AlfalfaGEDB | MsG0780039352.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780039352.01

KEGG: -
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MsG0780039352.01.T01	AT3G25510	28.958	259	161	7	225	477	1	242	1.69e-20	96.3
MsG0780039352.01.T01	AT1G56520	28.832	274	169	8	203	462	1	262	4.09e-20	94.7
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MsG0780039352.01.T01	AT4G16990	27.273	253	174	5	203	451	1	247	7.88e-19	90.5
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MsG0780039352.01.T01	AT4G16990	27.273	253	174	5	203	451	1	247	8.25e-19	90.5
MsG0780039352.01.T01	AT4G16990	27.273	253	174	5	203	451	1	247	8.25e-19	90.5
MsG0780039352.01.T01	AT4G16990	27.273	253	174	5	203	451	1	247	8.25e-19	90.5
MsG0780039352.01.T01	AT1G57850	34.177	158	100	3	21	178	2	155	9.96e-19	84.7
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MsG0780039352.01.T01	AT5G40060	28.692	237	152	5	236	461	5	235	1.77e-18	89.7
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MsG0780039352.01.T01	AT1G27180	30.738	244	161	5	223	462	25	264	1.79e-18	90.1
MsG0780039352.01.T01	AT1G57830	35.669	157	97	3	19	175	9	161	3.08e-18	82.8
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MsG0780039352.01.T01	AT5G45260	29.461	241	153	5	223	458	152	380	5.87e-18	88.2
MsG0780039352.01.T01	AT4G23515	32.984	191	99	6	33	212	11	183	6.06e-18	84.7
MsG0780039352.01.T01	AT4G23515	32.984	191	99	6	33	212	11	183	1.08e-17	84.7
MsG0780039352.01.T01	AT1G60320	36.364	143	87	3	33	175	26	164	1.28e-17	80.9
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MsG0780039352.01.T01	AT5G45240	24.671	304	182	7	87	382	44	308	1.52e-15	80.5
MsG0780039352.01.T01	AT1G57670	36.429	140	85	3	33	172	11	146	1.99e-15	78.6
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MsG0780039352.01.T01	AT2G17050	25.379	264	167	6	202	458	7	247	8.26e-14	75.1
MsG0780039352.01.T01	AT5G45000	32.877	146	88	4	31	172	15	154	1.07e-13	73.6
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MsG0780039352.01.T01	AT1G51270	32.168	143	93	4	31	172	187	326	2.37e-13	72.0
MsG0780039352.01.T01	AT1G51270	32.168	143	93	4	31	172	187	326	2.37e-13	72.0
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MsG0780039352.01.T01	AT1G51270	32.168	143	93	4	31	172	358	497	3.85e-13	72.4
MsG0780039352.01.T01	AT2G16870	29.861	144	100	1	319	462	9	151	4.12e-13	72.8
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MsG0780039352.01.T01	AT1G51270	32.168	143	93	4	31	172	118	257	4.44e-13	71.6
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MsG0780039352.01.T01	AT1G51270	32.168	143	93	4	31	172	310	449	5.46e-13	72.0
MsG0780039352.01.T01	AT1G51270	32.168	143	93	4	31	172	310	449	5.46e-13	72.0
MsG0780039352.01.T01	AT1G51270	32.168	143	93	4	31	172	310	449	5.46e-13	72.0
MsG0780039352.01.T01	AT5G44910	30.464	151	99	2	33	181	13	159	6.26e-13	69.3
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MsG0780039352.01.T01	AT5G35450	30.328	244	132	14	216	441	157	380	1.25e-12	71.2
MsG0780039352.01.T01	AT1G65390	29.710	138	95	1	33	170	24	159	4.20e-12	67.0
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MsG0780039352.01.T01	AT1G61105	29.787	141	83	2	32	172	30	154	8.33e-12	64.7
MsG0780039352.01.T01	AT1G65390	27.381	168	101	2	33	200	24	170	8.50e-12	66.6
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MsG0780039352.01.T01	AT1G65390	27.381	168	101	2	33	200	24	170	3.04e-11	65.9
MsG0780039352.01.T01	AT4G23510	29.940	167	102	4	25	178	4	168	8.90e-11	65.1

Find 94 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 274 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
CTTTATTGTGCTCTAGTATA+TGG	0.254546	7:-62559730	MsG0780039352.01.T01:CDS
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GATGTATTTGTCAGCTTTAG+AGG	0.292590	7:-62559964	MsG0780039352.01.T01:CDS
GAGAAGATCTTGAAAGAGTA+TGG	0.303937	7:-62556128	MsG0780039352.01.T01:CDS
AAATTCTACGTCAAACTCTA+AGG	0.312169	7:-62556331	MsG0780039352.01.T01:CDS
TTGTCCTACTTGGACCCATT+TGG	0.314125	7:-62555705	MsG0780039352.01.T01:CDS
TGTCCTACTTGGACCCATTT+GGG	0.318235	7:-62555704	MsG0780039352.01.T01:CDS
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ATTTGCGGGATGAGAGGAAT+AGG	0.343372	7:-62556473	MsG0780039352.01.T01:CDS
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TACTTGGACCCATTTGGGTC+TGG	0.353405	7:-62555699	MsG0780039352.01.T01:CDS
TATGAAGCAAAAGTACATAA+AGG	0.361001	7:-62555751	MsG0780039352.01.T01:CDS
TAAATCCCAGCCAGTGATAT+TGG	0.365294	7:+62559555	None:intergenic
TGTGATATTAGCACATTTCA+AGG	0.367169	7:+62556034	None:intergenic
CTCTAAGGGAAGAATATCTT+CGG	0.370524	7:-62556316	MsG0780039352.01.T01:CDS
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ACCTCTAGAAATTAAAATGT+TGG	0.379831	7:-62555961	MsG0780039352.01.T01:CDS
TAGTAATATTTCCTTGATGA+TGG	0.388890	7:+62559988	None:intergenic
TTCGAGTTGTAGGAATTTGC+GGG	0.392929	7:-62556487	MsG0780039352.01.T01:CDS
CACAAGTTATTATGAACAAT+TGG	0.397338	7:-62556015	MsG0780039352.01.T01:CDS
CATATACTAGAGCACAATAA+AGG	0.414698	7:+62559731	None:intergenic
TGGGAGGTCGTAACGGGTAT+TGG	0.416354	7:+62555835	None:intergenic
ACCTTCACTATTGTCCTACT+TGG	0.420827	7:-62555715	MsG0780039352.01.T01:CDS
TGTGGAGAAGTGAGGTGCTC+GGG	0.423438	7:+62556820	None:intergenic
ACTTAGAGATGGTGAGAAGA+TGG	0.425017	7:-62559600	MsG0780039352.01.T01:CDS
TCGACGGTGAGACACCAAAA+AGG	0.438312	7:-62559670	MsG0780039352.01.T01:CDS
TTACCTTACATGTCTCTGAA+TGG	0.440124	7:-62555926	MsG0780039352.01.T01:CDS
ATGAAGCAAAAGTACATAAA+GGG	0.442952	7:-62555750	MsG0780039352.01.T01:CDS
TATAAAGACGATGGTCCAAT+TGG	0.444861	7:-62556365	MsG0780039352.01.T01:CDS
TCTTATTATATGCAGGGGCC+GGG	0.447591	7:-62556851	MsG0780039352.01.T01:intron
GAGCTCGTTCGTGCAATTGA+AGG	0.453476	7:-62559829	MsG0780039352.01.T01:CDS
GAGTTAAATCCAGACCCAAA+TGG	0.455502	7:+62555690	None:intergenic
AAGCCTTCCAAAAGATTTAG+TGG	0.463074	7:-62556570	MsG0780039352.01.T01:CDS
GTTCGAGTTGTAGGAATTTG+CGG	0.463954	7:-62556488	MsG0780039352.01.T01:CDS
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GATACATGGGAGGTCGTAAC+GGG	0.478529	7:+62555829	None:intergenic
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ACACAAGTGGCCAATATCAC+TGG	0.487308	7:-62559565	MsG0780039352.01.T01:CDS
GACAATAGTGAAGGTTTCAC+TGG	0.488163	7:+62555723	None:intergenic
TTTCCATTCAGAGACATGTA+AGG	0.488735	7:+62555923	None:intergenic
GAACAGATAATGCATTCATT+GGG	0.490960	7:-62556605	MsG0780039352.01.T01:CDS
TCAATTGCACGAACGAGCTC+AGG	0.491659	7:+62559832	None:intergenic
CAACATTATCGAGAATTACA+AGG	0.492034	7:+62556234	None:intergenic
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CRISPR-GE

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!!!	GAAAGAATCTTTTTTACAGG+GGG	+	Chr7:62557290-62557309	None:intergenic	30.0%
!!!	GCTACTTTTGCTTTTGTTAT+TGG	+	Chr7:62555678-62555697	None:intergenic	30.0%
	AAGCCTTCCAAAAGATTTAG+TGG	-	Chr7:62559125-62559144	MsG0780039352.01.T01:intron	35.0%
	AATCTGATTTAGATGGGATC+AGG	+	Chr7:62557354-62557373	None:intergenic	35.0%
	AGAACTATGCTTTCTCAACA+TGG	-	Chr7:62555918-62555937	MsG0780039352.01.T01:CDS	35.0%
	AGCCTTCCAAAAGATTTAGT+GGG	-	Chr7:62559126-62559145	MsG0780039352.01.T01:intron	35.0%
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	ATCTGATTTAGATGGGATCA+GGG	+	Chr7:62557353-62557372	None:intergenic	35.0%
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	TATAAAGACGATGGTCCAAT+TGG	-	Chr7:62559330-62559349	MsG0780039352.01.T01:intron	35.0%
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!	AAGTCCATTGTACTGATACA+TGG	+	Chr7:62559883-62559902	None:intergenic	35.0%
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!!!	ACTTTATTTTTTGGGAGAGG+AGG	-	Chr7:62556235-62556254	MsG0780039352.01.T01:CDS	35.0%
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	ACCAGGTCAAAATTGACCAT+GGG	-	Chr7:62558639-62558658	MsG0780039352.01.T01:intron	40.0%
	ACCAGGTCAAAATTGACCAT+GGG	+	Chr7:62558658-62558639	None:intergenic	40.0%
	ACCCACATCACTTATATGAG+GGG	-	Chr7:62556952-62556971	MsG0780039352.01.T01:intron	40.0%
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	ACTTAGAGATGGTGAGAAGA+TGG	-	Chr7:62556095-62556114	MsG0780039352.01.T01:CDS	40.0%
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	CACCCACATCACTTATATGA+GGG	+	Chr7:62556970-62556951	None:intergenic	40.0%
	CGATTAAATGTGGAGAAGTG+AGG	+	Chr7:62558886-62558905	None:intergenic	40.0%
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	GAGTAGGTTTGATTCAAGAG+CGG	+	Chr7:62559615-62559634	None:intergenic	40.0%
	GAGTTAAATCCAGACCCAAA+TGG	+	Chr7:62560008-62560027	None:intergenic	40.0%
	GCCTTCCAAAAGATTTAGTG+GGG	-	Chr7:62559127-62559146	MsG0780039352.01.T01:intron	40.0%
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	TAGGGCAGCATAAAGATGAT+CGG	+	Chr7:62555780-62555799	None:intergenic	40.0%
	TCCAAAAGATTTAGTGGGGA+TGG	-	Chr7:62559131-62559150	MsG0780039352.01.T01:intron	40.0%
	TCCAAGTAGGACAATAGTGA+AGG	+	Chr7:62559984-62560003	None:intergenic	40.0%
	TCTGATTTAGATGGGATCAG+GGG	+	Chr7:62557352-62557371	None:intergenic	40.0%
	TTCGTGCAATTGAAGGATCA+CGG	-	Chr7:62555873-62555892	MsG0780039352.01.T01:CDS	40.0%
!	AATCGTGAATGTTTTGCTGC+AGG	-	Chr7:62559516-62559535	MsG0780039352.01.T01:intron	40.0%
!	ATCGTGAATGTTTTGCTGCA+GGG	-	Chr7:62559517-62559536	MsG0780039352.01.T01:intron	40.0%
!	CAGTACAATGGACTTTCTCA+TGG	-	Chr7:62559888-62559907	MsG0780039352.01.T01:CDS	40.0%
!	CGCAACTTTTGCAAACATAG+GGG	-	Chr7:62556982-62557001	MsG0780039352.01.T01:intron	40.0%
!	CGCAACTTTTGCAAACATAG+GGG	+	Chr7:62557001-62556982	None:intergenic	40.0%
!	GATCTTGAAAGAGTATGGAG+TGG	-	Chr7:62559572-62559591	MsG0780039352.01.T01:CDS	40.0%
!	GCAACTTTTGCAAACATAGG+GGG	-	Chr7:62556983-62557002	MsG0780039352.01.T01:intron	40.0%
!	GCAACTTTTGCAAACATAGG+GGG	+	Chr7:62557002-62556983	None:intergenic	40.0%
!	TCCCCACTAAATCTTTTGGA+AGG	+	Chr7:62559131-62559150	None:intergenic	40.0%
!!	GCTAATGATGTTCGAGTTGT+AGG	-	Chr7:62559198-62559217	MsG0780039352.01.T01:intron	40.0%
!!	GTTCGAGTTGTAGGAATTTG+CGG	-	Chr7:62559207-62559226	MsG0780039352.01.T01:intron	40.0%
!!	TTCGAGTTGTAGGAATTTGC+GGG	-	Chr7:62559208-62559227	MsG0780039352.01.T01:intron	40.0%
!!!	CTTTTTTACAGGGGGAAAAC+CGG	+	Chr7:62557282-62557301	None:intergenic	40.0%
	AACATGGGTGCATGATTGGA+TGG	+	Chr7:62556588-62556607	None:intergenic	45.0%
	AACATGGTGTTTGCGAGAAC+TGG	-	Chr7:62555934-62555953	MsG0780039352.01.T01:CDS	45.0%
	ACACAAGTGGCCAATATCAC+TGG	-	Chr7:62556130-62556149	MsG0780039352.01.T01:CDS	45.0%
	AGAGATGGTGAGAAGATGGA+GGG	-	Chr7:62556099-62556118	MsG0780039352.01.T01:CDS	45.0%
	ATAGGGAAATCAACTCTCGC+AGG	-	Chr7:62559240-62559259	MsG0780039352.01.T01:intron	45.0%
	ATTTGCGGGATGAGAGGAAT+AGG	-	Chr7:62559222-62559241	MsG0780039352.01.T01:intron	45.0%
	CAGGTCAAAATTGACCATGG+GGG	-	Chr7:62558641-62558660	MsG0780039352.01.T01:intron	45.0%
	CAGGTCAAAATTGACCATGG+GGG	+	Chr7:62558660-62558641	None:intergenic	45.0%
	CCAGGTCAAAATTGACCATG+GGG	-	Chr7:62558640-62558659	MsG0780039352.01.T01:intron	45.0%
	CCAGGTCAAAATTGACCATG+GGG	+	Chr7:62558659-62558640	None:intergenic	45.0%
	CCTCCCATGTATCAGTACAA+TGG	-	Chr7:62559876-62559895	MsG0780039352.01.T01:CDS	45.0%
	CCTGTAATTTAGGCGAGTTC+CGG	-	Chr7:62557260-62557279	MsG0780039352.01.T01:intron	45.0%
	CGAAAACGAAACATAAGGGG+CGG	-	Chr7:62558676-62558695	MsG0780039352.01.T01:intron	45.0%
	CGAAATCGAAACATAAGGGG+CGG	+	Chr7:62556880-62556899	None:intergenic	45.0%
	CGGAACTCGCCTAAATTACA+GGG	+	Chr7:62557262-62557281	None:intergenic	45.0%
	CTGATTTAGATGGGATCAGG+GGG	+	Chr7:62557351-62557370	None:intergenic	45.0%
	GAACTCGCCTAAATTACAGG+GGG	+	Chr7:62557260-62557279	None:intergenic	45.0%
	GACCAGGTCAAAATTGACCA+TGG	-	Chr7:62558638-62558657	MsG0780039352.01.T01:intron	45.0%
	GACCAGGTCAAAATTGACCA+TGG	+	Chr7:62558657-62558638	None:intergenic	45.0%
	GAGATTGGAAGAGCAACTTG+AGG	+	Chr7:62557904-62557923	None:intergenic	45.0%
	GCACCCACATCACTTATATG+AGG	-	Chr7:62556950-62556969	MsG0780039352.01.T01:intron	45.0%
	GCACCCACATCACTTATATG+AGG	+	Chr7:62556969-62556950	None:intergenic	45.0%
	GCCCCTCATATAAGTGATGT+GGG	-	Chr7:62558600-62558619	MsG0780039352.01.T01:intron	45.0%
	GCCCCTCATATAAGTGATGT+GGG	+	Chr7:62558619-62558600	None:intergenic	45.0%
	GGAACTCGCCTAAATTACAG+GGG	+	Chr7:62557261-62557280	None:intergenic	45.0%
	TAGAGATGGTGAGAAGATGG+AGG	-	Chr7:62556098-62556117	MsG0780039352.01.T01:CDS	45.0%
	TCGTGCAATTGAAGGATCAC+GGG	-	Chr7:62555874-62555893	MsG0780039352.01.T01:CDS	45.0%
	TCTTATTATATGCAGGGGCC+GGG	-	Chr7:62558844-62558863	MsG0780039352.01.T01:intron	45.0%
	TGATACATGGGAGGTCGTAA+CGG	+	Chr7:62559870-62559889	None:intergenic	45.0%
	TGATTTAGATGGGATCAGGG+GGG	+	Chr7:62557350-62557369	None:intergenic	45.0%
	TGTCCTACTTGGACCCATTT+GGG	-	Chr7:62559991-62560010	MsG0780039352.01.T01:CDS	45.0%
	TTGTCCTACTTGGACCCATT+TGG	-	Chr7:62559990-62560009	MsG0780039352.01.T01:CDS	45.0%
	TTTGCGGGATGAGAGGAATA+GGG	-	Chr7:62559223-62559242	MsG0780039352.01.T01:intron	45.0%
!	CCATTGTACTGATACATGGG+AGG	+	Chr7:62559879-62559898	None:intergenic	45.0%
!	GCCATCCCCACTAAATCTTT+TGG	+	Chr7:62559135-62559154	None:intergenic	45.0%
!	GTCTTATTATATGCAGGGGC+CGG	-	Chr7:62558843-62558862	MsG0780039352.01.T01:intron	45.0%
!!	ATGAAAAAATTTAAAAAAAT+TGG	-	Chr7:62557126-62557145	MsG0780039352.01.T01:intron	5.0%
!!	GAATTAAAAAAATAAAAAAT+AGG	-	Chr7:62558530-62558549	MsG0780039352.01.T01:intron	5.0%
!!	GTATTAAAAAAATAAAAAAT+AGG	+	Chr7:62557026-62557045	None:intergenic	5.0%
!!!	AAAAAATTAAATCATTTTTT+CGG	-	Chr7:62557182-62557201	MsG0780039352.01.T01:intron	5.0%
!!!	TATTTAAAATTTTAAAAATC+TGG	+	Chr7:62558017-62558036	None:intergenic	5.0%
!!!	TTTAGTTTAATTAAAAATTT+AGG	-	Chr7:62557761-62557780	MsG0780039352.01.T01:intron	5.0%
	AAGTGGCCAATATCACTGGC+TGG	-	Chr7:62556134-62556153	MsG0780039352.01.T01:CDS	50.0%
	AGACCCAAATGGGTCCAAGT+AGG	+	Chr7:62559997-62560016	None:intergenic	50.0%
	CCGGAACTCGCCTAAATTAC+AGG	+	Chr7:62557263-62557282	None:intergenic	50.0%
	CTTATTATATGCAGGGGCCG+GGG	-	Chr7:62558845-62558864	MsG0780039352.01.T01:intron	50.0%
	GAGCTCGTTCGTGCAATTGA+AGG	-	Chr7:62555866-62555885	MsG0780039352.01.T01:CDS	50.0%
	GATACATGGGAGGTCGTAAC+GGG	+	Chr7:62559869-62559888	None:intergenic	50.0%
	GATTTAGATGGGATCAGGGG+GGG	+	Chr7:62557349-62557368	None:intergenic	50.0%
	GCAGCATCATCCCATCATCA+AGG	-	Chr7:62555696-62555715	MsG0780039352.01.T01:CDS	50.0%
	GGCCCCTCATATAAGTGATG+TGG	-	Chr7:62558599-62558618	MsG0780039352.01.T01:intron	50.0%
	GGCCCCTCATATAAGTGATG+TGG	+	Chr7:62558618-62558599	None:intergenic	50.0%
	GGTGTTTGCGAGAACTGGAT+CGG	-	Chr7:62555939-62555958	MsG0780039352.01.T01:CDS	50.0%
	GTAGGAATTTGCGGGATGAG+AGG	-	Chr7:62559216-62559235	MsG0780039352.01.T01:intron	50.0%
	TACTTGGACCCATTTGGGTC+TGG	-	Chr7:62559996-62560015	MsG0780039352.01.T01:CDS	50.0%
	TCAATTGCACGAACGAGCTC+AGG	+	Chr7:62555866-62555885	None:intergenic	50.0%
	TCGACGGTGAGACACCAAAA+AGG	-	Chr7:62556025-62556044	MsG0780039352.01.T01:CDS	50.0%
	TCGGGTAAGCAATCCTTACG+AGG	-	Chr7:62559398-62559417	MsG0780039352.01.T01:intron	50.0%
!	AGGATCACGGGTTTTTGTCG+TGG	-	Chr7:62555886-62555905	MsG0780039352.01.T01:CDS	50.0%
!	AGTGGCCAATATCACTGGCT+GGG	-	Chr7:62556135-62556154	MsG0780039352.01.T01:CDS	50.0%
!	ATCGTGTGAGCTCTAGTCAG+TGG	-	Chr7:62558902-62558921	MsG0780039352.01.T01:intron	50.0%
!	ATGTGGAGAAGTGAGGTGCT+CGG	+	Chr7:62558879-62558898	None:intergenic	50.0%
!	TCGTGTGAGCTCTAGTCAGT+GGG	-	Chr7:62558903-62558922	MsG0780039352.01.T01:intron	50.0%
!!	CCCCATGGTCAATTTTGACC+TGG	-	Chr7:62556913-62556932	MsG0780039352.01.T01:intron	50.0%
!!	CCCCATGGTCAATTTTGACC+TGG	+	Chr7:62556932-62556913	None:intergenic	50.0%
!!!	TTTTGGTGTCTCACCGTCGA+TGG	+	Chr7:62556025-62556044	None:intergenic	50.0%
	ACGAACGAGCTCAGGTGCTA+TGG	+	Chr7:62555858-62555877	None:intergenic	55.0%
	TGACCTGGTCCACGATGACA+TGG	-	Chr7:62556928-62556947	MsG0780039352.01.T01:intron	55.0%
!	ATGTGGGTGCCATGTCATCG+TGG	+	Chr7:62556940-62556959	None:intergenic	55.0%
!	TGTGGAGAAGTGAGGTGCTC+GGG	+	Chr7:62558878-62558897	None:intergenic	55.0%
!!	TGGGAGGTCGTAACGGGTAT+TGG	+	Chr7:62559863-62559882	None:intergenic	55.0%
	GTGCCATGTCATCGTGGACC+AGG	+	Chr7:62556934-62556953	None:intergenic	60.0%
	TGACCTGGTCCACGCTGACA+TGG	+	Chr7:62558628-62558647	None:intergenic	60.0%
!	ATGTGGGTGCCATGTCAGCG+TGG	-	Chr7:62558616-62558635	MsG0780039352.01.T01:intron	60.0%
!	CGTTGCACTTTTGGCCCCCA+TGG	-	Chr7:62556898-62556917	MsG0780039352.01.T01:intron	60.0%
!	CGTTGCACTTTTGGCCCCCA+TGG	+	Chr7:62556917-62556898	None:intergenic	60.0%
!	GAGGGCAGCTCTGACACAAG+TGG	-	Chr7:62556117-62556136	MsG0780039352.01.T01:CDS	60.0%
!	GTGGAGAAGTGAGGTGCTCG+GGG	+	Chr7:62558877-62558896	None:intergenic	60.0%
	GGTGCTCGGGGTTAGAACCC+CGG	+	Chr7:62558865-62558884	None:intergenic	65.0%
	GTGCCATGTCAGCGTGGACC+AGG	-	Chr7:62558622-62558641	MsG0780039352.01.T01:intron	65.0%

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Gene Sequence

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Protein sequence

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