AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0480022426.01

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MsG0480022426.01.T01 AT1G67000 43.562 365 155 8 9 324 490 852 6.29e-88 283
MsG0480022426.01.T01 AT5G39030 43.529 340 152 6 22 324 442 778 6.50e-88 281
MsG0480022426.01.T01 AT1G70250 45.847 301 124 4 64 325 448 748 7.31e-88 281
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MsG0480022426.01.T01 AT1G66930 46.753 308 123 7 58 324 537 844 3.90e-82 267
MsG0480022426.01.T01 AT1G66930 47.653 277 135 5 58 324 328 604 6.00e-79 254
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MsG0480022426.01.T01 AT5G24080 38.944 303 140 9 62 324 390 687 3.50e-60 206
MsG0480022426.01.T01 AT5G24080 38.944 303 140 9 62 324 517 814 1.20e-59 206
MsG0480022426.01.T01 AT1G34300 35.398 339 170 7 16 313 428 758 2.84e-59 205
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MsG0480022426.01.T01 AT1G56120 32.394 355 190 9 12 324 479 825 4.92e-47 171
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MsG0480022426.01.T01 AT4G33430 34.915 295 146 7 64 315 323 614 1.75e-44 162
MsG0480022426.01.T01 AT1G53420 32.853 347 179 11 23 319 565 907 1.85e-44 164
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MsG0480022426.01.T01 AT4G11480 32.523 329 166 6 50 324 283 609 1.15e-43 160
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MsG0480022426.01.T01 AT2G13800 32.907 313 156 8 64 325 145 454 1.36e-43 157
MsG0480022426.01.T01 AT5G35960 33.445 299 149 8 62 319 118 407 1.51e-43 155
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MsG0480022426.01.T01 AT1G29720 33.987 306 159 7 58 324 654 955 3.08e-43 160
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MsG0480022426.01.T01 AT5G65240 36.000 300 136 9 64 315 271 562 3.25e-43 158
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MsG0480022426.01.T01 AT2G13800 32.907 313 156 8 64 325 262 571 1.38e-42 156
MsG0480022426.01.T01 AT4G23250 32.468 308 152 8 64 324 346 644 1.54e-42 157
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MsG0480022426.01.T01 AT5G10290 34.237 295 148 7 64 315 277 568 9.80e-42 154
MsG0480022426.01.T01 AT5G01550 31.965 341 168 11 30 320 332 658 1.29e-41 154
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MsG0480022426.01.T01 AT4G23320 29.799 349 196 7 17 324 128 468 1.34e-41 152
MsG0480022426.01.T01 AT1G34210 33.898 295 149 7 64 315 292 583 1.57e-41 154
MsG0480022426.01.T01 AT1G34210 33.898 295 149 7 64 315 292 583 1.57e-41 154
MsG0480022426.01.T01 AT3G25560 32.808 317 158 9 64 328 300 613 1.58e-41 154
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MsG0480022426.01.T01 AT3G25560 32.808 317 158 9 64 328 299 612 1.84e-41 153
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MsG0480022426.01.T01 AT4G11470 30.247 324 182 6 43 324 303 624 2.20e-41 153
MsG0480022426.01.T01 AT1G60800 33.673 294 150 6 64 315 288 578 2.54e-41 153
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MsG0480022426.01.T01 AT4G23190 32.012 328 170 8 44 324 238 559 5.78e-41 151
MsG0480022426.01.T01 AT5G03140 31.054 351 184 12 16 321 320 657 6.31e-41 152
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MsG0480022426.01.T01 AT4G23230 32.441 299 157 7 67 324 327 621 1.60e-40 150
MsG0480022426.01.T01 AT2G23950 33.448 290 150 7 65 315 287 572 1.69e-40 150
MsG0480022426.01.T01 AT3G45860 31.788 302 163 7 64 324 338 637 1.95e-40 151
MsG0480022426.01.T01 AT4G23150 31.944 360 187 13 27 341 288 634 1.97e-40 150
MsG0480022426.01.T01 AT1G53430 32.530 332 172 11 60 349 652 973 1.97e-40 152
MsG0480022426.01.T01 AT1G53430 32.530 332 172 11 60 349 611 932 2.28e-40 152
MsG0480022426.01.T01 AT5G01560 30.812 357 187 12 26 338 318 658 2.31e-40 151
MsG0480022426.01.T01 AT4G04490 31.412 347 186 8 15 315 270 610 2.41e-40 150
MsG0480022426.01.T01 AT5G40380 33.981 309 149 8 63 324 301 601 2.48e-40 150
MsG0480022426.01.T01 AT5G35960 33.101 287 142 8 62 307 118 395 2.68e-40 146
MsG0480022426.01.T01 AT4G23130 29.586 338 192 7 28 324 293 625 2.73e-40 150
MsG0480022426.01.T01 AT3G09010 32.990 291 143 9 65 311 34 316 3.08e-40 146
MsG0480022426.01.T01 AT4G02630 33.446 296 141 8 65 313 150 436 3.14e-40 148
MsG0480022426.01.T01 AT5G16900 33.227 313 153 9 50 312 537 843 3.19e-40 151
MsG0480022426.01.T01 AT5G16900 33.227 313 153 9 50 312 537 843 3.19e-40 151
MsG0480022426.01.T01 AT3G59110 32.990 291 150 7 65 314 178 464 4.47e-40 148
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MsG0480022426.01.T01 AT3G46330 31.930 285 154 5 61 308 528 809 1.97e-39 149
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MsG0480022426.01.T01 AT1G21590 27.891 294 171 4 65 319 357 648 3.25e-39 148
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MsG0480022426.01.T01 AT1G61360 33.221 298 155 7 69 325 409 703 2.28e-38 145
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MsG0480022426.01.T01 AT1G67520 31.077 325 171 9 65 346 491 805 6.46e-38 144
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MsG0480022426.01.T01 AT1G56720 30.368 326 179 7 65 350 167 484 6.83e-38 142
MsG0480022426.01.T01 AT1G56720 30.368 326 179 7 65 350 167 484 6.83e-38 142
MsG0480022426.01.T01 AT1G56720 30.368 326 179 7 65 350 167 484 6.83e-38 142
MsG0480022426.01.T01 AT2G04300 31.908 304 162 8 44 308 551 848 7.39e-38 144
MsG0480022426.01.T01 AT2G04300 31.908 304 162 8 44 308 510 807 7.88e-38 144
MsG0480022426.01.T01 AT1G26150 31.987 297 153 8 65 317 418 709 9.06e-38 144
MsG0480022426.01.T01 AT1G61390 31.849 292 159 5 70 324 513 801 9.20e-38 144
MsG0480022426.01.T01 AT3G05140 30.743 296 159 6 65 321 131 419 1.00e-37 140
MsG0480022426.01.T01 AT2G19230 30.914 372 184 10 8 312 474 839 1.03e-37 144
MsG0480022426.01.T01 AT3G55550 31.672 341 183 12 26 324 298 630 1.05e-37 143
MsG0480022426.01.T01 AT4G32710 34.694 294 144 8 65 313 377 667 1.06e-37 143
MsG0480022426.01.T01 AT5G59670 31.186 295 150 6 61 312 550 834 1.14e-37 144
MsG0480022426.01.T01 AT5G59670 31.186 295 150 6 61 312 550 834 1.14e-37 144
MsG0480022426.01.T01 AT1G07650 32.476 311 164 7 60 328 448 754 1.17e-37 144
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MsG0480022426.01.T01 AT4G29180 29.530 298 159 4 64 312 556 851 4.98e-36 139
MsG0480022426.01.T01 AT4G29180 29.530 298 159 4 64 312 553 848 5.07e-36 139
MsG0480022426.01.T01 AT1G61430 29.240 342 193 10 27 324 436 772 5.28e-36 139
MsG0480022426.01.T01 AT1G61430 29.240 342 193 10 27 324 413 749 5.65e-36 139
MsG0480022426.01.T01 AT1G61430 29.240 342 193 10 27 324 413 749 5.65e-36 139
MsG0480022426.01.T01 AT1G61430 29.240 342 193 10 27 324 413 749 5.65e-36 139
MsG0480022426.01.T01 AT1G61420 30.822 292 158 6 70 322 339 625 5.78e-36 138
MsG0480022426.01.T01 AT4G23280 33.333 252 140 4 80 324 349 579 5.85e-36 138
MsG0480022426.01.T01 AT1G31420 32.895 304 160 8 65 330 294 591 5.94e-36 137
MsG0480022426.01.T01 AT1G31420 32.895 304 160 8 65 330 294 591 5.94e-36 137
MsG0480022426.01.T01 AT3G19300 31.667 300 151 9 64 320 315 603 6.13e-36 138
MsG0480022426.01.T01 AT5G59270 29.492 295 161 8 62 315 353 641 6.25e-36 138
MsG0480022426.01.T01 AT4G23140 29.565 345 189 10 29 324 302 641 6.31e-36 138
MsG0480022426.01.T01 AT1G61400 28.763 372 205 11 27 350 447 806 7.00e-36 138
MsG0480022426.01.T01 AT5G42440 34.797 296 132 11 66 312 70 353 7.52e-36 134
MsG0480022426.01.T01 AT1G51800 31.724 290 154 6 61 312 572 855 7.62e-36 138
MsG0480022426.01.T01 AT5G48740 31.085 341 177 10 17 312 551 878 7.77e-36 138
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MsG0480022426.01.T01 AT1G55610 31.987 297 154 9 61 312 842 1135 8.70e-36 138
MsG0480022426.01.T01 AT4G13190 31.544 298 156 8 58 311 52 345 9.14e-36 134
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MsG0480022426.01.T01 AT1G51850 31.119 286 154 6 61 308 544 824 9.91e-36 138
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MsG0480022426.01.T01 AT1G68690 31.494 308 147 10 54 312 358 650 2.34e-35 137
MsG0480022426.01.T01 AT3G20530 32.852 277 137 7 80 312 87 358 2.40e-35 133
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MsG0480022426.01.T01 AT1G51860 30.769 325 168 8 64 338 573 890 2.68e-35 137
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MsG0480022426.01.T01 AT5G54590 31.359 287 144 7 65 311 103 376 4.01e-35 133
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MsG0480022426.01.T01 AT1G77280 26.710 307 180 5 65 329 392 695 7.63e-35 135
MsG0480022426.01.T01 AT4G23210 33.906 233 117 3 59 256 342 572 7.86e-35 134
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MsG0480022426.01.T01 AT1G11330 29.874 318 173 7 46 324 502 808 1.16e-34 135
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MsG0480022426.01.T01 AT2G28250 29.900 301 153 7 64 311 197 492 1.96e-34 133
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MsG0480022426.01.T01 AT2G28250 29.900 301 153 7 64 311 197 492 1.96e-34 133
MsG0480022426.01.T01 AT2G28250 29.900 301 153 7 64 311 197 492 1.96e-34 133
MsG0480022426.01.T01 AT2G26330 32.484 314 158 12 65 337 636 936 2.24e-34 134
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MsG0480022426.01.T01 AT4G35600 29.968 317 168 10 65 332 75 386 2.34e-34 131
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MsG0480022426.01.T01 AT4G27290 33.708 267 137 5 80 308 470 734 2.72e-34 134
MsG0480022426.01.T01 AT2G28990 29.110 292 154 6 64 312 566 847 3.13e-34 134
MsG0480022426.01.T01 AT2G28990 29.110 292 154 6 64 312 566 847 3.13e-34 134
MsG0480022426.01.T01 AT1G09970 29.619 341 178 8 27 312 619 952 3.25e-34 134
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MsG0480022426.01.T01 AT2G07180 30.169 295 155 8 65 312 78 368 5.11e-34 130
MsG0480022426.01.T01 AT1G78530 37.864 206 91 5 72 245 74 274 6.22e-34 127
MsG0480022426.01.T01 AT4G21380 31.667 300 161 8 67 324 516 813 6.65e-34 133
MsG0480022426.01.T01 AT4G04500 31.596 307 163 9 64 326 332 635 8.27e-34 132
MsG0480022426.01.T01 AT1G61590 29.063 320 176 8 40 312 62 377 1.00e-33 129
MsG0480022426.01.T01 AT4G23180 33.463 257 130 6 35 253 306 559 1.04e-33 131
MsG0480022426.01.T01 AT5G59660 31.321 265 161 4 61 312 496 752 1.18e-33 132
MsG0480022426.01.T01 AT2G17220 31.208 298 151 9 65 312 75 368 1.23e-33 129
MsG0480022426.01.T01 AT5G59660 31.321 265 161 4 61 312 499 755 1.24e-33 132
MsG0480022426.01.T01 AT2G17220 31.208 298 151 9 65 312 74 367 1.24e-33 129
MsG0480022426.01.T01 AT5G59660 31.321 265 161 4 61 312 474 730 1.45e-33 132
MsG0480022426.01.T01 AT1G79620 31.788 302 145 10 60 312 620 909 1.79e-33 131
MsG0480022426.01.T01 AT4G00960 31.600 250 134 6 109 324 3 249 1.88e-33 125
MsG0480022426.01.T01 AT3G53810 28.736 348 192 13 25 329 303 637 1.92e-33 131
MsG0480022426.01.T01 AT1G79620 31.788 302 145 10 60 312 646 935 2.01e-33 131
MsG0480022426.01.T01 AT3G19700 32.566 304 135 8 73 312 667 964 2.12e-33 131
MsG0480022426.01.T01 AT3G53590 28.895 353 192 11 16 321 560 900 2.14e-33 131
MsG0480022426.01.T01 AT1G52290 33.180 217 106 5 65 245 131 344 2.81e-33 127
MsG0480022426.01.T01 AT3G46290 31.250 288 156 7 64 312 472 756 2.87e-33 131
MsG0480022426.01.T01 AT5G65700 32.302 291 147 9 75 323 692 974 3.17e-33 131
MsG0480022426.01.T01 AT5G65700 32.302 291 147 9 75 323 692 974 3.17e-33 131
MsG0480022426.01.T01 AT1G11340 35.780 218 101 4 74 254 580 795 3.21e-33 130
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MsG0480022426.01.T01 AT3G01300 31.410 312 160 9 50 312 111 417 3.91e-33 129
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MsG0480022426.01.T01 AT4G04570 34.722 216 102 4 64 242 171 384 6.95e-33 127
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MsG0480022426.01.T01 AT2G43700 28.333 360 206 12 7 323 240 590 7.38e-33 129
MsG0480022426.01.T01 AT2G43700 28.333 360 206 12 7 323 240 590 7.38e-33 129
MsG0480022426.01.T01 AT2G43700 28.333 360 206 12 7 323 240 590 7.38e-33 129
MsG0480022426.01.T01 AT4G13190 33.198 247 122 6 58 263 52 296 8.25e-33 124
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MsG0480022426.01.T01 AT1G51940 29.747 316 162 9 48 308 310 620 1.35e-32 128
MsG0480022426.01.T01 AT5G63930 28.342 374 193 13 9 319 731 1092 1.39e-32 129
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MsG0480022426.01.T01 AT5G07180 29.526 359 178 14 18 311 569 917 1.68e-32 129
MsG0480022426.01.T01 AT3G28690 30.312 320 158 10 65 331 63 370 1.73e-32 126
MsG0480022426.01.T01 AT5G60320 29.114 316 168 10 43 314 316 619 1.80e-32 128
MsG0480022426.01.T01 AT3G49670 29.191 346 184 11 35 333 646 977 1.90e-32 129
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MsG0480022426.01.T01 AT2G16750 28.197 305 175 7 49 316 253 550 2.40e-32 127
MsG0480022426.01.T01 AT2G16750 28.197 305 175 7 49 316 253 550 2.40e-32 127
MsG0480022426.01.T01 AT1G55200 30.333 300 154 10 61 314 362 652 2.46e-32 128
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MsG0480022426.01.T01 AT1G55200 30.333 300 154 10 61 314 362 652 2.46e-32 128
MsG0480022426.01.T01 AT1G55200 30.333 300 154 10 61 314 362 652 2.46e-32 128
MsG0480022426.01.T01 AT3G59700 30.488 328 178 13 32 313 288 611 2.61e-32 127
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MsG0480022426.01.T01 AT1G61430 31.418 261 137 5 27 247 436 694 3.03e-32 127
MsG0480022426.01.T01 AT3G28690 30.312 320 158 10 65 331 114 421 3.23e-32 126
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MsG0480022426.01.T01 AT3G46420 29.927 274 149 5 73 308 529 797 3.70e-32 127
MsG0480022426.01.T01 AT4G11890 30.000 290 161 6 70 321 32 317 3.79e-32 124
MsG0480022426.01.T01 AT1G17230 31.741 293 147 11 65 311 787 1072 4.10e-32 127
MsG0480022426.01.T01 AT5G02800 30.241 291 155 9 65 311 61 347 4.19e-32 124
MsG0480022426.01.T01 AT4G11890 30.000 290 161 6 70 321 33 318 4.74e-32 123

Find 72 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 97 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CAAACCAAAATCAGAAATTT+TGG 0.108701 4:+72474844 None:intergenic
ACACCCAAAATTTCTGATTT+TGG 0.143799 4:-72474848 MsG0480022426.01.T01:CDS
ACGAATCTCAAATCAGTTTA+AGG 0.193077 4:-72475271 MsG0480022426.01.T01:CDS
CCAACAAATATAAGAGAAAA+TGG 0.210129 4:+72475414 None:intergenic
ACTATAAACATCTGACTTAT+AGG 0.214713 4:+72474715 None:intergenic
CATTTCCTGTTGAAGTATTT+AGG 0.233021 4:+72475172 None:intergenic
TGACACAATACTTCTTTCTT+TGG 0.235889 4:+72474808 None:intergenic
GAACTGGGGCAGGGAGCTTT+TGG 0.269590 4:-72475246 MsG0480022426.01.T01:CDS
TCTTTCTTTGGAACAAAGTT+TGG 0.274945 4:+72474820 None:intergenic
AAGTCAGATGTTTATAGTTA+TGG 0.308200 4:-72474710 MsG0480022426.01.T01:CDS
AGTCAGATGTTTATAGTTAT+GGG 0.326638 4:-72474709 MsG0480022426.01.T01:CDS
TATATCAGCATAAGAGTATC+TGG 0.337083 4:+72475296 None:intergenic
CCATTTCATTGATGAACTCT+TGG 0.342897 4:+72475148 None:intergenic
CATTTGAACCACAACCTTCA+TGG 0.345609 4:+72474472 None:intergenic
TATCTTCGTTGTTCTCTAGA+AGG 0.347870 4:+72474594 None:intergenic
TATGAGGTTTGATATCAAAA+TGG 0.354888 4:+72474894 None:intergenic
TGGGATGCTGCTTCTTGAAA+TGG 0.358226 4:-72474690 MsG0480022426.01.T01:CDS
AAAACTATCAAACGAAGTTC+AGG 0.376535 4:-72475208 MsG0480022426.01.T01:CDS
AAATCAGTTTAAGGAAGAAC+TGG 0.382385 4:-72475262 MsG0480022426.01.T01:CDS
TTGTCTAGCAATACGTTATG+AGG 0.383166 4:+72474878 None:intergenic
CGAAGTTCAGGTAGCTGTTA+AGG 0.386271 4:-72475196 MsG0480022426.01.T01:CDS
CCAAGAGTTCATCAATGAAA+TGG 0.403490 4:-72475148 MsG0480022426.01.T01:CDS
GACCACGGCTAGGGGAACTT+TGG 0.405802 4:-72474783 MsG0480022426.01.T01:CDS
GATGAAGATGCAAAAGGATT+AGG 0.411934 4:+72474416 None:intergenic
CTAAATACTTCAACAGGAAA+TGG 0.416667 4:-72475171 MsG0480022426.01.T01:CDS
CTATGTGCAGGTGGAATCCT+AGG 0.430537 4:-72475438 MsG0480022426.01.T01:intron
ACCACGGCTAGGGGAACTTT+GGG 0.431130 4:-72474782 MsG0480022426.01.T01:CDS
AAGGTCCTAAATACTTCAAC+AGG 0.433839 4:-72475177 MsG0480022426.01.T01:CDS
TCACGTCAACGTGGCTCGCT+TGG 0.439607 4:-72475106 MsG0480022426.01.T01:CDS
TCTGCAACTGCAACTAGAAC+TGG 0.451538 4:-72474395 MsG0480022426.01.T01:CDS
GTCAACGTGGCTCGCTTGGT+TGG 0.452191 4:-72475102 MsG0480022426.01.T01:intron
AGGCTTCAAAACATTTCTCT+TGG 0.454575 4:-72474968 MsG0480022426.01.T01:CDS
TCAAAAGAGAAAGTAATTGC+CGG 0.470167 4:-72475561 MsG0480022426.01.T01:intron
AGCTATCCATCGTGGGACTT+TGG 0.471848 4:-72474526 MsG0480022426.01.T01:CDS
CTGAGATGACATCTAGCTCC+AGG 0.484677 4:+72474357 None:intergenic
TGTGTCAATGACCACGGCTA+GGG 0.493814 4:-72474792 MsG0480022426.01.T01:CDS
ATGCTGCTTCTTGAAATGGT+TGG 0.500793 4:-72474686 MsG0480022426.01.T01:CDS
CTGCTTCTTGAAATGGTTGG+AGG 0.514394 4:-72474683 MsG0480022426.01.T01:CDS
CAACAAATATAAGAGAAAAT+GGG 0.516271 4:+72475415 None:intergenic
TTCATGGTCGGACGATTCAC+AGG 0.522131 4:+72474488 None:intergenic
GTTTAAGGAAGAACTGGGGC+AGG 0.526254 4:-72475256 MsG0480022426.01.T01:CDS
ATATAAGAGAAAATGGGCCT+AGG 0.531434 4:+72475421 None:intergenic
GGAATTGAGTATCTTCATCA+AGG 0.533448 4:-72474935 MsG0480022426.01.T01:CDS
AAGTTTCTCGAAAATACCTC+TGG 0.535422 4:+72474749 None:intergenic
GTTCAAATGCTAGAAGGAAA+TGG 0.542004 4:-72474458 MsG0480022426.01.T01:CDS
TCGTCCGACCATGAAGGTTG+TGG 0.543495 4:-72474480 MsG0480022426.01.T01:CDS
ATTTCTCTTGGTATAGCGAA+GGG 0.546441 4:-72474956 MsG0480022426.01.T01:CDS
TTGTGTCAATGACCACGGCT+AGG 0.547387 4:-72474793 MsG0480022426.01.T01:CDS
CATTTCTCTTGGTATAGCGA+AGG 0.549173 4:-72474957 MsG0480022426.01.T01:CDS
TTCTTGAAATGGTTGGAGGA+AGG 0.551470 4:-72474679 MsG0480022426.01.T01:CDS
TGGGACTTTGGTGCATTCAG+TGG 0.552187 4:-72474514 MsG0480022426.01.T01:CDS
GTTGCAGATGAAGATGCAAA+AGG 0.559033 4:+72474410 None:intergenic
TGGTGCTAGACGTCTCAACC+TGG 0.561202 4:-72474375 MsG0480022426.01.T01:CDS
GTTGTGGTTCAAATGCTAGA+AGG 0.563781 4:-72474464 MsG0480022426.01.T01:CDS
AATCAGTTTAAGGAAGAACT+GGG 0.583113 4:-72475261 MsG0480022426.01.T01:CDS
TTTGGGCTACATTGCGCCAG+AGG 0.588174 4:-72474765 MsG0480022426.01.T01:CDS
GAAGATGCAAAAGGATTAGG+TGG 0.606998 4:+72474419 None:intergenic
TGAACCACAACCTTCATGGT+CGG 0.608770 4:+72474476 None:intergenic
TGTGAATCGTCCGACCATGA+AGG 0.612114 4:-72474486 MsG0480022426.01.T01:CDS
AAGGAAAGTAACAGATGTCA+CGG 0.616045 4:-72474660 MsG0480022426.01.T01:CDS
GTGTCAATGACCACGGCTAG+GGG 0.631855 4:-72474791 MsG0480022426.01.T01:CDS
AGAAGGTTATAAATCCATTG+TGG 0.632298 4:+72474611 None:intergenic
GCAAAGAAGCTATCCATCGT+GGG 0.638139 4:-72474533 MsG0480022426.01.T01:CDS
GCCCAAAGTTCCCCTAGCCG+TGG 0.641945 4:+72474781 None:intergenic
TTTAAGGAAGAACTGGGGCA+GGG 0.655528 4:-72475255 MsG0480022426.01.T01:CDS
TGCAAAGAAGCTATCCATCG+TGG 0.657490 4:-72474534 MsG0480022426.01.T01:CDS
ATCATGTTCACTATCCACAA+TGG 0.659489 4:-72474625 MsG0480022426.01.T01:CDS
TCAGCATAAGAGTATCTGGA+AGG 0.661511 4:+72475300 None:intergenic
AAGTATTGTGTCAATGACCA+CGG 0.667095 4:-72474798 MsG0480022426.01.T01:CDS
AATGCACCAAAGTCCCACGA+TGG 0.718706 4:+72474520 None:intergenic
TCAAATTCATCACGTCAACG+TGG 0.719282 4:-72475115 MsG0480022426.01.T01:CDS
ATCAGTTTAAGGAAGAACTG+GGG 0.740152 4:-72475260 MsG0480022426.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! CAACAAATATAAGAGAAAAT+GGG + Chr4:72474528-72474547 None:intergenic 20.0%
!! GATATAAAAATCGATATAGA+AGG - Chr4:72475365-72475384 MsG0480022426.01.T01:CDS 20.0%
!!! AAACCAAAATCAGAAATTTT+GGG + Chr4:72475098-72475117 None:intergenic 20.0%
!!! AAGAATCAAAAAGTTTTTGA+AGG - Chr4:72474600-72474619 MsG0480022426.01.T01:CDS 20.0%
! AAGTCAGATGTTTATAGTTA+TGG - Chr4:72475230-72475249 MsG0480022426.01.T01:CDS 25.0%
! ACTATAAACATCTGACTTAT+AGG + Chr4:72475228-72475247 None:intergenic 25.0%
! AGTCAGATGTTTATAGTTAT+GGG - Chr4:72475231-72475250 MsG0480022426.01.T01:CDS 25.0%
! CCAACAAATATAAGAGAAAA+TGG + Chr4:72474529-72474548 None:intergenic 25.0%
! TATGAGGTTTGATATCAAAA+TGG + Chr4:72475049-72475068 None:intergenic 25.0%
! TTGTTTATAATACTATGTGC+AGG - Chr4:72474490-72474509 MsG0480022426.01.T01:CDS 25.0%
!! CAAACCAAAATCAGAAATTT+TGG + Chr4:72475099-72475118 None:intergenic 25.0%
!! CCATTTTCTCTTATATTTGT+TGG - Chr4:72474526-72474545 MsG0480022426.01.T01:CDS 25.0%
!!! CAAAATTTCTGATTTTGGTT+TGG - Chr4:72475097-72475116 MsG0480022426.01.T01:intron 25.0%
AAAACTATCAAACGAAGTTC+AGG - Chr4:72474732-72474751 MsG0480022426.01.T01:CDS 30.0%
AAATCAGTTTAAGGAAGAAC+TGG - Chr4:72474678-72474697 MsG0480022426.01.T01:CDS 30.0%
AATCAGTTTAAGGAAGAACT+GGG - Chr4:72474679-72474698 MsG0480022426.01.T01:CDS 30.0%
ACGAATCTCAAATCAGTTTA+AGG - Chr4:72474669-72474688 MsG0480022426.01.T01:CDS 30.0%
AGAAGGTTATAAATCCATTG+TGG + Chr4:72475332-72475351 None:intergenic 30.0%
CTAAATACTTCAACAGGAAA+TGG - Chr4:72474769-72474788 MsG0480022426.01.T01:CDS 30.0%
TCAAAAGAGAAAGTAATTGC+CGG - Chr4:72474379-72474398 MsG0480022426.01.T01:CDS 30.0%
TGACACAATACTTCTTTCTT+TGG + Chr4:72475135-72475154 None:intergenic 30.0%
TGGAAGTGAAGGATAATTAT+AGG - Chr4:72474436-72474455 MsG0480022426.01.T01:CDS 30.0%
TTTATAATACTATGTGCAGG+TGG - Chr4:72474493-72474512 MsG0480022426.01.T01:CDS 30.0%
! ACACCCAAAATTTCTGATTT+TGG - Chr4:72475092-72475111 MsG0480022426.01.T01:intron 30.0%
! CATTTCCTGTTGAAGTATTT+AGG + Chr4:72474771-72474790 None:intergenic 30.0%
! GACAATAAGGATGTCTTTTT+AGG - Chr4:72474942-72474961 MsG0480022426.01.T01:CDS 30.0%
! GGTGTATGAATTTTACCAAA+AGG - Chr4:72474891-72474910 MsG0480022426.01.T01:CDS 30.0%
!! TATATCAGCATAAGAGTATC+TGG + Chr4:72474647-72474666 None:intergenic 30.0%
!! TCTTTCTTTGGAACAAAGTT+TGG + Chr4:72475123-72475142 None:intergenic 30.0%
!!! ATAAGGATGTCTTTTTAGGT+TGG - Chr4:72474946-72474965 MsG0480022426.01.T01:CDS 30.0%
!!! TAAGGATGTCTTTTTAGGTT+GGG - Chr4:72474947-72474966 MsG0480022426.01.T01:CDS 30.0%
AAGGAAAGTAACAGATGTCA+CGG - Chr4:72475280-72475299 MsG0480022426.01.T01:CDS 35.0%
AAGGTCCTAAATACTTCAAC+AGG - Chr4:72474763-72474782 MsG0480022426.01.T01:CDS 35.0%
AAGTTTCTCGAAAATACCTC+TGG + Chr4:72475194-72475213 None:intergenic 35.0%
AGGCTTCAAAACATTTCTCT+TGG - Chr4:72474972-72474991 MsG0480022426.01.T01:CDS 35.0%
ATATAAGAGAAAATGGGCCT+AGG + Chr4:72474522-72474541 None:intergenic 35.0%
ATCAGTTTAAGGAAGAACTG+GGG - Chr4:72474680-72474699 MsG0480022426.01.T01:CDS 35.0%
ATCATGTTCACTATCCACAA+TGG - Chr4:72475315-72475334 MsG0480022426.01.T01:CDS 35.0%
ATTTCTCTTGGTATAGCGAA+GGG - Chr4:72474984-72475003 MsG0480022426.01.T01:intron 35.0%
CCAAGAGTTCATCAATGAAA+TGG - Chr4:72474792-72474811 MsG0480022426.01.T01:CDS 35.0%
CCATTTCATTGATGAACTCT+TGG + Chr4:72474795-72474814 None:intergenic 35.0%
GATGAAGATGCAAAAGGATT+AGG + Chr4:72475527-72475546 None:intergenic 35.0%
GGAATTGAGTATCTTCATCA+AGG - Chr4:72475005-72475024 MsG0480022426.01.T01:intron 35.0%
GTTCAAATGCTAGAAGGAAA+TGG - Chr4:72475482-72475501 MsG0480022426.01.T01:intron 35.0%
TATCTTCGTTGTTCTCTAGA+AGG + Chr4:72475349-72475368 None:intergenic 35.0%
TTGTCTAGCAATACGTTATG+AGG + Chr4:72475065-72475084 None:intergenic 35.0%
! AAATTCTGCAACGAACCTTT+TGG + Chr4:72474909-72474928 None:intergenic 35.0%
! AAGTATTGTGTCAATGACCA+CGG - Chr4:72475142-72475161 MsG0480022426.01.T01:CDS 35.0%
! GACACATCTTTCAATTTTGC+AGG - Chr4:72474352-72474371 MsG0480022426.01.T01:CDS 35.0%
!! GAGGTATTTTCGAGAAACTT+TGG - Chr4:72475194-72475213 MsG0480022426.01.T01:CDS 35.0%
!!! ATGTCTTTTTAGGTTGGGAT+AGG - Chr4:72474952-72474971 MsG0480022426.01.T01:CDS 35.0%
CATATCGTCTGCAGACAATA+AGG - Chr4:72474929-72474948 MsG0480022426.01.T01:CDS 40.0%
CATTTCTCTTGGTATAGCGA+AGG - Chr4:72474983-72475002 MsG0480022426.01.T01:intron 40.0%
CATTTGAACCACAACCTTCA+TGG + Chr4:72475471-72475490 None:intergenic 40.0%
GAAGATGCAAAAGGATTAGG+TGG + Chr4:72475524-72475543 None:intergenic 40.0%
GTTGCAGATGAAGATGCAAA+AGG + Chr4:72475533-72475552 None:intergenic 40.0%
GTTGTGGTTCAAATGCTAGA+AGG - Chr4:72475476-72475495 MsG0480022426.01.T01:intron 40.0%
TCAAATTCATCACGTCAACG+TGG - Chr4:72474825-72474844 MsG0480022426.01.T01:CDS 40.0%
TTCTTGAAATGGTTGGAGGA+AGG - Chr4:72475261-72475280 MsG0480022426.01.T01:CDS 40.0%
! ATGCTGCTTCTTGAAATGGT+TGG - Chr4:72475254-72475273 MsG0480022426.01.T01:CDS 40.0%
! GCTTTTGGATCTGTCTTCAA+AGG - Chr4:72474709-72474728 MsG0480022426.01.T01:CDS 40.0%
! GTTTGGCATAATGGAAGTGA+AGG - Chr4:72474425-72474444 MsG0480022426.01.T01:CDS 40.0%
! TTTCAAAGCCTCGTCTTGTT+TGG - Chr4:72474408-72474427 MsG0480022426.01.T01:CDS 40.0%
!! TCAGCATAAGAGTATCTGGA+AGG + Chr4:72474643-72474662 None:intergenic 40.0%
!!! TTGGTTGGTTTTTGTGCAGA+CGG - Chr4:72474853-72474872 MsG0480022426.01.T01:CDS 40.0%
AGACGGAAACAAACGAGCAT+TGG - Chr4:72474870-72474889 MsG0480022426.01.T01:CDS 45.0%
CCATTATGCCAAACAAGACG+AGG + Chr4:72474419-72474438 None:intergenic 45.0%
CGAAGTTCAGGTAGCTGTTA+AGG - Chr4:72474744-72474763 MsG0480022426.01.T01:CDS 45.0%
CTGCTTCTTGAAATGGTTGG+AGG - Chr4:72475257-72475276 MsG0480022426.01.T01:CDS 45.0%
GCAAAGAAGCTATCCATCGT+GGG - Chr4:72475407-72475426 MsG0480022426.01.T01:CDS 45.0%
TCTGCAACTGCAACTAGAAC+TGG - Chr4:72475545-72475564 MsG0480022426.01.T01:intron 45.0%
TGAACCACAACCTTCATGGT+CGG + Chr4:72475467-72475486 None:intergenic 45.0%
TGCAAAGAAGCTATCCATCG+TGG - Chr4:72475406-72475425 MsG0480022426.01.T01:CDS 45.0%
TTTAAGGAAGAACTGGGGCA+GGG - Chr4:72474685-72474704 MsG0480022426.01.T01:CDS 45.0%
! TGGGATGCTGCTTCTTGAAA+TGG - Chr4:72475250-72475269 MsG0480022426.01.T01:CDS 45.0%
!! CCTCGTCTTGTTTGGCATAA+TGG - Chr4:72474416-72474435 MsG0480022426.01.T01:CDS 45.0%
!! CGAGGCTTTGAAAAGCATAC+CGG + Chr4:72474401-72474420 None:intergenic 45.0%
AATGCACCAAAGTCCCACGA+TGG + Chr4:72475423-72475442 None:intergenic 50.0%
AGCTATCCATCGTGGGACTT+TGG - Chr4:72475414-72475433 MsG0480022426.01.T01:CDS 50.0%
CTATGTGCAGGTGGAATCCT+AGG - Chr4:72474502-72474521 MsG0480022426.01.T01:CDS 50.0%
GTTTAAGGAAGAACTGGGGC+AGG - Chr4:72474684-72474703 MsG0480022426.01.T01:CDS 50.0%
TGTGAATCGTCCGACCATGA+AGG - Chr4:72475454-72475473 MsG0480022426.01.T01:intron 50.0%
TGTGTCAATGACCACGGCTA+GGG - Chr4:72475148-72475167 MsG0480022426.01.T01:CDS 50.0%
TTCATGGTCGGACGATTCAC+AGG + Chr4:72475455-72475474 None:intergenic 50.0%
TTGTGTCAATGACCACGGCT+AGG - Chr4:72475147-72475166 MsG0480022426.01.T01:CDS 50.0%
! CTGAGATGACATCTAGCTCC+AGG + Chr4:72475586-72475605 None:intergenic 50.0%
! TGGGACTTTGGTGCATTCAG+TGG - Chr4:72475426-72475445 MsG0480022426.01.T01:CDS 50.0%
ACCACGGCTAGGGGAACTTT+GGG - Chr4:72475158-72475177 MsG0480022426.01.T01:CDS 55.0%
GTGTCAATGACCACGGCTAG+GGG - Chr4:72475149-72475168 MsG0480022426.01.T01:CDS 55.0%
TCGTCCGACCATGAAGGTTG+TGG - Chr4:72475460-72475479 MsG0480022426.01.T01:intron 55.0%
TTTGGGCTACATTGCGCCAG+AGG - Chr4:72475175-72475194 MsG0480022426.01.T01:CDS 55.0%
! TGGTGCTAGACGTCTCAACC+TGG - Chr4:72475565-72475584 MsG0480022426.01.T01:CDS 55.0%
GACCACGGCTAGGGGAACTT+TGG - Chr4:72475157-72475176 MsG0480022426.01.T01:CDS 60.0%
GTCAACGTGGCTCGCTTGGT+TGG - Chr4:72474838-72474857 MsG0480022426.01.T01:CDS 60.0%
TCACGTCAACGTGGCTCGCT+TGG - Chr4:72474834-72474853 MsG0480022426.01.T01:CDS 60.0%
! GAACTGGGGCAGGGAGCTTT+TGG - Chr4:72474694-72474713 MsG0480022426.01.T01:CDS 60.0%
GCCCAAAGTTCCCCTAGCCG+TGG + Chr4:72475162-72475181 None:intergenic 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr4 gene 72474346 72475616 72474346 ID=MsG0480022426.01;Name=MsG0480022426.01
Chr4 mRNA 72474346 72475616 72474346 ID=MsG0480022426.01.T01;Parent=MsG0480022426.01;Name=MsG0480022426.01.T01;_AED=0.50;_eAED=0.53;_QI=0|0|0|1|1|1|3|0|351
Chr4 exon 72475562 72475616 72475562 ID=MsG0480022426.01.T01:exon:5234;Parent=MsG0480022426.01.T01
Chr4 exon 72475103 72475450 72475103 ID=MsG0480022426.01.T01:exon:5233;Parent=MsG0480022426.01.T01
Chr4 exon 72474346 72474998 72474346 ID=MsG0480022426.01.T01:exon:5232;Parent=MsG0480022426.01.T01
Chr4 CDS 72475562 72475616 72475562 ID=MsG0480022426.01.T01:cds;Parent=MsG0480022426.01.T01
Chr4 CDS 72475103 72475450 72475103 ID=MsG0480022426.01.T01:cds;Parent=MsG0480022426.01.T01
Chr4 CDS 72474346 72474998 72474346 ID=MsG0480022426.01.T01:cds;Parent=MsG0480022426.01.T01
Gene Sequence

>MsG0480022426.01.T01

ATGAGTGACACATCTTTCAATTTTGCAGGTTTATCAAAAGAGAAAGTAATTGCCGGTGGAATCCTAGGCCCATTTTCTCTTATATTTGTTGGAGTCACAGTATATTGTATCTATGTAGCTTGCATTGAAAGAAAGAATTACATAAGAATCAAAAAGTTTTTGAAGGATTATAAAGCTCTTAAACCTTCCAGATACTCTTATGCTGATATAAAACGAATCTCAAATCAGTTTAAGGAAGAACTGGGGCAGGGAGCTTTTGGATCTGTCTTCAAAGGAAAACTATCAAACGAAGTTCAGGTAGCTGTTAAGGTCCTAAATACTTCAACAGGAAATGGCCAAGAGTTCATCAATGAAATGGAAGCTATGTGTCAAATTCATCACGTCAACGTGGCTCGCTTGGTTGGTTGGGATAGGCTTCAAAACATTTCTCTTGGTATAGCGAAGGGAATTGAGTATCTTCATCAAGGTTGTGATAAACGAATTCTCCATTTTGATATCAAACCTCATAACGTATTGCTAGACAACAATTTCACACCCAAAATTTCTGATTTTGGTTTGGCCAAACTTTGTTCCAAAGAAAGAAGTATTGTGTCAATGACCACGGCTAGGGGAACTTTGGGCTACATTGCGCCAGAGGTATTTTCGAGAAACTTTGGCAATGTATCCTATAAGTCAGATGTTTATAGTTATGGGATGCTGCTTCTTGAAATGGTTGGAGGAAGGAAAGTAACAGATGTCACGGATGAGAATAACAATCATGTTCACTATCCACAATGGATTTATAACCTTCTAGAGAACAACGAAGATATAAAAATCGATATAGAAGGAGAAGAAGACACTAGAATTGCAAAGAAGCTATCCATCGTGGGACTTTGGTGCATTCAGTGGCATCCTGTGAATCGTCCGACCATGAAGGTTGTGGTTCAAATGCTAGAAGGAAATGGTGAGAAGTTAGAGATGCCACCTAATCCTTTTGCATCTTCATCTGCAACTGCAACTAGAACTGGTGCTAGACGTCTCAACCTGGAGCTAGATGTCATCTCAGAAATAGAGTGA
Protein sequence

>MsG0480022426.01.T01

MSDTSFNFAGLSKEKVIAGGILGPFSLIFVGVTVYCIYVACIERKNYIRIKKFLKDYKALKPSRYSYADIKRISNQFKEELGQGAFGSVFKGKLSNEVQVAVKVLNTSTGNGQEFINEMEAMCQIHHVNVARLVGWDRLQNISLGIAKGIEYLHQGCDKRILHFDIKPHNVLLDNNFTPKISDFGLAKLCSKERSIVSMTTARGTLGYIAPEVFSRNFGNVSYKSDVYSYGMLLLEMVGGRKVTDVTDENNNHVHYPQWIYNLLENNEDIKIDIEGEEDTRIAKKLSIVGLWCIQWHPVNRPTMKVVVQMLEGNGEKLEMPPNPFASSSATATRTGARRLNLELDVISEIE*