AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680032264.01

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MsG0680032264.01.T01 AT1G71390 33.061 245 134 4 451 694 109 324 2.35e-19 93.6
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MsG0680032264.01.T01 AT3G28040 31.659 458 255 13 238 689 102 507 1.94e-35 144
MsG0680032264.01.T01 AT3G28040 31.589 535 308 20 171 686 81 576 2.43e-33 138
MsG0680032264.01.T01 AT3G28040 29.847 392 241 11 38 408 232 610 4.10e-22 102
MsG0680032264.01.T01 AT3G28040 32.685 257 139 8 442 691 64 293 1.11e-17 88.2
MsG0680032264.01.T01 AT5G53890 30.744 618 319 17 103 689 65 604 6.96e-49 186
MsG0680032264.01.T01 AT5G53890 29.317 498 285 12 207 694 59 499 2.53e-28 122
MsG0680032264.01.T01 AT5G53890 29.681 502 282 16 8 491 178 626 7.79e-26 114
MsG0680032264.01.T01 AT1G07390 31.546 634 353 19 101 690 357 953 7.02e-49 186
MsG0680032264.01.T01 AT1G07390 28.897 571 318 19 40 563 444 973 8.03e-34 139
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MsG0680032264.01.T01 AT1G07390 27.338 278 146 5 50 273 717 992 1.18e-12 72.0
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MsG0680032264.01.T01 AT1G58190 29.800 500 278 18 53 539 403 842 5.12e-28 121
MsG0680032264.01.T01 AT1G58190 30.115 435 241 16 52 442 427 842 1.42e-19 94.4
MsG0680032264.01.T01 AT1G47890 29.363 848 413 32 4 687 96 921 9.62e-49 185
MsG0680032264.01.T01 AT1G47890 26.691 547 301 19 214 692 169 683 8.60e-15 79.0
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MsG0680032264.01.T01 AT4G13880 28.053 303 165 8 427 687 114 405 1.50e-11 68.2
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MsG0680032264.01.T01 AT3G05360 29.191 346 211 11 360 688 140 468 1.59e-23 106
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MsG0680032264.01.T01 AT4G20940 27.016 496 270 14 266 690 78 552 8.97e-32 133
MsG0680032264.01.T01 AT4G26540 28.734 703 406 22 3 680 47 679 5.48e-45 174
MsG0680032264.01.T01 AT4G26540 32.784 546 314 16 179 685 107 638 3.41e-42 165
MsG0680032264.01.T01 AT4G26540 31.742 419 252 12 280 690 107 499 6.63e-35 142
MsG0680032264.01.T01 AT4G26540 32.558 301 156 5 439 693 107 406 1.36e-26 116
MsG0680032264.01.T01 AT1G75640 30.115 694 413 22 13 691 60 696 5.60e-45 174
MsG0680032264.01.T01 AT1G75640 28.910 633 356 18 19 573 110 726 5.70e-45 174
MsG0680032264.01.T01 AT1G75640 28.792 389 209 10 354 694 91 459 3.56e-31 131
MsG0680032264.01.T01 AT1G75640 28.375 363 180 7 43 327 376 736 1.06e-20 98.2
MsG0680032264.01.T01 AT1G75640 27.820 266 159 7 435 696 50 286 4.64e-13 73.6
MsG0680032264.01.T01 AT5G62230 33.586 527 289 19 9 514 57 543 6.77e-45 173
MsG0680032264.01.T01 AT5G62230 32.613 509 275 17 107 576 76 555 5.74e-43 167
MsG0680032264.01.T01 AT5G62230 30.830 506 270 12 189 691 72 500 1.42e-39 157
MsG0680032264.01.T01 AT5G62230 39.024 164 90 2 34 188 387 549 9.30e-18 88.6
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MsG0680032264.01.T01 AT1G17240 29.421 622 340 21 102 690 95 650 2.01e-40 159
MsG0680032264.01.T01 AT1G17240 27.006 648 332 18 5 563 75 670 1.58e-36 147
MsG0680032264.01.T01 AT1G17240 28.398 493 287 10 217 691 100 544 2.50e-31 130
MsG0680032264.01.T01 AT2G24130 32.671 554 274 19 9 513 67 570 3.15e-40 159
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MsG0680032264.01.T01 AT2G24130 28.571 623 305 16 85 685 51 555 6.92e-38 152
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MsG0680032264.01.T01 AT1G55610 29.649 570 320 23 29 543 212 755 2.51e-35 144
MsG0680032264.01.T01 AT1G55610 29.574 470 259 15 237 687 125 541 5.79e-29 124
MsG0680032264.01.T01 AT1G55610 30.750 400 231 13 315 694 127 500 1.63e-26 116
MsG0680032264.01.T01 AT2G25470 27.368 760 380 25 1 690 58 715 3.08e-39 155
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MsG0680032264.01.T01 AT1G09970 29.553 582 309 19 15 563 57 570 6.85e-37 149
MsG0680032264.01.T01 AT1G09970 29.630 243 118 6 454 694 77 268 1.27e-12 72.0
MsG0680032264.01.T01 AT1G17250 28.440 654 336 20 79 693 97 657 4.33e-38 152
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MsG0680032264.01.T01 AT2G27060 31.616 427 265 9 163 572 91 507 9.67e-35 142
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MsG0680032264.01.T01 AT5G62230 29.703 505 251 11 189 690 72 475 2.80e-31 131
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MsG0680032264.01.T01 AT3G13380 30.876 434 252 13 282 694 94 500 2.94e-28 122
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MsG0680032264.01.T01 AT2G27060 29.306 447 237 17 268 694 2 389 1.50e-21 100
MsG0680032264.01.T01 AT2G27060 28.313 332 165 12 426 686 1 330 7.22e-15 79.3
MsG0680032264.01.T01 AT5G06940 30.261 499 267 15 87 563 61 500 2.55e-34 140
MsG0680032264.01.T01 AT5G06940 32.265 437 239 13 268 687 82 478 1.23e-31 132
MsG0680032264.01.T01 AT5G06940 31.828 465 228 17 55 471 82 505 3.85e-29 124
MsG0680032264.01.T01 AT5G06940 29.387 473 262 16 239 695 101 517 7.01e-27 117
MsG0680032264.01.T01 AT5G06940 29.701 468 279 18 71 521 73 507 3.00e-23 105
MsG0680032264.01.T01 AT5G06940 30.814 344 202 10 41 373 183 501 3.30e-23 105
MsG0680032264.01.T01 AT5G06940 25.076 327 161 6 419 692 69 364 1.48e-15 81.3
MsG0680032264.01.T01 AT5G51350 28.932 515 294 15 188 664 76 556 5.17e-34 139
MsG0680032264.01.T01 AT5G51350 29.777 403 244 10 314 692 77 464 2.22e-32 134
MsG0680032264.01.T01 AT5G51350 29.143 525 297 17 10 491 63 555 4.51e-32 134
MsG0680032264.01.T01 AT5G51350 31.618 272 147 9 431 694 82 322 2.83e-21 99.8
MsG0680032264.01.T01 AT5G10020 30.816 490 257 18 107 569 79 513 2.04e-33 138
MsG0680032264.01.T01 AT5G10020 28.295 516 257 17 162 665 96 510 2.67e-32 134
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MsG0680032264.01.T01 AT5G49780 31.595 326 175 9 13 335 57 337 9.44e-20 94.7
MsG0680032264.01.T01 AT5G49780 31.579 228 110 5 433 659 98 280 9.06e-13 72.4
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MsG0680032264.01.T01 AT1G03440 29.333 300 156 9 266 560 99 347 3.07e-11 66.2
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MsG0680032264.01.T01 AT5G51560 29.302 215 100 3 454 668 76 238 8.41e-13 72.4
MsG0680032264.01.T01 AT4G28560 31.532 222 132 6 354 563 176 389 2.43e-17 85.9
MsG0680032264.01.T01 AT4G28560 31.873 251 148 8 292 522 156 403 6.42e-16 81.3
MsG0680032264.01.T01 AT4G28560 27.193 228 139 4 463 689 167 368 5.66e-14 75.1
MsG0680032264.01.T01 AT4G28560 28.099 242 146 8 92 327 167 386 8.14e-11 65.5
MsG0680032264.01.T01 AT1G13230 29.528 254 152 4 433 685 151 378 2.91e-17 85.1
MsG0680032264.01.T01 AT1G13230 32.597 181 95 3 408 563 176 354 1.21e-14 77.0
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MsG0680032264.01.T01 AT5G01950 31.579 266 151 6 425 689 102 337 1.98e-15 80.9
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MsG0680032264.01.T01 AT1G29750 32.636 239 141 10 268 493 110 341 7.23e-12 69.7
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MsG0680032264.01.T01 AT1G63430 35.606 132 78 2 9 140 55 179 1.27e-11 68.6
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MsG0680032264.01.T01 AT2G02780 33.023 215 110 8 266 471 105 294 7.63e-11 65.9
MsG0680032264.01.T01 AT4G23740 33.537 164 87 5 6 149 51 212 5.01e-11 66.6
MsG0680032264.01.T01 AT4G23740 33.537 164 87 5 6 149 51 212 5.01e-11 66.6
MsG0680032264.01.T01 AT5G37450 36.232 138 84 3 432 568 1 135 5.11e-11 66.6
MsG0680032264.01.T01 AT3G13065 29.442 197 118 6 13 201 63 246 5.26e-11 66.6
MsG0680032264.01.T01 AT2G02780 29.078 282 148 8 1 250 49 310 5.41e-11 66.2
MsG0680032264.01.T01 AT2G02780 33.023 215 110 8 266 471 105 294 8.04e-11 65.9
MsG0680032264.01.T01 AT2G02780 29.297 256 137 6 21 250 73 310 5.75e-11 66.2
MsG0680032264.01.T01 AT2G02780 33.023 215 110 8 266 471 105 294 8.11e-11 65.9
MsG0680032264.01.T01 AT2G35620 35.537 121 77 1 443 563 67 186 6.28e-11 66.2
MsG0680032264.01.T01 AT2G35620 35.537 121 77 1 443 563 67 186 6.28e-11 66.2
MsG0680032264.01.T01 AT2G35620 35.537 121 77 1 443 563 67 186 6.28e-11 66.2
MsG0680032264.01.T01 AT2G35620 35.537 121 77 1 443 563 67 186 6.28e-11 66.2
MsG0680032264.01.T01 AT4G06744 26.977 215 139 7 353 557 116 322 7.82e-11 65.1
MsG0680032264.01.T01 AT5G65830 32.877 146 70 2 418 563 76 193 7.96e-11 63.9
MsG0680032264.01.T01 AT3G43740 42.857 84 48 0 431 514 130 213 8.18e-11 63.5
MsG0680032264.01.T01 AT1G10850 36.364 165 78 7 40 204 67 204 9.41e-11 65.5

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GATCTTTCATATTGCAATTT+TGG 0.119621 6:-37553500 MsG0680032264.01.T01:CDS
GCATTCATCCAAAATGATTT+TGG 0.145147 6:+37552983 None:intergenic
TAACTGTGTGCAGTTCTTTA+AGG 0.148462 6:+37552041 None:intergenic
TTCTGGTATGTCAATGTTAA+AGG 0.165217 6:-37552666 MsG0680032264.01.T01:CDS
GAGCTTTATCTTGGAGATTA+TGG 0.169219 6:-37553290 MsG0680032264.01.T01:CDS
TGAATCAAATCTGCTATTTC+AGG 0.189197 6:+37551601 None:intergenic
GGGGAAATTCCTTCAAATAT+TGG 0.195035 6:-37551541 MsG0680032264.01.T01:CDS
TGATCTCAGCTCCAATTATT+TGG 0.204686 6:-37553357 MsG0680032264.01.T01:CDS
TGTAGTGTCCTTAGTGTAAT+TGG 0.205693 6:+37552734 None:intergenic
AATTATATCCCAGGTTTCTT+TGG 0.236357 6:-37553548 MsG0680032264.01.T01:CDS
CCCATTCCACTATTTCTAAA+AGG 0.247819 6:-37552339 MsG0680032264.01.T01:CDS
GTGTTAGACCTCAGTGTTAA+TGG 0.248866 6:-37553163 MsG0680032264.01.T01:intron
CTTTCGAATAATCAATTATC+TGG 0.253673 6:-37552222 MsG0680032264.01.T01:CDS
AATTCGCTTCCAATCCAATA+AGG 0.260922 6:+37551976 None:intergenic
ATGAAAGATCAAGGTATCTT+AGG 0.261562 6:+37553513 None:intergenic
TAGAGGGACACATCCCTTAT+TGG 0.269223 6:-37551990 MsG0680032264.01.T01:CDS
TTACAAAGAAATCACTTCTT+TGG 0.291539 6:-37551931 MsG0680032264.01.T01:CDS
CATTGAGATTTACCGAAAAC+TGG 0.292115 6:-37552616 MsG0680032264.01.T01:CDS
AATGCGTCCTTCCAAATAAT+TGG 0.294786 6:+37553346 None:intergenic
GTATTAATCCATCACTTATC+TGG 0.300609 6:-37552905 MsG0680032264.01.T01:CDS
GGGAAATTCCTTCAAATATT+GGG 0.303687 6:-37551540 MsG0680032264.01.T01:CDS
AAATCTTGTGATGAAGCTTT+TGG 0.307259 6:+37551796 None:intergenic
ATCCATTGCATCAAACTCTT+TGG 0.311980 6:-37553017 MsG0680032264.01.T01:CDS
TTGAAATTGCTCCAACAGTT+TGG 0.319205 6:+37552192 None:intergenic
TCATGCTTAGGTATAATTCT+TGG 0.342867 6:+37552864 None:intergenic
TTCTTCTGAAAAGTGATTGC+TGG 0.347296 6:+37551630 None:intergenic
GCAACTCTATCAATGACTTA+TGG 0.349795 6:+37553615 None:intergenic
CATTGATTTGATTCATGCTT+AGG 0.359555 6:+37552852 None:intergenic
CTCTCATTAAACAATCTATC+TGG 0.366873 6:-37551859 MsG0680032264.01.T01:CDS
AATAGCAGATTTGATTCAAT+TGG 0.372978 6:-37551596 MsG0680032264.01.T01:CDS
CTCACCACTGAAACTGTTAT+AGG 0.373042 6:+37552934 None:intergenic
AACCTACAAGAGCTTTATCT+TGG 0.373449 6:-37553299 MsG0680032264.01.T01:CDS
CACACCATCTAGATTATTGT+TGG 0.377161 6:+37553421 None:intergenic
GTACTTATGCTCAACCTTCA+TGG 0.380119 6:-37553677 MsG0680032264.01.T01:CDS
ATTCGCTTCCAATCCAATAA+GGG 0.390645 6:+37551977 None:intergenic
TATCTTGGAGATTATGGTAA+TGG 0.392264 6:-37553284 MsG0680032264.01.T01:CDS
AGGGAAGATTCCAACTTCAA+TGG 0.397829 6:-37552130 MsG0680032264.01.T01:CDS
CTTTCCAACAATAATCTAGA+TGG 0.400736 6:-37553425 MsG0680032264.01.T01:CDS
CTCCAAGATAAAGCTCTTGT+AGG 0.401398 6:+37553297 None:intergenic
TGCGCTTGAGAGAAACTTTG+AGG 0.407121 6:+37551460 None:intergenic
TAGTAGCTTGCCATTTCAAT+TGG 0.409903 6:-37553047 MsG0680032264.01.T01:CDS
ATTCACATCATTGAAATCAT+TGG 0.413499 6:-37553110 MsG0680032264.01.T01:CDS
GATGAGAATATTGAGAGATT+AGG 0.421224 6:+37552821 None:intergenic
GATAAACTCTCCAATTGAAA+TGG 0.424485 6:+37553037 None:intergenic
GAAAGAGACTCCAATGGAAT+AGG 0.431106 6:+37553467 None:intergenic
TGCTACCAATGGTATGGAAT+TGG 0.433323 6:-37553722 MsG0680032264.01.T01:CDS
AAGCTGAGTGGAAAGATTCA+TGG 0.435207 6:-37553073 MsG0680032264.01.T01:CDS
CTTAGAGATCCAAAGAAACC+TGG 0.439884 6:+37553539 None:intergenic
CATGAGAGACAATAGATTAG+AGG 0.441906 6:-37552007 MsG0680032264.01.T01:CDS
GTTAGCTTCCCAATATTTGA+AGG 0.442872 6:+37551532 None:intergenic
TGTAGATGGCAAAGTTCAAA+TGG 0.443398 6:+37551901 None:intergenic
CTTTCATCAAATGAGTTTGA+AGG 0.445016 6:-37552363 MsG0680032264.01.T01:CDS
ACAAGTGATCCCATTGAAGT+TGG 0.450225 6:+37552120 None:intergenic
CACTCAGCTTATTATCAGAA+AGG 0.450623 6:+37553086 None:intergenic
GATTATTCGAAAGGTCAAAC+TGG 0.454785 6:+37552232 None:intergenic
CGTCCATTCCTATGTGCAAA+TGG 0.459009 6:-37552273 MsG0680032264.01.T01:CDS
GGGAAGATTCCAACTTCAAT+GGG 0.461535 6:-37552129 MsG0680032264.01.T01:CDS
CTGGATCAATTCCAAACTGT+TGG 0.465017 6:-37552203 MsG0680032264.01.T01:CDS
TGATGTGAATGCGGAAAGAT+CGG 0.470262 6:+37553123 None:intergenic
CTCAGTGTTAATGGAATCAC+TGG 0.471501 6:-37553154 MsG0680032264.01.T01:CDS
GACATGGAAAGGTGTAGAAC+AGG 0.471553 6:-37551698 MsG0680032264.01.T01:CDS
AGGACAAATTCCTATTCCAT+TGG 0.473204 6:-37553477 MsG0680032264.01.T01:CDS
AATGGTATAGATGCAATGTT+AGG 0.474510 6:-37552255 MsG0680032264.01.T01:CDS
TTCGATTTCCAATTACACTA+AGG 0.477353 6:-37552742 MsG0680032264.01.T01:CDS
TTCCAAAGAGTTTGATGCAA+TGG 0.479075 6:+37553015 None:intergenic
GGACACATCCCTTATTGGAT+TGG 0.480343 6:-37551985 MsG0680032264.01.T01:CDS
CATCTATACCATTTGCACAT+AGG 0.484975 6:+37552265 None:intergenic
CATCAGTATGATATCAAACT+AGG 0.488179 6:-37551766 MsG0680032264.01.T01:CDS
TTATCAAGAAACAACTTCAC+AGG 0.490630 6:-37551562 MsG0680032264.01.T01:CDS
AATATGGCATGTTGTCATCT+TGG 0.491294 6:-37553757 None:intergenic
TTGTCACGAAATAAGTTGCT+TGG 0.504392 6:-37551490 MsG0680032264.01.T01:CDS
ATGAGTTCAAACTCATTAAG+TGG 0.504497 6:-37552710 MsG0680032264.01.T01:CDS
GAAGATTGCTACCAATGGTA+TGG 0.512756 6:-37553728 MsG0680032264.01.T01:CDS
ATAAGCTTTCCAAGTTGAGA+TGG 0.515030 6:+37553323 None:intergenic
TGCAACCAATTCCATACCAT+TGG 0.517007 6:+37553717 None:intergenic
GTGCAGTTCTTTAAGGAGGA+AGG 0.517143 6:+37552048 None:intergenic
TGCATCAAACTCTTTGGAAG+GGG 0.521076 6:-37553011 MsG0680032264.01.T01:CDS
CAGATAATTGATTATTCGAA+AGG 0.522846 6:+37552223 None:intergenic
TTTCATCAAATGAGTTTGAA+GGG 0.523720 6:-37552362 MsG0680032264.01.T01:CDS
TCAAACTAGGATTATCATCA+TGG 0.529242 6:-37551753 MsG0680032264.01.T01:CDS
TGCATGTAAGTTGAAATCAT+TGG 0.529987 6:-37552963 MsG0680032264.01.T01:CDS
AACTGCAAGCATTACTATTG+AGG 0.530176 6:-37552095 MsG0680032264.01.T01:CDS
CTCAGCTCCAATTATTTGGA+AGG 0.531169 6:-37553353 MsG0680032264.01.T01:CDS
AATTGCAATATGAAAGATCA+AGG 0.534112 6:+37553504 None:intergenic
CTAAGCATGAATCAAATCAA+TGG 0.539413 6:-37552851 MsG0680032264.01.T01:CDS
CATCAAACTCTTTGGAAGGG+GGG 0.541087 6:-37553009 MsG0680032264.01.T01:CDS
TTTAGAAAGAATTATATCCC+AGG 0.541328 6:-37553557 MsG0680032264.01.T01:CDS
ATTGCATCAAACTCTTTGGA+AGG 0.548058 6:-37553013 MsG0680032264.01.T01:CDS
ATCAAATCTGCTATTTCAGG+TGG 0.549525 6:+37551604 None:intergenic
ATGAGAGACAATAGATTAGA+GGG 0.550282 6:-37552006 MsG0680032264.01.T01:CDS
TTGCATCAAACTCTTTGGAA+GGG 0.551437 6:-37553012 MsG0680032264.01.T01:CDS
CATGTTGTCATCTTGGACGA+TGG 0.552085 6:-37553750 MsG0680032264.01.T01:CDS
TGCAGTTCTTTAAGGAGGAA+GGG 0.552536 6:+37552049 None:intergenic
GATTATAGTTATTGTATCAG+AGG 0.555776 6:-37553644 MsG0680032264.01.T01:CDS
ATTGGTTGCAGCAACCTCAC+TGG 0.555878 6:-37553704 MsG0680032264.01.T01:CDS
GGACGCATTCCATCTCAACT+TGG 0.563483 6:-37553332 MsG0680032264.01.T01:CDS
AATCATTATAATCACCATGA+AGG 0.566118 6:+37553663 None:intergenic
GATGTGAATGCGGAAAGATC+GGG 0.566778 6:+37553124 None:intergenic
ATTTCAATCAATCATCTCAA+AGG 0.568243 6:-37552432 MsG0680032264.01.T01:CDS
TAGCACATCCAGATAAGTGA+TGG 0.569715 6:+37552897 None:intergenic
ATACCATTTGCACATAGGAA+TGG 0.573515 6:+37552270 None:intergenic
TTAGAGATCCAAAGAAACCT+GGG 0.583622 6:+37553540 None:intergenic
GGTGTGATTCCTCATCGACT+TGG 0.584908 6:-37553404 MsG0680032264.01.T01:CDS
TAGGTATAATTCTTGGAGTG+AGG 0.591468 6:+37552871 None:intergenic
AATTGAGTGCATTCTTGACA+TGG 0.597819 6:-37551714 MsG0680032264.01.T01:CDS
CTGTGTGCAGTTCTTTAAGG+AGG 0.598231 6:+37552044 None:intergenic
TATCAAGAAACAACTTCACA+GGG 0.601240 6:-37551561 MsG0680032264.01.T01:CDS
GCATCAAACTCTTTGGAAGG+GGG 0.605490 6:-37553010 MsG0680032264.01.T01:CDS
CTGTCCTATAACAGTTTCAG+TGG 0.605731 6:-37552938 MsG0680032264.01.T01:CDS
AGTGCATTCTTGACATGGAA+AGG 0.607628 6:-37551709 MsG0680032264.01.T01:CDS
CGATGGAAGATTGCTACCAA+TGG 0.614005 6:-37553733 MsG0680032264.01.T01:CDS
AAATGTGAAAGAGACTCCAA+TGG 0.614587 6:+37553461 None:intergenic
TTACAATATTTGAACCTCAG+TGG 0.616123 6:-37553587 MsG0680032264.01.T01:CDS
ATTGAGATTTACCGAAAACT+GGG 0.621983 6:-37552615 MsG0680032264.01.T01:intron
TTCTAAAATTATTTCCACTG+AGG 0.630106 6:+37553573 None:intergenic
TGAGATCAAGAAATTGCAAG+TGG 0.632274 6:+37553372 None:intergenic
GAGATCAAGAAATTGCAAGT+GGG 0.675263 6:+37553373 None:intergenic
CTTTCTGATAATAAGCTGAG+TGG 0.682016 6:-37553085 MsG0680032264.01.T01:CDS
GAGAGATCTCCAAGTCGATG+AGG 0.690309 6:+37553395 None:intergenic
TGATTTCAATGATGTGAATG+CGG 0.693589 6:+37553114 None:intergenic
GAGGAACAACAACTTAACAG+AGG 0.711567 6:-37552076 MsG0680032264.01.T01:CDS
CAGTGATTCCATTAACACTG+AGG 0.716771 6:+37553155 None:intergenic
GCTCTTACAATTGACAACGA+AGG 0.717697 6:-37553260 MsG0680032264.01.T01:intron
CTGAGTGGAAAGATTCATGG+AGG 0.732874 6:-37553070 MsG0680032264.01.T01:CDS
ATCAAGAAACAACTTCACAG+GGG 0.742364 6:-37551560 MsG0680032264.01.T01:CDS
GCATAAGTACATGACCAGTG+AGG 0.756077 6:+37553690 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! ATTTCTAAAAATAGACTAAA+CGG - Chr6:37552411-37552430 MsG0680032264.01.T01:CDS 15.0%
!!! GTGAAATTTTTAATGCATTT+TGG + Chr6:37553367-37553386 None:intergenic 20.0%
!!! TTTCTAAAAATAGACTAAAC+GGG - Chr6:37552412-37552431 MsG0680032264.01.T01:CDS 20.0%
! AATAGCAGATTTGATTCAAT+TGG - Chr6:37553597-37553616 MsG0680032264.01.T01:CDS 25.0%
! AATCATTATAATCACCATGA+AGG + Chr6:37551533-37551552 None:intergenic 25.0%
! AATTGCAATATGAAAGATCA+AGG + Chr6:37551692-37551711 None:intergenic 25.0%
! ATTCACATCATTGAAATCAT+TGG - Chr6:37552083-37552102 MsG0680032264.01.T01:CDS 25.0%
! ATTTCAATCAATCATCTCAA+AGG - Chr6:37552761-37552780 MsG0680032264.01.T01:CDS 25.0%
! CAGATAATTGATTATTCGAA+AGG + Chr6:37552973-37552992 None:intergenic 25.0%
! CTTTCGAATAATCAATTATC+TGG - Chr6:37552971-37552990 MsG0680032264.01.T01:CDS 25.0%
! GATTATAGTTATTGTATCAG+AGG - Chr6:37551549-37551568 MsG0680032264.01.T01:CDS 25.0%
! TTACAAAGAAATCACTTCTT+TGG - Chr6:37553262-37553281 MsG0680032264.01.T01:CDS 25.0%
! TTTAGAAAGAATTATATCCC+AGG - Chr6:37551636-37551655 MsG0680032264.01.T01:CDS 25.0%
! TTTCATCAAATGAGTTTGAA+GGG - Chr6:37552831-37552850 MsG0680032264.01.T01:CDS 25.0%
!! AGAGTTGAATATTTTGTAGA+TGG + Chr6:37553309-37553328 None:intergenic 25.0%
!! GATCTTTCATATTGCAATTT+TGG - Chr6:37551693-37551712 MsG0680032264.01.T01:CDS 25.0%
!! TTCTAAAAATAGACTAAACG+GGG - Chr6:37552413-37552432 MsG0680032264.01.T01:CDS 25.0%
!!! AGAATCTGAGAATTTGTTTT+TGG + Chr6:37552900-37552919 None:intergenic 25.0%
!!! TGATTTTTGACTTGAAGATT+TGG + Chr6:37552794-37552813 None:intergenic 25.0%
!!! TTCTAAAATTATTTCCACTG+AGG + Chr6:37551623-37551642 None:intergenic 25.0%
AATGGTATAGATGCAATGTT+AGG - Chr6:37552938-37552957 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
AATTATATCCCAGGTTTCTT+TGG - Chr6:37551645-37551664 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
AATTTCAGATAATGTTCCAG+AGG - Chr6:37552716-37552735 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
ACATTGACATACCAGAAAAA+TGG + Chr6:37552524-37552543 None:intergenic 30.0%
ATGAGAGACAATAGATTAGA+GGG - Chr6:37553187-37553206 MsG0680032264.01.T01:intron 30.0%
ATGAGTTCAAACTCATTAAG+TGG - Chr6:37552483-37552502 MsG0680032264.01.T01:intron 30.0%
ATTGAGATTTACCGAAAACT+GGG - Chr6:37552578-37552597 MsG0680032264.01.T01:intron 30.0%
ATTTCAGATAATGTTCCAGA+GGG - Chr6:37552717-37552736 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
CATCAGTATGATATCAAACT+AGG - Chr6:37553427-37553446 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
CTAAGCATGAATCAAATCAA+TGG - Chr6:37552342-37552361 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
CTCTCATTAAACAATCTATC+TGG - Chr6:37553334-37553353 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
CTTTCATCAAATGAGTTTGA+AGG - Chr6:37552830-37552849 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
CTTTCCAACAATAATCTAGA+TGG - Chr6:37551768-37551787 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
GATAAACTCTCCAATTGAAA+TGG + Chr6:37552159-37552178 None:intergenic 30.0%
GATGAGAATATTGAGAGATT+AGG + Chr6:37552375-37552394 None:intergenic 30.0%
GGGAAATTCCTTCAAATATT+GGG - Chr6:37553653-37553672 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
GTATTAATCCATCACTTATC+TGG - Chr6:37552288-37552307 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
TATCAAGAAACAACTTCACA+GGG - Chr6:37553632-37553651 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
TATCTTGATATTTCGAATGC+TGG - Chr6:37552693-37552712 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
TATCTTGGAGATTATGGTAA+TGG - Chr6:37551909-37551928 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
TCAAACTAGGATTATCATCA+TGG - Chr6:37553440-37553459 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
TCATGCTTAGGTATAATTCT+TGG + Chr6:37552332-37552351 None:intergenic 30.0%
TCGAAATATCAAGATAATGC+AGG + Chr6:37552689-37552708 None:intergenic 30.0%
TGATTTCAATGATGTGAATG+CGG + Chr6:37552082-37552101 None:intergenic 30.0%
TGTATATTGTGCAGTTGAAA+AGG + Chr6:37552609-37552628 None:intergenic 30.0%
TTACAATATTTGAACCTCAG+TGG - Chr6:37551606-37551625 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
TTATCAAGAAACAACTTCAC+AGG - Chr6:37553631-37553650 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
TTCGATTTCCAATTACACTA+AGG - Chr6:37552451-37552470 MsG0680032264.01.T01:intron 30.0%
TTCTGGTATGTCAATGTTAA+AGG - Chr6:37552527-37552546 MsG0680032264.01.T01:intron 30.0%
! AAATCTTGTGATGAAGCTTT+TGG + Chr6:37553400-37553419 None:intergenic 30.0%
! ATGAAAGATCAAGGTATCTT+AGG + Chr6:37551683-37551702 None:intergenic 30.0%
! CTTTCATATTGCAATTTTGG+AGG - Chr6:37551696-37551715 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
! GCATTCATCCAAAATGATTT+TGG + Chr6:37552213-37552232 None:intergenic 30.0%
! TGCATGTAAGTTGAAATCAT+TGG - Chr6:37552230-37552249 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
! TTTTGTGTCTGAATCCATTT+AGG + Chr6:37552663-37552682 None:intergenic 30.0%
!! ACCTTTTAGAAATAGTGGAA+TGG + Chr6:37552858-37552877 None:intergenic 30.0%
!! CATTGATTTGATTCATGCTT+AGG + Chr6:37552344-37552363 None:intergenic 30.0%
!! CCTTTTAGAAATAGTGGAAT+GGG + Chr6:37552857-37552876 None:intergenic 30.0%
!! GTAGAACCTTTTAGAAATAG+TGG + Chr6:37552863-37552882 None:intergenic 30.0%
!! TGAATCAAATCTGCTATTTC+AGG + Chr6:37553595-37553614 None:intergenic 30.0%
!! TTGGTCTTACATTTCCTAAA+TGG - Chr6:37552646-37552665 MsG0680032264.01.T01:CDS 30.0%
AAATGTGAAAGAGACTCCAA+TGG + Chr6:37551735-37551754 None:intergenic 35.0%
AACTGCAAGCATTACTATTG+AGG - Chr6:37553098-37553117 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
AATGCGTCCTTCCAAATAAT+TGG + Chr6:37551850-37551869 None:intergenic 35.0%
AATTCGCTTCCAATCCAATA+AGG + Chr6:37553220-37553239 None:intergenic 35.0%
AATTGAGTGCATTCTTGACA+TGG - Chr6:37553479-37553498 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
AGGACAAATTCCTATTCCAT+TGG - Chr6:37551716-37551735 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
ATACCATTTGCACATAGGAA+TGG + Chr6:37552926-37552945 None:intergenic 35.0%
ATATTGTGCAGTTGAAAAGG+CGG + Chr6:37552606-37552625 None:intergenic 35.0%
ATCAAGAAACAACTTCACAG+GGG - Chr6:37553633-37553652 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
ATCCATTGCATCAAACTCTT+TGG - Chr6:37552176-37552195 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
ATTCGCTTCCAATCCAATAA+GGG + Chr6:37553219-37553238 None:intergenic 35.0%
ATTGCATCAAACTCTTTGGA+AGG - Chr6:37552180-37552199 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
CAATTGAGATCTTGCAATCT+TGG - Chr6:37552627-37552646 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
CACACCATCTAGATTATTGT+TGG + Chr6:37551775-37551794 None:intergenic 35.0%
CACTCAGCTTATTATCAGAA+AGG + Chr6:37552110-37552129 None:intergenic 35.0%
CATCTATACCATTTGCACAT+AGG + Chr6:37552931-37552950 None:intergenic 35.0%
CATGAGAGACAATAGATTAG+AGG - Chr6:37553186-37553205 MsG0680032264.01.T01:intron 35.0%
CATTGAGATTTACCGAAAAC+TGG - Chr6:37552577-37552596 MsG0680032264.01.T01:intron 35.0%
CTTTCTGATAATAAGCTGAG+TGG - Chr6:37552108-37552127 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
GAGATCAAGAAATTGCAAGT+GGG + Chr6:37551823-37551842 None:intergenic 35.0%
GATTATTCGAAAGGTCAAAC+TGG + Chr6:37552964-37552983 None:intergenic 35.0%
GCAACTCTATCAATGACTTA+TGG + Chr6:37551581-37551600 None:intergenic 35.0%
GGGGAAATTCCTTCAAATAT+TGG - Chr6:37553652-37553671 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
TAACTGTGTGCAGTTCTTTA+AGG + Chr6:37553155-37553174 None:intergenic 35.0%
TAGGTATAATTCTTGGAGTG+AGG + Chr6:37552325-37552344 None:intergenic 35.0%
TCTTCCCTGAAAAATTGTTG+TGG + Chr6:37553051-37553070 None:intergenic 35.0%
TGAGATCAAGAAATTGCAAG+TGG + Chr6:37551824-37551843 None:intergenic 35.0%
TGATCTCAGCTCCAATTATT+TGG - Chr6:37551836-37551855 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
TGTAGATGGCAAAGTTCAAA+TGG + Chr6:37553295-37553314 None:intergenic 35.0%
TGTAGTGTCCTTAGTGTAAT+TGG + Chr6:37552462-37552481 None:intergenic 35.0%
TTAGAGATCCAAAGAAACCT+GGG + Chr6:37551656-37551675 None:intergenic 35.0%
TTCCAAAGAGTTTGATGCAA+TGG + Chr6:37552181-37552200 None:intergenic 35.0%
TTGAAATTGCTCCAACAGTT+TGG + Chr6:37553004-37553023 None:intergenic 35.0%
TTGTCACGAAATAAGTTGCT+TGG - Chr6:37553703-37553722 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
! AACCTACAAGAGCTTTATCT+TGG - Chr6:37551894-37551913 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
! ATAAGCTTTCCAAGTTGAGA+TGG + Chr6:37551873-37551892 None:intergenic 35.0%
! ATAATGTTCCAGAGGGATTT+TGG - Chr6:37552724-37552743 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
! GAGCTTTATCTTGGAGATTA+TGG - Chr6:37551903-37551922 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
! GTTAGCTTCCCAATATTTGA+AGG + Chr6:37553664-37553683 None:intergenic 35.0%
! TAATGTTCCAGAGGGATTTT+GGG - Chr6:37552725-37552744 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
! TAGTAGCTTGCCATTTCAAT+TGG - Chr6:37552146-37552165 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
! TGAGCCACAACAATTTTTCA+GGG - Chr6:37553044-37553063 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
! TGATTGAAATGTTGACTGTC+TGG + Chr6:37552751-37552770 None:intergenic 35.0%
! TTCTTCTGAAAAGTGATTGC+TGG + Chr6:37553566-37553585 None:intergenic 35.0%
! TTGAGCCACAACAATTTTTC+AGG - Chr6:37553043-37553062 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
! TTGCATCAAACTCTTTGGAA+GGG - Chr6:37552181-37552200 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
!! ATCAAATCTGCTATTTCAGG+TGG + Chr6:37553592-37553611 None:intergenic 35.0%
!! ATCTCTGACTTCCATTTTTC+TGG - Chr6:37552510-37552529 MsG0680032264.01.T01:intron 35.0%
!! CCCATTCCACTATTTCTAAA+AGG - Chr6:37552854-37552873 MsG0680032264.01.T01:CDS 35.0%
AAGCTGAGTGGAAAGATTCA+TGG - Chr6:37552120-37552139 MsG0680032264.01.T01:CDS 40.0%
ACAAGTGATCCCATTGAAGT+TGG + Chr6:37553076-37553095 None:intergenic 40.0%
AGGGAAGATTCCAACTTCAA+TGG - Chr6:37553063-37553082 MsG0680032264.01.T01:CDS 40.0%
AGTGCATTCTTGACATGGAA+AGG - Chr6:37553484-37553503 MsG0680032264.01.T01:CDS 40.0%
ATATCGACGACATGTGAAGA+TGG + Chr6:37551989-37552008 None:intergenic 40.0%
CAATTGACAACGAAGGTCAA+TGG - Chr6:37551940-37551959 MsG0680032264.01.T01:CDS 40.0%
CAGTGATTCCATTAACACTG+AGG + Chr6:37552041-37552060 None:intergenic 40.0%
CTCACCACTGAAACTGTTAT+AGG + Chr6:37552262-37552281 None:intergenic 40.0%
CTCAGCTCCAATTATTTGGA+AGG - Chr6:37551840-37551859 MsG0680032264.01.T01:CDS 40.0%
CTCAGTGTTAATGGAATCAC+TGG - Chr6:37552039-37552058 MsG0680032264.01.T01:CDS 40.0%
CTCCAAGATAAAGCTCTTGT+AGG + Chr6:37551899-37551918 None:intergenic 40.0%
CTGGATCAATTCCAAACTGT+TGG - Chr6:37552990-37553009 MsG0680032264.01.T01:CDS 40.0%
CTGTCCTATAACAGTTTCAG+TGG - Chr6:37552255-37552274 MsG0680032264.01.T01:CDS 40.0%
CTTAGAGATCCAAAGAAACC+TGG + Chr6:37551657-37551676 None:intergenic 40.0%
GAAAGAGACTCCAATGGAAT+AGG + Chr6:37551729-37551748 None:intergenic 40.0%
GAAGATTGCTACCAATGGTA+TGG - Chr6:37551465-37551484 MsG0680032264.01.T01:CDS 40.0%
GAGGAACAACAACTTAACAG+AGG - Chr6:37553117-37553136 MsG0680032264.01.T01:CDS 40.0%
GCTCTTACAATTGACAACGA+AGG - Chr6:37551933-37551952 MsG0680032264.01.T01:CDS 40.0%
GGGAAGATTCCAACTTCAAT+GGG - Chr6:37553064-37553083 MsG0680032264.01.T01:CDS 40.0%
GTACTTATGCTCAACCTTCA+TGG - Chr6:37551516-37551535 MsG0680032264.01.T01:CDS 40.0%
GTGTTAGACCTCAGTGTTAA+TGG - Chr6:37552030-37552049 MsG0680032264.01.T01:CDS 40.0%
TAGCACATCCAGATAAGTGA+TGG + Chr6:37552299-37552318 None:intergenic 40.0%
TATCGACGACATGTGAAGAT+GGG + Chr6:37551988-37552007 None:intergenic 40.0%
TATTGTGCAGTTGAAAAGGC+GGG + Chr6:37552605-37552624 None:intergenic 40.0%
TGATGTGAATGCGGAAAGAT+CGG + Chr6:37552073-37552092 None:intergenic 40.0%
TGCAACCAATTCCATACCAT+TGG + Chr6:37551479-37551498 None:intergenic 40.0%
TGCTACCAATGGTATGGAAT+TGG - Chr6:37551471-37551490 MsG0680032264.01.T01:CDS 40.0%
! GGGGGATTCCAAAATCATTT+TGG - Chr6:37552202-37552221 MsG0680032264.01.T01:CDS 40.0%
! TGCAGTTCTTTAAGGAGGAA+GGG + Chr6:37553147-37553166 None:intergenic 40.0%
! TGCATCAAACTCTTTGGAAG+GGG - Chr6:37552182-37552201 MsG0680032264.01.T01:CDS 40.0%
!! CATGTGAAGATGGGTTAATG+AGG + Chr6:37551979-37551998 None:intergenic 40.0%
CGATGGAAGATTGCTACCAA+TGG - Chr6:37551460-37551479 MsG0680032264.01.T01:CDS 45.0%
CGTCCATTCCTATGTGCAAA+TGG - Chr6:37552920-37552939 MsG0680032264.01.T01:CDS 45.0%
CTGAGTGGAAAGATTCATGG+AGG - Chr6:37552123-37552142 MsG0680032264.01.T01:CDS 45.0%
GATGTGAATGCGGAAAGATC+GGG + Chr6:37552072-37552091 None:intergenic 45.0%
GCATAAGTACATGACCAGTG+AGG + Chr6:37551506-37551525 None:intergenic 45.0%
GGACACATCCCTTATTGGAT+TGG - Chr6:37553208-37553227 MsG0680032264.01.T01:intron 45.0%
TAGAGGGACACATCCCTTAT+TGG - Chr6:37553203-37553222 MsG0680032264.01.T01:intron 45.0%
TGCGCTTGAGAGAAACTTTG+AGG + Chr6:37553736-37553755 None:intergenic 45.0%
! CATCAAACTCTTTGGAAGGG+GGG - Chr6:37552184-37552203 MsG0680032264.01.T01:CDS 45.0%
! CTGTGTGCAGTTCTTTAAGG+AGG + Chr6:37553152-37553171 None:intergenic 45.0%
! GACATGGAAAGGTGTAGAAC+AGG - Chr6:37553495-37553514 MsG0680032264.01.T01:CDS 45.0%
! GCATCAAACTCTTTGGAAGG+GGG - Chr6:37552183-37552202 MsG0680032264.01.T01:CDS 45.0%
! GTGCAGTTCTTTAAGGAGGA+AGG + Chr6:37553148-37553167 None:intergenic 45.0%
ATTGGTTGCAGCAACCTCAC+TGG - Chr6:37551489-37551508 MsG0680032264.01.T01:CDS 50.0%
GAGAGATCTCCAAGTCGATG+AGG + Chr6:37551801-37551820 None:intergenic 50.0%
GGACGCATTCCATCTCAACT+TGG - Chr6:37551861-37551880 MsG0680032264.01.T01:CDS 50.0%
! AAAAGGCGGGACCCAGTTTT+CGG + Chr6:37552592-37552611 None:intergenic 50.0%
! GGTGTGATTCCTCATCGACT+TGG - Chr6:37551789-37551808 MsG0680032264.01.T01:CDS 50.0%
TGTCTGGCCCAAAATCCCTC+TGG + Chr6:37552735-37552754 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 37551444 37553771 37551444 ID=MsG0680032264.01;Name=MsG0680032264.01
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