTAACG+AGG + Chr7:91760714-91760733 None:intergenic 25.0%
!!! ATGAAGACTTTATTTTTGTC+TGG + Chr7:91758082-91758101 None:intergenic 25.0%
!!! TATTTTATAATGGTTTGCAG+GGG - Chr7:91760574-91760593 MsG0780041502.01.T01:intron 25.0%
AACAATATAGTTGCGATGTT+AGG - Chr7:91760243-91760262 MsG0780041502.01.T01:CDS 30.0%
AACTTCACTGATATATTGGT+TGG + Chr7:91760525-91760544 None:intergenic 30.0%
AAGTACTAACGAGGTAAATT+TGG + Chr7:91760705-91760724 None:intergenic 30.0%
ACAAAATTGAGGATTTGATG+GGG - Chr7:91759245-91759264 MsG0780041502.01.T01:intron 30.0%
ACAATATAGTTGCGATGTTA+GGG - Chr7:91760244-91760263 MsG0780041502.01.T01:CDS 30.0%
AGAGAATAATTCAGTGTCAA+GGG - Chr7:91760808-91760827 MsG0780041502.01.T01:intron 30.0%
ATAAAGAAATCAGAAAAGGC+TGG + Chr7:91758829-91758848 None:intergenic 30.0%
ATATTCTGCGGTATATTTGA+TGG - Chr7:91759842-91759861 MsG0780041502.01.T01:CDS 30.0%
ATTGTCTTCATGTTAAGTCA+CGG - Chr7:91759017-91759036 MsG0780041502.01.T01:CDS 30.0%
CAAATGGATCAAACTGAATA+TGG + Chr7:91758852-91758871 None:intergenic 30.0%
CAAGAACTTCACTGATATAT+TGG + Chr7:91760529-91760548 None:intergenic 30.0%
CAATTAAGAGACCTTAATGA+AGG + Chr7:91758217-91758236 None:intergenic 30.0%
CACAAAATTGAGGATTTGAT+GGG - Chr7:91759244-91759263 MsG0780041502.01.T01:intron 30.0%
CATTTATCCTCTATGTTCAA+TGG - Chr7:91759268-91759287 MsG0780041502.01.T01:intron 30.0%
CGAGAAAGAAAAGATGTAAA+AGG + Chr7:91758122-91758141 None:intergenic 30.0%
GTAATCCAATTCCATCAAAT+AGG + Chr7:91760316-91760335 None:intergenic 30.0%
GTTACAAGTTTGGTAAATGT+AGG + Chr7:91760409-91760428 None:intergenic 30.0%
TAATTGCATAATTGCAGAAG+AGG - Chr7:91760782-91760801 MsG0780041502.01.T01:intron 30.0%
TACATGTTTGTATACACGTT+GGG + Chr7:91759672-91759691 None:intergenic 30.0%
TATATAGAAGAAAAAGGAGC+AGG + Chr7:91759144-91759163 None:intergenic 30.0%
TCACAAAATTGAGGATTTGA+TGG - Chr7:91759243-91759262 MsG0780041502.01.T01:intron 30.0%
TCCTATTTATTTATGGCCTA+CGG + Chr7:91758034-91758053 None:intergenic 30.0%
TTAACACAGTAGTTCAGTAA+TGG - Chr7:91758774-91758793 MsG0780041502.01.T01:CDS 30.0%
TTCTGTTTAAATGATGAACC+AGG - Chr7:91760837-91760856 MsG0780041502.01.T01:intron 30.0%
TTCTTCAATAGCACATAGAA+AGG + Chr7:91759114-91759133 None:intergenic 30.0%
TTGAAGGTTAAACAAACTCA+CGG + Chr7:91759608-91759627 None:intergenic 30.0%
! ACATGAACAAATTGATGACA+TGG - Chr7:91760427-91760446 MsG0780041502.01.T01:CDS 30.0%
! ACATGTACTCGTTACATTTT+TGG - Chr7:91759685-91759704 MsG0780041502.01.T01:CDS 30.0%
!! ATGTCTTTGAAATAAGTGCT+GGG - Chr7:91760273-91760292 MsG0780041502.01.T01:CDS 30.0%
!! ATTTTATAATGGTTTGCAGG+GGG - Chr7:91760575-91760594 MsG0780041502.01.T01:intron 30.0%
!! TATGTCTTTGAAATAAGTGC+TGG - Chr7:91760272-91760291 MsG0780041502.01.T01:CDS 30.0%
AAAATCAGCTAAACGTTTGG+TGG - Chr7:91761573-91761592 MsG0780041502.01.T01:five_prime_UTR 35.0%
AACAATAAACTCTCACACAC+AGG - Chr7:91761167-91761186 MsG0780041502.01.T01:intron 35.0%
AATGTCTACTGCTTCTTGAT+TGG + Chr7:91761530-91761549 None:intergenic 35.0%
AGCAAAATCAGCTAAACGTT+TGG - Chr7:91761570-91761589 MsG0780041502.01.T01:five_prime_UTR 35.0%
ATATTCCTCTGAGTTACTTC+AGG + Chr7:91760963-91760982 None:intergenic 35.0%
ATCACTTGACGATCATGTAA+AGG - Chr7:91759964-91759983 MsG0780041502.01.T01:intron 35.0%
ATCCTCTATGTTCAATGGTT+TGG - Chr7:91759273-91759292 MsG0780041502.01.T01:intron 35.0%
ATCTTGATCAAATACCGATC+TGG + Chr7:91760456-91760475 None:intergenic 35.0%
ATGCTCAAGTTCTTGATCAA+TGG + Chr7:91760074-91760093 None:intergenic 35.0%
ATTACAATTTGGCAGTTGAC+TGG - Chr7:91761382-91761401 MsG0780041502.01.T01:intron 35.0%
CCACGAAAAATTGAAAACTG+AGG + Chr7:91758933-91758952 None:intergenic 35.0%
CTCTTGTAGAAATGAAACTC+TGG - Chr7:91761129-91761148 MsG0780041502.01.T01:intron 35.0%
CTGCCAAATTGTAATATGAC+CGG + Chr7:91761377-91761396 None:intergenic 35.0%
GAAATTCTGTGAGATGTGAA+AGG - Chr7:91759323-91759342 MsG0780041502.01.T01:intron 35.0%
GAGAGAATAATTCAGTGTCA+AGG - Chr7:91760807-91760826 MsG0780041502.01.T01:intron 35.0%
GGAGTTACATTAAGTACTTG+TGG - Chr7:91761471-91761490 MsG0780041502.01.T01:intron 35.0%
GTACATGTTTGTATACACGT+TGG + Chr7:91759673-91759692 None:intergenic 35.0%
GTTAATCATCTGCATCATTC+TGG - Chr7:91759768-91759787 MsG0780041502.01.T01:CDS 35.0%
TACCTGTCTAACAATTGAGA+GGG + Chr7:91760134-91760153 None:intergenic 35.0%
TCACCGGTCATATTACAATT+TGG - Chr7:91761371-91761390 MsG0780041502.01.T01:intron 35.0%
TCCGTAGGCCATAAATAAAT+AGG - Chr7:91758030-91758049 MsG0780041502.01.T01:CDS 35.0%
TCTCAGATTCACCTTCATTA+AGG - Chr7:91758203-91758222 MsG0780041502.01.T01:intron 35.0%
TCTGGCACTATTAATGTTGA+TGG - Chr7:91759406-91759425 MsG0780041502.01.T01:intron 35.0%
TCTGTCCTATTTGATGGAAT+TGG - Chr7:91760308-91760327 MsG0780041502.01.T01:CDS 35.0%
TGAAAACTGAGGAGAATTTC+AGG + Chr7:91758922-91758941 None:intergenic 35.0%
TGACAAAAGCTACACTTTGA+AGG + Chr7:91759624-91759643 None:intergenic 35.0%
TTACCTGTCTAACAATTGAG+AGG + Chr7:91760135-91760154 None:intergenic 35.0%
TTCCACCACACAAAATGAAA+CGG + Chr7:91758656-91758675 None:intergenic 35.0%
! ACGGTTTTCATAGCAAATGT+TGG - Chr7:91760600-91760619 MsG0780041502.01.T01:intron 35.0%
! ATACACCGTTTCATTTTGTG+TGG - Chr7:91758648-91758667 MsG0780041502.01.T01:intron 35.0%
! CCTCAGTTTTCAATTTTTCG+TGG - Chr7:91758930-91758949 MsG0780041502.01.T01:intron 35.0%
! TAAGAGCTTGTTTCGAATTC+CGG - Chr7:91759557-91759576 MsG0780041502.01.T01:intron 35.0%
!! AAGTTTGACTCGTTTTACAG+TGG - Chr7:91760100-91760119 MsG0780041502.01.T01:intron 35.0%
!! AATAAGTGCTGGGATAACAA+TGG - Chr7:91760283-91760302 MsG0780041502.01.T01:CDS 35.0%
!! CGGTGTATTTGTTTCTGAAT+TGG + Chr7:91758636-91758655 None:intergenic 35.0%
!! TTAGCTGATTTTGCTTTGTC+TGG + Chr7:91761565-91761584 None:intergenic 35.0%
!! TTGTTTTGTGATGCAGGTTT+GGG - Chr7:91761495-91761514 MsG0780041502.01.T01:five_prime_UTR 35.0%
!! TTTAGTTTGGTTCAACCAGT+TGG + Chr7:91761416-91761435 None:intergenic 35.0%
!! TTTCATTTTGTGTGGTGGAA+TGG - Chr7:91758656-91758675 MsG0780041502.01.T01:intron 35.0%
!!! CATTGACTCTCTTACTCTTT+TGG + Chr7:91759894-91759913 None:intergenic 35.0%
!!! TTTGTTTTGTGATGCAGGTT+TGG - Chr7:91761494-91761513 MsG0780041502.01.T01:five_prime_UTR 35.0%
AACAACTTTCGAGAATCCGT+AGG - Chr7:91760164-91760183 MsG0780041502.01.T01:intron 40.0%
AACCAATCAAGACTGTTGCA+TGG - Chr7:91759474-91759493 MsG0780041502.01.T01:intron 40.0%
ACAACTTTCGAGAATCCGTA+GGG - Chr7:91760165-91760184 MsG0780041502.01.T01:intron 40.0%
ATAGGAATTTGGATGCCAAG+AGG - Chr7:91759814-91759833 MsG0780041502.01.T01:CDS 40.0%
ATGGCATCTGTCCTATTTGA+TGG - Chr7:91760302-91760321 MsG0780041502.01.T01:CDS 40.0%
CAAGAGGACATGATATTCTG+CGG - Chr7:91759830-91759849 MsG0780041502.01.T01:CDS 40.0%
CAATTGCATAGCAAAGACCT+TGG + Chr7:91759917-91759936 None:intergenic 40.0%
CGTTGGGTTTGACAAAATCA+CGG + Chr7:91759656-91759675 None:intergenic 40.0%
TGATGACATGGAATCCAGAT+CGG - Chr7:91760439-91760458 MsG0780041502.01.T01:exon 40.0%
TGCCAAACCATTGAACATAG+AGG + Chr7:91759278-91759297 None:intergenic 40.0%
TTATTTATGGCCTACGGAGA+AGG + Chr7:91758028-91758047 None:intergenic 40.0%
TTCAGGAATTCACTGTGTAG+AGG + Chr7:91758905-91758924 None:intergenic 40.0%
TTCTCCAAAAGAGGTCAGAA+AGG - Chr7:91759451-91759470 MsG0780041502.01.T01:intron 40.0%
TTGGTTCAACCAGTTGGATT+AGG + Chr7:91761410-91761429 None:intergenic 40.0%
! AAGAGCTTGTTTCGAATTCC+GGG - Chr7:91759558-91759577 MsG0780041502.01.T01:intron 40.0%
! CAAGGTCTTTGCTATGCAAT+TGG - Chr7:91759915-91759934 MsG0780041502.01.T01:intron 40.0%
! CTTGATTTTGTCAAAACCCC+CGG + Chr7:91759579-91759598 None:intergenic 40.0%
! GACTTGATTTTGTGTAGCTC+TGG - Chr7:91759388-91759407 MsG0780041502.01.T01:intron 40.0%
! TGCGGTATATTTGATGGACA+CGG - Chr7:91759848-91759867 MsG0780041502.01.T01:CDS 40.0%
!! ACCTCTTTTGGAGAAAACTG+AGG + Chr7:91759446-91759465 None:intergenic 40.0%
!! ATCAGACGATGATGGAAGTT+TGG - Chr7:91760650-91760669 MsG0780041502.01.T01:intron 40.0%
!!! TGTGGTTTGTTTTGTGATGC+AGG - Chr7:91761489-91761508 MsG0780041502.01.T01:five_prime_UTR 40.0%
AAACAGTAGCTAGCTAAGCG+TGG + Chr7:91758800-91758819 None:intergenic 45.0%
AATTGGGCTATCTTGCTCAG+GGG + Chr7:91761689-91761708 None:intergenic 45.0%
ATCAAGACTGTTGCATGGTG+TGG - Chr7:91759479-91759498 MsG0780041502.01.T01:intron 45.0%
ATCTCCAAAAGCCCTTGACA+TGG + Chr7:91760907-91760926 None:intergenic 45.0%
ATGCATGGAAACGCAAGAGA+AGG - Chr7:91761608-91761627 MsG0780041502.01.T01:five_prime_UTR 45.0%
CAAGATACTTACCCCATCAG+TGG + Chr7:91761015-91761034 None:intergenic 45.0%
CAATTGGGCTATCTTGCTCA+GGG + Chr7:91761690-91761709 None:intergenic 45.0%
CACCATGCAACAGTCTTGAT+TGG + Chr7:91759479-91759498 None:intergenic 45.0%
CAGTACCTGAAGTAACTCAG+AGG - Chr7:91760955-91760974 MsG0780041502.01.T01:intron 45.0%
CGCAGAATATCATGTCCTCT+TGG + Chr7:91759832-91759851 None:intergenic 45.0%
CTATCTTGCTCAGGGGAAAT+GGG + Chr7:91761682-91761701 None:intergenic 45.0%
GAGAGAAGCTGTTGAAGCAA+TGG - Chr7:91759345-91759364 MsG0780041502.01.T01:intron 45.0%
GAGTAAGAGAGTCAATGCCA+AGG - Chr7:91759897-91759916 MsG0780041502.01.T01:intron 45.0%
GCTACAACATCAGACGATGA+TGG - Chr7:91760642-91760661 MsG0780041502.01.T01:intron 45.0%
GGTGGAATGGAATCCTCTTA+TGG - Chr7:91758669-91758688 MsG0780041502.01.T01:intron 45.0%
GTAACAGTTGTGCTGAGTTG+AGG + Chr7:91758181-91758200 None:intergenic 45.0%
TCAAGACTGTTGCATGGTGT+GGG - Chr7:91759480-91759499 MsG0780041502.01.T01:intron 45.0%
TCAATTGGGCTATCTTGCTC+AGG + Chr7:91761691-91761710 None:intergenic 45.0%
TGCATGGAAACGCAAGAGAA+GGG - Chr7:91761609-91761628 MsG0780041502.01.T01:five_prime_UTR 45.0%
TGCCCTCTCAATTGTTAGAC+AGG - Chr7:91760129-91760148 MsG0780041502.01.T01:intron 45.0%
TGGAATGTGCAGTACATGCA+TGG - Chr7:91761593-91761612 MsG0780041502.01.T01:five_prime_UTR 45.0%
TTACCAGATGTAGAGTCTCC+AGG - Chr7:91760876-91760895 MsG0780041502.01.T01:intron 45.0%
TTGTTGTGCTTGCCACTGAT+GGG - Chr7:91761000-91761019 MsG0780041502.01.T01:intron 45.0%
! AGAGCTTGTTTCGAATTCCG+GGG - Chr7:91759559-91759578 MsG0780041502.01.T01:intron 45.0%
! ATGATGAACCAGGAGTGCAT+AGG - Chr7:91760847-91760866 MsG0780041502.01.T01:intron 45.0%
! CACCGTTTCATTTTGTGTGG+TGG - Chr7:91758651-91758670 MsG0780041502.01.T01:intron 45.0%
! GCCTCAGTTTTCTCCAAAAG+AGG - Chr7:91759442-91759461 MsG0780041502.01.T01:intron 45.0%
! GCGGTATATTTGATGGACAC+GGG - Chr7:91759849-91759868 MsG0780041502.01.T01:CDS 45.0%
! GGTTCCTTTCTGACCTCTTT+TGG + Chr7:91759458-91759477 None:intergenic 45.0%
! GTCTTTGTTTCCTTCTCCGT+AGG - Chr7:91758015-91758034 MsG0780041502.01.T01:CDS 45.0%
! TAATGGTTTGCAGGGGGAAA+CGG - Chr7:91760581-91760600 MsG0780041502.01.T01:intron 45.0%
! TGACTGGTTCCTAATCCAAC+TGG - Chr7:91761398-91761417 MsG0780041502.01.T01:intron 45.0%
! TGATGAACCAGGAGTGCATA+GGG - Chr7:91760848-91760867 MsG0780041502.01.T01:intron 45.0%
! TTTGTTGTGCTTGCCACTGA+TGG - Chr7:91760999-91761018 MsG0780041502.01.T01:intron 45.0%
!! CGGGGGTTTTGACAAAATCA+AGG - Chr7:91759577-91759596 MsG0780041502.01.T01:CDS 45.0%
!! TCATTTATAATTATATAAAT+TGG - Chr7:91760744-91760763 MsG0780041502.01.T01:intron 5.0%
!!! TTAGTTAATTTATTTTATAA+TGG - Chr7:91760564-91760583 MsG0780041502.01.T01:intron 5.0%
AGTCCTGGAGACTCTACATC+TGG + Chr7:91760882-91760901 None:intergenic 50.0%
CAGTGGCAAGCACAACAAAC+TGG + Chr7:91760998-91761017 None:intergenic 50.0%
GCATGGAAACGCAAGAGAAG+GGG - Chr7:91761610-91761629 MsG0780041502.01.T01:five_prime_UTR 50.0%
GCTATCTTGCTCAGGGGAAA+TGG + Chr7:91761683-91761702 None:intergenic 50.0%
TCCAGGACTTGCCATGTCAA+GGG - Chr7:91760893-91760912 MsG0780041502.01.T01:intron 50.0%
TGTTGTGCTTGCCACTGATG+GGG - Chr7:91761001-91761020 MsG0780041502.01.T01:intron 50.0%
TTGGCTACAAAGTGACCCCA+TGG + Chr7:91759875-91759894 None:intergenic 50.0%
! ATTTGATGGACACGGGCCAT+GGG - Chr7:91759856-91759875 MsG0780041502.01.T01:CDS 50.0%
! CTTGCCATGTCAAGGGCTTT+TGG - Chr7:91760900-91760919 MsG0780041502.01.T01:intron 50.0%
! GAGCTTGTTTCGAATTCCGG+GGG - Chr7:91759560-91759579 MsG0780041502.01.T01:intron 50.0%
! GTTGTGCTGAGTTGAGGAAC+AGG + Chr7:91758175-91758194 None:intergenic 50.0%
! TATTTGATGGACACGGGCCA+TGG - Chr7:91759855-91759874 MsG0780041502.01.T01:CDS 50.0%
AACCAGACCCTATGCACTCC+TGG + Chr7:91760858-91760877 None:intergenic 55.0%
AGACTGTTGCATGGTGTGGG+AGG - Chr7:91759483-91759502 MsG0780041502.01.T01:intron 55.0%
CTCCAGGACTTGCCATGTCA+AGG - Chr7:91760892-91760911 MsG0780041502.01.T01:intron 55.0%
CTTGCTCAGGGGAAATGGGA+GGG + Chr7:91761678-91761697 None:intergenic 55.0%
TCTTGCTCAGGGGAAATGGG+AGG + Chr7:91761679-91761698 None:intergenic 55.0%
TGGTGACTCTCGTGCAGTAC+TGG - Chr7:91760620-91760639 MsG0780041502.01.T01:intron 55.0%
! AACCAGGAGTGCATAGGGTC+TGG - Chr7:91760853-91760872 MsG0780041502.01.T01:intron 55.0%
! TTTGATGGACACGGGCCATG+GGG - Chr7:91759857-91759876 MsG0780041502.01.T01:CDS 55.0%
GCCCTTGACATGGCAAGTCC+TGG + Chr7:91760897-91760916 None:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 91757989 91761723 91757989 ID=MsG0780041502.01;Name=MsG0780041502.01
Chr7 mRNA 91757989 91761723 91757989 ID=MsG0780041502.01.T01;Parent=MsG0780041502.01;Name=MsG0780041502.01.T01;_AED=0.44;_eAED=0.44;_QI=296|1|1|1|0.8|0.66|6|0|377
Chr7 exon 91757989 91758201 91757989 ID=MsG0780041502.01.T01:exon:18700;Parent=MsG0780041502.01.T01
Chr7 exon 91758690 91758913 91758690 ID=MsG0780041502.01.T01:exon:18699;Parent=MsG0780041502.01.T01
Chr7 exon 91758998 91759118 91758998 ID=MsG0780041502.01.T01:exon:18698;Parent=MsG0780041502.01.T01
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