AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180002602.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score

Find 42 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 101 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
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!! AATATACATTGAAATTTAAA+AGG - Chr1:41338921-41338940 MsG0180002602.01.T01:CDS 10.0%
!! ATATACATTGAAATTTAAAA+GGG - Chr1:41338922-41338941 MsG0180002602.01.T01:CDS 10.0%
!!! ATGTTAATTTGTTTTTATAT+AGG - Chr1:41339110-41339129 MsG0180002602.01.T01:intron 10.0%
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!! TAGTTGATTAAACTCAAATA+TGG + Chr1:41339974-41339993 None:intergenic 20.0%
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!!! ACAAAAGGGTATTATAATTA+GGG - Chr1:41338974-41338993 MsG0180002602.01.T01:CDS 20.0%
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! ACAATCAACTTTCTTAATTC+CGG + Chr1:41338756-41338775 None:intergenic 25.0%
! ACATCTTCAATGTTTCAAAT+TGG + Chr1:41339546-41339565 None:intergenic 25.0%
! ATATAATAGTCTAGAGATGT+TGG - Chr1:41339624-41339643 MsG0180002602.01.T01:intron 25.0%
! CACTAATTCTCTTTCATAAA+GGG + Chr1:41338821-41338840 None:intergenic 25.0%
! GAACAATTGTAAGAAAATTG+TGG - Chr1:41339573-41339592 MsG0180002602.01.T01:intron 25.0%
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! TGAAATAAGTAATTGTCCTA+TGG - Chr1:41339310-41339329 MsG0180002602.01.T01:intron 25.0%
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!! TTGACTTTTCACATAAAACA+TGG + Chr1:41338552-41338571 None:intergenic 25.0%
!!! AATTAGTGGACGTTTTTATT+GGG - Chr1:41338833-41338852 MsG0180002602.01.T01:CDS 25.0%
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!!! TTGAAAGAGGTTATTTTAGA+TGG - Chr1:41339727-41339746 MsG0180002602.01.T01:intron 25.0%
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AAATGAAAATAACAGCGAAG+AGG - Chr1:41339693-41339712 MsG0180002602.01.T01:intron 30.0%
CAATTGTAAGAAAATTGTGG+TGG - Chr1:41339576-41339595 MsG0180002602.01.T01:intron 30.0%
CCACTAATTCTCTTTCATAA+AGG + Chr1:41338822-41338841 None:intergenic 30.0%
CCTTTATGAAAGAGAATTAG+TGG - Chr1:41338819-41338838 MsG0180002602.01.T01:CDS 30.0%
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TATTCTCGGAAACGAAAATT+CGG + Chr1:41338478-41338497 None:intergenic 30.0%
TCTTCAATGTTTCAAATTGG+TGG + Chr1:41339543-41339562 None:intergenic 30.0%
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TTAGAAGTGAGCTCAATTTA+AGG + Chr1:41339157-41339176 None:intergenic 30.0%
!! AAGGGTATTATAATTAGGGA+TGG - Chr1:41338978-41338997 MsG0180002602.01.T01:CDS 30.0%
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!!! TTCCGGTGTTTTTTGTAAAA+GGG + Chr1:41338739-41338758 None:intergenic 30.0%
AAGCTGAAAAAGATATGGAG+TGG - Chr1:41339757-41339776 MsG0180002602.01.T01:intron 35.0%
AAGTAATTGTCCTATGGTGT+AGG - Chr1:41339316-41339335 MsG0180002602.01.T01:intron 35.0%
AATTGGCTGGAACTCTATTT+GGG - Chr1:41338576-41338595 MsG0180002602.01.T01:CDS 35.0%
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GGTATTATAATTAGGGATGG+AGG - Chr1:41338981-41339000 MsG0180002602.01.T01:CDS 35.0%
GGTTACAACACATTTGAAAG+AGG - Chr1:41339714-41339733 MsG0180002602.01.T01:intron 35.0%
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TAATTGGCTGGAACTCTATT+TGG - Chr1:41338575-41338594 MsG0180002602.01.T01:CDS 35.0%
TATAGCCATCGTGATATTCT+CGG + Chr1:41338492-41338511 None:intergenic 35.0%
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TGCAACAATTTCCTTCATGT+TGG + Chr1:41339920-41339939 None:intergenic 35.0%
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! ATATGTGTTTTGCACTGAAG+AGG + Chr1:41339608-41339627 None:intergenic 35.0%
! CACCTCCTTCCTTATTTATA+GGG - Chr1:41338713-41338732 MsG0180002602.01.T01:CDS 35.0%
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! TATGTGTTTTGCACTGAAGA+GGG + Chr1:41339607-41339626 None:intergenic 35.0%
AAGGGCCCTATAAATAAGGA+AGG + Chr1:41338721-41338740 None:intergenic 40.0%
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GCTATTATCTCCTACACCAT+AGG + Chr1:41339329-41339348 None:intergenic 40.0%
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TGGACAGCTTGAAGTCAATA+TGG - Chr1:41339515-41339534 MsG0180002602.01.T01:intron 40.0%
TTGATTGTGGATAGTTGAGG+TGG - Chr1:41339230-41339249 MsG0180002602.01.T01:intron 40.0%
! CCACCTCCTTCCTTATTTAT+AGG - Chr1:41338712-41338731 MsG0180002602.01.T01:CDS 40.0%
! GGCCCTTTTACAAAAAACAC+CGG - Chr1:41338734-41338753 MsG0180002602.01.T01:CDS 40.0%
!! CAACTTGACTAGCTTGATTG+TGG - Chr1:41339217-41339236 MsG0180002602.01.T01:intron 40.0%
ATATGGAGTGGAGATCCTGA+AGG - Chr1:41339769-41339788 MsG0180002602.01.T01:intron 45.0%
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GGCCCTATAAATAAGGAAGG+AGG + Chr1:41338718-41338737 None:intergenic 45.0%
GGGTGGTATTGTTTGTGATG+TGG + Chr1:41338531-41338550 None:intergenic 45.0%
TGCTCACATCTGAAGGAACT+TGG - Chr1:41339880-41339899 MsG0180002602.01.T01:CDS 45.0%
! ACTTCGGACAATTCTGGTTG+CGG - Chr1:41338603-41338622 MsG0180002602.01.T01:CDS 45.0%
!! GTATAAATAATTATTTAAAT+TGG + Chr1:41339428-41339447 None:intergenic 5.0%
ATGTGAGCAACGAGTGGCTA+CGG + Chr1:41339869-41339888 None:intergenic 50.0%
CACTCGTTGCTCACATCTGA+AGG - Chr1:41339873-41339892 MsG0180002602.01.T01:CDS 50.0%
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GCAACCAGAATTGTCCGAAG+TGG + Chr1:41338604-41338623 None:intergenic 50.0%
GGAACCACTTCGGACAATTC+TGG - Chr1:41338597-41338616 MsG0180002602.01.T01:CDS 50.0%
! ATTGAAGGGGTGTGCAAGCT+TGG - Chr1:41339825-41339844 MsG0180002602.01.T01:intron 50.0%
ACCATGCCTGTTTCAGCGCA+TGG + Chr1:41339367-41339386 None:intergenic 55.0%
ACCATGCGCTGAAACAGGCA+TGG - Chr1:41339363-41339382 MsG0180002602.01.T01:intron 55.0%
CAACGAGTGGCTACGGAGAA+TGG + Chr1:41339862-41339881 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 41338463 41340032 41338463 ID=MsG0180002602.01;Name=MsG0180002602.01
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Chr1 exon 41339871 41340032 41339871 ID=MsG0180002602.01.T01:exon:21385;Parent=MsG0180002602.01.T01
Chr1 exon 41338463 41339020 41338463 ID=MsG0180002602.01.T01:exon:21386;Parent=MsG0180002602.01.T01
Chr1 CDS 41339871 41340032 41339871 ID=MsG0180002602.01.T01:cds;Parent=MsG0180002602.01.T01
Chr1 CDS 41338463 41339020 41338463 ID=MsG0180002602.01.T01:cds;Parent=MsG0180002602.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180002602.01.T01

ATGCTTAATATCCCGAATTTTCGTTTCCGAGAATATCACGATGGCTATACTATAAAACATGTGACCCACATCACAAACAATACCACCCATGTTTTATGTGAAAAGTCAAATCTAATTGGCTGGAACTCTATTTGGGAACCACTTCGGACAATTCTGGTTGCGGTTCATTTTTTAAATTTAGAGAAAATCATACTGAAGGATATGGACAGCTTGAAGTCAATATGGCACCACCAATTTGAAACATTGAAGATGTTGGAAGTGAACAATTGTAAGAAAATTGTGGTGGTTTTTCCCTCTTCAGTGCAAAACACATATAATAGTCTAGAGATGTTGGAGATTAGAGCTTGTGCTTTAGTTGAAGAGATATTTGAAGTGAATTTAAATGAAAATAACAGCGAAGAGGTTACAACACATTTGAAAGAGGTTATTTTAGATGGACTGTCGAAGCTGAAAAAGATATGGAGTGGAGATCCTGAAGGAATTCTTAGTTTTCAAAATCTAATAAATGTACAATTGAAGGGGTGTGCAAGCTTGGAGTATCTGTTACCATTCTCCGTAGCCACTCGTTGCTCACATCTGAAGGAACTTGGTATAAAATATTGTTCCAACATGAAGGAAATTGTTGCAGAGGAGAAAGAATCTAGCGTGAATGAAGCTCCCATATTTGAGTTTAATCAACTAAGTGTTGTAAATTTAGGCATAAATTATCTCTACAAATAA
Protein sequence

>MsG0180002602.01.T01

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