AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038131.01

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MsG0780038131.01.T01 AT5G65550 48.438 64 33 0 2 65 301 364 2.15e-15 70.5
MsG0780038131.01.T01 AT5G17040 47.692 65 31 2 2 66 182 243 4.37e-15 69.3
MsG0780038131.01.T01 AT2G31750 45.312 64 32 2 2 65 294 354 6.01e-15 68.9
MsG0780038131.01.T01 AT2G36760 46.377 69 33 1 1 65 311 379 6.42e-15 68.9
MsG0780038131.01.T01 AT5G17040 47.692 65 31 2 2 66 284 345 1.03e-14 68.6
MsG0780038131.01.T01 AT3G11340 47.826 69 31 2 1 65 283 350 1.03e-14 68.6
MsG0780038131.01.T01 AT2G31750 45.312 64 32 2 2 65 294 354 1.10e-14 68.2
MsG0780038131.01.T01 AT5G49690 49.254 67 28 2 1 66 297 358 1.64e-14 67.8
MsG0780038131.01.T01 AT1G05680 50.000 64 29 2 2 65 294 354 1.69e-14 67.8
MsG0780038131.01.T01 AT2G16890 50.769 65 30 1 1 65 303 365 1.72e-14 67.8
MsG0780038131.01.T01 AT2G16890 50.769 65 30 1 1 65 303 365 1.88e-14 67.8
MsG0780038131.01.T01 AT3G53160 49.275 69 31 2 1 65 305 373 2.25e-14 67.4
MsG0780038131.01.T01 AT4G15260 41.558 77 32 3 2 66 175 250 2.62e-14 67.0
MsG0780038131.01.T01 AT2G36770 49.275 69 31 1 1 65 311 379 2.87e-14 67.0
MsG0780038131.01.T01 AT1G05675 48.438 64 30 2 2 65 294 354 4.43e-14 66.6
MsG0780038131.01.T01 AT1G64910 40.230 87 49 1 2 85 275 361 5.64e-14 66.2
MsG0780038131.01.T01 AT2G36970 42.647 68 35 2 2 66 309 375 6.26e-14 66.2
MsG0780038131.01.T01 AT4G27570 40.741 81 45 1 1 78 280 360 6.87e-14 66.2
MsG0780038131.01.T01 AT3G21790 41.463 82 31 4 2 67 299 379 7.54e-14 65.9
MsG0780038131.01.T01 AT2G43820 48.387 62 28 3 5 65 289 347 1.43e-13 65.1
MsG0780038131.01.T01 AT1G06000 42.857 70 31 1 6 66 269 338 2.03e-13 64.7
MsG0780038131.01.T01 AT2G28080 42.647 68 35 2 2 66 312 378 3.27e-13 64.3
MsG0780038131.01.T01 AT1G78270 41.791 67 37 1 1 65 319 385 3.44e-13 63.9
MsG0780038131.01.T01 AT5G54010 41.558 77 42 1 2 75 281 357 3.75e-13 63.9
MsG0780038131.01.T01 AT4G27560 38.272 81 47 1 1 78 280 360 4.13e-13 63.9
MsG0780038131.01.T01 AT5G59590 46.377 69 32 2 1 65 288 355 4.92e-13 63.5
MsG0780038131.01.T01 AT5G53990 39.506 81 46 1 1 78 274 354 5.11e-13 63.5
MsG0780038131.01.T01 AT3G53150 41.429 70 36 1 1 65 321 390 5.74e-13 63.5
MsG0780038131.01.T01 AT1G24100 43.750 64 33 2 2 65 299 359 6.30e-13 63.2
MsG0780038131.01.T01 AT2G36750 42.857 77 40 1 1 73 306 382 7.21e-13 63.2
MsG0780038131.01.T01 AT2G43840 45.161 62 30 3 5 65 289 347 8.40e-13 62.8
MsG0780038131.01.T01 AT2G43840 45.161 62 30 3 5 65 289 347 8.91e-13 62.8
MsG0780038131.01.T01 AT2G36800 46.377 69 33 2 1 65 310 378 9.11e-13 62.8
MsG0780038131.01.T01 AT1G64920 38.298 94 47 3 1 85 274 365 1.75e-12 62.0
MsG0780038131.01.T01 AT2G31790 46.774 62 28 3 6 65 300 358 1.75e-12 62.0
MsG0780038131.01.T01 AT1G22400 41.429 70 34 3 1 66 321 387 1.95e-12 62.0
MsG0780038131.01.T01 AT4G09500 34.091 88 55 1 1 85 249 336 3.58e-12 61.2
MsG0780038131.01.T01 AT4G09500 34.091 88 55 1 1 85 274 361 3.76e-12 61.2
MsG0780038131.01.T01 AT5G05870 44.118 68 33 2 2 65 294 360 4.17e-12 60.8
MsG0780038131.01.T01 AT5G59580 42.105 76 39 2 2 73 287 361 6.02e-12 60.5
MsG0780038131.01.T01 AT3G55700 44.928 69 33 2 1 65 289 356 6.85e-12 60.5
MsG0780038131.01.T01 AT2G22930 35.802 81 49 1 1 78 274 354 7.43e-12 60.1
MsG0780038131.01.T01 AT1G22380 41.791 67 36 2 1 65 320 385 9.42e-12 60.1
MsG0780038131.01.T01 AT2G22590 38.571 70 39 1 1 66 304 373 1.24e-11 59.7
MsG0780038131.01.T01 AT3G22250 37.895 95 40 4 1 92 307 385 1.33e-11 59.7
MsG0780038131.01.T01 AT1G50580 42.857 77 41 2 2 75 276 352 1.58e-11 59.3
MsG0780038131.01.T01 AT5G14860 47.692 65 33 1 1 65 310 373 1.92e-11 58.9
MsG0780038131.01.T01 AT5G05880 45.588 68 32 2 2 65 288 354 2.18e-11 58.9
MsG0780038131.01.T01 AT3G46660 39.474 76 41 2 2 73 295 369 2.92e-11 58.5
MsG0780038131.01.T01 AT5G54060 31.959 97 61 2 2 95 300 394 3.32e-11 58.5
MsG0780038131.01.T01 AT3G21780 37.349 83 35 4 1 67 289 370 3.78e-11 58.2
MsG0780038131.01.T01 AT3G29630 37.662 77 45 1 2 75 277 353 3.79e-11 58.2
MsG0780038131.01.T01 AT3G29630 37.662 77 45 1 2 75 251 327 3.91e-11 58.2
MsG0780038131.01.T01 AT2G36790 45.312 64 31 2 6 65 315 378 4.19e-11 58.2
MsG0780038131.01.T01 AT1G22340 39.706 68 37 2 1 65 320 386 4.26e-11 58.2
MsG0780038131.01.T01 AT1G10400 46.970 66 29 2 2 66 304 364 6.02e-11 57.8
MsG0780038131.01.T01 AT1G22360 38.806 67 38 2 1 65 317 382 8.58e-11 57.4
MsG0780038131.01.T01 AT4G15480 43.478 69 33 3 2 65 311 378 8.68e-11 57.4
MsG0780038131.01.T01 AT1G22360 38.806 67 38 2 1 65 317 382 8.98e-11 57.4

Find 20 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 29 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TTGGAACGAACAAAAGAAAA+AGG 0.284786 7:+40829171 MsG0780038131.01.T01:CDS
AAACAATGGCCAAGCTATAT+TGG 0.314248 7:-40829308 None:intergenic
TGAGTGGTCAAAGATTCATT+TGG 0.413025 7:+40829062 MsG0780038131.01.T01:CDS
ATGGTCTTAAAGTGGCTTTA+AGG 0.413506 7:+40829366 MsG0780038131.01.T01:CDS
GAGTGGTCAAAGATTCATTT+GGG 0.415417 7:+40829063 MsG0780038131.01.T01:CDS
AAGGCTTGATTCTGCCATCA+TGG 0.472439 7:+40829190 MsG0780038131.01.T01:CDS
AGGCTTGATTCTGCCATCAT+GGG 0.506052 7:+40829191 MsG0780038131.01.T01:CDS
ATTGTGGTTGGAATTCACTT+TGG 0.509302 7:+40829265 MsG0780038131.01.T01:CDS
TGCTTAAGTATTTCAACTTG+AGG 0.511748 7:-40829216 None:intergenic
ATACTTAAGCAAAATTCAGT+TGG 0.534703 7:+40829228 MsG0780038131.01.T01:CDS
AAGATTCATTTGGGTTGTGA+GGG 0.542374 7:+40829072 MsG0780038131.01.T01:CDS
AAAGATTCATTTGGGTTGTG+AGG 0.546895 7:+40829071 MsG0780038131.01.T01:CDS
TCAACTTGAGGAGCCCATGA+TGG 0.565031 7:-40829204 None:intergenic
TTGCTTGTTCCGCAAAACAA+TGG 0.572517 7:-40829322 None:intergenic
GTTATGTGATGGTCTTAAAG+TGG 0.579133 7:+40829358 MsG0780038131.01.T01:CDS
CACTTTGGAGAGTATACAAG+AGG 0.580601 7:+40829280 MsG0780038131.01.T01:CDS
AATGTTGTTATGTTATGTGA+TGG 0.630156 7:+40829347 MsG0780038131.01.T01:CDS
ACTTTGGAGAGTATACAAGA+GGG 0.634968 7:+40829281 MsG0780038131.01.T01:CDS
CTTTGGAGAGTATACAAGAG+GGG 0.669260 7:+40829282 MsG0780038131.01.T01:CDS
TTTGGAGAGTATACAAGAGG+GGG 0.677577 7:+40829283 MsG0780038131.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! CTTTGAAATTTTTACCAAAA+GGG + Chr7:40829145-40829164 MsG0780038131.01.T01:CDS 20.0%
! AATGTTGTTATGTTATGTGA+TGG + Chr7:40829347-40829366 MsG0780038131.01.T01:CDS 25.0%
! ATACTTAAGCAAAATTCAGT+TGG + Chr7:40829228-40829247 MsG0780038131.01.T01:CDS 25.0%
!! ATTTTTACCAAAAGGGTTTT+TGG + Chr7:40829152-40829171 MsG0780038131.01.T01:CDS 25.0%
!! CCTTTTGGTAAAAATTTCAA+AGG - Chr7:40829147-40829166 None:intergenic 25.0%
!!! CCTTTGAAATTTTTACCAAA+AGG + Chr7:40829144-40829163 MsG0780038131.01.T01:CDS 25.0%
TGCTTAAGTATTTCAACTTG+AGG - Chr7:40829219-40829238 None:intergenic 30.0%
TTGGAACGAACAAAAGAAAA+AGG + Chr7:40829171-40829190 MsG0780038131.01.T01:CDS 30.0%
!!! CATTTTTAAGTCATTGTGGT+TGG + Chr7:40829253-40829272 MsG0780038131.01.T01:CDS 30.0%
AAACAATGGCCAAGCTATAT+TGG - Chr7:40829311-40829330 None:intergenic 35.0%
ATTGTGGTTGGAATTCACTT+TGG + Chr7:40829265-40829284 MsG0780038131.01.T01:CDS 35.0%
GAGTGGTCAAAGATTCATTT+GGG + Chr7:40829063-40829082 MsG0780038131.01.T01:CDS 35.0%
TGAGTGGTCAAAGATTCATT+TGG + Chr7:40829062-40829081 MsG0780038131.01.T01:CDS 35.0%
! ACTTTGGAGAGTATACAAGA+GGG + Chr7:40829281-40829300 MsG0780038131.01.T01:CDS 35.0%
! GTTATGTGATGGTCTTAAAG+TGG + Chr7:40829358-40829377 MsG0780038131.01.T01:CDS 35.0%
!! AAAGATTCATTTGGGTTGTG+AGG + Chr7:40829071-40829090 MsG0780038131.01.T01:CDS 35.0%
!! AAGATTCATTTGGGTTGTGA+GGG + Chr7:40829072-40829091 MsG0780038131.01.T01:CDS 35.0%
!!! GGTGCATTTTTAAGTCATTG+TGG + Chr7:40829249-40829268 MsG0780038131.01.T01:CDS 35.0%
TTGCTTGTTCCGCAAAACAA+TGG - Chr7:40829325-40829344 None:intergenic 40.0%
! CACTTTGGAGAGTATACAAG+AGG + Chr7:40829280-40829299 MsG0780038131.01.T01:CDS 40.0%
! CTTTGGAGAGTATACAAGAG+GGG + Chr7:40829282-40829301 MsG0780038131.01.T01:CDS 40.0%
! GTTCGTTCCAAAAACCCTTT+TGG - Chr7:40829162-40829181 None:intergenic 40.0%
! TTTGGAGAGTATACAAGAGG+GGG + Chr7:40829283-40829302 MsG0780038131.01.T01:CDS 40.0%
!! ATAGCTTGGCCATTGTTTTG+CGG + Chr7:40829313-40829332 MsG0780038131.01.T01:CDS 40.0%
AAGGCTTGATTCTGCCATCA+TGG + Chr7:40829190-40829209 MsG0780038131.01.T01:CDS 45.0%
AGGCTTGATTCTGCCATCAT+GGG + Chr7:40829191-40829210 MsG0780038131.01.T01:CDS 45.0%
GCAGCACTAACTGAATCACT+TGG - Chr7:40829100-40829119 None:intergenic 45.0%
TCAACTTGAGGAGCCCATGA+TGG - Chr7:40829207-40829226 None:intergenic 50.0%
!! GAGGGGGTGCCAATATAGCT+TGG + Chr7:40829299-40829318 MsG0780038131.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 40829049 40829386 40829049 ID=MsG0780038131.01;Name=MsG0780038131.01
Chr7 mRNA 40829049 40829386 40829049 ID=MsG0780038131.01.T01;Parent=MsG0780038131.01;Name=MsG0780038131.01.T01;_AED=0.47;_eAED=0.47;_QI=0|0|0|1|0|0|2|0|99
Chr7 exon 40829049 40829100 40829049 ID=MsG0780038131.01.T01:exon:15429;Parent=MsG0780038131.01.T01
Chr7 exon 40829139 40829386 40829139 ID=MsG0780038131.01.T01:exon:15430;Parent=MsG0780038131.01.T01
Chr7 CDS 40829049 40829100 40829049 ID=MsG0780038131.01.T01:cds;Parent=MsG0780038131.01.T01
Chr7 CDS 40829139 40829386 40829139 ID=MsG0780038131.01.T01:cds;Parent=MsG0780038131.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780038131.01.T01

TTTGGTTTGGAATTGAGTGGTCAAAGATTCATTTGGGTTGTGAGGGCACCAAAAGATCCTTTGAAATTTTTACCAAAAGGGTTTTTGGAACGAACAAAAGAAAAAGGCTTGATTCTGCCATCATGGGCTCCTCAAGTTGAAATACTTAAGCAAAATTCAGTTGGTGCATTTTTAAGTCATTGTGGTTGGAATTCACTTTGGAGAGTATACAAGAGGGGGTGCCAATATAGCTTGGCCATTGTTTTGCGGAACAAGCAACGAATGTTGTTATGTTATGTGATGGTCTTAAAGTGGCTTTAA
Protein sequence

>MsG0780038131.01.T01

FGLELSGQRFIWVVRAPKDPLKFLPKGFLERTKEKGLILPSWAPQVEILKQNSVGAFLSHCGWNSLWRVYKRGCQYSLAIVLRNKQRMLLCYVMVLKWL*