AlfalfaGEDB | MS.gene37179

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene37179

KEGG: -
GO: -
PFAM: PF14222.9 PF14225.9 PF14228.9

Nr:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene37179.t1	XP_013451145.1	99.4	2142	12	0	1	2142	1	2142	0.00E+00	4253.4

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Swissprot:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene37179.t1	O94915	21.1	2007	1177	59	10	1750	16	1881	8.9e-67	258.1

Showing 1 to 1 of 1 entries

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Trembl:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene37179.t1	A0A072UHB3	99.4	2142	12	0	1	2142	1	2142	0.0e+00	4253.4

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Network:

Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
No data available in table

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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
MS.gene039069	MS.gene37179	PPI
MS.gene040531	MS.gene37179	PPI
MS.gene54132	MS.gene37179	PPI

Showing 1 to 3 of 3 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene37179.t1	MTR_6g016215	99.440	2142	12	0	1	2142	1	2142	0.0	4403

Showing 1 to 1 of 1 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene37179.t1	AT5G15680	84.840	2157	306	12	1	2141	1	2152	0.0	3706

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Find 542 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAACGAGGAAGCATGATGT+GGG	0.611040	6.2:+11098601	MS.gene37179:CDS
AAAAGTCCTTTACTAACAAG+AGG	0.539198	6.2:-11099235	None:intergenic
AAACACTTAGCATCATTAAC+GGG	0.526691	6.2:+11089284	MS.gene37179:CDS
AAACATTCGACTTTGGCATT+TGG	0.333619	6.2:+11099607	MS.gene37179:CDS
AAACCAAAATACTGACTTGT+GGG	0.457474	6.2:-11090338	None:intergenic
AAACCAGTAAGCCCCTCTTG+TGG	0.657287	6.2:-11086637	None:intergenic
AAAGCTGCTTGAAAAGGGAC+CGG	0.555767	6.2:+11099639	MS.gene37179:CDS
AAAGCTTCAAGAAGTGGAAC+AGG	0.467128	6.2:-11083945	None:intergenic
AAAGGCCAGTGGCCACCTTC+TGG	0.300086	6.2:+11089564	MS.gene37179:CDS
AAAGTCTTTACTATGTAACA+TGG	0.641717	6.2:+11097547	MS.gene37179:CDS

Showing 1 to 10 of 542 entries

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr6.2	gene	11083651	11100134	11083651	ID=MS.gene37179
chr6.2	mRNA	11083651	11100134	11083651	ID=MS.gene37179.t1;Parent=MS.gene37179
chr6.2	exon	11083651	11083746	11083651	ID=MS.gene37179.t1.exon1;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	CDS	11083651	11083746	11083651	ID=cds.MS.gene37179.t1;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	exon	11083867	11083985	11083867	ID=MS.gene37179.t1.exon2;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	CDS	11083867	11083985	11083867	ID=cds.MS.gene37179.t1;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	exon	11086375	11086420	11086375	ID=MS.gene37179.t1.exon3;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	CDS	11086375	11086420	11086375	ID=cds.MS.gene37179.t1;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	exon	11086583	11086655	11086583	ID=MS.gene37179.t1.exon4;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	CDS	11086583	11086655	11086583	ID=cds.MS.gene37179.t1;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	exon	11086765	11086822	11086765	ID=MS.gene37179.t1.exon5;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	CDS	11086765	11086822	11086765	ID=cds.MS.gene37179.t1;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	exon	11087746	11087841	11087746	ID=MS.gene37179.t1.exon6;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	CDS	11087746	11087841	11087746	ID=cds.MS.gene37179.t1;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	exon	11089210	11089327	11089210	ID=MS.gene37179.t1.exon7;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	CDS	11089210	11089327	11089210	ID=cds.MS.gene37179.t1;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	exon	11089414	11089680	11089414	ID=MS.gene37179.t1.exon8;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	CDS	11089414	11089680	11089414	ID=cds.MS.gene37179.t1;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	exon	11089766	11089867	11089766	ID=MS.gene37179.t1.exon9;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	CDS	11089766	11089867	11089766	ID=cds.MS.gene37179.t1;Parent=MS.gene37179.t1
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chr6.2	CDS	11090017	11090374	11090017	ID=cds.MS.gene37179.t1;Parent=MS.gene37179.t1
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chr6.2	exon	11094819	11094938	11094819	ID=MS.gene37179.t1.exon15;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	CDS	11094819	11094938	11094819	ID=cds.MS.gene37179.t1;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	exon	11095217	11095984	11095217	ID=MS.gene37179.t1.exon16;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	CDS	11095217	11095984	11095217	ID=cds.MS.gene37179.t1;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	exon	11097084	11100134	11097084	ID=MS.gene37179.t1.exon17;Parent=MS.gene37179.t1
chr6.2	CDS	11097084	11100134	11097084	ID=cds.MS.gene37179.t1;Parent=MS.gene37179.t1

Gene Sequence

>MS.gene37179

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