AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680034463.01

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MsG0680034463.01.T01 AT1G62720 26.344 186 128 2 32 208 56 241 1.20e-17 80.9
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MsG0680034463.01.T01 AT5G39710 31.280 211 136 2 1 202 196 406 6.46e-34 127
MsG0680034463.01.T01 AT5G39710 30.093 216 142 1 1 207 301 516 1.67e-32 124
MsG0680034463.01.T01 AT5G39710 30.000 230 129 6 1 200 476 703 8.28e-24 99.0
MsG0680034463.01.T01 AT5G39710 31.884 138 80 3 84 207 134 271 3.99e-11 62.0
MsG0680034463.01.T01 AT1G03560 36.239 218 129 2 1 208 353 570 1.08e-35 132
MsG0680034463.01.T01 AT1G03560 28.910 211 141 1 1 202 283 493 1.86e-29 115
MsG0680034463.01.T01 AT1G03560 28.019 207 140 1 10 207 187 393 4.17e-25 102
MsG0680034463.01.T01 AT1G03560 26.389 216 150 1 1 207 213 428 5.33e-24 99.4
MsG0680034463.01.T01 AT1G03560 29.353 201 131 3 13 203 435 634 2.82e-16 77.0
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MsG0680034463.01.T01 AT5G65820 24.561 171 117 3 41 202 181 348 2.36e-12 65.5
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MsG0680034463.01.T01 AT1G06580 29.891 184 119 2 1 174 209 392 8.15e-23 95.1
MsG0680034463.01.T01 AT1G06580 26.291 213 148 2 5 208 3 215 9.97e-20 86.3
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MsG0680034463.01.T01 AT5G12100 27.027 185 126 1 8 183 212 396 6.04e-23 96.7
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MsG0680034463.01.T01 AT2G35130 20.553 253 153 5 3 207 170 422 1.65e-13 68.9
MsG0680034463.01.T01 AT2G35130 23.077 208 150 2 10 207 250 457 6.15e-13 67.4
MsG0680034463.01.T01 AT2G35130 22.749 211 154 2 1 202 312 522 3.51e-12 65.1
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MsG0680034463.01.T01 AT3G04130 24.186 215 152 3 2 205 216 430 8.14e-18 81.6
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MsG0680034463.01.T01 AT5G27270 24.883 213 149 4 1 203 595 806 1.60e-11 63.2
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MsG0680034463.01.T01 AT1G10270 24.762 210 140 4 12 203 359 568 2.29e-11 62.8
MsG0680034463.01.T01 AT1G10270 24.044 183 129 2 3 175 209 391 6.96e-11 61.6
MsG0680034463.01.T01 AT2G28050 24.645 211 148 2 4 205 240 448 1.76e-17 80.5
MsG0680034463.01.T01 AT2G27800 34.375 128 83 1 1 127 279 406 2.31e-17 80.1
MsG0680034463.01.T01 AT3G53170 26.442 208 144 1 8 206 234 441 2.32e-17 80.1
MsG0680034463.01.T01 AT3G53170 22.936 218 157 3 1 207 120 337 3.20e-12 65.1
MsG0680034463.01.T01 AT3G59040 26.570 207 123 3 1 207 273 450 3.18e-17 79.7
MsG0680034463.01.T01 AT3G59040 24.880 209 148 2 3 202 167 375 4.86e-16 76.3
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MsG0680034463.01.T01 AT3G59040 26.570 207 123 3 1 207 280 457 3.61e-17 79.7
MsG0680034463.01.T01 AT3G59040 24.880 209 148 2 3 202 174 382 5.17e-16 76.3
MsG0680034463.01.T01 AT3G59040 22.488 209 149 3 1 198 312 518 1.79e-13 68.9
MsG0680034463.01.T01 AT1G16830 23.322 283 141 4 1 207 273 555 4.76e-17 79.3
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MsG0680034463.01.T01 AT4G39620 22.843 197 138 2 1 183 159 355 3.31e-12 65.1
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MsG0680034463.01.T01 AT1G80880 20.673 208 160 1 6 208 290 497 7.07e-12 64.3
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MsG0680034463.01.T01 AT3G46610 23.786 206 127 2 1 206 449 624 5.92e-12 64.3
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MsG0680034463.01.T01 AT1G05600 22.984 248 140 5 6 202 148 395 4.30e-12 64.7
MsG0680034463.01.T01 AT1G05600 23.757 181 127 2 39 208 292 472 1.33e-11 63.5
MsG0680034463.01.T01 AT1G05600 22.222 216 155 4 3 205 219 434 1.58e-12 66.2
MsG0680034463.01.T01 AT1G05600 26.066 211 143 4 4 203 292 500 3.99e-12 65.1
MsG0680034463.01.T01 AT1G05600 22.984 248 140 5 6 202 148 395 4.30e-12 64.7
MsG0680034463.01.T01 AT1G05600 23.757 181 127 2 39 208 292 472 1.33e-11 63.5
MsG0680034463.01.T01 AT5G37570 26.111 180 116 4 1 175 136 303 1.87e-12 65.9
MsG0680034463.01.T01 AT5G37570 26.111 180 116 4 1 175 136 303 1.87e-12 65.9
MsG0680034463.01.T01 AT1G05750 27.322 183 114 4 7 179 137 310 2.19e-12 65.5
MsG0680034463.01.T01 AT1G05750 27.322 183 114 4 7 179 137 310 2.19e-12 65.5
MsG0680034463.01.T01 AT3G15930 23.618 199 143 2 9 202 301 495 2.39e-12 65.9
MsG0680034463.01.T01 AT5G16860 25.134 187 126 2 9 181 294 480 2.47e-12 65.9
MsG0680034463.01.T01 AT2G17210 25.837 209 142 4 1 203 375 576 2.96e-12 65.5
MsG0680034463.01.T01 AT5G08510 26.368 201 137 3 9 202 147 343 4.66e-12 64.7
MsG0680034463.01.T01 AT4G02750 24.020 204 134 5 7 205 123 310 4.67e-12 64.7
MsG0680034463.01.T01 AT5G03560 29.808 104 72 1 8 110 230 333 5.27e-12 64.3
MsG0680034463.01.T01 AT5G03560 29.808 104 72 1 8 110 230 333 5.27e-12 64.3
MsG0680034463.01.T01 AT5G03560 29.808 104 72 1 8 110 230 333 5.27e-12 64.3
MsG0680034463.01.T01 AT1G09410 26.425 193 100 5 7 199 76 226 5.47e-12 64.7
MsG0680034463.01.T01 AT5G08305 26.214 206 140 3 9 206 173 374 5.56e-12 64.3
MsG0680034463.01.T01 AT1G06140 27.273 176 119 3 15 185 251 422 5.64e-12 64.3
MsG0680034463.01.T01 AT1G06140 28.261 138 94 2 1 137 338 471 8.00e-12 63.9
MsG0680034463.01.T01 AT4G16470 22.165 194 121 3 9 202 173 336 6.89e-12 64.3
MsG0680034463.01.T01 AT2G03880 27.128 188 116 4 1 178 185 361 1.02e-11 63.9
MsG0680034463.01.T01 AT1G11290 26.178 191 128 3 2 185 364 548 1.03e-11 63.9
MsG0680034463.01.T01 AT3G13770 25.581 215 140 6 1 204 179 384 1.11e-11 63.5
MsG0680034463.01.T01 AT5G08490 26.630 184 119 5 10 185 502 677 1.32e-11 63.5
MsG0680034463.01.T01 AT5G08490 26.630 184 119 5 10 185 502 677 1.32e-11 63.5
MsG0680034463.01.T01 AT5G08490 26.630 184 119 5 10 185 502 677 1.32e-11 63.5
MsG0680034463.01.T01 AT5G39350 27.717 184 110 6 14 185 257 429 1.38e-11 63.5
MsG0680034463.01.T01 AT5G08490 26.630 184 119 5 10 185 502 677 1.53e-11 63.2
MsG0680034463.01.T01 AT5G08490 26.630 184 119 5 10 185 502 677 1.53e-11 63.2
MsG0680034463.01.T01 AT5G08490 26.630 184 119 5 10 185 502 677 1.53e-11 63.2
MsG0680034463.01.T01 AT2G40240 24.675 154 107 1 46 190 108 261 1.57e-11 62.8
MsG0680034463.01.T01 AT5G46460 29.508 122 74 3 9 130 96 205 2.01e-11 62.8
MsG0680034463.01.T01 AT1G08070 27.429 175 118 2 9 178 95 265 2.61e-11 62.8
MsG0680034463.01.T01 AT1G20230 22.749 211 148 3 7 207 179 384 3.25e-11 62.4
MsG0680034463.01.T01 AT1G20230 24.719 178 120 5 9 176 453 626 4.52e-11 62.0
MsG0680034463.01.T01 AT1G08070 27.429 175 118 2 9 178 199 369 3.52e-11 62.4
MsG0680034463.01.T01 AT4G16835 27.536 207 130 6 6 203 182 377 4.02e-11 62.0
MsG0680034463.01.T01 AT5G66520 25.269 186 126 4 7 185 178 357 4.31e-11 62.0
MsG0680034463.01.T01 AT3G53170 22.059 204 125 3 8 203 284 461 4.72e-11 61.6
MsG0680034463.01.T01 AT2G37310 25.837 209 136 4 7 205 297 496 4.90e-11 61.6
MsG0680034463.01.T01 AT2G18520 23.364 214 150 5 1 204 128 337 5.05e-11 61.6
MsG0680034463.01.T01 AT1G04840 22.449 196 143 2 12 202 229 420 6.97e-11 61.2
MsG0680034463.01.T01 AT5G27110 24.294 177 123 4 9 176 475 649 8.99e-11 61.2
MsG0680034463.01.T01 AT3G06430 23.645 203 129 3 1 202 150 327 9.07e-11 60.8

Find 42 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 55 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ATCGATGGTCTTCTCAAATA+TGG 0.171705 6:+88002785 MsG0680034463.01.T01:CDS
GATCACTTACAATTCCTTAT+TGG 0.206154 6:+88002871 MsG0680034463.01.T01:CDS
TGTTACTTATAATTCTTTAA+TGG 0.211640 6:+88002556 MsG0680034463.01.T01:CDS
ATTTCGAAAGTTACAGGATT+AGG 0.223909 6:-88003177 None:intergenic
CTTGGTTAAAGAAGTGAATA+AGG 0.259935 6:+88002589 MsG0680034463.01.T01:CDS
TTTAATGGATGGGTATTTCT+TGG 0.286264 6:+88002571 MsG0680034463.01.T01:CDS
TTTCGAAAGTTACAGGATTA+GGG 0.291593 6:-88003176 None:intergenic
AGCTATAGTATCATGATAAA+TGG 0.298309 6:+88002665 MsG0680034463.01.T01:CDS
ATGTATACTGTTATGATTAA+TGG 0.301837 6:+88003084 MsG0680034463.01.T01:CDS
ATAAGAATTTCGAAAGTTAC+AGG 0.315677 6:-88003183 None:intergenic
GAACTGTATGTTACAGTATT+AGG 0.320547 6:-88002758 None:intergenic
AGAAATGCATTCCAAAAGTA+TGG 0.346092 6:+88002733 MsG0680034463.01.T01:CDS
CTTCGCGAAATGATTGTTAG+AGG 0.350244 6:+88003252 MsG0680034463.01.T01:CDS
TGGACTATGTAAGACTAAAA+TGG 0.352392 6:+88002685 MsG0680034463.01.T01:CDS
AGTATTAGGAGCCATACTTT+TGG 0.353281 6:-88002744 None:intergenic
TTTGCACAAAGCATCCAATA+AGG 0.363798 6:-88002885 None:intergenic
CACATTTGTGTTCAACACTA+TGG 0.364220 6:+88002613 MsG0680034463.01.T01:CDS
CATTTCTTTGAAGAGATTAA+CGG 0.386450 6:-88002717 None:intergenic
TGTTCAACACTATGGCTAGA+AGG 0.411794 6:+88002621 MsG0680034463.01.T01:CDS
ACTTATAATTCTTTAATGGA+TGG 0.436882 6:+88002560 MsG0680034463.01.T01:CDS
TGGGAGAATCTCTGATGCTT+GGG 0.449742 6:+88002805 MsG0680034463.01.T01:CDS
ATACTATAGCTATGAACATC+AGG 0.455646 6:-88002653 None:intergenic
CTTATAATTCTTTAATGGAT+GGG 0.457159 6:+88002561 MsG0680034463.01.T01:CDS
ATGGGAGAATCTCTGATGCT+TGG 0.471438 6:+88002804 MsG0680034463.01.T01:CDS
TCGATGGTCTTCTCAAATAT+GGG 0.473853 6:+88002786 MsG0680034463.01.T01:CDS
AAGGCTATCATTTAGACGTA+TGG 0.477289 6:+88003061 MsG0680034463.01.T01:CDS
GAATTATAAGTAACAACATC+AGG 0.486736 6:-88002548 None:intergenic
TGAAAACAACATGAATGATA+AGG 0.497983 6:+88003218 MsG0680034463.01.T01:CDS
GTAAATGAGATGCATAATAG+AGG 0.528775 6:+88002833 MsG0680034463.01.T01:CDS
TTGTAAGTGATCACATCAGC+AGG 0.531361 6:-88002860 None:intergenic
GTTCAACACTATGGCTAGAA+GGG 0.541594 6:+88002622 MsG0680034463.01.T01:CDS
TAGTATGATAAAACAAGGTG+TGG 0.590169 6:+88002523 None:intergenic
TTCGAAAGTTACAGGATTAG+GGG 0.592089 6:-88003175 None:intergenic
CAACATGAATGATAAGGCGG+TGG 0.615027 6:+88003224 MsG0680034463.01.T01:CDS
TTCAACACTATGGCTAGAAG+GGG 0.629179 6:+88002623 MsG0680034463.01.T01:CDS
CAAACAAGCTCTCTTTACAA+AGG 0.638001 6:-88003107 None:intergenic
CATAGTGTTGAACACAAATG+TGG 0.651850 6:-88002612 None:intergenic
ACATACAGTTCACTTATCGA+TGG 0.655287 6:+88002770 MsG0680034463.01.T01:CDS
AAGTGATCACATCAGCAGGT+TGG 0.669409 6:-88002856 None:intergenic
ACTATGTAAGACTAAAATGG+TGG 0.683973 6:+88002688 MsG0680034463.01.T01:CDS
GGAGGTAGTATGATAAAACA+AGG 0.693448 6:+88002518 None:intergenic
AAACAACATGAATGATAAGG+CGG 0.701233 6:+88003221 MsG0680034463.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! TGTTACTTATAATTCTTTAA+TGG + Chr6:88002556-88002575 MsG0680034463.01.T01:CDS 15.0%
!! ACTTATAATTCTTTAATGGA+TGG + Chr6:88002560-88002579 MsG0680034463.01.T01:CDS 20.0%
!! ATGTATACTGTTATGATTAA+TGG + Chr6:88003084-88003103 MsG0680034463.01.T01:CDS 20.0%
!! ATTGTGTATGTATATATATC+CGG - Chr6:88002970-88002989 None:intergenic 20.0%
!!! CTTATAATTCTTTAATGGAT+GGG + Chr6:88002561-88002580 MsG0680034463.01.T01:CDS 20.0%
!!! TATCAGATTCTTTTGATTAA+AGG + Chr6:88003042-88003061 MsG0680034463.01.T01:intron 20.0%
! AGCTATAGTATCATGATAAA+TGG + Chr6:88002665-88002684 MsG0680034463.01.T01:CDS 25.0%
! ATAAGAATTTCGAAAGTTAC+AGG - Chr6:88003186-88003205 None:intergenic 25.0%
! GAATTATAAGTAACAACATC+AGG - Chr6:88002551-88002570 None:intergenic 25.0%
! TGAAAACAACATGAATGATA+AGG + Chr6:88003218-88003237 MsG0680034463.01.T01:CDS 25.0%
!! CATTTCTTTGAAGAGATTAA+CGG - Chr6:88002720-88002739 None:intergenic 25.0%
AAACAACATGAATGATAAGG+CGG + Chr6:88003221-88003240 MsG0680034463.01.T01:CDS 30.0%
ACTATGTAAGACTAAAATGG+TGG + Chr6:88002688-88002707 MsG0680034463.01.T01:CDS 30.0%
AGAAATGCATTCCAAAAGTA+TGG + Chr6:88002733-88002752 MsG0680034463.01.T01:CDS 30.0%
ATACTATAGCTATGAACATC+AGG - Chr6:88002656-88002675 None:intergenic 30.0%
ATGCAAAAATGGAAGACTTA+AGG + Chr6:88003005-88003024 MsG0680034463.01.T01:intron 30.0%
ATTGTCCTTACTGTCAAAAA+TGG + Chr6:88003137-88003156 MsG0680034463.01.T01:CDS 30.0%
ATTTCGAAAGTTACAGGATT+AGG - Chr6:88003180-88003199 None:intergenic 30.0%
CTTGGTTAAAGAAGTGAATA+AGG + Chr6:88002589-88002608 MsG0680034463.01.T01:CDS 30.0%
GAACTGTATGTTACAGTATT+AGG - Chr6:88002761-88002780 None:intergenic 30.0%
GATCACTTACAATTCCTTAT+TGG + Chr6:88002871-88002890 MsG0680034463.01.T01:CDS 30.0%
GTAAATGAGATGCATAATAG+AGG + Chr6:88002833-88002852 MsG0680034463.01.T01:CDS 30.0%
TGGACTATGTAAGACTAAAA+TGG + Chr6:88002685-88002704 MsG0680034463.01.T01:CDS 30.0%
TTTCGAAAGTTACAGGATTA+GGG - Chr6:88003179-88003198 None:intergenic 30.0%
! ACATACACAATACTTGTTGA+TGG + Chr6:88002979-88002998 MsG0680034463.01.T01:intron 30.0%
! TTTAATGGATGGGTATTTCT+TGG + Chr6:88002571-88002590 MsG0680034463.01.T01:CDS 30.0%
!! GTTGATGGTTTATGCAAAAA+TGG + Chr6:88002994-88003013 MsG0680034463.01.T01:intron 30.0%
!!! TGTTGTTTTCAAACAAAGCA+CGG - Chr6:88003209-88003228 None:intergenic 30.0%
AAGGCTATCATTTAGACGTA+TGG + Chr6:88003061-88003080 MsG0680034463.01.T01:CDS 35.0%
ACATACAGTTCACTTATCGA+TGG + Chr6:88002770-88002789 MsG0680034463.01.T01:CDS 35.0%
ATCGATGGTCTTCTCAAATA+TGG + Chr6:88002785-88002804 MsG0680034463.01.T01:CDS 35.0%
CAAACAAGCTCTCTTTACAA+AGG - Chr6:88003110-88003129 None:intergenic 35.0%
CACATTTGTGTTCAACACTA+TGG + Chr6:88002613-88002632 MsG0680034463.01.T01:CDS 35.0%
CTGTCAAAAATGGAAGACAA+TGG + Chr6:88003147-88003166 MsG0680034463.01.T01:CDS 35.0%
CTTACGAAGATAAAACAGCA+AGG + Chr6:88002937-88002956 MsG0680034463.01.T01:intron 35.0%
TCGATGGTCTTCTCAAATAT+GGG + Chr6:88002786-88002805 MsG0680034463.01.T01:CDS 35.0%
TTCGAAAGTTACAGGATTAG+GGG - Chr6:88003178-88003197 None:intergenic 35.0%
! AGTATTAGGAGCCATACTTT+TGG - Chr6:88002747-88002766 None:intergenic 35.0%
! CATAGTGTTGAACACAAATG+TGG - Chr6:88002615-88002634 None:intergenic 35.0%
! TTTGCACAAAGCATCCAATA+AGG - Chr6:88002888-88002907 None:intergenic 35.0%
!! GTCTTCCATTTTTGACAGTA+AGG - Chr6:88003145-88003164 None:intergenic 35.0%
AAAACAGCAAGGAATTCAGC+CGG + Chr6:88002948-88002967 MsG0680034463.01.T01:intron 40.0%
CTTCGCGAAATGATTGTTAG+AGG + Chr6:88003252-88003271 MsG0680034463.01.T01:CDS 40.0%
GTTCAACACTATGGCTAGAA+GGG + Chr6:88002622-88002641 MsG0680034463.01.T01:CDS 40.0%
TGCTTTGTGCAAAAACCATC+AGG + Chr6:88002895-88002914 MsG0680034463.01.T01:CDS 40.0%
TGTTCAACACTATGGCTAGA+AGG + Chr6:88002621-88002640 MsG0680034463.01.T01:CDS 40.0%
TTCAACACTATGGCTAGAAG+GGG + Chr6:88002623-88002642 MsG0680034463.01.T01:CDS 40.0%
TTGTAAGTGATCACATCAGC+AGG - Chr6:88002863-88002882 None:intergenic 40.0%
AAGTGATCACATCAGCAGGT+TGG - Chr6:88002859-88002878 None:intergenic 45.0%
ATGGGAGAATCTCTGATGCT+TGG + Chr6:88002804-88002823 MsG0680034463.01.T01:CDS 45.0%
CAACATGAATGATAAGGCGG+TGG + Chr6:88003224-88003243 MsG0680034463.01.T01:CDS 45.0%
GCAAAAACCATCAGGTGACA+AGG + Chr6:88002903-88002922 MsG0680034463.01.T01:intron 45.0%
TGGGAGAATCTCTGATGCTT+GGG + Chr6:88002805-88002824 MsG0680034463.01.T01:CDS 45.0%
AAGACTTAAGGACGCGCAAG+AGG + Chr6:88003017-88003036 MsG0680034463.01.T01:intron 50.0%
GTGATTGCCTTGTCACCTGA+TGG - Chr6:88002913-88002932 None:intergenic 50.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 88002527 88003284 88002527 ID=MsG0680034463.01;Name=MsG0680034463.01
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Chr6 exon 88003048 88003284 88003048 ID=MsG0680034463.01.T01:exon:7513;Parent=MsG0680034463.01.T01
Chr6 CDS 88002527 88002916 88002527 ID=MsG0680034463.01.T01:cds;Parent=MsG0680034463.01.T01
Chr6 CDS 88003048 88003284 88003048 ID=MsG0680034463.01.T01:cds;Parent=MsG0680034463.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680034463.01.T01

ATGATAAAACAAGGTGTGGATCCTGATGTTGTTACTTATAATTCTTTAATGGATGGGTATTTCTTGGTTAAAGAAGTGAATAAGGCCACATTTGTGTTCAACACTATGGCTAGAAGGGGAGTGACTCCTGATGTTCATAGCTATAGTATCATGATAAATGGACTATGTAAGACTAAAATGGTGGATGAAGCCGTTAATCTCTTCAAAGAAATGCATTCCAAAAGTATGGCTCCTAATACTGTAACATACAGTTCACTTATCGATGGTCTTCTCAAATATGGGAGAATCTCTGATGCTTGGGATCTTGTAAATGAGATGCATAATAGAGGCCAACCTGCTGATGTGATCACTTACAATTCCTTATTGGATGCTTTGTGCAAAAACCATCAGATTCTTTTGATTAAAGGCTATCATTTAGACGTATGGATGTATACTGTTATGATTAATGGCCTTTGTAAAGAGAGCTTGTTTGATGAAGCATTGTCCTTACTGTCAAAAATGGAAGACAATGGTTGCACCCCTAATCCTGTAACTTTCGAAATTCTTATCCGTGCTTTGTTTGAAAACAACATGAATGATAAGGCGGTGGAACTTCTTCGCGAAATGATTGTTAGAGGTCTACTATAA
Protein sequence

>MsG0680034463.01.T01

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