AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0080048018.01

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MsG0080048018.01.T01 AT4G16920 32.593 270 143 5 592 840 880 1131 1.05e-22 105
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MsG0080048018.01.T01 AT1G27180 29.670 273 173 8 601 857 870 1139 5.48e-13 74.3
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MsG0080048018.01.T01 AT3G25510 31.579 361 196 15 554 899 576 900 8.25e-20 96.7
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MsG0080048018.01.T01 AT5G46490 33.647 532 312 13 11 521 67 578 2.67e-75 261
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MsG0080048018.01.T01 AT1G51270 32.164 171 110 5 12 178 357 525 2.33e-20 97.1
MsG0080048018.01.T01 AT5G45000 31.214 173 116 3 6 177 8 178 2.38e-20 95.5
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MsG0080048018.01.T01 AT1G51270 31.609 174 113 5 12 181 309 480 3.46e-20 96.7
MsG0080048018.01.T01 AT5G47280 23.317 609 374 25 212 764 10 581 3.50e-20 96.7
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MsG0080048018.01.T01 AT4G33300 24.154 650 368 33 213 800 202 788 1.06e-19 95.9
MsG0080048018.01.T01 AT1G51270 32.215 149 97 3 12 158 357 503 1.57e-19 94.4
MsG0080048018.01.T01 AT5G45220 34.532 139 89 2 12 150 330 466 2.28e-19 94.0
MsG0080048018.01.T01 AT5G45220 27.723 202 130 6 1 197 4 194 5.59e-12 70.5
MsG0080048018.01.T01 AT2G03030 30.357 168 109 4 15 178 9 172 1.60e-18 85.9
MsG0080048018.01.T01 AT1G57830 31.469 143 94 3 15 157 23 161 2.84e-18 84.0
MsG0080048018.01.T01 AT5G44900 31.469 143 96 2 12 154 17 157 4.77e-18 85.5
MsG0080048018.01.T01 AT1G60320 32.414 145 94 3 10 154 21 161 9.10e-18 82.4
MsG0080048018.01.T01 AT4G11340 29.648 199 127 6 12 209 223 409 9.18e-18 88.6
MsG0080048018.01.T01 AT1G65390 30.147 136 93 2 15 150 24 157 1.04e-17 84.7
MsG0080048018.01.T01 AT1G47370 32.105 190 116 6 5 187 2 185 3.56e-17 85.1
MsG0080048018.01.T01 AT1G65390 30.370 135 92 2 15 149 24 156 3.98e-17 84.0
MsG0080048018.01.T01 AT5G44920 34.286 140 81 4 15 145 13 150 4.02e-17 82.8
MsG0080048018.01.T01 AT5G66900 23.539 616 367 24 202 751 226 803 5.76e-17 87.0
MsG0080048018.01.T01 AT5G45080 32.298 161 107 1 15 175 17 175 9.98e-17 84.3
MsG0080048018.01.T01 AT5G66900 23.539 616 367 24 202 751 178 755 1.09e-16 85.9
MsG0080048018.01.T01 AT4G19050 28.364 275 176 7 595 856 595 861 1.10e-16 86.3
MsG0080048018.01.T01 AT4G19050 27.273 308 188 8 551 830 606 905 6.43e-16 84.0
MsG0080048018.01.T01 AT1G65390 30.370 135 92 2 15 149 24 156 2.27e-16 83.6
MsG0080048018.01.T01 AT1G57670 30.247 162 104 5 15 173 11 166 4.64e-16 82.0
MsG0080048018.01.T01 AT5G44910 28.082 146 103 1 9 154 7 150 9.38e-15 75.9
MsG0080048018.01.T01 AT4G19920 29.054 148 100 4 10 155 47 191 1.12e-14 76.3
MsG0080048018.01.T01 AT1G52900 37.255 102 60 1 13 114 38 135 2.02e-14 73.6
MsG0080048018.01.T01 AT1G61105 37.624 101 59 1 14 114 30 126 2.91e-14 72.8
MsG0080048018.01.T01 AT4G09435 27.653 311 172 9 573 851 27 316 3.60e-14 77.0
MsG0080048018.01.T01 AT4G09435 27.653 311 172 9 573 851 27 316 3.98e-14 77.0
MsG0080048018.01.T01 AT4G23510 27.513 189 120 5 3 178 2 186 5.63e-14 77.0
MsG0080048018.01.T01 AT4G23510 27.513 189 120 5 3 178 2 186 5.90e-14 76.6
MsG0080048018.01.T01 AT4G23510 27.513 189 120 5 3 178 2 186 7.13e-14 76.6
MsG0080048018.01.T01 AT3G50950 21.903 557 334 22 206 702 177 692 1.50e-13 75.9
MsG0080048018.01.T01 AT3G50950 21.903 557 334 22 206 702 177 692 1.50e-13 75.9
MsG0080048018.01.T01 AT5G47250 23.504 685 378 32 81 716 69 656 1.60e-13 75.9
MsG0080048018.01.T01 AT1G57850 29.825 114 77 2 47 160 32 142 3.60e-13 68.6
MsG0080048018.01.T01 AT1G53350 23.719 683 384 30 175 773 149 778 8.79e-13 73.6
MsG0080048018.01.T01 AT1G10920 26.440 382 191 20 175 492 26 381 2.68e-12 71.6
MsG0080048018.01.T01 AT1G10920 26.440 382 191 20 175 492 26 381 2.68e-12 71.6
MsG0080048018.01.T01 AT1G10920 26.440 382 191 20 175 492 26 381 2.68e-12 71.6
MsG0080048018.01.T01 AT4G19910 27.528 178 121 6 15 187 9 183 5.18e-12 67.8
MsG0080048018.01.T01 AT5G43730 26.935 323 180 16 153 443 115 413 5.92e-12 70.9
MsG0080048018.01.T01 AT5G43730 26.935 323 180 16 153 443 115 413 5.92e-12 70.9
MsG0080048018.01.T01 AT5G43730 26.935 323 180 16 153 443 115 413 5.92e-12 70.9
MsG0080048018.01.T01 AT5G43730 26.935 323 180 16 153 443 115 413 5.92e-12 70.9
MsG0080048018.01.T01 AT5G43730 26.935 323 180 16 153 443 115 413 5.92e-12 70.9
MsG0080048018.01.T01 AT5G04720 26.531 245 143 8 212 443 201 421 1.11e-11 69.7
MsG0080048018.01.T01 AT5G48620 23.614 487 273 25 184 597 161 621 1.48e-11 69.3
MsG0080048018.01.T01 AT5G48620 23.614 487 273 25 184 597 161 621 1.48e-11 69.3
MsG0080048018.01.T01 AT5G48620 23.614 487 273 25 184 597 161 621 1.48e-11 69.3
MsG0080048018.01.T01 AT5G48620 23.614 487 273 25 184 597 161 621 1.48e-11 69.3
MsG0080048018.01.T01 AT5G48620 23.614 487 273 25 184 597 161 621 1.48e-11 69.3
MsG0080048018.01.T01 AT5G48620 23.614 487 273 25 184 597 161 621 1.48e-11 69.3
MsG0080048018.01.T01 AT3G14470 23.985 517 311 23 196 650 181 677 2.96e-11 68.6
MsG0080048018.01.T01 AT3G14470 23.985 517 311 23 196 650 181 677 2.96e-11 68.6
MsG0080048018.01.T01 AT5G63020 21.809 564 317 19 183 701 150 634 3.77e-11 68.2
MsG0080048018.01.T01 AT1G58602 22.088 661 366 25 186 764 157 750 9.46e-11 67.0
MsG0080048018.01.T01 AT1G58602 22.088 661 366 25 186 764 157 750 9.46e-11 67.0

Find 203 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 327 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CTGATGTTATTGGGGAATTA+AGG 0.126250 contig171end:-21430 MsG0080048018.01.T01:CDS
CTTTGATATACCATTTAATT+TGG 0.137588 contig171end:-20704 MsG0080048018.01.T01:CDS
CATGTTGCTTGTTTCTTTAA+AGG 0.158130 contig171end:-23818 MsG0080048018.01.T01:CDS
TTGATGGCAAATATTATATT+TGG 0.169855 contig171end:-20669 MsG0080048018.01.T01:CDS
CTCTTTCTGATTTAGAATTA+TGG 0.171868 contig171end:+22821 None:intergenic
TCTCCACTGCTTGGCATTTC+GGG 0.176312 contig171end:+23943 None:intergenic
TCTGAAGTACCTGATGTTAT+TGG 0.190181 contig171end:-21440 MsG0080048018.01.T01:CDS
ATTTAATTTGGAACAGAAAA+TGG 0.193850 contig171end:-20692 MsG0080048018.01.T01:CDS
TGTCAGCATACTTATTTAAA+TGG 0.195729 contig171end:-21127 MsG0080048018.01.T01:CDS
ATCCAGATGAACCAGGATTT+TGG 0.214323 contig171end:-23631 MsG0080048018.01.T01:CDS
AGTCTGGTCTGCTTTGATTT+TGG 0.222245 contig171end:-21809 MsG0080048018.01.T01:CDS
CTCTCCACTGCTTGGCATTT+CGG 0.227689 contig171end:+23942 None:intergenic
TATAGTATTTAAGGTGATTC+AGG 0.230905 contig171end:-20830 MsG0080048018.01.T01:CDS
CCATTGGCAATTAGGGTAAT+AGG 0.244023 contig171end:-23980 MsG0080048018.01.T01:CDS
AAGGTCTTCCATTGGCAATT+AGG 0.246348 contig171end:-23988 MsG0080048018.01.T01:CDS
AAGATGACCCCATGCTTTAA+AGG 0.248495 contig171end:-21944 MsG0080048018.01.T01:CDS
CTGAAGTACCTGATGTTATT+GGG 0.249492 contig171end:-21439 MsG0080048018.01.T01:CDS
TTTATTAATCCCTTAAAATC+TGG 0.264632 contig171end:+21719 None:intergenic
ATGATAGATTGGAGAGTCTT+TGG 0.275645 contig171end:+21351 None:intergenic
CTTATCGACTTCCAGTAAAA+AGG 0.276649 contig171end:+20344 None:intergenic
TTAACTGGGATTCGATAATA+AGG 0.287573 contig171end:-20900 MsG0080048018.01.T01:CDS
CGCCACTATCTAACATTGTT+TGG 0.292630 contig171end:+20518 None:intergenic
GAGAGTCTTTGGATGGTAAA+AGG 0.294585 contig171end:+21362 None:intergenic
AGGTCTTCCATTGGCAATTA+GGG 0.303705 contig171end:-23987 MsG0080048018.01.T01:CDS
CCCCTTGGCACCGTCCTTCT+CGG 0.304159 contig171end:+20393 None:intergenic
AATTGAGCAACTGCATGATT+TGG 0.306362 contig171end:-24221 MsG0080048018.01.T01:CDS
ATTATGATTAGTCTACTTTC+CGG 0.313445 contig171end:+24175 None:intergenic
GGAGTAGGTTGTGGCTTTAC+CGG 0.314137 contig171end:-23610 MsG0080048018.01.T01:CDS
TGTGGATTGCATCCTGATAT+TGG 0.319342 contig171end:-23758 MsG0080048018.01.T01:CDS
AGGTCTGCTGATGACCTTAT+TGG 0.327058 contig171end:-24586 MsG0080048018.01.T01:CDS
TTTAGAGAGACTAAATTTAC+AGG 0.328470 contig171end:-21405 MsG0080048018.01.T01:CDS
CTCCAAAATCCTGGTTCATC+TGG 0.331073 contig171end:+23629 None:intergenic
AAGCGATTTGTCATCCTTGT+AGG 0.332165 contig171end:+25299 None:intergenic
GGTTTGATTACCGATTTAAC+TGG 0.332487 contig171end:-20915 MsG0080048018.01.T01:CDS
TGATGTTATTGGGGAATTAA+GGG 0.354255 contig171end:-21429 MsG0080048018.01.T01:CDS
GTAACCAGGGAAAACATAAA+AGG 0.358532 contig171end:-20541 MsG0080048018.01.T01:CDS
AACGAGTTTGTATTCCAATA+AGG 0.366460 contig171end:+24572 None:intergenic
TTCCATTCAGAAACTTTGTC+TGG 0.370126 contig171end:+25021 None:intergenic
TGCTTCATCAACATGGTGTT+TGG 0.370348 contig171end:-25193 MsG0080048018.01.T01:CDS
TGTCATGTGCATTCATCAAT+TGG 0.371049 contig171end:-21875 MsG0080048018.01.T01:CDS
CAAGTTTAGATATGATAGAT+TGG 0.372026 contig171end:+21340 None:intergenic
GAAACCGATCTCTTTAATCT+TGG 0.372431 contig171end:-20367 MsG0080048018.01.T01:CDS
AACTTGTTTCAATCTTCTAC+TGG 0.372759 contig171end:+25146 None:intergenic
CGTTGGCTGGATCAGCAGGC+TGG 0.377900 contig171end:-24984 MsG0080048018.01.T01:CDS
AGAGATTGAACAAATTGTTC+AGG 0.378065 contig171end:-24641 MsG0080048018.01.T01:CDS
GGATCAATGTCATAGAAAAC+AGG 0.383188 contig171end:+25117 None:intergenic
GGAGAGCTACCTTGGATAGA+TGG 0.385349 contig171end:-23925 MsG0080048018.01.T01:CDS
GATCAGCAGGCTGGGATGTC+AGG 0.390104 contig171end:-24975 MsG0080048018.01.T01:CDS
AAGTTATGATGGACTATCTA+AGG 0.390474 contig171end:-23861 MsG0080048018.01.T01:CDS
CATTATTATTCCTTGGCAAC+GGG 0.391108 contig171end:-20953 MsG0080048018.01.T01:CDS
AGAAGTGGAATTCCAATATC+AGG 0.399285 contig171end:+23746 None:intergenic
AAATCAACCTCCCTTACAAT+TGG 0.403483 contig171end:-20438 MsG0080048018.01.T01:CDS
ACAAAGGTGTTGCGGGTGTC+AGG 0.407308 contig171end:+25363 None:intergenic
TCAGAAACAAACCAATTGTA+AGG 0.407882 contig171end:+20427 None:intergenic
GTTCGTAAAGTTTACGAAGA+TGG 0.409102 contig171end:-24391 MsG0080048018.01.T01:CDS
TTATGATTAGTCTACTTTCC+GGG 0.410329 contig171end:+24176 None:intergenic
CTTTAATTGCCTGCAAAAGT+TGG 0.412077 contig171end:+25253 None:intergenic
ATACAATTCATAAATCTGTT+GGG 0.412592 contig171end:-21658 MsG0080048018.01.T01:CDS
GAGGTTTGTTTATAGATGAA+TGG 0.414430 contig171end:-20576 MsG0080048018.01.T01:CDS
AGATGACCCCATGCTTTAAA+GGG 0.415563 contig171end:-21943 MsG0080048018.01.T01:CDS
ATCCACAAGCATCTAGAATT+CGG 0.416060 contig171end:+23774 None:intergenic
TTATTAATCCCTTAAAATCT+GGG 0.416409 contig171end:+21720 None:intergenic
TAAATTTACAAATCTTCCGC+TGG 0.416469 contig171end:-21528 MsG0080048018.01.T01:CDS
TTGGAACAGAAAATGGTTGA+TGG 0.423357 contig171end:-20685 MsG0080048018.01.T01:CDS
ATGGTCAACAAAGGTGTTGC+GGG 0.426291 contig171end:+25356 None:intergenic
AGGTTTGTTTATAGATGAAT+GGG 0.427660 contig171end:-20575 MsG0080048018.01.T01:CDS
TTATCGAATCCCAGTTAAAT+CGG 0.428746 contig171end:+20905 None:intergenic
AGCAACTACCTTATTTGAAA+AGG 0.429241 contig171end:-21994 MsG0080048018.01.T01:CDS
TAGCAAGAATGGCAAGATAT+AGG 0.431371 contig171end:-24288 MsG0080048018.01.T01:CDS
CATACAATTCATAAATCTGT+TGG 0.431561 contig171end:-21659 MsG0080048018.01.T01:CDS
ACAGCAGCGTTGAACAACTA+TGG 0.439404 contig171end:-22593 MsG0080048018.01.T01:CDS
TGTTCAATCTCTTCAAACTC+TGG 0.445985 contig171end:+24652 None:intergenic
GGATTCGATAATAAGGATAA+AGG 0.446659 contig171end:-20893 MsG0080048018.01.T01:CDS
CTTAAATTCTTAAGCTTGAG+AGG 0.448121 contig171end:-21623 MsG0080048018.01.T01:CDS
TGGTATGGTTGAAAATTTGA+TGG 0.448492 contig171end:+22639 None:intergenic
AACATGGTGTTTGGATGAAA+TGG 0.449108 contig171end:-25184 MsG0080048018.01.T01:CDS
GCTTTGACATTATTATTCCT+TGG 0.453401 contig171end:-20960 MsG0080048018.01.T01:CDS
TTCAATTCAACAAGATGGTA+TGG 0.457747 contig171end:+22624 None:intergenic
ACAAAGTTTCTGAATGGAAG+AGG 0.460932 contig171end:-25017 MsG0080048018.01.T01:CDS
ACTTCGTTGGCTGGATCAGC+AGG 0.462514 contig171end:-24988 MsG0080048018.01.T01:CDS
CTGAGAGTTATGCGTCTCTC+TGG 0.462994 contig171end:-21764 MsG0080048018.01.T01:CDS
CTGCAAAAGTTGGAGTGAAA+TGG 0.463798 contig171end:+25263 None:intergenic
TCCTTCTGACATAGCAAGAA+TGG 0.465614 contig171end:-24299 MsG0080048018.01.T01:CDS
TTACAGGGTAATAACTTCAC+TGG 0.467032 contig171end:-21389 MsG0080048018.01.T01:CDS
CCTTTCACAATCTCTAAAGA+AGG 0.475913 contig171end:+20490 None:intergenic
AGGGCCATGACTTCGTTGGC+TGG 0.477207 contig171end:-24997 MsG0080048018.01.T01:CDS
AAAACAAAGTGGAGTGTATG+AGG 0.481341 contig171end:-25082 MsG0080048018.01.T01:CDS
CTTGTGTATACCTTCAGCTT+GGG 0.481460 contig171end:+21185 None:intergenic
GTACTTGAAGTAAGTTATGA+TGG 0.486335 contig171end:-23872 MsG0080048018.01.T01:CDS
TAGTGAGGAAAGCGATTGAT+GGG 0.487526 contig171end:+20777 None:intergenic
GAGTAGGTTGTGGCTTTACC+GGG 0.489031 contig171end:-23609 MsG0080048018.01.T01:CDS
CATGAAATGTTGCAAGAGTT+GGG 0.490168 contig171end:-23677 MsG0080048018.01.T01:CDS
AGTTGTTCAACGCTGCTGTA+AGG 0.491140 contig171end:+22597 None:intergenic
TATGCTCATCTCACTAGAAA+AGG 0.491170 contig171end:-25330 MsG0080048018.01.T01:CDS
TGAGTGTATTTCAAAACCTC+AGG 0.493858 contig171end:+24010 None:intergenic
GCCGAGAAGGACGGTGCCAA+GGG 0.493986 contig171end:-20394 MsG0080048018.01.T01:CDS
GCATGAAATGTTGCAAGAGT+TGG 0.494694 contig171end:-23678 MsG0080048018.01.T01:CDS
GTTGGCTGGATCAGCAGGCT+GGG 0.497397 contig171end:-24983 MsG0080048018.01.T01:CDS
TTAGTGAGGAAAGCGATTGA+TGG 0.498547 contig171end:+20776 None:intergenic
ACTACCTTATTTGAAAAGGA+TGG 0.499061 contig171end:-21990 MsG0080048018.01.T01:CDS
AAACTATGATCCTTTGAGCT+TGG 0.499431 contig171end:+24523 None:intergenic
GGATCCCGTGATCACAGATC+AGG 0.501500 contig171end:-21227 MsG0080048018.01.T01:CDS
ATATCGATGCATAGTTTATG+AGG 0.505015 contig171end:-24125 MsG0080048018.01.T01:CDS
CATAATTCTAAATCAGAAAG+AGG 0.505333 contig171end:-22820 MsG0080048018.01.T01:CDS
TTTGCATCCCTTTAAAGCAT+GGG 0.505909 contig171end:+21936 None:intergenic
ATCCAGACAAAGTTTCTGAA+TGG 0.506185 contig171end:-25023 MsG0080048018.01.T01:CDS
ACAACTATGGACAGATATCC+AGG 0.507396 contig171end:-22580 MsG0080048018.01.T01:intron
CTTGTTTCTTTAAAGGAGAG+AGG 0.519054 contig171end:-23811 MsG0080048018.01.T01:CDS
GCCATTCTTGCTATGTCAGA+AGG 0.519575 contig171end:+24298 None:intergenic
CTTGCAGAACTGTACCAGTC+TGG 0.520177 contig171end:-21825 MsG0080048018.01.T01:CDS
GATGTATTTATCAGTTTCAG+AGG 0.520552 contig171end:-25387 MsG0080048018.01.T01:CDS
ACATTATTATTCCTTGGCAA+CGG 0.522643 contig171end:-20954 MsG0080048018.01.T01:CDS
CCTTGTGTATACCTTCAGCT+TGG 0.525539 contig171end:+21184 None:intergenic
ATCTATAAACAAACCTCGGT+GGG 0.526706 contig171end:+20582 None:intergenic
GCAAATTCAATTCAACAAGA+TGG 0.529356 contig171end:+22619 None:intergenic
CAAGGTAGCTCTCCACTGCT+TGG 0.530236 contig171end:+23934 None:intergenic
CTTAATTCCCCAATAACATC+AGG 0.531775 contig171end:+21431 None:intergenic
AAAAGGTATTTCGACCTACA+AGG 0.532232 contig171end:-25313 MsG0080048018.01.T01:CDS
TTTGATGGCAAAGAAATGAA+AGG 0.532646 contig171end:+22654 None:intergenic
AGAAATGTCAGAATGCGGTC+AGG 0.533585 contig171end:+21578 None:intergenic
TCATGTGATGATGACCCAAA+AGG 0.533643 contig171end:-23579 MsG0080048018.01.T01:intron
GGCCAAACAATGTTAGATAG+TGG 0.533718 contig171end:-20520 MsG0080048018.01.T01:CDS
AGAAAATATCCCCGTTGCCA+AGG 0.533923 contig171end:+20943 None:intergenic
AGCCGAATTCTAGATGCTTG+TGG 0.534097 contig171end:-23776 MsG0080048018.01.T01:CDS
CAAGCAGTGGAGAGCTACCT+TGG 0.536164 contig171end:-23933 MsG0080048018.01.T01:CDS
AGCCGAGAAGGACGGTGCCA+AGG 0.540250 contig171end:-20395 MsG0080048018.01.T01:CDS
TTGATGGCAAAGAAATGAAA+GGG 0.544065 contig171end:+22655 None:intergenic
TGAAGTACCTGATGTTATTG+GGG 0.545741 contig171end:-21438 MsG0080048018.01.T01:CDS
CCTTCTTTAGAGATTGTGAA+AGG 0.546495 contig171end:-20490 MsG0080048018.01.T01:CDS
GAGATCGGTTTCTTTCCCCT+TGG 0.546660 contig171end:+20378 None:intergenic
TTGGGGAAGAAAATTGTTCG+AGG 0.547790 contig171end:-23659 MsG0080048018.01.T01:CDS
TCATCACATGATGAAAATCC+CGG 0.548511 contig171end:+23591 None:intergenic
ATAATCCTGATCTGTGATCA+CGG 0.549646 contig171end:+21222 None:intergenic
GATATTGATGTCGACTGTCT+CGG 0.550161 contig171end:-20865 MsG0080048018.01.T01:CDS
CACAACCTACTCCAAAATCC+TGG 0.555894 contig171end:+23620 None:intergenic
AAATTTACAAATCTTCCGCT+GGG 0.564391 contig171end:-21527 MsG0080048018.01.T01:CDS
GTTTGATTACCGATTTAACT+GGG 0.565203 contig171end:-20914 MsG0080048018.01.T01:CDS
TAATCCTGATCTGTGATCAC+GGG 0.566527 contig171end:+21223 None:intergenic
AAGGCCAAGATTAAAGAGAT+CGG 0.571515 contig171end:+20363 None:intergenic
TGATGAAGATGAAGCCGAGA+AGG 0.574319 contig171end:-20407 MsG0080048018.01.T01:CDS
TATTAATCCCTTAAAATCTG+GGG 0.574371 contig171end:+21721 None:intergenic
GTTTGTTTATAGATGAATGG+GGG 0.574666 contig171end:-20573 MsG0080048018.01.T01:CDS
TAGGGAATTAGAAAGAAATG+AGG 0.578484 contig171end:+22701 None:intergenic
ATTCCACAAAAGATAGCGTA+GGG 0.579834 contig171end:+22683 None:intergenic
TCAGGCAAATGTTCAAGACT+AGG 0.580312 contig171end:+21308 None:intergenic
CCTATTACCCTAATTGCCAA+TGG 0.582644 contig171end:+23980 None:intergenic
AAAATCAAAGCAGACCAGAC+TGG 0.584414 contig171end:+21811 None:intergenic
GAAGAGGGCCATGACTTCGT+TGG 0.585523 contig171end:-25001 MsG0080048018.01.T01:CDS
GATGGTCAACAAAGGTGTTG+CGG 0.585829 contig171end:+25355 None:intergenic
TTGCATCCCTTTAAAGCATG+GGG 0.588703 contig171end:+21937 None:intergenic
CATTCCACAAAAGATAGCGT+AGG 0.589683 contig171end:+22682 None:intergenic
AATTGGGTCATAAATTCTCA+AGG 0.590526 contig171end:-24606 MsG0080048018.01.T01:CDS
TGATCCAGCCAACGAAGTCA+TGG 0.592168 contig171end:+24993 None:intergenic
TACAATTCATAAATCTGTTG+GGG 0.593931 contig171end:-21657 MsG0080048018.01.T01:CDS
TAGATTGGAGAGTCTTTGGA+TGG 0.597043 contig171end:+21355 None:intergenic
CAACATTATCAAGAACTACA+AGG 0.597690 contig171end:+24248 None:intergenic
AAAAGACAACGATAGAAACT+CGG 0.598449 contig171end:+25226 None:intergenic
CTCTGTTTCTATAACCATGA+GGG 0.599541 contig171end:+21159 None:intergenic
CAGAAACAAACCAATTGTAA+GGG 0.599741 contig171end:+20428 None:intergenic
GATGACAAATCGCTTCAGAA+AGG 0.601657 contig171end:-25291 MsG0080048018.01.T01:CDS
ATACACTCAAGGTCTTCCAT+TGG 0.605239 contig171end:-23996 MsG0080048018.01.T01:CDS
GAAGATGAAGCCGAGAAGGA+CGG 0.606290 contig171end:-20403 MsG0080048018.01.T01:CDS
TAGTGAGATGAGCATAGAGA+TGG 0.608853 contig171end:+25337 None:intergenic
ACTATTCTTCCATCTATCCA+AGG 0.611819 contig171end:+23916 None:intergenic
GGAGAACATCCAGATGAACC+AGG 0.611834 contig171end:-23638 MsG0080048018.01.T01:CDS
AAGATTATGCTTCATCAACA+TGG 0.614981 contig171end:-25200 MsG0080048018.01.T01:CDS
AAAGACAACGATAGAAACTC+GGG 0.615895 contig171end:+25227 None:intergenic
AAACAAACCAATTGTAAGGG+AGG 0.617455 contig171end:+20431 None:intergenic
AATGATCGATCATATTCAGT+CGG 0.618033 contig171end:-21272 MsG0080048018.01.T01:CDS
CGTAAAGTTTACGAAGATGG+AGG 0.620162 contig171end:-24388 MsG0080048018.01.T01:CDS
CAAAGTTTCTGAATGGAAGA+GGG 0.620244 contig171end:-25016 MsG0080048018.01.T01:CDS
GGGGTTGAGCGTCGTAACCA+GGG 0.621185 contig171end:-20554 MsG0080048018.01.T01:CDS
TGGATCGTGTTTGAATAGCT+CGG 0.622917 contig171end:+25041 None:intergenic
TCTCATGTAAGAAAACAAAG+TGG 0.625840 contig171end:-25093 MsG0080048018.01.T01:CDS
AAAACGATGTGGCATTAGTG+AGG 0.630509 contig171end:+20762 None:intergenic
AAGCCACATCGGAAGTGATG+AGG 0.632559 contig171end:+20979 None:intergenic
CCAAGCTGAAGGTATACACA+AGG 0.636236 contig171end:-21184 MsG0080048018.01.T01:CDS
AAAACAAGTATTGCTTCACC+CGG 0.639272 contig171end:-24194 MsG0080048018.01.T01:CDS
AAATCTTGAGTATCTTGACA+TGG 0.646481 contig171end:-21699 MsG0080048018.01.T01:CDS
TTAGAGAGACTAAATTTACA+GGG 0.648700 contig171end:-21404 MsG0080048018.01.T01:CDS
GCTTGAATAATCACTTACGA+AGG 0.653518 contig171end:+24054 None:intergenic
CATCTATAAACAAACCTCGG+TGG 0.653763 contig171end:+20581 None:intergenic
ATTCATCTATAAACAAACCT+CGG 0.654545 contig171end:+20578 None:intergenic
GTATACACAAGGTTCCCTCA+TGG 0.654913 contig171end:-21173 MsG0080048018.01.T01:CDS
GAACCTCATCACTTCCGATG+TGG 0.655288 contig171end:-20982 MsG0080048018.01.T01:CDS
GATCAATGTCATAGAAAACA+GGG 0.658012 contig171end:+25118 None:intergenic
ATTATTATTCCTTGGCAACG+GGG 0.660008 contig171end:-20952 MsG0080048018.01.T01:CDS
CCTCATGGTTATAGAAACAG+AGG 0.661174 contig171end:-21158 MsG0080048018.01.T01:CDS
AGGGAATTAGAAAGAAATGA+GGG 0.662833 contig171end:+22702 None:intergenic
AGTGAGGAAAGCGATTGATG+GGG 0.663295 contig171end:+20778 None:intergenic
CTTATGACATTAGATCTGTG+CGG 0.664171 contig171end:-21557 MsG0080048018.01.T01:CDS
GGTTTGTTTATAGATGAATG+GGG 0.665293 contig171end:-20574 MsG0080048018.01.T01:CDS
CCTCTGTTTCTATAACCATG+AGG 0.669332 contig171end:+21158 None:intergenic
AGCATAGAGATGGTCAACAA+AGG 0.670388 contig171end:+25347 None:intergenic
TTTCCCGAAATGCCAAGCAG+TGG 0.671832 contig171end:-23946 MsG0080048018.01.T01:CDS
TCATAAGAAATGTCAGAATG+CGG 0.673909 contig171end:+21573 None:intergenic
TAGATGGAAGAATAGTCCGC+CGG 0.679172 contig171end:-23909 MsG0080048018.01.T01:CDS
CCGAGAAGGACGGTGCCAAG+GGG 0.681730 contig171end:-20393 MsG0080048018.01.T01:CDS
TAATAATGTCAAAGCCACAT+CGG 0.687003 contig171end:+20968 None:intergenic
ATGAAATGTTGCAAGAGTTG+GGG 0.696115 contig171end:-23676 MsG0080048018.01.T01:CDS
ATCACATTTAAAGCCCACCG+AGG 0.731069 contig171end:-20595 MsG0080048018.01.T01:CDS
ATTGTGAAAGGAAATCAAAG+CGG 0.750406 contig171end:-20478 MsG0080048018.01.T01:CDS
TTACTGAACATAGATCCCAG+CGG 0.852423 contig171end:+21512 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAAATATATTATATATTCCA+TGG - contig171end:23313-23332 MsG0080048018.01.T01:intron 10.0%
!! TGTTAGAAATATAAAAAAAT+CGG + contig171end:22235-22254 None:intergenic 10.0%
!!! TAATATATTTTTTCTTTGAA+AGG + contig171end:23304-23323 None:intergenic 10.0%
!! AATTTAGATAATATGTTTAC+AGG + contig171end:22507-22526 None:intergenic 15.0%
!! TAAAAATGTAAAACAACAAA+AGG + contig171end:20846-20865 None:intergenic 15.0%
!!! TCTATTTTGTATAGTATTTA+AGG - contig171end:24932-24951 MsG0080048018.01.T01:intron 15.0%
!!! TTAAATCATAAGAATTTTTC+AGG - contig171end:23042-23061 MsG0080048018.01.T01:intron 15.0%
!! AATTTATCAACTGTTTACTT+GGG + contig171end:23247-23266 None:intergenic 20.0%
!! AGTATTGTTGTATTAAACAT+AGG + contig171end:23727-23746 None:intergenic 20.0%
!! ATACAATTCATAAATCTGTT+GGG - contig171end:24113-24132 MsG0080048018.01.T01:CDS 20.0%
!! ATTGATAAAAATGAGCAATT+TGG + contig171end:20972-20991 None:intergenic 20.0%
!! CTTTGATATACCATTTAATT+TGG - contig171end:25067-25086 MsG0080048018.01.T01:CDS 20.0%
!! GAAATATAAAAAAATCGGTT+TGG + contig171end:22230-22249 None:intergenic 20.0%
!! TAATTTATCAACTGTTTACT+TGG + contig171end:23248-23267 None:intergenic 20.0%
!! TATCATAAAGAGGAATAAAA+AGG + contig171end:22890-22909 None:intergenic 20.0%
!! TTATTAATCCCTTAAAATCT+GGG + contig171end:24054-24073 None:intergenic 20.0%
!! TTTATTAATCCCTTAAAATC+TGG + contig171end:24055-24074 None:intergenic 20.0%
!!! ATGAATTTCCTCATTTTTAA+TGG + contig171end:22071-22090 None:intergenic 20.0%
!!! ATTTAATTTGGAACAGAAAA+TGG - contig171end:25079-25098 MsG0080048018.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATTTTCTGTTCCAAATTAAA+TGG + contig171end:25080-25099 None:intergenic 20.0%
!!! TTGATGGCAAATATTATATT+TGG - contig171end:25102-25121 MsG0080048018.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTGATTCTCTAAAATTGATT+TGG - contig171end:22625-22644 MsG0080048018.01.T01:CDS 20.0%
! AAAGAAAGATAAAAACGATG+TGG + contig171end:25023-25042 None:intergenic 25.0%
! AATTAAAGTCTCATATTGGA+TGG - contig171end:22446-22465 MsG0080048018.01.T01:intron 25.0%
! ACACACAAAAATCAATTGAA+TGG + contig171end:20882-20901 None:intergenic 25.0%
! ACTCATAACCATTAAAAATG+AGG - contig171end:22060-22079 MsG0080048018.01.T01:intron 25.0%
! AGAATAAGCATATCATAAAG+AGG + contig171end:22900-22919 None:intergenic 25.0%
! ATTATGCTGATGAATGAAAA+TGG - contig171end:22825-22844 MsG0080048018.01.T01:CDS 25.0%
! ATTCATCTATAAACAAACCT+CGG + contig171end:25196-25215 None:intergenic 25.0%
! ATTTATCAACTGTTTACTTG+GGG + contig171end:23246-23265 None:intergenic 25.0%
! CAACAAAAAATATTGTCACT+TGG + contig171end:23621-23640 None:intergenic 25.0%
! CAACAATACTAACATAATGA+TGG - contig171end:23737-23756 MsG0080048018.01.T01:CDS 25.0%
! CAAGTAAAAATACAGATATG+TGG + contig171end:22804-22823 None:intergenic 25.0%
! CAAGTTTAGATATGATAGAT+TGG + contig171end:24434-24453 None:intergenic 25.0%
! CATAATTCTAAATCAGAAAG+AGG - contig171end:22951-22970 MsG0080048018.01.T01:intron 25.0%
! CATACAATTCATAAATCTGT+TGG - contig171end:24112-24131 MsG0080048018.01.T01:CDS 25.0%
! TACAATTCATAAATCTGTTG+GGG - contig171end:24114-24133 MsG0080048018.01.T01:CDS 25.0%
! TATTAATCCCTTAAAATCTG+GGG + contig171end:24053-24072 None:intergenic 25.0%
! TGTCAGCATACTTATTTAAA+TGG - contig171end:24644-24663 MsG0080048018.01.T01:CDS 25.0%
! TGTGAATTAAAGTCTCATAT+TGG - contig171end:22442-22461 MsG0080048018.01.T01:intron 25.0%
! TTAGAGAGACTAAATTTACA+GGG - contig171end:24367-24386 MsG0080048018.01.T01:CDS 25.0%
! TTGTTAGTACAAGTATTACA+TGG - contig171end:23568-23587 MsG0080048018.01.T01:intron 25.0%
! TTTAGAGAGACTAAATTTAC+AGG - contig171end:24366-24385 MsG0080048018.01.T01:CDS 25.0%
!! AGGTTTGTTTATAGATGAAT+GGG - contig171end:25196-25215 MsG0080048018.01.T01:CDS 25.0%
!! AGTACTTTCAATATTTTGTC+CGG + contig171end:21884-21903 None:intergenic 25.0%
!! CTCTTTCTGATTTAGAATTA+TGG + contig171end:22953-22972 None:intergenic 25.0%
!! GCATTAAGATATATTGACTA+TGG + contig171end:23477-23496 None:intergenic 25.0%
!! TATAGTATTTAAGGTGATTC+AGG - contig171end:24941-24960 MsG0080048018.01.T01:intron 25.0%
!! TATCAGTAGTTTAAAATCAG+AGG - contig171end:23440-23459 MsG0080048018.01.T01:intron 25.0%
!!! AACAGTTGATAAATTAAACG+AGG - contig171end:23252-23271 MsG0080048018.01.T01:intron 25.0%
!!! AGATATTTTAAAACAACGTC+TGG - contig171end:24523-24542 MsG0080048018.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATGACCCAATTTTTTTATCA+CGG + contig171end:21156-21175 None:intergenic 25.0%
!!! ATTATGATTAGTCTACTTTC+CGG + contig171end:21599-21618 None:intergenic 25.0%
!!! CTCTAGTTTTGAAAAATCTT+CGG + contig171end:23004-23023 None:intergenic 25.0%
!!! GATCATAGTTTTCAAGTTTT+AGG - contig171end:21260-21279 MsG0080048018.01.T01:CDS 25.0%
!!! GTTTTCAAGTTTTAGGAATA+CGG - contig171end:21267-21286 MsG0080048018.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTTCAAGTTTTAGGAATAC+GGG - contig171end:21268-21287 MsG0080048018.01.T01:CDS 25.0%
AAAAGACAACGATAGAAACT+CGG + contig171end:20548-20567 None:intergenic 30.0%
AAATCTTGAGTATCTTGACA+TGG - contig171end:24072-24091 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
AAATTTACAAATCTTCCGCT+GGG - contig171end:24244-24263 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
AACGAGTTTGTATTCCAATA+AGG + contig171end:21202-21221 None:intergenic 30.0%
AACTATCACCTAGAAAACAA+GGG + contig171end:21063-21082 None:intergenic 30.0%
AAGATTATGCTTCATCAACA+TGG - contig171end:20571-20590 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
AATGATCGATCATATTCAGT+CGG - contig171end:24499-24518 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
AATGTAGTTCAATGCGATAT+GGG - contig171end:22377-22396 MsG0080048018.01.T01:intron 30.0%
AATTGGGTCATAAATTCTCA+AGG - contig171end:21165-21184 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
AATTGTATTTCTCTCTTGAG+TGG - contig171end:20944-20963 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
ACATTATTATTCCTTGGCAA+CGG - contig171end:24817-24836 MsG0080048018.01.T01:intron 30.0%
AGAGATTGAACAAATTGTTC+AGG - contig171end:21130-21149 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
AGGGAATTAGAAAGAAATGA+GGG + contig171end:23072-23091 None:intergenic 30.0%
ATATCGATGCATAGTTTATG+AGG - contig171end:21646-21665 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
ATTCTTAAACTGGACTATAG+GGG + contig171end:24719-24738 None:intergenic 30.0%
ATTGTGAAAGGAAATCAAAG+CGG - contig171end:25293-25312 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
CAACATTATCAAGAACTACA+AGG + contig171end:21526-21545 None:intergenic 30.0%
CAAGCTAAATCAATATTGCT+CGG - contig171end:22772-22791 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
CAGAAACAAACCAATTGTAA+GGG + contig171end:25346-25365 None:intergenic 30.0%
CTATAGTCCAGTTTAAGAAT+CGG - contig171end:24719-24738 MsG0080048018.01.T01:intron 30.0%
CTTAAATTCTTAAGCTTGAG+AGG - contig171end:24148-24167 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
GACGATGATGATAATATAAG+TGG + contig171end:21005-21024 None:intergenic 30.0%
GATCAATGTCATAGAAAACA+GGG + contig171end:20656-20675 None:intergenic 30.0%
GATGTATTTATCAGTTTCAG+AGG - contig171end:20384-20403 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
GATTCTTAAACTGGACTATA+GGG + contig171end:24720-24739 None:intergenic 30.0%
GCAAATTCAATTCAACAAGA+TGG + contig171end:23155-23174 None:intergenic 30.0%
GCTTTGACATTATTATTCCT+TGG - contig171end:24811-24830 MsG0080048018.01.T01:intron 30.0%
GGATTCGATAATAAGGATAA+AGG - contig171end:24878-24897 MsG0080048018.01.T01:intron 30.0%
GTACTTGAAGTAAGTTATGA+TGG - contig171end:21899-21918 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
GTTTGTTTATAGATGAATGG+GGG - contig171end:25198-25217 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
TAAATTTACAAATCTTCCGC+TGG - contig171end:24243-24262 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
TAACTATCACCTAGAAAACA+AGG + contig171end:21064-21083 None:intergenic 30.0%
TAATAATGTCAAAGCCACAT+CGG + contig171end:24806-24825 None:intergenic 30.0%
TAGGGAATTAGAAAGAAATG+AGG + contig171end:23073-23092 None:intergenic 30.0%
TCAGAAACAAACCAATTGTA+AGG + contig171end:25347-25366 None:intergenic 30.0%
TCATAAGAAATGTCAGAATG+CGG + contig171end:24201-24220 None:intergenic 30.0%
TCTCATGTAAGAAAACAAAG+TGG - contig171end:20678-20697 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
TGGTATGGTTGAAAATTTGA+TGG + contig171end:23135-23154 None:intergenic 30.0%
TTAACTGGGATTCGATAATA+AGG - contig171end:24871-24890 MsG0080048018.01.T01:intron 30.0%
TTAGAGAATCAAGTTTGAGT+TGG + contig171end:22617-22636 None:intergenic 30.0%
TTATCGAATCCCAGTTAAAT+CGG + contig171end:24869-24888 None:intergenic 30.0%
TTCAATTCAACAAGATGGTA+TGG + contig171end:23150-23169 None:intergenic 30.0%
TTTATCAACTGTTTACTTGG+GGG + contig171end:23245-23264 None:intergenic 30.0%
! AACTTGTTTCAATCTTCTAC+TGG + contig171end:20628-20647 None:intergenic 30.0%
! ACTACCTTATTTGAAAAGGA+TGG - contig171end:23781-23800 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
! AGATCCATCCTTTTCAAATA+AGG + contig171end:23788-23807 None:intergenic 30.0%
! AGCAACTACCTTATTTGAAA+AGG - contig171end:23777-23796 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
! ATGATCGATCATTTTCTGTT+GGG + contig171end:24492-24511 None:intergenic 30.0%
! CATGTTGCTTGTTTCTTTAA+AGG - contig171end:21953-21972 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
! GAAAATACCCCAGATTTTAA+GGG - contig171end:24043-24062 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
! GAGGTTTGTTTATAGATGAA+TGG - contig171end:25195-25214 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
! GGAGAAATATGTTACCTTTT+GGG + contig171end:22209-22228 None:intergenic 30.0%
! GGTTTGTTTATAGATGAATG+GGG - contig171end:25197-25216 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
! TACATGGCTCAAGTATTTTA+TGG - contig171end:23584-23603 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
! TAGAGAATCAAGTTTGAGTT+GGG + contig171end:22616-22635 None:intergenic 30.0%
! TATGATCGATCATTTTCTGT+TGG + contig171end:24493-24512 None:intergenic 30.0%
! TGAAAATACCCCAGATTTTA+AGG - contig171end:24042-24061 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
! TGGAGAAATATGTTACCTTT+TGG + contig171end:22210-22229 None:intergenic 30.0%
! TTGATGGCAAAGAAATGAAA+GGG + contig171end:23119-23138 None:intergenic 30.0%
! TTTGATGGCAAAGAAATGAA+AGG + contig171end:23120-23139 None:intergenic 30.0%
! TTTTCAATACCTTTATCAGC+AGG + contig171end:23385-23404 None:intergenic 30.0%
!! AAAAGAGTACTAAATGTACC+TGG + contig171end:23212-23231 None:intergenic 30.0%
!! AAGTTATGATGGACTATCTA+AGG - contig171end:21910-21929 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
!! GTTTGATTACCGATTTAACT+GGG - contig171end:24857-24876 MsG0080048018.01.T01:intron 30.0%
!! TTATGATTAGTCTACTTTCC+GGG + contig171end:21598-21617 None:intergenic 30.0%
!! TTGATTTAGCTTGCAAACAT+TGG + contig171end:22765-22784 None:intergenic 30.0%
!! TTTAATCTTGGCCTTTTTAC+TGG - contig171end:25416-25435 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
!!! CTTTGTTTTCTTACATGAGA+TGG + contig171end:20678-20697 None:intergenic 30.0%
!!! TTTCAAGTTTTAGGAATACG+GGG - contig171end:21269-21288 MsG0080048018.01.T01:CDS 30.0%
AAAACAAAGTGGAGTGTATG+AGG - contig171end:20689-20708 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
AAAACAAGGGAAACCAAGAA+GGG + contig171end:21050-21069 None:intergenic 35.0%
AAACAAACCAATTGTAAGGG+AGG + contig171end:25343-25362 None:intergenic 35.0%
AAACTATGATCCTTTGAGCT+TGG + contig171end:21251-21270 None:intergenic 35.0%
AAAGACAACGATAGAAACTC+GGG + contig171end:20547-20566 None:intergenic 35.0%
AAATCAACCTCCCTTACAAT+TGG - contig171end:25333-25352 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
AACATGGTGTTTGGATGAAA+TGG - contig171end:20587-20606 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
AAGGCCAAGATTAAAGAGAT+CGG + contig171end:25411-25430 None:intergenic 35.0%
AATTGAGCAACTGCATGATT+TGG - contig171end:21550-21569 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
ACAAAGTTTCTGAATGGAAG+AGG - contig171end:20754-20773 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
ACTATTCTTCCATCTATCCA+AGG + contig171end:21858-21877 None:intergenic 35.0%
AGAAGTGGAATTCCAATATC+AGG + contig171end:22028-22047 None:intergenic 35.0%
ATAATCCTGATCTGTGATCA+CGG + contig171end:24552-24571 None:intergenic 35.0%
ATCCAGACAAAGTTTCTGAA+TGG - contig171end:20748-20767 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
ATCTATAAACAAACCTCGGT+GGG + contig171end:25192-25211 None:intergenic 35.0%
ATGAAATGTTGCAAGAGTTG+GGG - contig171end:22095-22114 MsG0080048018.01.T01:intron 35.0%
ATGATAGATTGGAGAGTCTT+TGG + contig171end:24423-24442 None:intergenic 35.0%
ATTATTATTCCTTGGCAACG+GGG - contig171end:24819-24838 MsG0080048018.01.T01:intron 35.0%
ATTCCACAAAAGATAGCGTA+GGG + contig171end:23091-23110 None:intergenic 35.0%
CAAAGTTTCTGAATGGAAGA+GGG - contig171end:20755-20774 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
CAGGCCGTGATAAAAAAATT+GGG - contig171end:21149-21168 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
CATATTGGATGGAAGAGTTT+AGG - contig171end:22457-22476 MsG0080048018.01.T01:intron 35.0%
CATGAAATGTTGCAAGAGTT+GGG - contig171end:22094-22113 MsG0080048018.01.T01:intron 35.0%
CATTATTATTCCTTGGCAAC+GGG - contig171end:24818-24837 MsG0080048018.01.T01:intron 35.0%
CGATTCTTAAACTGGACTAT+AGG + contig171end:24721-24740 None:intergenic 35.0%
CTTATGACATTAGATCTGTG+CGG - contig171end:24214-24233 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
CTTTAATTGCCTGCAAAAGT+TGG + contig171end:20521-20540 None:intergenic 35.0%
GAAACCGATCTCTTTAATCT+TGG - contig171end:25404-25423 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
GAATGTAGTTCAATGCGATA+TGG - contig171end:22376-22395 MsG0080048018.01.T01:intron 35.0%
GCTTGAATAATCACTTACGA+AGG + contig171end:21720-21739 None:intergenic 35.0%
GGATCAATGTCATAGAAAAC+AGG + contig171end:20657-20676 None:intergenic 35.0%
GTAACCAGGGAAAACATAAA+AGG - contig171end:25230-25249 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
GTTCGTAAAGTTTACGAAGA+TGG - contig171end:21380-21399 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
TAGCAAGAATGGCAAGATAT+AGG - contig171end:21483-21502 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
TATGCTCATCTCACTAGAAA+AGG - contig171end:20441-20460 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
TCAGGCCGTGATAAAAAAAT+TGG - contig171end:21148-21167 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
TCATCACATGATGAAAATCC+CGG + contig171end:22183-22202 None:intergenic 35.0%
TGAGTGTATTTCAAAACCTC+AGG + contig171end:21764-21783 None:intergenic 35.0%
TGTCATGTGCATTCATCAAT+TGG - contig171end:23896-23915 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
TGTTCAATCTCTTCAAACTC+TGG + contig171end:21122-21141 None:intergenic 35.0%
TTACAGGGTAATAACTTCAC+TGG - contig171end:24382-24401 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
TTCCATTCAGAAACTTTGTC+TGG + contig171end:20753-20772 None:intergenic 35.0%
TTCTTAAACTGGACTATAGG+GGG + contig171end:24718-24737 None:intergenic 35.0%
TTGGAACAGAAAATGGTTGA+TGG - contig171end:25086-25105 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
! AAAACAAGTATTGCTTCACC+CGG - contig171end:21577-21596 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
! AAAATATTGTCACTTGGAGC+AGG + contig171end:23615-23634 None:intergenic 35.0%
! AAAGTGACCGATTCTTAAAC+TGG + contig171end:24729-24748 None:intergenic 35.0%
! ACTTTCAATATTTTGTCCGG+CGG + contig171end:21881-21900 None:intergenic 35.0%
! ATCCACAAGCATCTAGAATT+CGG + contig171end:22000-22019 None:intergenic 35.0%
! ATGGCTAAAAAGACTAGTTG+AGG - contig171end:24663-24682 MsG0080048018.01.T01:intron 35.0%
! CCTTCTTTAGAGATTGTGAA+AGG - contig171end:25281-25300 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
! CCTTTCACAATCTCTAAAGA+AGG + contig171end:25284-25303 None:intergenic 35.0%
! CTTGTTTCTTTAAAGGAGAG+AGG - contig171end:21960-21979 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
! TATTTTCCCCCTTTTCTTTC+AGG - contig171end:21096-21115 MsG0080048018.01.T01:intron 35.0%
!! AAAAGGTATTTCGACCTACA+AGG - contig171end:20458-20477 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
!! AGTGATTTTTCAGCAAGAAG+TGG + contig171end:22043-22062 None:intergenic 35.0%
!! CTCTGTTTCTATAACCATGA+GGG + contig171end:24615-24634 None:intergenic 35.0%
!! GGTTTGATTACCGATTTAAC+TGG - contig171end:24856-24875 MsG0080048018.01.T01:intron 35.0%
!! TTGTAAGGGAGGTTGATTTT+AGG + contig171end:25332-25351 None:intergenic 35.0%
!! TTTGCATCCCTTTAAAGCAT+GGG + contig171end:23838-23857 None:intergenic 35.0%
!!! CCTTTGAGCTTGGTTTTAAA+AGG + contig171end:21241-21260 None:intergenic 35.0%
!!! CCTTTTAAAACCAAGCTCAA+AGG - contig171end:21238-21257 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
!!! GAGGTTTTGAAATACACTCA+AGG - contig171end:21764-21783 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
!!! TTCAAGTTTTAGGAATACGG+GGG - contig171end:21270-21289 MsG0080048018.01.T01:CDS 35.0%
!!! TTTTGCATCCCTTTAAAGCA+TGG + contig171end:23839-23858 None:intergenic 35.0%
AAAACGATGTGGCATTAGTG+AGG + contig171end:25012-25031 None:intergenic 40.0%
AAAATCAAAGCAGACCAGAC+TGG + contig171end:23963-23982 None:intergenic 40.0%
AAACAAGGGAAACCAAGAAG+GGG + contig171end:21049-21068 None:intergenic 40.0%
AAACTCTGGCCTGAAAGAAA+AGG + contig171end:21108-21127 None:intergenic 40.0%
AACCAAGAAGGGGCAATAAT+AGG + contig171end:21039-21058 None:intergenic 40.0%
AACTCTGGCCTGAAAGAAAA+GGG + contig171end:21107-21126 None:intergenic 40.0%
AAGATGACCCCATGCTTTAA+AGG - contig171end:23827-23846 MsG0080048018.01.T01:CDS 40.0%
AAGCGATTTGTCATCCTTGT+AGG + contig171end:20475-20494 None:intergenic 40.0%
AAGGTCTTCCATTGGCAATT+AGG - contig171end:21783-21802 MsG0080048018.01.T01:CDS 40.0%
ACAACTATGGACAGATATCC+AGG - contig171end:23191-23210 MsG0080048018.01.T01:intron 40.0%
AGCATAGAGATGGTCAACAA+AGG + contig171end:20427-20446 None:intergenic 40.0%
AGGTCTTCCATTGGCAATTA+GGG - contig171end:21784-21803 MsG0080048018.01.T01:CDS 40.0%
ATACACTCAAGGTCTTCCAT+TGG - contig171end:21775-21794 MsG0080048018.01.T01:CDS 40.0%
ATATTCCAGCCTGCTGATAA+AGG - contig171end:23373-23392 MsG0080048018.01.T01:intron 40.0%
ATCCTATTATTGCCCCTTCT+TGG - contig171end:21034-21053 MsG0080048018.01.T01:intron 40.0%
CATCTATAAACAAACCTCGG+TGG + contig171end:25193-25212 None:intergenic 40.0%
CATTCCACAAAAGATAGCGT+AGG + contig171end:23092-23111 None:intergenic 40.0%
CCATTGGCAATTAGGGTAAT+AGG - contig171end:21791-21810 MsG0080048018.01.T01:CDS 40.0%
CCTATTACCCTAATTGCCAA+TGG + contig171end:21794-21813 None:intergenic 40.0%
CCTCATGGTTATAGAAACAG+AGG - contig171end:24613-24632 MsG0080048018.01.T01:CDS 40.0%
CGCCACTATCTAACATTGTT+TGG + contig171end:25256-25275 None:intergenic 40.0%
CGTAAAGTTTACGAAGATGG+AGG - contig171end:21383-21402 MsG0080048018.01.T01:CDS 40.0%
CTGCAAAAGTTGGAGTGAAA+TGG + contig171end:20511-20530 None:intergenic 40.0%
CTTGTGTATACCTTCAGCTT+GGG + contig171end:24589-24608 None:intergenic 40.0%
GAAAACAAGGGAAACCAAGA+AGG + contig171end:21051-21070 None:intergenic 40.0%
GAGAGTCTTTGGATGGTAAA+AGG + contig171end:24412-24431 None:intergenic 40.0%
GATGACAAATCGCTTCAGAA+AGG - contig171end:20480-20499 MsG0080048018.01.T01:CDS 40.0%
GCATGAAATGTTGCAAGAGT+TGG - contig171end:22093-22112 MsG0080048018.01.T01:intron 40.0%
GGCCAAACAATGTTAGATAG+TGG - contig171end:25251-25270 MsG0080048018.01.T01:CDS 40.0%
TAATCCTGATCTGTGATCAC+GGG + contig171end:24551-24570 None:intergenic 40.0%
TAGATTGGAGAGTCTTTGGA+TGG + contig171end:24419-24438 None:intergenic 40.0%
TAGTGAGATGAGCATAGAGA+TGG + contig171end:20437-20456 None:intergenic 40.0%
TAGTGAGGAAAGCGATTGAT+GGG + contig171end:24997-25016 None:intergenic 40.0%
TCAGGCAAATGTTCAAGACT+AGG + contig171end:24466-24485 None:intergenic 40.0%
TCCTTCTGACATAGCAAGAA+TGG - contig171end:21472-21491 MsG0080048018.01.T01:CDS 40.0%
TGCATACTTGTCTGTGTTTC+AGG - contig171end:24767-24786 MsG0080048018.01.T01:intron 40.0%
TGCTTCATCAACATGGTGTT+TGG - contig171end:20578-20597 MsG0080048018.01.T01:CDS 40.0%
TGGATCGTGTTTGAATAGCT+CGG + contig171end:20733-20752 None:intergenic 40.0%
TTAAAATGGTTGTGCTGCCA+TGG + contig171end:23333-23352 None:intergenic 40.0%
TTACTGAACATAGATCCCAG+CGG + contig171end:24262-24281 None:intergenic 40.0%
TTAGTGAGGAAAGCGATTGA+TGG + contig171end:24998-25017 None:intergenic 40.0%
TTGGGGAAGAAAATTGTTCG+AGG - contig171end:22112-22131 MsG0080048018.01.T01:intron 40.0%
! AACGGGGATATTTTCTTCGT+GGG - contig171end:24835-24854 MsG0080048018.01.T01:intron 40.0%
! AGATGACCCCATGCTTTAAA+GGG - contig171end:23828-23847 MsG0080048018.01.T01:CDS 40.0%
! ATCCAGATGAACCAGGATTT+TGG - contig171end:22140-22159 MsG0080048018.01.T01:intron 40.0%
! ATTCCCTACGCTATCTTTTG+TGG - contig171end:23085-23104 MsG0080048018.01.T01:intron 40.0%
! CATTTCACTCCAACTTTTGC+AGG - contig171end:20509-20528 MsG0080048018.01.T01:CDS 40.0%
! CTACGCTATCTTTTGTGGAA+TGG - contig171end:23090-23109 MsG0080048018.01.T01:intron 40.0%
! GATATTGATGTCGACTGTCT+CGG - contig171end:24906-24925 MsG0080048018.01.T01:intron 40.0%
! GTGCTCCTGTTTTCACAAAA+TGG + contig171end:25154-25173 None:intergenic 40.0%
! TCATGTGATGATGACCCAAA+AGG - contig171end:22192-22211 MsG0080048018.01.T01:intron 40.0%
! TGTGGATTGCATCCTGATAT+TGG - contig171end:22013-22032 MsG0080048018.01.T01:intron 40.0%
!! AGTCTGGTCTGCTTTGATTT+TGG - contig171end:23962-23981 MsG0080048018.01.T01:CDS 40.0%
!! ATTGGGTTGGATCATCACAT+TGG + contig171end:22576-22595 None:intergenic 40.0%
!! ATTTTCAGAGCTGATTCCTG+AGG - contig171end:21745-21764 MsG0080048018.01.T01:CDS 40.0%
!! CCTCTGTTTCTATAACCATG+AGG + contig171end:24616-24635 None:intergenic 40.0%
!! TTGCATCCCTTTAAAGCATG+GGG + contig171end:23837-23856 None:intergenic 40.0%
!! TTGGCCTTTTATGTTTTCCC+TGG + contig171end:25237-25256 None:intergenic 40.0%
!! TTGGGTTGGATCATCACATT+GGG + contig171end:22575-22594 None:intergenic 40.0%
!! TTTTGATTGTCCCAAGCTGA+AGG - contig171end:24576-24595 MsG0080048018.01.T01:CDS 40.0%
!!! ATGAACCAGGATTTTGGAGT+AGG - contig171end:22146-22165 MsG0080048018.01.T01:intron 40.0%
!!! CACTGCCATTTTGTGAAAAC+AGG - contig171end:25146-25165 MsG0080048018.01.T01:CDS 40.0%
!!! CTTGGTTTCCCTTGTTTTCT+AGG - contig171end:21052-21071 MsG0080048018.01.T01:intron 40.0%
ACTCTGGCCTGAAAGAAAAG+GGG + contig171end:21106-21125 None:intergenic 45.0%
AGAAAATATCCCCGTTGCCA+AGG + contig171end:24831-24850 None:intergenic 45.0%
AGAAATGTCAGAATGCGGTC+AGG + contig171end:24196-24215 None:intergenic 45.0%
AGCCGAATTCTAGATGCTTG+TGG - contig171end:21995-22014 MsG0080048018.01.T01:CDS 45.0%
AGGTCTGCTGATGACCTTAT+TGG - contig171end:21185-21204 MsG0080048018.01.T01:CDS 45.0%
AGTGAGGAAAGCGATTGATG+GGG + contig171end:24996-25015 None:intergenic 45.0%
AGTTGTTCAACGCTGCTGTA+AGG + contig171end:23177-23196 None:intergenic 45.0%
CAATACCTTTATCAGCAGGC+TGG + contig171end:23381-23400 None:intergenic 45.0%
CACAACCTACTCCAAAATCC+TGG + contig171end:22154-22173 None:intergenic 45.0%
CCTTGTGTATACCTTCAGCT+TGG + contig171end:24590-24609 None:intergenic 45.0%
CTCCAAAATCCTGGTTCATC+TGG + contig171end:22145-22164 None:intergenic 45.0%
GTATACACAAGGTTCCCTCA+TGG - contig171end:24598-24617 MsG0080048018.01.T01:CDS 45.0%
TAAACTGGACTATAGGGGGA+AGG + contig171end:24714-24733 None:intergenic 45.0%
TAGATGGAAGAATAGTCCGC+CGG - contig171end:21862-21881 MsG0080048018.01.T01:CDS 45.0%
TATAGGGGGAAGGTAAGGTA+AGG + contig171end:24704-24723 None:intergenic 45.0%
TGATGAAGATGAAGCCGAGA+AGG - contig171end:25364-25383 MsG0080048018.01.T01:CDS 45.0%
! ACAGCAGCGTTGAACAACTA+TGG - contig171end:23178-23197 MsG0080048018.01.T01:intron 45.0%
! ATCACATTTAAAGCCCACCG+AGG - contig171end:25176-25195 MsG0080048018.01.T01:CDS 45.0%
! CAACGGGGATATTTTCTTCG+TGG - contig171end:24834-24853 MsG0080048018.01.T01:intron 45.0%
! CCAAGCTGAAGGTATACACA+AGG - contig171end:24587-24606 MsG0080048018.01.T01:CDS 45.0%
! CTTGAGCGACTCGATTTTTC+TGG - contig171end:23860-23879 MsG0080048018.01.T01:CDS 45.0%
! GCCATTCTTGCTATGTCAGA+AGG + contig171end:21476-21495 None:intergenic 45.0%
! TCATTTTCTGTTGGGAGCTC+AGG + contig171end:24484-24503 None:intergenic 45.0%
!! AAGTTTGAGTTGGGCCATGA+GGG + contig171end:22607-22626 None:intergenic 45.0%
!! ATGGTCAACAAAGGTGTTGC+GGG + contig171end:20418-20437 None:intergenic 45.0%
!! GATGGTCAACAAAGGTGTTG+CGG + contig171end:20419-20438 None:intergenic 45.0%
!!! AGTTTTAGGAATACGGGGGA+TGG - contig171end:21274-21293 MsG0080048018.01.T01:CDS 45.0%
!!! CAGGATTTTGGAGTAGGTTG+TGG - contig171end:22152-22171 MsG0080048018.01.T01:intron 45.0%
!!! GTTTTAGGAATACGGGGGAT+GGG - contig171end:21275-21294 MsG0080048018.01.T01:CDS 45.0%
!!! AAAAAAATCATTTTTTAAAA+TGG + contig171end:23347-23366 None:intergenic 5.0%
AAGCCACATCGGAAGTGATG+AGG + contig171end:24795-24814 None:intergenic 50.0%
CAACTGTTTACTTGGGGGCA+TGG + contig171end:23240-23259 None:intergenic 50.0%
CTCTCCACTGCTTGGCATTT+CGG + contig171end:21832-21851 None:intergenic 50.0%
CTCTGGCCTGAAAGAAAAGG+GGG + contig171end:21105-21124 None:intergenic 50.0%
CTGAGAGTTATGCGTCTCTC+TGG - contig171end:24007-24026 MsG0080048018.01.T01:CDS 50.0%
CTTGCAGAACTGTACCAGTC+TGG - contig171end:23946-23965 MsG0080048018.01.T01:CDS 50.0%
GAACCTCATCACTTCCGATG+TGG - contig171end:24789-24808 MsG0080048018.01.T01:intron 50.0%
GAAGATGAAGCCGAGAAGGA+CGG - contig171end:25368-25387 MsG0080048018.01.T01:CDS 50.0%
GGAGAACATCCAGATGAACC+AGG - contig171end:22133-22152 MsG0080048018.01.T01:intron 50.0%
GGAGAGCTACCTTGGATAGA+TGG - contig171end:21846-21865 MsG0080048018.01.T01:CDS 50.0%
TCTCCACTGCTTGGCATTTC+GGG + contig171end:21831-21850 None:intergenic 50.0%
TGATCCAGCCAACGAAGTCA+TGG + contig171end:20781-20800 None:intergenic 50.0%
TGGACTATAGGGGGAAGGTA+AGG + contig171end:24709-24728 None:intergenic 50.0%
TTTCCCGAAATGCCAAGCAG+TGG - contig171end:21825-21844 MsG0080048018.01.T01:CDS 50.0%
! GAGATCGGTTTCTTTCCCCT+TGG + contig171end:25396-25415 None:intergenic 50.0%
! GAGTAGGTTGTGGCTTTACC+GGG - contig171end:22162-22181 MsG0080048018.01.T01:intron 50.0%
! GGAGTAGGTTGTGGCTTTAC+CGG - contig171end:22161-22180 MsG0080048018.01.T01:intron 50.0%
!! AGTTTGAGTTGGGCCATGAG+GGG + contig171end:22606-22625 None:intergenic 50.0%
!! CAAGTTTGAGTTGGGCCATG+AGG + contig171end:22608-22627 None:intergenic 50.0%
CAAGCAGTGGAGAGCTACCT+TGG - contig171end:21838-21857 MsG0080048018.01.T01:CDS 55.0%
CAAGGTAGCTCTCCACTGCT+TGG + contig171end:21840-21859 None:intergenic 55.0%
CCATGAGGGGGAGTCTCATT+GGG + contig171end:22593-22612 None:intergenic 55.0%
GAAGAGGGCCATGACTTCGT+TGG - contig171end:20770-20789 MsG0080048018.01.T01:CDS 55.0%
GGATCCCGTGATCACAGATC+AGG - contig171end:24544-24563 MsG0080048018.01.T01:CDS 55.0%
GGGGGAAGGTAAGGTAAGGT+AGG + contig171end:24700-24719 None:intergenic 55.0%
TTAGGAATACGGGGGATGGG+CGG - contig171end:21278-21297 MsG0080048018.01.T01:CDS 55.0%
! ACTTCGTTGGCTGGATCAGC+AGG - contig171end:20783-20802 MsG0080048018.01.T01:CDS 55.0%
!! ACAAAGGTGTTGCGGGTGTC+AGG + contig171end:20411-20430 None:intergenic 55.0%
!! GTTTGAGTTGGGCCATGAGG+GGG + contig171end:22605-22624 None:intergenic 55.0%
AGGGCCATGACTTCGTTGGC+TGG - contig171end:20774-20793 MsG0080048018.01.T01:CDS 60.0%
ATACGGGGGATGGGCGGAAT+AGG - contig171end:21284-21303 MsG0080048018.01.T01:CDS 60.0%
CCCAATGAGACTCCCCCTCA+TGG - contig171end:22590-22609 MsG0080048018.01.T01:CDS 60.0%
GAGGGGGAGTCTCATTGGGT+TGG + contig171end:22589-22608 None:intergenic 60.0%
GATCAGCAGGCTGGGATGTC+AGG - contig171end:20796-20815 MsG0080048018.01.T01:CDS 60.0%
GCCATGAGGGGGAGTCTCAT+TGG + contig171end:22594-22613 None:intergenic 60.0%
GTTGGCTGGATCAGCAGGCT+GGG - contig171end:20788-20807 MsG0080048018.01.T01:CDS 60.0%
! GGGGTTGAGCGTCGTAACCA+GGG - contig171end:25217-25236 MsG0080048018.01.T01:CDS 60.0%
CCCCTTGGCACCGTCCTTCT+CGG + contig171end:25381-25400 None:intergenic 65.0%
! AGCCGAGAAGGACGGTGCCA+AGG - contig171end:25376-25395 MsG0080048018.01.T01:CDS 65.0%
! CCGAGAAGGACGGTGCCAAG+GGG - contig171end:25378-25397 MsG0080048018.01.T01:CDS 65.0%
! CGTTGGCTGGATCAGCAGGC+TGG - contig171end:20787-20806 MsG0080048018.01.T01:CDS 65.0%
! GCCGAGAAGGACGGTGCCAA+GGG - contig171end:25377-25396 MsG0080048018.01.T01:CDS 65.0%
! GGGGGTTGAGCGTCGTAACC+AGG - contig171end:25216-25235 MsG0080048018.01.T01:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
contig171end gene 20345 25448 20345 ID=MsG0080048018.01;Name=MsG0080048018.01
contig171end mRNA 20345 25448 20345 ID=MsG0080048018.01.T01;Parent=MsG0080048018.01;Name=MsG0080048018.01.T01;_AED=0.29;_eAED=0.29;_QI=0|0|0|1|1|1|5|0|1140
contig171end exon 24970 25448 24970 ID=MsG0080048018.01.T01:exon:8788;Parent=MsG0080048018.01.T01
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contig171end CDS 24970 25448 24970 ID=MsG0080048018.01.T01:cds;Parent=MsG0080048018.01.T01
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