AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035358.01

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MsG0680035358.01.T01 AT4G00330 32.288 319 200 6 17 324 95 408 1.21e-43 162
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MsG0680035358.01.T01 AT5G59700 34.828 290 176 6 30 313 471 753 1.05e-34 140
MsG0680035358.01.T01 AT5G48740 38.033 305 175 8 315 611 580 878 1.75e-56 206
MsG0680035358.01.T01 AT5G48740 34.007 297 184 6 21 312 588 877 5.58e-36 145
MsG0680035358.01.T01 AT1G49100 41.356 295 163 6 321 610 561 850 2.20e-56 205
MsG0680035358.01.T01 AT1G49100 34.528 307 183 8 12 312 556 850 2.05e-35 143
MsG0680035358.01.T01 AT1G51805 38.608 316 180 7 305 611 537 847 2.31e-56 205
MsG0680035358.01.T01 AT1G51805 34.483 290 176 7 29 313 567 847 4.15e-35 142
MsG0680035358.01.T01 AT1G16130 38.339 313 177 7 301 606 379 682 2.36e-56 204
MsG0680035358.01.T01 AT1G16130 34.437 302 183 6 27 321 402 695 1.06e-42 164
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MsG0680035358.01.T01 AT1G79620 34.899 298 175 7 29 317 652 939 1.66e-35 144
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MsG0680035358.01.T01 AT4G34440 31.973 294 187 5 28 314 299 586 4.90e-34 138
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MsG0680035358.01.T01 AT2G04300 33.333 297 178 10 25 313 568 852 8.40e-33 135
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MsG0680035358.01.T01 AT2G28990 39.583 288 160 8 331 611 567 847 9.23e-55 201
MsG0680035358.01.T01 AT2G28990 33.103 290 178 8 29 312 567 846 1.23e-33 137
MsG0680035358.01.T01 AT1G16120 41.414 297 163 7 324 613 410 702 9.86e-55 199
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MsG0680035358.01.T01 AT1G68690 40.541 296 159 9 330 614 364 653 1.15e-54 198
MsG0680035358.01.T01 AT1G68690 33.866 313 181 9 28 322 364 668 2.08e-35 142
MsG0680035358.01.T01 AT1G68690 40.541 296 159 9 330 614 364 653 1.15e-54 198
MsG0680035358.01.T01 AT1G68690 33.866 313 181 9 28 322 364 668 2.08e-35 142
MsG0680035358.01.T01 AT1G68690 42.014 288 150 9 330 606 364 645 1.17e-54 197
MsG0680035358.01.T01 AT1G68690 34.828 290 172 7 28 308 364 645 3.83e-35 141
MsG0680035358.01.T01 AT1G51820 38.217 314 180 7 303 607 536 844 1.23e-54 200
MsG0680035358.01.T01 AT1G51820 32.911 316 189 10 10 313 544 848 2.82e-32 133
MsG0680035358.01.T01 AT2G14440 39.858 281 158 7 331 606 554 828 1.28e-54 200
MsG0680035358.01.T01 AT2G14440 33.220 295 184 8 23 313 548 833 1.18e-35 144
MsG0680035358.01.T01 AT2G20300 38.851 296 164 8 323 611 332 617 1.29e-54 199
MsG0680035358.01.T01 AT2G20300 31.633 294 187 6 24 312 332 616 9.18e-36 144
MsG0680035358.01.T01 AT1G52540 37.000 300 174 8 327 617 21 314 1.45e-54 189
MsG0680035358.01.T01 AT1G52540 29.180 305 201 7 17 312 9 307 3.57e-30 122
MsG0680035358.01.T01 AT1G56120 39.934 303 162 9 321 612 669 962 2.04e-54 201
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MsG0680035358.01.T01 AT1G49730 44.262 244 123 5 320 556 306 543 1.57e-52 191
MsG0680035358.01.T01 AT1G49730 37.273 220 123 5 29 240 317 529 3.05e-33 135
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MsG0680035358.01.T01 AT1G51790 37.201 293 160 10 29 312 567 844 1.41e-38 152
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MsG0680035358.01.T01 AT2G02800 31.457 302 186 7 26 312 68 363 1.11e-35 139
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MsG0680035358.01.T01 AT1G56720 34.375 288 181 4 29 312 167 450 2.97e-40 154
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MsG0680035358.01.T01 AT1G70520 37.801 291 170 7 331 611 313 602 1.12e-50 186
MsG0680035358.01.T01 AT1G70520 30.183 328 206 6 29 344 313 629 2.04e-33 136
MsG0680035358.01.T01 AT4G20450 39.274 303 153 10 316 611 568 846 1.15e-50 189
MsG0680035358.01.T01 AT4G20450 32.792 308 171 9 29 324 581 864 5.01e-37 148
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MsG0680035358.01.T01 AT1G77280 30.375 293 196 6 27 314 390 679 1.60e-32 134
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MsG0680035358.01.T01 AT1G07550 32.872 289 180 7 29 313 550 828 6.78e-30 126
MsG0680035358.01.T01 AT5G40380 38.276 290 165 7 331 610 303 588 2.06e-48 180
MsG0680035358.01.T01 AT5G40380 32.313 294 181 6 29 312 303 588 1.36e-35 142
MsG0680035358.01.T01 AT1G74490 34.639 332 199 10 295 613 41 367 2.15e-48 174
MsG0680035358.01.T01 AT1G74490 28.571 322 210 8 26 336 76 388 1.40e-29 121
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MsG0680035358.01.T01 AT1G61430 30.472 233 154 4 21 248 446 675 4.81e-26 114
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MsG0680035358.01.T01 AT3G55450 35.423 319 164 11 321 610 39 344 7.43e-45 164
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CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CAAAACTATAAAGATCATTT+TGG 0.223180 6:+103182633 None:intergenic
CCCCATAGCCTCAACCTTAC+AGG 0.243805 6:+103183796 None:intergenic
TGAAATGTCCACAAGAATTA+AGG 0.257167 6:-103182409 MsG0680035358.01.T01:CDS
CTACGGCTGAGCTTGCATTT+TGG 0.263337 6:-103182436 MsG0680035358.01.T01:CDS
TGAGAATTTCCACAGTTTCT+TGG 0.267060 6:-103184908 MsG0680035358.01.T01:five_prime_UTR
TATGAGATAATTTCAATAAA+AGG 0.277863 6:-103182335 MsG0680035358.01.T01:intron
CATGGTTGGCCTGAGTTCCT+TGG 0.286079 6:+103180947 None:intergenic
GGCTCTGCCACTGTATATTA+TGG 0.295304 6:-103183629 MsG0680035358.01.T01:intron
TCATCATCTTGTTGATCTTC+AGG 0.307784 6:+103182462 None:intergenic
ATCATCCATCGTGACATAAA+AGG 0.330954 6:-103181359 MsG0680035358.01.T01:CDS
GTGCCTTGCATTATACTTGC+CGG 0.334017 6:+103181125 None:intergenic
GCTGTTAAAGTTGCAGATTT+TGG 0.335562 6:-103181308 MsG0680035358.01.T01:CDS
AGTTGAAAACCAAGCTTTAG+TGG 0.335980 6:-103182519 MsG0680035358.01.T01:CDS
TTGTCAAAGAAACTTGATAT+TGG 0.356607 6:-103182737 MsG0680035358.01.T01:CDS
GTAAAGTCCCTCATTGGTTC+TGG 0.361389 6:-103180737 MsG0680035358.01.T01:three_prime_UTR
AACTTCAATTTATTCTGCTT+TGG 0.369300 6:+103183725 None:intergenic
ATGGTTGGCCTGAGTTCCTT+GGG 0.369536 6:+103180948 None:intergenic
AGTGTCTAAAACCTGTTTCA+TGG 0.370556 6:+103180929 None:intergenic
ATTAACTTGGCTTAACAGAT+TGG 0.373626 6:-103182885 MsG0680035358.01.T01:CDS
TTTCTGGGGTCCGGAGGGTT+CGG 0.373898 6:-103182001 MsG0680035358.01.T01:CDS
CTTGTGTCAAAAGGCTTACT+TGG 0.377542 6:-103182659 MsG0680035358.01.T01:CDS
TAAGATAATAACCGACCTTC+AGG 0.380194 6:+103180706 None:intergenic
AGGGCATAAGCAAAGGGAAA+TGG 0.387082 6:-103180902 MsG0680035358.01.T01:CDS
CGATTATGTCTCTTGTAACA+TGG 0.392418 6:+103182708 None:intergenic
ATGTTCCGCTATCTGATATT+CGG 0.400460 6:+103182909 None:intergenic
GATCCAGACTACTATGAAAC+TGG 0.406660 6:-103181215 MsG0680035358.01.T01:CDS
GTTAGTAGCTTCTTCAAGTT+CGG 0.408622 6:+103182036 None:intergenic
GGGCATAAGCAAAGGGAAAT+GGG 0.413064 6:-103180901 MsG0680035358.01.T01:CDS
CTTCCAGTTTCATAGTAGTC+TGG 0.419391 6:+103181212 None:intergenic
TTGGATAAACTCTTTCAAAC+AGG 0.424833 6:-103180849 MsG0680035358.01.T01:three_prime_UTR
ACCCTGTAAGGTTGAGGCTA+TGG 0.432418 6:-103183798 MsG0680035358.01.T01:exon
TCTAGCACTTGTTCCATGTT+AGG 0.433813 6:+103182386 None:intergenic
GTGTACGAGTACATCTCTAA+TGG 0.435383 6:-103181494 MsG0680035358.01.T01:CDS
AAAAGCGACGTCTATAGCTT+TGG 0.439247 6:-103181179 MsG0680035358.01.T01:CDS
CATGGGTTCCCTTTGATGAA+TGG 0.440064 6:+103182982 None:intergenic
ACTCTTGCTGCTCAGATTCA+AGG 0.443122 6:-103182932 MsG0680035358.01.T01:CDS
TCACCTGCATCATCAAAATC+TGG 0.444004 6:-103181564 MsG0680035358.01.T01:CDS
ACTCAGGCCAACCATGAAAC+AGG 0.446500 6:-103180940 MsG0680035358.01.T01:CDS
AATGTGGTAAAATCACTAAA+AGG 0.446763 6:+103180670 None:intergenic
CCCTGTAAGGTTGAGGCTAT+GGG 0.447520 6:-103183797 MsG0680035358.01.T01:exon
ACCCCAGAAAAGTGTCAAAC+TGG 0.451802 6:+103182014 None:intergenic
TTCTTTCATGAACTGCTGAA+TGG 0.455637 6:+103181601 None:intergenic
TGAGCTTATATCATCGAAAC+CGG 0.457743 6:-103181144 MsG0680035358.01.T01:CDS
TATTGTGAGACTTTACATTA+CGG 0.458935 6:+103182804 None:intergenic
TGGTTATGCCATTCATCAAA+GGG 0.465996 6:-103182990 MsG0680035358.01.T01:CDS
ACTTGTCTTCATTAAAGCAT+TGG 0.466394 6:+103183089 None:intergenic
TTACGTGTAAAGTCCCTCAT+TGG 0.469272 6:-103180743 MsG0680035358.01.T01:three_prime_UTR
CCAAGCTTTAGTGGAGCTGT+TGG 0.469527 6:-103182510 MsG0680035358.01.T01:CDS
TTGACTCCTAAGTTATTTGG+TGG 0.469534 6:+103180874 None:intergenic
ATGTAAGCACGAGTTCCTAC+TGG 0.471226 6:+103181239 None:intergenic
GGCATGTAGTTTAGGAATGC+AGG 0.476683 6:+103183037 None:intergenic
GACCCGGAACTTGTGTCAAA+AGG 0.476994 6:-103182668 MsG0680035358.01.T01:CDS
ATCTCCCTTGCTTTATGCCA+TGG 0.481228 6:+103182357 None:intergenic
AAAAGGAAGCAATATTCTGC+TGG 0.482538 6:-103181342 MsG0680035358.01.T01:CDS
CAGCAAGAGTCCCGTTGGAC+AGG 0.484468 6:+103182945 None:intergenic
CCACAGTTTCTTGGTTCCCA+AGG 0.488718 6:-103184899 MsG0680035358.01.T01:intron
CATGTTACAAGAGACATAAT+CGG 0.488860 6:-103182707 MsG0680035358.01.T01:CDS
GGGTTCGGCAGAGTCTACTA+TGG 0.492060 6:-103181986 MsG0680035358.01.T01:intron
TCTGATTCGAAGCCAAGTCT+TGG 0.492485 6:+103182485 None:intergenic
GAAACATGAGTGACATAGTC+GGG 0.497107 6:+103181269 None:intergenic
GCTCACATTCTTGATAAGAA+AGG 0.497904 6:-103183650 MsG0680035358.01.T01:CDS
ATGTTAGGCCTTAATTCTTG+TGG 0.500796 6:+103182401 None:intergenic
TACATGAATACCTGTCCAAC+GGG 0.500879 6:-103182955 MsG0680035358.01.T01:CDS
AAGAAACTGTGGAAATTCTC+AGG 0.504634 6:+103184910 None:intergenic
ATCAATAAAATTAAAAGCCG+CGG 0.505118 6:+103180817 None:intergenic
ACCAAATAACTTAGGAGTCA+AGG 0.508528 6:-103180872 MsG0680035358.01.T01:exon
TTGGAATATCTTCACTATAA+CGG 0.508991 6:-103182836 MsG0680035358.01.T01:CDS
CTTCATGTAGTAAACTATCA+TGG 0.511295 6:-103181445 MsG0680035358.01.T01:CDS
GAGCTGTTGGATCCAAGACT+TGG 0.512854 6:-103182497 MsG0680035358.01.T01:CDS
CATAACCATAAATCGTAACT+AGG 0.516601 6:+103183005 None:intergenic
TTGGTATTTCTTCACGACTC+AGG 0.520170 6:-103181383 MsG0680035358.01.T01:CDS
ATGGTTATGCCATTCATCAA+AGG 0.520445 6:-103182991 MsG0680035358.01.T01:CDS
GATTATGTCTCTTGTAACAT+GGG 0.526159 6:+103182709 None:intergenic
CTCTACAGGGCATAAGCAAA+GGG 0.527008 6:-103180908 MsG0680035358.01.T01:CDS
ATAGCGGAACATCATTAACT+TGG 0.527314 6:-103182898 MsG0680035358.01.T01:CDS
CATCGAAACTGCGAACGCCT+TGG 0.529266 6:-103181402 MsG0680035358.01.T01:CDS
TGCAGTGTCCCAAGGAACTC+AGG 0.530408 6:-103180956 MsG0680035358.01.T01:CDS
GGGATTCCACCAAATAACTT+AGG 0.531077 6:-103180880 MsG0680035358.01.T01:exon
CCCATAGCCTCAACCTTACA+GGG 0.534549 6:+103183797 None:intergenic
CAAGGCGTTCGCAGTTTCGA+TGG 0.540485 6:+103181403 None:intergenic
CCAACAGCTCCACTAAAGCT+TGG 0.542512 6:+103182510 None:intergenic
TCTAAAACCTGTTTCATGGT+TGG 0.546310 6:+103180933 None:intergenic
GTAGACTCTGCCGAACCCTC+CGG 0.550183 6:+103181991 None:intergenic
CAAGGAATTACAGCTGCTAG+TGG 0.552680 6:-103181057 MsG0680035358.01.T01:CDS
CAGGTATTCATGTACTAGCA+TGG 0.553426 6:+103182964 None:intergenic
ACTCTTACACAACATCTTCA+CGG 0.556675 6:-103181470 MsG0680035358.01.T01:CDS
ACTCTACAGGGCATAAGCAA+AGG 0.563415 6:-103180909 MsG0680035358.01.T01:CDS
GGATGTGCAATGACCCTGTA+AGG 0.564030 6:-103183810 MsG0680035358.01.T01:five_prime_UTR
ACAAGAATTAAGGCCTAACA+TGG 0.574191 6:-103182399 MsG0680035358.01.T01:CDS
AATCGATATAGCAAATGCAT+TGG 0.580457 6:-103182855 MsG0680035358.01.T01:CDS
TGGACATAATTCCTGAAGGT+CGG 0.582114 6:-103180717 MsG0680035358.01.T01:three_prime_UTR
ACTCTTTCAAACAGGTGCAC+AGG 0.583852 6:-103180841 MsG0680035358.01.T01:three_prime_UTR
CTGAGCAGCAAGAGTCCCGT+TGG 0.584721 6:+103182940 None:intergenic
TAGCTTCTTCAAGTTCGGCA+TGG 0.586573 6:+103182041 None:intergenic
CAACAAGATGATGACGGCTA+CGG 0.588649 6:-103182453 MsG0680035358.01.T01:CDS
CCTGTAAGGTTGAGGCTATG+GGG 0.592525 6:-103183796 MsG0680035358.01.T01:exon
CAGACTACTATGAAACTGGA+AGG 0.593514 6:-103181211 MsG0680035358.01.T01:CDS
TCTCTCCATGGCATAAAGCA+AGG 0.596868 6:-103182362 MsG0680035358.01.T01:CDS
CAGGGCAGACAGAACAACGT+TGG 0.597217 6:-103184935 None:intergenic
AGGTATTCATGTACTAGCAT+GGG 0.600405 6:+103182965 None:intergenic
AATAACTTAGGAGTCAAGGT+TGG 0.600578 6:-103180868 MsG0680035358.01.T01:exon
AACAAGTGGTTATGTAGACC+CGG 0.608070 6:-103182684 MsG0680035358.01.T01:CDS
CTCTCCATGGCATAAAGCAA+GGG 0.609788 6:-103182361 MsG0680035358.01.T01:CDS
CAAACAGGTGCACAGGTCCG+CGG 0.610593 6:-103180834 MsG0680035358.01.T01:three_prime_UTR
TCAGTGTGTGCAGTGTCCCA+AGG 0.611075 6:-103180964 MsG0680035358.01.T01:CDS
GGAAACATGAGTGACATAGT+CGG 0.613096 6:+103181268 None:intergenic
GTAAGGTTGAGGCTATGGGG+TGG 0.614532 6:-103183793 MsG0680035358.01.T01:exon
CTTCTTCAAGTTCGGCATGG+TGG 0.615074 6:+103182044 None:intergenic
CATGTTTCCACTCTTCCAGT+AGG 0.616609 6:-103181254 MsG0680035358.01.T01:CDS
GTACATGAATACCTGTCCAA+CGG 0.623320 6:-103182956 MsG0680035358.01.T01:CDS
ATTATGTCCAGAACCAATGA+GGG 0.625702 6:+103180730 None:intergenic
GGCATAAGCAAAGGGAAATG+GGG 0.627064 6:-103180900 MsG0680035358.01.T01:CDS
TATTTAGGAAAACTTAAAGA+CGG 0.629709 6:-103181668 MsG0680035358.01.T01:intron
AGAGACATAATCGGAACAAG+TGG 0.629898 6:-103182698 MsG0680035358.01.T01:CDS
CCTTGGGAACCAAGAAACTG+TGG 0.631722 6:+103184899 None:intergenic
AATTATGTCCAGAACCAATG+AGG 0.632897 6:+103180729 None:intergenic
GTTCTGGACATAATTCCTGA+AGG 0.638845 6:-103180721 MsG0680035358.01.T01:three_prime_UTR
ACGAGTTCCTACTGGAAGAG+TGG 0.641111 6:+103181247 None:intergenic
AAAACTTAAAGACGGTAGAG+AGG 0.641732 6:-103181660 MsG0680035358.01.T01:CDS
AAACCGGCAAGTATAATGCA+AGG 0.654254 6:-103181128 MsG0680035358.01.T01:CDS
GCAATGACCCTGTAAGGTTG+AGG 0.659600 6:-103183804 MsG0680035358.01.T01:five_prime_UTR
CAAGTGCTAGAGTCTCTCCA+TGG 0.661262 6:-103182374 MsG0680035358.01.T01:CDS
AACGAGTAAAATCTTAAACA+AGG 0.666290 6:-103181075 MsG0680035358.01.T01:CDS
GAAGATCAACAAGATGATGA+CGG 0.667668 6:-103182459 MsG0680035358.01.T01:CDS
AGACTACTATGAAACTGGAA+GGG 0.667976 6:-103181210 MsG0680035358.01.T01:CDS
CAAGGCCGAATATCAGATAG+CGG 0.681598 6:-103182914 MsG0680035358.01.T01:CDS
CTTCTTACCATAATATACAG+TGG 0.688389 6:+103183622 None:intergenic
TGAGTCGTGAAGAAATACCA+AGG 0.733085 6:+103181385 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! ATAACTTTTTAGTAATTTTA+TGG + Chr6:103181257-103181276 None:intergenic 10.0%
!!! TTATATGTATTTTTTTTTAG+TGG + Chr6:103182417-103182436 None:intergenic 10.0%
!! AAAATGATAATTATATGAAG+AGG - Chr6:103183806-103183825 MsG0680035358.01.T01:five_prime_UTR 15.0%
!! ATTTCCTTGTATTTATATTT+AGG - Chr6:103183920-103183939 MsG0680035358.01.T01:intron 15.0%
!! TATGAGATAATTTCAATAAA+AGG - Chr6:103183268-103183287 MsG0680035358.01.T01:intron 15.0%
!!! AAAATGATCTTTATAGTTTT+GGG - Chr6:103182972-103182991 MsG0680035358.01.T01:CDS 15.0%
!!! ATTCATTCATATATTTTTTC+AGG + Chr6:103182014-103182033 None:intergenic 15.0%
!!! TTATAAAAAGTTACTTGTTT+TGG - Chr6:103181054-103181073 MsG0680035358.01.T01:CDS 15.0%
!!! TTTTCCTAAATATAAATACA+AGG + Chr6:103183927-103183946 None:intergenic 15.0%
!! AATAGTTTCATATTTGTGTT+TGG + Chr6:103180866-103180885 None:intergenic 20.0%
!! AATATAAATACAAGGAAATG+CGG + Chr6:103183919-103183938 None:intergenic 20.0%
!! CATATAATCTTTCTTTGATT+AGG - Chr6:103182461-103182480 MsG0680035358.01.T01:CDS 20.0%
!! TAGCACAAAAATTTATATCA+AGG + Chr6:103182829-103182848 None:intergenic 20.0%
!! TATTTAGGAAAACTTAAAGA+CGG - Chr6:103183935-103183954 MsG0680035358.01.T01:intron 20.0%
!! TTAACTTCAAACATTATCTA+TGG - Chr6:103182145-103182164 MsG0680035358.01.T01:intron 20.0%
!!! AAATGATCTTTATAGTTTTG+GGG - Chr6:103182973-103182992 MsG0680035358.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATAAATTTTTGTGCTAAAGT+TGG - Chr6:103182833-103182852 MsG0680035358.01.T01:CDS 20.0%
!!! CAAAACTATAAAGATCATTT+TGG + Chr6:103182973-103182992 None:intergenic 20.0%
!!! CAAAATGATCTTTATAGTTT+TGG - Chr6:103182971-103182990 MsG0680035358.01.T01:CDS 20.0%
!!! TAAAATGTTAACGTTTTTTC+TGG - Chr6:103183456-103183475 MsG0680035358.01.T01:intron 20.0%
!!! TAGATAATGTTTGAAGTTAA+CGG + Chr6:103182145-103182164 None:intergenic 20.0%
!!! TTCAACTTTTTTGCATAAAA+GGG + Chr6:103183071-103183090 None:intergenic 20.0%
!!! TTCTTTTAATGAAAATGTAG+TGG - Chr6:103184585-103184604 MsG0680035358.01.T01:intron 20.0%
!!! TTGACAATAAACAATGATTT+TGG + Chr6:103181351-103181370 None:intergenic 20.0%
!!! TTTCAACTTTTTTGCATAAA+AGG + Chr6:103183072-103183091 None:intergenic 20.0%
! AAAAACCTAGTTACGATTTA+TGG - Chr6:103182593-103182612 MsG0680035358.01.T01:CDS 25.0%
! AAACATATTCAAGAACCAAA+CGG + Chr6:103181185-103181204 None:intergenic 25.0%
! AACGAGTAAAATCTTAAACA+AGG - Chr6:103184528-103184547 MsG0680035358.01.T01:intron 25.0%
! AACTTCAATTTATTCTGCTT+TGG + Chr6:103181881-103181900 None:intergenic 25.0%
! ATCAATAAAATTAAAAGCCG+CGG + Chr6:103184789-103184808 None:intergenic 25.0%
! ATTGTAAGAAACTAATGAAC+AGG + Chr6:103181433-103181452 None:intergenic 25.0%
! TAACAAAAAGTGATACTAAG+TGG + Chr6:103180749-103180768 None:intergenic 25.0%
! TATAGTACTTCTTGAATTTG+TGG - Chr6:103180836-103180855 MsG0680035358.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
! TATTGTGAGACTTTACATTA+CGG + Chr6:103182802-103182821 None:intergenic 25.0%
! TTGGAATATCTTCACTATAA+CGG - Chr6:103182767-103182786 MsG0680035358.01.T01:CDS 25.0%
! TTGTCAAAGAAACTTGATAT+TGG - Chr6:103182866-103182885 MsG0680035358.01.T01:CDS 25.0%
!! GTTAACATTTTATCAGAGTT+AGG + Chr6:103183448-103183467 None:intergenic 25.0%
!! TAAATCTAGAATATGTTTGC+AGG - Chr6:103181382-103181401 MsG0680035358.01.T01:CDS 25.0%
!! TTATATGAAGAGGTACATTA+AGG - Chr6:103183816-103183835 MsG0680035358.01.T01:intron 25.0%
!!! TAGTATCACTTTTTGTTAGT+TGG - Chr6:103180751-103180770 MsG0680035358.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
!!! TTTTTAGTGGATAAACAACT+AGG + Chr6:103182404-103182423 None:intergenic 25.0%
AAAAAGGGACAAAAGTTAGA+TGG + Chr6:103183313-103183332 None:intergenic 30.0%
AATCGATATAGCAAATGCAT+TGG - Chr6:103182748-103182767 MsG0680035358.01.T01:CDS 30.0%
ACTTGTCTTCATTAAAGCAT+TGG + Chr6:103182517-103182536 None:intergenic 30.0%
AGTAACATTGAAGTTAACAG+AGG - Chr6:103182321-103182340 MsG0680035358.01.T01:intron 30.0%
ATAACTGTGACTAGATGTAA+AGG + Chr6:103183881-103183900 None:intergenic 30.0%
CATAACCATAAATCGTAACT+AGG + Chr6:103182601-103182620 None:intergenic 30.0%
CATGTTACAAGAGACATAAT+CGG - Chr6:103182896-103182915 MsG0680035358.01.T01:CDS 30.0%
CTTCATGTAGTAAACTATCA+TGG - Chr6:103184158-103184177 MsG0680035358.01.T01:intron 30.0%
CTTCTTACCATAATATACAG+TGG + Chr6:103181984-103182003 None:intergenic 30.0%
GAACGATGATTACAAATTCA+CGG - Chr6:103182377-103182396 MsG0680035358.01.T01:CDS 30.0%
GATGCAAAGTTGAGAAAAAA+AGG + Chr6:103181768-103181787 None:intergenic 30.0%
GATTATGTCTCTTGTAACAT+GGG + Chr6:103182897-103182916 None:intergenic 30.0%
GCTCAAATTGTTAATGAGTT+CGG - Chr6:103181549-103181568 MsG0680035358.01.T01:CDS 30.0%
GTAACATTGAAGTTAACAGA+GGG - Chr6:103182322-103182341 MsG0680035358.01.T01:intron 30.0%
GTTTACAATTTCGATACATC+AGG - Chr6:103181292-103181311 MsG0680035358.01.T01:CDS 30.0%
TCTAAAGATTCAATGTGAAG+GGG + Chr6:103182220-103182239 None:intergenic 30.0%
TGAAATGTCCACAAGAATTA+AGG - Chr6:103183194-103183213 MsG0680035358.01.T01:intron 30.0%
TTGGATAAACTCTTTCAAAC+AGG - Chr6:103184754-103184773 MsG0680035358.01.T01:intron 30.0%
! AACTTTTGTCCCTTTTTGTT+GGG - Chr6:103183316-103183335 MsG0680035358.01.T01:intron 30.0%
! ATTAACTTGGCTTAACAGAT+TGG - Chr6:103182718-103182737 MsG0680035358.01.T01:CDS 30.0%
! CAAAATCTGGTTTCACTTTA+TGG - Chr6:103184052-103184071 MsG0680035358.01.T01:intron 30.0%
! CTCTAAAGATTCAATGTGAA+GGG + Chr6:103182221-103182240 None:intergenic 30.0%
! TAACTTTTGTCCCTTTTTGT+TGG - Chr6:103183315-103183334 MsG0680035358.01.T01:intron 30.0%
! TCTCTAAAGATTCAATGTGA+AGG + Chr6:103182222-103182241 None:intergenic 30.0%
!! GTCTTAACTCTTTTGTTTCT+AGG + Chr6:103181683-103181702 None:intergenic 30.0%
AAAACTTAAAGACGGTAGAG+AGG - Chr6:103183943-103183962 MsG0680035358.01.T01:intron 35.0%
AAAAGGAAGCAATATTCTGC+TGG - Chr6:103184261-103184280 MsG0680035358.01.T01:intron 35.0%
AAACTAATGAACAGGTTCTG+TGG + Chr6:103181425-103181444 None:intergenic 35.0%
AAGAAACTGTGGAAATTCTC+AGG + Chr6:103180696-103180715 None:intergenic 35.0%
AATAACTTAGGAGTCAAGGT+TGG - Chr6:103184735-103184754 MsG0680035358.01.T01:intron 35.0%
AATTATGTCCAGAACCAATG+AGG + Chr6:103184877-103184896 None:intergenic 35.0%
ACAAGAATTAAGGCCTAACA+TGG - Chr6:103183204-103183223 MsG0680035358.01.T01:intron 35.0%
ACATCCAAATTTAGTCCGTT+TGG - Chr6:103181167-103181186 MsG0680035358.01.T01:CDS 35.0%
ACCAAATAACTTAGGAGTCA+AGG - Chr6:103184731-103184750 MsG0680035358.01.T01:intron 35.0%
ACCTTGACTCCTAAGTTATT+TGG + Chr6:103184735-103184754 None:intergenic 35.0%
ACTCTTACACAACATCTTCA+CGG - Chr6:103184133-103184152 MsG0680035358.01.T01:intron 35.0%
AGACTACTATGAAACTGGAA+GGG - Chr6:103184393-103184412 MsG0680035358.01.T01:intron 35.0%
AGGTATTCATGTACTAGCAT+GGG + Chr6:103182641-103182660 None:intergenic 35.0%
ATAAGCCATACCCAACAAAA+AGG + Chr6:103183329-103183348 None:intergenic 35.0%
ATCATCCATCGTGACATAAA+AGG - Chr6:103184244-103184263 MsG0680035358.01.T01:intron 35.0%
ATGGTTATGCCATTCATCAA+AGG - Chr6:103182612-103182631 MsG0680035358.01.T01:CDS 35.0%
ATGTTAGGCCTTAATTCTTG+TGG + Chr6:103183205-103183224 None:intergenic 35.0%
ATGTTCCGCTATCTGATATT+CGG + Chr6:103182697-103182716 None:intergenic 35.0%
ATTATGTCCAGAACCAATGA+GGG + Chr6:103184876-103184895 None:intergenic 35.0%
CGATTATGTCTCTTGTAACA+TGG + Chr6:103182898-103182917 None:intergenic 35.0%
GAAAGATCACAATAGACGTT+GGG - Chr6:103182090-103182109 MsG0680035358.01.T01:intron 35.0%
GAAGATCAACAAGATGATGA+CGG - Chr6:103183144-103183163 MsG0680035358.01.T01:intron 35.0%
GCTCACATTCTTGATAAGAA+AGG - Chr6:103181953-103181972 MsG0680035358.01.T01:intron 35.0%
GTACTTCTTGAATTTGTGGT+TGG - Chr6:103180840-103180859 MsG0680035358.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
TAAGATAATAACCGACCTTC+AGG + Chr6:103184900-103184919 None:intergenic 35.0%
TAAGCCATACCCAACAAAAA+GGG + Chr6:103183328-103183347 None:intergenic 35.0%
TAGTTTACTGATAAGTGAGC+AGG - Chr6:103183348-103183367 MsG0680035358.01.T01:intron 35.0%
TATGTTGACCAATTCCTTGA+GGG - Chr6:103181077-103181096 MsG0680035358.01.T01:CDS 35.0%
TCATCATCTTGTTGATCTTC+AGG + Chr6:103183144-103183163 None:intergenic 35.0%
TGAAAGATCACAATAGACGT+TGG - Chr6:103182089-103182108 MsG0680035358.01.T01:intron 35.0%
TGAGAATTTCCACAGTTTCT+TGG - Chr6:103180695-103180714 MsG0680035358.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
TGAGCTTATATCATCGAAAC+CGG - Chr6:103184459-103184478 MsG0680035358.01.T01:intron 35.0%
TGGTTATGCCATTCATCAAA+GGG - Chr6:103182613-103182632 MsG0680035358.01.T01:CDS 35.0%
TTCTCAACTTTGCATCATAG+AGG - Chr6:103181772-103181791 MsG0680035358.01.T01:intron 35.0%
TTCTTTCATGAACTGCTGAA+TGG + Chr6:103184005-103184024 None:intergenic 35.0%
TTGACTCCTAAGTTATTTGG+TGG + Chr6:103184732-103184751 None:intergenic 35.0%
! AACCAGTTTGACACTTTTCT+GGG - Chr6:103183587-103183606 MsG0680035358.01.T01:intron 35.0%
! AGTGTCTAAAACCTGTTTCA+TGG + Chr6:103184677-103184696 None:intergenic 35.0%
! AGTTGAAAACCAAGCTTTAG+TGG - Chr6:103183084-103183103 MsG0680035358.01.T01:CDS 35.0%
! ATAGCGGAACATCATTAACT+TGG - Chr6:103182705-103182724 MsG0680035358.01.T01:CDS 35.0%
! ATCGTAACTAGGTTTTTGTG+TGG + Chr6:103182590-103182609 None:intergenic 35.0%
! CTTTTCTTAGTTGCTCATAG+GGG + Chr6:103181913-103181932 None:intergenic 35.0%
! GCTGTTAAAGTTGCAGATTT+TGG - Chr6:103184295-103184314 MsG0680035358.01.T01:intron 35.0%
! GCTTTTCTTAGTTGCTCATA+GGG + Chr6:103181914-103181933 None:intergenic 35.0%
! GTTAGTAGCTTCTTCAAGTT+CGG + Chr6:103183570-103183589 None:intergenic 35.0%
! TAACCAGTTTGACACTTTTC+TGG - Chr6:103183586-103183605 MsG0680035358.01.T01:intron 35.0%
! TCTAAAACCTGTTTCATGGT+TGG + Chr6:103184673-103184692 None:intergenic 35.0%
! TGCTTTTCTTAGTTGCTCAT+AGG + Chr6:103181915-103181934 None:intergenic 35.0%
! TTTCTAGGAGAACAATGTCT+TGG + Chr6:103181668-103181687 None:intergenic 35.0%
! TTTTGTGTGGCATGTAGTTT+AGG + Chr6:103182577-103182596 None:intergenic 35.0%
!! AAACGGACTAAATTTGGATG+TGG + Chr6:103181168-103181187 None:intergenic 35.0%
!! AGAACCAAACGGACTAAATT+TGG + Chr6:103181174-103181193 None:intergenic 35.0%
!!! AAACCAGATTTTGATGATGC+AGG + Chr6:103184045-103184064 None:intergenic 35.0%
!!! TGATCTTTATAGTTTTGGGG+TGG - Chr6:103182976-103182995 MsG0680035358.01.T01:CDS 35.0%
!!! TGGTTTTTTCTGTCTCTTCA+TGG + Chr6:103183985-103184004 None:intergenic 35.0%
AAAAGCGACGTCTATAGCTT+TGG - Chr6:103184424-103184443 MsG0680035358.01.T01:intron 40.0%
AAACCGGCAAGTATAATGCA+AGG - Chr6:103184475-103184494 MsG0680035358.01.T01:intron 40.0%
AACAAGTGGTTATGTAGACC+CGG - Chr6:103182919-103182938 MsG0680035358.01.T01:CDS 40.0%
AATGACATGACAGTGTACGT+GGG - Chr6:103182186-103182205 MsG0680035358.01.T01:intron 40.0%
ACAGAAAATCTCACTGACCT+TGG + Chr6:103180724-103180743 None:intergenic 40.0%
ACTATGGTAAGAAGCTGCAA+AGG - Chr6:103183633-103183652 MsG0680035358.01.T01:CDS 40.0%
AGAGACATAATCGGAACAAG+TGG - Chr6:103182905-103182924 MsG0680035358.01.T01:CDS 40.0%
CAGAAAATCTCACTGACCTT+GGG + Chr6:103180723-103180742 None:intergenic 40.0%
CAGACTACTATGAAACTGGA+AGG - Chr6:103184392-103184411 MsG0680035358.01.T01:intron 40.0%
CAGGTATTCATGTACTAGCA+TGG + Chr6:103182642-103182661 None:intergenic 40.0%
CTGTGACTAGATGTAAAGGT+TGG + Chr6:103183877-103183896 None:intergenic 40.0%
CTTCCAGTTTCATAGTAGTC+TGG + Chr6:103184394-103184413 None:intergenic 40.0%
CTTGTGTCAAAAGGCTTACT+TGG - Chr6:103182944-103182963 MsG0680035358.01.T01:CDS 40.0%
GAAACATGAGTGACATAGTC+GGG + Chr6:103184337-103184356 None:intergenic 40.0%
GATCCAGACTACTATGAAAC+TGG - Chr6:103184388-103184407 MsG0680035358.01.T01:intron 40.0%
GGAAACATGAGTGACATAGT+CGG + Chr6:103184338-103184357 None:intergenic 40.0%
GGGATTCCACCAAATAACTT+AGG - Chr6:103184723-103184742 MsG0680035358.01.T01:intron 40.0%
GTACATGAATACCTGTCCAA+CGG - Chr6:103182647-103182666 MsG0680035358.01.T01:CDS 40.0%
GTATGTTGACCAATTCCTTG+AGG - Chr6:103181076-103181095 MsG0680035358.01.T01:CDS 40.0%
GTGTACGAGTACATCTCTAA+TGG - Chr6:103184109-103184128 MsG0680035358.01.T01:intron 40.0%
TAATGAACAGGTTCTGTGGT+TGG + Chr6:103181421-103181440 None:intergenic 40.0%
TAATGACATGACAGTGTACG+TGG - Chr6:103182185-103182204 MsG0680035358.01.T01:intron 40.0%
TACATGAATACCTGTCCAAC+GGG - Chr6:103182648-103182667 MsG0680035358.01.T01:CDS 40.0%
TCACCTGCATCATCAAAATC+TGG - Chr6:103184039-103184058 MsG0680035358.01.T01:intron 40.0%
TCTAGCACTTGTTCCATGTT+AGG + Chr6:103183220-103183239 None:intergenic 40.0%
TGAGTCGTGAAGAAATACCA+AGG + Chr6:103184221-103184240 None:intergenic 40.0%
TGGACATAATTCCTGAAGGT+CGG - Chr6:103184886-103184905 MsG0680035358.01.T01:intron 40.0%
TGGTAATTCAGAGTTCGATC+AGG + Chr6:103181648-103181667 None:intergenic 40.0%
TTACGTGTAAAGTCCCTCAT+TGG - Chr6:103184860-103184879 MsG0680035358.01.T01:intron 40.0%
TTGCAGGCCGACAAAAATTT+GGG + Chr6:103183382-103183401 None:intergenic 40.0%
TTGGTATTTCTTCACGACTC+AGG - Chr6:103184220-103184239 MsG0680035358.01.T01:intron 40.0%
! AAGCCTTTTGACACAAGTTC+CGG + Chr6:103182941-103182960 None:intergenic 40.0%
! ACCAGTTTGACACTTTTCTG+GGG - Chr6:103183588-103183607 MsG0680035358.01.T01:intron 40.0%
! GAGAGTTTGAGTTCGAATTC+TGG - Chr6:103181589-103181608 MsG0680035358.01.T01:CDS 40.0%
! GTTCTGGACATAATTCCTGA+AGG - Chr6:103184882-103184901 MsG0680035358.01.T01:intron 40.0%
! TGCTTCCTTTTATGTCACGA+TGG + Chr6:103184252-103184271 None:intergenic 40.0%
! TTGTCCCTTTTTGTTGGGTA+TGG - Chr6:103183321-103183340 MsG0680035358.01.T01:intron 40.0%
!! TTGCAGATTTTGGTCTCTCA+CGG - Chr6:103184305-103184324 MsG0680035358.01.T01:intron 40.0%
!!! ACAGGTTTTAGACACTCTAC+AGG - Chr6:103184681-103184700 MsG0680035358.01.T01:intron 40.0%
!!! CAGGTTTTAGACACTCTACA+GGG - Chr6:103184682-103184701 MsG0680035358.01.T01:intron 40.0%
AAACAGTGCCCTCAAGGAAT+TGG + Chr6:103181088-103181107 None:intergenic 45.0%
ACTCTACAGGGCATAAGCAA+AGG - Chr6:103184694-103184713 MsG0680035358.01.T01:intron 45.0%
ACTCTTGCTGCTCAGATTCA+AGG - Chr6:103182671-103182690 MsG0680035358.01.T01:CDS 45.0%
ACTCTTTCAAACAGGTGCAC+AGG - Chr6:103184762-103184781 MsG0680035358.01.T01:intron 45.0%
AGGGCATAAGCAAAGGGAAA+TGG - Chr6:103184701-103184720 MsG0680035358.01.T01:intron 45.0%
ATCTCCCTTGCTTTATGCCA+TGG + Chr6:103183249-103183268 None:intergenic 45.0%
ATGTAAGCACGAGTTCCTAC+TGG + Chr6:103184367-103184386 None:intergenic 45.0%
CAAGGAATTACAGCTGCTAG+TGG - Chr6:103184546-103184565 MsG0680035358.01.T01:intron 45.0%
CAAGGCCGAATATCAGATAG+CGG - Chr6:103182689-103182708 MsG0680035358.01.T01:CDS 45.0%
CATGGGTTCCCTTTGATGAA+TGG + Chr6:103182624-103182643 None:intergenic 45.0%
CATGTTTCCACTCTTCCAGT+AGG - Chr6:103184349-103184368 MsG0680035358.01.T01:intron 45.0%
CTCTACAGGGCATAAGCAAA+GGG - Chr6:103184695-103184714 MsG0680035358.01.T01:intron 45.0%
CTCTCCATGGCATAAAGCAA+GGG - Chr6:103183242-103183261 MsG0680035358.01.T01:intron 45.0%
GGCATAAGCAAAGGGAAATG+GGG - Chr6:103184703-103184722 MsG0680035358.01.T01:intron 45.0%
GGCATGTAGTTTAGGAATGC+AGG + Chr6:103182569-103182588 None:intergenic 45.0%
GGCTCTGCCACTGTATATTA+TGG - Chr6:103181974-103181993 MsG0680035358.01.T01:intron 45.0%
GGGCATAAGCAAAGGGAAAT+GGG - Chr6:103184702-103184721 MsG0680035358.01.T01:intron 45.0%
GTGCCTTGCATTATACTTGC+CGG + Chr6:103184481-103184500 None:intergenic 45.0%
GTTGCAGGCCGACAAAAATT+TGG + Chr6:103183383-103183402 None:intergenic 45.0%
TCTCTCCATGGCATAAAGCA+AGG - Chr6:103183241-103183260 MsG0680035358.01.T01:intron 45.0%
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TTTCCTTAACCATTGCCCTG+AGG + Chr6:103180965-103180984 None:intergenic 45.0%
! AATTTTTGTCGGCCTGCAAC+TGG - Chr6:103183383-103183402 MsG0680035358.01.T01:intron 45.0%
! AGCCTTTTGACACAAGTTCC+GGG + Chr6:103182940-103182959 None:intergenic 45.0%
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! CGCTTGGCCCAAATTTTTGT+CGG - Chr6:103183372-103183391 MsG0680035358.01.T01:intron 45.0%
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ACCCTGTAAGGTTGAGGCTA+TGG - Chr6:103181805-103181824 MsG0680035358.01.T01:intron 50.0%
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ACTCAGGCCAACCATGAAAC+AGG - Chr6:103184663-103184682 MsG0680035358.01.T01:intron 50.0%
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CCCTGTAAGGTTGAGGCTAT+GGG - Chr6:103181806-103181825 MsG0680035358.01.T01:intron 50.0%
CCTGTAAGGTTGAGGCTATG+GGG - Chr6:103181807-103181826 MsG0680035358.01.T01:intron 50.0%
CCTTGGGAACCAAGAAACTG+TGG + Chr6:103180707-103180726 None:intergenic 50.0%
GACCCGGAACTTGTGTCAAA+AGG - Chr6:103182935-103182954 MsG0680035358.01.T01:CDS 50.0%
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GCAACTGGGGGGTAATAGAA+AGG - Chr6:103183398-103183417 MsG0680035358.01.T01:intron 50.0%
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TTCTATTACCCCCCAGTTGC+AGG + Chr6:103183398-103183417 None:intergenic 50.0%
! CCAAGCTTTAGTGGAGCTGT+TGG - Chr6:103183093-103183112 MsG0680035358.01.T01:CDS 50.0%
! CTACGGCTGAGCTTGCATTT+TGG - Chr6:103183167-103183186 MsG0680035358.01.T01:intron 50.0%
! CTTCTTCAAGTTCGGCATGG+TGG + Chr6:103183562-103183581 None:intergenic 50.0%
! TTTTTGTCGGCCTGCAACTG+GGG - Chr6:103183385-103183404 MsG0680035358.01.T01:intron 50.0%
!! ATGGTTGGCCTGAGTTCCTT+GGG + Chr6:103184658-103184677 None:intergenic 50.0%
!! TCCTTGAGGGCACTGTTTAG+CGG - Chr6:103181090-103181109 MsG0680035358.01.T01:CDS 50.0%
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ATTGCTAACCAGCGCCCTCA+GGG - Chr6:103180947-103180966 MsG0680035358.01.T01:CDS 55.0%
CATCGAAACTGCGAACGCCT+TGG - Chr6:103184201-103184220 MsG0680035358.01.T01:intron 55.0%
CCCCATAGCCTCAACCTTAC+AGG + Chr6:103181810-103181829 None:intergenic 55.0%
CGATGATGCGACAGGACACA+TGG + Chr6:103182279-103182298 None:intergenic 55.0%
GGGTTCGGCAGAGTCTACTA+TGG - Chr6:103183617-103183636 MsG0680035358.01.T01:intron 55.0%
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!! CATGGTTGGCCTGAGTTCCT+TGG + Chr6:103184659-103184678 None:intergenic 55.0%
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GTAGACTCTGCCGAACCCTC+CGG + Chr6:103183615-103183634 None:intergenic 60.0%
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!! TTTCTGGGGTCCGGAGGGTT+CGG - Chr6:103183602-103183621 MsG0680035358.01.T01:intron 60.0%
!!! GACACTTTTCTGGGGTCCGG+AGG - Chr6:103183596-103183615 MsG0680035358.01.T01:intron 60.0%
AACCAGCGCCCTCAGGGCAA+TGG - Chr6:103180953-103180972 MsG0680035358.01.T01:CDS 65.0%
! AACCATTGCCCTGAGGGCGC+TGG + Chr6:103180958-103180977 None:intergenic 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
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Protein sequence

>MsG0680035358.01.T01

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