AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene028901


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MS.gene028901.t1 AT4G03560 66.260 738 241 5 1 737 1 731 0.0 1019

Find 146 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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AACCCAAACATCTGGATTAT+TGG 0.252156 2.3:+10111891 None:intergenic
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TGGTATACCTGAGCAACTTC+TGG 0.274322 2.3:-10116045 MS.gene028901:CDS
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ATACTAAAGGTTTATTCATA+TGG 0.292444 2.3:-10104693 MS.gene028901:CDS
TCTCTCGAATTGCAGGCTTT+GGG 0.299078 2.3:-10112039 MS.gene028901:intron
CTTTGTTCTTATACTGAATC+TGG 0.307781 2.3:-10106971 MS.gene028901:CDS
TACAAACCTCCAGGAAATTC+AGG 0.314181 2.3:+10115931 None:intergenic
TAGGACTTCTCCAATATATA+CGG 0.319250 2.3:+10114884 None:intergenic
AACTTACCACATCCTCCTTC+TGG 0.319467 2.3:+10107168 None:intergenic
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TTCGTTCTGTTTGTGCTGAT+TGG 0.325042 2.3:-10111727 MS.gene028901:CDS
CAGCCAATAATCCAGATGTT+TGG 0.343726 2.3:-10111894 MS.gene028901:CDS
TCAACAAAGATCAATGTATT+AGG 0.343974 2.3:-10109631 MS.gene028901:CDS
TATCAACCCAAATTCTTCAT+TGG 0.351728 2.3:+10107378 None:intergenic
AAAAGAACAACTCTGATATA+TGG 0.352301 2.3:+10113886 None:intergenic
CATATGGATTCGAAAACTAT+TGG 0.353852 2.3:-10104677 MS.gene028901:CDS
TAATGCTGGAAACCCAGATT+TGG 0.358617 2.3:-10102760 MS.gene028901:CDS
ATGAAGGGTCCCGTATATAT+TGG 0.360725 2.3:-10114894 MS.gene028901:CDS
AAATCTCCAATGAAGAATTT+GGG 0.371003 2.3:-10107384 MS.gene028901:CDS
TCATATGCTGAGTGCTGAGC+TGG 0.377950 2.3:-10098738 MS.gene028901:CDS
AATAGTGTCACCATTCCATT+TGG 0.378266 2.3:+10102457 None:intergenic
AGCCAATAATCCAGATGTTT+GGG 0.378563 2.3:-10111893 MS.gene028901:CDS
TTTGTAAAGAGCACCATGTT+TGG 0.387081 2.3:-10107006 MS.gene028901:CDS
TATCCAAGGCGGCGAGCTCT+TGG 0.391587 2.3:-10099181 MS.gene028901:CDS
AATTTCAATGATTATCCAAA+TGG 0.397347 2.3:-10102472 MS.gene028901:CDS
ATATACTCAGATTTATGTAT+TGG 0.399145 2.3:+10098700 None:intergenic
CAAGTGGTTGAGTTCACTTT+TGG 0.401002 2.3:-10104987 MS.gene028901:intron
TCTGATAGTCCTGAATTTCC+TGG 0.401216 2.3:-10115940 MS.gene028901:CDS
TTATTGCTCACTTGGTGTCC+AGG 0.404636 2.3:-10102947 MS.gene028901:intron
AATACACAAGATGCAAAATA+TGG 0.406409 2.3:+10102969 None:intergenic
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CATTCTGCAGCAGTTAGATA+TGG 0.416054 2.3:+10115725 None:intergenic
TGCAGAATGTATTATTTATG+AGG 0.421825 2.3:-10115711 MS.gene028901:intron
ATATGCTACAGAAACCTCTA+TGG 0.426517 2.3:-10115808 MS.gene028901:intron
GAAACTGTCGTCATCGTGGC+TGG 0.433664 2.3:-10112247 MS.gene028901:CDS
AGTTATCCTTGCTGATATGC+TGG 0.434668 2.3:-10113965 MS.gene028901:CDS
AAAGGCTTTCAATCTCTTTG+AGG 0.436125 2.3:+10107026 None:intergenic
TACCGTTGTCTCAATAATTA+CGG 0.436873 2.3:+10106945 None:intergenic
CAAAATATGGTCCCGAGGTA+TGG 0.440005 2.3:+10102982 None:intergenic
TTTGGTGGAATAGTTAATGC+TGG 0.445451 2.3:-10102774 MS.gene028901:CDS
TTGTGTATTTATTGCTCACT+TGG 0.445694 2.3:-10102955 MS.gene028901:CDS
CATTCTCCATTTGTGAAAAG+TGG 0.446899 2.3:+10104080 None:intergenic
CTGATATAATGTTGTACTAA+AGG 0.447292 2.3:+10111936 None:intergenic
CCGAGGTATGGCATCAAACT+TGG 0.451675 2.3:+10102994 None:intergenic
TGGAGTATGGGATGAATTGA+TGG 0.452448 2.3:-10102416 MS.gene028901:CDS
GTCTCAATATAGGAAGTTGC+GGG 0.454707 2.3:-10099211 MS.gene028901:intron
CAAGAATGTTGAGATTGATA+AGG 0.458845 2.3:-10103074 MS.gene028901:CDS
TGGGTTGATATTTGATGAGC+TGG 0.461926 2.3:-10107365 MS.gene028901:CDS
ATCCAAGGCGGCGAGCTCTT+GGG 0.462316 2.3:-10099180 MS.gene028901:intron
TCATACTTACATGTGTATCT+AGG 0.466207 2.3:+10111409 None:intergenic
ATCTCTTTGAGGTGGGTGAA+TGG 0.466868 2.3:+10107037 None:intergenic
TATGCAGGAACCCAAACATC+TGG 0.467390 2.3:+10111883 None:intergenic
AGCCGCCGCTCTCATCGATC+TGG 0.472849 2.3:-10117925 MS.gene028901:intron
GGCTTTCAATCTCTTTGAGG+TGG 0.475031 2.3:+10107029 None:intergenic
CTCTCGAATTGCAGGCTTTG+GGG 0.478818 2.3:-10112038 MS.gene028901:intron
TACCCAAGAGCTCGCCGCCT+TGG 0.491057 2.3:+10099178 None:intergenic
TATATACGGGACCCTTCATA+TGG 0.492074 2.3:+10114898 None:intergenic
GGTCTGTCGCTTCCAAATCT+GGG 0.492749 2.3:+10102748 None:intergenic
TTCAATTTGCTAGTCTCGGA+TGG 0.492860 2.3:-10102436 MS.gene028901:CDS
TTCTGGCCGTTACCATATGA+AGG 0.494676 2.3:-10114910 MS.gene028901:CDS
GAAGAAGAGCATCAACCCTC+TGG 0.497067 2.3:+10098762 None:intergenic
AAGTCCTATTAATTTATTGA+AGG 0.504646 2.3:-10114869 MS.gene028901:intron
TCACTAAATTCGATCTCCTC+TGG 0.506461 2.3:-10115980 MS.gene028901:CDS
TTTGTGATCACAGTGACAAT+TGG 0.512897 2.3:-10104630 MS.gene028901:intron
TAAAACCCTTACTTGTATGC+AGG 0.514020 2.3:+10111868 None:intergenic
TGTAAAACAAGTTTCTGAGA+TGG 0.518234 2.3:-10111472 MS.gene028901:CDS
ACTATTCAATTTGCTAGTCT+CGG 0.518503 2.3:-10102440 MS.gene028901:CDS
TGTGATGGAAATGATACTAA+AGG 0.519225 2.3:-10104706 MS.gene028901:CDS
GATGAATCCAGAAGTTGCTC+AGG 0.520269 2.3:+10116038 None:intergenic
TCGTACGAGAAGAGCTATGT+TGG 0.527493 2.3:-10111448 MS.gene028901:CDS
CTGCTTTCGCCTCGTAGCAA+AGG 0.529724 2.3:+10118023 None:intergenic
AAAAGTGGCAGACCATCATC+AGG 0.532876 2.3:+10104095 None:intergenic
AAGATTCCAGAAGGAGGATG+TGG 0.535794 2.3:-10107174 MS.gene028901:intron
TCGAGGAGGTGAACAAGTAC+AGG 0.539275 2.3:-10109604 MS.gene028901:intron
GGTAGAAAATCAAAAGCCAC+TGG 0.539752 2.3:+10113922 None:intergenic
TGCATTACACAGGCTGAAGA+TGG 0.540846 2.3:-10116071 MS.gene028901:intron
GCTTTCAATCTCTTTGAGGT+GGG 0.544244 2.3:+10107030 None:intergenic
ATCTCAACATTCTTGCAAGA+AGG 0.546221 2.3:+10103082 None:intergenic
GGATGACACTCATGATGTAA+AGG 0.547002 2.3:-10107344 MS.gene028901:intron
CAATGATTATCCAAATGGAA+TGG 0.547433 2.3:-10102467 MS.gene028901:CDS
AATGAAATATACATAGGTCC+AGG 0.547756 2.3:+10101266 None:intergenic
TTCGAAAACTATTGGCGGGA+TGG 0.551264 2.3:-10104669 MS.gene028901:CDS
AGAAAGTTGCCACAAAACTT+CGG 0.552406 2.3:+10103028 None:intergenic
TACAGGGTGGATATATGTGA+TGG 0.552962 2.3:-10104721 MS.gene028901:intron
AAAATCTATAGTTTCTCCAA+TGG 0.554406 2.3:+10104124 None:intergenic
GCTAGTCTCGGATGGAGTAT+GGG 0.557602 2.3:-10102428 MS.gene028901:CDS
GGAATCGCTTAACATACATC+AGG 0.557722 2.3:+10103049 None:intergenic
ATGGATTCGAAAACTATTGG+CGG 0.558501 2.3:-10104674 MS.gene028901:CDS
CTTTGCTGAAATAGATCTTG+AGG 0.558638 2.3:-10100860 MS.gene028901:CDS
TGGATTCGAAAACTATTGGC+GGG 0.559918 2.3:-10104673 MS.gene028901:CDS
TGCTCTCTATATGTCTCCAG+TGG 0.562017 2.3:-10113938 MS.gene028901:CDS
CAAGTTTGATGCCATACCTC+GGG 0.565671 2.3:-10102993 MS.gene028901:CDS
TGTCTCAATATAGGAAGTTG+CGG 0.568103 2.3:-10099212 MS.gene028901:intron
CGCAGCGATGCTATCACCTA+CGG 0.571895 2.3:-10117963 MS.gene028901:CDS
AACAAAATCACGAAGCCAGA+GGG 0.578384 2.3:-10098777 MS.gene028901:CDS
TGCTTTAAGATTCCAGAAGG+AGG 0.583288 2.3:-10107180 MS.gene028901:CDS
TCTATCTAGGCAAGAATGTG+TGG 0.586511 2.3:+10115772 None:intergenic
TCAATGTATTAGGCTATTCG+AGG 0.587830 2.3:-10109621 MS.gene028901:CDS
CATTGCTTTAAGATTCCAGA+AGG 0.591270 2.3:-10107183 MS.gene028901:CDS
AGGACTTCTCCAATATATAC+GGG 0.591654 2.3:+10114885 None:intergenic
CTTCTGGAATCTTAAAGCAA+TGG 0.594442 2.3:+10107184 None:intergenic
TTACGATAGTTTCAAGAGTG+AGG 0.596644 2.3:-10111668 MS.gene028901:intron
GAAGCTAATGAAATATACAT+AGG 0.596872 2.3:+10101260 None:intergenic
CGGGACCCTTCATATGGTAA+CGG 0.600319 2.3:+10114904 None:intergenic
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TTTCTCGTAGTTAGAACCGT+AGG 0.605338 2.3:+10117947 None:intergenic
TCAACATTCTTGCAAGAAGG+AGG 0.608151 2.3:+10103085 None:intergenic
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ATATATGGTGCAATTCTGAA+AGG 0.611657 2.3:+10113901 None:intergenic
TGCCGTAATTATTGAGACAA+CGG 0.612229 2.3:-10106947 MS.gene028901:intron
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CCAAGTTTGATGCCATACCT+CGG 0.613406 2.3:-10102994 MS.gene028901:CDS
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GAGGCAGCAGAAATTGGTGA+TGG 0.618998 2.3:-10100841 MS.gene028901:CDS
GATAGTCCTGAATTTCCTGG+AGG 0.621083 2.3:-10115937 MS.gene028901:intron
TTGCTACGAGGCGAAAGCAG+TGG 0.623774 2.3:-10118020 MS.gene028901:CDS
CTTGAAACTATCGTAAACAA+CGG 0.624926 2.3:+10111675 None:intergenic
AAACATGGTGCTCTTTACAA+AGG 0.628908 2.3:+10107008 None:intergenic
CAGATTCAGTATAAGAACAA+AGG 0.629070 2.3:+10106972 None:intergenic
AATTGGTGATGGAAATGACA+AGG 0.630414 2.3:-10100830 MS.gene028901:intron
CAAAATAACTAAGAGACCAG+AGG 0.639575 2.3:+10115964 None:intergenic
GGTTTAAGAAACCGTTCGCG+AGG 0.643206 2.3:-10117996 MS.gene028901:CDS
AAGGATAACTAACAGACAGA+AGG 0.645496 2.3:+10113978 None:intergenic
ACGAGAAACTGTCGTCATCG+TGG 0.649872 2.3:-10112251 MS.gene028901:CDS
GAACAAAATCACGAAGCCAG+AGG 0.652271 2.3:-10098778 MS.gene028901:CDS
GAGGATACTCATTAGCAGCA+AGG 0.659265 2.3:+10102727 None:intergenic
CATAAACCAGCATATCAGCA+AGG 0.664232 2.3:+10113959 None:intergenic
GGTCACTATGTATCCAAACA+TGG 0.670852 2.3:+10106993 None:intergenic
TTGCGGGAGAAAGATATCCA+AGG 0.673284 2.3:-10099195 MS.gene028901:CDS
AACCAGATCGATGAGAGCGG+CGG 0.675805 2.3:+10117923 None:intergenic
GACGGACTATACCTCGCGAA+CGG 0.678045 2.3:+10117985 None:intergenic
ATGTATTAGGCTATTCGAGG+AGG 0.681914 2.3:-10109618 MS.gene028901:CDS
AGTATGGGATGAATTGATGG+AGG 0.682882 2.3:-10102413 MS.gene028901:intron
ACGAACCAGATCGATGAGAG+CGG 0.684232 2.3:+10117920 None:intergenic
AGATGCAAAATATGGTCCCG+AGG 0.689742 2.3:+10102977 None:intergenic
GAGATGGAGCCTTTGCTACG+AGG 0.697248 2.3:-10118032 MS.gene028901:CDS
CGGGAGAAAGATATCCAAGG+CGG 0.775648 2.3:-10099192 MS.gene028901:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr2.3 gene 10098712 10118051 10098712 ID=MS.gene028901
chr2.3 mRNA 10098712 10118051 10098712 ID=MS.gene028901.t1;Parent=MS.gene028901
chr2.3 exon 10117926 10118051 10117926 ID=MS.gene028901.t1.exon1;Parent=MS.gene028901.t1
chr2.3 CDS 10117926 10118051 10117926 ID=cds.MS.gene028901.t1;Parent=MS.gene028901.t1
chr2.3 exon 10115938 10116081 10115938 ID=MS.gene028901.t1.exon2;Parent=MS.gene028901.t1
chr2.3 CDS 10115938 10116081 10115938 ID=cds.MS.gene028901.t1;Parent=MS.gene028901.t1
chr2.3 exon 10115712 10115819 10115712 ID=MS.gene028901.t1.exon3;Parent=MS.gene028901.t1
chr2.3 CDS 10115712 10115819 10115712 ID=cds.MS.gene028901.t1;Parent=MS.gene028901.t1
chr2.3 exon 10114870 10114965 10114870 ID=MS.gene028901.t1.exon4;Parent=MS.gene028901.t1
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chr2.3 exon 10113871 10114001 10113871 ID=MS.gene028901.t1.exon5;Parent=MS.gene028901.t1
chr2.3 CDS 10113871 10114001 10113871 ID=cds.MS.gene028901.t1;Parent=MS.gene028901.t1
chr2.3 exon 10112219 10112279 10112219 ID=MS.gene028901.t1.exon6;Parent=MS.gene028901.t1
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chr2.3 exon 10111880 10112046 10111880 ID=MS.gene028901.t1.exon7;Parent=MS.gene028901.t1
chr2.3 CDS 10111880 10112046 10111880 ID=cds.MS.gene028901.t1;Parent=MS.gene028901.t1
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chr2.3 CDS 10111419 10111496 10111419 ID=cds.MS.gene028901.t1;Parent=MS.gene028901.t1
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