AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene40433

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Find 53 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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TGAGGATTGGAAGAAGTATA+TGG 0.432395 6.2:+76223946 MS.gene40433:CDS
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GTCGACAACGTCGCCGGAGA+AGG 0.501945 6.2:+76216773 MS.gene40433:CDS
CCGGAGAAGGGAACAAGTCA+TGG 0.519589 6.2:+76216786 MS.gene40433:CDS
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TCTTAAACAAGCATCAATGA+AGG 0.526752 6.2:+76222349 MS.gene40433:CDS
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GGTGCCGTCGACAACGTCGC+CGG 0.568256 6.2:+76216767 MS.gene40433:CDS
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ATCATCTTGTGGTAATAACA+TGG 0.577012 6.2:+76222486 MS.gene40433:CDS
CACAACATTGAATGATGCAT+GGG 0.590967 6.2:+76222388 MS.gene40433:CDS
TCTTTGTAAAATTGTTTGAA+CGG 0.597557 6.2:-76223575 None:intergenic
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AATGATGCATGGGCTGAACC+AGG 0.607742 6.2:+76222398 MS.gene40433:CDS
TTGTGTTGGCTTGGAGAACA+AGG 0.616497 6.2:+76223901 MS.gene40433:CDS
TGCAGGACACTGATATAATG+TGG 0.636069 6.2:+76223543 MS.gene40433:intron
TCATCTTGTGGTAATAACAT+GGG 0.641239 6.2:+76222487 MS.gene40433:CDS
ATGCACAACTATCCAAATGG+AGG 0.677945 6.2:+76223647 MS.gene40433:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr6.2 gene 76216743 76224033 76216743 ID=MS.gene40433
chr6.2 mRNA 76216743 76224033 76216743 ID=MS.gene40433.t1;Parent=MS.gene40433
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chr6.2 CDS 76216743 76216973 76216743 ID=cds.MS.gene40433.t1;Parent=MS.gene40433.t1
chr6.2 exon 76222320 76222688 76222320 ID=MS.gene40433.t1.exon2;Parent=MS.gene40433.t1
chr6.2 CDS 76222320 76222688 76222320 ID=cds.MS.gene40433.t1;Parent=MS.gene40433.t1
chr6.2 exon 76223548 76224033 76223548 ID=MS.gene40433.t1.exon3;Parent=MS.gene40433.t1
chr6.2 CDS 76223548 76224033 76223548 ID=cds.MS.gene40433.t1;Parent=MS.gene40433.t1
Gene Sequence

>MS.gene40433

ATGAAGAATCAGTATGCTGCTGCTGGTGCCGTCGACAACGTCGCCGGAGAAGGGAACAAGTCATGGAAGTCAATTGGAACAGGAAGCCATGTTTTTGTGAAGAGGGTTATGCAAATGATTATGTTTCTTGTTGCTTTTGCTGTGTTGTGGATGTTTCTTTATAACAATTCTGCTTCTCCTTTTGGTCTTCCTGCTACTATCTCACATTACTTCAATGGTATCTCTACACAAGTAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAAACTCTCTCTCTCTCTCTGTAAGATTGTAATTTGCAATTATAATTCTGGGTTTTGTGTGTTATTTTGTAAGTTAATCAAAAAGTTGATTTTTTTTGGGTTATTGATGTGTTTTGCTATTGAACCATTCAAAAAGTTGAATTTTTTAATTTTGTGTTATTTTTGTGGAACCAATTAAAAAGTTGAATTTCTTGTTTTTGATGGTTTTTCAGTTGATGTCTGCTTTGTTGTTGTGGGCCAATTTTGATTCTCCAAGTCAAACATGAACAGAAAAAAAAAAGTTTATAGTTTGAATGTTTTAATTTTTGTTTAAGAGTCTGTCTTCGAATAAAAGATGATCTGAATATATGTTTATACTCGATGCAATTATAACATCATAAACCGATTTTGTCGGGTTTTCTGCCTATTTTGTTTTTGAGTGGAGCTATTCACTGTTTCATTCATATTTTTTTTCTTCTTTTTTCCTCCACCTAAATAGTGATGATGATGTGTATAATAGTAGGATATTCTTTTTCTTTTGTCAAAATATTATTATTTTTTTATAACATCTAATATCATATTTGATCAACAAAAAGAAGAAAAAACTTATTGTTTTTTGTTAAACAAGATCATGTGAACTAAACTTGTATATTATTTAGTGATAAAATTGAAGAGAAATTTTTAAGATTTCTTGATAGAGATTAGAAGATTCATTGATTTGGAATGAGAAAATAAGGGCTAGTAGAAAATAGGTACTAGTGGCGTGTGGGGCTTAATTTGAGTACTTTAATGACATAAAAAGATTACGTTTGCTGATTGGGATATGCATCTTTTTCAGCAGACTCTTAAGGGGTAAAGTTTTCTGTATTTTCTCAATTTTAATTTTGGATTTTGGCACCATTCGGAATTGTGTGAGGAGGAAGAGGAAGTCTTTTTCTCATGCCCATTTTTATAATATTCCTTGAAGTATAGAATTGTATAATTTGTTTGTGATTATCATAAGTTTTATTTTACAAATCATAGCAAGTTTTTTTTTTTTTTAGAGGAAAATAATAAGCAAGTTGTGATTGGTATCTTTTTTCTTGTATAATCTAAATATAAAATTACTTAAAATAGTTTTAGTGAAAAAGGTATTAAGGAAGGAGGAACTTATTATTAGAATAATTTAATTAATTAGTTATGAAAAAAGTAAAAATTTAATTAGAATACTCCCTCCGTCCCGGAATAACTGACCCATTTTCTAAAAAAAAGTGTCCTAAAATAACCGACTCATTTCAATTTTCAATACAACTTTCATCATTCCCAATACAATATAACACTAAATAATACTACTTTTATCATTCTCAATACAATATATTCCACTTTTCCCTTTATTTATACACTTTTCTTAATCTGTGTGAAAAACCAAAGTAGGTCAATTATACCGGGACGGAGGTAGTATTATTTATTTAAGGATTTTTTTTTTTTGAATCCATTAAACGACTTTTATGCGTGTGTATCTGATTGTGCAAAAAACATTCAATCACACTATTATGTCACTTCCTAAATTATCACAACATTAATTAATTTACACTTATAATATACAAAAGTTTTTAATCTTATTACTTGTTTTTGTTTATGAATCTTTGTATTTATCATATAAGATTTCTGTAAATTGTATGATCAGACAAAAATCATATTATTGGATTAATTATTCCGTGACACATTTAACCTTAATTAAAAAACAAATTTAATGTACCAAAAAAATAAATTAAAACCTTTTCACATTGCCATGGTTCTTAATTTTGATAGACCGTTGTTTCCAACGTGTTGAGTGCTTCAACTTTCAACCCTGCATCAATTGATATTTTTTCTTGAATTGTTCCCCATTTCCCCACATTCTAGAAACCTCCTAAAATGTAAACATATCCACAAGGAGAATAGGAGATACATGAAGAGGGTGCTGCGAAACAACGAGTCTCAAAGAGGTTGAAGCACCTACTTAACCTAACCATCTTCTACAAAATTATTTTCACGTAATGTATGAGTCAACTCGACATCACAATTCAAAAGAATAAGATGTTTGATGGCTTATAACGCTCTTAACATGATATATTATACGAGTTATGAACTGCGTATCAAAAAGCAGGGTTTGAAAATGAAATTTATAAATAACTTTATTTATTTATTTTCAAATTGATCCTCTTAATGCATAAGCAAGAACCCAAACTCAACTCAAGACTGAAACTCAAATTTTAAAACTGAAAATTCTAAGACACAGCTAAAGACAACACTGACCGGGGCCTAATAATACGAATTCTTGTTTAGGGTTTTCAAATTATATAAACATTTTTATACATTTTAAAAAGATACTTGAAATAATTTTATCATTTTTAATTATAAGCAACAGTTAGTGAATATTCTACAACTAATCAATGTATAAAAAATTTGTACCTGTGAGCAATTTATCTGTCTTCTAAAGAATGCTTCAATAATCATATTAATTTTATATAAGCATGTTCTAAGCATCATTGATATGCTTCTCAGTTCCCGAACACGTGCATCTGTTGATTAATATTCTTTGCATCCAATATAAAATTTATTTTTTATGTCCTGTAACACATGTTATTCAATTCATTATTCATGCATATGTGGGGAAATAAACCTAAATCCCCATGATTCTTAAAAATAAATCAATTTTTGTTAAACAATTTCTAGTCTTTTATATTTGCTTTGACTGAGCAAAAGTGTTCTTCTTTCTAATTTTGGGTCAATAAATTCATGTATATGTTTTTACATTTTATCTTTCTCAATATGTTCATCAATTACAAACAAAATTTTGGAAGGAAAAAAAAACTTTTGGACTTGTTTTTATCCTCATTGTTACTGTTACGTGCTAGTAGTTTGACTCTTAGAATATTTTATGTAAAAAAATTTGAGGGAATATTTTATGTAAAATTCTGAGTTTGAATCTGGGACATTTTCCTTTTCATATATACTTATCTGAATGTATGTGTTCGCCACTAGACTAACATCAAAATAAAATAAAAATTGGTAGTTTCAAATTTTCATATTTAATATTGTTAATTTTATATTTGTTCTACCATTTTCACTTGTTAAGCTCTGTTTTTTTGGTTTCAATTATGAATTTCATCCAATATAATAATATAATAACAGTATAAAAGTCATTCATGTGGACCACATGTTATTTTATTGGTGACATAAGATCATTGACAGACTTAAATAAATTATTTAAAATGACCTGTGGTTTTGTGATTTAAGTTGAAAATGATAAACTTAAATACTTTGATAGATTTTGTCTGATCATAGATATCATTATAATATTGTATTTGTGCTCATAATTTTTTAGCACTTAAAATATAGAATTTAATTATCTCTTTTTTCATAATTATTAAACTCTAAAATATTATTGAAAAACTGATTTCAAATTATTCAGAATAAATTGTTATTTGTAATTTTTTTTGTTTTAATTTGTTTATATAGGTGTCATCTTTAGAACATCATTGCCTCAACTTGCATATTTACATTTTTTTTAAGGTAATGTTTTTGCATGTTTGTGACCATCTTGGTGAACCACGTGCTAACATATATAATTTCCATTGATCAGACATAACCAGCTGTACACATGGTTGTCCCAATGTAGACTAAGTGTTGACTGCTTGCTTTAATTTCAAATAAACATTACCAATCCACATTGTTCTATCATGATATTATTTATTGGTTAGAGATTAGAGAACTTTAAACTACCAATTTTATTGACATAGATGAAAATAATTGTGTTGGTAATGTTGTTTATGCCCACTTTACTCATTTAAGTAGGAATTCTGATTTCTTCATCACTGATACGATACGATACTGATTACATGTATTCATAGAGTCAACATATGAATGATTGTTGGATTGAAATCAGACAGTTAAGATTTTCATACGTATTAAGTTGAAAAATTGAGTTTGAAATTTGAACAACCTAATTTCGATTCAACGAACATCGATGTATTTACCTATTAAAAGGGTAATAAATGTAGTGAATTTGAATTCTTAATTGTTGGCAACTTGCAATATATCTATATGCAACTTACCATAAAACTAACTATAGAAGGCAATATATTAATTTGACTTTTTGGTAAATATTGTTCCATGATCCATAATGTCTACTATCCTTTTTATATTTTTGATATATAATATAGTGGGAAAGGAATAAAGGGATATATTTTCCTTGGCAGGATATTATTCTTTGAGGTTGCCATCCTCAATAATGGTGATATAGTGTCACACAAATCAGTTTCCACTCTATATTTCTATATATAGGCTCATAGGTGAGATTTTGAAGGTAATATGACATGTAGACCACTAAAAATTCATGTACAATTTTTACCTCAAATAGCCTTAGGAGCCACTTGTGTATATAAGTAAATGGAGGGGGGACCAACCATCTTGCGTTCATTGTATGTTTATCTATGTCTCAATTAATATGAATATGATGATATGTTATTGACTTCAAATTTGATGGCTTTAATGTACTTTTTGCACATCTATTCTTTTTGGATTTTTTTACCTAAATCCTAACCATTTTTTGATGTCATGAATTTTAACAAACCTCTATAAGCGCTCTTTGTGAAGAAATTCCTCTGAGCCCTGAGGCCTGCAATGACCCTGGTGGTTACCGGAGCCGAACCCACCTAAACTTTTTGTAACCAAAAAAGGATTGCTTTATCTCTTTATTATCTAGTTATAAGAAGCTAGTTGCTATTTTTTTGGTGTAGGA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Protein sequence

>MS.gene40433.t1

MKNQYAAAGAVDNVAGEGNKSWKSIGTGSHVFVKRVMQMIMFLVAFAVLWMFLYNNSASPFGLPATISHYFNGISTQEYYDPKLKSVLKQASMKGKTVIITTLNDAWAEPGSIFDQFLESFQIGGNQTQKLLDHLVVITWDQKAYSRCNALHKYCYQLQTKGDNFTNEAFFMTPTYLHMMWRRIEFLGAVLHLGYSFVFTDTDIMWLRDPFKQFYKDTDFQIACDYFNGNSYDMHNYPNGGFTYVKSNPRTIWFYKFWFNSRETYPTMHDQDVLNKIKMHPLITNKKLKIRFLSTSYFGGFCQSSKDFGKALTMHANCCVGLENKVNDLKILLEDWKKYMALPEDKRKTSHPSWSVPKSCR