AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038607.01

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MsG0780038607.01.T01 AT5G11020 34.902 255 123 7 173 394 132 376 1.87e-33 129
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MsG0780038607.01.T01 AT4G35030 29.242 277 150 7 153 395 114 378 8.23e-31 123
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MsG0780038607.01.T01 AT3G24790 32.443 262 132 7 174 399 74 326 1.05e-29 118
MsG0780038607.01.T01 AT4G04500 33.579 271 139 7 164 399 361 625 1.06e-29 121
MsG0780038607.01.T01 AT3G24790 32.443 262 132 7 174 399 92 344 1.16e-29 118
MsG0780038607.01.T01 AT4G21400 39.791 191 100 6 209 394 344 524 1.17e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT1G78980 36.052 233 130 5 167 394 454 672 1.31e-29 121
MsG0780038607.01.T01 AT1G69270 31.890 254 134 6 174 395 287 533 1.38e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT4G35030 30.328 244 158 4 157 395 1 237 1.43e-29 117
MsG0780038607.01.T01 AT4G00970 35.349 215 92 6 164 340 360 565 1.51e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT1G54820 33.065 248 114 6 164 366 160 400 1.61e-29 118
MsG0780038607.01.T01 AT5G44700 38.342 193 104 6 209 394 1048 1232 1.84e-29 121
MsG0780038607.01.T01 AT5G02070 31.752 274 139 7 164 396 379 645 1.95e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT4G21400 39.791 191 100 6 209 394 445 625 1.97e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT5G15730 30.682 264 130 7 164 394 130 373 2.06e-29 119
MsG0780038607.01.T01 AT1G61610 30.072 276 147 6 161 401 538 802 2.30e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT5G16900 33.588 262 131 7 167 395 406 657 2.51e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT1G51940 31.538 260 137 5 171 391 363 620 2.54e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT5G39020 34.717 265 126 10 167 395 515 768 2.66e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT3G59700 29.119 261 140 5 168 394 360 609 2.98e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT1G11303 30.258 271 141 5 164 401 525 780 3.08e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT4G11900 30.132 302 153 9 130 394 528 808 3.12e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT1G67000 33.700 273 130 10 167 395 575 840 3.18e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT4G13190 31.835 267 137 7 170 400 94 351 3.22e-29 117
MsG0780038607.01.T01 AT5G62230 32.836 268 132 6 161 394 661 914 3.24e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT4G23250 30.712 267 139 7 164 394 370 626 3.36e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT5G16900 33.588 262 131 7 167 395 592 843 3.37e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT5G16900 33.588 262 131 7 167 395 592 843 3.37e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT3G13065 33.182 220 130 4 179 395 479 684 3.38e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT5G62230 32.836 268 132 6 161 394 613 866 3.54e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT3G53590 32.342 269 131 8 164 395 637 891 3.69e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT3G53810 29.961 257 135 7 174 395 374 620 3.70e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT5G38240 33.208 265 138 8 161 395 284 539 3.79e-29 119
MsG0780038607.01.T01 AT5G10530 32.677 254 130 8 174 394 362 607 3.88e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT5G38240 33.208 265 138 8 161 395 330 585 4.07e-29 119
MsG0780038607.01.T01 AT4G11900 30.132 302 153 9 130 394 459 739 4.12e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT4G23250 30.712 267 139 7 164 394 375 631 4.14e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT3G25490 28.746 327 186 7 106 395 63 379 4.42e-29 117
MsG0780038607.01.T01 AT5G15730 30.451 266 130 7 164 394 130 375 4.63e-29 117
MsG0780038607.01.T01 AT5G15730 30.451 266 130 7 164 394 130 375 4.63e-29 117
MsG0780038607.01.T01 AT5G38280 32.500 280 127 8 161 395 344 606 4.73e-29 119
MsG0780038607.01.T01 AT5G38240 33.208 265 138 8 161 395 348 603 4.92e-29 119
MsG0780038607.01.T01 AT4G23250 30.712 267 139 7 164 394 370 626 5.15e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT5G47070 32.624 282 134 9 158 395 97 366 5.21e-29 117
MsG0780038607.01.T01 AT3G15890 30.943 265 131 8 169 394 60 311 5.35e-29 116
MsG0780038607.01.T01 AT4G23300 33.473 239 138 7 166 394 400 627 5.42e-29 119
MsG0780038607.01.T01 AT5G38260 32.601 273 123 7 167 395 340 595 5.66e-29 119
MsG0780038607.01.T01 AT4G20140 36.126 191 113 4 209 396 1053 1237 5.71e-29 120
MsG0780038607.01.T01 AT4G04570 36.702 188 85 4 161 315 197 383 5.81e-29 117
MsG0780038607.01.T01 AT2G02220 33.962 265 132 6 164 394 750 1005 6.16e-29 119
MsG0780038607.01.T01 AT5G38280 32.500 280 127 8 161 395 344 606 6.73e-29 119
MsG0780038607.01.T01 AT2G02800 31.203 266 143 7 161 394 106 363 6.99e-29 117
MsG0780038607.01.T01 AT2G02800 31.203 266 143 7 161 394 106 363 6.99e-29 117
MsG0780038607.01.T01 AT4G04540 37.766 188 83 4 161 315 366 552 7.34e-29 119
MsG0780038607.01.T01 AT4G23130 33.654 208 100 4 164 338 360 562 8.07e-29 118
MsG0780038607.01.T01 AT4G13190 36.082 194 113 5 209 400 20 204 8.18e-29 113
MsG0780038607.01.T01 AT4G13190 36.082 194 113 5 209 400 20 204 8.18e-29 113
MsG0780038607.01.T01 AT5G59660 37.447 235 120 8 172 395 537 755 8.32e-29 119
MsG0780038607.01.T01 AT1G61370 30.224 268 138 7 164 394 366 621 8.49e-29 119
MsG0780038607.01.T01 AT1G30570 30.827 266 136 8 167 396 539 792 8.60e-29 119
MsG0780038607.01.T01 AT1G61370 30.224 268 138 7 164 394 517 772 8.69e-29 119
MsG0780038607.01.T01 AT5G59660 37.447 235 120 8 172 395 534 752 9.19e-29 119
MsG0780038607.01.T01 AT5G03320 32.432 259 132 6 172 394 111 362 9.81e-29 116
MsG0780038607.01.T01 AT5G03320 32.432 259 132 6 172 394 111 362 9.81e-29 116
MsG0780038607.01.T01 AT5G59660 37.447 235 120 8 172 395 512 730 9.84e-29 119
MsG0780038607.01.T01 AT1G48220 30.970 268 140 5 166 395 86 346 9.92e-29 115
MsG0780038607.01.T01 AT4G29450 36.842 190 106 4 209 395 671 849 1.01e-28 119
MsG0780038607.01.T01 AT1G66150 29.368 269 145 6 164 394 604 865 1.06e-28 119
MsG0780038607.01.T01 AT4G27300 33.212 274 132 8 164 400 516 775 1.08e-28 119
MsG0780038607.01.T01 AT5G37450 31.716 268 133 7 164 395 623 876 1.12e-28 119
MsG0780038607.01.T01 AT5G37450 31.716 268 133 7 164 395 671 924 1.13e-28 119
MsG0780038607.01.T01 AT5G37450 31.716 268 133 7 164 395 444 697 1.13e-28 119
MsG0780038607.01.T01 AT5G37450 31.716 268 133 7 164 395 647 900 1.16e-28 119
MsG0780038607.01.T01 AT1G72540 32.411 253 130 6 174 395 120 362 1.20e-28 117
MsG0780038607.01.T01 AT2G01820 28.571 273 149 6 161 394 598 863 1.32e-28 119
MsG0780038607.01.T01 AT3G13690 30.075 266 144 7 163 395 426 682 1.43e-28 118
MsG0780038607.01.T01 AT3G13690 30.075 266 144 7 163 395 426 682 1.43e-28 118
MsG0780038607.01.T01 AT3G13690 30.075 266 144 7 163 395 426 682 1.43e-28 118
MsG0780038607.01.T01 AT1G15530 29.924 264 142 6 164 394 377 630 1.47e-28 118

Find 67 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 146 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GAACCCAAGTTAGCCGATTT+TGG 0.170574 7:-49719404 MsG0780038607.01.T01:CDS
ACATCTACTTTAGATGTTAT+TGG 0.177679 7:+49719281 None:intergenic
AATCCTAATGATTGGTCTTA+TGG 0.202470 7:-49720371 MsG0780038607.01.T01:CDS
ACAGGTTTCAAAATTGTAAA+TGG 0.227613 7:-49719206 MsG0780038607.01.T01:CDS
TTTGCAAAGAATGATGAAAT+TGG 0.227653 7:-49720572 MsG0780038607.01.T01:CDS
GAAATTGTTGACCCTCAAAT+TGG 0.266388 7:-49719110 MsG0780038607.01.T01:CDS
TAAAAGTAAAATGGATATTA+TGG 0.267356 7:-49719075 MsG0780038607.01.T01:CDS
AAAGAGGCAGTAACATTTCT+TGG 0.270952 7:-49719139 MsG0780038607.01.T01:CDS
ATAAACTTGATTGGAGTAAA+AGG 0.291206 7:-49719541 MsG0780038607.01.T01:CDS
GTTTCATGGCAAGCCTTTAC+TGG 0.306505 7:-49720493 MsG0780038607.01.T01:intron
AAATTATGATAAAAGTAAAA+TGG 0.314345 7:-49719084 MsG0780038607.01.T01:CDS
CACATAATTGGTATGTTTCA+TGG 0.319402 7:-49720507 MsG0780038607.01.T01:CDS
GGCAAATTGAAAATCCATTC+AGG 0.319725 7:+49719302 None:intergenic
CAATCCAAAATCGGCTAACT+TGG 0.323025 7:+49719400 None:intergenic
GAACTAATGTGTCACATAAT+TGG 0.323732 7:-49720519 MsG0780038607.01.T01:CDS
CAGTAACATTTCTTGGTTAG+AGG 0.325966 7:-49719132 MsG0780038607.01.T01:CDS
TAGCTATGGAATAGTTGTAT+TGG 0.350612 7:-49719255 MsG0780038607.01.T01:CDS
TATTATGGCTAAAGTTGCTT+TGG 0.352041 7:-49719060 MsG0780038607.01.T01:CDS
AATGCAGTGTTGGATTCTTT+TGG 0.360785 7:-49720649 MsG0780038607.01.T01:CDS
TAGAGGAACAAGAGGGTATA+TGG 0.364678 7:-49719327 MsG0780038607.01.T01:CDS
CAACCATAAGACCAATCATT+AGG 0.374046 7:+49720368 None:intergenic
ATGTTTCATTAAACAATGTT+TGG 0.378455 7:-49721007 MsG0780038607.01.T01:CDS
TTGTCAGCTATAAACTTGAT+TGG 0.398117 7:-49719550 MsG0780038607.01.T01:intron
GTTGTATTGGAAATGATAAC+AGG 0.403632 7:-49719242 MsG0780038607.01.T01:CDS
AGCTTTGTATATCTTGTAAG+AGG 0.407248 7:+49720846 None:intergenic
TAACTTAGACAATCCAAAAT+CGG 0.407760 7:+49719391 None:intergenic
CCAACAGATACTCTCCTTCC+AGG 0.415820 7:-49720873 MsG0780038607.01.T01:CDS
GGCTGCTAAGTTTGGGATGT+TGG 0.416327 7:-49720697 MsG0780038607.01.T01:intron
TCAAGTGTATCTATGATTAG+AGG 0.439912 7:-49719344 MsG0780038607.01.T01:CDS
TCATAATTTAATCCAATTTG+AGG 0.441726 7:+49719098 None:intergenic
AGAGGAAAGTGATGGAAGGT+TGG 0.441812 7:-49719180 MsG0780038607.01.T01:CDS
AAAGTAGATGTTTATAGCTA+TGG 0.444025 7:-49719269 MsG0780038607.01.T01:CDS
ATATCTACATGAAGAATGTT+TGG 0.448415 7:-49719483 MsG0780038607.01.T01:CDS
AAGTGAAATTATCTGATGAA+TGG 0.449354 7:+49720620 None:intergenic
CATAATTTAATCCAATTTGA+GGG 0.458760 7:+49719099 None:intergenic
CTTGTGTTGCGTGAGCTTCA+AGG 0.469623 7:-49720927 MsG0780038607.01.T01:CDS
GTGATGGAAGGTTGGTTACA+TGG 0.507457 7:-49719172 MsG0780038607.01.T01:CDS
AGTTGCTTTGGATTGTGTTG+TGG 0.515843 7:-49719048 MsG0780038607.01.T01:CDS
TTGCAAGTGAAATCAAACAT+AGG 0.516043 7:+49720341 None:intergenic
CAAAATTGTAAATGGAGAAG+AGG 0.519170 7:-49719198 MsG0780038607.01.T01:CDS
GAACTAAACAGTACCAGTAA+AGG 0.521525 7:+49720480 None:intergenic
TAGATACACTTGAATTGTTG+AGG 0.521798 7:+49719354 None:intergenic
GAGGGTATATGGCACCTGAA+TGG 0.527950 7:-49719316 MsG0780038607.01.T01:CDS
TATTGCAGCATGTCTTCCAT+CGG 0.540332 7:+49719741 None:intergenic
GGTGAATTTCTAGCTGAAGT+AGG 0.548904 7:-49719688 MsG0780038607.01.T01:CDS
CTAGCTGAAGTAGGAATCAT+CGG 0.556581 7:-49719679 MsG0780038607.01.T01:CDS
TGATGGAAGGTTGGTTACAT+GGG 0.562826 7:-49719171 MsG0780038607.01.T01:CDS
AATGGAGAAGAGGAAAGTGA+TGG 0.565768 7:-49719188 MsG0780038607.01.T01:CDS
CATCTCAACTACTCTACTCA+TGG 0.573461 7:+49719004 None:intergenic
ATCACTAAATATCACTTCCA+TGG 0.574522 7:+49718973 None:intergenic
CCTGGAAGGAGAGTATCTGT+TGG 0.578374 7:+49720873 None:intergenic
AATCCAAAATCGGCTAACTT+GGG 0.591994 7:+49719401 None:intergenic
TAGTAGCAGAAATGCAGTGT+TGG 0.593282 7:-49720659 MsG0780038607.01.T01:CDS
TACAAAGGCATATTATCCGA+TGG 0.596907 7:-49719757 MsG0780038607.01.T01:intron
TTGTAAGAGGTTGACCTGGA+AGG 0.597378 7:+49720859 None:intergenic
GAGAAGAGGAAAGTGATGGA+AGG 0.607247 7:-49719184 MsG0780038607.01.T01:CDS
TACATGAAGAATGTTTGGAG+TGG 0.615759 7:-49719478 MsG0780038607.01.T01:CDS
AGACTTTACAATGCACAACA+AGG 0.618722 7:-49719715 MsG0780038607.01.T01:CDS
GTTGAGATGCTTCAATACCA+TGG 0.625645 7:-49718990 MsG0780038607.01.T01:CDS
TTGTGGATGAAAGAGATTCA+AGG 0.625791 7:-49719031 MsG0780038607.01.T01:CDS
TCAACTACTCTACTCATGGT+AGG 0.628565 7:+49719008 None:intergenic
TACAATGCACAACAAGGAGA+AGG 0.628992 7:-49719709 MsG0780038607.01.T01:CDS
CTGAAGTAGGAATCATCGGA+AGG 0.629046 7:-49719675 MsG0780038607.01.T01:CDS
TATCTTGTAAGAGGTTGACC+TGG 0.636539 7:+49720855 None:intergenic
TCTATGATTAGAGGAACAAG+AGG 0.638445 7:-49719335 MsG0780038607.01.T01:CDS
ATGATGAAATTGGATTCTGA+TGG 0.674533 7:-49720562 MsG0780038607.01.T01:CDS
CTATGATTAGAGGAACAAGA+GGG 0.726284 7:-49719334 MsG0780038607.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAATTATGATAAAAGTAAAA+TGG - Chr7:49720907-49720926 MsG0780038607.01.T01:CDS 10.0%
!! TAAAAGTAAAATGGATATTA+TGG - Chr7:49720916-49720935 MsG0780038607.01.T01:CDS 15.0%
!!! ATAAAAAATGTTGAGTTTTA+TGG - Chr7:49719698-49719717 MsG0780038607.01.T01:CDS 15.0%
!! ATGTTTCATTAAACAATGTT+TGG - Chr7:49718984-49719003 MsG0780038607.01.T01:CDS 20.0%
!! CATAATTTAATCCAATTTGA+GGG + Chr7:49720895-49720914 None:intergenic 20.0%
!! TCATAATTTAATCCAATTTG+AGG + Chr7:49720896-49720915 None:intergenic 20.0%
!!! AACATTTTTTATCTCCAAAA+AGG + Chr7:49719690-49719709 None:intergenic 20.0%
! AAAGTAGATGTTTATAGCTA+TGG - Chr7:49720722-49720741 MsG0780038607.01.T01:intron 25.0%
! AAGTGAAATTATCTGATGAA+TGG + Chr7:49719374-49719393 None:intergenic 25.0%
! ACAAAAACACAATTGCAAAA+TGG - Chr7:49719845-49719864 MsG0780038607.01.T01:intron 25.0%
! ACAGGTTTCAAAATTGTAAA+TGG - Chr7:49720785-49720804 MsG0780038607.01.T01:intron 25.0%
! ACATCTACTTTAGATGTTAT+TGG + Chr7:49720713-49720732 None:intergenic 25.0%
! ACATGAATTTGATTGAAATG+TGG - Chr7:49720346-49720365 MsG0780038607.01.T01:CDS 25.0%
! ATAAACTTGATTGGAGTAAA+AGG - Chr7:49720450-49720469 MsG0780038607.01.T01:intron 25.0%
! ATATCTACATGAAGAATGTT+TGG - Chr7:49720508-49720527 MsG0780038607.01.T01:CDS 25.0%
! ATGAATTTGATTGAAATGTG+GGG - Chr7:49720348-49720367 MsG0780038607.01.T01:CDS 25.0%
! CATGAATTTGATTGAAATGT+GGG - Chr7:49720347-49720366 MsG0780038607.01.T01:CDS 25.0%
! GAATGAAAAATCCTAATGAT+TGG - Chr7:49719612-49719631 MsG0780038607.01.T01:intron 25.0%
! TAACTTAGACAATCCAAAAT+CGG + Chr7:49720603-49720622 None:intergenic 25.0%
! TTTGCAAAGAATGATGAAAT+TGG - Chr7:49719419-49719438 MsG0780038607.01.T01:CDS 25.0%
!! CAATAGTCTATATTTTCCTT+CGG + Chr7:49720382-49720401 None:intergenic 25.0%
!!! ACTTTTTCAACTTCTGATTA+TGG - Chr7:49719390-49719409 MsG0780038607.01.T01:CDS 25.0%
!!! GAATCAAGAAGTATATTTTG+CGG + Chr7:49720560-49720579 None:intergenic 25.0%
!!! TTTGATGATGAAAACATTCT+CGG - Chr7:49719221-49719240 MsG0780038607.01.T01:CDS 25.0%
AAACACAATTGCAAAATGGA+AGG - Chr7:49719849-49719868 MsG0780038607.01.T01:intron 30.0%
AAGCATTTCAACACTCATAT+TGG - Chr7:49719795-49719814 MsG0780038607.01.T01:intron 30.0%
AGCATTTCAACACTCATATT+GGG - Chr7:49719796-49719815 MsG0780038607.01.T01:intron 30.0%
AGCTAAAGAAAGCAACAAAA+GGG - Chr7:49720173-49720192 MsG0780038607.01.T01:intron 30.0%
ATGATGAAATTGGATTCTGA+TGG - Chr7:49719429-49719448 MsG0780038607.01.T01:CDS 30.0%
CAAAATTGTAAATGGAGAAG+AGG - Chr7:49720793-49720812 MsG0780038607.01.T01:intron 30.0%
CACATAATTGGTATGTTTCA+TGG - Chr7:49719484-49719503 MsG0780038607.01.T01:CDS 30.0%
CATAGAAAAACTTCACGAAA+TGG + Chr7:49720011-49720030 None:intergenic 30.0%
CGAAGGAAAATATAGACTAT+TGG - Chr7:49720380-49720399 MsG0780038607.01.T01:CDS 30.0%
GAACTAATGTGTCACATAAT+TGG - Chr7:49719472-49719491 MsG0780038607.01.T01:CDS 30.0%
GTTGTATTGGAAATGATAAC+AGG - Chr7:49720749-49720768 MsG0780038607.01.T01:intron 30.0%
GTTTATGAGTACATGGAAAA+TGG - Chr7:49720402-49720421 MsG0780038607.01.T01:intron 30.0%
TAGATACACTTGAATTGTTG+AGG + Chr7:49720640-49720659 None:intergenic 30.0%
TAGCTATGGAATAGTTGTAT+TGG - Chr7:49720736-49720755 MsG0780038607.01.T01:intron 30.0%
TATTATGGCTAAAGTTGCTT+TGG - Chr7:49720931-49720950 MsG0780038607.01.T01:CDS 30.0%
TCAAGTGTATCTATGATTAG+AGG - Chr7:49720647-49720666 MsG0780038607.01.T01:CDS 30.0%
TGTAGTTATAGTCCTAAGAT+TGG - Chr7:49719560-49719579 MsG0780038607.01.T01:intron 30.0%
TTGCAAGTGAAATCAAACAT+AGG + Chr7:49719653-49719672 None:intergenic 30.0%
TTGTAACTATAGTGCTTGTT+TGG - Chr7:49719745-49719764 MsG0780038607.01.T01:CDS 30.0%
TTGTCAGCTATAAACTTGAT+TGG - Chr7:49720441-49720460 MsG0780038607.01.T01:intron 30.0%
! AGCTTTGTATATCTTGTAAG+AGG + Chr7:49719148-49719167 None:intergenic 30.0%
! CATTTCGTGAAGTTTTTCTA+TGG - Chr7:49720009-49720028 MsG0780038607.01.T01:intron 30.0%
! GTTTATAGCTGACAAGTTTT+CGG + Chr7:49720436-49720455 None:intergenic 30.0%
! TAAAAGTGAGTCAACCTTTT+TGG - Chr7:49719673-49719692 MsG0780038607.01.T01:CDS 30.0%
! TGTTTAGTTCATGGAATTTG+TGG - Chr7:49719524-49719543 MsG0780038607.01.T01:CDS 30.0%
! TTCAAGGAATCAACATTTTG+TGG - Chr7:49719080-49719099 MsG0780038607.01.T01:CDS 30.0%
!! AATCCTAATGATTGGTCTTA+TGG - Chr7:49719620-49719639 MsG0780038607.01.T01:intron 30.0%
!! ACTATTGGTTTATGAGTACA+TGG - Chr7:49720395-49720414 MsG0780038607.01.T01:intron 30.0%
!!! ACAATTTTGAAACCTGTAGT+TGG + Chr7:49720782-49720801 None:intergenic 30.0%
!!! TTTTTGAGATGCAACTCTAA+TGG + Chr7:49719034-49719053 None:intergenic 30.0%
AAAGAGGCAGTAACATTTCT+TGG - Chr7:49720852-49720871 MsG0780038607.01.T01:CDS 35.0%
AATCCAAAATCGGCTAACTT+GGG + Chr7:49720593-49720612 None:intergenic 35.0%
AGAAAATGCTCTTGTATTCC+AGG - Chr7:49719584-49719603 MsG0780038607.01.T01:intron 35.0%
AGACTTTACAATGCACAACA+AGG - Chr7:49720276-49720295 MsG0780038607.01.T01:intron 35.0%
AGTGAGAGTAATCATTCTTC+TGG - Chr7:49719181-49719200 MsG0780038607.01.T01:CDS 35.0%
CAACCATAAGACCAATCATT+AGG + Chr7:49719626-49719645 None:intergenic 35.0%
CACTCATATTGGGAGAAAAA+AGG - Chr7:49719806-49719825 MsG0780038607.01.T01:intron 35.0%
CAGTAACATTTCTTGGTTAG+AGG - Chr7:49720859-49720878 MsG0780038607.01.T01:CDS 35.0%
CTATGATTAGAGGAACAAGA+GGG - Chr7:49720657-49720676 MsG0780038607.01.T01:CDS 35.0%
GAAAATGCTCTTGTATTCCA+GGG - Chr7:49719585-49719604 MsG0780038607.01.T01:intron 35.0%
GAAATTGTTGACCCTCAAAT+TGG - Chr7:49720881-49720900 MsG0780038607.01.T01:CDS 35.0%
GAACTAAACAGTACCAGTAA+AGG + Chr7:49719514-49719533 None:intergenic 35.0%
GAGCTAAAGAAAGCAACAAA+AGG - Chr7:49720172-49720191 MsG0780038607.01.T01:intron 35.0%
GAGTTGCATCTCAAAAATGA+TGG - Chr7:49719037-49719056 MsG0780038607.01.T01:CDS 35.0%
GGCAAATTGAAAATCCATTC+AGG + Chr7:49720692-49720711 None:intergenic 35.0%
TAAACCCTAATTCTGCTAGA+TGG + Chr7:49720135-49720154 None:intergenic 35.0%
TACATGAAGAATGTTTGGAG+TGG - Chr7:49720513-49720532 MsG0780038607.01.T01:CDS 35.0%
TCTATGATTAGAGGAACAAG+AGG - Chr7:49720656-49720675 MsG0780038607.01.T01:CDS 35.0%
TTGTGGATGAAAGAGATTCA+AGG - Chr7:49720960-49720979 MsG0780038607.01.T01:CDS 35.0%
! GAGCATTTTCTTCCAATCTT+AGG + Chr7:49719575-49719594 None:intergenic 35.0%
! GGATTTTTCATTCTATACCC+TGG + Chr7:49719605-49719624 None:intergenic 35.0%
! TACAAAGGCATATTATCCGA+TGG - Chr7:49720234-49720253 MsG0780038607.01.T01:intron 35.0%
! TACTGGTACTGTTTAGTTCA+TGG - Chr7:49719515-49719534 MsG0780038607.01.T01:CDS 35.0%
!! AATGCAGTGTTGGATTCTTT+TGG - Chr7:49719342-49719361 MsG0780038607.01.T01:CDS 35.0%
!! AGGTTTTATCCGAGCTTTAA+AGG - Chr7:49719869-49719888 MsG0780038607.01.T01:intron 35.0%
!! CGGAAGATTCTTTTTAGAGA+AGG + Chr7:49719927-49719946 None:intergenic 35.0%
!! TAGGTTGATCCTTTAAAGCT+CGG + Chr7:49719881-49719900 None:intergenic 35.0%
!! TTAGAGAAGGTACTACCTTT+AGG + Chr7:49719914-49719933 None:intergenic 35.0%
AATGGAGAAGAGGAAAGTGA+TGG - Chr7:49720803-49720822 MsG0780038607.01.T01:intron 40.0%
ACAAACATCGTCACTTGGAT+CGG + Chr7:49719947-49719966 None:intergenic 40.0%
ACAGGAAAAAGTCCAACTAC+AGG - Chr7:49720767-49720786 MsG0780038607.01.T01:intron 40.0%
ACATGGGTGAGAGAAAAAAG+AGG - Chr7:49720836-49720855 MsG0780038607.01.T01:CDS 40.0%
ACCTACTTGAGATTGCCTAA+AGG - Chr7:49719896-49719915 MsG0780038607.01.T01:intron 40.0%
ACCTTTAGGCAATCTCAAGT+AGG + Chr7:49719900-49719919 None:intergenic 40.0%
ATTCTCGGTCTTCATTACGA+CGG - Chr7:49719236-49719255 MsG0780038607.01.T01:CDS 40.0%
CAATCCAAAATCGGCTAACT+TGG + Chr7:49720594-49720613 None:intergenic 40.0%
CATCTCAACTACTCTACTCA+TGG + Chr7:49720990-49721009 None:intergenic 40.0%
CCAAACGGAGAAAATGAAGA+CGG + Chr7:49720063-49720082 None:intergenic 40.0%
CCTAAATAGGGAACACCAAA+CGG + Chr7:49720078-49720097 None:intergenic 40.0%
CTAGCTGAAGTAGGAATCAT+CGG - Chr7:49720312-49720331 MsG0780038607.01.T01:intron 40.0%
GCTACCATCTAGCAGAATTA+GGG - Chr7:49720128-49720147 MsG0780038607.01.T01:intron 40.0%
GGGAGAAAAAAGGCTTGTAT+AGG - Chr7:49719816-49719835 MsG0780038607.01.T01:intron 40.0%
GTTGAGATGCTTCAATACCA+TGG - Chr7:49721001-49721020 MsG0780038607.01.T01:CDS 40.0%
TACAATGCACAACAAGGAGA+AGG - Chr7:49720282-49720301 MsG0780038607.01.T01:intron 40.0%
TAGTAGCAGAAATGCAGTGT+TGG - Chr7:49719332-49719351 MsG0780038607.01.T01:CDS 40.0%
TATCTTGTAAGAGGTTGACC+TGG + Chr7:49719139-49719158 None:intergenic 40.0%
TATTGCAGCATGTCTTCCAT+CGG + Chr7:49720253-49720272 None:intergenic 40.0%
TCAACTACTCTACTCATGGT+AGG + Chr7:49720986-49721005 None:intergenic 40.0%
TCTGAACAAACATCGTCACT+TGG + Chr7:49719952-49719971 None:intergenic 40.0%
TCTTTGGCGTGACCTAAATA+GGG + Chr7:49720090-49720109 None:intergenic 40.0%
! AGTTGCTTTGGATTGTGTTG+TGG - Chr7:49720943-49720962 MsG0780038607.01.T01:CDS 40.0%
! TAGAGGAACAAGAGGGTATA+TGG - Chr7:49720664-49720683 MsG0780038607.01.T01:CDS 40.0%
! TGATGGAAGGTTGGTTACAT+GGG - Chr7:49720820-49720839 MsG0780038607.01.T01:intron 40.0%
!! GCGATGTTTCTAGCTCTTAT+TGG - Chr7:49719261-49719280 MsG0780038607.01.T01:CDS 40.0%
!! GGTGAATTTCTAGCTGAAGT+AGG - Chr7:49720303-49720322 MsG0780038607.01.T01:intron 40.0%
AAACTTAGCAGCCAAGGACT+TGG + Chr7:49719287-49719306 None:intergenic 45.0%
AAGACCTATGCAGACCAACA+CGG - Chr7:49720106-49720125 MsG0780038607.01.T01:intron 45.0%
AAGTCCTTGGCTGCTAAGTT+TGG - Chr7:49719286-49719305 MsG0780038607.01.T01:CDS 45.0%
AGTCCTTGGCTGCTAAGTTT+GGG - Chr7:49719287-49719306 MsG0780038607.01.T01:CDS 45.0%
CTGAAGTAGGAATCATCGGA+AGG - Chr7:49720316-49720335 MsG0780038607.01.T01:intron 45.0%
GGCTACCATCTAGCAGAATT+AGG - Chr7:49720127-49720146 MsG0780038607.01.T01:intron 45.0%
GTCTTTGGCGTGACCTAAAT+AGG + Chr7:49720091-49720110 None:intergenic 45.0%
GTTTCATGGCAAGCCTTTAC+TGG - Chr7:49719498-49719517 MsG0780038607.01.T01:CDS 45.0%
TTGTAAGAGGTTGACCTGGA+AGG + Chr7:49719135-49719154 None:intergenic 45.0%
! AGAGGAAAGTGATGGAAGGT+TGG - Chr7:49720811-49720830 MsG0780038607.01.T01:intron 45.0%
! CCGTCTTCATTTTCTCCGTT+TGG - Chr7:49720060-49720079 MsG0780038607.01.T01:intron 45.0%
! GAGAAGAGGAAAGTGATGGA+AGG - Chr7:49720807-49720826 MsG0780038607.01.T01:intron 45.0%
! GTGATGGAAGGTTGGTTACA+TGG - Chr7:49720819-49720838 MsG0780038607.01.T01:intron 45.0%
! TGTTGGTCTGCATAGGTCTT+TGG + Chr7:49720106-49720125 None:intergenic 45.0%
!! CCGTTTGGTGTTCCCTATTT+AGG - Chr7:49720075-49720094 MsG0780038607.01.T01:intron 45.0%
!! GAACCCAAGTTAGCCGATTT+TGG - Chr7:49720587-49720606 MsG0780038607.01.T01:CDS 45.0%
!! TGGAGGAGGTGTTGTTACAA+AGG - Chr7:49720219-49720238 MsG0780038607.01.T01:intron 45.0%
AAAGGGTTCCGCCAAGAGAT+TGG - Chr7:49720190-49720209 MsG0780038607.01.T01:intron 50.0%
ATGTGGGGATATTGTGCCGA+AGG - Chr7:49720363-49720382 MsG0780038607.01.T01:CDS 50.0%
CAAGAGATTGGAAGAGGTGG+AGG - Chr7:49720202-49720221 MsG0780038607.01.T01:intron 50.0%
CACCTCTTCCAATCTCTTGG+CGG + Chr7:49720201-49720220 None:intergenic 50.0%
CATCCCAAACTTAGCAGCCA+AGG + Chr7:49719293-49719312 None:intergenic 50.0%
CCAACAGATACTCTCCTTCC+AGG - Chr7:49719118-49719137 MsG0780038607.01.T01:CDS 50.0%
CTCCACCTCTTCCAATCTCT+TGG + Chr7:49720204-49720223 None:intergenic 50.0%
CTTGTGTTGCGTGAGCTTCA+AGG - Chr7:49719064-49719083 MsG0780038607.01.T01:CDS 50.0%
GCTCTTATTGGCCAAGTCCT+TGG - Chr7:49719273-49719292 MsG0780038607.01.T01:CDS 50.0%
GGTTTCAAGAGCTCCAATCG+CGG + Chr7:49720042-49720061 None:intergenic 50.0%
TTCCGCCAAGAGATTGGAAG+AGG - Chr7:49720196-49720215 MsG0780038607.01.T01:intron 50.0%
! GAGGGTATATGGCACCTGAA+TGG - Chr7:49720675-49720694 MsG0780038607.01.T01:CDS 50.0%
! GGCTGCTAAGTTTGGGATGT+TGG - Chr7:49719294-49719313 MsG0780038607.01.T01:CDS 50.0%
!! CCTGGAAGGAGAGTATCTGT+TGG + Chr7:49719121-49719140 None:intergenic 50.0%
CGCCAAGAGATTGGAAGAGG+TGG - Chr7:49720199-49720218 MsG0780038607.01.T01:intron 55.0%
CTGCTAGATGGTAGCCGTGT+TGG + Chr7:49720123-49720142 None:intergenic 55.0%
GAGATTGGAAGAGGTGGAGG+AGG - Chr7:49720205-49720224 MsG0780038607.01.T01:intron 55.0%
TTCAAGAGCTCCAATCGCGG+TGG + Chr7:49720039-49720058 None:intergenic 55.0%
! CTATGGTTTGCCACCGCGAT+TGG - Chr7:49720026-49720045 MsG0780038607.01.T01:intron 55.0%
! GTAGCCGTGTTGGTCTGCAT+AGG + Chr7:49720113-49720132 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 49718977 49721036 49718977 ID=MsG0780038607.01;Name=MsG0780038607.01
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Chr7 exon 49720336 49720407 49720336 ID=MsG0780038607.01.T01:exon:5473;Parent=MsG0780038607.01.T01
Chr7 exon 49719649 49719772 49719649 ID=MsG0780038607.01.T01:exon:5472;Parent=MsG0780038607.01.T01
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Chr7 CDS 49718977 49719565 49718977 ID=MsG0780038607.01.T01:cds;Parent=MsG0780038607.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780038607.01.T01

TTGCTTGATGTTTCATTAAACAATGTTTGGTCTTCAAACACTGCATCATTGAAACCATTAGAGTTGCATCTCAAAAATGATGGAAATCTTGTGTTGCGTGAGCTTCAAGGAATCAACATTTTGTGGCAGAGTTTTGATTCTCCAACAGATACTCTCCTTCCAGGTCAACCTCTTACAAGATATACAAAGCTTGTATCTTCAATAATTTGGGATGTTGGCAGATCTAATTTCAATAGTAGCAGAAATGCAGTGTTGGATTCTTTTGGTAGTTTCCATTCATCAGATAATTTCACTTTTTCAACTTCTGATTATGGAACTGTTTTGCAAAGAATGATGAAATTGGATTCTGATGGTGTTGTGAGAGTGTATAGCAGAACTAATGTGTCACATAATTGGTATGTTTCATGGCAAGCCTTTACTGGGTATAGAATGAAAAATCCTAATGATTGGTCTTATGGTTGTGAACCTATGTTTGATTTCACTTGCAATAAAAGCATATTATCCGATGGAAGACATGCTGCAATAAAGAGACTTTACAATGCACAACAAGGAGAAGGTGAATTTCTAGCTGAAGTAGGAATCATCGGAAGGCTTAATCACATGAATTTGATTGAAATCTATAAACTTGATTGGAGTAAAAGGTACAAAATTGCTTTATCAATAGCAAGAGTTTTAGCATATCTACATGAAGAATGTTTGGAGTGGATTTTACATTGTGATATAAAGCCGCAAAATATACTTCTTGATTCTAACTTCGAACCCAAGTTAGCCGATTTTGGATTGTCTAAGTTACAAAACAGAAACAACCTCAACAATTCAAGTGTATCTATGATTAGAGGAACAAGAGGGTATATGGCACCTGAATGGATTTTCAATTTGCCAATAACATCTAAAGTAGATGTTTATAGCTATGGAATAGTTGTATTGGAAATGATAACAGGAAAAAGTCCAACTACAGGTTTCAAAATTGTAAATGGAGAAGAGGAAAGTGATGGAAGGTTGGTTACATGGGTGAGAGAAAAAAGAGGCAGTAACATTTCTTGGTTAGAGGAAATTGTTGACCCTCAAATTGGATTAAATTATGATAAAAGTAAAATGGATATTATGGCTAAAGTTGCTTTGGATTGTGTTGTGGATGAAAGAGATTCAAGGCCTACCATGAGTAGAGTAGTTGAGATGCTTCAATACCATGGAAGTGATATTTAG
Protein sequence

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LLDVSLNNVWSSNTASLKPLELHLKNDGNLVLRELQGINILWQSFDSPTDTLLPGQPLTRYTKLVSSIIWDVGRSNFNSSRNAVLDSFGSFHSSDNFTFSTSDYGTVLQRMMKLDSDGVVRVYSRTNVSHNWYVSWQAFTGYRMKNPNDWSYGCEPMFDFTCNKSILSDGRHAAIKRLYNAQQGEGEFLAEVGIIGRLNHMNLIEIYKLDWSKRYKIALSIARVLAYLHEECLEWILHCDIKPQNILLDSNFEPKLADFGLSKLQNRNNLNNSSVSMIRGTRGYMAPEWIFNLPITSKVDVYSYGIVVLEMITGKSPTTGFKIVNGEEESDGRLVTWVREKRGSNISWLEEIVDPQIGLNYDKSKMDIMAKVALDCVVDERDSRPTMSRVVEMLQYHGSDI*