AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880047634.01

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MsG0880047634.01.T01 AT4G21400 40.345 290 165 6 85 370 351 636 3.84e-61 209
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MsG0880047634.01.T01 AT3G05140 37.329 292 169 7 81 369 129 409 1.83e-57 194
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MsG0880047634.01.T01 AT2G19130 38.095 315 183 9 76 386 477 783 2.07e-57 201
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MsG0880047634.01.T01 AT5G37450 37.710 297 171 5 80 372 640 926 1.61e-56 199
MsG0880047634.01.T01 AT1G52310 36.149 296 184 5 81 373 176 469 1.98e-56 192
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MsG0880047634.01.T01 AT3G02130 39.274 303 173 6 70 369 832 1126 2.92e-56 199
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MsG0880047634.01.T01 AT2G23200 37.201 293 178 5 82 373 475 762 5.81e-56 197

Find 93 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 232 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CCTAATAACTTGACAAGATT+TGG 0.162989 8:-89017742 None:intergenic
CCAAATCTTGTCAAGTTATT+AGG 0.174320 8:+89017742 MsG0880047634.01.T01:CDS
ATGAAGAATTTGAATTTAAA+AGG 0.217916 8:+89017362 MsG0880047634.01.T01:CDS
GTTTATGAGTTCATGCCTTT+GGG 0.232472 8:+89017796 MsG0880047634.01.T01:CDS
CAGCTGCAACAGGGAATTAT+AGG 0.246875 8:+89017438 MsG0880047634.01.T01:CDS
GTTCATGCCTTTGGGGTCTT+TGG 0.251805 8:+89017804 MsG0880047634.01.T01:CDS
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GCTATAACCGGCCGCATATT+AGG 0.279805 8:-89018903 None:intergenic
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TGAGGGAGAGCAGAGGCTTT+TGG 0.319729 8:+89017774 MsG0880047634.01.T01:CDS
ACAAGGGTAATGGGAACATT+TGG 0.327179 8:+89018324 MsG0880047634.01.T01:CDS
GTTCTTTAACAGGTCTTCTA+TGG 0.330747 8:-89018455 None:intergenic
GATGAGCTTGCAGCTGCAAC+AGG 0.347591 8:+89017428 MsG0880047634.01.T01:CDS
AATTATCTCGAGCTTTGTAT+TGG 0.357711 8:-89018984 None:intergenic
CTGGTTCCTTGAAGTCCATC+AGG 0.358166 8:-89017676 None:intergenic
TATAGGGCAGATTACTTTGT+TGG 0.365866 8:+89017455 MsG0880047634.01.T01:CDS
CTAATAACTTGACAAGATTT+GGG 0.367949 8:-89017741 None:intergenic
AAGTCAGACATTTATAGCTT+TGG 0.369904 8:+89018390 MsG0880047634.01.T01:CDS
CACTTCAACAACAAATTCTC+TGG 0.370382 8:-89017695 None:intergenic
TGACCTGTCATTGCATAATC+TGG 0.374473 8:-89018357 None:intergenic
TAAACACTATCAACATTCCT+TGG 0.375772 8:+89017337 MsG0880047634.01.T01:CDS
TTACATCGAGAAAATTAATC+AGG 0.394534 8:+89017508 MsG0880047634.01.T01:CDS
TTTGTTGGTGAAGGAGGGTT+TGG 0.394888 8:+89017470 MsG0880047634.01.T01:CDS
AAAGGAGAGGTTTGCACAGA+TGG 0.406718 8:+89017380 MsG0880047634.01.T01:CDS
CAAGCCGAAATCAGATAACT+TGG 0.414751 8:-89018262 None:intergenic
CTTGACCCTGATGGACTTCA+AGG 0.421659 8:+89017670 MsG0880047634.01.T01:CDS
GTTCTATTAGATCTTTCTCC+CGG 0.433207 8:+89018093 MsG0880047634.01.T01:intron
ACAAAATGTTGGAGCATTTG+AGG 0.438396 8:-89018221 None:intergenic
CACGTGTCAACAAGGGTAAT+GGG 0.444339 8:+89018315 MsG0880047634.01.T01:CDS
ACGTGGGTCTTGTCACCAAT+TGG 0.449968 8:-89018297 None:intergenic
CCACGTGTCAACAAGGGTAA+TGG 0.454938 8:+89018314 MsG0880047634.01.T01:CDS
CAAGGGTAATGGGAACATTT+GGG 0.457160 8:+89018325 MsG0880047634.01.T01:CDS
TGCTGGTGCAGCTAAAGGTT+TGG 0.457191 8:+89018155 MsG0880047634.01.T01:CDS
GGGTTTGGCAAGGTTTATAA+GGG 0.462414 8:+89017485 MsG0880047634.01.T01:CDS
TGAAGGTCAATATCCAGAAA+AGG 0.463263 8:+89018833 MsG0880047634.01.T01:CDS
AAGCAATGGATCCACCATCT+TGG 0.475395 8:-89018811 None:intergenic
AAACACTATCAACATTCCTT+GGG 0.486881 8:+89017338 MsG0880047634.01.T01:CDS
CCATTACCCTTGTTGACACG+TGG 0.487847 8:-89018314 None:intergenic
ATAGCTGCTGGTGCAGCTAA+AGG 0.495147 8:+89018150 MsG0880047634.01.T01:CDS
TTGGCAAAAGTAGGTCCAAT+TGG 0.495147 8:+89018282 MsG0880047634.01.T01:CDS
CTTTGTATTGGATGAACTTG+TGG 0.495223 8:-89018972 None:intergenic
AGCTGCAACAGGGAATTATA+GGG 0.495429 8:+89017439 MsG0880047634.01.T01:CDS
GAAGGTCAATATCCAGAAAA+GGG 0.495797 8:+89018834 MsG0880047634.01.T01:CDS
GATTACTTTGTTGGTGAAGG+AGG 0.496529 8:+89017464 MsG0880047634.01.T01:CDS
ATTTGAATGTGAGTGAGAAA+AGG 0.500087 8:+89017303 MsG0880047634.01.T01:CDS
TATTACCGTGCTTCTCTCTA+CGG 0.504463 8:-89015297 None:intergenic
GCAGATTACTTTGTTGGTGA+AGG 0.505770 8:+89017461 MsG0880047634.01.T01:CDS
TGAAGTGTTAACACTTGGTT+TGG 0.506043 8:+89017711 MsG0880047634.01.T01:CDS
GGAACTCATCACAGGCAGAA+AGG 0.507833 8:+89018425 MsG0880047634.01.T01:CDS
CAAGTTATCTGATTTCGGCT+TGG 0.512578 8:+89018263 MsG0880047634.01.T01:CDS
GTGACCACATCTGCTATAAC+CGG 0.522005 8:-89018915 None:intergenic
AGGCAACTCGGTCATTCAAA+AGG 0.524697 8:+89018775 MsG0880047634.01.T01:intron
TTTGAATGTGAGTGAGAAAA+GGG 0.525867 8:+89017304 MsG0880047634.01.T01:CDS
GGATATTGACCTTCAAGCAA+TGG 0.529894 8:-89018825 None:intergenic
ATGGTGGATCCATTGCTTGA+AGG 0.532682 8:+89018816 MsG0880047634.01.T01:CDS
AAGACTGAAATCAAGGATCC+TGG 0.533063 8:+89015274 MsG0880047634.01.T01:CDS
ATTCAAATTCTTCATGCCCA+AGG 0.533738 8:-89017354 None:intergenic
TGTGAAGAAGACTGAAATCA+AGG 0.534932 8:+89015267 MsG0880047634.01.T01:CDS
TTCTATTAGATCTTTCTCCC+GGG 0.536155 8:+89018094 MsG0880047634.01.T01:intron
CCGTGCTTCTCTCTACGGCC+AGG 0.538793 8:-89015292 None:intergenic
AACAGGTCTTCTATGGTCAA+AGG 0.539436 8:-89018448 None:intergenic
GAATTTGAATTTAAAAGGAG+AGG 0.541368 8:+89017367 MsG0880047634.01.T01:CDS
TGGTGAAGGAGGGTTTGGCA+AGG 0.547119 8:+89017475 MsG0880047634.01.T01:CDS
TTTATGAGTTCATGCCTTTG+GGG 0.553048 8:+89017797 MsG0880047634.01.T01:CDS
ATAAAGCAACTTGACCCTGA+TGG 0.558686 8:+89017661 MsG0880047634.01.T01:CDS
ATTACTTTGTTGGTGAAGGA+GGG 0.559390 8:+89017465 MsG0880047634.01.T01:CDS
GCTCCAGATTATGCAATGAC+AGG 0.574165 8:+89018354 MsG0880047634.01.T01:CDS
TAGCGGCAATGTCAAAAGCT+TGG 0.574827 8:-89018863 None:intergenic
ATCGTCGCCTAACAAAATGT+TGG 0.578727 8:-89018232 None:intergenic
TTGAGGTCACGATATATGAC+AGG 0.585568 8:-89018204 None:intergenic
ACGAGAATGAAAATAGCTGC+TGG 0.586352 8:+89018138 MsG0880047634.01.T01:CDS
TGGTTCCTTGAAGTCCATCA+GGG 0.589323 8:-89017675 None:intergenic
ACAAGACCCACGTGTCAACA+AGG 0.591114 8:+89018307 MsG0880047634.01.T01:CDS
GATTTCGGCTTGGCAAAAGT+AGG 0.603149 8:+89018273 MsG0880047634.01.T01:CDS
AGAGCAACCTAATATGCGGC+CGG 0.606698 8:+89018896 MsG0880047634.01.T01:CDS
TCTTTGGAGAATCATTTGCA+TGG 0.610960 8:+89017820 MsG0880047634.01.T01:CDS
TTTCAGTCTTCTTCACACCC+AGG 0.619695 8:-89015261 None:intergenic
CATTACCCTTGTTGACACGT+GGG 0.625652 8:-89018313 None:intergenic
TCTATTAGATCTTTCTCCCG+GGG 0.626129 8:+89018095 MsG0880047634.01.T01:intron
AAGCCGAAATCAGATAACTT+GGG 0.634826 8:-89018261 None:intergenic
GCGGCCGGTTATAGCAGATG+TGG 0.643990 8:+89018911 MsG0880047634.01.T01:CDS
ATTCTCGTATTCCAATCCAG+TGG 0.646933 8:-89018123 None:intergenic
TTCAAGAGCAACCTAATATG+CGG 0.648644 8:+89018892 MsG0880047634.01.T01:CDS
AGGTCACGATATATGACAGG+AGG 0.651962 8:-89018201 None:intergenic
ATGAGCTTGCAGCTGCAACA+GGG 0.655655 8:+89017429 MsG0880047634.01.T01:CDS
GTTGTTGAAGTGTTAACACT+TGG 0.658444 8:+89017706 MsG0880047634.01.T01:CDS
TTTGTGCTGAGGGAGAGCAG+AGG 0.680981 8:+89017767 MsG0880047634.01.T01:CDS
TGATTCTCCAAAGACCCCAA+AGG 0.682398 8:-89017811 None:intergenic
TTGCTCTTGAACACACCTAG+CGG 0.697373 8:-89018880 None:intergenic
CAAGACCCACGTGTCAACAA+GGG 0.704032 8:+89018308 MsG0880047634.01.T01:CDS
CCTGGCCGTAGAGAGAAGCA+CGG 0.728091 8:+89015292 MsG0880047634.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAATTATTAACAGAAAATTA+TGG - Chr8:89015761-89015780 None:intergenic 10.0%
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!! CCTAATAAAATTAATAAATA+AGG + Chr8:89017041-89017060 MsG0880047634.01.T01:intron 10.0%
!! CTTAACAAAATTAATAAATA+AGG + Chr8:89016564-89016583 MsG0880047634.01.T01:intron 10.0%
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ATTTACTGCTAACCTAATAC+AGG + Chr8:89016982-89017001 MsG0880047634.01.T01:intron 30.0%
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! AACAAGTTTTACTACTAGGA+AGG - Chr8:89016284-89016303 None:intergenic 30.0%
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! AATTAGGGTTAGTATTAGGA+GGG + Chr8:89016515-89016534 MsG0880047634.01.T01:intron 30.0%
! ACAAGTTTTACTACTAGGAA+GGG - Chr8:89016283-89016302 None:intergenic 30.0%
! ATAATGTAGAGTGCATGTTT+TGG + Chr8:89017882-89017901 MsG0880047634.01.T01:intron 30.0%
! ATCTTTTACCTAACTCTTGT+TGG + Chr8:89018506-89018525 MsG0880047634.01.T01:intron 30.0%
! TAAACATGATCAACTTTTCC+TGG + Chr8:89015243-89015262 MsG0880047634.01.T01:CDS 30.0%
! TTATTAGGATTTTGTGCTGA+GGG + Chr8:89017757-89017776 MsG0880047634.01.T01:CDS 30.0%
!! CATTTTAGAGGGAATTTGTT+AGG + Chr8:89016679-89016698 MsG0880047634.01.T01:intron 30.0%
!! GGGAATTTGTTAGGTTAAAT+TGG + Chr8:89016688-89016707 MsG0880047634.01.T01:intron 30.0%
!! GTGGTTTTCATGTTAATTTG+AGG + Chr8:89017610-89017629 MsG0880047634.01.T01:intron 30.0%
!! TCTCTCTAAAATGATGCATT+AGG - Chr8:89016758-89016777 None:intergenic 30.0%
!!! GTTCGGCTTTTTTTTATCAA+TGG + Chr8:89015323-89015342 MsG0880047634.01.T01:intron 30.0%
!!! TGGATTGTTTTTTGTAGGTA+AGG + Chr8:89017265-89017284 MsG0880047634.01.T01:intron 30.0%
!!! TTGCATGGATTGTTTTTTGT+AGG + Chr8:89017260-89017279 MsG0880047634.01.T01:intron 30.0%
!!! TTTCTCCATTTTTTATGACC+CGG - Chr8:89015446-89015465 None:intergenic 30.0%
AAAAAGTTTCTCCAAGATGG+TGG + Chr8:89018800-89018819 MsG0880047634.01.T01:CDS 35.0%
AACCTAATACAGGAAATTGG+AGG + Chr8:89016992-89017011 MsG0880047634.01.T01:intron 35.0%
AAGCCGAAATCAGATAACTT+GGG - Chr8:89018264-89018283 None:intergenic 35.0%
ACAAAATCACAGTGCTACAT+TGG - Chr8:89017929-89017948 None:intergenic 35.0%
ATTCAAATTCTTCATGCCCA+AGG - Chr8:89017357-89017376 None:intergenic 35.0%
CACTTCAACAACAAATTCTC+TGG - Chr8:89017698-89017717 None:intergenic 35.0%
CATCAGTGAGGAGAAATATT+AGG + Chr8:89016648-89016667 MsG0880047634.01.T01:intron 35.0%
CATCCCAAGTTATCTGATTT+CGG + Chr8:89018258-89018277 MsG0880047634.01.T01:CDS 35.0%
CTTTGTATTGGATGAACTTG+TGG - Chr8:89018975-89018994 None:intergenic 35.0%
GAAGGTCAATATCCAGAAAA+GGG + Chr8:89018834-89018853 MsG0880047634.01.T01:CDS 35.0%
GAGTTTAATTGGCAGAATCA+CGG - Chr8:89017995-89018014 None:intergenic 35.0%
GATTCTGCCAATTAAACTCA+AGG + Chr8:89017996-89018015 MsG0880047634.01.T01:intron 35.0%
GCAAAGAACATGAATGTGTA+AGG - Chr8:89017587-89017606 None:intergenic 35.0%
GCTAACCTAATACAGGAAAT+TGG + Chr8:89016989-89017008 MsG0880047634.01.T01:intron 35.0%
GGATTGACCTTGAGTTTAAT+TGG - Chr8:89018006-89018025 None:intergenic 35.0%
GTTCTATTAGATCTTTCTCC+CGG + Chr8:89018093-89018112 MsG0880047634.01.T01:intron 35.0%
GTTCTTTAACAGGTCTTCTA+TGG - Chr8:89018458-89018477 None:intergenic 35.0%
GTTTATGAGTTCATGCCTTT+GGG + Chr8:89017796-89017815 MsG0880047634.01.T01:CDS 35.0%
TATACAAACGATGACACAAG+AGG + Chr8:89016609-89016628 MsG0880047634.01.T01:intron 35.0%
TATAGGGCAGATTACTTTGT+TGG + Chr8:89017455-89017474 MsG0880047634.01.T01:CDS 35.0%
TGAAGGTCAATATCCAGAAA+AGG + Chr8:89018833-89018852 MsG0880047634.01.T01:CDS 35.0%
TGCAAAACAAAGAACACATG+AGG - Chr8:89017245-89017264 None:intergenic 35.0%
TGTGAAGAAGACTGAAATCA+AGG + Chr8:89015267-89015286 MsG0880047634.01.T01:CDS 35.0%
TTACTATAACAAGCAGTGGT+AGG - Chr8:89016146-89016165 None:intergenic 35.0%
TTCAAGAGCAACCTAATATG+CGG + Chr8:89018892-89018911 MsG0880047634.01.T01:CDS 35.0%
TTCCTCCAATTTCCTGTATT+AGG - Chr8:89016997-89017016 None:intergenic 35.0%
TTCTATTAGATCTTTCTCCC+GGG + Chr8:89018094-89018113 MsG0880047634.01.T01:intron 35.0%
TTTATGAGTTCATGCCTTTG+GGG + Chr8:89017797-89017816 MsG0880047634.01.T01:CDS 35.0%
! AAATTAGGGTTAGTAGTAGG+AGG + Chr8:89016358-89016377 MsG0880047634.01.T01:intron 35.0%
! AATTAGGGTTAGTAGTAGGA+GGG + Chr8:89016359-89016378 MsG0880047634.01.T01:intron 35.0%
! ACAAAATGTTGGAGCATTTG+AGG - Chr8:89018224-89018243 None:intergenic 35.0%
! AGGAATTTTACTGTTGGTGT+AGG + Chr8:89017630-89017649 MsG0880047634.01.T01:intron 35.0%
! ATTACTTTGTTGGTGAAGGA+GGG + Chr8:89017465-89017484 MsG0880047634.01.T01:CDS 35.0%
! CAATGGTTGTTCACACATTT+TGG + Chr8:89015520-89015539 MsG0880047634.01.T01:intron 35.0%
! GTTATTAGGATTTTGTGCTG+AGG + Chr8:89017756-89017775 MsG0880047634.01.T01:CDS 35.0%
! GTTGTTGAAGTGTTAACACT+TGG + Chr8:89017706-89017725 MsG0880047634.01.T01:CDS 35.0%
! TCTTTGGAGAATCATTTGCA+TGG + Chr8:89017820-89017839 MsG0880047634.01.T01:CDS 35.0%
! TGAAGTGTTAACACTTGGTT+TGG + Chr8:89017711-89017730 MsG0880047634.01.T01:CDS 35.0%
!! GAATAGTTTGCTGATGATGA+AGG + Chr8:89018659-89018678 MsG0880047634.01.T01:intron 35.0%
!!! CATGTGTTCTTTGTTTTGCA+TGG + Chr8:89017245-89017264 MsG0880047634.01.T01:intron 35.0%
!!! TTCTCCATTTTTTATGACCC+GGG - Chr8:89015445-89015464 None:intergenic 35.0%
AACAGGTCTTCTATGGTCAA+AGG - Chr8:89018451-89018470 None:intergenic 40.0%
AAGACTGAAATCAAGGATCC+TGG + Chr8:89015274-89015293 MsG0880047634.01.T01:CDS 40.0%
ACGAGAATGAAAATAGCTGC+TGG + Chr8:89018138-89018157 MsG0880047634.01.T01:CDS 40.0%
AGCTGCAACAGGGAATTATA+GGG + Chr8:89017439-89017458 MsG0880047634.01.T01:CDS 40.0%
AGGGTTTGGCAAGGTTTATA+AGG + Chr8:89017484-89017503 MsG0880047634.01.T01:CDS 40.0%
ATAAAGCAACTTGACCCTGA+TGG + Chr8:89017661-89017680 MsG0880047634.01.T01:CDS 40.0%
ATCGTCGCCTAACAAAATGT+TGG - Chr8:89018235-89018254 None:intergenic 40.0%
ATTCTCGTATTCCAATCCAG+TGG - Chr8:89018126-89018145 None:intergenic 40.0%
CAAGCCGAAATCAGATAACT+TGG - Chr8:89018265-89018284 None:intergenic 40.0%
CAAGTTATCTGATTTCGGCT+TGG + Chr8:89018263-89018282 MsG0880047634.01.T01:CDS 40.0%
CATTCATGTTCTTTGCCAAG+TGG + Chr8:89017591-89017610 MsG0880047634.01.T01:intron 40.0%
GAAGCACGGTAATATCAGTT+CGG + Chr8:89015306-89015325 MsG0880047634.01.T01:intron 40.0%
GAATGAAAAGCTCATCAGTG+AGG + Chr8:89016636-89016655 MsG0880047634.01.T01:intron 40.0%
GCGAAAAAGTTTCTCCAAGA+TGG + Chr8:89018797-89018816 MsG0880047634.01.T01:CDS 40.0%
GGATATTGACCTTCAAGCAA+TGG - Chr8:89018828-89018847 None:intergenic 40.0%
GGGTTTGGCAAGGTTTATAA+GGG + Chr8:89017485-89017504 MsG0880047634.01.T01:CDS 40.0%
GGTTTATGAGTTCATGCCTT+TGG + Chr8:89017795-89017814 MsG0880047634.01.T01:CDS 40.0%
GTGGTAGGATGATTTACAGT+AGG - Chr8:89016131-89016150 None:intergenic 40.0%
TATTACCGTGCTTCTCTCTA+CGG - Chr8:89015300-89015319 None:intergenic 40.0%
TCTATTAGATCTTTCTCCCG+GGG + Chr8:89018095-89018114 MsG0880047634.01.T01:intron 40.0%
TGACCTGTCATTGCATAATC+TGG - Chr8:89018360-89018379 None:intergenic 40.0%
TTGAGGTCACGATATATGAC+AGG - Chr8:89018207-89018226 None:intergenic 40.0%
TTGGCAAAAGTAGGTCCAAT+TGG + Chr8:89018282-89018301 MsG0880047634.01.T01:CDS 40.0%
! AGGGATTGCTGCATTTTAGA+GGG + Chr8:89016668-89016687 MsG0880047634.01.T01:intron 40.0%
! GATTACTTTGTTGGTGAAGG+AGG + Chr8:89017464-89017483 MsG0880047634.01.T01:CDS 40.0%
! GCAGATTACTTTGTTGGTGA+AGG + Chr8:89017461-89017480 MsG0880047634.01.T01:CDS 40.0%
! TAGGGATTGCTGCATTTTAG+AGG + Chr8:89016667-89016686 MsG0880047634.01.T01:intron 40.0%
!! ACAAGGGTAATGGGAACATT+TGG + Chr8:89018324-89018343 MsG0880047634.01.T01:CDS 40.0%
!! CAAGGGTAATGGGAACATTT+GGG + Chr8:89018325-89018344 MsG0880047634.01.T01:CDS 40.0%
!! GCATCTTTATTCGCTTTTGC+AGG + Chr8:89018755-89018774 MsG0880047634.01.T01:intron 40.0%
!!! AGAGTGCATGTTTTGGTTGA+CGG + Chr8:89017889-89017908 MsG0880047634.01.T01:intron 40.0%
AAAGGAGAGGTTTGCACAGA+TGG + Chr8:89017380-89017399 MsG0880047634.01.T01:CDS 45.0%
AAGCAATGGATCCACCATCT+TGG - Chr8:89018814-89018833 None:intergenic 45.0%
AGGCAACTCGGTCATTCAAA+AGG + Chr8:89018775-89018794 MsG0880047634.01.T01:intron 45.0%
AGGTCACGATATATGACAGG+AGG - Chr8:89018204-89018223 None:intergenic 45.0%
ATCGCCCGGGTCATAAAAAA+TGG + Chr8:89015438-89015457 MsG0880047634.01.T01:intron 45.0%
CACGTGTCAACAAGGGTAAT+GGG + Chr8:89018315-89018334 MsG0880047634.01.T01:CDS 45.0%
CAGCTGCAACAGGGAATTAT+AGG + Chr8:89017438-89017457 MsG0880047634.01.T01:CDS 45.0%
CATTACCCTTGTTGACACGT+GGG - Chr8:89018316-89018335 None:intergenic 45.0%
GCTCCAGATTATGCAATGAC+AGG + Chr8:89018354-89018373 MsG0880047634.01.T01:CDS 45.0%
GTGACCACATCTGCTATAAC+CGG - Chr8:89018918-89018937 None:intergenic 45.0%
TAGCGGCAATGTCAAAAGCT+TGG - Chr8:89018866-89018885 None:intergenic 45.0%
TGATTCTCCAAAGACCCCAA+AGG - Chr8:89017814-89017833 None:intergenic 45.0%
TGGTTCCTTGAAGTCCATCA+GGG - Chr8:89017678-89017697 None:intergenic 45.0%
TTGCTCTTGAACACACCTAG+CGG - Chr8:89018883-89018902 None:intergenic 45.0%
TTTCAGTCTTCTTCACACCC+AGG - Chr8:89015264-89015283 None:intergenic 45.0%
! AAGCTTTTGACATTGCCGCT+AGG + Chr8:89018865-89018884 MsG0880047634.01.T01:CDS 45.0%
! GCTTGGTACAAACCCTTTTC+TGG - Chr8:89018849-89018868 None:intergenic 45.0%
! TTTGTTGGTGAAGGAGGGTT+TGG + Chr8:89017470-89017489 MsG0880047634.01.T01:CDS 45.0%
!! ATGGTGGATCCATTGCTTGA+AGG + Chr8:89018816-89018835 MsG0880047634.01.T01:CDS 45.0%
!! ATTCGCTTTTGCAGGCAACT+CGG + Chr8:89018763-89018782 MsG0880047634.01.T01:intron 45.0%
!! GATTTCGGCTTGGCAAAAGT+AGG + Chr8:89018273-89018292 MsG0880047634.01.T01:CDS 45.0%
!!! GCTCTTTTGGAACTCATCAC+AGG + Chr8:89018417-89018436 MsG0880047634.01.T01:CDS 45.0%
!!! TAGCTTTGGAGTCGCTCTTT+TGG + Chr8:89018404-89018423 MsG0880047634.01.T01:CDS 45.0%
!! ATATATATATATATATTTGA+GGG + Chr8:89016457-89016476 MsG0880047634.01.T01:intron 5.0%
!! TATATATATATATATATTTG+AGG + Chr8:89016456-89016475 MsG0880047634.01.T01:intron 5.0%
!!! TTTTTTTTATAAAAAAAAAG+CGG - Chr8:89017105-89017124 None:intergenic 5.0%
ACAAGACCCACGTGTCAACA+AGG + Chr8:89018307-89018326 MsG0880047634.01.T01:CDS 50.0%
AGAGCAACCTAATATGCGGC+CGG + Chr8:89018896-89018915 MsG0880047634.01.T01:CDS 50.0%
ATAGCTGCTGGTGCAGCTAA+AGG + Chr8:89018150-89018169 MsG0880047634.01.T01:CDS 50.0%
ATGAGCTTGCAGCTGCAACA+GGG + Chr8:89017429-89017448 MsG0880047634.01.T01:CDS 50.0%
CAAGACCCACGTGTCAACAA+GGG + Chr8:89018308-89018327 MsG0880047634.01.T01:CDS 50.0%
CCACGTGTCAACAAGGGTAA+TGG + Chr8:89018314-89018333 MsG0880047634.01.T01:CDS 50.0%
CCATTACCCTTGTTGACACG+TGG - Chr8:89018317-89018336 None:intergenic 50.0%
CTGGTTCCTTGAAGTCCATC+AGG - Chr8:89017679-89017698 None:intergenic 50.0%
GCTATAACCGGCCGCATATT+AGG - Chr8:89018906-89018925 None:intergenic 50.0%
GGAACTCATCACAGGCAGAA+AGG + Chr8:89018425-89018444 MsG0880047634.01.T01:CDS 50.0%
TGCTGGTGCAGCTAAAGGTT+TGG + Chr8:89018155-89018174 MsG0880047634.01.T01:CDS 50.0%
! ACGTGGGTCTTGTCACCAAT+TGG - Chr8:89018300-89018319 None:intergenic 50.0%
! CAATCCAGTGGTTTTTCCCC+GGG - Chr8:89018114-89018133 None:intergenic 50.0%
! CCAATCCAGTGGTTTTTCCC+CGG - Chr8:89018115-89018134 None:intergenic 50.0%
!! CTTGACCCTGATGGACTTCA+AGG + Chr8:89017670-89017689 MsG0880047634.01.T01:CDS 50.0%
!! GTTCATGCCTTTGGGGTCTT+TGG + Chr8:89017804-89017823 MsG0880047634.01.T01:CDS 50.0%
CCGGGGAAAAACCACTGGAT+TGG + Chr8:89018112-89018131 MsG0880047634.01.T01:CDS 55.0%
GATGAGCTTGCAGCTGCAAC+AGG + Chr8:89017428-89017447 MsG0880047634.01.T01:CDS 55.0%
TGGTGAAGGAGGGTTTGGCA+AGG + Chr8:89017475-89017494 MsG0880047634.01.T01:CDS 55.0%
TTATGACCCGGGCGATAGCA+CGG - Chr8:89015434-89015453 None:intergenic 55.0%
TTCTCCCGGGGAAAAACCAC+TGG + Chr8:89018107-89018126 MsG0880047634.01.T01:CDS 55.0%
TTTGTGCTGAGGGAGAGCAG+AGG + Chr8:89017767-89017786 MsG0880047634.01.T01:CDS 55.0%
! CTTTTACCCGTGCTATCGCC+CGG + Chr8:89015424-89015443 MsG0880047634.01.T01:intron 55.0%
! TGAGGGAGAGCAGAGGCTTT+TGG + Chr8:89017774-89017793 MsG0880047634.01.T01:CDS 55.0%
! TTTTACCCGTGCTATCGCCC+GGG + Chr8:89015425-89015444 MsG0880047634.01.T01:intron 55.0%
CCTGGCCGTAGAGAGAAGCA+CGG + Chr8:89015292-89015311 MsG0880047634.01.T01:CDS 60.0%
GCGGCCGGTTATAGCAGATG+TGG + Chr8:89018911-89018930 MsG0880047634.01.T01:CDS 60.0%
TATGACCCGGGCGATAGCAC+GGG - Chr8:89015433-89015452 None:intergenic 60.0%
CCGTGCTTCTCTCTACGGCC+AGG - Chr8:89015295-89015314 None:intergenic 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 89015205 89019004 89015205 ID=MsG0880047634.01;Name=MsG0880047634.01
Chr8 mRNA 89015205 89019004 89015205 ID=MsG0880047634.01.T01;Parent=MsG0880047634.01;Name=MsG0880047634.01.T01;_AED=0.49;_eAED=0.50;_QI=0|0|0|1|1|1|5|0|388
Chr8 exon 89015205 89015313 89015205 ID=MsG0880047634.01.T01:exon:34983;Parent=MsG0880047634.01.T01
Chr8 exon 89017282 89017529 89017282 ID=MsG0880047634.01.T01:exon:34984;Parent=MsG0880047634.01.T01
Chr8 exon 89017652 89017841 89017652 ID=MsG0880047634.01.T01:exon:34985;Parent=MsG0880047634.01.T01
Chr8 exon 89018103 89018494 89018103 ID=MsG0880047634.01.T01:exon:34986;Parent=MsG0880047634.01.T01
Chr8 exon 89018777 89019004 89018777 ID=MsG0880047634.01.T01:exon:34987;Parent=MsG0880047634.01.T01
Chr8 CDS 89015205 89015313 89015205 ID=MsG0880047634.01.T01:cds;Parent=MsG0880047634.01.T01
Chr8 CDS 89017282 89017529 89017282 ID=MsG0880047634.01.T01:cds;Parent=MsG0880047634.01.T01
Chr8 CDS 89017652 89017841 89017652 ID=MsG0880047634.01.T01:cds;Parent=MsG0880047634.01.T01
Chr8 CDS 89018103 89018494 89018103 ID=MsG0880047634.01.T01:cds;Parent=MsG0880047634.01.T01
Chr8 CDS 89018777 89019004 89018777 ID=MsG0880047634.01.T01:cds;Parent=MsG0880047634.01.T01
Gene Sequence

>MsG0880047634.01.T01

ATGTTTTTTTTTTTAGATGATGAAAGTGAAGATGATTCTAAACATGATCAACTTTTCCTGGGTGTGAAGAAGACTGAAATCAAGGATCCTGGCCGTAGAGAGAAGCACGGTAAGGTCAAAGTTGATTTGAATTTGAATGTGAGTGAGAAAAGGGAAGATGATTCTAAACACTATCAACATTCCTTGGGCATGAAGAATTTGAATTTAAAAGGAGAGGTTTGCACAGATGGAAAAGTTGCAAAGACATTTACTTTAGATGAGCTTGCAGCTGCAACAGGGAATTATAGGGCAGATTACTTTGTTGGTGAAGGAGGGTTTGGCAAGGTTTATAAGGGTTACATCGAGAAAATTAATCAGGTTGTTGCAATAAAGCAACTTGACCCTGATGGACTTCAAGGAACCAGAGAATTTGTTGTTGAAGTGTTAACACTTGGTTTGGCAGAACACCCAAATCTTGTCAAGTTATTAGGATTTTGTGCTGAGGGAGAGCAGAGGCTTTTGGTTTATGAGTTCATGCCTTTGGGGTCTTTGGAGAATCATTTGCATGATCTTTCTCCCGGGGAAAAACCACTGGATTGGAATACGAGAATGAAAATAGCTGCTGGTGCAGCTAAAGGTTTGGAGTACTTGCATGATAAAATGAAGCCTCCTGTCATATATCGTGACCTCAAATGCTCCAACATTTTGTTAGGCGACGATTATCATCCCAAGTTATCTGATTTCGGCTTGGCAAAAGTAGGTCCAATTGGTGACAAGACCCACGTGTCAACAAGGGTAATGGGAACATTTGGGTACTGTGCTCCAGATTATGCAATGACAGGTCAATTGACATTCAAGTCAGACATTTATAGCTTTGGAGTCGCTCTTTTGGAACTCATCACAGGCAGAAAGGCCTTTGACCATAGAAGACCTGTTAAAGAACAAAAAGTAGTCGAATGGGCAACTCGGTCATTCAAAAGGCGAAAAAGTTTCTCCAAGATGGTGGATCCATTGCTTGAAGGTCAATATCCAGAAAAGGGTTTGTACCAAGCTTTTGACATTGCCGCTAGGTGTGTTCAAGAGCAACCTAATATGCGGCCGGTTATAGCAGATGTGGTCACAGCTCTAGATTTCATTGTTTCACAAAAATATGATCCACAAGTTCATCCAATACAAAGCTCGAGATAA
Protein sequence

>MsG0880047634.01.T01

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