AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580028915.01

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MsG0580028915.01.T01 AT1G63130 34.007 297 190 2 94 385 324 619 4.25e-51 183
MsG0580028915.01.T01 AT1G63130 31.208 298 202 1 157 451 72 369 1.57e-45 168
MsG0580028915.01.T01 AT1G63130 31.673 281 189 2 181 458 61 341 2.95e-42 159
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MsG0580028915.01.T01 AT1G12620 31.541 279 188 2 183 458 54 332 2.13e-37 145
MsG0580028915.01.T01 AT1G12620 25.610 328 243 1 22 349 279 605 3.09e-35 139
MsG0580028915.01.T01 AT1G12620 29.434 265 172 4 201 450 25 289 3.90e-26 112
MsG0580028915.01.T01 AT1G12620 24.138 232 174 2 24 255 386 615 1.90e-15 79.3
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MsG0580028915.01.T01 AT3G22470 32.234 394 215 4 78 426 129 515 2.38e-63 216
MsG0580028915.01.T01 AT3G22470 35.404 322 196 2 102 423 88 397 4.48e-59 204
MsG0580028915.01.T01 AT3G22470 31.594 345 226 1 87 421 201 545 2.45e-57 199
MsG0580028915.01.T01 AT3G22470 32.394 355 232 3 108 458 50 400 1.53e-56 197
MsG0580028915.01.T01 AT3G22470 31.940 335 218 1 95 419 244 578 4.66e-55 193
MsG0580028915.01.T01 AT3G22470 30.657 274 180 1 86 349 305 578 6.14e-40 152
MsG0580028915.01.T01 AT3G22470 28.060 335 203 2 155 451 24 358 4.20e-37 144
MsG0580028915.01.T01 AT3G22470 29.808 208 136 1 82 279 371 578 1.47e-24 107
MsG0580028915.01.T01 AT2G32630 30.303 429 289 7 29 451 158 582 1.87e-63 216
MsG0580028915.01.T01 AT2G32630 34.014 294 188 2 61 348 323 616 1.73e-50 181
MsG0580028915.01.T01 AT2G32630 29.878 328 230 0 91 418 289 616 1.76e-46 170
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MsG0580028915.01.T01 AT5G14770 32.898 383 247 3 79 458 181 556 1.09e-56 202
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MsG0580028915.01.T01 AT1G11710 27.273 209 146 2 248 450 131 339 2.15e-17 85.5
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MsG0580028915.01.T01 AT1G77340 33.101 287 189 2 88 374 114 397 1.31e-43 158
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MsG0580028915.01.T01 AT5G02860 29.577 284 194 5 172 450 179 461 3.68e-33 133
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MsG0580028915.01.T01 AT5G02860 26.341 410 258 5 82 450 300 706 3.13e-41 157
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MsG0580028915.01.T01 AT3G18110 22.188 329 256 0 98 426 754 1082 1.68e-25 110
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MsG0580028915.01.T01 AT3G18110 28.767 219 150 3 239 451 228 446 8.61e-24 105
MsG0580028915.01.T01 AT3G18110 21.184 321 253 0 86 406 847 1167 2.84e-23 103
MsG0580028915.01.T01 AT3G18110 23.975 317 232 5 82 395 353 663 8.86e-23 102
MsG0580028915.01.T01 AT3G18110 22.263 274 209 1 82 355 878 1147 1.51e-17 86.3
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MsG0580028915.01.T01 AT4G01400 27.097 310 222 3 50 356 107 415 5.50e-36 139
MsG0580028915.01.T01 AT4G01400 29.057 265 185 2 162 425 117 379 2.18e-31 126
MsG0580028915.01.T01 AT4G01400 26.154 325 235 1 12 331 101 425 2.38e-31 125
MsG0580028915.01.T01 AT4G01400 24.516 310 233 1 91 399 114 423 2.23e-30 123
MsG0580028915.01.T01 AT4G01400 28.390 236 168 1 66 300 195 430 7.11e-28 115
MsG0580028915.01.T01 AT4G01400 27.509 269 191 2 186 450 104 372 9.54e-27 112
MsG0580028915.01.T01 AT2G17670 30.597 268 181 3 93 355 82 349 6.70e-37 139
MsG0580028915.01.T01 AT2G17670 26.644 289 206 4 143 425 61 349 4.75e-31 123
MsG0580028915.01.T01 AT2G17670 34.940 166 107 1 86 250 184 349 1.24e-25 107
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MsG0580028915.01.T01 AT5G25630 24.521 261 147 5 205 420 49 304 3.03e-19 90.9
MsG0580028915.01.T01 AT5G25630 26.842 190 136 1 242 428 51 240 4.38e-18 87.4
MsG0580028915.01.T01 AT5G25630 27.149 221 151 3 84 295 305 524 2.95e-14 75.5
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MsG0580028915.01.T01 AT5G18950 24.865 185 136 1 65 246 284 468 3.48e-21 96.3
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MsG0580028915.01.T01 AT5G62370 23.839 323 241 2 86 406 642 961 3.29e-27 115
MsG0580028915.01.T01 AT5G62370 25.381 394 257 6 93 451 234 625 8.75e-27 114
MsG0580028915.01.T01 AT5G62370 28.022 182 126 2 124 304 787 964 1.01e-14 77.4
MsG0580028915.01.T01 AT5G62370 24.468 282 206 4 180 455 74 354 1.88e-13 73.6
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MsG0580028915.01.T01 AT3G53170 25.180 278 201 3 94 367 213 487 2.42e-18 87.8
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MsG0580028915.01.T01 AT1G10910 24.204 314 237 1 106 418 141 454 1.16e-27 116
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MsG0580028915.01.T01 AT3G59040 25.000 272 197 3 94 363 252 518 2.26e-28 118
MsG0580028915.01.T01 AT3G59040 29.143 175 120 2 86 258 346 518 2.59e-16 82.0
MsG0580028915.01.T01 AT5G06400 27.586 348 239 4 55 400 682 1018 2.11e-29 122
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MsG0580028915.01.T01 AT5G06400 24.926 337 250 2 91 425 673 1008 1.01e-22 102
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MsG0580028915.01.T01 AT5G06400 26.515 264 191 3 168 429 715 977 2.70e-20 94.7
MsG0580028915.01.T01 AT5G06400 22.991 448 289 15 27 429 331 767 9.95e-17 83.6
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MsG0580028915.01.T01 AT2G35030 25.137 366 220 11 91 425 71 413 4.87e-29 120
MsG0580028915.01.T01 AT2G35030 24.661 369 237 12 95 451 139 478 5.16e-28 117
MsG0580028915.01.T01 AT2G35030 26.087 230 158 5 99 324 267 488 3.38e-18 87.8
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MsG0580028915.01.T01 AT5G15280 25.726 241 169 3 188 423 205 440 9.78e-15 77.4
MsG0580028915.01.T01 AT5G15280 24.324 259 189 2 168 425 741 993 3.76e-13 72.4
MsG0580028915.01.T01 AT5G15280 22.180 266 173 2 85 316 933 1198 2.16e-12 70.1
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MsG0580028915.01.T01 AT2G44880 24.274 379 236 11 82 427 36 396 1.24e-24 107
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MsG0580028915.01.T01 AT1G73710 20.776 361 256 4 81 431 125 465 9.97e-21 96.3
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MsG0580028915.01.T01 AT1G73710 21.330 436 305 7 21 421 511 943 4.64e-19 90.9
MsG0580028915.01.T01 AT1G73710 24.510 306 224 5 120 419 254 558 1.97e-18 89.0
MsG0580028915.01.T01 AT1G73710 21.910 356 267 6 101 449 450 801 8.76e-18 87.0
MsG0580028915.01.T01 AT1G73710 21.387 346 261 6 26 367 621 959 5.81e-11 65.5
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MsG0580028915.01.T01 AT1G80880 24.465 327 235 5 101 423 194 512 3.83e-23 102
MsG0580028915.01.T01 AT1G80880 24.265 272 174 4 27 267 226 496 1.11e-15 79.7
MsG0580028915.01.T01 AT1G80880 24.465 327 235 5 101 423 194 512 3.83e-23 102
MsG0580028915.01.T01 AT1G80880 24.265 272 174 4 27 267 226 496 1.11e-15 79.7
MsG0580028915.01.T01 AT5G27270 23.810 357 262 5 73 423 162 514 4.05e-23 103
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MsG0580028915.01.T01 AT1G11900 26.220 164 120 1 236 398 177 340 6.86e-12 67.4
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MsG0580028915.01.T01 AT2G42920 21.543 311 228 5 95 402 88 385 1.77e-15 79.3
MsG0580028915.01.T01 AT2G42920 23.077 208 152 3 84 290 246 446 1.49e-11 67.0
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MsG0580028915.01.T01 AT1G31430 25.182 413 230 9 54 402 45 442 1.56e-20 94.7
MsG0580028915.01.T01 AT1G31430 24.296 284 206 3 87 369 204 479 4.46e-19 90.5
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MsG0580028915.01.T01 AT4G21300 22.333 300 194 3 95 363 172 463 3.13e-16 82.0
MsG0580028915.01.T01 AT4G21300 22.257 319 219 7 25 332 406 706 2.21e-15 79.3
MsG0580028915.01.T01 AT4G21300 18.310 355 243 4 99 418 106 448 9.47e-13 71.2
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MsG0580028915.01.T01 AT3G61170 22.472 356 259 7 82 435 180 520 6.71e-17 84.0
MsG0580028915.01.T01 AT4G19191 22.704 392 254 7 91 443 183 564 1.29e-20 95.5
MsG0580028915.01.T01 AT4G19191 24.202 376 264 8 54 426 51 408 5.14e-19 90.5
MsG0580028915.01.T01 AT3G49740 26.994 326 217 11 87 405 412 723 1.49e-20 95.5
MsG0580028915.01.T01 AT3G49740 20.343 408 254 11 107 451 200 599 6.58e-13 71.6
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MsG0580028915.01.T01 AT3G50420 22.118 321 222 8 21 331 362 664 7.98e-15 77.4
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MsG0580028915.01.T01 AT2G29760 21.975 314 217 8 95 406 266 553 1.11e-17 86.3
MsG0580028915.01.T01 AT2G29760 20.937 363 264 7 95 451 165 510 3.39e-16 81.6
MsG0580028915.01.T01 AT2G29760 24.138 261 154 4 90 349 394 611 1.84e-12 70.1
MsG0580028915.01.T01 AT3G20730 23.614 415 232 11 91 434 43 443 3.61e-18 87.8
MsG0580028915.01.T01 AT3G20730 21.083 351 261 7 95 441 148 486 4.27e-15 78.2
MsG0580028915.01.T01 AT3G20730 23.810 315 221 9 87 395 241 542 1.96e-13 72.8
MsG0580028915.01.T01 AT4G21065 23.432 303 183 6 87 387 14 269 5.10e-18 86.7
MsG0580028915.01.T01 AT4G21065 24.460 278 195 9 74 347 67 333 1.86e-13 72.8
MsG0580028915.01.T01 AT4G21065 23.577 246 148 5 215 427 37 275 3.40e-13 72.0
MsG0580028915.01.T01 AT3G18970 25.868 317 208 9 102 402 153 458 5.14e-18 86.7
MsG0580028915.01.T01 AT3G18970 24.815 270 180 7 170 428 151 408 3.05e-14 75.1
MsG0580028915.01.T01 AT1G31920 23.148 324 209 8 129 419 95 411 5.44e-18 87.0
MsG0580028915.01.T01 AT1G31920 22.126 348 219 9 83 392 119 452 3.53e-14 75.5
MsG0580028915.01.T01 AT5G46460 22.195 401 233 9 86 424 56 439 5.60e-18 87.4
MsG0580028915.01.T01 AT5G46460 22.381 210 157 2 160 367 285 490 8.86e-12 67.8
MsG0580028915.01.T01 AT5G27270 23.871 310 233 3 115 423 2 309 7.28e-18 87.0
MsG0580028915.01.T01 AT5G27270 22.865 363 244 4 100 427 434 795 1.27e-16 83.2
MsG0580028915.01.T01 AT5G27270 23.288 292 222 2 80 370 518 808 3.23e-14 75.9
MsG0580028915.01.T01 AT5G27270 20.902 244 193 0 185 428 2 245 7.00e-12 68.2
MsG0580028915.01.T01 AT5G27270 22.000 300 225 5 78 373 70 364 5.00e-11 65.5

Find 89 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 116 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TGCTTTGATTATTGCTTATA+CGG 0.219427 5:-88593936 MsG0580028915.01.T01:CDS
GCTTCATGCAATGATTAATA+TGG 0.255742 5:-88592829 MsG0580028915.01.T01:CDS
GGGTTGGAATGGTTTGAATA+AGG 0.269701 5:+88593987 None:intergenic
GCTTTCACTGCACTAATATC+TGG 0.319377 5:-88593101 MsG0580028915.01.T01:CDS
AATCACTTTCACTACTCTAA+TGG 0.335352 5:-88593210 MsG0580028915.01.T01:CDS
CCTTGATCAATGGACTTTGC+AGG 0.336395 5:-88593301 MsG0580028915.01.T01:CDS
ATATTAAATGTAATATCATT+TGG 0.356913 5:+88592798 None:intergenic
ACTTATAGTGCTTTGATCAA+TGG 0.362871 5:-88593521 MsG0580028915.01.T01:CDS
ATGGTATATGTTGGATCATC+AGG 0.364153 5:+88593008 None:intergenic
TAAACATGGGAAGATTGATT+TGG 0.383401 5:-88593387 MsG0580028915.01.T01:CDS
GGTTGGAATGGTTTGAATAA+GGG 0.383574 5:+88593988 None:intergenic
TGCAATTCAGTGTTTAAGAT+TGG 0.389709 5:-88593894 MsG0580028915.01.T01:CDS
CAAGAACAGAATGGCGATGA+TGG 0.401626 5:+88593966 None:intergenic
ACTTATAATGCCTTGATCAA+TGG 0.402661 5:-88593311 MsG0580028915.01.T01:CDS
CTGCATCTCCTTTAGTAACT+TGG 0.407501 5:+88592941 None:intergenic
AAGATATTTAATGATGAGAA+AGG 0.408043 5:-88592732 MsG0580028915.01.T01:CDS
TAAGAAAGGTGATGTTAAGA+TGG 0.413848 5:-88592967 MsG0580028915.01.T01:CDS
TTGCAGGAGTGGAGATTTGA+AGG 0.427682 5:-88593285 MsG0580028915.01.T01:CDS
ATGGATTGTGTAAGGAGAGT+AGG 0.433220 5:-88593502 MsG0580028915.01.T01:CDS
GTAGTAAAAGTAACACCATT+AGG 0.439271 5:+88593428 None:intergenic
CTTCATGCAATGATTAATAT+GGG 0.444551 5:-88592828 MsG0580028915.01.T01:CDS
GGATTCTGCATTGGAAATCA+AGG 0.448515 5:-88593162 MsG0580028915.01.T01:CDS
GTGGAGATTTGAAGGAGGCT+AGG 0.452977 5:-88593277 MsG0580028915.01.T01:CDS
TAAGGAGAGTAGGGTGGATG+AGG 0.458420 5:-88593492 MsG0580028915.01.T01:CDS
TAGAAGTAAGAATGTGGAGG+AGG 0.460858 5:-88593597 MsG0580028915.01.T01:CDS
ATCAATGGACTTTGCAGGAG+TGG 0.463595 5:-88593296 MsG0580028915.01.T01:CDS
GAGATGGGGTTGGTTCCTAA+TGG 0.470711 5:-88593443 MsG0580028915.01.T01:CDS
TTTGATGAAATGTGTGAGAT+GGG 0.471697 5:-88593458 MsG0580028915.01.T01:CDS
TGGATTGTGTAAGGAGAGTA+GGG 0.472437 5:-88593501 MsG0580028915.01.T01:CDS
GAATGATCGGGGTGTTAGAC+CGG 0.480249 5:-88593342 MsG0580028915.01.T01:CDS
TCAATAACCATGGTATATGT+TGG 0.480911 5:+88592999 None:intergenic
GTTCGATGAAATTCCTAGAC+GGG 0.481038 5:-88593669 MsG0580028915.01.T01:CDS
ATGTTGTAAGGATGGAGATA+TGG 0.484019 5:-88593183 MsG0580028915.01.T01:CDS
GCAGCGTGATGGACGTGTAC+CGG 0.497711 5:-88592922 MsG0580028915.01.T01:CDS
ATCAACAGCCTGGACATTGT+TGG 0.500245 5:-88593802 MsG0580028915.01.T01:CDS
AGAAGTAAGAATGTGGAGGA+GGG 0.500878 5:-88593596 MsG0580028915.01.T01:CDS
TTTGATCAATGGATTGTGTA+AGG 0.503110 5:-88593510 MsG0580028915.01.T01:CDS
CTAGATGGTCATTGCAAGCA+TGG 0.510593 5:-88592771 MsG0580028915.01.T01:CDS
CAGCGTGATGGACGTGTACC+GGG 0.510771 5:-88592921 MsG0580028915.01.T01:CDS
ATTGGAAATCAAGGATAGAA+TGG 0.521844 5:-88593153 MsG0580028915.01.T01:CDS
TTGAATGAAATGATTGGGAA+TGG 0.522628 5:-88593248 MsG0580028915.01.T01:CDS
AGATACTCACAACCACGAAC+CGG 0.523119 5:+88593848 None:intergenic
GTTTGATGAAATGTGTGAGA+TGG 0.524110 5:-88593459 MsG0580028915.01.T01:CDS
AATCAAGGATAGAATGGTTG+AGG 0.525857 5:-88593147 MsG0580028915.01.T01:CDS
CTCACAACCACGAACCGGAA+TGG 0.526610 5:+88593853 None:intergenic
GCATTATAAGTAATCAAATC+CGG 0.529845 5:+88593323 None:intergenic
TCTAATGGATGGATGTTGTA+AGG 0.531164 5:-88593195 MsG0580028915.01.T01:CDS
TGGAGATATGGATTCTGCAT+TGG 0.532119 5:-88593171 MsG0580028915.01.T01:CDS
AAGGATAGAATGGTTGAGGA+GGG 0.532789 5:-88593143 MsG0580028915.01.T01:CDS
TGCAATGATTAATATGGGAG+TGG 0.536189 5:-88592823 MsG0580028915.01.T01:CDS
CCTGCAAAGTCCATTGATCA+AGG 0.536558 5:+88593301 None:intergenic
TACGGATTCTGAATTCATTG+AGG 0.538785 5:-88593918 MsG0580028915.01.T01:CDS
ACTTATAATGCGCTGATGAA+CGG 0.539072 5:-88592891 MsG0580028915.01.T01:CDS
AAGAAAGGTGATGTTAAGAT+GGG 0.543963 5:-88592966 MsG0580028915.01.T01:CDS
ATGGATGGATGTTGTAAGGA+TGG 0.548043 5:-88593191 MsG0580028915.01.T01:CDS
CGATGCGGAAAAGATGTTGA+GGG 0.556906 5:-88593054 MsG0580028915.01.T01:CDS
ACTTTCACTACTCTAATGGA+TGG 0.559291 5:-88593206 MsG0580028915.01.T01:CDS
GATGGGAGCCAAGTTACTAA+AGG 0.559915 5:-88592949 MsG0580028915.01.T01:CDS
ACAGAATGGCGATGATGGGT+TGG 0.560551 5:+88593971 None:intergenic
AAGAACAGAATGGCGATGAT+GGG 0.569061 5:+88593967 None:intergenic
TAAAACTGCCAACAATGTCC+AGG 0.573812 5:+88593794 None:intergenic
TTGAGGGATATGTTGAGTGC+TGG 0.575496 5:-88593038 MsG0580028915.01.T01:CDS
ATTGATGGGCAGTGTAAACA+TGG 0.583679 5:-88593401 MsG0580028915.01.T01:CDS
TGAGTGAAGTTGAAGAATGA+TGG 0.585915 5:+88594017 None:intergenic
CAAGGATAGAATGGTTGAGG+AGG 0.589527 5:-88593144 MsG0580028915.01.T01:CDS
GCATTATAAGTGACAACTCC+CGG 0.589761 5:+88592903 None:intergenic
TGAAATGTGTGAGATGGGGT+TGG 0.590285 5:-88593453 MsG0580028915.01.T01:CDS
CTCGGACACAAACCCCGTCT+AGG 0.594960 5:+88593656 None:intergenic
TTGTAGAAGTAAGAATGTGG+AGG 0.596621 5:-88593600 MsG0580028915.01.T01:CDS
CTAAAGGAGATGCAGCGTGA+TGG 0.600204 5:-88592933 MsG0580028915.01.T01:CDS
GTATTGTAGAAGTAAGAATG+TGG 0.605137 5:-88593603 MsG0580028915.01.T01:CDS
ATATCTGGACTTTGTAGAGA+CGG 0.605886 5:-88593086 MsG0580028915.01.T01:CDS
ACGATGCGGAAAAGATGTTG+AGG 0.608054 5:-88593055 MsG0580028915.01.T01:CDS
ATGAAGTTGAATCAACAGCC+TGG 0.613530 5:-88593812 MsG0580028915.01.T01:CDS
TTGATGAAATGTGTGAGATG+GGG 0.614596 5:-88593457 MsG0580028915.01.T01:CDS
TTTCAGATTATGAATGATCG+GGG 0.621905 5:-88593353 MsG0580028915.01.T01:CDS
GTATTAAAACTTACAACACT+CGG 0.624501 5:+88593638 None:intergenic
TGTTCGATGAAATTCCTAGA+CGG 0.632469 5:-88593670 MsG0580028915.01.T01:CDS
TTGGTGATGTTATGAATGCA+CGG 0.639303 5:-88593697 MsG0580028915.01.T01:CDS
ATGGCGATGATGGGTTGGAA+TGG 0.641178 5:+88593976 None:intergenic
ACAAAAGCAATCAATAACCA+TGG 0.642450 5:+88592989 None:intergenic
CAGGAGTGGAGATTTGAAGG+AGG 0.643775 5:-88593282 MsG0580028915.01.T01:CDS
TGATGATCCAACATATACCA+TGG 0.652598 5:-88593006 MsG0580028915.01.T01:CDS
TTCGATGAAATTCCTAGACG+GGG 0.653022 5:-88593668 MsG0580028915.01.T01:CDS
TGATGTTATGAATGCACGGA+TGG 0.659500 5:-88593693 MsG0580028915.01.T01:CDS
AGGATAGAATGGTTGAGGAG+GGG 0.680625 5:-88593142 MsG0580028915.01.T01:CDS
AGACGGAAGAGTTCACGATG+CGG 0.694555 5:-88593069 MsG0580028915.01.T01:CDS
ATTGTGTAAGGAGAGTAGGG+TGG 0.703648 5:-88593498 MsG0580028915.01.T01:CDS
TTGATGGGCAGTGTAAACAT+GGG 0.817828 5:-88593400 MsG0580028915.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ATATTAAATGTAATATCATT+TGG + Chr5:88593880-88593899 None:intergenic 10.0%
!! ATGTTAAAAAGATAAACATT+TGG + Chr5:88592935-88592954 None:intergenic 15.0%
!!! ACATTTAATATTTTACTAGA+TGG - Chr5:88593889-88593908 MsG0580028915.01.T01:CDS 15.0%
!! AAGATATTTAATGATGAGAA+AGG - Chr5:88593943-88593962 MsG0580028915.01.T01:CDS 20.0%
!! TTAAAAAGATAAACATTTGG+CGG + Chr5:88592932-88592951 None:intergenic 20.0%
!!! AGTTTTAATACTTTGATAAG+TGG - Chr5:88593049-88593068 MsG0580028915.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATTTTCAGATTATGAATGAT+CGG - Chr5:88593320-88593339 MsG0580028915.01.T01:CDS 20.0%
!!! GTTTTAATACTTTGATAAGT+GGG - Chr5:88593050-88593069 MsG0580028915.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTTTTAACATTTTGATGCAT+GGG - Chr5:88592945-88592964 MsG0580028915.01.T01:CDS 20.0%
! CTTCATGCAATGATTAATAT+GGG - Chr5:88593847-88593866 MsG0580028915.01.T01:CDS 25.0%
! GCATTATAAGTAATCAAATC+CGG + Chr5:88593355-88593374 None:intergenic 25.0%
! GTATTAAAACTTACAACACT+CGG + Chr5:88593040-88593059 None:intergenic 25.0%
! TGCTTTGATTATTGCTTATA+CGG - Chr5:88592739-88592758 MsG0580028915.01.T01:CDS 25.0%
!! AAAGAATAACTTTTCCATTC+CGG - Chr5:88592808-88592827 MsG0580028915.01.T01:CDS 25.0%
!! AAGCTTTTGAATGAAATGAT+TGG - Chr5:88593421-88593440 MsG0580028915.01.T01:CDS 25.0%
!! ACTTTTACTACTTTGATTGA+TGG - Chr5:88593259-88593278 MsG0580028915.01.T01:CDS 25.0%
!! AGCTTTTGAATGAAATGATT+GGG - Chr5:88593422-88593441 MsG0580028915.01.T01:CDS 25.0%
!! CTTTTACTACTTTGATTGAT+GGG - Chr5:88593260-88593279 MsG0580028915.01.T01:CDS 25.0%
!! TTTTCAGATTATGAATGATC+GGG - Chr5:88593321-88593340 MsG0580028915.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATTGATTGCTTTTGTAAGAA+AGG - Chr5:88593694-88593713 MsG0580028915.01.T01:CDS 25.0%
!!! CTTTTTAACATTTTGATGCA+TGG - Chr5:88592944-88592963 MsG0580028915.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTTGTGTTAAAGAGTGTTA+TGG - Chr5:88593102-88593121 MsG0580028915.01.T01:CDS 25.0%
AAGAAAGGTGATGTTAAGAT+GGG - Chr5:88593709-88593728 MsG0580028915.01.T01:CDS 30.0%
AATCACTTTCACTACTCTAA+TGG - Chr5:88593465-88593484 MsG0580028915.01.T01:CDS 30.0%
ACAAAAGCAATCAATAACCA+TGG + Chr5:88593689-88593708 None:intergenic 30.0%
ACTTATAATGCCTTGATCAA+TGG - Chr5:88593364-88593383 MsG0580028915.01.T01:CDS 30.0%
ACTTATAGTGCTTTGATCAA+TGG - Chr5:88593154-88593173 MsG0580028915.01.T01:CDS 30.0%
ATTGGAAATCAAGGATAGAA+TGG - Chr5:88593522-88593541 MsG0580028915.01.T01:CDS 30.0%
CATCAAAAACAAGAACAGAA+TGG + Chr5:88592721-88592740 None:intergenic 30.0%
GCACTATAAGTAAAAACATC+AGG + Chr5:88593145-88593164 None:intergenic 30.0%
GCTTCATGCAATGATTAATA+TGG - Chr5:88593846-88593865 MsG0580028915.01.T01:CDS 30.0%
GTAGTAAAAGTAACACCATT+AGG + Chr5:88593250-88593269 None:intergenic 30.0%
GTATTGTAGAAGTAAGAATG+TGG - Chr5:88593072-88593091 MsG0580028915.01.T01:CDS 30.0%
TAAACATGGGAAGATTGATT+TGG - Chr5:88593288-88593307 MsG0580028915.01.T01:CDS 30.0%
TAAGAAAGGTGATGTTAAGA+TGG - Chr5:88593708-88593727 MsG0580028915.01.T01:CDS 30.0%
TCAATAACCATGGTATATGT+TGG + Chr5:88593679-88593698 None:intergenic 30.0%
TTGAATGAAATGATTGGGAA+TGG - Chr5:88593427-88593446 MsG0580028915.01.T01:CDS 30.0%
TTTCAGATTATGAATGATCG+GGG - Chr5:88593322-88593341 MsG0580028915.01.T01:CDS 30.0%
TTTGATGAAATGTGTGAGAT+GGG - Chr5:88593217-88593236 MsG0580028915.01.T01:CDS 30.0%
! ATGAACGGTTTTTGTAAACA+AGG - Chr5:88593799-88593818 MsG0580028915.01.T01:CDS 30.0%
! GTAGTGAAAGTGATTTTATC+TGG + Chr5:88593460-88593479 None:intergenic 30.0%
! TGCAATTCAGTGTTTAAGAT+TGG - Chr5:88592781-88592800 MsG0580028915.01.T01:CDS 30.0%
!! ATGCATGGGTTTTGTAAAAT+TGG - Chr5:88592959-88592978 MsG0580028915.01.T01:CDS 30.0%
!! TTTGATCAATGGATTGTGTA+AGG - Chr5:88593165-88593184 MsG0580028915.01.T01:CDS 30.0%
AATCAAGGATAGAATGGTTG+AGG - Chr5:88593528-88593547 MsG0580028915.01.T01:CDS 35.0%
ACTTTCACTACTCTAATGGA+TGG - Chr5:88593469-88593488 MsG0580028915.01.T01:CDS 35.0%
ATATCTGGACTTTGTAGAGA+CGG - Chr5:88593589-88593608 MsG0580028915.01.T01:CDS 35.0%
ATGGTATATGTTGGATCATC+AGG + Chr5:88593670-88593689 None:intergenic 35.0%
ATGTTGTAAGGATGGAGATA+TGG - Chr5:88593492-88593511 MsG0580028915.01.T01:CDS 35.0%
GGTTGGAATGGTTTGAATAA+GGG + Chr5:88592690-88592709 None:intergenic 35.0%
GTTTGATGAAATGTGTGAGA+TGG - Chr5:88593216-88593235 MsG0580028915.01.T01:CDS 35.0%
TACGGATTCTGAATTCATTG+AGG - Chr5:88592757-88592776 MsG0580028915.01.T01:CDS 35.0%
TGAGTGAAGTTGAAGAATGA+TGG + Chr5:88592661-88592680 None:intergenic 35.0%
TGATGATCCAACATATACCA+TGG - Chr5:88593669-88593688 MsG0580028915.01.T01:CDS 35.0%
TGCAATGATTAATATGGGAG+TGG - Chr5:88593852-88593871 MsG0580028915.01.T01:CDS 35.0%
TGTTCGATGAAATTCCTAGA+CGG - Chr5:88593005-88593024 MsG0580028915.01.T01:CDS 35.0%
TTGATGAAATGTGTGAGATG+GGG - Chr5:88593218-88593237 MsG0580028915.01.T01:CDS 35.0%
TTGTAGAAGTAAGAATGTGG+AGG - Chr5:88593075-88593094 MsG0580028915.01.T01:CDS 35.0%
! ACTTATAATGCGCTGATGAA+CGG - Chr5:88593784-88593803 MsG0580028915.01.T01:CDS 35.0%
! TCTAATGGATGGATGTTGTA+AGG - Chr5:88593480-88593499 MsG0580028915.01.T01:CDS 35.0%
!! ACATTGTTGGCAGTTTTATC+TGG - Chr5:88592886-88592905 MsG0580028915.01.T01:CDS 35.0%
!! TTGGTGATGTTATGAATGCA+CGG - Chr5:88592978-88592997 MsG0580028915.01.T01:CDS 35.0%
!!! ATCTGGAGGTTTTGGATTAT+GGG - Chr5:88592903-88592922 MsG0580028915.01.T01:CDS 35.0%
!!! TATCTGGAGGTTTTGGATTA+TGG - Chr5:88592902-88592921 MsG0580028915.01.T01:CDS 35.0%
AAGAACAGAATGGCGATGAT+GGG + Chr5:88592711-88592730 None:intergenic 40.0%
AAGGATAGAATGGTTGAGGA+GGG - Chr5:88593532-88593551 MsG0580028915.01.T01:CDS 40.0%
AGAAGTAAGAATGTGGAGGA+GGG - Chr5:88593079-88593098 MsG0580028915.01.T01:CDS 40.0%
ATGAAGTTGAATCAACAGCC+TGG - Chr5:88592863-88592882 MsG0580028915.01.T01:CDS 40.0%
ATGGATGGATGTTGTAAGGA+TGG - Chr5:88593484-88593503 MsG0580028915.01.T01:CDS 40.0%
CTGCATCTCCTTTAGTAACT+TGG + Chr5:88593737-88593756 None:intergenic 40.0%
GCATTATAAGTGACAACTCC+CGG + Chr5:88593775-88593794 None:intergenic 40.0%
GCTTTCACTGCACTAATATC+TGG - Chr5:88593574-88593593 MsG0580028915.01.T01:CDS 40.0%
GGATTCTGCATTGGAAATCA+AGG - Chr5:88593513-88593532 MsG0580028915.01.T01:CDS 40.0%
GGGTTGGAATGGTTTGAATA+AGG + Chr5:88592691-88592710 None:intergenic 40.0%
GTTCGATGAAATTCCTAGAC+GGG - Chr5:88593006-88593025 MsG0580028915.01.T01:CDS 40.0%
TAAAACTGCCAACAATGTCC+AGG + Chr5:88592884-88592903 None:intergenic 40.0%
TAGAAGTAAGAATGTGGAGG+AGG - Chr5:88593078-88593097 MsG0580028915.01.T01:CDS 40.0%
TGATGTTATGAATGCACGGA+TGG - Chr5:88592982-88593001 MsG0580028915.01.T01:CDS 40.0%
TGGAGATATGGATTCTGCAT+TGG - Chr5:88593504-88593523 MsG0580028915.01.T01:CDS 40.0%
TGGATTGTGTAAGGAGAGTA+GGG - Chr5:88593174-88593193 MsG0580028915.01.T01:CDS 40.0%
TTCGATGAAATTCCTAGACG+GGG - Chr5:88593007-88593026 MsG0580028915.01.T01:CDS 40.0%
! ATGGATTGTGTAAGGAGAGT+AGG - Chr5:88593173-88593192 MsG0580028915.01.T01:CDS 40.0%
! ATTGATGGGCAGTGTAAACA+TGG - Chr5:88593274-88593293 MsG0580028915.01.T01:CDS 40.0%
! TTGATGGGCAGTGTAAACAT+GGG - Chr5:88593275-88593294 MsG0580028915.01.T01:CDS 40.0%
!! GCAGTTTTATCTGGAGGTTT+TGG - Chr5:88592895-88592914 MsG0580028915.01.T01:CDS 40.0%
!! TTGTTGGCAGTTTTATCTGG+AGG - Chr5:88592889-88592908 MsG0580028915.01.T01:CDS 40.0%
ACGATGCGGAAAAGATGTTG+AGG - Chr5:88593620-88593639 MsG0580028915.01.T01:CDS 45.0%
AGATACTCACAACCACGAAC+CGG + Chr5:88592830-88592849 None:intergenic 45.0%
AGGATAGAATGGTTGAGGAG+GGG - Chr5:88593533-88593552 MsG0580028915.01.T01:CDS 45.0%
ATCAACAGCCTGGACATTGT+TGG - Chr5:88592873-88592892 MsG0580028915.01.T01:CDS 45.0%
ATTGTGTAAGGAGAGTAGGG+TGG - Chr5:88593177-88593196 MsG0580028915.01.T01:CDS 45.0%
CAAGAACAGAATGGCGATGA+TGG + Chr5:88592712-88592731 None:intergenic 45.0%
CAAGGATAGAATGGTTGAGG+AGG - Chr5:88593531-88593550 MsG0580028915.01.T01:CDS 45.0%
CCTGCAAAGTCCATTGATCA+AGG + Chr5:88593377-88593396 None:intergenic 45.0%
CGATGCGGAAAAGATGTTGA+GGG - Chr5:88593621-88593640 MsG0580028915.01.T01:CDS 45.0%
CTAGATGGTCATTGCAAGCA+TGG - Chr5:88593904-88593923 MsG0580028915.01.T01:CDS 45.0%
GATGGGAGCCAAGTTACTAA+AGG - Chr5:88593726-88593745 MsG0580028915.01.T01:CDS 45.0%
TGAAATGTGTGAGATGGGGT+TGG - Chr5:88593222-88593241 MsG0580028915.01.T01:CDS 45.0%
TTGAGGGATATGTTGAGTGC+TGG - Chr5:88593637-88593656 MsG0580028915.01.T01:CDS 45.0%
TTGCAGGAGTGGAGATTTGA+AGG - Chr5:88593390-88593409 MsG0580028915.01.T01:CDS 45.0%
! ATCAATGGACTTTGCAGGAG+TGG - Chr5:88593379-88593398 MsG0580028915.01.T01:CDS 45.0%
! CCTTGATCAATGGACTTTGC+AGG - Chr5:88593374-88593393 MsG0580028915.01.T01:CDS 45.0%
!! AACTTTTCCATTCCGGTTCG+TGG - Chr5:88592815-88592834 MsG0580028915.01.T01:CDS 45.0%
AGACGGAAGAGTTCACGATG+CGG - Chr5:88593606-88593625 MsG0580028915.01.T01:CDS 50.0%
CAGGAGTGGAGATTTGAAGG+AGG - Chr5:88593393-88593412 MsG0580028915.01.T01:CDS 50.0%
CTAAAGGAGATGCAGCGTGA+TGG - Chr5:88593742-88593761 MsG0580028915.01.T01:CDS 50.0%
GTGGAGATTTGAAGGAGGCT+AGG - Chr5:88593398-88593417 MsG0580028915.01.T01:CDS 50.0%
TAAGGAGAGTAGGGTGGATG+AGG - Chr5:88593183-88593202 MsG0580028915.01.T01:CDS 50.0%
! GAATGATCGGGGTGTTAGAC+CGG - Chr5:88593333-88593352 MsG0580028915.01.T01:CDS 50.0%
!! ACAGAATGGCGATGATGGGT+TGG + Chr5:88592707-88592726 None:intergenic 50.0%
!! ATGGCGATGATGGGTTGGAA+TGG + Chr5:88592702-88592721 None:intergenic 50.0%
!! GAGATGGGGTTGGTTCCTAA+TGG - Chr5:88593232-88593251 MsG0580028915.01.T01:CDS 50.0%
CTCACAACCACGAACCGGAA+TGG + Chr5:88592825-88592844 None:intergenic 55.0%
CTCGGACACAAACCCCGTCT+AGG + Chr5:88593022-88593041 None:intergenic 60.0%
!! CAGCGTGATGGACGTGTACC+GGG - Chr5:88593754-88593773 MsG0580028915.01.T01:CDS 60.0%
!! GCAGCGTGATGGACGTGTAC+CGG - Chr5:88593753-88593772 MsG0580028915.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr5 gene 88592653 88594044 88592653 ID=MsG0580028915.01;Name=MsG0580028915.01
Chr5 mRNA 88592653 88594044 88592653 ID=MsG0580028915.01.T01;Parent=MsG0580028915.01;Name=MsG0580028915.01.T01;_AED=0.45;_eAED=0.45;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|463
Chr5 exon 88592653 88594044 88592653 ID=MsG0580028915.01.T01:exon:48759;Parent=MsG0580028915.01.T01
Chr5 CDS 88592653 88594044 88592653 ID=MsG0580028915.01.T01:cds;Parent=MsG0580028915.01.T01
Gene Sequence

>MsG0580028915.01.T01

ATGGGCCATCATTCTTCAACTTCACTCATCTCTTCCCTTATTCAAACCATTCCAACCCATCATCGCCATTCTGTTCTTGTTTTTGATGCTTTGATTATTGCTTATACGGATTCTGAATTCATTGAGGATGCAATTCAGTGTTTAAGATTGGTTAAAAAGAATAACTTTTCCATTCCGGTTCGTGGTTGTGAGTATCTACTTCGTCGTGTGATGAAGTTGAATCAACAGCCTGGACATTGTTGGCAGTTTTATCTGGAGGTTTTGGATTATGGGTATCCGCCAAATGTTTATCTTTTTAACATTTTGATGCATGGGTTTTGTAAAATTGGTGATGTTATGAATGCACGGATGGTGTTCGATGAAATTCCTAGACGGGGTTTGTGTCCGAGTGTTGTAAGTTTTAATACTTTGATAAGTGGGTATTGTAGAAGTAAGAATGTGGAGGAGGGTTTTGTGTTAAAGAGTGTTATGGAGAGTGAAAGAATATCTCCTGATGTTTTTACTTATAGTGCTTTGATCAATGGATTGTGTAAGGAGAGTAGGGTGGATGAGGCGAATGATTTGTTTGATGAAATGTGTGAGATGGGGTTGGTTCCTAATGGTGTTACTTTTACTACTTTGATTGATGGGCAGTGTAAACATGGGAAGATTGATTTGGCATTGAGAAATTTTCAGATTATGAATGATCGGGGTGTTAGACCGGATTTGATTACTTATAATGCCTTGATCAATGGACTTTGCAGGAGTGGAGATTTGAAGGAGGCTAGGAAGCTTTTGAATGAAATGATTGGGAATGGTTTCAAGCCAGATAAAATCACTTTCACTACTCTAATGGATGGATGTTGTAAGGATGGAGATATGGATTCTGCATTGGAAATCAAGGATAGAATGGTTGAGGAGGGGATCGAGCTTGACGATGTTGCTTTCACTGCACTAATATCTGGACTTTGTAGAGACGGAAGAGTTCACGATGCGGAAAAGATGTTGAGGGATATGTTGAGTGCTGGTCACAAACCTGATGATCCAACATATACCATGGTTATTGATTGCTTTTGTAAGAAAGGTGATGTTAAGATGGGAGCCAAGTTACTAAAGGAGATGCAGCGTGATGGACGTGTACCGGGAGTTGTCACTTATAATGCGCTGATGAACGGTTTTTGTAAACAAGGTCAGATGAAAAATGCTAAAATGTTGCTTCATGCAATGATTAATATGGGAGTGGTTCCAAATGATATTACATTTAATATTTTACTAGATGGTCATTGCAAGCATGGAAGCTCTGTTGATTTTAAGATATTTAATGATGAGAAAGGACTTGTTTCAGATTATGCTTCATATACAGCACTTGTCAATGAATCAATCAAAATTTCAAAAGATCAATTAAAGAGTTAA
Protein sequence

>MsG0580028915.01.T01

MGHHSSTSLISSLIQTIPTHHRHSVLVFDALIIAYTDSEFIEDAIQCLRLVKKNNFSIPVRGCEYLLRRVMKLNQQPGHCWQFYLEVLDYGYPPNVYLFNILMHGFCKIGDVMNARMVFDEIPRRGLCPSVVSFNTLISGYCRSKNVEEGFVLKSVMESERISPDVFTYSALINGLCKESRVDEANDLFDEMCEMGLVPNGVTFTTLIDGQCKHGKIDLALRNFQIMNDRGVRPDLITYNALINGLCRSGDLKEARKLLNEMIGNGFKPDKITFTTLMDGCCKDGDMDSALEIKDRMVEEGIELDDVAFTALISGLCRDGRVHDAEKMLRDMLSAGHKPDDPTYTMVIDCFCKKGDVKMGAKLLKEMQRDGRVPGVVTYNALMNGFCKQGQMKNAKMLLHAMINMGVVPNDITFNILLDGHCKHGSSVDFKIFNDEKGLVSDYASYTALVNESIKISKDQLKS*