AlfalfaGEDB | MsG0480022427.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0480022427.01

KEGG: -
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Trembl:

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TFs/TRs:

Gene ID	Type	Classification

Protein Kinases:

Gene ID	Type	Classification

Network:

Co-expression Network

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MsG0480022427.01.T01	AT1G53430	39.130	161	94	3	12	172	717	873	5.47e-27	107
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MsG0480022427.01.T01	AT2G19230	37.333	150	89	2	14	163	618	762	5.98e-27	107
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MsG0480022427.01.T01	AT2G43690	37.654	162	90	4	10	168	382	535	9.24e-27	106
MsG0480022427.01.T01	AT4G29050	39.375	160	90	4	10	168	391	544	9.37e-27	106
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MsG0480022427.01.T01	AT4G20450	39.333	150	87	3	14	163	641	786	1.13e-26	106
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MsG0480022427.01.T01	AT1G68690	37.975	158	90	4	11	167	424	574	1.19e-26	106
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MsG0480022427.01.T01	AT1G51880	36.424	151	92	2	14	164	633	779	1.30e-26	106
MsG0480022427.01.T01	AT1G51880	36.424	151	92	2	14	164	641	787	1.30e-26	106
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MsG0480022427.01.T01	AT2G33170	37.419	155	89	4	11	163	873	1021	1.37e-26	106
MsG0480022427.01.T01	AT1G70520	36.747	166	99	4	12	176	373	533	1.37e-26	106
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MsG0480022427.01.T01	AT1G05700	37.333	150	89	3	14	163	619	763	2.32e-26	105
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Find 30 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 33 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAGTTACATAGAGAATTAT+TGG	0.218840	4:+72478868	MsG0480022427.01.T01:CDS
AAAGCTGATGTTTATAGTTT+TGG	0.238193	4:+72478807	MsG0480022427.01.T01:CDS
AAAATTTACGACATTTCTCT+TGG	0.384173	4:+72478549	MsG0480022427.01.T01:CDS
TTAAAATACTTTGATCTGTT+CGG	0.390638	4:-72478707	None:intergenic
GAAGATATCTGACTTTGGTT+TGG	0.418339	4:+72478674	MsG0480022427.01.T01:CDS
ATTTCTCTTGGAATTTCTCA+TGG	0.424455	4:+72478561	MsG0480022427.01.T01:CDS
GGCAAGACTACTTTGGTCAA+TGG	0.426805	4:+72478889	MsG0480022427.01.T01:CDS
AAACCAAAGTCAGATATCTT+CGG	0.438603	4:-72478672	None:intergenic
GTTTACGAGTTCATGCCTAA+TGG	0.441900	4:+72478465	MsG0480022427.01.T01:CDS
TGGTATGATGCTAATGGAAA+TGG	0.447377	4:+72478827	MsG0480022427.01.T01:CDS
CAAGAGGAACATGGGATACA+TGG	0.454307	4:+72478742	MsG0480022427.01.T01:CDS
TCAATGATGTTTGCAACCAT+TGG	0.461235	4:+72478375	MsG0480022427.01.T01:CDS
TCATGTGAATGTGGTGCAAC+TGG	0.476817	4:+72478407	MsG0480022427.01.T01:CDS
AATTATTGGCAAGACTACTT+TGG	0.478548	4:+72478882	MsG0480022427.01.T01:CDS
AATGGTTTATGATCAATTTG+AGG	0.492097	4:+72478907	MsG0480022427.01.T01:CDS
TCATCAAGAAGAATGTTATG+AGG	0.497447	4:-72478639	None:intergenic
GACCCGAAGATATCTGACTT+TGG	0.498049	4:+72478669	MsG0480022427.01.T01:CDS
AACCAAAGTCAGATATCTTC+GGG	0.503413	4:-72478671	None:intergenic
TGAAAGAACTAAGCAAGCTC+TGG	0.531580	4:+72478443	MsG0480022427.01.T01:CDS
CACATGACGAATTCTTCCAA+TGG	0.534482	4:-72478391	None:intergenic
GGAATTCAATACTTACATCA+AGG	0.539441	4:+72478582	MsG0480022427.01.T01:CDS
TGTTTATCAAGAGAACCATT+AGG	0.556636	4:-72478480	None:intergenic
TAACAGCGGCAAGAGGAACA+TGG	0.563539	4:+72478733	MsG0480022427.01.T01:CDS
TGTTCTTGTATAACAAACTC+AGG	0.575329	4:-72478767	None:intergenic
AGTTTGTTATACAAGAACAT+TGG	0.577498	4:+72478771	MsG0480022427.01.T01:CDS
GTGAATGTGGTGCAACTGGT+TGG	0.593503	4:+72478411	MsG0480022427.01.T01:CDS
TTAACTTTAACAGCGGCAAG+AGG	0.609663	4:+72478726	MsG0480022427.01.T01:CDS
AACAGCGGCAAGAGGAACAT+GGG	0.627770	4:+72478734	MsG0480022427.01.T01:CDS
AAGAATTCGTCATGTGAATG+TGG	0.677775	4:+72478398	MsG0480022427.01.T01:CDS
ATGATGCTAATGGAAATGGC+AGG	0.726746	4:+72478831	MsG0480022427.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
!!	AAAGTTACATAGAGAATTAT+TGG	+	Chr4:72478868-72478887	MsG0480022427.01.T01:CDS	20.0%
!!	TTAAAATACTTTGATCTGTT+CGG	-	Chr4:72478710-72478729	None:intergenic	20.0%
!!!	AAGTATTTTAACTTTAACAG+CGG	+	Chr4:72478719-72478738	MsG0480022427.01.T01:CDS	20.0%
!	AAAATTTACGACATTTCTCT+TGG	+	Chr4:72478549-72478568	MsG0480022427.01.T01:CDS	25.0%
!	AATGGTTTATGATCAATTTG+AGG	+	Chr4:72478907-72478926	MsG0480022427.01.T01:CDS	25.0%
!!	AAAGCTGATGTTTATAGTTT+TGG	+	Chr4:72478807-72478826	MsG0480022427.01.T01:CDS	25.0%
!!!	AGTTTGTTATACAAGAACAT+TGG	+	Chr4:72478771-72478790	MsG0480022427.01.T01:CDS	25.0%
	AAACCAAAGTCAGATATCTT+CGG	-	Chr4:72478675-72478694	None:intergenic	30.0%
	AATTATTGGCAAGACTACTT+TGG	+	Chr4:72478882-72478901	MsG0480022427.01.T01:CDS	30.0%
	ATTTCTCTTGGAATTTCTCA+TGG	+	Chr4:72478561-72478580	MsG0480022427.01.T01:CDS	30.0%
	GGAATTCAATACTTACATCA+AGG	+	Chr4:72478582-72478601	MsG0480022427.01.T01:CDS	30.0%
	TCATCAAGAAGAATGTTATG+AGG	-	Chr4:72478642-72478661	None:intergenic	30.0%
	TGTTCTTGTATAACAAACTC+AGG	-	Chr4:72478770-72478789	None:intergenic	30.0%
	TGTTTATCAAGAGAACCATT+AGG	-	Chr4:72478483-72478502	None:intergenic	30.0%
!!!	TAGTTTTGGTATGATGCTAA+TGG	+	Chr4:72478821-72478840	MsG0480022427.01.T01:CDS	30.0%
	AACCAAAGTCAGATATCTTC+GGG	-	Chr4:72478674-72478693	None:intergenic	35.0%
	AAGAATTCGTCATGTGAATG+TGG	+	Chr4:72478398-72478417	MsG0480022427.01.T01:CDS	35.0%
	GAAGATATCTGACTTTGGTT+TGG	+	Chr4:72478674-72478693	MsG0480022427.01.T01:CDS	35.0%
	TCAATGATGTTTGCAACCAT+TGG	+	Chr4:72478375-72478394	MsG0480022427.01.T01:CDS	35.0%
	TGGTATGATGCTAATGGAAA+TGG	+	Chr4:72478827-72478846	MsG0480022427.01.T01:CDS	35.0%
	ATGATGCTAATGGAAATGGC+AGG	+	Chr4:72478831-72478850	MsG0480022427.01.T01:CDS	40.0%
	CACATGACGAATTCTTCCAA+TGG	-	Chr4:72478394-72478413	None:intergenic	40.0%
	GTTTACGAGTTCATGCCTAA+TGG	+	Chr4:72478465-72478484	MsG0480022427.01.T01:CDS	40.0%
	TGAAAGAACTAAGCAAGCTC+TGG	+	Chr4:72478443-72478462	MsG0480022427.01.T01:CDS	40.0%
	TTAACTTTAACAGCGGCAAG+AGG	+	Chr4:72478726-72478745	MsG0480022427.01.T01:CDS	40.0%
	CAAGAGGAACATGGGATACA+TGG	+	Chr4:72478742-72478761	MsG0480022427.01.T01:CDS	45.0%
	GACCCGAAGATATCTGACTT+TGG	+	Chr4:72478669-72478688	MsG0480022427.01.T01:CDS	45.0%
	GGCAAGACTACTTTGGTCAA+TGG	+	Chr4:72478889-72478908	MsG0480022427.01.T01:CDS	45.0%
	TCATGTGAATGTGGTGCAAC+TGG	+	Chr4:72478407-72478426	MsG0480022427.01.T01:CDS	45.0%
!	CACACGTTTTCACAAGAGCA+AGG	+	Chr4:72478501-72478520	MsG0480022427.01.T01:CDS	45.0%
	AACAGCGGCAAGAGGAACAT+GGG	+	Chr4:72478734-72478753	MsG0480022427.01.T01:CDS	50.0%
	GTGAATGTGGTGCAACTGGT+TGG	+	Chr4:72478411-72478430	MsG0480022427.01.T01:CDS	50.0%
	TAACAGCGGCAAGAGGAACA+TGG	+	Chr4:72478733-72478752	MsG0480022427.01.T01:CDS	50.0%

Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
Chr4	gene	72478360	72478938	72478360	ID=MsG0480022427.01;Name=MsG0480022427.01
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Chr4	exon	72478360	72478938	72478360	ID=MsG0480022427.01.T01:exon:10929;Parent=MsG0480022427.01.T01
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Gene Sequence

>MsG0480022427.01.T01

ATGGACAAGACTTCATCAATGATGTTTGCAACCATTGGAAGAATTCGTCATGTGAATGTGGTGCAACTGGTTGGATTTTGTGCTGAAAGAACTAAGCAAGCTCTGGTTTACGAGTTCATGCCTAATGGTTCTCTTGATAAACACACGTTTTCACAAGAGCAAGGACACTTGTCGTCGTTAAGCTATGAGAAAATTTACGACATTTCTCTTGGAATTTCTCATGGAATTCAATACTTACATCAAGGTTGTGACATGCAAATTATACACTTTGATATAAAACCTCATAACATTCTTCTTGATGAGAATTTTGACCCGAAGATATCTGACTTTGGTTTGGCAAAGTTGTACCGAACAGATCAAAGTATTTTAACTTTAACAGCGGCAAGAGGAACATGGGATACATGGCTCCTGAGTTTGTTATACAAGAACATTGGAAGTATCTCTCACAAAGCTGATGTTTATAGTTTTGGTATGATGCTAATGGAAATGGCAGGTAGAAAAAAGAACAAAAGTTACATAGAGAATTATTGGCAAGACTACTTTGGTCAATGGTTTATGATCAATTTGAGGAAACAATAG

Protein sequence

>MsG0480022427.01.T01

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