AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180003468.01


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MsG0180003468.01.T09 AT5G38280 49.074 216 105 4 1 211 37 252 1.00e-63 209
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MsG0180003468.01.T09 AT1G77700 48.113 212 99 7 1 211 101 302 2.89e-57 185
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MsG0180003468.01.T09 AT4G18250 41.038 212 118 5 1 211 69 274 2.13e-41 149
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MsG0180003468.01.T02 AT4G24180 52.282 241 101 6 12 243 17 252 1.61e-74 229
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MsG0180003468.01.T02 AT4G36010 51.064 235 106 3 17 243 18 251 2.02e-74 228
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MsG0180003468.01.T02 AT5G38280 47.967 246 121 5 6 244 7 252 1.14e-70 229
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MsG0180003468.01.T02 AT4G11650 37.607 234 124 8 10 242 11 223 1.29e-39 137
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MsG0180003468.01.T04 AT4G36010 51.073 233 105 3 12 236 20 251 6.03e-74 227
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MsG0180003468.01.T04 AT4G24180 52.814 231 96 5 14 236 27 252 3.40e-73 225
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MsG0180003468.01.T04 AT5G24620 48.319 238 113 6 6 235 92 327 7.00e-65 209
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MsG0180003468.01.T04 AT1G77700 47.964 221 104 7 18 237 92 302 3.35e-60 193
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MsG0180003468.01.T04 AT2G28790 41.176 221 126 3 17 234 54 273 1.13e-57 184
MsG0180003468.01.T04 AT4G18253 38.158 228 133 3 11 237 20 240 1.37e-49 162
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MsG0180003468.01.T04 AT4G11650 37.179 234 123 9 5 235 11 223 1.96e-38 134
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MsG0180003468.01.T01 AT4G24180 50.195 257 113 7 37 283 1 252 2.22e-75 233
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MsG0180003468.01.T01 AT4G36010 51.064 235 106 3 57 283 18 251 1.08e-74 231
MsG0180003468.01.T01 AT1G75030 52.083 240 104 8 52 284 10 245 1.38e-74 228
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MsG0180003468.01.T01 AT4G38670 47.131 244 123 4 45 282 4 247 1.57e-72 224
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MsG0180003468.01.T01 AT5G02140 47.059 238 118 5 51 282 6 241 2.68e-66 207
MsG0180003468.01.T01 AT5G40020 43.600 250 135 5 39 284 3 250 1.17e-65 206
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MsG0180003468.01.T01 AT1G77700 47.964 221 104 7 65 284 92 302 1.09e-60 196
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MsG0180003468.01.T01 AT4G11650 37.607 234 124 8 50 282 11 223 1.38e-39 139
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MsG0180003468.01.T10 AT1G20030 77.778 36 8 0 2 37 194 229 5.99e-13 60.1
MsG0180003468.01.T10 AT1G75800 67.568 37 12 0 1 37 213 249 4.67e-12 57.8
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MsG0180003468.01.T10 AT5G38280 61.111 36 14 0 3 38 217 252 2.44e-11 55.8
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MsG0180003468.01.T03 AT4G38660 51.282 195 77 5 1 183 37 225 1.73e-56 181
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MsG0180003468.01.T03 AT4G36010 49.254 201 82 4 1 182 52 251 3.31e-56 179
MsG0180003468.01.T03 AT4G24180 52.239 201 72 6 1 182 62 257 4.05e-56 179
MsG0180003468.01.T03 AT4G24180 52.239 201 72 6 1 182 57 252 4.39e-56 179
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MsG0180003468.01.T03 AT4G38670 46.939 196 89 4 1 181 52 247 2.11e-54 174
MsG0180003468.01.T03 AT4G38670 46.939 196 89 4 1 181 52 247 2.11e-54 174
MsG0180003468.01.T03 AT4G38670 46.939 196 89 4 1 181 36 231 2.12e-54 174
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MsG0180003468.01.T03 AT5G40020 45.918 196 91 5 1 183 57 250 2.45e-50 163
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MsG0180003468.01.T03 AT1G77700 48.205 195 82 7 1 183 115 302 1.44e-49 164
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MsG0180003468.01.T03 AT5G24620 47.500 200 84 7 1 181 130 327 4.89e-47 160
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MsG0180003468.01.T03 AT2G28790 39.691 194 102 4 1 180 56 248 2.02e-43 145
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MsG0180003468.01.T03 AT4G36000 49.315 146 55 4 47 181 1 138 7.32e-37 127
MsG0180003468.01.T03 AT4G18253 36.923 195 104 4 1 183 53 240 3.49e-35 124
MsG0180003468.01.T03 AT4G18250 39.691 194 101 5 1 182 84 273 2.22e-33 125
MsG0180003468.01.T03 AT4G11650 39.267 191 95 8 1 181 44 223 1.12e-31 115
MsG0180003468.01.T03 AT5G24620 48.333 120 44 4 79 181 16 134 2.95e-25 99.4
MsG0180003468.01.T03 AT2G24810 54.430 79 23 3 113 180 116 192 5.26e-16 72.8
MsG0180003468.01.T08 AT1G20030 58.182 220 87 3 1 215 10 229 1.22e-82 248
MsG0180003468.01.T08 AT1G20030 58.182 220 87 3 1 215 27 246 1.60e-82 248
MsG0180003468.01.T08 AT1G75800 55.000 220 94 3 1 215 30 249 2.36e-78 238
MsG0180003468.01.T08 AT1G75040 56.542 214 86 6 2 214 32 239 2.83e-76 230
MsG0180003468.01.T08 AT1G75050 52.995 217 96 6 2 216 33 245 7.20e-75 226
MsG0180003468.01.T08 AT4G38660 54.378 217 92 4 1 216 37 247 1.13e-73 227
MsG0180003468.01.T08 AT4G38660 54.378 217 92 4 1 216 15 225 1.45e-73 226
MsG0180003468.01.T08 AT1G19320 54.128 218 91 6 1 213 33 246 4.15e-73 222
MsG0180003468.01.T08 AT2G17860 50.901 222 101 4 1 215 30 250 9.64e-73 221
MsG0180003468.01.T08 AT4G36010 52.018 223 98 3 1 215 30 251 1.61e-72 222
MsG0180003468.01.T08 AT4G36010 52.018 223 98 3 1 215 30 251 1.61e-72 222
MsG0180003468.01.T08 AT1G75030 54.128 218 93 7 2 216 32 245 2.09e-72 220
MsG0180003468.01.T08 AT1G73620 51.835 218 99 5 1 216 49 262 9.32e-71 216
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MsG0180003468.01.T08 AT4G24180 52.915 223 92 5 1 215 35 252 1.78e-70 216
MsG0180003468.01.T08 AT4G24180 52.915 223 92 5 1 215 40 257 4.27e-70 216
MsG0180003468.01.T08 AT4G24180 52.915 223 92 5 1 215 35 252 4.48e-70 216
MsG0180003468.01.T08 AT4G38670 49.083 218 107 3 1 214 30 247 1.82e-69 214
MsG0180003468.01.T08 AT4G38670 49.083 218 107 3 1 214 30 247 1.82e-69 214
MsG0180003468.01.T08 AT4G38670 49.083 218 107 3 1 214 14 231 2.41e-69 213
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MsG0180003468.01.T08 AT5G38280 49.321 221 107 4 1 216 32 252 7.87e-67 218
MsG0180003468.01.T08 AT1G18250 50.000 218 103 5 1 216 29 242 7.91e-67 206
MsG0180003468.01.T08 AT1G18250 50.000 218 103 5 1 216 28 241 9.33e-67 206
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MsG0180003468.01.T08 AT5G40020 45.872 218 114 4 1 216 35 250 2.76e-63 197
MsG0180003468.01.T08 AT5G24620 50.679 221 99 6 2 214 88 306 4.85e-63 203
MsG0180003468.01.T08 AT5G24620 50.679 221 99 6 2 214 109 327 6.79e-63 203
MsG0180003468.01.T08 AT4G24180 50.971 206 89 4 1 198 35 236 4.12e-62 196
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MsG0180003468.01.T08 AT1G77700 48.148 216 101 7 2 216 69 274 1.90e-59 190
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MsG0180003468.01.T08 AT1G77700 48.148 216 101 7 2 216 97 302 9.08e-59 189
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MsG0180003468.01.T08 AT4G18253 38.710 217 125 3 1 216 31 240 1.03e-47 157
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MsG0180003468.01.T08 AT4G36000 52.083 144 61 3 71 214 3 138 5.38e-43 144
MsG0180003468.01.T08 AT4G18250 41.014 217 121 5 1 216 64 274 1.13e-42 152
MsG0180003468.01.T08 AT4G11650 38.605 215 110 8 1 214 30 223 5.59e-37 129
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MsG0180003468.01.T07 AT1G75800 54.709 223 96 3 2 219 27 249 2.51e-79 241
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MsG0180003468.01.T07 AT1G75050 52.703 222 99 6 1 220 28 245 2.90e-76 230
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MsG0180003468.01.T07 AT1G19320 54.505 222 92 6 1 217 29 246 2.77e-75 228
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MsG0180003468.01.T07 AT4G36010 51.982 227 100 3 1 219 26 251 6.42e-74 226
MsG0180003468.01.T07 AT1G75030 53.812 223 96 7 1 220 27 245 7.55e-74 224
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MsG0180003468.01.T07 AT4G24180 52.863 227 94 5 1 219 36 257 1.41e-71 221
MsG0180003468.01.T07 AT4G24180 52.863 227 94 5 1 219 31 252 1.75e-71 220
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MsG0180003468.01.T07 AT4G38670 49.321 221 108 3 2 218 27 247 4.57e-71 218
MsG0180003468.01.T07 AT4G38670 49.321 221 108 3 2 218 11 231 5.08e-71 218
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MsG0180003468.01.T07 AT1G77700 47.964 221 104 7 1 220 92 302 3.59e-60 192
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MsG0180003468.01.T07 AT4G18253 38.914 221 127 3 1 220 27 240 4.93e-49 160
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MsG0180003468.01.T07 AT4G36000 52.083 144 61 3 75 218 3 138 6.83e-43 144
MsG0180003468.01.T07 AT4G11650 38.889 216 110 8 4 218 29 223 9.91e-38 132
MsG0180003468.01.T07 AT5G24620 53.333 120 49 3 105 218 16 134 8.36e-33 120
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MsG0180003468.01.T06 AT1G75800 53.478 230 102 3 2 226 20 249 1.29e-79 242
MsG0180003468.01.T06 AT1G75040 54.867 226 95 6 1 225 20 239 7.61e-78 234
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MsG0180003468.01.T06 AT4G38660 54.222 225 96 4 4 227 7 225 1.09e-76 234
MsG0180003468.01.T06 AT1G19320 53.947 228 96 6 2 224 23 246 2.04e-76 231
MsG0180003468.01.T06 AT1G75050 52.703 222 99 6 8 227 28 245 2.60e-76 231
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MsG0180003468.01.T06 AT4G36010 51.073 233 105 3 2 226 20 251 3.52e-74 227
MsG0180003468.01.T06 AT4G24180 52.814 231 96 5 4 226 32 257 6.16e-74 225
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MsG0180003468.01.T06 AT1G75030 53.812 223 96 7 8 227 27 245 9.25e-74 224
MsG0180003468.01.T06 AT4G24180 52.814 231 96 5 4 226 32 257 2.03e-73 226
MsG0180003468.01.T06 AT4G24180 52.814 231 96 5 4 226 27 252 2.72e-73 225
MsG0180003468.01.T06 AT1G73620 52.018 223 101 5 7 227 44 262 5.96e-73 223
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MsG0180003468.01.T06 AT4G38670 49.321 221 108 3 9 225 27 247 5.59e-71 218
MsG0180003468.01.T06 AT4G38670 49.321 221 108 3 9 225 11 231 6.93e-71 217
MsG0180003468.01.T06 AT1G18250 50.224 223 105 5 7 227 24 242 4.10e-69 212
MsG0180003468.01.T06 AT1G18250 50.224 223 105 5 7 227 23 241 4.29e-69 212
MsG0180003468.01.T06 AT5G38280 48.485 231 114 4 2 227 22 252 1.93e-68 222
MsG0180003468.01.T06 AT5G38280 48.485 231 114 4 2 227 22 252 2.44e-68 222
MsG0180003468.01.T06 AT5G02140 48.661 224 111 4 4 225 20 241 3.14e-66 205
MsG0180003468.01.T06 AT5G02140 48.661 224 111 4 4 225 20 241 4.92e-66 206
MsG0180003468.01.T06 AT4G24180 50.935 214 93 4 4 209 32 241 1.97e-65 206
MsG0180003468.01.T06 AT4G24180 50.935 214 93 4 4 209 27 236 2.58e-65 205
MsG0180003468.01.T06 AT5G40020 45.652 230 119 5 2 227 23 250 8.01e-65 202
MsG0180003468.01.T06 AT5G24620 50.442 226 102 6 8 225 28 251 8.84e-65 206
MsG0180003468.01.T06 AT5G24620 50.442 226 102 6 8 225 83 306 1.61e-64 207
MsG0180003468.01.T06 AT5G24620 50.442 226 102 6 8 225 104 327 2.93e-64 207
MsG0180003468.01.T06 AT1G77700 47.964 221 104 7 8 227 64 274 8.95e-61 194
MsG0180003468.01.T06 AT1G77700 47.964 221 104 7 8 227 64 274 1.09e-60 193
MsG0180003468.01.T06 AT1G77700 47.964 221 104 7 8 227 92 302 4.91e-60 192
MsG0180003468.01.T06 AT2G28790 41.176 221 126 3 7 224 29 248 4.99e-58 184
MsG0180003468.01.T06 AT2G28790 41.176 221 126 3 7 224 54 273 6.88e-58 184
MsG0180003468.01.T06 AT4G18253 38.158 228 133 3 1 227 20 240 7.65e-50 163
MsG0180003468.01.T06 AT1G70250 43.478 230 112 9 8 227 148 369 5.62e-48 168
MsG0180003468.01.T06 AT4G18250 40.351 228 129 5 1 227 53 274 7.60e-45 159
MsG0180003468.01.T06 AT4G36000 51.370 146 63 3 80 225 1 138 6.47e-43 144
MsG0180003468.01.T06 AT4G36000 51.370 146 63 3 80 225 1 138 6.47e-43 144
MsG0180003468.01.T06 AT4G11650 38.117 223 116 8 4 225 22 223 5.00e-38 132
MsG0180003468.01.T06 AT5G24620 53.333 120 49 3 112 225 16 134 1.21e-32 120
MsG0180003468.01.T06 AT2G24810 60.759 79 29 2 146 224 116 192 4.72e-23 92.4

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Find 86 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CACCATGGTCGGGTAGATTT+TGG 0.108450 1:-62724930 MsG0180003468.01.T01:CDS
AGCTTGGCATTCCTCTTCTA+TGG 0.266556 1:-62725223 MsG0180003468.01.T01:intron
TGGTCTCCAGTTAACGTTCC+TGG 0.297262 1:+62725021 None:intergenic
TCGACAACAGGTTTCGAGTT+AGG 0.343451 1:-62724985 MsG0180003468.01.T01:CDS
GTATGGCCAGGAACGTTAAC+TGG 0.347413 1:-62725027 MsG0180003468.01.T01:CDS
GATCGTGGAGTTTAATTTGA+TGG 0.367511 1:+62724403 None:intergenic
ATTAATGTTCCCCGGACAAC+TGG 0.380034 1:+62724678 None:intergenic
GTTATTTCTACCAATGTTGC+TGG 0.380034 1:+62724808 None:intergenic
GCAGAAGGTGATGGCGTAAT+CGG 0.380384 1:+62724426 None:intergenic
CTAAGGTGACATTCACAAAT+AGG 0.393350 1:-62725062 MsG0180003468.01.T01:CDS
CTGCAAAACCTCCAGTTGTC+CGG 0.421290 1:-62724689 MsG0180003468.01.T01:CDS
GCCACCGCTGATTGTGCCTC+TGG 0.421449 1:-62724865 MsG0180003468.01.T01:CDS
AATTGTAGTTTGTTGTTTGA+AGG 0.421907 1:+62725342 None:intergenic
TGCTTGTAAGAGCGCTTGTT+TGG 0.432021 1:-62724605 MsG0180003468.01.T01:CDS
ACATAAACAAATGCAAAATC+AGG 0.438512 1:+62725099 None:intergenic
TGCAAAACCTCCAGTTGTCC+GGG 0.452483 1:-62724688 MsG0180003468.01.T01:CDS
ACTGAACTTTCCGTTGTTGT+CGG 0.458793 1:+62724891 None:intergenic
AGCTATAAGCACCAGGGCAT+TGG 0.460760 1:+62724494 None:intergenic
CCTTCTGAACTCCAAGTGAT+AGG 0.467422 1:-62724646 MsG0180003468.01.T01:CDS
TGTTGCTTTATGCTTTAGCT+TGG 0.474545 1:-62725239 MsG0180003468.01.T01:CDS
CAGAAGGTGATGGCGTAATC+GGG 0.480795 1:+62724427 None:intergenic
TCCACTGAAGTTGTTGCTCC+AGG 0.489442 1:+62724961 None:intergenic
GGATCTTCCGTCACCATGGT+CGG 0.493604 1:-62724941 MsG0180003468.01.T01:CDS
TTTCTACCAATGTTGCTGGT+GGG 0.495289 1:+62724812 None:intergenic
AAACCTCAGCTATCGACAAC+AGG 0.495827 1:-62724997 MsG0180003468.01.T01:CDS
CTCCAAGTGATAGGTTCTGA+TGG 0.497318 1:-62724637 MsG0180003468.01.T01:CDS
ATCGTGGAGTTTAATTTGAT+GGG 0.500698 1:+62724404 None:intergenic
AGTCACCACTACCACCTTGT+GGG 0.501295 1:+62724710 None:intergenic
TTTGTTTATGTAGTGGTTGG+AGG 0.509842 1:-62725087 MsG0180003468.01.T01:intron
AGCAACATTGGTAGAAATAA+CGG 0.511908 1:-62724806 MsG0180003468.01.T01:CDS
GCATTTGTTTATGTAGTGGT+TGG 0.513153 1:-62725090 MsG0180003468.01.T01:intron
GATCTTCCGTCACCATGGTC+GGG 0.514107 1:-62724940 MsG0180003468.01.T01:CDS
ATTTCTACCAATGTTGCTGG+TGG 0.514710 1:+62724811 None:intergenic
ATAGGTGTGAATACACTGTA+TGG 0.524031 1:-62725044 MsG0180003468.01.T01:CDS
ACAGGTTTCGAGTTAGGACC+TGG 0.524056 1:-62724979 MsG0180003468.01.T01:CDS
TGCAATCCCACCAGCAACAT+TGG 0.527204 1:-62724818 MsG0180003468.01.T01:CDS
AAATAACGGTAGCAACAGAC+GGG 0.530222 1:-62724792 MsG0180003468.01.T01:CDS
CAAGTCGGTTGCAACGGTGC+TGG 0.530539 1:-62724841 MsG0180003468.01.T01:CDS
GTAACCCCACAAGGTGGTAG+TGG 0.531800 1:-62724715 MsG0180003468.01.T01:CDS
TGTTGTCGGAGCATCCAGTT+CGG 0.535275 1:+62724905 None:intergenic
TCTGGTCAAGTCGGTTGCAA+CGG 0.540083 1:-62724847 MsG0180003468.01.T01:CDS
ATTTGATGGGCAGAAGGTGA+TGG 0.542404 1:+62724417 None:intergenic
TGTAGTGGTTGGAGGAGCTA+AGG 0.542899 1:-62725079 MsG0180003468.01.T01:intron
GAAGATAAATATTGTTGTCG+TGG 0.547327 1:-62724574 MsG0180003468.01.T01:CDS
CAGTCACCACTACCACCTTG+TGG 0.550600 1:+62724709 None:intergenic
AGTTTAATTTGATGGGCAGA+AGG 0.555445 1:+62724411 None:intergenic
CCTTGTGGGGTTACAGACAT+TGG 0.562377 1:+62724724 None:intergenic
TCCCATCAGAACCTATCACT+TGG 0.573525 1:+62724635 None:intergenic
TGTGAATACACTGTATGGCC+AGG 0.574199 1:-62725039 MsG0180003468.01.T01:CDS
TAAGCATAGCTATAAGCACC+AGG 0.580166 1:+62724487 None:intergenic
ATCATAGAGTATTCCGTGGG+TGG 0.581086 1:+62724526 None:intergenic
GATAGGTTCTGATGGGAGTG+TGG 0.583589 1:-62724629 MsG0180003468.01.T01:CDS
GAAATAACGGTAGCAACAGA+CGG 0.587225 1:-62724793 MsG0180003468.01.T01:CDS
CCTATCACTTGGAGTTCAGA+AGG 0.590086 1:+62724646 None:intergenic
AATGTTCCCCGGACAACTGG+AGG 0.590432 1:+62724681 None:intergenic
GATTGTGCCTCTGGTCAAGT+CGG 0.592491 1:-62724856 MsG0180003468.01.T01:CDS
AAACCTGTTGTCGATAGCTG+AGG 0.593321 1:+62724994 None:intergenic
TCCAAGTGATAGGTTCTGAT+GGG 0.599458 1:-62724636 MsG0180003468.01.T01:CDS
ACCTGGAGCAACAACTTCAG+TGG 0.600058 1:-62724962 MsG0180003468.01.T01:CDS
CACACAACATTAATGTTCCC+CGG 0.605722 1:+62724670 None:intergenic
GTCACCACTACCACCTTGTG+GGG 0.614212 1:+62724711 None:intergenic
TACGATGTGAGCAATGTGGA+CGG 0.619832 1:-62724757 MsG0180003468.01.T01:CDS
TGATATATATACCATAGAAG+AGG 0.621963 1:+62725212 None:intergenic
CAGTGGATCTTCCGTCACCA+TGG 0.627050 1:-62724945 MsG0180003468.01.T01:CDS
GCTAAAGCATAAAGCAACAC+GGG 0.630975 1:+62725243 None:intergenic
AATCTACCCGACCATGGTGA+CGG 0.632645 1:+62724934 None:intergenic
AGCTAAAGCATAAAGCAACA+CGG 0.639458 1:+62725242 None:intergenic
GAAAATCATAGAGTATTCCG+TGG 0.642304 1:+62724522 None:intergenic
ACTGGATGCTCCGACAACAA+CGG 0.647055 1:-62724901 MsG0180003468.01.T01:CDS
ACCAGAGGCACAATCAGCGG+TGG 0.665568 1:+62724864 None:intergenic
CCCCAAAATCTACCCGACCA+TGG 0.665689 1:+62724928 None:intergenic
AAAATCATAGAGTATTCCGT+GGG 0.671927 1:+62724523 None:intergenic
TTGACCAGAGGCACAATCAG+CGG 0.675544 1:+62724861 None:intergenic
CCAATGTCTGTAACCCCACA+AGG 0.675706 1:-62724724 MsG0180003468.01.T01:CDS
GCAAAACCTCCAGTTGTCCG+GGG 0.679931 1:-62724687 MsG0180003468.01.T01:CDS
GTTGCAACCGACTTGACCAG+AGG 0.682818 1:+62724849 None:intergenic
CTTCTACGATGTGAGCAATG+TGG 0.684467 1:-62724761 MsG0180003468.01.T01:CDS
AAGCATAGCTATAAGCACCA+GGG 0.723661 1:+62724488 None:intergenic
AATAACGGTAGCAACAGACG+GGG 0.732559 1:-62724791 MsG0180003468.01.T01:CDS
ATGTCTGTAACCCCACAAGG+TGG 0.753056 1:-62724721 MsG0180003468.01.T01:CDS
ATAACGGTAGCAACAGACGG+GGG 0.763886 1:-62724790 MsG0180003468.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
! ACATAAACAAATGCAAAATC+AGG + Chr1:62724691-62724710 None:intergenic 25.0%
! TGATATATATACCATAGAAG+AGG + Chr1:62724578-62724597 None:intergenic 25.0%
!! TTTTGCATTTGTTTATGTAG+TGG - Chr1:62724693-62724712 MsG0180003468.01.T01:CDS 25.0%
!!! AATTGTAGTTTGTTGTTTGA+AGG + Chr1:62724448-62724467 None:intergenic 25.0%
AGCAACATTGGTAGAAATAA+CGG - Chr1:62724981-62725000 MsG0180003468.01.T01:CDS 30.0%
GAAGATAAATATTGTTGTCG+TGG - Chr1:62725213-62725232 MsG0180003468.01.T01:intron 30.0%
! AAAATCATAGAGTATTCCGT+GGG + Chr1:62725267-62725286 None:intergenic 30.0%
!!! CTTGATTAATCTTGTTTTGC+AGG + Chr1:62724503-62724522 None:intergenic 30.0%
AGCTAAAGCATAAAGCAACA+CGG + Chr1:62724548-62724567 None:intergenic 35.0%
ATAGGTGTGAATACACTGTA+TGG - Chr1:62724743-62724762 MsG0180003468.01.T01:CDS 35.0%
CTAAGGTGACATTCACAAAT+AGG - Chr1:62724725-62724744 MsG0180003468.01.T01:CDS 35.0%
GCATTTGTTTATGTAGTGGT+TGG - Chr1:62724697-62724716 MsG0180003468.01.T01:CDS 35.0%
TTTGTTTATGTAGTGGTTGG+AGG - Chr1:62724700-62724719 MsG0180003468.01.T01:CDS 35.0%
! GAAAATCATAGAGTATTCCG+TGG + Chr1:62725268-62725287 None:intergenic 35.0%
!! GTTATTTCTACCAATGTTGC+TGG + Chr1:62724982-62725001 None:intergenic 35.0%
!! TGTTGCTTTATGCTTTAGCT+TGG - Chr1:62724548-62724567 MsG0180003468.01.T01:CDS 35.0%
AAATAACGGTAGCAACAGAC+GGG - Chr1:62724995-62725014 MsG0180003468.01.T01:CDS 40.0%
AAGCATAGCTATAAGCACCA+GGG + Chr1:62725302-62725321 None:intergenic 40.0%
ACTGAACTTTCCGTTGTTGT+CGG + Chr1:62724899-62724918 None:intergenic 40.0%
AGAAGAAAAATGTCCACCCA+CGG - Chr1:62725248-62725267 MsG0180003468.01.T01:CDS 40.0%
ATTTCTACCAATGTTGCTGG+TGG + Chr1:62724979-62724998 None:intergenic 40.0%
CACACAACATTAATGTTCCC+CGG + Chr1:62725120-62725139 None:intergenic 40.0%
GAAATAACGGTAGCAACAGA+CGG - Chr1:62724994-62725013 MsG0180003468.01.T01:CDS 40.0%
GCTAAAGCATAAAGCAACAC+GGG + Chr1:62724547-62724566 None:intergenic 40.0%
TAAGCATAGCTATAAGCACC+AGG + Chr1:62725303-62725322 None:intergenic 40.0%
TTTCTACCAATGTTGCTGGT+GGG + Chr1:62724978-62724997 None:intergenic 40.0%
! TCCAAGTGATAGGTTCTGAT+GGG - Chr1:62725151-62725170 MsG0180003468.01.T01:intron 40.0%
! TTGTCGATAGCTGAGGTTTT+TGG + Chr1:62724789-62724808 None:intergenic 40.0%
!! ATTTTCAAGAACCAATGCCC+TGG - Chr1:62725282-62725301 MsG0180003468.01.T01:CDS 40.0%
AAACCTCAGCTATCGACAAC+AGG - Chr1:62724790-62724809 MsG0180003468.01.T01:CDS 45.0%
AAACCTGTTGTCGATAGCTG+AGG + Chr1:62724796-62724815 None:intergenic 45.0%
AATAACGGTAGCAACAGACG+GGG - Chr1:62724996-62725015 MsG0180003468.01.T01:CDS 45.0%
AGCTTGGCATTCCTCTTCTA+TGG - Chr1:62724564-62724583 MsG0180003468.01.T01:CDS 45.0%
ATTAATGTTCCCCGGACAAC+TGG + Chr1:62725112-62725131 None:intergenic 45.0%
CCTATCACTTGGAGTTCAGA+AGG + Chr1:62725144-62725163 None:intergenic 45.0%
CCTTCTGAACTCCAAGTGAT+AGG - Chr1:62725141-62725160 MsG0180003468.01.T01:intron 45.0%
CTTCTACGATGTGAGCAATG+TGG - Chr1:62725026-62725045 MsG0180003468.01.T01:CDS 45.0%
TACGATGTGAGCAATGTGGA+CGG - Chr1:62725030-62725049 MsG0180003468.01.T01:CDS 45.0%
TCCCATCAGAACCTATCACT+TGG + Chr1:62725155-62725174 None:intergenic 45.0%
TGTGAATACACTGTATGGCC+AGG - Chr1:62724748-62724767 MsG0180003468.01.T01:CDS 45.0%
! ACCATGGTCGGGTAGATTTT+GGG - Chr1:62724858-62724877 MsG0180003468.01.T01:CDS 45.0%
! ATCATAGAGTATTCCGTGGG+TGG + Chr1:62725264-62725283 None:intergenic 45.0%
! ATTTGATGGGCAGAAGGTGA+TGG + Chr1:62725373-62725392 None:intergenic 45.0%
! CTCCAAGTGATAGGTTCTGA+TGG - Chr1:62725150-62725169 MsG0180003468.01.T01:intron 45.0%
!! TCGACAACAGGTTTCGAGTT+AGG - Chr1:62724802-62724821 MsG0180003468.01.T01:CDS 45.0%
!! TGCTTGTAAGAGCGCTTGTT+TGG - Chr1:62725182-62725201 MsG0180003468.01.T01:intron 45.0%
AATCTACCCGACCATGGTGA+CGG + Chr1:62724856-62724875 None:intergenic 50.0%
ACCTGGAGCAACAACTTCAG+TGG - Chr1:62724825-62724844 MsG0180003468.01.T01:CDS 50.0%
ACTGGATGCTCCGACAACAA+CGG - Chr1:62724886-62724905 MsG0180003468.01.T01:CDS 50.0%
AGCTATAAGCACCAGGGCAT+TGG + Chr1:62725296-62725315 None:intergenic 50.0%
AGTCACCACTACCACCTTGT+GGG + Chr1:62725080-62725099 None:intergenic 50.0%
ATAACGGTAGCAACAGACGG+GGG - Chr1:62724997-62725016 MsG0180003468.01.T01:CDS 50.0%
ATGTCTGTAACCCCACAAGG+TGG - Chr1:62725066-62725085 MsG0180003468.01.T01:CDS 50.0%
CCAATGTCTGTAACCCCACA+AGG - Chr1:62725063-62725082 MsG0180003468.01.T01:CDS 50.0%
CCTTGTGGGGTTACAGACAT+TGG + Chr1:62725066-62725085 None:intergenic 50.0%
CTGCAAAACCTCCAGTTGTC+CGG - Chr1:62725098-62725117 MsG0180003468.01.T01:intron 50.0%
GATTGTGCCTCTGGTCAAGT+CGG - Chr1:62724931-62724950 MsG0180003468.01.T01:CDS 50.0%
GTATGGCCAGGAACGTTAAC+TGG - Chr1:62724760-62724779 MsG0180003468.01.T01:CDS 50.0%
TCCACTGAAGTTGTTGCTCC+AGG + Chr1:62724829-62724848 None:intergenic 50.0%
TCTGGTCAAGTCGGTTGCAA+CGG - Chr1:62724940-62724959 MsG0180003468.01.T01:CDS 50.0%
TGCAAAACCTCCAGTTGTCC+GGG - Chr1:62725099-62725118 MsG0180003468.01.T01:intron 50.0%
TGCAATCCCACCAGCAACAT+TGG - Chr1:62724969-62724988 MsG0180003468.01.T01:CDS 50.0%
TGGTCTCCAGTTAACGTTCC+TGG + Chr1:62724769-62724788 None:intergenic 50.0%
TGTAGTGGTTGGAGGAGCTA+AGG - Chr1:62724708-62724727 MsG0180003468.01.T01:CDS 50.0%
! CACCATGGTCGGGTAGATTT+TGG - Chr1:62724857-62724876 MsG0180003468.01.T01:CDS 50.0%
! CAGAAGGTGATGGCGTAATC+GGG + Chr1:62725363-62725382 None:intergenic 50.0%
! CCATGGTCGGGTAGATTTTG+GGG - Chr1:62724859-62724878 MsG0180003468.01.T01:CDS 50.0%
! GATAGGTTCTGATGGGAGTG+TGG - Chr1:62725158-62725177 MsG0180003468.01.T01:intron 50.0%
! GCAGAAGGTGATGGCGTAAT+CGG + Chr1:62725364-62725383 None:intergenic 50.0%
! TGTTGTCGGAGCATCCAGTT+CGG + Chr1:62724885-62724904 None:intergenic 50.0%
! TTGACCAGAGGCACAATCAG+CGG + Chr1:62724929-62724948 None:intergenic 50.0%
!! ACAGGTTTCGAGTTAGGACC+TGG - Chr1:62724808-62724827 MsG0180003468.01.T01:CDS 50.0%
AATGTTCCCCGGACAACTGG+AGG + Chr1:62725109-62725128 None:intergenic 55.0%
CAGTCACCACTACCACCTTG+TGG + Chr1:62725081-62725100 None:intergenic 55.0%
CAGTGGATCTTCCGTCACCA+TGG - Chr1:62724842-62724861 MsG0180003468.01.T01:CDS 55.0%
CCCCAAAATCTACCCGACCA+TGG + Chr1:62724862-62724881 None:intergenic 55.0%
GATCTTCCGTCACCATGGTC+GGG - Chr1:62724847-62724866 MsG0180003468.01.T01:CDS 55.0%
GCAAAACCTCCAGTTGTCCG+GGG - Chr1:62725100-62725119 MsG0180003468.01.T01:intron 55.0%
GGATCTTCCGTCACCATGGT+CGG - Chr1:62724846-62724865 MsG0180003468.01.T01:CDS 55.0%
GTAACCCCACAAGGTGGTAG+TGG - Chr1:62725072-62725091 MsG0180003468.01.T01:CDS 55.0%
GTCACCACTACCACCTTGTG+GGG + Chr1:62725079-62725098 None:intergenic 55.0%
!! GTTGCAACCGACTTGACCAG+AGG + Chr1:62724941-62724960 None:intergenic 55.0%
!!! GGTAGATTTTGGGGCCGAAC+TGG - Chr1:62724868-62724887 MsG0180003468.01.T01:CDS 55.0%
CAAGTCGGTTGCAACGGTGC+TGG - Chr1:62724946-62724965 MsG0180003468.01.T01:CDS 60.0%
! ACCAGAGGCACAATCAGCGG+TGG + Chr1:62724926-62724945 None:intergenic 60.0%
! GCCACCGCTGATTGTGCCTC+TGG - Chr1:62724922-62724941 MsG0180003468.01.T01:CDS 65.0%
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Gene Sequence

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AGGTGTGAATACACTGTATGGCCAGGAACGTTAACTGGAGACCAAAAACCTCAGCTATCGACAACAGGTTTCGAGTTAGGACCTGGAGCAACAACTTCAGTGGATCTTCCGTCACCATGGTCGGGTAGATTTTGGGGCCGAACTGGATGCTCCGACAACAACGGAAAGTTCAGTTGTGCCACCGCTGATTGTGCCTCTGGTCAAGTCGGTTGCAACGGTGCTGGTGCAATCCCACCAGCAACATTGGTAGAAATAACGGTAGCAACAGACGGGGGACAAGACTTCTACGATGTGAGCAATGTGGACGGATTCAATGTGCCAATGTCTGTAACCCCACAAGGTGGTAGTGGTGACTGCAAAACCTCCAGTTGTCCGGGGAACATTAATGTTGTGTGTCCTTCTGAACTCCAAGTGATAGGTTCTGATGGGAGTGTGGTTGCTTGTAAGAGCGCTTGTTTGGCTTTAAATGAAGATAAATATTGTTGTCGTGGAGATTTCAATACAGAAGAAAAATGTCCACCCACGGAATACTCTATGATTTTCAAGAACCAATGCCCTGGTGCTTATAGCTATGCTTACGACGATAAGAGCAGCACTTTCACTTGCTTTGCAAGACCCGATTACGCCATCACCTTCTGCCCATCAAATTAA

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ACATTCACAAATAGGTGTGAATACACTGTATGGCCAGGAACGTTAACTGGAGACCAAAAACCTCAGCTATCGACAACAGGTTTCGAGTTAGGACCTGGAGCAACAACTTCAGTGGATCTTCCGTCACCATGGTCGGGTAGATTTTGGGGCCGAACTGGATGCTCCGACAACAACGGAAAGTTCAGTTGTGCCACCGCTGATTGTGCCTCTGGTCAAGTCGGTTGCAACGGTGCTGGTGCAATCCCACCAGCAACATTGGTAGAAATAACGGTAGCAACAGACGGGGGACAAGACTTCTACGATGTGAGCAATGTGGACGGATTCAATGTGCCAATGTCTGTAACCCCACAAGGTGGTAGTGGTGACTGCAAAACCTCCAGTTGTCCGGGGAACATTAATGTTGTGTGTCCTTCTGAACTCCAAGTGATAGGTTCTGATGGGAGTGTGGTTGCTTGTAAGAGCGCTTGTTTGGCTTTAAATGAAGATAAATATTGTTGTCGTGGAGATTTCAATACAGAAGAAAAATGTCCACCCACGGAATACTCTATGATTTTCAAGAACCAATGCCCTGGTGCTTATAGCTATGCTTACGACGATAAGAGCAGCACTTTCACTTGCTTTGCAAGACCCGATTACGCCATCACCTTCTGCCCATCAAATTAA

>MsG0180003468.01.T06

GTGGTTGGAGGAGCTAAGGTGACATTCACAAATAGGTGTGAATACACTGTATGGCCAGGAACGTTAACTGGAGACCAAAAACCTCAGCTATCGACAACAGGTTTCGAGTTAGGACCTGGAGCAACAACTTCAGTGGATCTTCCGTCACCATGGTCGGGTAGATTTTGGGGCCGAACTGGATGCTCCGACAACAACGGAAAGTTCAGTTGTGCCACCGCTGATTGTGCCTCTGGTCAAGTCGGTTGCAACGGTGCTGGTGCAATCCCACCAGCAACATTGGTAGAAATAACGGTAGCAACAGACGGGGGACAAGACTTCTACGATGTGAGCAATGTGGACGGATTCAATGTGCCAATGTCTGTAACCCCACAAGGTGGTAGTGGTGACTGCAAAACCTCCAGTTGTCCGGGGAACATTAATGTTGTGTGTCCTTCTGAACTCCAAGTGATAGGTTCTGATGGGAGTGTGGTTGCTTGTAAGAGCGCTTGTTTGGCTTTAAATGAAGATAAATATTGTTGTCGTGGAGATTTCAATACAGAAGAAAAATGTCCACCCACGGAATACTCTATGATTTTCAAGAACCAATGCCCTGGTGCTTATAGCTATGCTTACGACGATAAGAGCAGCACTTTCACTTGCTTTGCAAGACCCGATTACGCCATCACCTTCTGCCCATCAAATTAA

Protein sequence

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