AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0480021050.01

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MsG0480021050.01.T01 AT5G26310 30.126 478 263 16 5 438 4 454 2.77e-49 175
MsG0480021050.01.T01 AT1G22370 38.889 288 151 9 169 438 14 294 4.14e-49 170
MsG0480021050.01.T01 AT4G01070 29.787 470 291 16 2 443 3 461 4.65e-49 174
MsG0480021050.01.T01 AT2G36760 30.652 460 266 18 9 426 15 463 4.65e-49 175
MsG0480021050.01.T01 AT5G66690 30.835 467 274 15 5 438 4 454 8.09e-49 174
MsG0480021050.01.T01 AT4G15490 27.932 469 294 12 5 443 4 458 9.47e-49 174
MsG0480021050.01.T01 AT4G14090 28.632 468 287 14 3 446 8 452 1.54e-48 172
MsG0480021050.01.T01 AT4G15480 27.802 464 288 16 9 440 20 468 1.57e-48 173
MsG0480021050.01.T01 AT5G17040 28.153 444 276 13 25 452 26 442 9.28e-48 170
MsG0480021050.01.T01 AT3G21560 27.312 465 290 15 9 440 13 462 1.72e-47 171
MsG0480021050.01.T01 AT2G43820 29.039 458 276 15 6 440 5 436 5.56e-47 168
MsG0480021050.01.T01 AT2G23260 28.000 475 289 16 2 449 5 453 1.50e-46 167
MsG0480021050.01.T01 AT1G05560 29.957 464 284 15 9 449 6 451 1.50e-46 167
MsG0480021050.01.T01 AT3G02100 27.579 475 291 15 6 451 11 461 1.69e-46 167
MsG0480021050.01.T01 AT1G05560 29.957 464 284 15 9 449 56 501 2.52e-46 168
MsG0480021050.01.T01 AT1G24100 30.021 473 279 16 4 447 7 456 5.43e-46 166
MsG0480021050.01.T01 AT2G30140 28.511 470 292 12 4 453 10 455 6.86e-46 165
MsG0480021050.01.T01 AT2G30140 28.571 469 292 12 4 453 10 454 1.22e-45 165
MsG0480021050.01.T01 AT2G36800 29.897 485 276 19 17 452 21 490 1.52e-45 165
MsG0480021050.01.T01 AT2G31750 27.451 459 270 13 1 426 1 429 1.62e-45 164
MsG0480021050.01.T01 AT2G31750 27.974 454 274 14 1 426 1 429 2.28e-45 165
MsG0480021050.01.T01 AT2G43840 29.797 443 261 19 4 423 3 418 2.45e-44 161
MsG0480021050.01.T01 AT3G53160 28.601 479 282 16 9 441 9 473 2.79e-44 162
MsG0480021050.01.T01 AT5G17030 29.041 365 235 10 99 450 103 456 6.04e-44 160
MsG0480021050.01.T01 AT2G43840 29.797 443 261 19 4 423 3 418 6.83e-44 160
MsG0480021050.01.T01 AT2G30150 27.824 478 282 18 5 452 11 455 2.41e-43 159
MsG0480021050.01.T01 AT5G12890 29.498 478 290 16 2 444 3 468 2.45e-43 159
MsG0480021050.01.T01 AT2G36790 29.691 485 276 20 17 452 22 490 2.53e-43 159
MsG0480021050.01.T01 AT2G30150 27.991 468 275 17 15 452 4 439 2.93e-43 158
MsG0480021050.01.T01 AT5G03490 28.953 487 266 16 2 447 13 460 6.80e-43 157
MsG0480021050.01.T01 AT1G01420 29.605 456 277 17 2 428 3 443 8.85e-43 157
MsG0480021050.01.T01 AT1G01420 29.598 473 287 18 2 443 6 463 9.39e-43 157
MsG0480021050.01.T01 AT1G05530 28.480 467 292 14 9 450 6 455 1.43e-42 156
MsG0480021050.01.T01 AT3G16520 30.601 366 206 17 109 447 113 457 5.87e-42 155
MsG0480021050.01.T01 AT4G34131 25.451 499 306 14 1 451 1 481 9.77e-42 155
MsG0480021050.01.T01 AT3G16520 29.888 358 205 16 109 441 113 449 1.16e-41 154
MsG0480021050.01.T01 AT5G17040 34.000 250 153 5 206 452 100 340 5.95e-41 149
MsG0480021050.01.T01 AT1G30530 28.371 356 234 10 106 452 110 453 6.48e-41 152
MsG0480021050.01.T01 AT3G16520 30.199 351 199 16 109 434 113 442 2.35e-40 150
MsG0480021050.01.T01 AT2G15490 26.681 476 288 16 17 447 16 475 4.31e-40 150
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MsG0480021050.01.T01 AT1G51210 29.909 438 249 16 15 426 27 432 1.78e-39 147
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MsG0480021050.01.T01 AT2G15480 25.506 494 305 17 1 447 1 478 2.67e-39 148
MsG0480021050.01.T01 AT4G34138 26.696 457 294 12 17 440 20 468 3.76e-39 147
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MsG0480021050.01.T01 AT2G15480 25.794 504 301 19 1 447 1 488 2.66e-38 145
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MsG0480021050.01.T01 AT3G21780 28.390 472 295 15 9 447 5 466 3.65e-35 136
MsG0480021050.01.T01 AT1G01390 28.450 471 268 17 2 430 3 446 4.88e-35 136
MsG0480021050.01.T01 AT1G01390 28.450 471 268 17 2 430 20 463 5.82e-35 136
MsG0480021050.01.T01 AT3G21800 26.572 493 297 18 6 449 3 479 6.07e-35 136
MsG0480021050.01.T01 AT4G15260 29.348 368 212 11 117 450 2 355 1.39e-34 132
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MsG0480021050.01.T01 AT5G49690 28.217 443 262 13 18 431 20 435 5.97e-34 133
MsG0480021050.01.T01 AT2G18560 34.694 245 129 7 205 427 117 352 7.46e-34 131
MsG0480021050.01.T01 AT1G73880 26.722 479 295 20 10 454 15 471 1.57e-33 132
MsG0480021050.01.T01 AT1G07260 29.330 433 232 17 47 446 71 462 4.20e-33 130
MsG0480021050.01.T01 AT2G29710 27.579 475 298 17 8 451 5 464 1.32e-32 129
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MsG0480021050.01.T01 AT5G65550 25.561 446 276 13 18 430 19 441 2.51e-31 125
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MsG0480021050.01.T01 AT1G07240 27.248 367 233 12 109 451 121 477 1.57e-28 117
MsG0480021050.01.T01 AT4G27570 24.766 428 270 16 18 426 17 411 3.41e-21 96.3
MsG0480021050.01.T01 AT4G27560 24.480 433 279 16 18 435 17 416 1.59e-20 94.4
MsG0480021050.01.T01 AT1G64910 24.566 403 250 14 18 402 16 382 1.78e-20 94.0
MsG0480021050.01.T01 AT2G22590 29.130 230 138 7 215 431 233 450 5.59e-19 89.7
MsG0480021050.01.T01 AT5G53990 24.198 405 249 11 18 402 16 382 5.60e-19 89.4
MsG0480021050.01.T01 AT5G54010 25.377 398 259 14 18 402 16 388 2.26e-18 87.8
MsG0480021050.01.T01 AT1G64920 24.490 441 268 15 18 435 16 414 2.44e-18 87.4
MsG0480021050.01.T01 AT4G01070 26.524 328 216 12 2 316 3 318 1.08e-17 84.7
MsG0480021050.01.T01 AT3G29630 25.057 439 272 17 18 430 16 423 3.50e-17 84.0
MsG0480021050.01.T01 AT4G09500 23.023 430 283 12 18 427 16 417 5.50e-17 83.2
MsG0480021050.01.T01 AT1G06000 24.370 476 279 19 3 446 4 430 1.80e-15 78.6
MsG0480021050.01.T01 AT1G50580 23.853 436 279 17 18 430 16 421 4.30e-15 77.4
MsG0480021050.01.T01 AT2G22930 23.272 434 285 14 18 431 16 421 5.35e-15 77.4
MsG0480021050.01.T01 AT4G34135 24.096 332 217 12 1 303 1 326 3.23e-14 73.9
MsG0480021050.01.T01 AT3G29630 24.374 439 249 15 18 430 16 397 4.43e-14 74.3
MsG0480021050.01.T01 AT4G09500 22.558 430 260 12 18 427 16 392 1.29e-13 72.8
MsG0480021050.01.T01 AT5G54060 24.814 403 237 15 18 385 23 394 1.24e-12 70.1

Find 107 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 148 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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GTTGATTTGTCAAATTAAAA+AGG 0.172101 4:-52686919 None:intergenic
TTCTGTGTTATATGTAAGTT+TGG 0.192009 4:+52687174 MsG0480021050.01.T01:CDS
ACAGAATTGAAGCATGAAAT+TGG 0.193471 4:+52687646 MsG0480021050.01.T01:CDS
TCTTCATGTGATGCACTAAA+TGG 0.195276 4:+52687685 MsG0480021050.01.T01:CDS
CAAAATTCTTGGAAGTGATT+TGG 0.212817 4:-52685818 None:intergenic
AGCAATATCTACAAAATTCT+TGG 0.228718 4:-52685829 None:intergenic
ACCCTCTGATCTCCAAAATA+AGG 0.251562 4:-52687490 None:intergenic
ATGAAGCTGTTGGAGGGTTT+TGG 0.256108 4:+52687404 MsG0480021050.01.T01:CDS
TTTGTCCTTCATCGATTCTT+TGG 0.260446 4:+52685968 MsG0480021050.01.T01:CDS
GGTTAACTTTGTATAGCTTT+TGG 0.280771 4:-52687042 None:intergenic
AAAATTCTTGGAAGTGATTT+GGG 0.297761 4:-52685817 None:intergenic
AAATAAGGTTGACAAATAAT+TGG 0.298423 4:-52687475 None:intergenic
ACTAGTATTGTTAGCATCAT+TGG 0.305191 4:-52687095 None:intergenic
AACACTTTCAATAACACCTT+TGG 0.323814 4:+52686967 MsG0480021050.01.T01:CDS
GCTTGGTAGCTTTAGTTCCT+TGG 0.342541 4:-52685991 None:intergenic
CCATGTTTGGAAGGTGGGTT+TGG 0.350717 4:+52687531 MsG0480021050.01.T01:CDS
AAGCGCAGCAAGTCCAGTTC+TGG 0.352317 4:-52686884 None:intergenic
ACACCTACTTTAACATCTTC+CGG 0.354708 4:-52687328 None:intergenic
AAGGGACTTGGTGCCAGAAC+TGG 0.363055 4:+52686871 MsG0480021050.01.T01:CDS
GGCACCTCAAAGTGAAGTTT+TGG 0.366545 4:+52687378 MsG0480021050.01.T01:CDS
AAGGGTGGTTAGAAGACTTA+TGG 0.373991 4:+52687588 MsG0480021050.01.T01:CDS
AAGGATCAGGGGAATTGAAA+TGG 0.377470 4:-52685743 None:intergenic
ACAGCAGACAAAATTTCCTT+TGG 0.377724 4:+52687254 MsG0480021050.01.T01:CDS
CAAGGTTGTTGAGCCATGTT+TGG 0.393614 4:+52687518 MsG0480021050.01.T01:CDS
TTAGGATGATTAGAAGGATC+AGG 0.411557 4:-52685756 None:intergenic
TTTGGGAAGCATAGCTAGTT+GGG 0.418943 4:+52687192 MsG0480021050.01.T01:CDS
TAGAAATTAGGATGATTAGA+AGG 0.426359 4:-52685762 None:intergenic
AACTCAAACTAGGCACCGTT+TGG 0.426910 4:+52685623 MsG0480021050.01.T01:CDS
AGAGAGGCTGTGTTGTGAAA+TGG 0.428869 4:+52687356 MsG0480021050.01.T01:CDS
AAAATGATAATTGTATATCT+TGG 0.430200 4:+52687131 MsG0480021050.01.T01:CDS
CAGCAGACAAAATTTCCTTT+GGG 0.432619 4:+52687255 MsG0480021050.01.T01:CDS
ACACTTTCAATAACACCTTT+GGG 0.433983 4:+52686968 MsG0480021050.01.T01:CDS
AATCATGTGTAGAGGACCTA+TGG 0.435021 4:-52687071 None:intergenic
GTTTGGGAAGCATAGCTAGT+TGG 0.438235 4:+52687191 MsG0480021050.01.T01:CDS
ATTGCTTGCATCATCTATGA+TGG 0.440072 4:+52685942 MsG0480021050.01.T01:CDS
TTGAGCCATGTTTGGAAGGT+GGG 0.440282 4:+52687526 MsG0480021050.01.T01:CDS
TGTGCCAAAACTTCACTTTG+AGG 0.449664 4:-52687382 None:intergenic
TTTGGAAGGTGGGTTTGGAA+TGG 0.450767 4:+52687536 MsG0480021050.01.T01:CDS
CAGAATTGAAGCATGAAATT+GGG 0.452258 4:+52687647 MsG0480021050.01.T01:CDS
AGAGTGGTTAGAATCTTTGC+CGG 0.452337 4:+52687309 MsG0480021050.01.T01:CDS
AGGATCAGGGGAATTGAAAT+GGG 0.464443 4:-52685742 None:intergenic
CTTCATCGATTCTTTGGCCA+AGG 0.471331 4:+52685974 MsG0480021050.01.T01:CDS
AATGGTGTAATGTAATAGAA+AGG 0.471709 4:+52687554 MsG0480021050.01.T01:CDS
GCCACCATCCTTCATGCAAA+AGG 0.474587 4:+52685696 MsG0480021050.01.T01:CDS
TCTGTGTTATATGTAAGTTT+GGG 0.478228 4:+52687175 MsG0480021050.01.T01:CDS
CTAATATCACCACCTTTACA+AGG 0.481870 4:+52685648 MsG0480021050.01.T01:CDS
AGATTCAAAGTCAAGGGACT+TGG 0.486018 4:+52686859 MsG0480021050.01.T01:intron
AATTAGTAGCACTAGTGGTT+CGG 0.497388 4:-52686022 None:intergenic
GAGAGGCTGTGTTGTGAAAT+GGG 0.505584 4:+52687357 MsG0480021050.01.T01:CDS
TAGGATGATTAGAAGGATCA+GGG 0.514325 4:-52685755 None:intergenic
AAAGTGCGTATCTTCACTTA+AGG 0.517642 4:+52685866 MsG0480021050.01.T01:CDS
TAGAAAGGGATGAGATTGAA+AGG 0.527792 4:+52687569 MsG0480021050.01.T01:CDS
TGAAACATCGTTGATTGACT+CGG 0.528225 4:-52687287 None:intergenic
TTGCCGGAAGATGTTAAAGT+AGG 0.529974 4:+52687325 MsG0480021050.01.T01:CDS
AAATTAGCAAATGAAAATCA+TGG 0.533726 4:+52685912 MsG0480021050.01.T01:CDS
CTTCATGTGATGCACTAAAT+GGG 0.537116 4:+52687686 MsG0480021050.01.T01:CDS
AAGGGATGAGATTGAAAGGG+TGG 0.538244 4:+52687573 MsG0480021050.01.T01:CDS
ATCATGTGTAGAGGACCTAT+GGG 0.538887 4:-52687070 None:intergenic
AGACTTATGGTGAATTCAGA+AGG 0.539135 4:+52687601 MsG0480021050.01.T01:CDS
CCAAACCCACCTTCCAAACA+TGG 0.541153 4:-52687531 None:intergenic
GTTGAGCCATGTTTGGAAGG+TGG 0.541502 4:+52687525 MsG0480021050.01.T01:CDS
GGAGTTATGTGGCCTTGTAA+AGG 0.543909 4:-52685660 None:intergenic
TGGCACATGAAGCTGTTGGA+GGG 0.545267 4:+52687398 MsG0480021050.01.T01:CDS
TTGGCACATGAAGCTGTTGG+AGG 0.555816 4:+52687397 MsG0480021050.01.T01:CDS
ATGGGTGTGTGCTATGGTGA+TGG 0.557058 4:-52685724 None:intergenic
TTAGATAAACCATCGGAGAA+AGG 0.558570 4:-52685792 None:intergenic
TGAAATTGGGATAGCTGTGA+GGG 0.561224 4:+52687660 MsG0480021050.01.T01:CDS
AGAAAGGGATGAGATTGAAA+GGG 0.564711 4:+52687570 MsG0480021050.01.T01:CDS
GTAGAGGACCTATGGGGAAG+AGG 0.568003 4:-52687063 None:intergenic
GAAACATCGTTGATTGACTC+GGG 0.571190 4:-52687286 None:intergenic
GTTGTTGAGCCATGTTTGGA+AGG 0.575186 4:+52687522 MsG0480021050.01.T01:CDS
AAAGGTTACCTTCCATTGCA+AGG 0.576654 4:+52686080 MsG0480021050.01.T01:CDS
ATTGAAATGGGTGTGTGCTA+TGG 0.578704 4:-52685730 None:intergenic
AAAGTTAACCTCTTCCCCAT+AGG 0.583136 4:+52687055 MsG0480021050.01.T01:CDS
ATGGTGGCTAGTTGAAGCAT+AGG 0.588164 4:-52685681 None:intergenic
GACTTATGGTGAATTCAGAA+GGG 0.596627 4:+52687602 MsG0480021050.01.T01:CDS
AGTTGATGGAAACTCAAACT+AGG 0.597917 4:+52685613 None:intergenic
CTGTGGTTGGAATTCTACAT+TGG 0.598732 4:+52687432 MsG0480021050.01.T01:CDS
TATGACAGATTCAAAGTCAA+GGG 0.598856 4:+52686853 MsG0480021050.01.T01:intron
GAGCTAACTGAAGTTGCTTG+TGG 0.601046 4:+52687223 MsG0480021050.01.T01:CDS
AGGTACTACCTTGCAATGGA+AGG 0.601838 4:-52686088 None:intergenic
GAGATCAGAGGGTAAATGCA+AGG 0.602462 4:+52687500 MsG0480021050.01.T01:CDS
ATGGTGTAATGTAATAGAAA+GGG 0.605575 4:+52687555 MsG0480021050.01.T01:CDS
GAGTAAATTAGTAGCACTAG+TGG 0.606313 4:-52686027 None:intergenic
GTTGAAGCATAGGAGTTATG+TGG 0.608795 4:-52685671 None:intergenic
AAAGTAGGTGTAGCTGAGAG+AGG 0.613211 4:+52687340 MsG0480021050.01.T01:CDS
GTATGACAGATTCAAAGTCA+AGG 0.617752 4:+52686852 MsG0480021050.01.T01:intron
GTGGTTCGGAAGACTATGCT+TGG 0.619939 4:-52686008 None:intergenic
CTTGGCCAAAGAATCGATGA+AGG 0.627855 4:-52685973 None:intergenic
AGTAAGGTACTACCTTGCAA+TGG 0.633328 4:-52686092 None:intergenic
TTGGGTATTAGATAAACCAT+CGG 0.634193 4:-52685799 None:intergenic
ATGAAATTGGGATAGCTGTG+AGG 0.634305 4:+52687659 MsG0480021050.01.T01:CDS
AGGATGATTAGAAGGATCAG+GGG 0.634565 4:-52685754 None:intergenic
GTTATGTGGCCTTGTAAAGG+TGG 0.644335 4:-52685657 None:intergenic
ACATTGGAGAGTTTGTGTGA+AGG 0.645472 4:+52687448 MsG0480021050.01.T01:CDS
TCATTGGCAATCATGTGTAG+AGG 0.648239 4:-52687079 None:intergenic
TGTCTTCAGCTACAAAGCAA+AGG 0.648746 4:+52686062 MsG0480021050.01.T01:CDS
ATGTGATGCACTAAATGGGT+TGG 0.657832 4:+52687690 MsG0480021050.01.T01:CDS
GTGGTGATATTAGAACCAAA+CGG 0.661629 4:-52685638 None:intergenic
ACTTATGGTGAATTCAGAAG+GGG 0.666496 4:+52687603 MsG0480021050.01.T01:CDS
GGGTGTTATATTCAACACTG+TGG 0.687875 4:+52686988 MsG0480021050.01.T01:CDS
ACTCGGGTCGAATAACCCAA+AGG 0.704731 4:-52687270 None:intergenic
GTGTTGAATATAACACCCAA+AGG 0.708873 4:-52686983 None:intergenic
CAATCAACGATGTTTCAGAG+TGG 0.720758 4:+52687293 MsG0480021050.01.T01:CDS
GAAATTGGGATAGCTGTGAG+GGG 0.725523 4:+52687661 MsG0480021050.01.T01:CDS
TCATGTGTAGAGGACCTATG+GGG 0.741563 4:-52687069 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! GTTAAATAAATTAGTTTTAT+TGG + Chr4:52686455-52686474 MsG0480021050.01.T01:intron 10.0%
!! AAAACAAAAAAGTTATAGTA+AGG - Chr4:52686111-52686130 None:intergenic 15.0%
!! AAAATGATAATTGTATATCT+TGG + Chr4:52687131-52687150 MsG0480021050.01.T01:CDS 15.0%
!! AAAGGTAAAAAATAGAAATT+AGG - Chr4:52685777-52685796 None:intergenic 15.0%
!! TCTATCTATCTATATATTAT+TGG - Chr4:52686546-52686565 None:intergenic 15.0%
!!! TTGATTTGTCAAATTAAAAA+GGG - Chr4:52686921-52686940 None:intergenic 15.0%
!! AAATAAGGTTGACAAATAAT+TGG - Chr4:52687478-52687497 None:intergenic 20.0%
!! AAATTAGCAAATGAAAATCA+TGG + Chr4:52685912-52685931 MsG0480021050.01.T01:CDS 20.0%
!! ATCTATCTATATATTATTGG+AGG - Chr4:52686543-52686562 None:intergenic 20.0%
!! GAAAAATGAGAATATTCTTA+TGG + Chr4:52686276-52686295 MsG0480021050.01.T01:intron 20.0%
!!! ATTATTTGTCAACCTTATTT+TGG + Chr4:52687478-52687497 MsG0480021050.01.T01:CDS 20.0%
!!! CATATTTTCAATTCATTCAT+GGG + Chr4:52686180-52686199 MsG0480021050.01.T01:intron 20.0%
!!! GTTGATTTGTCAAATTAAAA+AGG - Chr4:52686922-52686941 None:intergenic 20.0%
!!! TCATATTTTCAATTCATTCA+TGG + Chr4:52686179-52686198 MsG0480021050.01.T01:intron 20.0%
!!! TGATTTGTCAAATTAAAAAG+GGG - Chr4:52686920-52686939 None:intergenic 20.0%
! AAAATTCTTGGAAGTGATTT+GGG - Chr4:52685820-52685839 None:intergenic 25.0%
! AATGGTGTAATGTAATAGAA+AGG + Chr4:52687554-52687573 MsG0480021050.01.T01:CDS 25.0%
! AGCAATATCTACAAAATTCT+TGG - Chr4:52685832-52685851 None:intergenic 25.0%
! AGCTAAAGAAATTATGGTTA+TGG - Chr4:52686661-52686680 None:intergenic 25.0%
! ATGGTGTAATGTAATAGAAA+GGG + Chr4:52687555-52687574 MsG0480021050.01.T01:CDS 25.0%
! ATTGATCCAAAAAAAGTAAC+TGG - Chr4:52686136-52686155 None:intergenic 25.0%
! CATACAAGCTAAAGAAATTA+TGG - Chr4:52686667-52686686 None:intergenic 25.0%
! CATTTCTTAACGTGAATAAA+TGG - Chr4:52686742-52686761 None:intergenic 25.0%
! CTTGTTGAAATCAATATGTA+GGG - Chr4:52686364-52686383 None:intergenic 25.0%
! TAGAAATTAGGATGATTAGA+AGG - Chr4:52685765-52685784 None:intergenic 25.0%
! TATCTATATATTATTGGAGG+TGG - Chr4:52686540-52686559 None:intergenic 25.0%
! TCTGTGTTATATGTAAGTTT+GGG + Chr4:52687175-52687194 MsG0480021050.01.T01:CDS 25.0%
! TCTTGTTGAAATCAATATGT+AGG - Chr4:52686365-52686384 None:intergenic 25.0%
! TTCTGTGTTATATGTAAGTT+TGG + Chr4:52687174-52687193 MsG0480021050.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTTATTGGTTATTCTTTGC+TGG + Chr4:52686469-52686488 MsG0480021050.01.T01:intron 25.0%
!!! TTTTCACCAGTTACTTTTTT+TGG + Chr4:52686127-52686146 MsG0480021050.01.T01:intron 25.0%
AACACTTTCAATAACACCTT+TGG + Chr4:52686967-52686986 MsG0480021050.01.T01:CDS 30.0%
ACACTTTCAATAACACCTTT+GGG + Chr4:52686968-52686987 MsG0480021050.01.T01:CDS 30.0%
ACAGAATTGAAGCATGAAAT+TGG + Chr4:52687646-52687665 MsG0480021050.01.T01:CDS 30.0%
ACTAGTATTGTTAGCATCAT+TGG - Chr4:52687098-52687117 None:intergenic 30.0%
ATTAAACATGAGGACTCTTT+CGG - Chr4:52686588-52686607 None:intergenic 30.0%
ATTTGTACACATCCATACAT+GGG + Chr4:52686239-52686258 MsG0480021050.01.T01:intron 30.0%
CAAAATTCTTGGAAGTGATT+TGG - Chr4:52685821-52685840 None:intergenic 30.0%
CAGAATTGAAGCATGAAATT+GGG + Chr4:52687647-52687666 MsG0480021050.01.T01:CDS 30.0%
TAACAGAAATTTCCCATGTA+TGG - Chr4:52686254-52686273 None:intergenic 30.0%
TATATTATTGGAGGTGGAAT+TGG - Chr4:52686534-52686553 None:intergenic 30.0%
TATGACAGATTCAAAGTCAA+GGG + Chr4:52686853-52686872 MsG0480021050.01.T01:intron 30.0%
TTGGGTATTAGATAAACCAT+CGG - Chr4:52685802-52685821 None:intergenic 30.0%
! ACTCTATCATTTTCCTTAAG+AGG + Chr4:52686408-52686427 MsG0480021050.01.T01:intron 30.0%
! CTCTATCATTTTCCTTAAGA+GGG + Chr4:52686409-52686428 MsG0480021050.01.T01:intron 30.0%
! GGTTAACTTTGTATAGCTTT+TGG - Chr4:52687045-52687064 None:intergenic 30.0%
!!! TATTTTTTACCTTTCTCCGA+TGG + Chr4:52685783-52685802 MsG0480021050.01.T01:CDS 30.0%
AAAGTGCGTATCTTCACTTA+AGG + Chr4:52685866-52685885 MsG0480021050.01.T01:CDS 35.0%
AATTAGTAGCACTAGTGGTT+CGG - Chr4:52686025-52686044 None:intergenic 35.0%
ACACCTACTTTAACATCTTC+CGG - Chr4:52687331-52687350 None:intergenic 35.0%
ACAGCAGACAAAATTTCCTT+TGG + Chr4:52687254-52687273 MsG0480021050.01.T01:CDS 35.0%
ACTTATGGTGAATTCAGAAG+GGG + Chr4:52687603-52687622 MsG0480021050.01.T01:CDS 35.0%
AGAAAGGGATGAGATTGAAA+GGG + Chr4:52687570-52687589 MsG0480021050.01.T01:CDS 35.0%
AGACTTATGGTGAATTCAGA+AGG + Chr4:52687601-52687620 MsG0480021050.01.T01:CDS 35.0%
ATTGCTTGCATCATCTATGA+TGG + Chr4:52685942-52685961 MsG0480021050.01.T01:CDS 35.0%
CAGCAGACAAAATTTCCTTT+GGG + Chr4:52687255-52687274 MsG0480021050.01.T01:CDS 35.0%
CATTTGTACACATCCATACA+TGG + Chr4:52686238-52686257 MsG0480021050.01.T01:intron 35.0%
CTAATATCACCACCTTTACA+AGG + Chr4:52685648-52685667 MsG0480021050.01.T01:CDS 35.0%
CTTCAAGCTCATTAAACATG+AGG - Chr4:52686598-52686617 None:intergenic 35.0%
CTTCATGTGATGCACTAAAT+GGG + Chr4:52687686-52687705 MsG0480021050.01.T01:CDS 35.0%
GAATCTCTCTCAATCACTAT+TGG + Chr4:52686503-52686522 MsG0480021050.01.T01:intron 35.0%
GACTTATGGTGAATTCAGAA+GGG + Chr4:52687602-52687621 MsG0480021050.01.T01:CDS 35.0%
GAGTAAATTAGTAGCACTAG+TGG - Chr4:52686030-52686049 None:intergenic 35.0%
GATAGAGTCGTGTAAACATA+AGG - Chr4:52686396-52686415 None:intergenic 35.0%
GTATGACAGATTCAAAGTCA+AGG + Chr4:52686852-52686871 MsG0480021050.01.T01:intron 35.0%
GTGGTGATATTAGAACCAAA+CGG - Chr4:52685641-52685660 None:intergenic 35.0%
GTGTTGAATATAACACCCAA+AGG - Chr4:52686986-52687005 None:intergenic 35.0%
TAGAAAGGGATGAGATTGAA+AGG + Chr4:52687569-52687588 MsG0480021050.01.T01:CDS 35.0%
TAGGATGATTAGAAGGATCA+GGG - Chr4:52685758-52685777 None:intergenic 35.0%
TCTTCATGTGATGCACTAAA+TGG + Chr4:52687685-52687704 MsG0480021050.01.T01:CDS 35.0%
TTAAACATGAGGACTCTTTC+GGG - Chr4:52686587-52686606 None:intergenic 35.0%
TTAGATAAACCATCGGAGAA+AGG - Chr4:52685795-52685814 None:intergenic 35.0%
TTAGGATGATTAGAAGGATC+AGG - Chr4:52685759-52685778 None:intergenic 35.0%
! TGAAACATCGTTGATTGACT+CGG - Chr4:52687290-52687309 None:intergenic 35.0%
!! TTTGTCCTTCATCGATTCTT+TGG + Chr4:52685968-52685987 MsG0480021050.01.T01:CDS 35.0%
!!! AACCTTATTTTGGAGATCAG+AGG + Chr4:52687488-52687507 MsG0480021050.01.T01:CDS 35.0%
!!! ACCTTATTTTGGAGATCAGA+GGG + Chr4:52687489-52687508 MsG0480021050.01.T01:CDS 35.0%
!!! CTTTGTATAGCTTTTGGAGT+TGG - Chr4:52687039-52687058 None:intergenic 35.0%
AAAGGTTACCTTCCATTGCA+AGG + Chr4:52686080-52686099 MsG0480021050.01.T01:CDS 40.0%
AAAGTTAACCTCTTCCCCAT+AGG + Chr4:52687055-52687074 MsG0480021050.01.T01:CDS 40.0%
AAGGATCAGGGGAATTGAAA+TGG - Chr4:52685746-52685765 None:intergenic 40.0%
AAGGGTGGTTAGAAGACTTA+TGG + Chr4:52687588-52687607 MsG0480021050.01.T01:CDS 40.0%
AATCATGTGTAGAGGACCTA+TGG - Chr4:52687074-52687093 None:intergenic 40.0%
ACATTGGAGAGTTTGTGTGA+AGG + Chr4:52687448-52687467 MsG0480021050.01.T01:CDS 40.0%
ACCCTCTGATCTCCAAAATA+AGG - Chr4:52687493-52687512 None:intergenic 40.0%
AGAGTGGTTAGAATCTTTGC+CGG + Chr4:52687309-52687328 MsG0480021050.01.T01:CDS 40.0%
AGATTCAAAGTCAAGGGACT+TGG + Chr4:52686859-52686878 MsG0480021050.01.T01:intron 40.0%
AGGATCAGGGGAATTGAAAT+GGG - Chr4:52685745-52685764 None:intergenic 40.0%
AGGATGATTAGAAGGATCAG+GGG - Chr4:52685757-52685776 None:intergenic 40.0%
ATCATGTGTAGAGGACCTAT+GGG - Chr4:52687073-52687092 None:intergenic 40.0%
ATGAAATTGGGATAGCTGTG+AGG + Chr4:52687659-52687678 MsG0480021050.01.T01:CDS 40.0%
ATGTGATGCACTAAATGGGT+TGG + Chr4:52687690-52687709 MsG0480021050.01.T01:CDS 40.0%
ATTGAAATGGGTGTGTGCTA+TGG - Chr4:52685733-52685752 None:intergenic 40.0%
CAATCAACGATGTTTCAGAG+TGG + Chr4:52687293-52687312 MsG0480021050.01.T01:CDS 40.0%
CTGTGGTTGGAATTCTACAT+TGG + Chr4:52687432-52687451 MsG0480021050.01.T01:CDS 40.0%
GTTGAAGCATAGGAGTTATG+TGG - Chr4:52685674-52685693 None:intergenic 40.0%
TCATTGGCAATCATGTGTAG+AGG - Chr4:52687082-52687101 None:intergenic 40.0%
TGAAATTGGGATAGCTGTGA+GGG + Chr4:52687660-52687679 MsG0480021050.01.T01:CDS 40.0%
TGTCTTCAGCTACAAAGCAA+AGG + Chr4:52686062-52686081 MsG0480021050.01.T01:CDS 40.0%
TGTGCCAAAACTTCACTTTG+AGG - Chr4:52687385-52687404 None:intergenic 40.0%
TTGCCGGAAGATGTTAAAGT+AGG + Chr4:52687325-52687344 MsG0480021050.01.T01:CDS 40.0%
! AGTAAGGTACTACCTTGCAA+TGG - Chr4:52686095-52686114 None:intergenic 40.0%
! GAAACATCGTTGATTGACTC+GGG - Chr4:52687289-52687308 None:intergenic 40.0%
! GAAACCTTTTGCATGAAGGA+TGG - Chr4:52685703-52685722 None:intergenic 40.0%
! GGGTGTTATATTCAACACTG+TGG + Chr4:52686988-52687007 MsG0480021050.01.T01:CDS 40.0%
! GTTTTGTGAAGACCCTCTTA+AGG - Chr4:52686424-52686443 None:intergenic 40.0%
! TGGAGAAACCTTTTGCATGA+AGG - Chr4:52685707-52685726 None:intergenic 40.0%
! TTTGGGAAGCATAGCTAGTT+GGG + Chr4:52687192-52687211 MsG0480021050.01.T01:CDS 40.0%
AAAGTAGGTGTAGCTGAGAG+AGG + Chr4:52687340-52687359 MsG0480021050.01.T01:CDS 45.0%
AAGGGATGAGATTGAAAGGG+TGG + Chr4:52687573-52687592 MsG0480021050.01.T01:CDS 45.0%
AGAGAGGCTGTGTTGTGAAA+TGG + Chr4:52687356-52687375 MsG0480021050.01.T01:CDS 45.0%
AGGTACTACCTTGCAATGGA+AGG - Chr4:52686091-52686110 None:intergenic 45.0%
CAAGGTTGTTGAGCCATGTT+TGG + Chr4:52687518-52687537 MsG0480021050.01.T01:CDS 45.0%
CTTGGCCAAAGAATCGATGA+AGG - Chr4:52685976-52685995 None:intergenic 45.0%
GAAATTGGGATAGCTGTGAG+GGG + Chr4:52687661-52687680 MsG0480021050.01.T01:CDS 45.0%
GAGAGGCTGTGTTGTGAAAT+GGG + Chr4:52687357-52687376 MsG0480021050.01.T01:CDS 45.0%
GAGATCAGAGGGTAAATGCA+AGG + Chr4:52687500-52687519 MsG0480021050.01.T01:CDS 45.0%
GAGCTAACTGAAGTTGCTTG+TGG + Chr4:52687223-52687242 MsG0480021050.01.T01:CDS 45.0%
GTTGTTGAGCCATGTTTGGA+AGG + Chr4:52687522-52687541 MsG0480021050.01.T01:CDS 45.0%
TCATGTGTAGAGGACCTATG+GGG - Chr4:52687072-52687091 None:intergenic 45.0%
TTGAGCCATGTTTGGAAGGT+GGG + Chr4:52687526-52687545 MsG0480021050.01.T01:CDS 45.0%
! AACTCAAACTAGGCACCGTT+TGG + Chr4:52685623-52685642 MsG0480021050.01.T01:CDS 45.0%
! ACCTTTTGCATGAAGGATGG+TGG - Chr4:52685700-52685719 None:intergenic 45.0%
! ATGAAGCTGTTGGAGGGTTT+TGG + Chr4:52687404-52687423 MsG0480021050.01.T01:CDS 45.0%
! ATGGTGGCTAGTTGAAGCAT+AGG - Chr4:52685684-52685703 None:intergenic 45.0%
! GGCACCTCAAAGTGAAGTTT+TGG + Chr4:52687378-52687397 MsG0480021050.01.T01:CDS 45.0%
! GTTTGGGAAGCATAGCTAGT+TGG + Chr4:52687191-52687210 MsG0480021050.01.T01:CDS 45.0%
! TTTGGAAGGTGGGTTTGGAA+TGG + Chr4:52687536-52687555 MsG0480021050.01.T01:CDS 45.0%
!! CTTCATCGATTCTTTGGCCA+AGG + Chr4:52685974-52685993 MsG0480021050.01.T01:CDS 45.0%
!! GCTTGGTAGCTTTAGTTCCT+TGG - Chr4:52685994-52686013 None:intergenic 45.0%
!! GGAGTTATGTGGCCTTGTAA+AGG - Chr4:52685663-52685682 None:intergenic 45.0%
!! GTTATGTGGCCTTGTAAAGG+TGG - Chr4:52685660-52685679 None:intergenic 45.0%
!! GTTTTGGCACATGAAGCTGT+TGG + Chr4:52687394-52687413 MsG0480021050.01.T01:CDS 45.0%
AACATGAGGACTCTTTCGGG+AGG - Chr4:52686584-52686603 None:intergenic 50.0%
ACTCGGGTCGAATAACCCAA+AGG - Chr4:52687273-52687292 None:intergenic 50.0%
ATGGGTGTGTGCTATGGTGA+TGG - Chr4:52685727-52685746 None:intergenic 50.0%
CCAAACCCACCTTCCAAACA+TGG - Chr4:52687534-52687553 None:intergenic 50.0%
GCCACCATCCTTCATGCAAA+AGG + Chr4:52685696-52685715 MsG0480021050.01.T01:CDS 50.0%
GTTGAGCCATGTTTGGAAGG+TGG + Chr4:52687525-52687544 MsG0480021050.01.T01:CDS 50.0%
TGGCACATGAAGCTGTTGGA+GGG + Chr4:52687398-52687417 MsG0480021050.01.T01:CDS 50.0%
TTGGCACATGAAGCTGTTGG+AGG + Chr4:52687397-52687416 MsG0480021050.01.T01:CDS 50.0%
! CCATGTTTGGAAGGTGGGTT+TGG + Chr4:52687531-52687550 MsG0480021050.01.T01:CDS 50.0%
! GTGGTTCGGAAGACTATGCT+TGG - Chr4:52686011-52686030 None:intergenic 50.0%
!!! GGTTTTGGAGTCACTGTGGT+TGG + Chr4:52687419-52687438 MsG0480021050.01.T01:CDS 50.0%
AAGCGCAGCAAGTCCAGTTC+TGG - Chr4:52686887-52686906 None:intergenic 55.0%
GTAGAGGACCTATGGGGAAG+AGG - Chr4:52687066-52687085 None:intergenic 55.0%
!! AAGGGACTTGGTGCCAGAAC+TGG + Chr4:52686871-52686890 MsG0480021050.01.T01:CDS 55.0%
!!! GGAGGGTTTTGGAGTCACTG+TGG + Chr4:52687415-52687434 MsG0480021050.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr4 gene 52685618 52687741 52685618 ID=MsG0480021050.01;Name=MsG0480021050.01
Chr4 mRNA 52685618 52687741 52685618 ID=MsG0480021050.01.T01;Parent=MsG0480021050.01;Name=MsG0480021050.01.T01;_AED=0.36;_eAED=0.36;_QI=0|0|0|1|1|1|2|0|454
Chr4 exon 52685618 52686101 52685618 ID=MsG0480021050.01.T01:exon:19982;Parent=MsG0480021050.01.T01
Chr4 exon 52686861 52687741 52686861 ID=MsG0480021050.01.T01:exon:19983;Parent=MsG0480021050.01.T01
Chr4 CDS 52685618 52686101 52685618 ID=MsG0480021050.01.T01:cds;Parent=MsG0480021050.01.T01
Chr4 CDS 52686861 52687741 52686861 ID=MsG0480021050.01.T01:cds;Parent=MsG0480021050.01.T01
Gene Sequence

>MsG0480021050.01.T01

ATGGAAACTCAAACTAGGCACCGTTTGGTTCTAATATCACCACCTTTACAAGGCCACATAACTCCTATGCTTCAACTAGCCACCATCCTTCATGCAAAAGGTTTCTCCATCACCATAGCACACACCCATTTCAATTCCCCTGATCCTTCTAATCATCCTAATTTCTATTTTTTACCTTTCTCCGATGGTTTATCTAATACCCAAATCACTTCCAAGAATTTTGTAGATATTGCTTCAACTCTAAATATAAAGTGCGTATCTTCACTTAAGGAGACATTAGTTCATTATATTACAAAATTAGCAAATGAAAATCATGGTGAAAAAATTGCTTGCATCATCTATGATGGATTTTTGTCCTTCATCGATTCTTTGGCCAAGGAACTAAAGCTACCAAGCATAGTCTTCCGAACCACTAGTGCTACTAATTTACTCACTTATCATGTGTGTCTTCAGCTACAAAGCAAAGGTTACCTTCCATTGCAAGATTCAAAGTCAAGGGACTTGGTGCCAGAACTGGACTTGCTGCGCTTCAAAGATCTACCCCTTTTTAATTTGACAAATCAACATGATTTTCTACAAAGCATAGCTAGAACACTTTCAATAACACCTTTGGGTGTTATATTCAACACTGTGGAAAGCTTAGAAGATTCATCACTAAACCAACTCCAAAAGCTATACAAAGTTAACCTCTTCCCCATAGGTCCTCTACACATGATTGCCAATGATGCTAACAATACTAGTAGCATTCTGCAAAAAAATGATAATTGTATATCTTGGCTAAACAACAAAGCAAAAAATTCTGTGTTATATGTAAGTTTGGGAAGCATAGCTAGTTGGGAAGAGAAAGAGCTAACTGAAGTTGCTTGTGGCTTAGTCAACAGCAGACAAAATTTCCTTTGGGTTATTCGACCCGAGTCAATCAACGATGTTTCAGAGTGGTTAGAATCTTTGCCGGAAGATGTTAAAGTAGGTGTAGCTGAGAGAGGCTGTGTTGTGAAATGGGCACCTCAAAGTGAAGTTTTGGCACATGAAGCTGTTGGAGGGTTTTGGAGTCACTGTGGTTGGAATTCTACATTGGAGAGTTTGTGTGAAGGAGTGCCAATTATTTGTCAACCTTATTTTGGAGATCAGAGGGTAAATGCAAGGTTGTTGAGCCATGTTTGGAAGGTGGGTTTGGAATGGTGTAATGTAATAGAAAGGGATGAGATTGAAAGGGTGGTTAGAAGACTTATGGTGAATTCAGAAGGGGAGTTGATGAGACAAAGAGCAACAGAATTGAAGCATGAAATTGGGATAGCTGTGAGGGGTTCTTCATGTGATGCACTAAATGGGTTGGTAAAGTATATCTTATCAGTGAATGTCTGA
Protein sequence

>MsG0480021050.01.T01

METQTRHRLVLISPPLQGHITPMLQLATILHAKGFSITIAHTHFNSPDPSNHPNFYFLPFSDGLSNTQITSKNFVDIASTLNIKCVSSLKETLVHYITKLANENHGEKIACIIYDGFLSFIDSLAKELKLPSIVFRTTSATNLLTYHVCLQLQSKGYLPLQDSKSRDLVPELDLLRFKDLPLFNLTNQHDFLQSIARTLSITPLGVIFNTVESLEDSSLNQLQKLYKVNLFPIGPLHMIANDANNTSSILQKNDNCISWLNNKAKNSVLYVSLGSIASWEEKELTEVACGLVNSRQNFLWVIRPESINDVSEWLESLPEDVKVGVAERGCVVKWAPQSEVLAHEAVGGFWSHCGWNSTLESLCEGVPIICQPYFGDQRVNARLLSHVWKVGLEWCNVIERDEIERVVRRLMVNSEGELMRQRATELKHEIGIAVRGSSCDALNGLVKYILSVNV*