AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180005373.01

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MsG0180005373.01.T01 AT4G11460 36.964 303 172 5 1 301 336 621 1.62e-55 191
MsG0180005373.01.T01 AT3G58690 37.829 304 169 7 1 301 77 363 1.68e-55 185
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MsG0180005373.01.T01 AT1G31420 38.966 290 150 7 16 303 311 575 2.05e-55 189
MsG0180005373.01.T01 AT4G23200 38.614 303 163 7 7 306 332 614 2.25e-55 190
MsG0180005373.01.T01 AT1G61590 36.306 314 169 8 1 305 89 380 2.28e-55 185
MsG0180005373.01.T01 AT4G00970 37.209 301 165 6 7 303 340 620 2.34e-55 190
MsG0180005373.01.T01 AT1G11050 36.538 312 172 6 1 302 285 580 2.46e-55 189
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MsG0180005373.01.T01 AT2G18470 36.808 307 164 8 2 302 275 557 6.58e-55 189
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MsG0180005373.01.T01 AT5G18610 38.361 305 164 8 1 301 73 357 7.24e-55 186
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MsG0180005373.01.T01 AT4G23270 37.294 303 166 6 7 306 322 603 1.19e-54 188
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MsG0180005373.01.T01 AT1G67720 38.851 296 157 7 4 298 601 873 1.72e-54 191
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MsG0180005373.01.T01 AT4G23250 37.987 308 169 5 1 306 344 631 5.02e-54 187
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MsG0180005373.01.T01 AT3G02130 35.948 306 171 6 1 304 864 1146 1.69e-53 188
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MsG0180005373.01.T01 AT4G21400 36.991 319 181 9 1 303 212 526 2.36e-53 183
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MsG0180005373.01.T01 AT4G27290 39.203 301 159 7 1 298 501 780 3.55e-53 186
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MsG0180005373.01.T01 AT4G04570 43.111 225 108 4 7 229 344 550 2.32e-52 181
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MsG0180005373.01.T01 AT4G04510 37.294 303 161 8 7 306 337 613 8.57e-51 177
MsG0180005373.01.T01 AT5G07180 35.621 306 171 6 1 305 641 921 9.94e-51 180
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MsG0180005373.01.T01 AT4G11900 37.377 305 164 8 1 301 527 808 1.21e-50 179
MsG0180005373.01.T01 AT2G24230 34.810 316 184 7 1 301 536 844 1.28e-50 179
MsG0180005373.01.T01 AT2G18470 41.667 228 113 4 2 228 275 483 1.33e-50 175
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MsG0180005373.01.T01 AT3G45330 35.314 303 170 7 2 302 339 617 1.63e-50 177
MsG0180005373.01.T01 AT5G61350 36.393 305 175 7 3 305 517 804 1.82e-50 179
MsG0180005373.01.T01 AT5G58940 36.393 305 166 8 3 301 139 421 1.94e-50 173
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MsG0180005373.01.T01 AT5G58940 36.393 305 166 8 3 301 139 421 1.94e-50 173
MsG0180005373.01.T01 AT5G58940 36.393 305 166 8 3 301 139 421 1.94e-50 173
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MsG0180005373.01.T01 AT4G23160 36.304 303 168 8 4 303 352 632 1.79e-48 172
MsG0180005373.01.T01 AT4G31110 35.738 305 174 7 3 305 445 729 1.80e-48 173
MsG0180005373.01.T01 AT5G10530 34.967 306 171 7 2 302 326 608 2.14e-48 171
MsG0180005373.01.T01 AT1G61430 35.922 309 170 8 1 303 479 765 2.45e-48 172
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MsG0180005373.01.T01 AT5G48940 34.228 298 160 7 16 301 790 1063 2.95e-48 173
MsG0180005373.01.T01 AT2G28960 36.393 305 167 8 3 305 435 714 3.08e-48 172
MsG0180005373.01.T01 AT4G31100 36.275 306 173 7 2 305 435 720 3.20e-48 172
MsG0180005373.01.T01 AT2G37710 34.211 304 175 7 1 301 337 618 3.54e-48 171
MsG0180005373.01.T01 AT2G14510 36.275 306 165 11 3 305 565 843 3.55e-48 172
MsG0180005373.01.T01 AT4G20270 36.824 296 150 9 16 301 715 983 3.85e-48 172
MsG0180005373.01.T01 AT5G60300 32.895 304 178 6 4 305 337 616 4.47e-48 171
MsG0180005373.01.T01 AT5G60300 32.895 304 178 6 4 305 337 616 4.47e-48 171
MsG0180005373.01.T01 AT5G37450 36.246 309 161 7 3 304 420 699 4.62e-48 171
MsG0180005373.01.T01 AT4G23140 35.974 303 169 8 4 303 344 624 4.74e-48 171
MsG0180005373.01.T01 AT2G04300 35.948 306 167 9 3 305 535 814 4.76e-48 172
MsG0180005373.01.T01 AT2G14510 36.275 306 165 11 3 305 557 835 4.77e-48 172
MsG0180005373.01.T01 AT1G16130 36.824 296 165 6 3 297 408 682 5.23e-48 171
MsG0180005373.01.T01 AT4G17660 35.127 316 170 9 1 305 81 372 5.27e-48 165
MsG0180005373.01.T01 AT5G44700 36.424 302 164 9 2 292 939 1223 5.55e-48 172
MsG0180005373.01.T01 AT2G04300 35.948 306 167 9 3 305 576 855 6.00e-48 172
MsG0180005373.01.T01 AT4G32300 34.754 305 176 8 2 305 486 768 6.93e-48 171
MsG0180005373.01.T01 AT1G21240 35.948 306 174 5 2 306 406 690 7.06e-48 171
MsG0180005373.01.T01 AT3G51550 35.179 307 172 9 3 305 528 811 7.49e-48 171
MsG0180005373.01.T01 AT5G49770 38.065 310 162 8 1 305 624 908 7.82e-48 172
MsG0180005373.01.T01 AT5G37450 36.246 309 161 7 3 304 623 902 8.88e-48 171
MsG0180005373.01.T01 AT2G28960 36.393 305 167 8 3 305 567 846 9.16e-48 171
MsG0180005373.01.T01 AT5G60300 32.895 304 178 6 4 305 337 616 9.50e-48 171
MsG0180005373.01.T01 AT4G00330 34.951 309 172 8 1 301 109 396 9.75e-48 165
MsG0180005373.01.T01 AT4G00330 34.951 309 172 8 1 301 109 396 9.75e-48 165
MsG0180005373.01.T01 AT1G16260 38.816 304 162 8 3 304 373 654 9.81e-48 170
MsG0180005373.01.T01 AT5G37450 36.246 309 161 7 3 304 599 878 1.06e-47 171
MsG0180005373.01.T01 AT5G37450 36.246 309 161 7 3 304 647 926 1.13e-47 171
MsG0180005373.01.T01 AT1G16260 38.816 304 162 8 3 304 382 663 1.23e-47 170
MsG0180005373.01.T01 AT1G16260 38.816 304 162 8 3 304 382 663 1.23e-47 170
MsG0180005373.01.T01 AT5G61480 36.893 309 161 9 1 301 715 997 1.28e-47 171
MsG0180005373.01.T01 AT4G04490 38.333 300 151 10 7 301 336 606 1.31e-47 169
MsG0180005373.01.T01 AT5G56790 34.528 307 175 6 3 306 382 665 1.47e-47 169
MsG0180005373.01.T01 AT5G60280 34.641 306 166 8 2 302 330 606 1.47e-47 169

Find 90 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 99 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ATGATATTGGGCTTGTTAAT+TGG 0.139025 1:-90962611 MsG0180005373.01.T01:CDS
TTGACAACCTCTGGCATTTC+AGG 0.154582 1:+90962447 None:intergenic
AACTATACACATCCACTTTC+GGG 0.195645 1:+90962700 None:intergenic
GGTTGAAGGAGGAGAGTGTT+AGG 0.235138 1:-90962521 MsG0180005373.01.T01:CDS
TCCTTCAACCCTTCTTCTCT+TGG 0.244526 1:+90962534 None:intergenic
GTTTACGAGTTCGTTGAAAA+AGG 0.246089 1:-90963074 MsG0180005373.01.T01:CDS
GCCGAACTTGGCAGTGAAAT+TGG 0.247407 1:-90962640 MsG0180005373.01.T01:CDS
AGGCCCATATAGCTGATTTC+GGG 0.264322 1:-90962827 MsG0180005373.01.T01:CDS
GAGGCCCATATAGCTGATTT+CGG 0.292556 1:-90962828 MsG0180005373.01.T01:CDS
AAATGGAAACCTCATCGTTT+TGG 0.307366 1:+90963003 None:intergenic
AAACTATACACATCCACTTT+CGG 0.309616 1:+90962699 None:intergenic
CGTGAAAATTCTCGGGTATT+GGG 0.309669 1:-90963120 MsG0180005373.01.T01:CDS
AAGTGGATGTGTATAGTTTC+GGG 0.320559 1:-90962695 MsG0180005373.01.T01:CDS
TCCAATTTCACTGCCAAGTT+CGG 0.325882 1:+90962639 None:intergenic
CTTGATATCTCGATGAATAA+TGG 0.328105 1:+90962881 None:intergenic
CGAGCCCGAAATCAGCTATA+TGG 0.328693 1:+90962823 None:intergenic
ATTCTCGGGTATTGGGCTTC+TGG 0.328949 1:-90963113 MsG0180005373.01.T01:CDS
TGATATTGGGCTTGTTAATT+GGG 0.334653 1:-90962610 MsG0180005373.01.T01:CDS
AAATTGGAAGGAAATGATAT+TGG 0.342204 1:-90962624 MsG0180005373.01.T01:CDS
TTGTTCGTTCTCCTTTGTCT+TGG 0.363839 1:-90962971 MsG0180005373.01.T01:CDS
TGTTCGTTCTCCTTTGTCTT+GGG 0.367353 1:-90962970 MsG0180005373.01.T01:CDS
AATTGGAAGGAAATGATATT+GGG 0.377897 1:-90962623 MsG0180005373.01.T01:CDS
TCGTGAAAATTCTCGGGTAT+TGG 0.380417 1:-90963121 MsG0180005373.01.T01:CDS
AGAGTCCAACAAAACATTAC+TGG 0.388642 1:+90962857 None:intergenic
TTGATATCTCGATGAATAAT+GGG 0.398106 1:+90962882 None:intergenic
ACGAACAAAATCGATTGAAA+TGG 0.406026 1:+90962986 None:intergenic
CACAACATCGTGAAAATTCT+CGG 0.412383 1:-90963128 MsG0180005373.01.T01:CDS
AAAGTGGATGTGTATAGTTT+CGG 0.419576 1:-90962696 MsG0180005373.01.T01:CDS
CGGAAGCCTTGAAAAGCGTC+AGG 0.428518 1:+90963194 None:intergenic
TCTAATAATTTGACAACCTC+TGG 0.434959 1:+90962438 None:intergenic
CCATCTCCGCTGCAAATTCA+CGG 0.435622 1:+90963174 None:intergenic
CATGGGCTTTGTTATTTACA+CGG 0.438499 1:-90962915 MsG0180005373.01.T01:CDS
GTAAATATTCCAAGAGAAGA+AGG 0.447152 1:-90962543 MsG0180005373.01.T01:CDS
GCACGTGTCAACGCAGGTGG+CGG 0.460108 1:-90962775 MsG0180005373.01.T01:CDS
CCGTGAATTTGCAGCGGAGA+TGG 0.461046 1:-90963174 MsG0180005373.01.T01:CDS
TCCAAGAGAAGAAGGGTTGA+AGG 0.464790 1:-90962535 MsG0180005373.01.T01:CDS
TCACTGCCAAGTTCGGCCTA+TGG 0.471111 1:+90962646 None:intergenic
GTTGAAGGAGGAGAGTGTTA+GGG 0.473133 1:-90962520 MsG0180005373.01.T01:CDS
GAACACTGAAATAGAGATGT+TGG 0.473770 1:-90962568 MsG0180005373.01.T01:CDS
ACGCAGGTGGCGGGCACTAT+CGG 0.477581 1:-90962765 MsG0180005373.01.T01:CDS
TTTGTTGGACTCTAAGTTTG+AGG 0.479512 1:-90962847 MsG0180005373.01.T01:CDS
GTCGCCGACGATGAGGGTAT+TGG 0.483752 1:+90963286 None:intergenic
GTCGGGCCATAGGCCGAACT+TGG 0.491813 1:-90962652 MsG0180005373.01.T01:CDS
ATCGTCGGCGACGGTAGCTT+CGG 0.505592 1:-90963275 MsG0180005373.01.T01:CDS
TTTCGGGCTCGCACGTAGGA+TGG 0.506580 1:-90962811 MsG0180005373.01.T01:CDS
GAGCCCGAAATCAGCTATAT+GGG 0.515026 1:+90962824 None:intergenic
TCGTAAACGAGTAACCGTTC+AGG 0.518025 1:+90963089 None:intergenic
ATCATGCGTGGTGTTGCTCA+TGG 0.518087 1:-90962933 MsG0180005373.01.T01:CDS
CACGTGTCAACGCAGGTGGC+GGG 0.519030 1:-90962774 MsG0180005373.01.T01:CDS
TTGAAACCGTGTCGGGCCAT+AGG 0.526227 1:-90962662 MsG0180005373.01.T01:CDS
TTTGACGGCGACGGTGTCGC+CGG 0.527968 1:+90963226 None:intergenic
TAATTGGGCAAGAAAGATGA+AGG 0.529587 1:-90962595 MsG0180005373.01.T01:CDS
CGTATTGCTTGTATGTGTAC+TGG 0.530706 1:-90962489 MsG0180005373.01.T01:CDS
CATTATTCATCGAGATATCA+AGG 0.531540 1:-90962880 MsG0180005373.01.T01:CDS
ACAACATCGTGAAAATTCTC+GGG 0.546349 1:-90963127 MsG0180005373.01.T01:CDS
ATGGGCTTTGTTATTTACAC+GGG 0.550655 1:-90962914 MsG0180005373.01.T01:CDS
TTGATGATTGAAACCGTGTC+GGG 0.552096 1:-90962669 MsG0180005373.01.T01:CDS
TAATGTAGCAAACCCGAAAG+TGG 0.557857 1:-90962712 MsG0180005373.01.T01:CDS
GGCGCGTGAGAGTTCTTCCA+TGG 0.574037 1:+90963322 None:intergenic
GGGCAAGAAAGATGAAGGAA+AGG 0.578610 1:-90962590 MsG0180005373.01.T01:CDS
ATGCCACCAGAGTATCGAGA+TGG 0.585043 1:-90962738 MsG0180005373.01.T01:CDS
GACGGCGACGGTGTCGCCGG+TGG 0.587407 1:+90963229 None:intergenic
TTAGACCCATCTCGATACTC+TGG 0.591763 1:+90962732 None:intergenic
TTCGCACGTGTCAACGCAGG+TGG 0.595293 1:-90962778 MsG0180005373.01.T01:CDS
AACTTGGCAGTGAAATTGGA+AGG 0.595980 1:-90962636 MsG0180005373.01.T01:CDS
ATTGGGCTTCTGGACCTGAA+CGG 0.596764 1:-90963103 MsG0180005373.01.T01:CDS
AATACCCTCATCGTCGGCGA+CGG 0.598617 1:-90963284 MsG0180005373.01.T01:CDS
TACAAAGCTCGTCTCTCCAC+CGG 0.600277 1:-90963245 MsG0180005373.01.T01:CDS
AAGAGAAGAAGGGTTGAAGG+AGG 0.602808 1:-90962532 MsG0180005373.01.T01:CDS
GTTCGGCCTATGGCCCGACA+CGG 0.608209 1:+90962656 None:intergenic
TTCTCCAATACCCTCATCGT+CGG 0.609336 1:-90963290 MsG0180005373.01.T01:CDS
CTGATTTCGGGCTCGCACGT+AGG 0.610552 1:-90962815 MsG0180005373.01.T01:CDS
ACACGTGTTTCCCAAGACAA+AGG 0.611529 1:+90962960 None:intergenic
TAAATATTCCAAGAGAAGAA+GGG 0.612760 1:-90962542 MsG0180005373.01.T01:CDS
AGCTACCGTCGCCGACGATG+AGG 0.614712 1:+90963279 None:intergenic
TCATGCGTGGTGTTGCTCAT+GGG 0.618124 1:-90962932 MsG0180005373.01.T01:CDS
GTTGATGATTGAAACCGTGT+CGG 0.619335 1:-90962670 MsG0180005373.01.T01:CDS
ATTCATGAAGCCATTGATCG+AGG 0.621754 1:+90963048 None:intergenic
GCTACCGTCGCCGACGATGA+GGG 0.625777 1:+90963280 None:intergenic
GACCCATCTCGATACTCTGG+TGG 0.632129 1:+90962735 None:intergenic
TGCCACCAGAGTATCGAGAT+GGG 0.643445 1:-90962737 MsG0180005373.01.T01:CDS
GGAAGCCTTGAAAAGCGTCA+GGG 0.646595 1:+90963195 None:intergenic
GAAGCCTTGAAAAGCGTCAG+GGG 0.648041 1:+90963196 None:intergenic
GCATTCGCACGTGTCAACGC+AGG 0.654281 1:-90962781 MsG0180005373.01.T01:CDS
AGGCTTCCGTGAATTTGCAG+CGG 0.658215 1:-90963180 MsG0180005373.01.T01:CDS
TTCCACTCACCAAAACGATG+AGG 0.670814 1:-90963012 MsG0180005373.01.T01:CDS
ACACGTGTCAAAATCATGCG+TGG 0.676140 1:-90962945 MsG0180005373.01.T01:CDS
AGATAGACCTGAAATGCCAG+AGG 0.691531 1:-90962454 MsG0180005373.01.T01:CDS
AGTGGATGTGTATAGTTTCG+GGG 0.716535 1:-90962694 MsG0180005373.01.T01:CDS
GGTATTGGAGAAATTGTCTG+TGG 0.732390 1:+90963301 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
! AAATTGGAAGGAAATGATAT+TGG - Chr1:90963118-90963137 MsG0180005373.01.T01:CDS 25.0%
! AATTGGAAGGAAATGATATT+GGG - Chr1:90963119-90963138 MsG0180005373.01.T01:CDS 25.0%
! TAAATATTCCAAGAGAAGAA+GGG - Chr1:90963200-90963219 MsG0180005373.01.T01:CDS 25.0%
! TTGATATCTCGATGAATAAT+GGG + Chr1:90962863-90962882 None:intergenic 25.0%
AAACTATACACATCCACTTT+CGG + Chr1:90963046-90963065 None:intergenic 30.0%
AAAGTGGATGTGTATAGTTT+CGG - Chr1:90963046-90963065 MsG0180005373.01.T01:CDS 30.0%
ACGAACAAAATCGATTGAAA+TGG + Chr1:90962759-90962778 None:intergenic 30.0%
CATTATTCATCGAGATATCA+AGG - Chr1:90962862-90962881 MsG0180005373.01.T01:CDS 30.0%
CTTGATATCTCGATGAATAA+TGG + Chr1:90962864-90962883 None:intergenic 30.0%
GTAAATATTCCAAGAGAAGA+AGG - Chr1:90963199-90963218 MsG0180005373.01.T01:CDS 30.0%
TCTAATAATTTGACAACCTC+TGG + Chr1:90963307-90963326 None:intergenic 30.0%
!! ATGATATTGGGCTTGTTAAT+TGG - Chr1:90963131-90963150 MsG0180005373.01.T01:CDS 30.0%
!! TGATATTGGGCTTGTTAATT+GGG - Chr1:90963132-90963151 MsG0180005373.01.T01:CDS 30.0%
AAAAAGGAAACCTCGATCAA+TGG - Chr1:90962684-90962703 MsG0180005373.01.T01:CDS 35.0%
AACTATACACATCCACTTTC+GGG + Chr1:90963045-90963064 None:intergenic 35.0%
AAGTGGATGTGTATAGTTTC+GGG - Chr1:90963047-90963066 MsG0180005373.01.T01:CDS 35.0%
ACAACATCGTGAAAATTCTC+GGG - Chr1:90962615-90962634 MsG0180005373.01.T01:CDS 35.0%
AGAGTCCAACAAAACATTAC+TGG + Chr1:90962888-90962907 None:intergenic 35.0%
CACAACATCGTGAAAATTCT+CGG - Chr1:90962614-90962633 MsG0180005373.01.T01:CDS 35.0%
GAACACTGAAATAGAGATGT+TGG - Chr1:90963174-90963193 MsG0180005373.01.T01:CDS 35.0%
GTTTACGAGTTCGTTGAAAA+AGG - Chr1:90962668-90962687 MsG0180005373.01.T01:CDS 35.0%
TAATTGGGCAAGAAAGATGA+AGG - Chr1:90963147-90963166 MsG0180005373.01.T01:CDS 35.0%
TTTGTTGGACTCTAAGTTTG+AGG - Chr1:90962895-90962914 MsG0180005373.01.T01:CDS 35.0%
! AAATGGAAACCTCATCGTTT+TGG + Chr1:90962742-90962761 None:intergenic 35.0%
! GAATTTTCACGATGTTGTGA+TGG + Chr1:90962613-90962632 None:intergenic 35.0%
!! ATGGGCTTTGTTATTTACAC+GGG - Chr1:90962828-90962847 MsG0180005373.01.T01:CDS 35.0%
!! CATGGGCTTTGTTATTTACA+CGG - Chr1:90962827-90962846 MsG0180005373.01.T01:CDS 35.0%
AACTTGGCAGTGAAATTGGA+AGG - Chr1:90963106-90963125 MsG0180005373.01.T01:CDS 40.0%
AGTGGATGTGTATAGTTTCG+GGG - Chr1:90963048-90963067 MsG0180005373.01.T01:CDS 40.0%
ATTCATGAAGCCATTGATCG+AGG + Chr1:90962697-90962716 None:intergenic 40.0%
CGTATTGCTTGTATGTGTAC+TGG - Chr1:90963253-90963272 MsG0180005373.01.T01:CDS 40.0%
CGTGAAAATTCTCGGGTATT+GGG - Chr1:90962622-90962641 MsG0180005373.01.T01:CDS 40.0%
TAATGTAGCAAACCCGAAAG+TGG - Chr1:90963030-90963049 MsG0180005373.01.T01:CDS 40.0%
TCCAATTTCACTGCCAAGTT+CGG + Chr1:90963106-90963125 None:intergenic 40.0%
TCGTGAAAATTCTCGGGTAT+TGG - Chr1:90962621-90962640 MsG0180005373.01.T01:CDS 40.0%
TGTTCGTTCTCCTTTGTCTT+GGG - Chr1:90962772-90962791 MsG0180005373.01.T01:CDS 40.0%
TTGTTCGTTCTCCTTTGTCT+TGG - Chr1:90962771-90962790 MsG0180005373.01.T01:CDS 40.0%
! CAAGGCCAGTAATGTTTTGT+TGG - Chr1:90962880-90962899 MsG0180005373.01.T01:CDS 40.0%
! GGTATTGGAGAAATTGTCTG+TGG + Chr1:90962444-90962463 None:intergenic 40.0%
! TTGATGATTGAAACCGTGTC+GGG - Chr1:90963073-90963092 MsG0180005373.01.T01:CDS 40.0%
! TTTTCACGATGTTGTGATGG+CGG + Chr1:90962610-90962629 None:intergenic 40.0%
!! GTTGATGATTGAAACCGTGT+CGG - Chr1:90963072-90963091 MsG0180005373.01.T01:CDS 40.0%
AAGAGAAGAAGGGTTGAAGG+AGG - Chr1:90963210-90963229 MsG0180005373.01.T01:CDS 45.0%
ACACGTGTCAAAATCATGCG+TGG - Chr1:90962797-90962816 MsG0180005373.01.T01:CDS 45.0%
ACACGTGTTTCCCAAGACAA+AGG + Chr1:90962785-90962804 None:intergenic 45.0%
AGATAGACCTGAAATGCCAG+AGG - Chr1:90963288-90963307 MsG0180005373.01.T01:CDS 45.0%
GAGCCCGAAATCAGCTATAT+GGG + Chr1:90962921-90962940 None:intergenic 45.0%
GGGCAAGAAAGATGAAGGAA+AGG - Chr1:90963152-90963171 MsG0180005373.01.T01:CDS 45.0%
TCCAAGAGAAGAAGGGTTGA+AGG - Chr1:90963207-90963226 MsG0180005373.01.T01:CDS 45.0%
TCCTTCAACCCTTCTTCTCT+TGG + Chr1:90963211-90963230 None:intergenic 45.0%
TCGTAAACGAGTAACCGTTC+AGG + Chr1:90962656-90962675 None:intergenic 45.0%
TTAGACCCATCTCGATACTC+TGG + Chr1:90963013-90963032 None:intergenic 45.0%
TTCCACTCACCAAAACGATG+AGG - Chr1:90962730-90962749 MsG0180005373.01.T01:CDS 45.0%
TTCTCCAATACCCTCATCGT+CGG - Chr1:90962452-90962471 MsG0180005373.01.T01:CDS 45.0%
TTGACAACCTCTGGCATTTC+AGG + Chr1:90963298-90963317 None:intergenic 45.0%
! AGGCCCATATAGCTGATTTC+GGG - Chr1:90962915-90962934 MsG0180005373.01.T01:CDS 45.0%
! GAGGCCCATATAGCTGATTT+CGG - Chr1:90962914-90962933 MsG0180005373.01.T01:CDS 45.0%
! TTTTGGTGAGTGGAAGAGGT+TGG + Chr1:90962725-90962744 None:intergenic 45.0%
!! AACCTCATCGTTTTGGTGAG+TGG + Chr1:90962735-90962754 None:intergenic 45.0%
!! ATCGTTTTGGTGAGTGGAAG+AGG + Chr1:90962729-90962748 None:intergenic 45.0%
!! GTTGAAGGAGGAGAGTGTTA+GGG - Chr1:90963222-90963241 MsG0180005373.01.T01:CDS 45.0%
!!! GTCAGGGGAGAGTTTTTTGA+CGG + Chr1:90962534-90962553 None:intergenic 45.0%
AGGCTTCCGTGAATTTGCAG+CGG - Chr1:90962562-90962581 MsG0180005373.01.T01:CDS 50.0%
ATTGGGCTTCTGGACCTGAA+CGG - Chr1:90962639-90962658 MsG0180005373.01.T01:CDS 50.0%
CCATCTCCGCTGCAAATTCA+CGG + Chr1:90962571-90962590 None:intergenic 50.0%
CGAGCCCGAAATCAGCTATA+TGG + Chr1:90962922-90962941 None:intergenic 50.0%
GCCGAACTTGGCAGTGAAAT+TGG - Chr1:90963102-90963121 MsG0180005373.01.T01:CDS 50.0%
TACAAAGCTCGTCTCTCCAC+CGG - Chr1:90962497-90962516 MsG0180005373.01.T01:CDS 50.0%
!! ATCATGCGTGGTGTTGCTCA+TGG - Chr1:90962809-90962828 MsG0180005373.01.T01:CDS 50.0%
!! ATGCCACCAGAGTATCGAGA+TGG - Chr1:90963004-90963023 MsG0180005373.01.T01:CDS 50.0%
!! ATTCTCGGGTATTGGGCTTC+TGG - Chr1:90962629-90962648 MsG0180005373.01.T01:CDS 50.0%
!! GAAGCCTTGAAAAGCGTCAG+GGG + Chr1:90962549-90962568 None:intergenic 50.0%
!! GGAAGCCTTGAAAAGCGTCA+GGG + Chr1:90962550-90962569 None:intergenic 50.0%
!! GGTTGAAGGAGGAGAGTGTT+AGG - Chr1:90963221-90963240 MsG0180005373.01.T01:CDS 50.0%
!! TCATGCGTGGTGTTGCTCAT+GGG - Chr1:90962810-90962829 MsG0180005373.01.T01:CDS 50.0%
!! TGCCACCAGAGTATCGAGAT+GGG - Chr1:90963005-90963024 MsG0180005373.01.T01:CDS 50.0%
!!! GGAGAGTTTTTTGACGGCGA+CGG + Chr1:90962528-90962547 None:intergenic 50.0%
AATACCCTCATCGTCGGCGA+CGG - Chr1:90962458-90962477 MsG0180005373.01.T01:CDS 55.0%
CCGTGAATTTGCAGCGGAGA+TGG - Chr1:90962568-90962587 MsG0180005373.01.T01:CDS 55.0%
GACCCATCTCGATACTCTGG+TGG + Chr1:90963010-90963029 None:intergenic 55.0%
TCACTGCCAAGTTCGGCCTA+TGG + Chr1:90963099-90963118 None:intergenic 55.0%
TTGAAACCGTGTCGGGCCAT+AGG - Chr1:90963080-90963099 MsG0180005373.01.T01:CDS 55.0%
! CTCTCCCCTGACGCTTTTCA+AGG - Chr1:90962542-90962561 MsG0180005373.01.T01:CDS 55.0%
!! CGGAAGCCTTGAAAAGCGTC+AGG + Chr1:90962551-90962570 None:intergenic 55.0%
ATCGTCGGCGACGGTAGCTT+CGG - Chr1:90962467-90962486 MsG0180005373.01.T01:CDS 60.0%
CTGATTTCGGGCTCGCACGT+AGG - Chr1:90962927-90962946 MsG0180005373.01.T01:CDS 60.0%
GCATTCGCACGTGTCAACGC+AGG - Chr1:90962961-90962980 MsG0180005373.01.T01:CDS 60.0%
TTCGCACGTGTCAACGCAGG+TGG - Chr1:90962964-90962983 MsG0180005373.01.T01:CDS 60.0%
TTTCGGGCTCGCACGTAGGA+TGG - Chr1:90962931-90962950 MsG0180005373.01.T01:CDS 60.0%
! GTCGCCGACGATGAGGGTAT+TGG + Chr1:90962459-90962478 None:intergenic 60.0%
AGCTACCGTCGCCGACGATG+AGG + Chr1:90962466-90962485 None:intergenic 65.0%
CACGTGTCAACGCAGGTGGC+GGG - Chr1:90962968-90962987 MsG0180005373.01.T01:CDS 65.0%
GCACGTGTCAACGCAGGTGG+CGG - Chr1:90962967-90962986 MsG0180005373.01.T01:CDS 65.0%
GCTACCGTCGCCGACGATGA+GGG + Chr1:90962465-90962484 None:intergenic 65.0%
GTCGGGCCATAGGCCGAACT+TGG - Chr1:90963090-90963109 MsG0180005373.01.T01:CDS 65.0%
GTTCGGCCTATGGCCCGACA+CGG + Chr1:90963089-90963108 None:intergenic 65.0%
!! ACGCAGGTGGCGGGCACTAT+CGG - Chr1:90962977-90962996 MsG0180005373.01.T01:CDS 65.0%
!! TTTGACGGCGACGGTGTCGC+CGG + Chr1:90962519-90962538 None:intergenic 65.0%
!!! GACGGCGACGGTGTCGCCGG+TGG + Chr1:90962516-90962535 None:intergenic 80.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 90962422 90963342 90962422 ID=MsG0180005373.01;Name=MsG0180005373.01
Chr1 mRNA 90962422 90963342 90962422 ID=MsG0180005373.01.T01;Parent=MsG0180005373.01;Name=MsG0180005373.01.T01;_AED=0.45;_eAED=0.45;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|306
Chr1 exon 90962422 90963342 90962422 ID=MsG0180005373.01.T01:exon:48119;Parent=MsG0180005373.01.T01
Chr1 CDS 90962422 90963342 90962422 ID=MsG0180005373.01.T01:cds;Parent=MsG0180005373.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180005373.01.T01

ATGGAAGAACTCTCACGCGCCACAGACAATTTCTCCAATACCCTCATCGTCGGCGACGGTAGCTTCGGCTATGTTTACAAAGCTCGTCTCTCCACCGGCGACACCGTCGCCGTCAAAAAACTCTCCCCTGACGCTTTTCAAGGCTTCCGTGAATTTGCAGCGGAGATGGAAACGCTAAGCAAACTCCGCCATCACAACATCGTGAAAATTCTCGGGTATTGGGCTTCTGGACCTGAACGGTTACTCGTTTACGAGTTCGTTGAAAAAGGAAACCTCGATCAATGGCTTCATGAATCATCTCCAACCTCTTCCACTCACCAAAACGATGAGGTTTCCATTTCAATCGATTTTGTTCGTTCTCCTTTGTCTTGGGAAACACGTGTCAAAATCATGCGTGGTGTTGCTCATGGGCTTTGTTATTTACACGGGCTTGAAAAGCCCATTATTCATCGAGATATCAAGGCCAGTAATGTTTTGTTGGACTCTAAGTTTGAGGCCCATATAGCTGATTTCGGGCTCGCACGTAGGATGGATAAATCGCATTCGCACGTGTCAACGCAGGTGGCGGGCACTATCGGTTACATGCCACCAGAGTATCGAGATGGGTCTAATGTAGCAAACCCGAAAGTGGATGTGTATAGTTTCGGGGTGTTGATGATTGAAACCGTGTCGGGCCATAGGCCGAACTTGGCAGTGAAATTGGAAGGAAATGATATTGGGCTTGTTAATTGGGCAAGAAAGATGAAGGAAAGGAACACTGAAATAGAGATGTTGGATGTAAATATTCCAAGAGAAGAAGGGTTGAAGGAGGAGAGTGTTAGGGAGTATGTACGTATTGCTTGTATGTGTACTGGTGAGTTACAGAAAGATAGACCTGAAATGCCAGAGGTTGTCAAATTATTAGACTCAATGCTCATATGA
Protein sequence

>MsG0180005373.01.T01

MEELSRATDNFSNTLIVGDGSFGYVYKARLSTGDTVAVKKLSPDAFQGFREFAAEMETLSKLRHHNIVKILGYWASGPERLLVYEFVEKGNLDQWLHESSPTSSTHQNDEVSISIDFVRSPLSWETRVKIMRGVAHGLCYLHGLEKPIIHRDIKASNVLLDSKFEAHIADFGLARRMDKSHSHVSTQVAGTIGYMPPEYRDGSNVANPKVDVYSFGVLMIETVSGHRPNLAVKLEGNDIGLVNWARKMKERNTEIEMLDVNIPREEGLKEESVREYVRIACMCTGELQKDRPEMPEVVKLLDSMLI*