AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780039610.01

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MsG0780039610.01.T01 AT2G30980 54.464 224 49 3 88 259 177 399 1.51e-78 243
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MsG0780039610.01.T01 AT3G61160 48.276 145 23 2 88 180 207 351 5.36e-38 136
MsG0780039610.01.T01 AT3G61160 48.276 145 23 2 88 180 214 358 6.57e-38 136
MsG0780039610.01.T01 AT4G18710 38.760 129 27 2 90 166 141 269 7.35e-21 89.4

Find 81 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 232 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AACTTAAATTCACTGTAATT+TGG 0.156371 7:+66670817 None:intergenic
CAGTTAAAGATATGTGATTT+TGG 0.212985 7:-66671457 MsG0780039610.01.T01:CDS
TGTCTTGGGCATTGCAAAAT+TGG 0.238771 7:-66670217 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR
TTCATTTCGTGTAATTCTTT+TGG 0.256315 7:+66672670 None:intergenic
TTACAGGTCATCAATTTATA+TGG 0.317516 7:+66669752 None:intergenic
GGCATTGCAAAATTGGTCTT+TGG 0.320674 7:-66670210 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR
ATTCCTTCTTTGATGACCTT+CGG 0.335856 7:-66670450 MsG0780039610.01.T01:CDS
CCATTCGGTAAACGGGCGTT+TGG 0.336055 7:+66670424 None:intergenic
TTCCTTCTTTGATGACCTTC+GGG 0.338264 7:-66670449 MsG0780039610.01.T01:CDS
CATGCACTTTATTTCTTCTC+TGG 0.338716 7:+66670843 None:intergenic
GTTCTTGTCCATTCGGTAAA+CGG 0.347860 7:+66670416 None:intergenic
TTCTTGTCCATTCGGTAAAC+GGG 0.352401 7:+66670417 None:intergenic
CTGATCAAAACCTGACTTCT+CGG 0.353580 7:+66672696 None:intergenic
GGAAGGTAGCATTGCTAGTC+TGG 0.355356 7:+66670175 None:intergenic
CAGCAGAGACCTGAACTGTT+AGG 0.361456 7:+66670153 None:intergenic
AACGGAAATGGAACGGAAAC+TGG 0.361591 7:-66672499 MsG0780039610.01.T01:CDS
ACAGCAGTGCAGCGTAGATT+TGG 0.372576 7:+66670608 None:intergenic
GAATCATCAATCAAACGAAT+AGG 0.418037 7:-66669900 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR
GCAACTGTTGTGAACGGAAA+TGG 0.437617 7:-66672511 MsG0780039610.01.T01:CDS
AGACGTCGACGCAACTCATC+AGG 0.439883 7:+66670270 None:intergenic
CACTTTATTTCTTCTCTGGT+AGG 0.440196 7:+66670847 None:intergenic
AATCAACTCCTTGCATGCTC+AGG 0.445757 7:+66670243 None:intergenic
TTTGCAGAAAACAACTGAAC+AGG 0.445787 7:-66673875 MsG0780039610.01.T01:five_prime_UTR
GCTACCTTCCCTAACAGTTC+AGG 0.449842 7:-66670162 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR
CATTCGGTAAACGGGCGTTT+GGG 0.454502 7:+66670425 None:intergenic
AGGTTGAAAAGCATTGCTTC+TGG 0.457481 7:-66673662 MsG0780039610.01.T01:CDS
CATAAAACCTCAGAATCTAT+TGG 0.460708 7:-66671603 MsG0780039610.01.T01:intron
CTGCAGGTCCTTTGATAAAG+AGG 0.462037 7:+66670074 None:intergenic
GGGCTGTGAAATCAAACAAA+GGG 0.467568 7:+66670389 None:intergenic
AATTATTTGCATCATGTGGT+TGG 0.484000 7:-66671641 MsG0780039610.01.T01:CDS
AACTACTAACCTTGTGCCAT+GGG 0.484175 7:+66670776 None:intergenic
CTTTGCAACCTCTTTATCAA+AGG 0.489413 7:-66670082 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR
TGTACGATATGTGGGTTCAC+CGG 0.492413 7:+66671329 None:intergenic
GTACGATATGTGGGTTCACC+GGG 0.510153 7:+66671330 None:intergenic
TTGTTTGATTTCACAGCCCA+AGG 0.513665 7:-66670385 MsG0780039610.01.T01:intron
TCCATGAGATTGTCATCTGC+AGG 0.514679 7:+66670058 None:intergenic
AGCTCGTTTGTTCCTCAAAG+TGG 0.517222 7:-66669931 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR
ATTCCACATAGACCACTTTG+AGG 0.518784 7:+66669919 None:intergenic
GTGGCTAAAACCGAGAAGTC+AGG 0.519786 7:-66672706 MsG0780039610.01.T01:CDS
GTCTAATTCCTGAGCATGCA+AGG 0.522362 7:-66670251 MsG0780039610.01.T01:CDS
AGCAGAGACCTGAACTGTTA+GGG 0.526158 7:+66670154 None:intergenic
TATGTAGTTTAACAAAACTC+TGG 0.537677 7:+66669790 None:intergenic
ATAGTCTTGATTGTGGAGGT+TGG 0.540641 7:+66670129 None:intergenic
GAAATATGAATATGATGAGA+AGG 0.542946 7:-66673682 MsG0780039610.01.T01:exon
GTCCCGAAGGTCATCAAAGA+AGG 0.543048 7:+66670447 None:intergenic
ATCCATACCAATAGATTCTG+AGG 0.555281 7:+66671596 None:intergenic
TTTAAATTATTTGCATCATG+TGG 0.556879 7:-66671645 MsG0780039610.01.T01:CDS
GTTCCTCAAAGTGGTCTATG+TGG 0.558660 7:-66669922 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR
ACCTGCAGATGACAATCTCA+TGG 0.558698 7:-66670059 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR
TTGTAATTCTAATGTTTCTG+CGG 0.558736 7:-66672728 MsG0780039610.01.T01:CDS
TAATTCTAATGTTTCTGCGG+TGG 0.560295 7:-66672725 MsG0780039610.01.T01:CDS
GCGAACATATGTACGATATG+TGG 0.564083 7:+66671320 None:intergenic
CTCATTATCATTTAAAACTG+AGG 0.567724 7:+66669991 None:intergenic
AGAGGTTGCAAAGTTTCTTG+AGG 0.568445 7:+66670092 None:intergenic
CCAAACGCCCGTTTACCGAA+TGG 0.578020 7:-66670424 MsG0780039610.01.T01:CDS
ATCTTTAACTGATGACACAC+GGG 0.585620 7:+66671469 None:intergenic
GAGCATGCCTTCTGAAGCAG+TGG 0.586045 7:-66670660 MsG0780039610.01.T01:CDS
GACAATCTCATGGATGATGT+AGG 0.592042 7:-66670049 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR
ACATATCGTACATATGTTCG+CGG 0.594669 7:-66671318 MsG0780039610.01.T01:intron
AACGGGCGTTTGGGTCCCGA+AGG 0.597875 7:+66670434 None:intergenic
GAACTACTAACCTTGTGCCA+TGG 0.600318 7:+66670775 None:intergenic
GAGTTGTATAGTCTTGATTG+TGG 0.600432 7:+66670122 None:intergenic
ACAAGATCCACTGCTTCAGA+AGG 0.602215 7:+66670653 None:intergenic
TTGTATAGTCTTGATTGTGG+AGG 0.605582 7:+66670125 None:intergenic
ACTTTGAGGAACAAACGAGC+TGG 0.606999 7:+66669933 None:intergenic
CGAACATATGTACGATATGT+GGG 0.607701 7:+66671321 None:intergenic
TGGGCTGTGAAATCAAACAA+AGG 0.617153 7:+66670388 None:intergenic
GAGACCTGAACTGTTAGGGA+AGG 0.622355 7:+66670158 None:intergenic
CACAGATTAAAGCTCACCCA+TGG 0.623212 7:-66670792 MsG0780039610.01.T01:CDS
TGTTGTGAACGGAAATGGAA+CGG 0.628522 7:-66672506 MsG0780039610.01.T01:CDS
TAAAGCTCACCCATGGCACA+AGG 0.631326 7:-66670785 MsG0780039610.01.T01:intron
ATGGAGGCAACTGTTGTGAA+CGG 0.633457 7:-66672517 MsG0780039610.01.T01:CDS
GCAGAAAACAACTGAACAGG+AGG 0.636155 7:-66673872 MsG0780039610.01.T01:five_prime_UTR
TATCTTTAACTGATGACACA+CGG 0.637537 7:+66671468 None:intergenic
TTGTTGTGTGCAGGATATGG+AGG 0.649959 7:-66672533 MsG0780039610.01.T01:intron
GGCTGTGAAATCAAACAAAG+GGG 0.665444 7:+66670390 None:intergenic
GATGCAAATAATTTAAACCG+CGG 0.672938 7:+66671651 None:intergenic
TACAGGATCTGATGAAACAG+AGG 0.678913 7:+66673634 None:intergenic
AAGCAGTGGATCTTGTGTCG+AGG 0.709078 7:-66670646 MsG0780039610.01.T01:CDS
CATGGGTGAGCTTTAATCTG+TGG 0.717457 7:+66670793 None:intergenic
GCTGTGAAATCAAACAAAGG+GGG 0.747236 7:+66670391 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AAAAAAAAATTTTTTTTTTT+AGG - Chr7:66670007-66670026 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR 0.0%
!! ATAAAATGAATATGTTTATT+AGG - Chr7:66670263-66670282 MsG0780039610.01.T01:CDS 10.0%
!! TAAAATGAATATGTTTATTA+GGG - Chr7:66670264-66670283 MsG0780039610.01.T01:CDS 10.0%
!! TAAATACTGTTAAAAAAAAT+AGG + Chr7:66671407-66671426 None:intergenic 10.0%
!!! AATTTTCATTATTGTTATTT+TGG - Chr7:66672041-66672060 MsG0780039610.01.T01:intron 10.0%
!!! ATTTTGTGTTTATTTAATTA+TGG - Chr7:66670736-66670755 MsG0780039610.01.T01:intron 10.0%
!! AAAAGATCAATAATATCATA+AGG + Chr7:66672405-66672424 None:intergenic 15.0%
!! AATGATAATCTACTTAAAAA+TGG + Chr7:66673741-66673760 None:intergenic 15.0%
!! GTAATAGTGAAATAAATTAT+AGG + Chr7:66671975-66671994 None:intergenic 15.0%
!!! AAAAAGTAATTTTTTTGAGA+TGG + Chr7:66670169-66670188 None:intergenic 15.0%
!!! ATTATATTTTGTTTTACAGT+TGG - Chr7:66673275-66673294 MsG0780039610.01.T01:intron 15.0%
!!! TTTTGTTAAACTACATATTT+CGG - Chr7:66673976-66673995 MsG0780039610.01.T01:five_prime_UTR 15.0%
!! AAAAATCATAAACATTACCA+AGG + Chr7:66672077-66672096 None:intergenic 20.0%
!! AAATAAATTATAGGATGTGT+TGG + Chr7:66671966-66671985 None:intergenic 20.0%
!! AACTTAAATTCACTGTAATT+TGG + Chr7:66672946-66672965 None:intergenic 20.0%
!! ATAATTCCTAAATTTGTCTA+TGG - Chr7:66670373-66670392 MsG0780039610.01.T01:intron 20.0%
!! ATCAATAATATCATAAGGTT+AGG + Chr7:66672400-66672419 None:intergenic 20.0%
!! TAAAATGTGAATAAACTTAC+AGG + Chr7:66670146-66670165 None:intergenic 20.0%
!! TAATTATGTACTATAGATCT+TGG - Chr7:66672886-66672905 MsG0780039610.01.T01:intron 20.0%
!! TAATTCCTAAATTTGTCTAT+GGG - Chr7:66670374-66670393 MsG0780039610.01.T01:intron 20.0%
!! TCTTGAAAATTGCTTTATAT+TGG - Chr7:66672840-66672859 MsG0780039610.01.T01:intron 20.0%
!! TTTAAATTATTTGCATCATG+TGG - Chr7:66672115-66672134 MsG0780039610.01.T01:intron 20.0%
!!! AAATTCAAACTGTTACTTTT+CGG - Chr7:66670873-66670892 MsG0780039610.01.T01:intron 20.0%
!!! AACAATGAAAAGGTATTTAT+TGG - Chr7:66671138-66671157 MsG0780039610.01.T01:intron 20.0%
!!! AATGTTGTTTTTTTGTTGTT+TGG - Chr7:66670205-66670224 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR 20.0%
!!! AATTGCTTTATATTGGTTTT+TGG - Chr7:66672847-66672866 MsG0780039610.01.T01:intron 20.0%
!!! ATTTTATGTACTTTGAGATA+TGG - Chr7:66670803-66670822 MsG0780039610.01.T01:CDS 20.0%
!!! TATGTTTTGTTTATGAGATT+TGG - Chr7:66670435-66670454 MsG0780039610.01.T01:CDS 20.0%
!!! TCAGGTATTTATATTAGTTT+TGG - Chr7:66671607-66671626 MsG0780039610.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTTTTTTTAGGTTTGATTTG+TGG - Chr7:66670019-66670038 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR 20.0%
! AAAAATTCTTGAAATGAGAG+TGG + Chr7:66671373-66671392 None:intergenic 25.0%
! AAATGAGACAATATGAATCT+AGG + Chr7:66670509-66670528 None:intergenic 25.0%
! AAGACAAGAGATATAAAAAC+AGG - Chr7:66671784-66671803 MsG0780039610.01.T01:intron 25.0%
! AAGCAAAAACAACAATGAAA+AGG - Chr7:66671128-66671147 MsG0780039610.01.T01:intron 25.0%
! AGACAAGAGATATAAAAACA+GGG - Chr7:66671785-66671804 MsG0780039610.01.T01:intron 25.0%
! ATAAATCATGTTTGATAAGC+TGG - Chr7:66671482-66671501 MsG0780039610.01.T01:intron 25.0%
! ATATACGATAAAGTTACAAC+TGG + Chr7:66673208-66673227 None:intergenic 25.0%
! ATATGGTAAACTGAATTAAG+TGG - Chr7:66670769-66670788 MsG0780039610.01.T01:intron 25.0%
! ATGCTAAACATGTATTAAAC+TGG - Chr7:66672242-66672261 MsG0780039610.01.T01:intron 25.0%
! ATTATGGAAAGAGCTAAATA+TGG - Chr7:66670752-66670771 MsG0780039610.01.T01:intron 25.0%
! CAAAACATACCAAAAAATAG+TGG + Chr7:66670424-66670443 None:intergenic 25.0%
! CAAGTAATTACAACTTCTAT+CGG - Chr7:66671285-66671304 MsG0780039610.01.T01:intron 25.0%
! GAAATATGAATATGATGAGA+AGG - Chr7:66670078-66670097 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
! GGTATTTCTTTCAATGTAAA+AGG - Chr7:66671631-66671650 MsG0780039610.01.T01:CDS 25.0%
! TATGTAGTTTAACAAAACTC+TGG + Chr7:66673973-66673992 None:intergenic 25.0%
! TATTTATGCATTGTACTACT+AGG - Chr7:66671421-66671440 MsG0780039610.01.T01:intron 25.0%
! TTAGAAAGAGAGAGAAAAAA+GGG - Chr7:66669804-66669823 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
! TTCAGTTTCTAAATCAAACT+TGG + Chr7:66670923-66670942 None:intergenic 25.0%
! TTGATTGGATAATGTATACT+AGG - Chr7:66670699-66670718 MsG0780039610.01.T01:intron 25.0%
! TTTAGAAAGAGAGAGAAAAA+AGG - Chr7:66669803-66669822 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
!! AAGTTTGATTTAGAAACTGA+AGG - Chr7:66670922-66670941 MsG0780039610.01.T01:intron 25.0%
!! CAGTTAAAGATATGTGATTT+TGG - Chr7:66672303-66672322 MsG0780039610.01.T01:intron 25.0%
!! CTCATTATCATTTAAAACTG+AGG + Chr7:66673772-66673791 None:intergenic 25.0%
!! GATGGAATGGATTTATATTT+AGG - Chr7:66670288-66670307 MsG0780039610.01.T01:intron 25.0%
!! GTGTTAGTTAAGATTTTGAA+TGG + Chr7:66669770-66669789 None:intergenic 25.0%
!! TAAGAATCAATCTAAAACTG+TGG + Chr7:66672703-66672722 None:intergenic 25.0%
!! TCTCTCTCTTTCTAAAAAAT+GGG + Chr7:66669799-66669818 None:intergenic 25.0%
!! TGTGAACCATATTCTATTTT+GGG - Chr7:66672217-66672236 MsG0780039610.01.T01:intron 25.0%
!! TTCATTTCGTGTAATTCTTT+TGG + Chr7:66671093-66671112 None:intergenic 25.0%
!! TTCTCTCTCTTTCTAAAAAA+TGG + Chr7:66669800-66669819 None:intergenic 25.0%
!! TTGTAATTCTAATGTTTCTG+CGG - Chr7:66671032-66671051 MsG0780039610.01.T01:intron 25.0%
!! TTGTGAACCATATTCTATTT+TGG - Chr7:66672216-66672235 MsG0780039610.01.T01:intron 25.0%
!!! AATTCAAACTGTTACTTTTC+GGG - Chr7:66670874-66670893 MsG0780039610.01.T01:intron 25.0%
!!! ATCATCATCTTATTTTGACA+AGG + Chr7:66670644-66670663 None:intergenic 25.0%
!!! GGTATTTATATTAGTTTTGG+CGG - Chr7:66671610-66671629 MsG0780039610.01.T01:CDS 25.0%
!!! TGTTTGTGTTGTTTTGTTTT+TGG - Chr7:66669844-66669863 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
AAGTTCCCATAGACAAATTT+AGG + Chr7:66670382-66670401 None:intergenic 30.0%
AATTATTTGCATCATGTGGT+TGG - Chr7:66672119-66672138 MsG0780039610.01.T01:intron 30.0%
ACAAACAAGGAAATTCGAAA+GGG + Chr7:66672200-66672219 None:intergenic 30.0%
CATAAAACCTCAGAATCTAT+TGG - Chr7:66672157-66672176 MsG0780039610.01.T01:intron 30.0%
GAATATGTTTATTAGGGAGA+TGG - Chr7:66670270-66670289 MsG0780039610.01.T01:CDS 30.0%
GAATCATCAATCAAACGAAT+AGG - Chr7:66673860-66673879 MsG0780039610.01.T01:five_prime_UTR 30.0%
GATGCAAATAATTTAAACCG+CGG + Chr7:66672112-66672131 None:intergenic 30.0%
GGAGAATTGTATAGCAATTA+AGG + Chr7:66671352-66671371 None:intergenic 30.0%
TAGAATATGGTTCACAAACA+AGG + Chr7:66672213-66672232 None:intergenic 30.0%
TATCTTTAACTGATGACACA+CGG + Chr7:66672295-66672314 None:intergenic 30.0%
TGATTTAGAAACTGAAGGAA+AGG - Chr7:66670927-66670946 MsG0780039610.01.T01:intron 30.0%
TGTGCAACTATATACATATC+AGG - Chr7:66672000-66672019 MsG0780039610.01.T01:intron 30.0%
TTCATACAACAGTGAAACAA+AGG + Chr7:66671664-66671683 None:intergenic 30.0%
TTTATCAGCATGTTTACCTT+GGG + Chr7:66673394-66673413 None:intergenic 30.0%
!! CAAGCTTCTTGATTTTGTTT+TGG - Chr7:66673903-66673922 MsG0780039610.01.T01:five_prime_UTR 30.0%
!! TTATTGATCTTTTAGTTGCC+CGG - Chr7:66672412-66672431 MsG0780039610.01.T01:intron 30.0%
!!! AAGGAGTTGATTTTTTGTCT+TGG - Chr7:66673528-66673547 MsG0780039610.01.T01:intron 30.0%
!!! AGGAGTTGATTTTTTGTCTT+GGG - Chr7:66673529-66673548 MsG0780039610.01.T01:intron 30.0%
!!! ATTTTGGTTATGAGTTTCCT+TGG - Chr7:66672057-66672076 MsG0780039610.01.T01:intron 30.0%
!!! TTAGATTTTTGAGTGTGTTG+TGG - Chr7:66670045-66670064 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
!!! TTTATTTTGCATGTGACTCT+AGG - Chr7:66673935-66673954 MsG0780039610.01.T01:five_prime_UTR 30.0%
!!! TTTTGGTAGTGCAAAAATGT+TGG - Chr7:66672320-66672339 MsG0780039610.01.T01:intron 30.0%
!!! TTTTTTTGTTGTTTGGTAGC+TGG - Chr7:66670212-66670231 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
AAAAACTTTGCAGAGTTAGC+AGG - Chr7:66673463-66673482 MsG0780039610.01.T01:intron 35.0%
AACCTCAGAATCTATTGGTA+TGG - Chr7:66672162-66672181 MsG0780039610.01.T01:intron 35.0%
AATTTGTCTATGGGAACTTG+TGG - Chr7:66670383-66670402 MsG0780039610.01.T01:intron 35.0%
ACACAACTGCTATTGATGTT+TGG - Chr7:66672505-66672524 MsG0780039610.01.T01:CDS 35.0%
ACAGTATATTCAAGCCATTG+TGG + Chr7:66671714-66671733 None:intergenic 35.0%
ACATATCGTACATATGTTCG+CGG - Chr7:66672442-66672461 MsG0780039610.01.T01:intron 35.0%
AGAGCTCCTGAACTTATATT+TGG - Chr7:66672471-66672490 MsG0780039610.01.T01:intron 35.0%
ATATAAAAACAGGGAACTCC+AGG - Chr7:66671794-66671813 MsG0780039610.01.T01:intron 35.0%
ATCCATACCAATAGATTCTG+AGG + Chr7:66672167-66672186 None:intergenic 35.0%
ATCTTTAACTGATGACACAC+GGG + Chr7:66672294-66672313 None:intergenic 35.0%
ATGAAAACAAACGTGTTGAG+AGG - Chr7:66670953-66670972 MsG0780039610.01.T01:intron 35.0%
CAAACTCCAAAACTCAGTTA+AGG + Chr7:66671898-66671917 None:intergenic 35.0%
CAATGGCTTGAATATACTGT+AGG - Chr7:66671714-66671733 MsG0780039610.01.T01:intron 35.0%
CACAAACAAGGAAATTCGAA+AGG + Chr7:66672201-66672220 None:intergenic 35.0%
CACACAAAGCTAATGTTCAA+TGG + Chr7:66670591-66670610 None:intergenic 35.0%
CGAACATATGTACGATATGT+GGG + Chr7:66672442-66672461 None:intergenic 35.0%
CTTGTCAGAACAATACTCTT+TGG + Chr7:66671327-66671346 None:intergenic 35.0%
CTTTGCAACCTCTTTATCAA+AGG - Chr7:66673678-66673697 MsG0780039610.01.T01:CDS 35.0%
GAAGAACCTGATAAAGCAAA+AGG + Chr7:66672822-66672841 None:intergenic 35.0%
GCATCTCCCAAAATAGAATA+TGG + Chr7:66672226-66672245 None:intergenic 35.0%
GTAATTACAACTTCTATCGG+TGG - Chr7:66671288-66671307 MsG0780039610.01.T01:intron 35.0%
GTTGCACCAAATATAAGTTC+AGG + Chr7:66672480-66672499 None:intergenic 35.0%
GTTGTGTCTAAGTTCTTGAT+TGG - Chr7:66670684-66670703 MsG0780039610.01.T01:intron 35.0%
GTTTATCAGCATGTTTACCT+TGG + Chr7:66673395-66673414 None:intergenic 35.0%
TGAAAACAAACGTGTTGAGA+GGG - Chr7:66670954-66670973 MsG0780039610.01.T01:intron 35.0%
TGTTTATTAGGGAGATGGAA+TGG - Chr7:66670275-66670294 MsG0780039610.01.T01:CDS 35.0%
TTTGCAGAAAACAACTGAAC+AGG - Chr7:66669885-66669904 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
! ATTCCTTCTTTGATGACCTT+CGG - Chr7:66673310-66673329 MsG0780039610.01.T01:intron 35.0%
! CACTTTATTTCTTCTCTGGT+AGG + Chr7:66672916-66672935 None:intergenic 35.0%
! CATGCACTTTATTTCTTCTC+TGG + Chr7:66672920-66672939 None:intergenic 35.0%
! CTTTCTAAAAAATGGGTGAC+AGG + Chr7:66669792-66669811 None:intergenic 35.0%
! GAGTTGTATAGTCTTGATTG+TGG + Chr7:66673641-66673660 None:intergenic 35.0%
! TAATTCTAATGTTTCTGCGG+TGG - Chr7:66671035-66671054 MsG0780039610.01.T01:intron 35.0%
! TTGTATAGTCTTGATTGTGG+AGG + Chr7:66673638-66673657 None:intergenic 35.0%
!! CTAATTGATTTGTTGTGTGC+AGG - Chr7:66671218-66671237 MsG0780039610.01.T01:intron 35.0%
!! TCAGTTGGTAGAGATCATTA+AGG - Chr7:66672777-66672796 MsG0780039610.01.T01:intron 35.0%
!!! ATTTTTGAGTGTGTTGTGGT+TGG - Chr7:66670049-66670068 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
!!! GAGTTGTGACCACTATTTTT+TGG - Chr7:66670412-66670431 MsG0780039610.01.T01:CDS 35.0%
!!! GATTCTGAGGTTTTATGTCA+CGG + Chr7:66672154-66672173 None:intergenic 35.0%
AACTACTAACCTTGTGCCAT+GGG + Chr7:66672987-66673006 None:intergenic 40.0%
AGAGGTTGCAAAGTTTCTTG+AGG + Chr7:66673671-66673690 None:intergenic 40.0%
ATAGACAACGCCAAAAGAAC+CGG + Chr7:66671588-66671607 None:intergenic 40.0%
ATTCCACATAGACCACTTTG+AGG + Chr7:66673844-66673863 None:intergenic 40.0%
CCATTGTGGATAAGCAAAGT+CGG + Chr7:66671700-66671719 None:intergenic 40.0%
CCTGATAAAGCAAAAGGACA+CGG + Chr7:66672816-66672835 None:intergenic 40.0%
CTGATCAAAACCTGACTTCT+CGG + Chr7:66671067-66671086 None:intergenic 40.0%
GAAAACAAACGTGTTGAGAG+GGG - Chr7:66670955-66670974 MsG0780039610.01.T01:intron 40.0%
GACAATCTCATGGATGATGT+AGG - Chr7:66673711-66673730 MsG0780039610.01.T01:five_prime_UTR 40.0%
GCCATGTATGAGATTATCTG+AGG + Chr7:66671548-66671567 None:intergenic 40.0%
GCCTCAGATAATCTCATACA+TGG - Chr7:66671544-66671563 MsG0780039610.01.T01:intron 40.0%
GCGAACATATGTACGATATG+TGG + Chr7:66672443-66672462 None:intergenic 40.0%
GCTGTGAAATCAAACAAAGG+GGG + Chr7:66673372-66673391 None:intergenic 40.0%
GGCTGTGAAATCAAACAAAG+GGG + Chr7:66673373-66673392 None:intergenic 40.0%
GGGCTGTGAAATCAAACAAA+GGG + Chr7:66673374-66673393 None:intergenic 40.0%
GTTCTTGTCCATTCGGTAAA+CGG + Chr7:66673347-66673366 None:intergenic 40.0%
TACAGGATCTGATGAAACAG+AGG + Chr7:66670129-66670148 None:intergenic 40.0%
TATAAGCCTCAGAGACAAGT+AGG + Chr7:66673021-66673040 None:intergenic 40.0%
TGAAACTCTGTAGACAGTTC+AGG + Chr7:66671923-66671942 None:intergenic 40.0%
TGGGCTGTGAAATCAAACAA+AGG + Chr7:66673375-66673394 None:intergenic 40.0%
TGTTGTGAACGGAAATGGAA+CGG - Chr7:66671254-66671273 MsG0780039610.01.T01:intron 40.0%
TTACTTCCTACTTGTCTCTG+AGG - Chr7:66673012-66673031 MsG0780039610.01.T01:intron 40.0%
TTCTTGTCCATTCGGTAAAC+GGG + Chr7:66673346-66673365 None:intergenic 40.0%
! ATAGTCTTGATTGTGGAGGT+TGG + Chr7:66673634-66673653 None:intergenic 40.0%
! GAGTTTCAAAGCACTATGTC+AGG - Chr7:66671935-66671954 MsG0780039610.01.T01:intron 40.0%
! GGTGTACCTTAACTGAGTTT+TGG - Chr7:66671889-66671908 MsG0780039610.01.T01:intron 40.0%
! TGTATGAGATTATCTGAGGC+AGG + Chr7:66671544-66671563 None:intergenic 40.0%
! TGTCTTGGGCATTGCAAAAT+TGG - Chr7:66673543-66673562 MsG0780039610.01.T01:intron 40.0%
! TTCCTTCTTTGATGACCTTC+GGG - Chr7:66673311-66673330 MsG0780039610.01.T01:intron 40.0%
! TTCTTTTGGCGTTGTCTATC+AGG - Chr7:66671589-66671608 MsG0780039610.01.T01:intron 40.0%
! TTGCATGATTGTGTTGCTGA+AGG - Chr7:66670613-66670632 MsG0780039610.01.T01:CDS 40.0%
! TTGTTTGATTTCACAGCCCA+AGG - Chr7:66673375-66673394 MsG0780039610.01.T01:intron 40.0%
! TTGTTTGGTAGCTGGAGAAA+TGG - Chr7:66670220-66670239 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
!! AAAGCACTGTTTCTACTCGA+CGG - Chr7:66671853-66671872 MsG0780039610.01.T01:intron 40.0%
!! AGGTTGAAAAGCATTGCTTC+TGG - Chr7:66670098-66670117 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
!! CTGAATTAAGTGGACTAGCT+AGG - Chr7:66670779-66670798 MsG0780039610.01.T01:intron 40.0%
!! GATTTGTTGTGTGCAGGATA+TGG - Chr7:66671224-66671243 MsG0780039610.01.T01:intron 40.0%
!! GGCATTGCAAAATTGGTCTT+TGG - Chr7:66673550-66673569 MsG0780039610.01.T01:intron 40.0%
!!! AAACTGTTACTTTTCGGGAG+GGG - Chr7:66670879-66670898 MsG0780039610.01.T01:intron 40.0%
!!! CAAACTGTTACTTTTCGGGA+GGG - Chr7:66670878-66670897 MsG0780039610.01.T01:intron 40.0%
!!! TCAAACTGTTACTTTTCGGG+AGG - Chr7:66670877-66670896 MsG0780039610.01.T01:intron 40.0%
AACGGAAATGGAACGGAAAC+TGG - Chr7:66671261-66671280 MsG0780039610.01.T01:intron 45.0%
AATCAACTCCTTGCATGCTC+AGG + Chr7:66673520-66673539 None:intergenic 45.0%
ACAAGATCCACTGCTTCAGA+AGG + Chr7:66673110-66673129 None:intergenic 45.0%
ACCTGCAGATGACAATCTCA+TGG - Chr7:66673701-66673720 MsG0780039610.01.T01:five_prime_UTR 45.0%
AGCAGAGACCTGAACTGTTA+GGG + Chr7:66673609-66673628 None:intergenic 45.0%
AGCTCGTTTGTTCCTCAAAG+TGG - Chr7:66673829-66673848 MsG0780039610.01.T01:five_prime_UTR 45.0%
ATGGAGGCAACTGTTGTGAA+CGG - Chr7:66671243-66671262 MsG0780039610.01.T01:intron 45.0%
CACAGATTAAAGCTCACCCA+TGG - Chr7:66672968-66672987 MsG0780039610.01.T01:intron 45.0%
CCGACTTTGCTTATCCACAA+TGG - Chr7:66671697-66671716 MsG0780039610.01.T01:intron 45.0%
CTGCAGGTCCTTTGATAAAG+AGG + Chr7:66673689-66673708 None:intergenic 45.0%
GAACTACTAACCTTGTGCCA+TGG + Chr7:66672988-66673007 None:intergenic 45.0%
GCAACTGTTGTGAACGGAAA+TGG - Chr7:66671249-66671268 MsG0780039610.01.T01:intron 45.0%
GCAGAAAACAACTGAACAGG+AGG - Chr7:66669888-66669907 MsG0780039610.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
GCATGCTCTTGTGAAAGATC+TGG + Chr7:66673088-66673107 None:intergenic 45.0%
GCTATTGATGTTTGGTCTGC+TGG - Chr7:66672513-66672532 MsG0780039610.01.T01:CDS 45.0%
GTCTAATTCCTGAGCATGCA+AGG - Chr7:66673509-66673528 MsG0780039610.01.T01:intron 45.0%
GTTCAAGCATACGCATAACC+TGG + Chr7:66671815-66671834 None:intergenic 45.0%
GTTCCTCAAAGTGGTCTATG+TGG - Chr7:66673838-66673857 MsG0780039610.01.T01:five_prime_UTR 45.0%
TCCATGAGATTGTCATCTGC+AGG + Chr7:66673705-66673724 None:intergenic 45.0%
TGAGAGGGGTGGAAATAATC+AGG - Chr7:66670969-66670988 MsG0780039610.01.T01:intron 45.0%
TGTACGATATGTGGGTTCAC+CGG + Chr7:66672434-66672453 None:intergenic 45.0%
TTGTTGTGTGCAGGATATGG+AGG - Chr7:66671227-66671246 MsG0780039610.01.T01:intron 45.0%
! ACTTTGAGGAACAAACGAGC+TGG + Chr7:66673830-66673849 None:intergenic 45.0%
! CATGGGTGAGCTTTAATCTG+TGG + Chr7:66672970-66672989 None:intergenic 45.0%
! CCGTGTCCTTTTGCTTTATC+AGG - Chr7:66672813-66672832 MsG0780039610.01.T01:intron 45.0%
! TATTTGCAGCCGTTGTTTCC+CGG - Chr7:66672739-66672758 MsG0780039610.01.T01:CDS 45.0%
! TTTTTCCTGCAGATATGCCG+CGG - Chr7:66672092-66672111 MsG0780039610.01.T01:intron 45.0%
!!! GTTTTGGCTGAGCTTCTTCT+AGG - Chr7:66672540-66672559 MsG0780039610.01.T01:intron 45.0%
AACAAACGTGTTGAGAGGGG+TGG - Chr7:66670958-66670977 MsG0780039610.01.T01:intron 50.0%
AAGCAGTGGATCTTGTGTCG+AGG - Chr7:66673114-66673133 MsG0780039610.01.T01:intron 50.0%
ACAGCAGTGCAGCGTAGATT+TGG + Chr7:66673155-66673174 None:intergenic 50.0%
ACTTCTATCGGTGGTCGAGA+TGG - Chr7:66671297-66671316 MsG0780039610.01.T01:intron 50.0%
CAGCAGAGACCTGAACTGTT+AGG + Chr7:66673610-66673629 None:intergenic 50.0%
CATTCGGTAAACGGGCGTTT+GGG + Chr7:66673338-66673357 None:intergenic 50.0%
CTCGACGGCTGAAAAAGATG+AGG - Chr7:66671868-66671887 MsG0780039610.01.T01:intron 50.0%
GAGACCTGAACTGTTAGGGA+AGG + Chr7:66673605-66673624 None:intergenic 50.0%
GCTACCTTCCCTAACAGTTC+AGG - Chr7:66673598-66673617 MsG0780039610.01.T01:intron 50.0%
GGAAGGTAGCATTGCTAGTC+TGG + Chr7:66673588-66673607 None:intergenic 50.0%
GGGGGAAGTTCTTGTCCATT+CGG + Chr7:66673354-66673373 None:intergenic 50.0%
GTACGATATGTGGGTTCACC+GGG + Chr7:66672433-66672452 None:intergenic 50.0%
GTAGGCTAGTGCGTTGAAAC+TGG - Chr7:66671732-66671751 MsG0780039610.01.T01:intron 50.0%
GTCCCGAAGGTCATCAAAGA+AGG + Chr7:66673316-66673335 None:intergenic 50.0%
GTGGCTAAAACCGAGAAGTC+AGG - Chr7:66671054-66671073 MsG0780039610.01.T01:intron 50.0%
TAAAGCTCACCCATGGCACA+AGG - Chr7:66672975-66672994 MsG0780039610.01.T01:intron 50.0%
TACATGGCAGAACGTGTCGT+TGG - Chr7:66671560-66671579 MsG0780039610.01.T01:intron 50.0%
TTAAACCGCGGCATATCTGC+AGG + Chr7:66672100-66672119 None:intergenic 50.0%
! AGAGAGTGGGGTTGATCAGT+TGG - Chr7:66672762-66672781 MsG0780039610.01.T01:CDS 50.0%
!! TTGGTCTGCTGGCTGTGTTT+TGG - Chr7:66672524-66672543 MsG0780039610.01.T01:intron 50.0%
!!! GTCGTTGGTACCGGTTCTTT+TGG - Chr7:66671575-66671594 MsG0780039610.01.T01:intron 50.0%
AGACGTCGACGCAACTCATC+AGG + Chr7:66673493-66673512 None:intergenic 55.0%
CCAAACGCCCGTTTACCGAA+TGG - Chr7:66673336-66673355 MsG0780039610.01.T01:intron 55.0%
CCACTCTCTCCGGGAAACAA+CGG + Chr7:66672751-66672770 None:intergenic 55.0%
CCATTCGGTAAACGGGCGTT+TGG + Chr7:66673339-66673358 None:intergenic 55.0%
CTGATCAACCCCACTCTCTC+CGG + Chr7:66672761-66672780 None:intergenic 55.0%
TGATCAACCCCACTCTCTCC+GGG + Chr7:66672760-66672779 None:intergenic 55.0%
! CGTTGTTTCCCGGAGAGAGT+GGG - Chr7:66672749-66672768 MsG0780039610.01.T01:CDS 55.0%
! GCAGAACGTGTCGTTGGTAC+CGG - Chr7:66671566-66671585 MsG0780039610.01.T01:intron 55.0%
! GTTGTTTCCCGGAGAGAGTG+GGG - Chr7:66672750-66672769 MsG0780039610.01.T01:CDS 55.0%
!! GAGCATGCCTTCTGAAGCAG+TGG - Chr7:66673100-66673119 MsG0780039610.01.T01:intron 55.0%
!! GGCTGAGCTTCTTCTAGGAC+AGG - Chr7:66672545-66672564 MsG0780039610.01.T01:intron 55.0%
GGCATGCGATTGTGCGTCAC+AGG - Chr7:66672263-66672282 MsG0780039610.01.T01:intron 60.0%
! CCGTTGTTTCCCGGAGAGAG+TGG - Chr7:66672748-66672767 MsG0780039610.01.T01:CDS 60.0%
AACGGGCGTTTGGGTCCCGA+AGG + Chr7:66673329-66673348 None:intergenic 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 66669754 66674028 66669754 ID=MsG0780039610.01;Name=MsG0780039610.01
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Chr7 five_prime_UTR 66673700 66674028 66673700 ID=MsG0780039610.01.T01:five_prime_utr;Parent=MsG0780039610.01.T01
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Chr7 three_prime_UTR 66669754 66670244 66669754 ID=MsG0780039610.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0780039610.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780039610.01.T01

ATGAATATGATGAGAAGGTTGAAAAGCATTGCTTCTGGTAGAACCTCTGTTTCATCAGATCCTGATAAGTATGTAGATGCATCACAAGAAGAGACATCTAGTTCTTGTAATTCTAATGTTTCTGCGGTGGCTAAAACCGAGAAGTCAGGTTTTGATCAGCTTCCAAAAGAATTACACGAAATGAAAATTAAAGATGATAAAAGCAAAAACAACAATGAAAAGGATATGGAGGCAACTGTTGTGAACGGAAATGGAACGGAAACTGGTCAAATATGCCGCGGTTTAAATTATTTGCATCATGTGGTTGGAGTCTGTCACCGTGACATAAAACCTCAGAATCTATTGGTTAATCCCGTGTGTCATCAGTTAAAGATATGTGATTTTGGTAGTGCAAAAATGTTGTTGCCCGGTGAACCCACATATCGTACATATGTTCGCGATCTTGGAACACCTACCAGAGAAGAAATAAAGTGCATGAATCCAAATTACAGTGAATTTAAGTTTCCACAGATTAAAGCTCACCCATGGCACAAGATCTTTCACAAGAGCATGCCTTCTGAAGCAGTGGATCTTGTGTCGAGGATGCTTCAATATTCTCCAAATCTACGCTGCACTGCTTTGGATGCATGTGCACATTCCTTCTTTGATGACCTTCGGGACCCAAACGCCCGTTTACCGAATGGACAAGAACTTCCCCCTTTGTTTGATTTCACAGCCCAAGAGTTAGCAGGCGCACCTGATGAGTTGCGTCGACGTCTAATTCCTGAGCATGCAAGGAGTTGA
Protein sequence

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