AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene055806


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MS.gene055806.t1 MTR_2g090380 97.558 737 18 0 1 737 1 737 0.0 1467
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MS.gene055806.t1 AT4G03560 67.168 731 232 5 1 730 1 724 0.0 1023

Find 163 sgRNAs with CRISPR-Local

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CTCTAGTAGTCTTAGGATTA+AGG 0.220562 2.1:+10608766 None:intergenic
AACCCAAACATCTGGATTAT+TGG 0.252156 2.1:+10621741 None:intergenic
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TGACACATACTTAAATATAT+TGG 0.274262 2.1:-10622068 MS.gene055806:intron
TGGTATACCTGAGCAACTTC+TGG 0.274322 2.1:-10630505 MS.gene055806:CDS
TCCTAGTCTCGGATGGAGTA+TGG 0.276427 2.1:-10612750 MS.gene055806:CDS
AGGTCTGTCGCTTCCAAATC+TGG 0.277776 2.1:+10613068 None:intergenic
CAGAGCTATAAGGATTTAAC+TGG 0.282577 2.1:-10611624 MS.gene055806:CDS
AATTCAGCTCTAGTAGTCTT+AGG 0.288770 2.1:+10608759 None:intergenic
ATACTAAAGGTTTATTCATA+TGG 0.292444 2.1:-10615012 MS.gene055806:CDS
CTTTGTTCTTATACTGAATC+TGG 0.307781 2.1:-10617218 MS.gene055806:CDS
TACAAACCTCCAGGAAATTC+AGG 0.314181 2.1:+10630391 None:intergenic
TAGGACTTCTCCAATATATA+CGG 0.319250 2.1:+10624729 None:intergenic
AACTTACCACATCCTCCTTC+TGG 0.319467 2.1:+10617415 None:intergenic
GATCTTGAGGCAGCAGAAAT+TGG 0.323436 2.1:-10611177 MS.gene055806:CDS
TTCGTTCTGTTTGTGCTGAT+TGG 0.325042 2.1:-10621577 MS.gene055806:CDS
CAGCCAATAATCCAGATGTT+TGG 0.343726 2.1:-10621744 MS.gene055806:CDS
TCAACAAAGATCAATGTATT+AGG 0.343974 2.1:-10619911 MS.gene055806:CDS
AAAAGAACAACTCTGATATA+TGG 0.352301 2.1:+10623725 None:intergenic
CATATGGATTCGAAAACTAT+TGG 0.353852 2.1:-10614996 MS.gene055806:CDS
TAATGCTGGAAACCCAGATT+TGG 0.358617 2.1:-10613081 MS.gene055806:CDS
ATGAAGGGTCCCGTATATAT+TGG 0.360725 2.1:-10624739 MS.gene055806:CDS
TCATATGCTGAGTGCTGAGC+TGG 0.377950 2.1:-10608996 MS.gene055806:CDS
AATAGTGTCACCATTCCATT+TGG 0.378266 2.1:+10612778 None:intergenic
AGCCAATAATCCAGATGTTT+GGG 0.378563 2.1:-10621743 MS.gene055806:CDS
TTCGTAAAGAGCACCATGTT+TGG 0.381964 2.1:-10617253 MS.gene055806:CDS
TATCCAAGGCGGCGAGCTCT+TGG 0.391587 2.1:-10609438 MS.gene055806:CDS
TGGGCTAATGAGATTATTCC+TGG 0.396188 2.1:-10608598 MS.gene055806:CDS
AATTTCAATGATTATCCAAA+TGG 0.397347 2.1:-10612793 MS.gene055806:CDS
CCGTCAGGAGGGAAATTTGT+AGG 0.398939 2.1:-10608735 MS.gene055806:intron
CAAGTGGTTGAGTTCACTTT+TGG 0.401002 2.1:-10615308 MS.gene055806:intron
TCTGATAGTCCTGAATTTCC+TGG 0.401216 2.1:-10630400 MS.gene055806:CDS
AAATCTCCGATGAAGAATTT+GGG 0.402778 2.1:-10617655 MS.gene055806:CDS
TTATTGCTCACTTGGTGTCC+AGG 0.404636 2.1:-10613268 MS.gene055806:intron
AATACACAAGATGCAAAATA+TGG 0.406409 2.1:+10613290 None:intergenic
AGGATTTAACTGGAACTTCC+TGG 0.414166 2.1:-10611614 MS.gene055806:CDS
CATTCTGCAGCAGTTAGATA+TGG 0.416054 2.1:+10630185 None:intergenic
TGCAGAATGTATTATTTATG+AGG 0.421825 2.1:-10630171 MS.gene055806:intron
ATATGCTACAGAAACCTCTA+TGG 0.426517 2.1:-10630268 MS.gene055806:intron
AAAAGTAATACTCTCTATCT+TGG 0.428004 2.1:+10630219 None:intergenic
GAAACTGTCGTCATCGTGGC+TGG 0.433664 2.1:-10622097 MS.gene055806:CDS
AGTTATCCTTGCTGATATGC+TGG 0.434668 2.1:-10623804 MS.gene055806:CDS
TCTAGTAGTCTTAGGATTAA+GGG 0.436458 2.1:+10608767 None:intergenic
TACCGTTGTCTCAATAATTA+CGG 0.436873 2.1:+10617192 None:intergenic
CAAAATATGGTCCCGAGGTA+TGG 0.440005 2.1:+10613303 None:intergenic
GAAGGCTTTCAATCTCTTTG+AGG 0.442821 2.1:+10617273 None:intergenic
TTTGGTGGAATAGTTAATGC+TGG 0.445451 2.1:-10613095 MS.gene055806:CDS
TTGTGTATTTATTGCTCACT+TGG 0.445694 2.1:-10613276 MS.gene055806:CDS
CATTCTCCATTTGTGAAAAG+TGG 0.446899 2.1:+10614389 None:intergenic
CTGATATAATGTTGTACTAA+AGG 0.450943 2.1:+10621786 None:intergenic
GGCTTTCAATCTCTTTGAGG+TGG 0.451398 2.1:+10617276 None:intergenic
CCGAGGTATGGCATCAAACT+TGG 0.451675 2.1:+10613315 None:intergenic
TGGAGTATGGGATGAATTGA+TGG 0.452448 2.1:-10612737 MS.gene055806:CDS
GTCTCAATATAGGAAGTTGC+GGG 0.454707 2.1:-10609468 MS.gene055806:intron
CAAGAATGTTGAGATTGATA+AGG 0.458845 2.1:-10613395 MS.gene055806:CDS
TGGGTTGATATTTGATGAGC+TGG 0.461926 2.1:-10617636 MS.gene055806:CDS
ATCCAAGGCGGCGAGCTCTT+GGG 0.462316 2.1:-10609437 MS.gene055806:intron
CTTAGGATTAAGGGTATTGA+AGG 0.463582 2.1:+10608776 None:intergenic
TCATACTTACATGTGTATCT+AGG 0.466207 2.1:+10621259 None:intergenic
ATCTCTTTGAGGTGGGTGAA+TGG 0.466868 2.1:+10617284 None:intergenic
TATGCAGGAACCCAAACATC+TGG 0.467390 2.1:+10621733 None:intergenic
AGCCGCCGCTCTCATCGATC+TGG 0.472849 2.1:-10632367 MS.gene055806:intron
GAAGAAGAGCGTCAACCCTC+TGG 0.475231 2.1:+10609020 None:intergenic
CTCTCGAATTTCAGGCTTTG+GGG 0.486506 2.1:-10621888 MS.gene055806:intron
TACCCAAGAGCTCGCCGCCT+TGG 0.491057 2.1:+10609435 None:intergenic
GGTCTGTCGCTTCCAAATCT+GGG 0.492749 2.1:+10613069 None:intergenic
CACTGTGCATATAGAATGGT+AGG 0.495053 2.1:-10608487 None:intergenic
TTTGTGATCACGGTGACAAT+TGG 0.501017 2.1:-10614949 MS.gene055806:intron
TTCTGGCCGTTATCACATGA+AGG 0.503500 2.1:-10624755 MS.gene055806:CDS
AAGTCCTATTAATTTATTGA+AGG 0.504646 2.1:-10624714 MS.gene055806:intron
CGGGACCCTTCATGTGATAA+CGG 0.505755 2.1:+10624749 None:intergenic
TCACTAAATTCGATCTCCTC+TGG 0.506461 2.1:-10630440 MS.gene055806:CDS
TAAAACCCTTACTTGTATGC+AGG 0.514020 2.1:+10621718 None:intergenic
TGTAAAACAAGTTTCTGAGA+TGG 0.518234 2.1:-10621322 MS.gene055806:CDS
TGTGATGGAAATGATACTAA+AGG 0.519225 2.1:-10615025 MS.gene055806:CDS
GATGAATCCAGAAGTTGCTC+AGG 0.520269 2.1:+10630498 None:intergenic
TTCAATATCCTAGTCTCGGA+TGG 0.523422 2.1:-10612757 MS.gene055806:CDS
CTGCTTTCGCCTCGTAGCAA+AGG 0.529724 2.1:+10632465 None:intergenic
AGCAGTGCTTTGCTTCTACC+AGG 0.531100 2.1:+10608580 None:intergenic
AAAAGTGGCAGACCATCATC+AGG 0.532876 2.1:+10614404 None:intergenic
CAATCACTGTGCATATAGAA+TGG 0.533761 2.1:-10608491 MS.gene055806:CDS
AAGATTCCAGAAGGAGGATG+TGG 0.535794 2.1:-10617421 MS.gene055806:intron
GCTTTCAATCTCTTTGAGGT+GGG 0.536808 2.1:+10617277 None:intergenic
TCGAGGAGTTGAACAAGTAC+AGG 0.539275 2.1:-10619884 MS.gene055806:intron
CCTAGTCTCGGATGGAGTAT+GGG 0.539458 2.1:-10612749 MS.gene055806:CDS
GGTAGAAAATCAAAAGCCAC+TGG 0.539752 2.1:+10623761 None:intergenic
AAACAGCTCCAGTGTATGAA+TGG 0.540589 2.1:+10608515 None:intergenic
TGCATTACACAGGCTGAAGA+TGG 0.540846 2.1:-10630531 MS.gene055806:intron
ACTAGAGCTGAATTGCCGTC+AGG 0.541776 2.1:-10608750 MS.gene055806:CDS
TATCAACCCAAATTCTTCAT+CGG 0.543669 2.1:+10617649 None:intergenic
TCGTATGAGAAGAGCTATGT+TGG 0.545566 2.1:-10621298 MS.gene055806:CDS
ATCTCAACATTCTTGCAAGA+AGG 0.546221 2.1:+10613403 None:intergenic
GGATGACACTCATGATGTAA+AGG 0.547002 2.1:-10617615 MS.gene055806:intron
CAATGATTATCCAAATGGAA+TGG 0.547433 2.1:-10612788 MS.gene055806:CDS
AATGAAATATACATAGGTCC+AGG 0.547756 2.1:+10611596 None:intergenic
TTCGAAAACTATTGGCGGGA+TGG 0.551264 2.1:-10614988 MS.gene055806:CDS
AGAAAGTTGCCACAAAACTT+CGG 0.552406 2.1:+10613349 None:intergenic
TACAGGGTGGATATATGTGA+TGG 0.552962 2.1:-10615040 MS.gene055806:intron
AAAATCTATAGTTTCTCCAA+TGG 0.554406 2.1:+10614433 None:intergenic
GGAATCGCTTAACATACATC+AGG 0.557722 2.1:+10613370 None:intergenic
ATGGATTCGAAAACTATTGG+CGG 0.558501 2.1:-10614993 MS.gene055806:CDS
CTTTGCTGAAATAGATCTTG+AGG 0.558638 2.1:-10611190 MS.gene055806:CDS
TGGATTCGAAAACTATTGGC+GGG 0.559918 2.1:-10614992 MS.gene055806:CDS
TGCTCTGTATATGTCTCCAG+TGG 0.562017 2.1:-10623777 MS.gene055806:CDS
CCCATACTCCATCCGAGACT+AGG 0.562086 2.1:+10612749 None:intergenic
CAAGTTTGATGCCATACCTC+GGG 0.565671 2.1:-10613314 MS.gene055806:CDS
TGTCTCAATATAGGAAGTTG+CGG 0.568103 2.1:-10609469 MS.gene055806:intron
CGCAGCGATGCTATCACCTA+CGG 0.571895 2.1:-10632405 MS.gene055806:CDS
ACCAAAATACAGAGGAATGT+AGG 0.574002 2.1:+10608557 None:intergenic
AACAAAATCACGAAGCCAGA+GGG 0.578384 2.1:-10609035 MS.gene055806:CDS
TGCTTTAAGATTCCAGAAGG+AGG 0.583288 2.1:-10617427 MS.gene055806:CDS
ACTATTCAATATCCTAGTCT+CGG 0.585429 2.1:-10612761 MS.gene055806:CDS
TCAATGTATTAGGCTATTCG+AGG 0.587830 2.1:-10619901 MS.gene055806:CDS
CATTGCTTTAAGATTCCAGA+AGG 0.591270 2.1:-10617430 MS.gene055806:CDS
AGGACTTCTCCAATATATAC+GGG 0.591654 2.1:+10624730 None:intergenic
AGAGCTGAATTGCCGTCAGG+AGG 0.594037 2.1:-10608747 MS.gene055806:CDS
CTTCTGGAATCTTAAAGCAA+TGG 0.594442 2.1:+10617431 None:intergenic
TTACGATAGTTTCAAGAGTG+AGG 0.596644 2.1:-10621518 MS.gene055806:intron
GAAGCTAATGAAATATACAT+AGG 0.596872 2.1:+10611590 None:intergenic
TGTACTATCCATTCATACAC+TGG 0.600426 2.1:-10608523 MS.gene055806:CDS
TCTATCTTGGCAAGAATGTG+TGG 0.601804 2.1:+10630232 None:intergenic
AGGTGATAGCATCGCTGCGA+CGG 0.603014 2.1:+10632409 None:intergenic
TTTCTCGTAGTTAGAACCGT+AGG 0.605338 2.1:+10632389 None:intergenic
GAGCTGAATTGCCGTCAGGA+GGG 0.607139 2.1:-10608746 MS.gene055806:CDS
TCAACATTCTTGCAAGAAGG+AGG 0.608151 2.1:+10613406 None:intergenic
TCTGGCCGTTATCACATGAA+GGG 0.610645 2.1:-10624754 MS.gene055806:CDS
ACACAGGCTGAAGATGGTGT+TGG 0.611124 2.1:-10630525 MS.gene055806:intron
ATATATGGTGCAATTCTGAA+AGG 0.611657 2.1:+10623740 None:intergenic
TGCCGTAATTATTGAGACAA+CGG 0.612229 2.1:-10617194 MS.gene055806:intron
CTACGAGGCGAAAGCAGTGG+CGG 0.612864 2.1:-10632459 MS.gene055806:CDS
CCAAGTTTGATGCCATACCT+CGG 0.613406 2.1:-10613315 MS.gene055806:CDS
CATATGCTGAGTGCTGAGCT+GGG 0.614737 2.1:-10608995 MS.gene055806:intron
GAGGCAGCAGAAATTGGTGA+TGG 0.618998 2.1:-10611171 MS.gene055806:CDS
GATAGTCCTGAATTTCCTGG+AGG 0.621083 2.1:-10630397 MS.gene055806:intron
TTGCTACGAGGCGAAAGCAG+TGG 0.623774 2.1:-10632462 MS.gene055806:CDS
CTTGAAACTATCGTAAACAA+CGG 0.624926 2.1:+10621525 None:intergenic
CAGATTCAGTATAAGAACAA+AGG 0.629070 2.1:+10617219 None:intergenic
AATTGGTGATGGAAATGACA+AGG 0.630414 2.1:-10611160 MS.gene055806:intron
CAAAATAACTAAGAGACCAG+AGG 0.639575 2.1:+10630424 None:intergenic
GGTTTAAGAAACCGTTCGCG+AGG 0.643206 2.1:-10632438 MS.gene055806:CDS
AAGGATAACTAACAGACAGA+AGG 0.645496 2.1:+10623817 None:intergenic
CCTACAAATTTCCCTCCTGA+CGG 0.646058 2.1:+10608735 None:intergenic
ACGAGAAACTGTCGTCATCG+TGG 0.649872 2.1:-10622101 MS.gene055806:CDS
GAACAAAATCACGAAGCCAG+AGG 0.652271 2.1:-10609036 MS.gene055806:CDS
AAACATGGTGCTCTTTACGA+AGG 0.653036 2.1:+10617255 None:intergenic
GAGGATACTCATTAGCAGCA+AGG 0.659265 2.1:+10613048 None:intergenic
CATAAACCAGCATATCAGCA+AGG 0.664232 2.1:+10623798 None:intergenic
GGTCACTATGTATCCAAACA+TGG 0.670852 2.1:+10617240 None:intergenic
TTGCGGGAGAAAGATATCCA+AGG 0.673284 2.1:-10609452 MS.gene055806:CDS
AACCAGATCGATGAGAGCGG+CGG 0.675805 2.1:+10632365 None:intergenic
GACGGACTATACCTCGCGAA+CGG 0.678045 2.1:+10632427 None:intergenic
AGTATGGGATGAATTGATGG+AGG 0.682882 2.1:-10612734 MS.gene055806:intron
ACGAACCAGATCGATGAGAG+CGG 0.684232 2.1:+10632362 None:intergenic
AGATGCAAAATATGGTCCCG+AGG 0.689742 2.1:+10613298 None:intergenic
GAGATGGAGCCTTTGCTACG+AGG 0.697248 2.1:-10632474 MS.gene055806:CDS
ACTGTGCATATAGAATGGTA+GGG 0.701839 2.1:-10608486 None:intergenic
AAACCAGAACCAAAATACAG+AGG 0.704747 2.1:+10608549 None:intergenic
CGGGAGAAAGATATCCAAGG+CGG 0.775648 2.1:-10609449 MS.gene055806:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr2.1 gene 10608488 10632493 10608488 ID=MS.gene055806
chr2.1 mRNA 10608488 10632493 10608488 ID=MS.gene055806.t1;Parent=MS.gene055806
chr2.1 exon 10632368 10632493 10632368 ID=MS.gene055806.t1.exon1;Parent=MS.gene055806.t1
chr2.1 CDS 10632368 10632493 10632368 ID=cds.MS.gene055806.t1;Parent=MS.gene055806.t1
chr2.1 exon 10630398 10630541 10630398 ID=MS.gene055806.t1.exon2;Parent=MS.gene055806.t1
chr2.1 CDS 10630398 10630541 10630398 ID=cds.MS.gene055806.t1;Parent=MS.gene055806.t1
chr2.1 exon 10630172 10630279 10630172 ID=MS.gene055806.t1.exon3;Parent=MS.gene055806.t1
chr2.1 CDS 10630172 10630279 10630172 ID=cds.MS.gene055806.t1;Parent=MS.gene055806.t1
chr2.1 exon 10624715 10624810 10624715 ID=MS.gene055806.t1.exon4;Parent=MS.gene055806.t1
chr2.1 CDS 10624715 10624810 10624715 ID=cds.MS.gene055806.t1;Parent=MS.gene055806.t1
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