AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180005346.01

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MsG0180005346.01.T01 AT4G20140 35.484 155 89 1 1 144 341 495 4.78e-18 85.5
MsG0180005346.01.T01 AT4G20140 41.549 142 70 3 5 133 656 797 5.44e-18 85.1
MsG0180005346.01.T01 AT4G20140 36.842 133 73 1 1 122 196 328 1.10e-16 81.3
MsG0180005346.01.T01 AT4G20140 34.559 136 77 2 1 125 125 259 7.45e-16 79.0
MsG0180005346.01.T01 AT4G20140 39.535 129 64 2 1 129 438 552 3.43e-15 77.0
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MsG0180005346.01.T01 AT2G35620 36.199 221 98 5 117 300 286 500 4.76e-31 122
MsG0180005346.01.T01 AT2G35620 36.199 221 98 5 117 300 286 500 4.76e-31 122
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MsG0180005346.01.T01 AT1G55610 37.037 108 55 1 1 108 480 574 3.47e-12 67.8
MsG0180005346.01.T01 AT5G65530 32.536 209 105 2 135 307 142 350 9.52e-31 120
MsG0180005346.01.T01 AT3G19700 29.268 410 184 12 1 306 489 896 1.10e-30 122
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MsG0180005346.01.T01 AT3G19700 35.606 132 73 2 5 125 206 336 1.53e-13 71.6
MsG0180005346.01.T01 AT3G19700 28.621 290 131 11 5 234 445 718 5.16e-13 70.1
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MsG0180005346.01.T01 AT5G56040 37.500 128 69 1 6 122 275 402 4.23e-16 79.3
MsG0180005346.01.T01 AT5G56040 32.692 156 70 1 5 125 202 357 6.59e-16 79.0
MsG0180005346.01.T01 AT5G56040 35.156 128 71 2 7 122 107 234 2.02e-12 68.6
MsG0180005346.01.T01 AT5G56040 30.247 162 77 3 6 145 443 590 8.91e-11 63.2
MsG0180005346.01.T01 AT5G35960 30.973 226 117 4 115 303 111 334 4.92e-27 110
MsG0180005346.01.T01 AT5G48740 32.836 201 92 2 140 300 609 806 5.13e-27 111
MsG0180005346.01.T01 AT3G05140 30.588 255 128 7 93 303 143 392 5.41e-27 110
MsG0180005346.01.T01 AT1G29730 31.868 273 125 8 71 304 592 842 6.07e-27 111
MsG0180005346.01.T01 AT1G29730 32.680 153 90 2 5 146 131 281 1.93e-13 71.6
MsG0180005346.01.T01 AT1G29730 30.769 156 74 2 1 122 175 330 6.22e-12 67.0
MsG0180005346.01.T01 AT1G29730 42.105 95 55 0 31 125 120 214 8.32e-11 63.5
MsG0180005346.01.T01 AT2G01950 30.137 219 108 2 124 300 825 1040 6.37e-27 111
MsG0180005346.01.T01 AT2G01950 30.159 189 91 2 3 150 382 570 8.32e-18 84.7
MsG0180005346.01.T01 AT2G01950 32.836 134 78 1 1 122 331 464 6.35e-12 67.0
MsG0180005346.01.T01 AT2G01950 39.785 93 56 0 38 130 616 708 2.92e-11 64.7
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MsG0180005346.01.T01 AT1G52290 30.556 216 108 4 137 314 143 354 6.24e-25 105
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MsG0180005346.01.T01 AT2G13800 28.333 360 169 12 5 305 34 363 6.72e-25 104
MsG0180005346.01.T01 AT5G65240 25.907 386 200 11 5 313 121 497 7.44e-25 105
MsG0180005346.01.T01 AT5G49760 34.225 187 82 3 156 304 650 833 7.46e-25 105
MsG0180005346.01.T01 AT5G49760 43.137 102 57 1 28 128 84 185 4.21e-14 73.6
MsG0180005346.01.T01 AT1G51890 27.467 375 189 10 3 300 128 496 7.90e-25 105
MsG0180005346.01.T01 AT2G18890 30.516 213 108 4 130 303 61 272 9.01e-25 103
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MsG0180005346.01.T01 AT1G51890 27.467 375 189 10 3 300 336 704 1.07e-24 105
MsG0180005346.01.T01 AT4G29180 27.874 348 171 8 43 312 444 789 1.28e-24 104
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MsG0180005346.01.T01 AT3G25560 25.000 384 195 11 6 305 139 513 1.48e-24 104
MsG0180005346.01.T01 AT3G25560 36.066 122 65 1 4 125 89 197 1.21e-13 72.0
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MsG0180005346.01.T01 AT3G13690 29.956 227 114 6 119 305 393 614 2.07e-24 103
MsG0180005346.01.T01 AT3G13690 29.956 227 114 6 119 305 393 614 2.07e-24 103
MsG0180005346.01.T01 AT2G19210 27.273 374 182 10 8 308 425 781 2.44e-24 103
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MsG0180005346.01.T01 AT1G55200 29.515 227 115 6 119 305 361 582 3.56e-24 103
MsG0180005346.01.T01 AT1G55200 29.515 227 115 6 119 305 361 582 3.56e-24 103
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MsG0180005346.01.T01 AT5G28680 31.441 229 116 3 113 303 497 722 5.53e-24 102
MsG0180005346.01.T01 AT5G53890 32.367 207 92 4 141 305 758 958 6.11e-24 102
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MsG0180005346.01.T01 AT4G22130 30.180 222 111 4 128 308 245 463 1.25e-23 101
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MsG0180005346.01.T01 AT5G16900 27.714 350 180 6 28 307 433 779 1.73e-23 101
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MsG0180005346.01.T01 AT5G59670 26.554 354 182 9 18 303 423 766 2.17e-23 101
MsG0180005346.01.T01 AT1G79620 30.000 200 99 2 143 304 670 866 2.36e-23 100
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MsG0180005346.01.T01 AT1G61360 29.648 199 98 2 141 300 421 616 5.25e-23 99.8
MsG0180005346.01.T01 AT1G61360 29.648 199 98 2 141 300 421 616 5.25e-23 99.8
MsG0180005346.01.T01 AT5G59660 27.414 321 181 6 32 303 373 690 6.23e-23 99.8
MsG0180005346.01.T01 AT4G01330 29.302 215 108 3 130 304 155 365 6.36e-23 99.0
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MsG0180005346.01.T01 AT1G61360 29.648 199 98 2 141 300 502 697 6.55e-23 99.8
MsG0180005346.01.T01 AT2G28590 46.364 110 57 1 199 308 198 305 6.95e-23 97.1
MsG0180005346.01.T01 AT1G56145 29.646 226 115 4 122 307 672 893 6.96e-23 99.8
MsG0180005346.01.T01 AT1G56145 32.716 162 68 3 6 129 176 334 1.85e-13 71.6
MsG0180005346.01.T01 AT1G49730 35.468 203 88 4 142 304 332 531 7.16e-23 99.4
MsG0180005346.01.T01 AT4G01330 29.439 214 107 3 130 303 155 364 7.33e-23 99.0
MsG0180005346.01.T01 AT4G01330 29.439 214 107 3 130 303 155 364 7.43e-23 99.0
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MsG0180005346.01.T01 AT1G56140 36.508 126 67 2 8 122 254 377 5.94e-11 63.9
MsG0180005346.01.T01 AT2G28970 24.800 375 192 9 8 304 285 647 1.46e-21 95.5
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MsG0180005346.01.T01 AT1G72300 34.146 123 68 1 3 125 230 339 2.07e-13 71.2
MsG0180005346.01.T01 AT1G72300 31.111 180 90 4 5 157 528 700 1.79e-11 65.5
MsG0180005346.01.T01 AT1G72300 35.000 120 61 3 6 121 329 435 8.49e-11 63.5
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MsG0180005346.01.T01 AT2G28250 26.754 228 119 3 123 304 196 421 1.97e-21 95.1
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MsG0180005346.01.T01 AT2G28250 26.754 228 119 3 123 304 196 421 1.97e-21 95.1
MsG0180005346.01.T01 AT2G28250 26.754 228 119 3 123 304 196 421 1.97e-21 95.1
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MsG0180005346.01.T01 AT5G54590 30.348 201 96 4 142 304 118 312 2.65e-21 94.0
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MsG0180005346.01.T01 AT4G35030 31.579 209 99 5 140 307 107 312 5.03e-21 93.2
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MsG0180005346.01.T01 AT1G51790 44.231 104 58 0 200 303 674 777 7.39e-21 93.6
MsG0180005346.01.T01 AT4G23230 28.111 217 114 2 123 300 323 536 7.92e-21 93.2
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MsG0180005346.01.T01 AT1G06840 29.717 212 103 4 135 303 623 831 8.24e-21 93.6
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MsG0180005346.01.T01 AT4G23270 29.694 229 116 4 123 309 312 537 8.70e-21 93.2
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MsG0180005346.01.T01 AT4G13190 42.857 105 60 0 199 303 24 128 1.64e-20 89.0
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MsG0180005346.01.T01 AT5G46330 33.582 134 78 1 6 128 489 622 1.90e-11 65.5
MsG0180005346.01.T01 AT5G46330 35.870 92 59 0 31 122 94 185 2.68e-11 65.1
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MsG0180005346.01.T01 AT5G46330 33.051 118 66 1 5 122 153 257 8.23e-11 63.5
MsG0180005346.01.T01 AT1G51800 25.323 387 183 8 8 305 420 789 2.07e-20 92.4
MsG0180005346.01.T01 AT4G03390 28.326 233 121 4 120 308 464 694 2.24e-20 92.0
MsG0180005346.01.T01 AT4G03390 28.326 233 121 4 120 308 464 694 2.24e-20 92.0
MsG0180005346.01.T01 AT4G00340 28.643 199 100 3 143 303 488 682 2.35e-20 92.0
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MsG0180005346.01.T01 AT5G18610 44.762 105 58 0 199 303 183 287 2.58e-20 91.7
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MsG0180005346.01.T01 AT5G58940 29.208 202 103 3 143 305 153 353 1.13e-19 89.7
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MsG0180005346.01.T01 AT2G16750 31.707 205 99 6 140 307 280 480 2.65e-19 89.0
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MsG0180005346.01.T01 AT1G65800 28.500 200 101 2 140 300 526 722 2.87e-19 89.0
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MsG0180005346.01.T01 AT4G20450 31.429 210 100 4 140 310 594 798 3.01e-19 89.0
MsG0180005346.01.T01 AT2G30730 26.724 232 117 5 125 309 35 260 3.08e-19 87.0
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MsG0180005346.01.T01 AT4G11460 28.448 232 118 4 123 309 332 560 3.29e-19 88.6
MsG0180005346.01.T01 AT4G27290 29.648 199 98 3 141 300 469 664 3.33e-19 88.6
MsG0180005346.01.T01 AT5G55830 29.858 211 94 5 142 306 370 572 3.56e-19 88.6
MsG0180005346.01.T01 AT1G26970 31.481 216 93 4 137 303 83 292 3.63e-19 87.8
MsG0180005346.01.T01 AT1G61400 27.477 222 111 3 125 299 488 706 3.79e-19 88.6
MsG0180005346.01.T01 AT5G65600 29.469 207 102 4 143 308 356 559 4.16e-19 88.2
MsG0180005346.01.T01 AT1G70520 28.111 217 113 4 123 300 311 523 4.27e-19 88.2
MsG0180005346.01.T01 AT5G01950 26.941 219 105 4 135 303 624 837 4.34e-19 88.6
MsG0180005346.01.T01 AT5G01950 35.714 126 79 1 16 141 85 208 2.45e-14 74.3
MsG0180005346.01.T01 AT5G01950 31.200 125 75 1 6 119 112 236 1.50e-11 65.9

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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TGCAATATATGCCTCAAATT+TGG 0.203130 1:+90599369 None:intergenic
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CTTCTTGGAAATTCATTATC+AGG 0.270498 1:-90600774 MsG0180005346.01.T01:CDS
GCTGCTGAGATTCAGATTCT+TGG 0.282630 1:-90599637 MsG0180005346.01.T01:CDS
TTTCAGCATAGAAAATATAT+TGG 0.296682 1:-90599800 MsG0180005346.01.T01:intron
TGCAACTGTCCTATCTCTTT+AGG 0.299784 1:+90600672 None:intergenic
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GTGATTGGAAAAGGTTGTTC+TGG 0.381016 1:-90599757 MsG0180005346.01.T01:CDS
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CATGCAATGTCCAGAGTTGC+TGG 0.426529 1:-90599303 MsG0180005346.01.T01:CDS
CACGTCGCTCTTCTCGGTTA+TGG 0.440804 1:+90598956 None:intergenic
TTGAAAGATGAAAATGTGAT+TGG 0.442343 1:-90599772 MsG0180005346.01.T01:CDS
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ATCGCTGTTGGTTCGGCTCA+AGG 0.456368 1:-90599468 MsG0180005346.01.T01:CDS
AACAAGCAAAGGAGATGAAA+TGG 0.459838 1:-90599671 MsG0180005346.01.T01:CDS
GGAGAGATTCCTAAAGAGAT+AGG 0.460223 1:-90600681 MsG0180005346.01.T01:CDS
TGCAAACTGAAAATCTCATC+TGG 0.462939 1:+90600816 None:intergenic
GAAAGTGAAATACACTTGCC+TGG 0.467353 1:+90599261 None:intergenic
GCCATAGGAACCAGCAACTC+TGG 0.474755 1:+90599293 None:intergenic
GATGAAAATGTGATTGGAAA+AGG 0.482339 1:-90599766 MsG0180005346.01.T01:CDS
GCTCTTCTCGGTTATGGTCA+TGG 0.489622 1:+90598962 None:intergenic
AAAGTGAAATACACTTGCCT+GGG 0.515989 1:+90599262 None:intergenic
TCCTATGGCTACATTGCCCC+AGG 0.526529 1:-90599279 MsG0180005346.01.T01:CDS
TGGAAGAAGTGCAGTTCAGA+TGG 0.529894 1:-90598898 MsG0180005346.01.T01:CDS
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TCACCAGAGAGGGAATTATC+CGG 0.544692 1:+90601057 None:intergenic
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TCTTTGGTTAGATTGAGAGT+TGG 0.553728 1:-90600720 MsG0180005346.01.T01:CDS
TGTCAAGCTGAACAGTTGCA+AGG 0.556873 1:+90601004 None:intergenic
ACTAGATACAAGATCGCTGT+TGG 0.565606 1:-90599480 MsG0180005346.01.T01:CDS
AAGCTTTGGAAAACAAGCAA+AGG 0.594275 1:-90599682 MsG0180005346.01.T01:CDS
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GTCTGAGATGCCGCGCGGAG+AGG 0.598551 1:-90599722 MsG0180005346.01.T01:CDS
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TTCTTGGCTACATTCGGCAT+AGG 0.611184 1:-90599621 MsG0180005346.01.T01:CDS
GGGAATTCATTAGCTTTGCG+AGG 0.612895 1:+90599337 None:intergenic
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CCACGGTATCTCACCAGAGA+GGG 0.630129 1:+90601047 None:intergenic
CGTGATGTTTGCAATCTCAA+CGG 0.641031 1:+90600600 None:intergenic
CGACGTGTACAGTTATGGAG+TGG 0.646737 1:-90598940 MsG0180005346.01.T01:CDS
GTGCAGTTACTCAACTGCCA+CGG 0.671990 1:+90601030 None:intergenic
GCCACGGTATCTCACCAGAG+AGG 0.709515 1:+90601046 None:intergenic
AAGTGAAATACACTTGCCTG+GGG 0.710256 1:+90599263 None:intergenic
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CATTGCATGATGATAATTTG+GGG 0.726178 1:+90599317 None:intergenic
TATAAGTCTGAGATGCCGCG+CGG 0.765327 1:-90599727 MsG0180005346.01.T01:CDS
ACTGCTATTACCTCTCCGCG+CGG 0.844889 1:+90599712 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! CATTTTTTTTCTTAATCTTA+TGG - Chr1:90600701-90600720 MsG0180005346.01.T01:CDS 15.0%
!! ATTAATCCAACAACTTATAT+TGG + Chr1:90600790-90600809 None:intergenic 20.0%
!! CTCAACAATAATTTATTAAC+AGG - Chr1:90599517-90599536 MsG0180005346.01.T01:intron 20.0%
!! TTTCAGCATAGAAAATATAT+TGG - Chr1:90600135-90600154 MsG0180005346.01.T01:intron 20.0%
! ACATTGCATGATGATAATTT+GGG + Chr1:90600622-90600641 None:intergenic 25.0%
! AGAAATAAATTGACACTTGA+TGG + Chr1:90600886-90600905 None:intergenic 25.0%
! CTCTATAACTTTATCCAAAA+TGG - Chr1:90600387-90600406 MsG0180005346.01.T01:intron 25.0%
! TTGAAAGATGAAAATGTGAT+TGG - Chr1:90600163-90600182 MsG0180005346.01.T01:intron 25.0%
! TTGAGTTATAATAGCTTATC+TGG - Chr1:90599587-90599606 MsG0180005346.01.T01:intron 25.0%
!! CTGTAAATTCTAACAGATTT+TGG + Chr1:90599550-90599569 None:intergenic 25.0%
!!! AAGTGTCAATTTATTTCTGA+TGG - Chr1:90600888-90600907 MsG0180005346.01.T01:intron 25.0%
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ATTTACAGAAGCTAACTCTT+TGG - Chr1:90599562-90599581 MsG0180005346.01.T01:intron 30.0%
CATTGCATGATGATAATTTG+GGG + Chr1:90600621-90600640 None:intergenic 30.0%
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CTTTCAAGGAATAAGTTAAC+AGG - Chr1:90599089-90599108 MsG0180005346.01.T01:intron 30.0%
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GATGAAAATGTGATTGGAAA+AGG - Chr1:90600169-90600188 MsG0180005346.01.T01:intron 30.0%
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TCATAGGTTATTGTTCTAAC+GGG - Chr1:90600349-90600368 MsG0180005346.01.T01:intron 30.0%
TGCAATATATGCCTCAAATT+TGG + Chr1:90600569-90600588 None:intergenic 30.0%
TTACAATCACTTGATCTTCA+AGG - Chr1:90599717-90599736 MsG0180005346.01.T01:CDS 30.0%
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! AGGCATATATTGCAGATTTT+GGG - Chr1:90600575-90600594 MsG0180005346.01.T01:intron 30.0%
! CTGAAATTCAGTTTCTGAAA+TGG + Chr1:90600121-90600140 None:intergenic 30.0%
! GTTGTCTTAGATTACCATTT+TGG + Chr1:90600404-90600423 None:intergenic 30.0%
! GTTTTACTAGAGATACTAAG+TGG - Chr1:90601017-90601036 MsG0180005346.01.T01:CDS 30.0%
!! ACATGCTTTTTGGAGAATTA+AGG - Chr1:90599741-90599760 MsG0180005346.01.T01:CDS 30.0%
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!! TTTTGGAGAATTAAGGTTCT+TGG - Chr1:90599748-90599767 MsG0180005346.01.T01:CDS 30.0%
!!! TTCTCAGAGTTTTTTCTTGT+GGG - Chr1:90599002-90599021 MsG0180005346.01.T01:intron 30.0%
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AACAAGCAAAGGAGATGAAA+TGG - Chr1:90600264-90600283 MsG0180005346.01.T01:intron 35.0%
ACATCTCTGTGAAGAATTGA+TGG + Chr1:90600521-90600540 None:intergenic 35.0%
CATACATTGAATTTAGCCTC+AGG - Chr1:90600848-90600867 MsG0180005346.01.T01:CDS 35.0%
CATCTCTGTGAAGAATTGAT+GGG + Chr1:90600520-90600539 None:intergenic 35.0%
CCAGTTCATATCTTCAGAAT+CGG - Chr1:90599859-90599878 MsG0180005346.01.T01:intron 35.0%
CTGTACATGAATCATTTCTC+CGG - Chr1:90599305-90599324 MsG0180005346.01.T01:CDS 35.0%
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CTTGACAAGAATCAGTTATC+AGG - Chr1:90598947-90598966 MsG0180005346.01.T01:CDS 35.0%
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GCCTACTCTACATTAAACAA+TGG + Chr1:90600949-90600968 None:intergenic 35.0%
TACAAGCCTAACAATCAGTT+TGG - Chr1:90599635-90599654 MsG0180005346.01.T01:CDS 35.0%
TAGCAGTAAGAAAGAAGCTT+TGG - Chr1:90600239-90600258 MsG0180005346.01.T01:intron 35.0%
TCATCGGTACAATGTTGAAA+AGG - Chr1:90600034-90600053 MsG0180005346.01.T01:intron 35.0%
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TTCAGGTCTGATTCAAAAGA+TGG - Chr1:90599916-90599935 MsG0180005346.01.T01:intron 35.0%
TTCTGAACAGTTTCCAAAAG+AGG + Chr1:90599054-90599073 None:intergenic 35.0%
! AATCTAAGACAACTGTTGGA+AGG - Chr1:90600411-90600430 MsG0180005346.01.T01:intron 35.0%
! ATCTAAGACAACTGTTGGAA+GGG - Chr1:90600412-90600431 MsG0180005346.01.T01:intron 35.0%
! GAGGCATATATTGCAGATTT+TGG - Chr1:90600574-90600593 MsG0180005346.01.T01:intron 35.0%
! TCTTCAAGGAACATGCTTTT+TGG - Chr1:90599731-90599750 MsG0180005346.01.T01:CDS 35.0%
! TGGTAATCTAAGACAACTGT+TGG - Chr1:90600407-90600426 MsG0180005346.01.T01:intron 35.0%
!! AAGCTTTGGAAAACAAGCAA+AGG - Chr1:90600253-90600272 MsG0180005346.01.T01:intron 35.0%
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!! ATTTTCAAGCTCACCAATCA+GGG + Chr1:90599412-90599431 None:intergenic 35.0%
!!! GAAGCTAGAGTTTTGAAGAA+TGG + Chr1:90599840-90599859 None:intergenic 35.0%
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AAGGGAATAGGAACTTAGAC+TGG - Chr1:90600430-90600449 MsG0180005346.01.T01:intron 40.0%
AAGTGAAATACACTTGCCTG+GGG + Chr1:90600675-90600694 None:intergenic 40.0%
ACAATGTTGAAAAGGCTCTG+AGG - Chr1:90600042-90600061 MsG0180005346.01.T01:intron 40.0%
ACTAGATACAAGATCGCTGT+TGG - Chr1:90600455-90600474 MsG0180005346.01.T01:intron 40.0%
AGGAGATATTGAGTGAAGTG+AGG + Chr1:90599786-90599805 None:intergenic 40.0%
AGGGAATAGGAACTTAGACT+GGG - Chr1:90600431-90600450 MsG0180005346.01.T01:intron 40.0%
ATCTCCTACAACAACTTCTC+AGG - Chr1:90599799-90599818 MsG0180005346.01.T01:intron 40.0%
CAATCTCAACGGTAATCTTC+CGG + Chr1:90599327-90599346 None:intergenic 40.0%
CCACGATGCAATGACAATTA+TGG + Chr1:90599994-90600013 None:intergenic 40.0%
CCATAATTGTCATTGCATCG+TGG - Chr1:90599991-90600010 MsG0180005346.01.T01:intron 40.0%
CGTGATGTTTGCAATCTCAA+CGG + Chr1:90599338-90599357 None:intergenic 40.0%
CGTTGAGATTGCAAACATCA+CGG - Chr1:90599336-90599355 MsG0180005346.01.T01:CDS 40.0%
CTCGGTCCAATATAAGTTGT+TGG - Chr1:90600781-90600800 MsG0180005346.01.T01:CDS 40.0%
CTTATATTGGACCGAGTTGT+AGG + Chr1:90600777-90600796 None:intergenic 40.0%
GAAAGTGAAATACACTTGCC+TGG + Chr1:90600677-90600696 None:intergenic 40.0%
GAACAGTTTCCAAAAGAGGA+CGG + Chr1:90599050-90599069 None:intergenic 40.0%
GAAGAATGGAGTTACTGGAT+AGG + Chr1:90599826-90599845 None:intergenic 40.0%
GATGCTCATAACAACTACCT+CGG - Chr1:90599372-90599391 MsG0180005346.01.T01:CDS 40.0%
GGAGAGATTCCTAAAGAGAT+AGG - Chr1:90599254-90599273 MsG0180005346.01.T01:intron 40.0%
GGCTTGTAACATGACAATCT+CGG + Chr1:90599623-90599642 None:intergenic 40.0%
GGTACAATTCCTTATCAGCT+TGG - Chr1:90598968-90598987 MsG0180005346.01.T01:CDS 40.0%
GTGAAATTCCTTGGAGCTTT+GGG - Chr1:90599468-90599487 MsG0180005346.01.T01:CDS 40.0%
GTGAGGATTTCTCTTATCCT+TGG - Chr1:90600086-90600105 MsG0180005346.01.T01:intron 40.0%
GTGATTGGAAAAGGTTGTTC+TGG - Chr1:90600178-90600197 MsG0180005346.01.T01:intron 40.0%
TGCAACTGTCCTATCTCTTT+AGG + Chr1:90599266-90599285 None:intergenic 40.0%
TTGTAACATGACAATCTCGG+AGG + Chr1:90599620-90599639 None:intergenic 40.0%
TTTGACAGGGTGAAATTCCT+TGG - Chr1:90599459-90599478 MsG0180005346.01.T01:CDS 40.0%
! ATACAAGATCGCTGTTGGTT+CGG - Chr1:90600460-90600479 MsG0180005346.01.T01:intron 40.0%
! CCGATTCTGAAGATATGAAC+TGG + Chr1:90599862-90599881 None:intergenic 40.0%
! TGACATTTTGCAACACTTGC+TGG + Chr1:90599194-90599213 None:intergenic 40.0%
!!! CTCAGAGTTTTTTCTTGTGG+GGG - Chr1:90599004-90599023 MsG0180005346.01.T01:intron 40.0%
AAGAGATGTGGTACCGTCAA+CGG + Chr1:90599898-90599917 None:intergenic 45.0%
AAGAGCGACGTGTACAGTTA+TGG - Chr1:90600990-90601009 MsG0180005346.01.T01:CDS 45.0%
AATCTGTGTCAGTCCGTTGA+CGG - Chr1:90599882-90599901 MsG0180005346.01.T01:intron 45.0%
AGGACCTGAGAAGTTGTTGT+AGG + Chr1:90599806-90599825 None:intergenic 45.0%
AGTTCAGATGGACAACACGT+TGG - Chr1:90601049-90601068 MsG0180005346.01.T01:CDS 45.0%
ATTCGGCATAGGACATTGTG+AGG - Chr1:90600325-90600344 MsG0180005346.01.T01:intron 45.0%
CTGAGTAAGCTTCTGCTTCT+TGG - Chr1:90599146-90599165 MsG0180005346.01.T01:intron 45.0%
GAATCAGACCTGAAGAGATG+TGG + Chr1:90599910-90599929 None:intergenic 45.0%
GACAACTGTTGGAAGGGAAT+AGG - Chr1:90600418-90600437 MsG0180005346.01.T01:intron 45.0%
GCTGCTGAGATTCAGATTCT+TGG - Chr1:90600298-90600317 MsG0180005346.01.T01:intron 45.0%
GGTGAAATTCCTTGGAGCTT+TGG - Chr1:90599467-90599486 MsG0180005346.01.T01:CDS 45.0%
GTCAAAGCAGACATTGAGTC+AGG + Chr1:90599693-90599712 None:intergenic 45.0%
GTTGGAGAGAATCAGCTTTC+AGG - Chr1:90599233-90599252 MsG0180005346.01.T01:intron 45.0%
TAGGACATTGTGAGGCTCAT+AGG - Chr1:90600333-90600352 MsG0180005346.01.T01:intron 45.0%
TCACCAGAGAGGGAATTATC+CGG + Chr1:90598881-90598900 None:intergenic 45.0%
TGTCAAGCTGAACAGTTGCA+AGG + Chr1:90598934-90598953 None:intergenic 45.0%
TTCTTGGCTACATTCGGCAT+AGG - Chr1:90600314-90600333 MsG0180005346.01.T01:intron 45.0%
TTTCCGGATAATTCCCTCTC+TGG - Chr1:90598875-90598894 MsG0180005346.01.T01:CDS 45.0%
! CTTGTGGGGGAATTTGTTTC+TGG - Chr1:90599017-90599036 MsG0180005346.01.T01:intron 45.0%
! GGAACTAAACCGTCCTCTTT+TGG - Chr1:90599038-90599057 MsG0180005346.01.T01:intron 45.0%
! TGGAAGAAGTGCAGTTCAGA+TGG - Chr1:90601037-90601056 MsG0180005346.01.T01:CDS 45.0%
!! GAAAAGGCTCTGAGGATATC+AGG - Chr1:90600050-90600069 MsG0180005346.01.T01:intron 45.0%
!! GGGAATTCATTAGCTTTGCG+AGG + Chr1:90600601-90600620 None:intergenic 45.0%
ACTGTACACGTCGCTCTTCT+CGG + Chr1:90600988-90601007 None:intergenic 50.0%
AGAAATCCTCACTCCAGACG+CGG + Chr1:90600078-90600097 None:intergenic 50.0%
CATGCAATGTCCAGAGTTGC+TGG - Chr1:90600632-90600651 MsG0180005346.01.T01:CDS 50.0%
CGACGTGTACAGTTATGGAG+TGG - Chr1:90600995-90601014 MsG0180005346.01.T01:CDS 50.0%
CTCAAGTTCCCAAAGCTCCA+AGG + Chr1:90599479-90599498 None:intergenic 50.0%
GATGGACAACACGTTGGAGA+TGG - Chr1:90601055-90601074 MsG0180005346.01.T01:CDS 50.0%
GCTCATAACAACTACCTCGG+CGG - Chr1:90599375-90599394 MsG0180005346.01.T01:CDS 50.0%
GCTCTTCTCGGTTATGGTCA+TGG + Chr1:90600976-90600995 None:intergenic 50.0%
GGAGAAATTCCGTCCCTGAT+TGG - Chr1:90599396-90599415 MsG0180005346.01.T01:CDS 50.0%
GTGCAGTTACTCAACTGCCA+CGG + Chr1:90598908-90598927 None:intergenic 50.0%
TCAAGCTCACCAATCAGGGA+CGG + Chr1:90599408-90599427 None:intergenic 50.0%
TGACGGTACCACATCTCTTC+AGG - Chr1:90599899-90599918 MsG0180005346.01.T01:intron 50.0%
! TATAAGTCTGAGATGCCGCG+CGG - Chr1:90600208-90600227 MsG0180005346.01.T01:intron 50.0%
!! TCCAGAGTTGCTGGTTCCTA+TGG - Chr1:90600641-90600660 MsG0180005346.01.T01:CDS 50.0%
ACTGCTATTACCTCTCCGCG+CGG + Chr1:90600226-90600245 None:intergenic 55.0%
AGGATATCAGGTTCCGCGTC+TGG - Chr1:90600062-90600081 MsG0180005346.01.T01:intron 55.0%
CACGTCGCTCTTCTCGGTTA+TGG + Chr1:90600982-90601001 None:intergenic 55.0%
CCACGGTATCTCACCAGAGA+GGG + Chr1:90598891-90598910 None:intergenic 55.0%
GCCATAGGAACCAGCAACTC+TGG + Chr1:90600645-90600664 None:intergenic 55.0%
TCCTATGGCTACATTGCCCC+AGG - Chr1:90600656-90600675 MsG0180005346.01.T01:CDS 55.0%
TCCTCTGCAGCCCTACAACT+CGG - Chr1:90600763-90600782 MsG0180005346.01.T01:CDS 55.0%
!! ATCGCTGTTGGTTCGGCTCA+AGG - Chr1:90600467-90600486 MsG0180005346.01.T01:intron 55.0%
ACCGAGTTGTAGGGCTGCAG+AGG + Chr1:90600767-90600786 None:intergenic 60.0%
CCCTCTCTGGTGAGATACCG+TGG - Chr1:90598888-90598907 MsG0180005346.01.T01:CDS 60.0%
GCCACGGTATCTCACCAGAG+AGG + Chr1:90598892-90598911 None:intergenic 60.0%
GCCTGGGGCAATGTAGCCAT+AGG + Chr1:90600660-90600679 None:intergenic 60.0%
GGGACGGAATTTCTCCGCCG+AGG + Chr1:90599392-90599411 None:intergenic 65.0%
! CAGGTTCCGCGTCTGGAGTG+AGG - Chr1:90600069-90600088 MsG0180005346.01.T01:intron 65.0%
! GTCTGAGATGCCGCGCGGAG+AGG - Chr1:90600213-90600232 MsG0180005346.01.T01:intron 70.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 90598869 90601088 90598869 ID=MsG0180005346.01;Name=MsG0180005346.01
Chr1 mRNA 90598869 90601088 90598869 ID=MsG0180005346.01.T01;Parent=MsG0180005346.01;Name=MsG0180005346.01.T01;_AED=0.37;_eAED=0.37;_QI=0|0|0|1|0.75|0.6|5|0|314
Chr1 exon 90600989 90601088 90600989 ID=MsG0180005346.01.T01:exon:17473;Parent=MsG0180005346.01.T01
Chr1 exon 90600600 90600885 90600600 ID=MsG0180005346.01.T01:exon:17472;Parent=MsG0180005346.01.T01
Chr1 exon 90599616 90599816 90599616 ID=MsG0180005346.01.T01:exon:17471;Parent=MsG0180005346.01.T01
Chr1 exon 90599274 90599509 90599274 ID=MsG0180005346.01.T01:exon:17470;Parent=MsG0180005346.01.T01
Chr1 exon 90598869 90598990 90598869 ID=MsG0180005346.01.T01:exon:17469;Parent=MsG0180005346.01.T01
Chr1 CDS 90600989 90601088 90600989 ID=MsG0180005346.01.T01:cds;Parent=MsG0180005346.01.T01
Chr1 CDS 90600600 90600885 90600600 ID=MsG0180005346.01.T01:cds;Parent=MsG0180005346.01.T01
Chr1 CDS 90599616 90599816 90599616 ID=MsG0180005346.01.T01:cds;Parent=MsG0180005346.01.T01
Chr1 CDS 90599274 90599509 90599274 ID=MsG0180005346.01.T01:cds;Parent=MsG0180005346.01.T01
Chr1 CDS 90598869 90598990 90598869 ID=MsG0180005346.01.T01:cds;Parent=MsG0180005346.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180005346.01.T01

TTCATTTTTCCGGATAATTCCCTCTCTGGTGAGATACCGTGGCAGTTGAGTAACTGCACAAGCCTTGCAACTGTTCAGCTTGACAAGAATCAGTTATCAGAACTGTATGCACTTGATCTTTCAAGGAATAAGTTAACAGGTTCTATACCAGATGAGATTTTCAGTTTGCAGAAGCTGAGTAAGCTTCTGCTTCTTGGAAATTCATTATCAGGAAGATTACCAGCAAGTGTTGCAAAATGTCAGTCTTTGGTTAGATTGAGAGTTGGAGAGAATCAGCTTTCAGGAGAGATTCCTAAAGAGATAGGACAGTTGCAGAATCTTGTGTTTCTTGATCTGTACATGAATCATTTCTCCGGAAGATTACCGTTGAGATTGCAAACATCACGCATAGAAAATATATTGGATTGCTTGAAAGATGAAAATGTGATTGGAAAAGGTTGTTCTGGTGTTGTGTATAAGTCTGAGATGCCGCGCGGAGAGGTAATAGCAGTAAGAAAGAAGCTTTGGAAAACAAGCAAAGGAGATGAAATGGTCGATTCTTTTGCTGCTGAGATTCAGATTCTTGGCTACATTCGGCATAGGACATTACTGGGAACTAGATACAAGATCGCTGTTGGTTCGGCTCAAGGTTTAGCTTATCTTCATCATGATTGTGTCCCATCAATTCTTCACAGAGATGTTAAGTGCAATACATACTTCTTGATTCCAAATTTGAGGCATATATTGCAGATTTTGGGCCTCGCAAAGCTAATGAATTCCCCAAATTATCATCATGCAATGTCCAGAGTTGCTGGTTCCTATGGCTACATTGCCCCAGGCAAGTGCTACACCATGACCATAACCGAGAAGAGCGACGTGTACAGTTATGGAGTGGTTTTACTAGAGATACTAAGTGGAAGAAGTGCAGTTCAGATGGACAACACGTTGGAGATGGACAACACATAG
Protein sequence

>MsG0180005346.01.T01

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