AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0280006857.01

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MsG0280006857.01.T01 AT1G28660 47.619 294 148 6 43 334 89 378 1.57e-86 266
MsG0280006857.01.T01 AT1G28660 47.619 294 147 7 43 334 89 377 5.47e-85 261
MsG0280006857.01.T01 AT5G45910 43.299 291 159 4 43 328 83 372 7.86e-79 245
MsG0280006857.01.T01 AT1G28570 52.055 219 103 2 118 335 89 306 8.46e-78 241
MsG0280006857.01.T01 AT1G28570 51.852 216 102 2 121 335 1 215 2.66e-76 234
MsG0280006857.01.T01 AT5G03980 46.825 252 126 6 67 317 66 310 6.61e-68 216
MsG0280006857.01.T01 AT3G48460 36.770 291 168 9 43 328 92 371 1.03e-51 176
MsG0280006857.01.T01 AT4G01130 34.641 306 170 10 48 334 1 295 2.51e-45 156
MsG0280006857.01.T01 AT4G01130 34.405 311 174 10 43 334 82 381 9.55e-45 157
MsG0280006857.01.T01 AT1G09390 30.690 290 177 9 51 331 94 368 2.11e-32 124
MsG0280006857.01.T01 AT1G56670 29.310 290 181 8 51 331 97 371 1.06e-31 122
MsG0280006857.01.T01 AT3G05180 28.834 326 202 10 13 323 61 371 8.64e-31 120
MsG0280006857.01.T01 AT1G54790 27.425 299 187 10 48 328 85 371 1.19e-30 120
MsG0280006857.01.T01 AT1G54790 27.425 299 187 10 48 328 86 372 2.07e-30 119
MsG0280006857.01.T01 AT1G67830 28.428 299 181 9 43 320 78 364 1.75e-29 116
MsG0280006857.01.T01 AT1G28600 47.154 123 62 2 43 165 85 204 6.72e-29 111
MsG0280006857.01.T01 AT3G62280 27.687 307 190 10 31 329 79 361 2.26e-27 110
MsG0280006857.01.T01 AT3G26430 27.961 304 186 10 43 325 79 370 8.07e-27 109
MsG0280006857.01.T01 AT5G14450 29.431 299 186 9 43 325 89 378 2.16e-26 108
MsG0280006857.01.T01 AT1G54790 25.617 324 187 11 48 328 85 397 8.06e-26 107
MsG0280006857.01.T01 AT1G28610 46.400 125 60 4 43 165 85 204 3.76e-25 102
MsG0280006857.01.T01 AT5G40990 30.479 292 173 12 43 324 90 361 1.32e-22 97.4
MsG0280006857.01.T01 AT4G01130 30.837 227 136 7 43 258 82 298 4.88e-21 92.4
MsG0280006857.01.T01 AT4G10950 26.531 294 185 12 36 320 112 383 2.19e-20 91.7
MsG0280006857.01.T01 AT4G10950 26.829 287 179 12 43 320 123 387 2.26e-19 88.6
MsG0280006857.01.T01 AT1G53990 29.310 290 173 12 48 326 86 354 4.81e-19 87.4
MsG0280006857.01.T01 AT3G14225 26.804 291 185 12 43 324 90 361 5.69e-19 87.0
MsG0280006857.01.T01 AT5G63170 27.675 271 150 8 46 310 92 322 1.02e-18 85.9
MsG0280006857.01.T01 AT1G53940 30.435 299 168 15 43 326 92 365 1.40e-18 86.3
MsG0280006857.01.T01 AT3G14225 27.304 293 185 13 43 324 90 365 2.21e-18 85.5
MsG0280006857.01.T01 AT3G27950 27.211 294 190 10 44 325 81 362 4.71e-18 84.7
MsG0280006857.01.T01 AT5G15720 26.207 290 179 12 36 313 44 310 7.08e-18 83.6
MsG0280006857.01.T01 AT5G15720 25.979 281 175 11 43 311 80 339 3.09e-17 82.0
MsG0280006857.01.T01 AT3G14820 29.927 274 162 10 51 318 93 342 3.18e-17 82.0
MsG0280006857.01.T01 AT2G23540 27.055 292 174 13 46 324 110 375 3.94e-17 82.0
MsG0280006857.01.T01 AT3G04290 27.338 278 175 8 48 320 90 345 1.45e-16 80.1
MsG0280006857.01.T01 AT2G30310 25.092 271 174 10 49 313 98 345 2.38e-16 79.3
MsG0280006857.01.T01 AT1G53920 26.000 300 182 14 43 324 101 378 2.41e-16 79.7
MsG0280006857.01.T01 AT1G06990 24.818 274 183 9 49 319 100 353 2.59e-16 79.3
MsG0280006857.01.T01 AT5G41890 27.961 304 155 14 49 324 96 363 2.61e-16 79.3
MsG0280006857.01.T01 AT5G08460 27.437 277 170 10 43 308 101 357 3.81e-16 79.0
MsG0280006857.01.T01 AT2G30220 26.182 275 172 10 46 313 94 344 4.59e-16 78.6
MsG0280006857.01.T01 AT1G71120 25.175 286 180 10 43 320 83 342 2.28e-15 76.6
MsG0280006857.01.T01 AT2G40250 25.088 283 172 11 50 319 100 355 2.63e-15 76.3
MsG0280006857.01.T01 AT1G56670 25.424 236 146 6 32 258 83 297 3.94e-15 75.1
MsG0280006857.01.T01 AT2G31540 25.979 281 173 10 46 317 96 350 5.10e-15 75.5
MsG0280006857.01.T01 AT1G75890 26.786 280 171 8 46 319 112 363 5.49e-15 75.5
MsG0280006857.01.T01 AT1G58430 24.638 276 183 10 46 317 96 350 6.33e-15 75.1
MsG0280006857.01.T01 AT1G75890 26.786 280 171 8 46 319 141 392 7.41e-15 75.5
MsG0280006857.01.T01 AT1G75880 27.437 277 173 9 46 319 116 367 4.51e-14 72.8
MsG0280006857.01.T01 AT1G23500 25.188 266 158 8 62 320 108 339 6.15e-14 72.4
MsG0280006857.01.T01 AT5G03610 26.596 282 165 10 48 319 101 350 7.42e-14 72.0
MsG0280006857.01.T01 AT3G16370 23.381 278 178 8 50 318 94 345 1.34e-13 71.2
MsG0280006857.01.T01 AT1G75890 26.923 286 176 9 46 319 112 376 2.15e-13 70.9
MsG0280006857.01.T01 AT1G71250 24.126 286 191 9 43 321 92 358 2.22e-13 70.9
MsG0280006857.01.T01 AT1G75880 28.315 279 169 9 46 319 116 368 3.11e-13 70.5
MsG0280006857.01.T01 AT1G75920 25.170 294 177 10 37 319 85 346 4.73e-13 69.7
MsG0280006857.01.T01 AT1G75920 25.368 272 162 9 57 319 69 308 1.11e-12 68.2
MsG0280006857.01.T01 AT1G75920 25.368 272 162 9 57 319 97 336 1.48e-12 68.2
MsG0280006857.01.T01 AT1G58520 27.636 275 157 10 50 319 98 335 2.50e-12 67.4
MsG0280006857.01.T01 AT1G58525 27.636 275 157 10 50 319 98 335 2.50e-12 67.4
MsG0280006857.01.T01 AT2G24560 23.358 274 181 10 46 313 95 345 3.83e-12 67.0
MsG0280006857.01.T01 AT5G45960 26.523 279 171 11 49 317 110 364 3.99e-12 67.0
MsG0280006857.01.T01 AT2G31550 27.950 161 105 5 157 317 60 209 5.09e-12 65.1
MsG0280006857.01.T01 AT3G09930 26.667 255 152 10 65 311 112 339 6.21e-12 66.2
MsG0280006857.01.T01 AT3G09930 26.667 255 152 10 65 311 112 339 6.21e-12 66.2
MsG0280006857.01.T01 AT1G75920 26.106 226 131 7 103 319 107 305 1.15e-11 65.1
MsG0280006857.01.T01 AT1G75930 27.778 216 116 10 120 326 156 340 1.23e-11 65.5
MsG0280006857.01.T01 AT1G75900 25.271 277 174 10 50 319 107 357 2.62e-11 64.3
MsG0280006857.01.T01 AT3G50400 26.042 288 179 12 44 320 94 358 2.67e-11 64.3
MsG0280006857.01.T01 AT2G36325 26.996 263 155 9 63 318 119 351 6.94e-11 63.2
MsG0280006857.01.T01 AT5G15720 25.000 228 144 8 43 258 80 292 8.07e-11 62.8

Find 65 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 169 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AGACACGAGAAACTAAATTT+AGG 0.192946 2:-7159236 None:intergenic
CCTTACCTGGGTTTCATAAA+TGG 0.197642 2:+7156564 MsG0280006857.01.T01:CDS
AGTTGCAAACATTGTTAAAT+AGG 0.218501 2:-7158023 None:intergenic
TTTAGGTGCTGTCACGATTT+TGG 0.234552 2:+7157967 MsG0280006857.01.T01:CDS
ATGCAGGAGTTGATTAATTT+AGG 0.239812 2:+7157950 MsG0280006857.01.T01:intron
CTGTAATCACTTCAGCAATT+AGG 0.245065 2:+7157522 MsG0280006857.01.T01:CDS
TCTCTCATGGTTCAGTTAGA+TGG 0.265641 2:+7156693 MsG0280006857.01.T01:CDS
CCCAGGTAAGGTTTCAAATA+TGG 0.288830 2:-7156552 None:intergenic
CGGTTTGAAGCAGCTCATTA+TGG 0.307655 2:-7158108 None:intergenic
GACACGAGAAACTAAATTTA+GGG 0.320597 2:-7159235 None:intergenic
TGTAATCACTTCAGCAATTA+GGG 0.325175 2:+7157523 MsG0280006857.01.T01:CDS
TTGTTTATTGTGGGAGAGAT+AGG 0.345056 2:+7157422 MsG0280006857.01.T01:CDS
ACTATTGTTACAGGGTTTGA+TGG 0.345107 2:+7159023 MsG0280006857.01.T01:intron
CACAGCTCCTTGTTTATTGT+GGG 0.349910 2:+7157413 MsG0280006857.01.T01:CDS
CGAAGTTTCTTTGAAGAGAA+AGG 0.353793 2:+7156642 MsG0280006857.01.T01:CDS
GCATAGATGATATTAGTAAA+AGG 0.360441 2:-7158157 None:intergenic
TTGTTTCAAACAAGTGCATT+TGG 0.377020 2:+7157467 MsG0280006857.01.T01:CDS
ATCCTTCAAAATATGTTAGC+TGG 0.383893 2:+7159141 MsG0280006857.01.T01:CDS
GCAAACATTGTTAAATAGGC+TGG 0.389861 2:-7158019 None:intergenic
CATCCAAGTGGTAAACTTCC+AGG 0.393875 2:-7157992 None:intergenic
ATGACTAAGGCTTTATTAGA+AGG 0.394494 2:+7159200 MsG0280006857.01.T01:CDS
TCACAGCTCCTTGTTTATTG+TGG 0.398209 2:+7157412 MsG0280006857.01.T01:CDS
CACTCGAAGCTTATGTAGTT+CGG 0.398857 2:-7158128 None:intergenic
GCTGAATCATTGTAATTGTA+AGG 0.399572 2:-7159080 None:intergenic
TACAAATCTCCAGAACAATA+TGG 0.406510 2:+7158208 MsG0280006857.01.T01:CDS
TCCATATTTGAAACCTTACC+TGG 0.425890 2:+7156551 MsG0280006857.01.T01:CDS
GACAGACTACCATATTGTTC+TGG 0.426862 2:-7158217 None:intergenic
CTCTCATGGTTCAGTTAGAT+GGG 0.430313 2:+7156694 MsG0280006857.01.T01:CDS
GAGATAGGAGGCAATGACTA+TGG 0.431204 2:+7157437 MsG0280006857.01.T01:CDS
TCAAAATATGTTAGCTGGGA+TGG 0.431550 2:+7159146 MsG0280006857.01.T01:CDS
GAAGTAGAATTGCAGATAGA+AGG 0.439424 2:-7156732 None:intergenic
AAAGTTTGTTGTGGAGGTGG+AGG 0.453145 2:+7159056 MsG0280006857.01.T01:CDS
TTTAAAGTTTGTTGTGGAGG+TGG 0.456967 2:+7159053 MsG0280006857.01.T01:CDS
GAAGTTTCTTTGAAGAGAAA+GGG 0.467111 2:+7156643 MsG0280006857.01.T01:CDS
GGTTCAGTTAGATGGGTTCA+AGG 0.489753 2:+7156701 MsG0280006857.01.T01:CDS
ACCTGGGTTTCATAAATGGT+GGG 0.500002 2:+7156568 MsG0280006857.01.T01:CDS
AATGCACTTGTTTGAAACAA+AGG 0.504423 2:-7157464 None:intergenic
CTAAATTTAGGGATGGTGTA+TGG 0.512822 2:-7159224 None:intergenic
CCATTTATGAAACCCAGGTA+AGG 0.514829 2:-7156564 None:intergenic
GTTCCTGGAAGTTTACCACT+TGG 0.516792 2:+7157989 MsG0280006857.01.T01:CDS
ATCAAGCTGGATGTTTGAAA+TGG 0.519348 2:+7158065 MsG0280006857.01.T01:CDS
TCCTTCAAAATATGTTAGCT+GGG 0.526996 2:+7159142 MsG0280006857.01.T01:CDS
TACCTGGGTTTCATAAATGG+TGG 0.536018 2:+7156567 MsG0280006857.01.T01:CDS
AACTGCAAATTACTCTCTCA+TGG 0.542901 2:+7156680 MsG0280006857.01.T01:CDS
GAAGAGGAGTATGATCAAGC+TGG 0.552033 2:+7158052 MsG0280006857.01.T01:CDS
TTACTGAGGCTGCACACAGA+TGG 0.554501 2:+7159177 MsG0280006857.01.T01:CDS
GTTTGCAACTAAAGATGAAG+AGG 0.557173 2:+7158036 MsG0280006857.01.T01:CDS
TTTATTGTGGGAGAGATAGG+AGG 0.567314 2:+7157425 MsG0280006857.01.T01:CDS
TACAATGATTCAGCACTATG+TGG 0.571193 2:+7159089 MsG0280006857.01.T01:CDS
CCTGGGTTTCATAAATGGTG+GGG 0.572945 2:+7156569 MsG0280006857.01.T01:CDS
AAGTGATTACAGATACTACT+CGG 0.582205 2:-7157511 None:intergenic
CTGAATCATTGTAATTGTAA+GGG 0.592629 2:-7159079 None:intergenic
TGTTGCTGGAGCTAGTGCGT+TGG 0.597338 2:+7156617 MsG0280006857.01.T01:CDS
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CRISPR-GE

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CATAGTTCAAATCTCCCTCG+TGG - Chr2:7158846-7158865 None:intergenic 45.0%
CATCCAAGTGGTAAACTTCC+AGG - Chr2:7157995-7158014 None:intergenic 45.0%
CCTGGGTTTCATAAATGGTG+GGG + Chr2:7156569-7156588 MsG0280006857.01.T01:CDS 45.0%
GAGATAGGAGGCAATGACTA+TGG + Chr2:7157437-7157456 MsG0280006857.01.T01:CDS 45.0%
GGGTCTTAAACAATGCCCTT+AGG + Chr2:7157214-7157233 MsG0280006857.01.T01:intron 45.0%
GTTCCTGGAAGTTTACCACT+TGG + Chr2:7157989-7158008 MsG0280006857.01.T01:CDS 45.0%
TCATGGTTCAGGAAGGATAC+CGG + Chr2:7158334-7158353 MsG0280006857.01.T01:intron 45.0%
TGCACACAGATGGATGACTA+AGG + Chr2:7159187-7159206 MsG0280006857.01.T01:CDS 45.0%
TGTATAAAGGTTCAGTGCCC+CGG + Chr2:7158423-7158442 MsG0280006857.01.T01:intron 45.0%
! AATGGTGGGGATATTGAGCA+TGG + Chr2:7156582-7156601 MsG0280006857.01.T01:CDS 45.0%
! CGGTTTGAAGCAGCTCATTA+TGG - Chr2:7158111-7158130 None:intergenic 45.0%
! GAAGAGGAGTATGATCAAGC+TGG + Chr2:7158052-7158071 MsG0280006857.01.T01:CDS 45.0%
! GAGGTGCTAGTTTAGTGGTA+AGG - Chr2:7158893-7158912 None:intergenic 45.0%
! GGTTCAGTTAGATGGGTTCA+AGG + Chr2:7156701-7156720 MsG0280006857.01.T01:CDS 45.0%
! TCCATGAGGTGCTAGTTTAG+TGG - Chr2:7158898-7158917 None:intergenic 45.0%
!! AAAGTTTGTTGTGGAGGTGG+AGG + Chr2:7159056-7159075 MsG0280006857.01.T01:CDS 45.0%
!!! GGAGTGAATTTTGCTGTTGC+TGG + Chr2:7156603-7156622 MsG0280006857.01.T01:CDS 45.0%
!! ATTTATAAAAACAAAATATA+GGG - Chr2:7156783-7156802 None:intergenic 5.0%
!! ATTTATATTATTAATTAAAG+TGG + Chr2:7158797-7158816 MsG0280006857.01.T01:intron 5.0%
!! TATTTATAAAAACAAAATAT+AGG - Chr2:7156784-7156803 None:intergenic 5.0%
!!! TTTTGTAAATTTTTATAATA+AGG + Chr2:7157251-7157270 MsG0280006857.01.T01:intron 5.0%
CCCCACCATTTATGAAACCC+AGG - Chr2:7156572-7156591 None:intergenic 50.0%
GGACTGTTCATGGTTCAGGA+AGG + Chr2:7158327-7158346 MsG0280006857.01.T01:intron 50.0%
TAGGCTGGATTGCATCCAAG+TGG - Chr2:7158007-7158026 None:intergenic 50.0%
TTACTGAGGCTGCACACAGA+TGG + Chr2:7159177-7159196 MsG0280006857.01.T01:CDS 50.0%
!!! GCTGTCACGATTTTGGTTCC+TGG + Chr2:7157974-7157993 MsG0280006857.01.T01:CDS 50.0%
TGTTGCTGGAGCTAGTGCGT+TGG + Chr2:7156617-7156636 MsG0280006857.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr2 gene 7156408 7159381 7156408 ID=MsG0280006857.01;Name=MsG0280006857.01
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Chr2 exon 7157956 7158229 7157956 ID=MsG0280006857.01.T01:exon:7840;Parent=MsG0280006857.01.T01
Chr2 exon 7159036 7159381 7159036 ID=MsG0280006857.01.T01:exon:7841;Parent=MsG0280006857.01.T01
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Chr2 CDS 7157956 7158229 7157956 ID=MsG0280006857.01.T01:cds;Parent=MsG0280006857.01.T01
Chr2 CDS 7159036 7159271 7159036 ID=MsG0280006857.01.T01:cds;Parent=MsG0280006857.01.T01
Chr2 three_prime_UTR 7159272 7159381 7159272 ID=MsG0280006857.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0280006857.01.T01
Gene Sequence

>MsG0280006857.01.T01

ATGGTGTCGTGTCGTTATCATACATTGACACTTGTAACACTTGACTTGACTTCTATTAGAAGTGTCGATGCTACGAAGTTTGTTATTGATATTATGTTACTGTTTTTTTGTTGTTGGGTTTGTGAAGCTGAGTTTTTTAGGCTTCCATATTTGAAACCTTACCTGGGTTTCATAAATGGTGGGGATATTGAGCATGGAGTGAATTTTGCTGTTGCTGGAGCTAGTGCGTTGGATCGAAGTTTCTTTGAAGAGAAAGGGTTTGATATTGAAGAAACTGCAAATTACTCTCTCATGGTTCAGTTAGATGGGTTCAAGGAACTGTTGCCTTCTATCTGCAATTCTACTTCAAGCTGCAAAGATGTTCTTCACAGCTCCTTGTTTATTGTGGGAGAGATAGGAGGCAATGACTATGGTTTTCCTTTGTTTCAAACAAGTGCATTTGGAGATCTTATTACTTACGTACCCCGAGTAGTATCTGTAATCACTTCAGCAATTAGGGAGTTGATTAATTTAGGTGCTGTCACGATTTTGGTTCCTGGAAGTTTACCACTTGGATGCAATCCAGCCTATTTAACAATGTTTGCAACTAAAGATGAAGAGGAGTATGATCAAGCTGGATGTTTGAAATGGTTAAACAAGTTTTTCGAATACCATAATGAGCTGCTTCAAACCGAACTACATAAGCTTCGAGTGCTGTATCCTTTTACTAATATCATCTATGCAGATTATTTCAATGCTGCATTGCAGTTTTACAAATCTCCAGAACAATATGGGTTTGATGGAAATGCTTTTAAAGTTTGTTGTGGAGGTGGAGGCCCTTACAATTACAATGATTCAGCACTATGTGGAAACTCAGAAGTGATTGTTGCATGTGATGATCCTTCAAAATATGTTAGCTGGGATGGATATCATCTTACTGAGGCTGCACACAGATGGATGACTAAGGCTTTATTAGAAGGACCATACACCATCCCTAAATTTAGTTTCTCGTGTCTTAGTAGTGAGTGA
Protein sequence

>MsG0280006857.01.T01

MVSCRYHTLTLVTLDLTSIRSVDATKFVIDIMLLFFCCWVCEAEFFRLPYLKPYLGFINGGDIEHGVNFAVAGASALDRSFFEEKGFDIEETANYSLMVQLDGFKELLPSICNSTSSCKDVLHSSLFIVGEIGGNDYGFPLFQTSAFGDLITYVPRVVSVITSAIRELINLGAVTILVPGSLPLGCNPAYLTMFATKDEEEYDQAGCLKWLNKFFEYHNELLQTELHKLRVLYPFTNIIYADYFNAALQFYKSPEQYGFDGNAFKVCCGGGGPYNYNDSALCGNSEVIVACDDPSKYVSWDGYHLTEAAHRWMTKALLEGPYTIPKFSFSCLSSE*