AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0080048864.01

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MsG0080048864.01.T01 AT5G08310 21.725 313 243 2 229 539 445 757 9.24e-22 101
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MsG0080048864.01.T01 AT1G63230 22.727 352 217 9 326 670 8 311 8.42e-19 88.6
MsG0080048864.01.T01 AT1G63230 22.491 289 203 5 389 668 1 277 7.66e-18 85.9
MsG0080048864.01.T01 AT1G79490 23.430 589 405 12 103 684 155 704 3.19e-30 128
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MsG0080048864.01.T01 AT5G18950 21.622 333 223 6 338 669 155 450 3.45e-12 69.7
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MsG0080048864.01.T01 AT2G17670 26.776 183 130 3 505 686 163 342 4.78e-11 65.5
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MsG0080048864.01.T01 AT5G27300 24.339 189 125 4 254 429 136 319 1.66e-11 67.8
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MsG0080048864.01.T01 AT5G27300 24.339 189 125 4 254 429 161 344 2.00e-11 67.8
MsG0080048864.01.T01 AT5G27300 24.339 189 125 4 254 429 136 319 2.22e-11 67.0
MsG0080048864.01.T01 AT4G19191 21.911 429 282 12 293 681 17 432 2.37e-11 67.8
MsG0080048864.01.T01 AT4G21170 21.005 438 286 12 146 544 166 582 2.82e-11 67.4
MsG0080048864.01.T01 AT2G45350 21.748 469 323 17 216 673 149 584 3.03e-11 67.4
MsG0080048864.01.T01 AT2G22410 21.749 423 270 12 291 671 116 519 3.05e-11 67.4
MsG0080048864.01.T01 AT3G09040 22.717 427 266 13 258 675 226 597 3.44e-11 67.4
MsG0080048864.01.T01 AT3G09040 22.717 427 266 13 258 675 226 597 3.44e-11 67.4
MsG0080048864.01.T01 AT3G09040 22.717 427 266 13 258 675 251 622 3.56e-11 67.4
MsG0080048864.01.T01 AT3G09040 22.717 427 266 13 258 675 251 622 3.56e-11 67.4
MsG0080048864.01.T01 AT4G25270 20.170 352 247 12 264 605 133 460 3.62e-11 66.6
MsG0080048864.01.T01 AT4G14820 18.487 357 274 5 224 578 147 488 3.66e-11 67.0
MsG0080048864.01.T01 AT4G14820 24.476 286 199 7 218 495 339 615 4.13e-11 67.0
MsG0080048864.01.T01 AT2G28050 24.155 207 156 1 120 326 214 419 3.76e-11 66.6
MsG0080048864.01.T01 AT2G28050 20.843 427 313 9 21 431 36 453 5.53e-11 65.9
MsG0080048864.01.T01 AT3G60040 30.000 120 84 0 242 361 709 828 3.76e-11 67.0
MsG0080048864.01.T01 AT3G60040 30.000 120 84 0 242 361 708 827 3.83e-11 67.0
MsG0080048864.01.T01 AT3G50420 21.282 390 272 12 218 594 295 662 4.17e-11 67.0
MsG0080048864.01.T01 AT4G02820 24.476 286 205 6 259 538 232 512 4.24e-11 66.6
MsG0080048864.01.T01 AT3G16610 24.638 276 176 10 329 590 309 566 4.69e-11 66.6
MsG0080048864.01.T01 AT3G60040 30.000 120 84 0 242 361 489 608 4.83e-11 66.6
MsG0080048864.01.T01 AT3G49170 20.404 544 382 11 164 670 74 603 4.85e-11 67.0
MsG0080048864.01.T01 AT5G67570 20.261 459 329 8 158 594 204 647 5.22e-11 66.6
MsG0080048864.01.T01 AT1G74630 18.884 466 349 14 220 677 82 526 5.64e-11 66.2
MsG0080048864.01.T01 AT1G30610 24.038 208 153 4 155 361 596 799 6.16e-11 66.6
MsG0080048864.01.T01 AT1G74630 18.884 466 349 14 220 677 67 511 6.95e-11 66.2
MsG0080048864.01.T01 AT5G59600 21.226 424 282 14 193 595 57 449 7.22e-11 65.9
MsG0080048864.01.T01 AT5G19020 19.427 489 321 13 154 595 140 602 8.24e-11 65.9
MsG0080048864.01.T01 AT3G15930 20.566 389 278 11 216 595 163 529 8.54e-11 65.9
MsG0080048864.01.T01 AT4G04370 20.844 403 271 9 226 593 14 403 8.62e-11 65.9
MsG0080048864.01.T01 AT4G39952 21.005 438 276 11 216 590 258 688 8.98e-11 65.9
MsG0080048864.01.T01 AT5G27270 24.551 167 126 0 229 395 710 876 9.43e-11 65.9
MsG0080048864.01.T01 AT2G44880 22.248 427 266 16 214 596 69 473 9.50e-11 65.5

Find 201 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 248 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TGATGAGATGTTAGAGGTTT+TGG 0.151469 contig495end:+10895 MsG0080048864.01.T01:CDS
TATGGTTAAAGAGGGAAATT+TGG 0.178435 contig495end:+10979 MsG0080048864.01.T01:CDS
TCTCCGACGGAGGCTTTCCC+TGG 0.205112 contig495end:-10613 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TACCGCGTTGGTTCGGATTA+TGG 0.236644 contig495end:+10961 MsG0080048864.01.T01:CDS
GGTTTGGTGGGTTTAGGTTT+GGG 0.241368 contig495end:-10197 MsG0080048864.01.T01:intergenic
CTGATGCTGGTAGAGGTCTT+AGG 0.242328 contig495end:+10666 MsG0080048864.01.T01:CDS
CTCGGGATACCGTGCTGATT+TGG 0.254893 contig495end:+11246 MsG0080048864.01.T01:CDS
GGAAGTGTGGGTCCCACTTT+TGG 0.261746 contig495end:-10238 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TGAAATTTACAATATTCTTA+TGG 0.267554 contig495end:+11576 MsG0080048864.01.T01:CDS
TCGGGATACCGTGCTGATTT+GGG 0.279935 contig495end:+11247 MsG0080048864.01.T01:CDS
ATCTCTGGCATGTGCAAGTA+TGG 0.285538 contig495end:+12018 MsG0080048864.01.T01:CDS
TGTTGATCGCGGTGAAATTA+AGG 0.288369 contig495end:+11711 MsG0080048864.01.T01:CDS
AATTGCACAAACCTTCAATA+AGG 0.290274 contig495end:-11282 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TTGGAAACTTTGGGTTGGTT+TGG 0.292901 contig495end:-10213 MsG0080048864.01.T01:intergenic
ATGGTGGTGGCGGGTTTGAT+TGG 0.296609 contig495end:-10265 MsG0080048864.01.T01:intergenic
ATATCAGGATTGAAGTTCTT+TGG 0.303919 contig495end:+12168 MsG0080048864.01.T01:CDS
TGGTTTGGTGGGTTTAGGTT+TGG 0.309123 contig495end:-10198 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TGGGTTGGTTTGGTGGGTTT+AGG 0.310441 contig495end:-10203 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GTTTGGGAGGAGTGAGGGTT+TGG 0.318262 contig495end:-10181 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TAAGACTGGGCATTTGGATT+TGG 0.330441 contig495end:+10775 MsG0080048864.01.T01:CDS
CATTGGGTAGAGAAACAAAA+AGG 0.330773 contig495end:+10491 MsG0080048864.01.T01:CDS
TTTGAGAGGTCATCAATAAC+TGG 0.337061 contig495end:-11466 MsG0080048864.01.T01:intergenic
CGTTGTAAGAGGCGAAATTA+TGG 0.341066 contig495end:-10520 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TGACTTGCACATGCGAATAA+TGG 0.349802 contig495end:-11911 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GTCGTTTGTGGCGGGGAATA+AGG 0.350606 contig495end:+11186 MsG0080048864.01.T01:CDS
TGGTGGTGGCGGGTTTGATT+GGG 0.353485 contig495end:-10264 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GTCTGTAAAACCGTTATTGT+TGG 0.356106 contig495end:+11375 MsG0080048864.01.T01:CDS
TTGATAGATAGAGCGATATA+TGG 0.357583 contig495end:+11151 MsG0080048864.01.T01:CDS
GGAAATGGTTAGCACGATTA+AGG 0.361829 contig495end:-10556 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TAATAGGATTATGGATGCTT+TGG 0.362619 contig495end:+10751 MsG0080048864.01.T01:CDS
AGGAGTGAGGGTTTGGCGAT+TGG 0.364330 contig495end:-10174 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TGGATGGCTGTTTGAGGGTT+TGG 0.364924 contig495end:+10999 MsG0080048864.01.T01:CDS
AAACTTTGGGTTGGTTTGGT+GGG 0.367966 contig495end:-10209 MsG0080048864.01.T01:intergenic
CCCTGGGCATCCATCAGCTC+AGG 0.368663 contig495end:-10596 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GGGGATGGAGATGGTGGTGG+CGG 0.370176 contig495end:-10275 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TTTGGTGTGGTTGGTGTTTG+AGG 0.371984 contig495end:-10080 MsG0080048864.01.T01:intergenic
CCCTGAGCTGATGGATGCCC+AGG 0.373327 contig495end:+10595 MsG0080048864.01.T01:CDS
AGGTTTGTGCAATTTGAATA+AGG 0.379774 contig495end:+11291 MsG0080048864.01.T01:CDS
AGGATTGAAGTTCTTTGGTC+TGG 0.379829 contig495end:+12173 MsG0080048864.01.T01:CDS
TGATGCTGGTAGAGGTCTTA+GGG 0.379863 contig495end:+10667 MsG0080048864.01.T01:CDS
ACAGCAGACTTGGTAATATC+AGG 0.381507 contig495end:+12153 MsG0080048864.01.T01:CDS
TAGAAGAAGTAGAATTTGTT+TGG 0.381753 contig495end:-10098 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GAAACTTTGGGTTGGTTTGG+TGG 0.386944 contig495end:-10210 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TTTGGTTAAGACTGGGCATT+TGG 0.391387 contig495end:+10769 MsG0080048864.01.T01:CDS
TTCCTTTCTTCTCAATCAGA+TGG 0.391645 contig495end:-11498 MsG0080048864.01.T01:intergenic
CTCGAGAAGATGAAGAAGTT+GGG 0.398530 contig495end:+11439 MsG0080048864.01.T01:CDS
GCATTTGGATTTGGCGTTGT+CGG 0.403245 contig495end:+10784 MsG0080048864.01.T01:CDS
ATCACTCTTTGATGAAATGA+AGG 0.404904 contig495end:+11636 MsG0080048864.01.T01:CDS
TCGAGGATGAAACGGGCAAT+CGG 0.406161 contig495end:-10332 MsG0080048864.01.T01:intergenic
CGGGGAGAGACGGAGGGAGG+CGG 0.408350 contig495end:-10312 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GGCGGGGAATAAGGTTGGTT+TGG 0.410195 contig495end:+11195 MsG0080048864.01.T01:CDS
TTTAGGTTTGGGAGGAGTGA+GGG 0.410451 contig495end:-10186 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TAGAATTTGTTTGGTGTGGT+TGG 0.410588 contig495end:-10089 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GAGGCGGAGAATGTGGCCTC+CGG 0.412589 contig495end:-10296 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GATAAGATGAGGAATAAGTT+TGG 0.412925 contig495end:+10704 MsG0080048864.01.T01:CDS
TTGGTTGAGTCGTTTGTGGC+GGG 0.417847 contig495end:+11178 MsG0080048864.01.T01:CDS
GAAAATTGATGAGATGTTAG+AGG 0.421777 contig495end:+10889 MsG0080048864.01.T01:CDS
ATGGATGCTTTGGTTAAGAC+TGG 0.421904 contig495end:+10761 MsG0080048864.01.T01:CDS
AGGCGGAGAATGTGGCCTCC+GGG 0.429247 contig495end:-10295 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GAGAATGTGGCCTCCGGGGA+TGG 0.429556 contig495end:-10290 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GTTCAAAGAGATGAAGAGTA+AGG 0.430635 contig495end:+11123 MsG0080048864.01.T01:CDS
TGGTACTATCATTGGTGGTT+TGG 0.431630 contig495end:+11066 MsG0080048864.01.T01:CDS
GCTGATCGGCTGCACGGAAA+TGG 0.441575 contig495end:-10571 MsG0080048864.01.T01:intergenic
AATCGGGGAGAGACGGAGGG+AGG 0.444988 contig495end:-10315 MsG0080048864.01.T01:intergenic
CTCCGACGGAGGCTTTCCCT+GGG 0.446018 contig495end:-10612 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TCCGGGGATGGAGATGGTGG+TGG 0.446233 contig495end:-10278 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TCATTGGTGGTTTGGCGAAA+GGG 0.446286 contig495end:+11074 MsG0080048864.01.T01:CDS
GTTTAGGTTTGGGAGGAGTG+AGG 0.448345 contig495end:-10187 MsG0080048864.01.T01:intergenic
CTTTAAGAACCTCGGCGACT+AGG 0.448865 contig495end:-10433 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GTATGTTCTGCAATCATCTC+TGG 0.450004 contig495end:+12003 MsG0080048864.01.T01:CDS
TGAGAAGAAAGGAACAGAAA+TGG 0.450216 contig495end:+11507 MsG0080048864.01.T01:CDS
AACAAATTCTACTTCTTCTA+CGG 0.452087 contig495end:+10101 MsG0080048864.01.T01:CDS
TTGCGTATACCGCGTTGGTT+CGG 0.454972 contig495end:+10954 MsG0080048864.01.T01:CDS
CAATGTTACAAGTGGACCTA+TGG 0.455415 contig495end:+11870 MsG0080048864.01.T01:CDS
GCTTACAATTGCCTTGCTAA+AGG 0.455654 contig495end:+11790 MsG0080048864.01.T01:CDS
ATCATTGGTGGTTTGGCGAA+AGG 0.457207 contig495end:+11073 MsG0080048864.01.T01:CDS
AACAATTGAAGAGGCTAGAA+AGG 0.458251 contig495end:+12041 MsG0080048864.01.T01:CDS
CGAGGATGAAACGGGCAATC+GGG 0.463407 contig495end:-10331 MsG0080048864.01.T01:intergenic
ATTTATAATAACCTTATTGA+AGG 0.468523 contig495end:+11271 MsG0080048864.01.T01:CDS
CTGCTTGTTAGAGATTGCTT+AGG 0.473446 contig495end:+11847 MsG0080048864.01.T01:CDS
TTGATAAAGGGATTATGTAA+AGG 0.475537 contig495end:+10863 MsG0080048864.01.T01:CDS
GGGATGGAGATGGTGGTGGC+GGG 0.477101 contig495end:-10274 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GAGCCGGATGTCATGGCATA+TGG 0.477563 contig495end:+11046 MsG0080048864.01.T01:CDS
ATTCGGATGCATTCTGATGC+TGG 0.478221 contig495end:+10653 MsG0080048864.01.T01:CDS
TCCCATCTGATTGAGAAGAA+AGG 0.480078 contig495end:+11496 MsG0080048864.01.T01:CDS
AAATTTGGATGGCTGTTTGA+GGG 0.480564 contig495end:+10994 MsG0080048864.01.T01:CDS
GGGTTTGGCGATTGGAAAAG+AGG 0.482559 contig495end:-10166 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GAAATTTGGATGGCTGTTTG+AGG 0.483219 contig495end:+10993 MsG0080048864.01.T01:CDS
TTTAAGAACCTCGGCGACTA+GGG 0.487130 contig495end:-10432 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TTGAAGGATTTGGTGAGCTC+GGG 0.487574 contig495end:+11229 MsG0080048864.01.T01:CDS
GTTGAAGGATTTGGTGAGCT+CGG 0.489428 contig495end:+11228 MsG0080048864.01.T01:CDS
GTGGCCTCCGGGGATGGAGA+TGG 0.491126 contig495end:-10284 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TGGATTTGGAAACTTTGGGT+TGG 0.491807 contig495end:-10218 MsG0080048864.01.T01:intergenic
ATAAGTGAAGGCGTTGTAAG+AGG 0.492146 contig495end:-10531 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GCTCGAGAAGATGAAGAAGT+TGG 0.493495 contig495end:+11438 MsG0080048864.01.T01:CDS
GGGCAATCGGGGAGAGACGG+AGG 0.495962 contig495end:-10319 MsG0080048864.01.T01:intergenic
ATGTTATATGTGGATGAGTC+GGG 0.497817 contig495end:-11673 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GATGTCTTCCATTCCTTCTG+TGG 0.499357 contig495end:+11765 MsG0080048864.01.T01:CDS
CAAGTCAAATGATGCAGAAA+AGG 0.499614 contig495end:+11927 MsG0080048864.01.T01:CDS
TTGAGTTCAGTTACAACGGA+TGG 0.499708 contig495end:-10386 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TCGGCATAGGCCAACAATAA+CGG 0.503043 contig495end:-11385 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GGAAGGCGTCGAGGATGAAA+CGG 0.503486 contig495end:-10340 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TGAAATGAAGGGCTCAGACT+TGG 0.504517 contig495end:+11648 MsG0080048864.01.T01:CDS
TTTGATTGGGAGAGGAAGTG+TGG 0.508160 contig495end:-10251 MsG0080048864.01.T01:intergenic
ATGCATTCTGATGCTGGTAG+AGG 0.509383 contig495end:+10659 MsG0080048864.01.T01:CDS
GGAATCTAAATTGAAGTCAA+AGG 0.510017 contig495end:+12194 MsG0080048864.01.T01:CDS
ATAAGTTTGGTGTGAAACCT+AGG 0.510762 contig495end:+10717 MsG0080048864.01.T01:CDS
GTACCATATGCCATGACATC+CGG 0.511419 contig495end:-11049 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GCGGTATACGCAAACACATC+CGG 0.511608 contig495end:-10944 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GTGGCGGGTTTGATTGGGAG+AGG 0.512593 contig495end:-10259 MsG0080048864.01.T01:intergenic
AAAGTTTCCAAATCCAAAAG+TGG 0.514261 contig495end:+10225 MsG0080048864.01.T01:CDS
GAATCTAAATTGAAGTCAAA+GGG 0.514407 contig495end:+12195 MsG0080048864.01.T01:CDS
TCCTTTCTTCTCAATCAGAT+GGG 0.516882 contig495end:-11497 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TTTGTGGCGGGGAATAAGGT+TGG 0.518489 contig495end:+11190 MsG0080048864.01.T01:CDS
ATAAAGGGATTATGTAAAGG+TGG 0.520833 contig495end:+10866 MsG0080048864.01.T01:CDS
GTTCGGATTATGGTTAAAGA+GGG 0.521092 contig495end:+10971 MsG0080048864.01.T01:CDS
ACGGAGGGAGGCGGAGAATG+TGG 0.521139 contig495end:-10303 MsG0080048864.01.T01:intergenic
CATTGGTGGTTTGGCGAAAG+GGG 0.521857 contig495end:+11075 MsG0080048864.01.T01:CDS
GGTTCGGATTATGGTTAAAG+AGG 0.522678 contig495end:+10970 MsG0080048864.01.T01:CDS
CAATTTGAATAAGGTTGAGA+AGG 0.524540 contig495end:+11300 MsG0080048864.01.T01:CDS
TGGCTGTTTGAGGGTTTGGA+AGG 0.525003 contig495end:+11003 MsG0080048864.01.T01:CDS
GAAGAGAGATAGAGTCGAGC+CGG 0.525883 contig495end:+11030 MsG0080048864.01.T01:CDS
GCCACCACCATCTCCATCCC+CGG 0.528687 contig495end:+10277 MsG0080048864.01.T01:CDS
ATGGCATATGGTACTATCAT+TGG 0.529310 contig495end:+11058 MsG0080048864.01.T01:CDS
GAAGGCGTCGAGGATGAAAC+GGG 0.532871 contig495end:-10339 MsG0080048864.01.T01:intergenic
CAAAATCGTCCAACCGTACG+TGG 0.532965 contig495end:+10140 MsG0080048864.01.T01:CDS
GCTAAAGGTCTTTGCAACAT+TGG 0.532996 contig495end:+11805 MsG0080048864.01.T01:CDS
AAGAACCTCGGCGACTAGGG+TGG 0.536362 contig495end:-10429 MsG0080048864.01.T01:intergenic
ATCTCTTCACTTGAGTGGTA+AGG 0.536511 contig495end:+11600 MsG0080048864.01.T01:CDS
GCATATGGTACTATCATTGG+TGG 0.536612 contig495end:+11061 MsG0080048864.01.T01:CDS
TCAAATTGCTTCTCCGACGG+AGG 0.536810 contig495end:-10623 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GTTAAAGAGGGAAATTTGGA+TGG 0.538468 contig495end:+10983 MsG0080048864.01.T01:CDS
GCCTCCGGGGATGGAGATGG+TGG 0.542340 contig495end:-10281 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TAGAGTCGAGCCGGATGTCA+TGG 0.543991 contig495end:+11039 MsG0080048864.01.T01:CDS
CAGGGAGCTGATCGGCTGCA+CGG 0.545180 contig495end:-10577 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TTGATTGGGAGAGGAAGTGT+GGG 0.547432 contig495end:-10250 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GTAAGCAGCCACAGAAGGAA+TGG 0.547969 contig495end:-11773 MsG0080048864.01.T01:intergenic
CGATCAGCTCCCTGAGCTGA+TGG 0.550098 contig495end:+10586 MsG0080048864.01.T01:CDS
GGTGTGGTTGGTGTTTGAGG+AGG 0.550442 contig495end:-10077 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GAAGTAGAATTTGTTTGGTG+TGG 0.551845 contig495end:-10093 MsG0080048864.01.T01:intergenic
ATCATGTTTATGATAAGATG+AGG 0.553974 contig495end:+10693 MsG0080048864.01.T01:CDS
AACGGGCAATCGGGGAGAGA+CGG 0.555921 contig495end:-10322 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TGCTTAGGCAATGTTACAAG+TGG 0.557615 contig495end:+11862 MsG0080048864.01.T01:CDS
GGCAATCGGGGAGAGACGGA+GGG 0.558822 contig495end:-10318 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GGAAAAGAGGCCTCCACGTA+CGG 0.560797 contig495end:-10153 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TAAAGGGATTATGTAAAGGT+GGG 0.561289 contig495end:+10867 MsG0080048864.01.T01:CDS
AAAACTTGAAAGCTAGGGTA+GGG 0.562957 contig495end:-10466 MsG0080048864.01.T01:intergenic
ATGGAATCTCTTCACTTGAG+TGG 0.563290 contig495end:+11595 MsG0080048864.01.T01:CDS
TGAGTTCAGTTACAACGGAT+GGG 0.564109 contig495end:-10385 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GTCCCTCCTGAATAGTGACT+TGG 0.564205 contig495end:-11336 MsG0080048864.01.T01:intergenic
ATCGTTGGTTGAGTCGTTTG+TGG 0.565090 contig495end:+11174 MsG0080048864.01.T01:CDS
TAGAGCGATATATGGATCGT+TGG 0.566778 contig495end:+11159 MsG0080048864.01.T01:CDS
CCTGGGCATCCATCAGCTCA+GGG 0.568291 contig495end:-10595 MsG0080048864.01.T01:intergenic
CGGGATACCGTGCTGATTTG+GGG 0.568519 contig495end:+11248 MsG0080048864.01.T01:CDS
AAGAGGCCTCCACGTACGGT+TGG 0.568853 contig495end:-10149 MsG0080048864.01.T01:intergenic
AAGAATTGCTATGTTATATG+TGG 0.569634 contig495end:-11683 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TCTTCACTTGAGTGGTAAGG+TGG 0.573683 contig495end:+11603 MsG0080048864.01.T01:CDS
TCACTCTTTGATGAAATGAA+GGG 0.573742 contig495end:+11637 MsG0080048864.01.T01:CDS
TGTGTTTGCGTATACCGCGT+TGG 0.576742 contig495end:+10949 MsG0080048864.01.T01:CDS
CAATTGTAAGCAGCCACAGA+AGG 0.578511 contig495end:-11778 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TATTCAGGAGGGACTTGAGC+CGG 0.583686 contig495end:+11345 MsG0080048864.01.T01:CDS
AGTTTGAACTTTAAGAACCT+CGG 0.584472 contig495end:-10441 MsG0080048864.01.T01:intergenic
ATCTCAAATTGCTTCTCCGA+CGG 0.588028 contig495end:-10626 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TGAACTCAACAAACTGCGGA+GGG 0.588958 contig495end:+10400 MsG0080048864.01.T01:CDS
TCGAGAAGATGAAGAAGTTG+GGG 0.591987 contig495end:+11440 MsG0080048864.01.T01:CDS
AGAACCTCGGCGACTAGGGT+GGG 0.592473 contig495end:-10428 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TGGATGCTTTGGTTAAGACT+GGG 0.593938 contig495end:+10762 MsG0080048864.01.T01:CDS
ATTGGTGGTTTGGCGAAAGG+GGG 0.595186 contig495end:+11076 MsG0080048864.01.T01:CDS
TTTCCAAGTCACTATTCAGG+AGG 0.595731 contig495end:+11333 MsG0080048864.01.T01:CDS
TGGTTGAGTCGTTTGTGGCG+GGG 0.597354 contig495end:+11179 MsG0080048864.01.T01:CDS
GGCGGAGAATGTGGCCTCCG+GGG 0.599048 contig495end:-10294 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TTGGTGGGTTTAGGTTTGGG+AGG 0.599277 contig495end:-10194 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TGCCCAGGGAAAGCCTCCGT+CGG 0.600092 contig495end:+10610 MsG0080048864.01.T01:CDS
GAGGGAGAAATTGTGTAAGC+CGG 0.602752 contig495end:+10925 MsG0080048864.01.T01:CDS
ATTCTTTGCCTTGTTGATCG+CGG 0.607940 contig495end:+11700 MsG0080048864.01.T01:CDS
TATGTTATATGTGGATGAGT+CGG 0.609041 contig495end:-11674 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TTCCAAGTCACTATTCAGGA+GGG 0.609635 contig495end:+11334 MsG0080048864.01.T01:CDS
AGACAATACTTAAACTCCAT+AGG 0.610019 contig495end:-11886 MsG0080048864.01.T01:intergenic
AAGTTTCCAAATCCAAAAGT+GGG 0.611175 contig495end:+10226 MsG0080048864.01.T01:CDS
CTGAACTCAACAAACTGCGG+AGG 0.611259 contig495end:+10399 MsG0080048864.01.T01:CDS
GAGGATGAAACGGGCAATCG+GGG 0.616158 contig495end:-10330 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TTCAAAGAGATGAAGAGTAA+GGG 0.616877 contig495end:+11124 MsG0080048864.01.T01:CDS
TAAGTTTGGTGTGAAACCTA+GGG 0.617181 contig495end:+10718 MsG0080048864.01.T01:CDS
TGTTGCAAAGACCTTTAGCA+AGG 0.617788 contig495end:-11801 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TTTGTTGAGTTCAGTTACAA+CGG 0.617844 contig495end:-10390 MsG0080048864.01.T01:intergenic
CAAGTATGGAACAATTGAAG+AGG 0.617916 contig495end:+12032 MsG0080048864.01.T01:CDS
ACGATTAAGGCAATAAGTGA+AGG 0.624822 contig495end:-10543 MsG0080048864.01.T01:intergenic
GTTGGTTGAGTCGTTTGTGG+CGG 0.626132 contig495end:+11177 MsG0080048864.01.T01:CDS
CCTGAGCTGATGGATGCCCA+GGG 0.633471 contig495end:+10596 MsG0080048864.01.T01:CDS
CATCAGCTCAGGGAGCTGAT+CGG 0.640302 contig495end:-10585 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TACTCCCACCCTAGTCGCCG+AGG 0.640504 contig495end:+10424 MsG0080048864.01.T01:CDS
TAATTTCACCGCGATCAACA+AGG 0.642652 contig495end:-11708 MsG0080048864.01.T01:intergenic
CTATGCCGAAGCAAAACGAA+TGG 0.651388 contig495end:+11399 MsG0080048864.01.T01:CDS
TTGAATGAGATGATGCAAGA+AGG 0.665507 contig495end:+11961 MsG0080048864.01.T01:CDS
TGATCGCGGTGAAATTAAGG+AGG 0.668672 contig495end:+11714 MsG0080048864.01.T01:CDS
TATAAATCCCCAAATCAGCA+CGG 0.673475 contig495end:-11255 MsG0080048864.01.T01:intergenic
ACCACCATCTCCATCCCCGG+AGG 0.675208 contig495end:+10280 MsG0080048864.01.T01:CDS
GCAATCTCTAACAAGCAGCA+TGG 0.682059 contig495end:-11842 MsG0080048864.01.T01:intergenic
AACCATAATCCGAACCAACG+CGG 0.694259 contig495end:-10963 MsG0080048864.01.T01:intergenic
TAACTGAACTCAACAAACTG+CGG 0.697739 contig495end:+10396 MsG0080048864.01.T01:CDS
AATCGTCCAACCGTACGTGG+AGG 0.703864 contig495end:+10143 MsG0080048864.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ATTTATAATAACCTTATTGA+AGG + contig495end:11271-11290 MsG0080048864.01.T01:CDS 15.0%
!! TGAAATTTACAATATTCTTA+TGG + contig495end:11576-11595 MsG0080048864.01.T01:CDS 15.0%
!!! ACTTTTATGATTTTGATAAA+GGG + contig495end:10851-10870 MsG0080048864.01.T01:CDS 15.0%
!!! TACTTTTATGATTTTGATAA+AGG + contig495end:10850-10869 MsG0080048864.01.T01:CDS 15.0%
!!! AGCAATTTGAGATTTTAATT+CGG + contig495end:10636-10655 MsG0080048864.01.T01:CDS 20.0%
!!! GTTTTTGTATAATAGGATTA+TGG + contig495end:10742-10761 MsG0080048864.01.T01:CDS 20.0%
! AACAAATTCTACTTCTTCTA+CGG + contig495end:10101-10120 MsG0080048864.01.T01:CDS 25.0%
! AAGAATTGCTATGTTATATG+TGG - contig495end:11686-11705 MsG0080048864.01.T01:intergenic 25.0%
! ATCATGTTTATGATAAGATG+AGG + contig495end:10693-10712 MsG0080048864.01.T01:CDS 25.0%
! GAATCTAAATTGAAGTCAAA+GGG + contig495end:12195-12214 MsG0080048864.01.T01:CDS 25.0%
! TTGATAAAGGGATTATGTAA+AGG + contig495end:10863-10882 MsG0080048864.01.T01:CDS 25.0%
!! AAAGGTTTTCTCAATTTTGA+GGG + contig495end:12059-12078 MsG0080048864.01.T01:CDS 25.0%
!! TAGAAGAAGTAGAATTTGTT+TGG - contig495end:10101-10120 MsG0080048864.01.T01:intergenic 25.0%
!!! GTCGGTTTATAATGATTTTA+GGG + contig495end:10802-10821 MsG0080048864.01.T01:CDS 25.0%
!!! TATAATGATTTTAGGGAAGA+TGG + contig495end:10809-10828 MsG0080048864.01.T01:CDS 25.0%
!!! TGTCGGTTTATAATGATTTT+AGG + contig495end:10801-10820 MsG0080048864.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTTGATTTGTTGAAGGATT+TGG + contig495end:11219-11238 MsG0080048864.01.T01:CDS 25.0%
AAAGTTTCCAAATCCAAAAG+TGG + contig495end:10225-10244 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
AAGTTTCCAAATCCAAAAGT+GGG + contig495end:10226-10245 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
AATGGAAAAACTTGAAAGCT+AGG - contig495end:10475-10494 MsG0080048864.01.T01:intergenic 30.0%
AATTGCACAAACCTTCAATA+AGG - contig495end:11285-11304 MsG0080048864.01.T01:intergenic 30.0%
AGACAATACTTAAACTCCAT+AGG - contig495end:11889-11908 MsG0080048864.01.T01:intergenic 30.0%
AGGTTTGTGCAATTTGAATA+AGG + contig495end:11291-11310 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
ATAAAGGGATTATGTAAAGG+TGG + contig495end:10866-10885 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
ATATCAGGATTGAAGTTCTT+TGG + contig495end:12168-12187 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
ATCACTCTTTGATGAAATGA+AGG + contig495end:11636-11655 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
ATGGAAAAACTTGAAAGCTA+GGG - contig495end:10474-10493 MsG0080048864.01.T01:intergenic 30.0%
CAATTTGAATAAGGTTGAGA+AGG + contig495end:11300-11319 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
CCGTAAAAACAATAACAACT+GGG + contig495end:10361-10380 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
CGTAAAAACAATAACAACTG+GGG + contig495end:10362-10381 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
CTATTATACAAAAACACCCT+AGG - contig495end:10737-10756 MsG0080048864.01.T01:intergenic 30.0%
GAAAATTGATGAGATGTTAG+AGG + contig495end:10889-10908 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
GATAAGATGAGGAATAAGTT+TGG + contig495end:10704-10723 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
GGAATCTAAATTGAAGTCAA+AGG + contig495end:12194-12213 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
TAAAGGGATTATGTAAAGGT+GGG + contig495end:10867-10886 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
TAATAGGATTATGGATGCTT+TGG + contig495end:10751-10770 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
TATGGTTAAAGAGGGAAATT+TGG + contig495end:10979-10998 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
TATGTTATATGTGGATGAGT+CGG - contig495end:11677-11696 MsG0080048864.01.T01:intergenic 30.0%
TCACTCTTTGATGAAATGAA+GGG + contig495end:11637-11656 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
TCCGTAAAAACAATAACAAC+TGG + contig495end:10360-10379 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
TTCAAAGAGATGAAGAGTAA+GGG + contig495end:11124-11143 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
TTGATAGATAGAGCGATATA+TGG + contig495end:11151-11170 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
TTTGTTGAGTTCAGTTACAA+CGG - contig495end:10393-10412 MsG0080048864.01.T01:intergenic 30.0%
! ACTTTTGGATTTGGAAACTT+TGG - contig495end:10226-10245 MsG0080048864.01.T01:intergenic 30.0%
! AGTTTGAACTTTAAGAACCT+CGG - contig495end:10444-10463 MsG0080048864.01.T01:intergenic 30.0%
! CTTTTGGATTTGGAAACTTT+GGG - contig495end:10225-10244 MsG0080048864.01.T01:intergenic 30.0%
! GAAAGGTTTTCTCAATTTTG+AGG + contig495end:12058-12077 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
!! CTAGGGTGTTTTTGTATAAT+AGG + contig495end:10735-10754 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
!!! AGCTTTCAAGTTTTTCCATT+GGG + contig495end:10475-10494 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
!!! CCCAGTTGTTATTGTTTTTA+CGG - contig495end:10364-10383 MsG0080048864.01.T01:intergenic 30.0%
!!! GTTGTTATTGTTTTTACGGA+AGG - contig495end:10360-10379 MsG0080048864.01.T01:intergenic 30.0%
!!! TAGCTTTCAAGTTTTTCCAT+TGG + contig495end:10474-10493 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
!!! TTTGGCTTTTGATTTGTTGA+AGG + contig495end:11213-11232 MsG0080048864.01.T01:CDS 30.0%
AAAAACTTGAAAGCTAGGGT+AGG - contig495end:10470-10489 MsG0080048863.01.T01:intergenic 35.0%
AAAACTTGAAAGCTAGGGTA+GGG - contig495end:10469-10488 MsG0080048863.01.T01:intergenic 35.0%
AAATTTGGATGGCTGTTTGA+GGG + contig495end:10994-11013 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
AACAATTGAAGAGGCTAGAA+AGG + contig495end:12041-12060 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
ACGATTAAGGCAATAAGTGA+AGG - contig495end:10546-10565 MsG0080048864.01.T01:intergenic 35.0%
ATGGCATATGGTACTATCAT+TGG + contig495end:11058-11077 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
ATGTTATATGTGGATGAGTC+GGG - contig495end:11676-11695 MsG0080048864.01.T01:intergenic 35.0%
CAAGTATGGAACAATTGAAG+AGG + contig495end:12032-12051 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
CAAGTCAAATGATGCAGAAA+AGG + contig495end:11927-11946 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
CATTGGGTAGAGAAACAAAA+AGG + contig495end:10491-10510 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
GAAGAAAAAAACAGCAGACT+TGG + contig495end:12143-12162 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
GTCTGTAAAACCGTTATTGT+TGG + contig495end:11375-11394 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
GTTAAAGAGGGAAATTTGGA+TGG + contig495end:10983-11002 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
GTTCAAAGAGATGAAGAGTA+AGG + contig495end:11123-11142 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
GTTCGGATTATGGTTAAAGA+GGG + contig495end:10971-10990 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
TAACTGAACTCAACAAACTG+CGG + contig495end:10396-10415 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
TATAAATCCCCAAATCAGCA+CGG - contig495end:11258-11277 MsG0080048864.01.T01:intergenic 35.0%
TCCTTTCTTCTCAATCAGAT+GGG - contig495end:11500-11519 MsG0080048864.01.T01:intergenic 35.0%
TGAGAAGAAAGGAACAGAAA+TGG + contig495end:11507-11526 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
TTCCTTTCTTCTCAATCAGA+TGG - contig495end:11501-11520 MsG0080048864.01.T01:intergenic 35.0%
TTGAATGAGATGATGCAAGA+AGG + contig495end:11961-11980 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
TTTGAGAGGTCATCAATAAC+TGG - contig495end:11469-11488 MsG0080048864.01.T01:intergenic 35.0%
! GAAGTAGAATTTGTTTGGTG+TGG - contig495end:10096-10115 MsG0080048864.01.T01:intergenic 35.0%
! GATGAGATGTTAGAGGTTTT+GGG + contig495end:10896-10915 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
! TGATGAGATGTTAGAGGTTT+TGG + contig495end:10895-10914 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
!! ATAAGTTTGGTGTGAAACCT+AGG + contig495end:10717-10736 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
!! CTTTTTGTTTCTCTACCCAA+TGG - contig495end:10493-10512 MsG0080048864.01.T01:intergenic 35.0%
!! TAAGTTTGGTGTGAAACCTA+GGG + contig495end:10718-10737 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
!! TAGAATTTGTTTGGTGTGGT+TGG - contig495end:10092-10111 MsG0080048864.01.T01:intergenic 35.0%
!! TGATTTTAGGGAAGATGGAT+TGG + contig495end:10814-10833 MsG0080048864.01.T01:CDS 35.0%
AGGATTGAAGTTCTTTGGTC+TGG + contig495end:12173-12192 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
ATCTCAAATTGCTTCTCCGA+CGG - contig495end:10629-10648 MsG0080048864.01.T01:intergenic 40.0%
ATCTCTTCACTTGAGTGGTA+AGG + contig495end:11600-11619 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
ATGGAATCTCTTCACTTGAG+TGG + contig495end:11595-11614 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
ATGGATGCTTTGGTTAAGAC+TGG + contig495end:10761-10780 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
CAATGTTACAAGTGGACCTA+TGG + contig495end:11870-11889 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
CGTTGTAAGAGGCGAAATTA+TGG - contig495end:10523-10542 MsG0080048864.01.T01:intergenic 40.0%
CTCGAGAAGATGAAGAAGTT+GGG + contig495end:11439-11458 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
GAAATTTGGATGGCTGTTTG+AGG + contig495end:10993-11012 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
GCATATGGTACTATCATTGG+TGG + contig495end:11061-11080 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
GCTAAAGGTCTTTGCAACAT+TGG + contig495end:11805-11824 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
GCTTACAATTGCCTTGCTAA+AGG + contig495end:11790-11809 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
GGAAATGGTTAGCACGATTA+AGG - contig495end:10559-10578 MsG0080048864.01.T01:intergenic 40.0%
GGTTCGGATTATGGTTAAAG+AGG + contig495end:10970-10989 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
GTATGTTCTGCAATCATCTC+TGG + contig495end:12003-12022 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
TAAGACTGGGCATTTGGATT+TGG + contig495end:10775-10794 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
TAATTTCACCGCGATCAACA+AGG - contig495end:11711-11730 MsG0080048864.01.T01:intergenic 40.0%
TAGAGCGATATATGGATCGT+TGG + contig495end:11159-11178 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
TCCCATCTGATTGAGAAGAA+AGG + contig495end:11496-11515 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
TCGAGAAGATGAAGAAGTTG+GGG + contig495end:11440-11459 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
TGAGTTCAGTTACAACGGAT+GGG - contig495end:10388-10407 MsG0080048864.01.T01:intergenic 40.0%
TGCTTAGGCAATGTTACAAG+TGG + contig495end:11862-11881 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
TGGATGCTTTGGTTAAGACT+GGG + contig495end:10762-10781 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
TGGATTTGGAAACTTTGGGT+TGG - contig495end:10221-10240 MsG0080048864.01.T01:intergenic 40.0%
TGTTGATCGCGGTGAAATTA+AGG + contig495end:11711-11730 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
TGTTGCAAAGACCTTTAGCA+AGG - contig495end:11804-11823 MsG0080048864.01.T01:intergenic 40.0%
TTCCAAGTCACTATTCAGGA+GGG + contig495end:11334-11353 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
TTGAGTTCAGTTACAACGGA+TGG - contig495end:10389-10408 MsG0080048864.01.T01:intergenic 40.0%
TTTCCAAGTCACTATTCAGG+AGG + contig495end:11333-11352 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
TTTGGTTAAGACTGGGCATT+TGG + contig495end:10769-10788 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
! ACAGCAGACTTGGTAATATC+AGG + contig495end:12153-12172 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
! ATCGTCCATTCGTTTTGCTT+CGG - contig495end:11407-11426 MsG0080048864.01.T01:intergenic 40.0%
! ATTCTTTGCCTTGTTGATCG+CGG + contig495end:11700-11719 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
! CTGCTTGTTAGAGATTGCTT+AGG + contig495end:11847-11866 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
! GATGGGAGAAGAATTTTGAG+AGG - contig495end:11483-11502 MsG0080048864.01.T01:intergenic 40.0%
! GCTTTTCCAAGTCACTATTC+AGG + contig495end:11330-11349 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
! GGTTTTACAGACAAGAAGTC+CGG - contig495end:11367-11386 MsG0080048864.01.T01:intergenic 40.0%
! TGACTTGCACATGCGAATAA+TGG - contig495end:11914-11933 MsG0080048864.01.T01:intergenic 40.0%
! TGGTACTATCATTGGTGGTT+TGG + contig495end:11066-11085 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
!! AAACTTTGGGTTGGTTTGGT+GGG - contig495end:10212-10231 MsG0080048864.01.T01:intergenic 40.0%
!! ATAAGTGAAGGCGTTGTAAG+AGG - contig495end:10534-10553 MsG0080048864.01.T01:intergenic 40.0%
!! TTGGAAACTTTGGGTTGGTT+TGG - contig495end:10216-10235 MsG0080048864.01.T01:intergenic 40.0%
!!! AGATGTTAGAGGTTTTGGGA+AGG + contig495end:10900-10919 MsG0080048864.01.T01:CDS 40.0%
AACCATAATCCGAACCAACG+CGG - contig495end:10966-10985 MsG0080048864.01.T01:intergenic 45.0%
ATCTCTGGCATGTGCAAGTA+TGG + contig495end:12018-12037 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
ATGCATTCTGATGCTGGTAG+AGG + contig495end:10659-10678 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
ATTCGGATGCATTCTGATGC+TGG + contig495end:10653-10672 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
CAATTGTAAGCAGCCACAGA+AGG - contig495end:11781-11800 MsG0080048864.01.T01:intergenic 45.0%
CTATGCCGAAGCAAAACGAA+TGG + contig495end:11399-11418 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
GAGGGAGAAATTGTGTAAGC+CGG + contig495end:10925-10944 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
GATGTCTTCCATTCCTTCTG+TGG + contig495end:11765-11784 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
GCAATCTCTAACAAGCAGCA+TGG - contig495end:11845-11864 MsG0080048864.01.T01:intergenic 45.0%
GCATTTGGATTTGGCGTTGT+CGG + contig495end:10784-10803 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
GCTCGAGAAGATGAAGAAGT+TGG + contig495end:11438-11457 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
GTACCATATGCCATGACATC+CGG - contig495end:11052-11071 MsG0080048864.01.T01:intergenic 45.0%
TCGGCATAGGCCAACAATAA+CGG - contig495end:11388-11407 MsG0080048864.01.T01:intergenic 45.0%
TCTTCACTTGAGTGGTAAGG+TGG + contig495end:11603-11622 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
TGAAATGAAGGGCTCAGACT+TGG + contig495end:11648-11667 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
TGAACTCAACAAACTGCGGA+GGG + contig495end:10400-10419 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
TGATCGCGGTGAAATTAAGG+AGG + contig495end:11714-11733 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
TGATGCTGGTAGAGGTCTTA+GGG + contig495end:10667-10686 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
TTTAAGAACCTCGGCGACTA+GGG - contig495end:10435-10454 MsG0080048864.01.T01:intergenic 45.0%
TTTGATTGGGAGAGGAAGTG+TGG - contig495end:10254-10273 MsG0080048864.01.T01:intergenic 45.0%
! ATCATTGGTGGTTTGGCGAA+AGG + contig495end:11073-11092 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
! ATCGTTGGTTGAGTCGTTTG+TGG + contig495end:11174-11193 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
! CATTCGTTTTGCTTCGGCAT+AGG - contig495end:11401-11420 MsG0080048864.01.T01:intergenic 45.0%
! TACGGTTGGACGATTTTGAG+AGG - contig495end:10138-10157 MsG0080048864.01.T01:intergenic 45.0%
! TCATTGGTGGTTTGGCGAAA+GGG + contig495end:11074-11093 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
! TTGATTGGGAGAGGAAGTGT+GGG - contig495end:10253-10272 MsG0080048864.01.T01:intergenic 45.0%
! TTTAGGTTTGGGAGGAGTGA+GGG - contig495end:10189-10208 MsG0080048864.01.T01:intergenic 45.0%
! TTTGGTGTGGTTGGTGTTTG+AGG - contig495end:10083-10102 MsG0080048864.01.T01:intergenic 45.0%
!! ACGGTTGGACGATTTTGAGA+GGG - contig495end:10137-10156 MsG0080048864.01.T01:intergenic 45.0%
!! GAAACTTTGGGTTGGTTTGG+TGG - contig495end:10213-10232 MsG0080048864.01.T01:intergenic 45.0%
!! GACGATTTTGAGAGGGTTTG+CGG - contig495end:10130-10149 MsG0080048864.01.T01:intergenic 45.0%
!! GGTTTGGTGGGTTTAGGTTT+GGG - contig495end:10200-10219 MsG0080048864.01.T01:intergenic 45.0%
!! GTTGAAGGATTTGGTGAGCT+CGG + contig495end:11228-11247 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
!! TGGTTTGGTGGGTTTAGGTT+TGG - contig495end:10201-10220 MsG0080048864.01.T01:intergenic 45.0%
!! TTGAAGGATTTGGTGAGCTC+GGG + contig495end:11229-11248 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
!!! AGAGGTTTTGGGAAGGATGA+GGG + contig495end:10907-10926 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
!!! TAGAGGTTTTGGGAAGGATG+AGG + contig495end:10906-10925 MsG0080048864.01.T01:CDS 45.0%
CAAAATCGTCCAACCGTACG+TGG + contig495end:10140-10159 MsG0080048864.01.T01:CDS 50.0%
CTGAACTCAACAAACTGCGG+AGG + contig495end:10399-10418 MsG0080048864.01.T01:CDS 50.0%
CTGATGCTGGTAGAGGTCTT+AGG + contig495end:10666-10685 MsG0080048864.01.T01:CDS 50.0%
GAAGAGAGATAGAGTCGAGC+CGG + contig495end:11030-11049 MsG0080048864.01.T01:CDS 50.0%
GCGGTATACGCAAACACATC+CGG - contig495end:10947-10966 MsG0080048864.01.T01:intergenic 50.0%
GGGTTTGGCGATTGGAAAAG+AGG - contig495end:10169-10188 MsG0080048864.01.T01:intergenic 50.0%
GTAAGCAGCCACAGAAGGAA+TGG - contig495end:11776-11795 MsG0080048864.01.T01:intergenic 50.0%
GTCCCTCCTGAATAGTGACT+TGG - contig495end:11339-11358 MsG0080048864.01.T01:intergenic 50.0%
GTTGGTTGAGTCGTTTGTGG+CGG + contig495end:11177-11196 MsG0080048864.01.T01:CDS 50.0%
TATTCAGGAGGGACTTGAGC+CGG + contig495end:11345-11364 MsG0080048864.01.T01:CDS 50.0%
TCAAATTGCTTCTCCGACGG+AGG - contig495end:10626-10645 MsG0080048864.01.T01:intergenic 50.0%
TCGAGGATGAAACGGGCAAT+CGG - contig495end:10335-10354 MsG0080048864.01.T01:intergenic 50.0%
TGGATGGCTGTTTGAGGGTT+TGG + contig495end:10999-11018 MsG0080048864.01.T01:CDS 50.0%
TGGCTGTTTGAGGGTTTGGA+AGG + contig495end:11003-11022 MsG0080048864.01.T01:CDS 50.0%
TGTGTTTGCGTATACCGCGT+TGG + contig495end:10949-10968 MsG0080048864.01.T01:CDS 50.0%
TTGGTTGAGTCGTTTGTGGC+GGG + contig495end:11178-11197 MsG0080048864.01.T01:CDS 50.0%
! ATTGGTGGTTTGGCGAAAGG+GGG + contig495end:11076-11095 MsG0080048864.01.T01:CDS 50.0%
! CATTGGTGGTTTGGCGAAAG+GGG + contig495end:11075-11094 MsG0080048864.01.T01:CDS 50.0%
! CTTTAAGAACCTCGGCGACT+AGG - contig495end:10436-10455 MsG0080048864.01.T01:intergenic 50.0%
! GTTTAGGTTTGGGAGGAGTG+AGG - contig495end:10190-10209 MsG0080048864.01.T01:intergenic 50.0%
! TTTGTGGCGGGGAATAAGGT+TGG + contig495end:11190-11209 MsG0080048864.01.T01:CDS 50.0%
!! GTGGGTCCCACTTTTGGATT+TGG - contig495end:10235-10254 MsG0080048864.01.T01:intergenic 50.0%
!! TACCGCGTTGGTTCGGATTA+TGG + contig495end:10961-10980 MsG0080048864.01.T01:CDS 50.0%
!! TCGGGATACCGTGCTGATTT+GGG + contig495end:11247-11266 MsG0080048864.01.T01:CDS 50.0%
!! TGGGTTGGTTTGGTGGGTTT+AGG - contig495end:10206-10225 MsG0080048864.01.T01:intergenic 50.0%
!! TTGCGTATACCGCGTTGGTT+CGG + contig495end:10954-10973 MsG0080048864.01.T01:CDS 50.0%
!! TTGGTGGGTTTAGGTTTGGG+AGG - contig495end:10197-10216 MsG0080048864.01.T01:intergenic 50.0%
!!! AAAGGGGGAAGGGTTTTGGA+GGG + contig495end:11091-11110 MsG0080048864.01.T01:CDS 50.0%
!!! TGTTTTTACGGAAGGCGTCG+AGG - contig495end:10352-10371 MsG0080048864.01.T01:intergenic 50.0%
AATCGTCCAACCGTACGTGG+AGG + contig495end:10143-10162 MsG0080048864.01.T01:CDS 55.0%
AGGAGTGAGGGTTTGGCGAT+TGG - contig495end:10177-10196 MsG0080048864.01.T01:intergenic 55.0%
CATCAGCTCAGGGAGCTGAT+CGG - contig495end:10588-10607 MsG0080048864.01.T01:intergenic 55.0%
CGAGGATGAAACGGGCAATC+GGG - contig495end:10334-10353 MsG0080048864.01.T01:intergenic 55.0%
GAGCCGGATGTCATGGCATA+TGG + contig495end:11046-11065 MsG0080048864.01.T01:CDS 55.0%
GAGGATGAAACGGGCAATCG+GGG - contig495end:10333-10352 MsG0080048864.01.T01:intergenic 55.0%
GGAAAAGAGGCCTCCACGTA+CGG - contig495end:10156-10175 MsG0080048864.01.T01:intergenic 55.0%
GTTTGGGAGGAGTGAGGGTT+TGG - contig495end:10184-10203 MsG0080048864.01.T01:intergenic 55.0%
TAGAGTCGAGCCGGATGTCA+TGG + contig495end:11039-11058 MsG0080048864.01.T01:CDS 55.0%
TGGTTGAGTCGTTTGTGGCG+GGG + contig495end:11179-11198 MsG0080048864.01.T01:CDS 55.0%
! GGCGGGGAATAAGGTTGGTT+TGG + contig495end:11195-11214 MsG0080048864.01.T01:CDS 55.0%
! GGTGTGGTTGGTGTTTGAGG+AGG - contig495end:10080-10099 MsG0080048864.01.T01:intergenic 55.0%
! GTCGTTTGTGGCGGGGAATA+AGG + contig495end:11186-11205 MsG0080048864.01.T01:CDS 55.0%
! TGGTTTGGCGAAAGGGGGAA+GGG + contig495end:11081-11100 MsG0080048864.01.T01:CDS 55.0%
!! ATGGTGGTGGCGGGTTTGAT+TGG - contig495end:10268-10287 MsG0080048864.01.T01:intergenic 55.0%
!! CGGGATACCGTGCTGATTTG+GGG + contig495end:11248-11267 MsG0080048864.01.T01:CDS 55.0%
!! CTCGGGATACCGTGCTGATT+TGG + contig495end:11246-11265 MsG0080048864.01.T01:CDS 55.0%
!! GAAAGGGGGAAGGGTTTTGG+AGG + contig495end:11090-11109 MsG0080048864.01.T01:CDS 55.0%
!! GAAGGCGTCGAGGATGAAAC+GGG - contig495end:10342-10361 MsG0080048864.01.T01:intergenic 55.0%
!! GGAAGGCGTCGAGGATGAAA+CGG - contig495end:10343-10362 MsG0080048864.01.T01:intergenic 55.0%
!! GGAAGTGTGGGTCCCACTTT+TGG - contig495end:10241-10260 MsG0080048864.01.T01:intergenic 55.0%
!! TGGTGGTGGCGGGTTTGATT+GGG - contig495end:10267-10286 MsG0080048864.01.T01:intergenic 55.0%
AACGGGCAATCGGGGAGAGA+CGG - contig495end:10325-10344 MsG0080048864.01.T01:intergenic 60.0%
AAGAACCTCGGCGACTAGGG+TGG - contig495end:10432-10451 MsG0080048864.01.T01:intergenic 60.0%
AAGAGGCCTCCACGTACGGT+TGG - contig495end:10152-10171 MsG0080048864.01.T01:intergenic 60.0%
AGAACCTCGGCGACTAGGGT+GGG - contig495end:10431-10450 MsG0080048864.01.T01:intergenic 60.0%
CCTGGGCATCCATCAGCTCA+GGG - contig495end:10598-10617 MsG0080048864.01.T01:intergenic 60.0%
CGATCAGCTCCCTGAGCTGA+TGG + contig495end:10586-10605 MsG0080048864.01.T01:CDS 60.0%
GCTGATCGGCTGCACGGAAA+TGG - contig495end:10574-10593 MsG0080048864.01.T01:intergenic 60.0%
! CCTGAGCTGATGGATGCCCA+GGG + contig495end:10596-10615 MsG0080048864.01.T01:CDS 60.0%
! GGCGAAAGGGGGAAGGGTTT+TGG + contig495end:11087-11106 MsG0080048864.01.T01:CDS 60.0%
! GTGGTTTGGCGAAAGGGGGA+AGG + contig495end:11080-11099 MsG0080048864.01.T01:CDS 60.0%
!! GTGGCGGGTTTGATTGGGAG+AGG - contig495end:10262-10281 MsG0080048864.01.T01:intergenic 60.0%
AATCGGGGAGAGACGGAGGG+AGG - contig495end:10318-10337 MsG0080048864.01.T01:intergenic 65.0%
ACCACCATCTCCATCCCCGG+AGG + contig495end:10280-10299 MsG0080048864.01.T01:CDS 65.0%
ACGGAGGGAGGCGGAGAATG+TGG - contig495end:10306-10325 MsG0080048864.01.T01:intergenic 65.0%
AGGCGGAGAATGTGGCCTCC+GGG - contig495end:10298-10317 MsG0080048864.01.T01:intergenic 65.0%
CAGGGAGCTGATCGGCTGCA+CGG - contig495end:10580-10599 MsG0080048864.01.T01:intergenic 65.0%
CCCTGGGCATCCATCAGCTC+AGG - contig495end:10599-10618 MsG0080048864.01.T01:intergenic 65.0%
CTCCGACGGAGGCTTTCCCT+GGG - contig495end:10615-10634 MsG0080048864.01.T01:intergenic 65.0%
GAGAATGTGGCCTCCGGGGA+TGG - contig495end:10293-10312 MsG0080048864.01.T01:intergenic 65.0%
GAGGCGGAGAATGTGGCCTC+CGG - contig495end:10299-10318 MsG0080048864.01.T01:intergenic 65.0%
GCCACCACCATCTCCATCCC+CGG + contig495end:10277-10296 MsG0080048864.01.T01:CDS 65.0%
GGCAATCGGGGAGAGACGGA+GGG - contig495end:10321-10340 MsG0080048864.01.T01:intergenic 65.0%
TACTCCCACCCTAGTCGCCG+AGG + contig495end:10424-10443 MsG0080048864.01.T01:CDS 65.0%
TCTCCGACGGAGGCTTTCCC+TGG - contig495end:10616-10635 MsG0080048864.01.T01:intergenic 65.0%
TGCCCAGGGAAAGCCTCCGT+CGG + contig495end:10610-10629 MsG0080048864.01.T01:CDS 65.0%
! CCCTGAGCTGATGGATGCCC+AGG + contig495end:10595-10614 MsG0080048864.01.T01:CDS 65.0%
! TCCGGGGATGGAGATGGTGG+TGG - contig495end:10281-10300 MsG0080048864.01.T01:intergenic 65.0%
!! GGGATGGAGATGGTGGTGGC+GGG - contig495end:10277-10296 MsG0080048864.01.T01:intergenic 65.0%
!! GGGGATGGAGATGGTGGTGG+CGG - contig495end:10278-10297 MsG0080048864.01.T01:intergenic 65.0%
GCCTCCGGGGATGGAGATGG+TGG - contig495end:10284-10303 MsG0080048864.01.T01:intergenic 70.0%
GGCGGAGAATGTGGCCTCCG+GGG - contig495end:10297-10316 MsG0080048864.01.T01:intergenic 70.0%
GGGCAATCGGGGAGAGACGG+AGG - contig495end:10322-10341 MsG0080048864.01.T01:intergenic 70.0%
GTGGCCTCCGGGGATGGAGA+TGG - contig495end:10287-10306 MsG0080048864.01.T01:intergenic 70.0%
CGGGGAGAGACGGAGGGAGG+CGG - contig495end:10315-10334 MsG0080048864.01.T01:intergenic 75.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
contig495end gene 10074 12239 10074 ID=MsG0080048864.01;Name=MsG0080048864.01
contig495end mRNA 10074 12239 10074 ID=MsG0080048864.01.T01;Parent=MsG0080048864.01;Name=MsG0080048864.01.T01;_AED=0.37;_eAED=0.37;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|721
contig495end exon 10074 12239 10074 ID=MsG0080048864.01.T01:exon:6427;Parent=MsG0080048864.01.T01
contig495end CDS 10074 12239 10074 ID=MsG0080048864.01.T01:cds;Parent=MsG0080048864.01.T01
Gene Sequence

>MsG0080048864.01.T01

ATGCCTCCTCAAACACCAACCACACCAAACAAATTCTACTTCTTCTACGGTCACCGCAAACCCTCTCAAAATCGTCCAACCGTACGTGGAGGCCTCTTTTCCAATCGCCAAACCCTCACTCCTCCCAAACCTAAACCCACCAAACCAACCCAAAGTTTCCAAATCCAAAAGTGGGACCCACACTTCCTCTCCCAATCAAACCCGCCACCACCATCTCCATCCCCGGAGGCCACATTCTCCGCCTCCCTCCGTCTCTCCCCGATTGCCCGTTTCATCCTCGACGCCTTCCGTAAAAACAATAACAACTGGGGCCCATCCGTTGTAACTGAACTCAACAAACTGCGGAGGGTTACTCCCACCCTAGTCGCCGAGGTTCTTAAAGTTCAAACTAACCCTACCCTAGCTTTCAAGTTTTTCCATTGGGTAGAGAAACAAAAAGGTTATCACCATAATTTCGCCTCTTACAACGCCTTCACTTATTGCCTTAATCGTGCTAACCATTTCCGTGCAGCCGATCAGCTCCCTGAGCTGATGGATGCCCAGGGAAAGCCTCCGTCGGAGAAGCAATTTGAGATTTTAATTCGGATGCATTCTGATGCTGGTAGAGGTCTTAGGGTTTATCATGTTTATGATAAGATGAGGAATAAGTTTGGTGTGAAACCTAGGGTGTTTTTGTATAATAGGATTATGGATGCTTTGGTTAAGACTGGGCATTTGGATTTGGCGTTGTCGGTTTATAATGATTTTAGGGAAGATGGATTGGTTGAAGAGAGTGTTACTTTTATGATTTTGATAAAGGGATTATGTAAAGGTGGGAAAATTGATGAGATGTTAGAGGTTTTGGGAAGGATGAGGGAGAAATTGTGTAAGCCGGATGTGTTTGCGTATACCGCGTTGGTTCGGATTATGGTTAAAGAGGGAAATTTGGATGGCTGTTTGAGGGTTTGGAAGGAAATGAAGAGAGATAGAGTCGAGCCGGATGTCATGGCATATGGTACTATCATTGGTGGTTTGGCGAAAGGGGGAAGGGTTTTGGAGGGTTATGAGTTGTTCAAAGAGATGAAGAGTAAGGGTCATTTGATAGATAGAGCGATATATGGATCGTTGGTTGAGTCGTTTGTGGCGGGGAATAAGGTTGGTTTGGCTTTTGATTTGTTGAAGGATTTGGTGAGCTCGGGATACCGTGCTGATTTGGGGATTTATAATAACCTTATTGAAGGTTTGTGCAATTTGAATAAGGTTGAGAAGGCTTACAAGCTTTTCCAAGTCACTATTCAGGAGGGACTTGAGCCGGACTTCTTGTCTGTAAAACCGTTATTGTTGGCCTATGCCGAAGCAAAACGAATGGACGATTTTTTTAAGTTGCTCGAGAAGATGAAGAAGTTGGGGTTTCCAGTTATTGATGACCTCTCAAAATTCTTCTCCCATCTGATTGAGAAGAAAGGAACAGAAATGGCACTAGAGATATTTACACATTTGAAAGAAAAAAGTTATGTTAGTGTTGAAATTTACAATATTCTTATGGAATCTCTTCACTTGAGTGGTAAGGTGGAAAAAGCATTATCACTCTTTGATGAAATGAAGGGCTCAGACTTGGAGCCCGACTCATCCACATATAACATAGCAATTCTTTGCCTTGTTGATCGCGGTGAAATTAAGGAGGCATGTGAATGTCATAATAAGATAATTGAGATGTCTTCCATTCCTTCTGTGGCTGCTTACAATTGCCTTGCTAAAGGTCTTTGCAACATTGGAGAGATTGACGAAGCCATGCTGCTTGTTAGAGATTGCTTAGGCAATGTTACAAGTGGACCTATGGAGTTTAAGTATTGTCTTACCATTATTCGCATGTGCAAGTCAAATGATGCAGAAAAGGTGATTGATGTATTGAATGAGATGATGCAAGAAGGTTGCTCTTTAGACAATGTTGTATGTTCTGCAATCATCTCTGGCATGTGCAAGTATGGAACAATTGAAGAGGCTAGAAAGGTTTTCTCAATTTTGAGGGAGCGCAAATTGTTGACAGAATCTGACACAATTGTTTACGACGAATTACTAATTGATCACATGAAGAAAAAAACAGCAGACTTGGTAATATCAGGATTGAAGTTCTTTGGTCTGGAATCTAAATTGAAGTCAAAGGGTTGTAAACTGTTACCAGATTGA
Protein sequence

>MsG0080048864.01.T01

MPPQTPTTPNKFYFFYGHRKPSQNRPTVRGGLFSNRQTLTPPKPKPTKPTQSFQIQKWDPHFLSQSNPPPPSPSPEATFSASLRLSPIARFILDAFRKNNNNWGPSVVTELNKLRRVTPTLVAEVLKVQTNPTLAFKFFHWVEKQKGYHHNFASYNAFTYCLNRANHFRAADQLPELMDAQGKPPSEKQFEILIRMHSDAGRGLRVYHVYDKMRNKFGVKPRVFLYNRIMDALVKTGHLDLALSVYNDFREDGLVEESVTFMILIKGLCKGGKIDEMLEVLGRMREKLCKPDVFAYTALVRIMVKEGNLDGCLRVWKEMKRDRVEPDVMAYGTIIGGLAKGGRVLEGYELFKEMKSKGHLIDRAIYGSLVESFVAGNKVGLAFDLLKDLVSSGYRADLGIYNNLIEGLCNLNKVEKAYKLFQVTIQEGLEPDFLSVKPLLLAYAEAKRMDDFFKLLEKMKKLGFPVIDDLSKFFSHLIEKKGTEMALEIFTHLKEKSYVSVEIYNILMESLHLSGKVEKALSLFDEMKGSDLEPDSSTYNIAILCLVDRGEIKEACECHNKIIEMSSIPSVAAYNCLAKGLCNIGEIDEAMLLVRDCLGNVTSGPMEFKYCLTIIRMCKSNDAEKVIDVLNEMMQEGCSLDNVVCSAIISGMCKYGTIEEARKVFSILRERKLLTESDTIVYDELLIDHMKKKTADLVISGLKFFGLESKLKSKGCKLLPD*