AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780041052.01

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MsG0780041052.01.T01 AT5G66520 32.889 225 150 1 1 225 308 531 1.42e-39 144
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MsG0780041052.01.T01 AT5G48910 34.025 241 156 3 1 240 335 573 3.26e-39 144
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MsG0780041052.01.T01 AT3G09040 33.014 209 139 1 5 213 823 1030 2.91e-37 139
MsG0780041052.01.T01 AT3G09040 33.014 209 139 1 5 213 823 1030 2.91e-37 139
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MsG0780041052.01.T01 AT5G13270 33.175 211 140 1 1 211 448 657 1.12e-36 137
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MsG0780041052.01.T01 AT1G74630 30.962 239 163 2 3 240 348 585 7.69e-36 134
MsG0780041052.01.T01 AT5G13230 30.252 238 165 1 1 238 510 746 8.09e-36 135
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MsG0780041052.01.T01 AT3G14730 35.023 217 134 3 1 214 428 640 1.44e-35 134
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MsG0780041052.01.T01 AT3G01580 30.189 212 148 0 4 215 430 641 6.57e-32 123
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MsG0780041052.01.T01 AT2G36980 31.797 217 143 2 1 213 398 613 1.84e-30 119
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MsG0780041052.01.T01 AT3G56550 29.075 227 160 1 1 227 269 494 3.64e-30 118
MsG0780041052.01.T01 AT4G16470 29.778 225 157 1 1 225 270 493 5.29e-30 117
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MsG0780041052.01.T01 AT3G47840 31.905 210 142 1 5 214 476 684 9.19e-30 117
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MsG0780041052.01.T01 AT2G02980 28.033 239 171 1 1 239 291 528 2.34e-29 116
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MsG0780041052.01.T01 AT2G42920 32.547 212 142 1 2 213 320 530 2.46e-29 115
MsG0780041052.01.T01 AT5G39350 34.225 187 116 3 4 187 488 670 3.22e-29 115
MsG0780041052.01.T01 AT1G06140 32.967 182 121 1 1 182 373 553 4.38e-29 115
MsG0780041052.01.T01 AT3G25060 32.381 210 138 2 4 213 381 586 5.59e-29 115
MsG0780041052.01.T01 AT1G53600 32.710 214 141 3 1 213 499 710 6.17e-29 115
MsG0780041052.01.T01 AT1G53600 32.710 214 141 3 1 213 499 710 6.17e-29 115
MsG0780041052.01.T01 AT1G04840 31.048 248 162 4 1 244 354 596 2.48e-28 113
MsG0780041052.01.T01 AT1G77010 32.258 186 125 1 1 186 511 695 3.50e-28 112
MsG0780041052.01.T01 AT2G45350 31.250 192 131 1 4 195 414 604 6.85e-28 112
MsG0780041052.01.T01 AT2G03380 36.691 139 88 0 44 182 548 686 7.71e-28 112
MsG0780041052.01.T01 AT2G40720 33.898 177 117 0 37 213 673 849 8.92e-28 112
MsG0780041052.01.T01 AT1G32415 32.039 206 135 2 1 202 529 733 1.33e-27 111
MsG0780041052.01.T01 AT5G59600 34.375 160 104 1 2 161 350 508 1.35e-27 110
MsG0780041052.01.T01 AT1G10330 33.333 180 119 1 3 182 286 464 1.45e-27 110
MsG0780041052.01.T01 AT2G33680 29.500 200 140 1 2 201 485 683 2.26e-27 110
MsG0780041052.01.T01 AT2G33680 29.500 200 140 1 2 201 485 683 2.26e-27 110
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MsG0780041052.01.T01 AT2G20540 30.348 201 139 1 1 201 302 501 2.36e-27 110
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MsG0780041052.01.T01 AT5G15300 31.383 188 119 4 1 184 341 522 9.87e-27 108
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MsG0780041052.01.T01 AT1G03540 32.973 185 122 2 1 184 423 606 1.58e-26 108
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MsG0780041052.01.T01 AT5G08490 27.374 179 130 0 38 216 664 842 3.42e-26 107
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MsG0780041052.01.T01 AT5G08490 27.374 179 130 0 38 216 664 842 3.42e-26 107
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MsG0780041052.01.T01 AT4G18840 31.953 169 114 1 3 171 367 534 3.97e-24 100
MsG0780041052.01.T01 AT4G18840 31.953 169 114 1 3 171 367 534 3.97e-24 100
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MsG0780041052.01.T01 AT1G43980 26.562 192 141 0 4 195 411 602 5.33e-20 89.4
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MsG0780041052.01.T01 AT2G34370 25.764 229 152 5 1 226 169 382 1.79e-14 72.8
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MsG0780041052.01.T03 AT2G41080 53.448 58 26 1 1 57 593 650 7.71e-16 69.7
MsG0780041052.01.T03 AT5G09950 56.863 51 22 0 7 57 945 995 7.74e-16 69.7
MsG0780041052.01.T03 AT5G09950 56.863 51 22 0 7 57 945 995 7.74e-16 69.7
MsG0780041052.01.T03 AT3G23330 50.909 55 27 0 3 57 552 606 8.83e-16 69.3
MsG0780041052.01.T03 AT3G49710 49.091 55 28 0 3 57 667 721 1.16e-15 68.9
MsG0780041052.01.T03 AT3G11460 51.852 54 26 0 4 57 570 623 1.17e-15 68.9
MsG0780041052.01.T03 AT4G18750 54.717 53 24 0 5 57 819 871 1.19e-15 68.9
MsG0780041052.01.T03 AT4G14820 54.000 50 23 0 8 57 673 722 1.46e-15 68.9
MsG0780041052.01.T03 AT5G65570 54.717 53 24 0 5 57 686 738 1.57e-15 68.6
MsG0780041052.01.T03 AT5G40410 50.877 57 28 0 1 57 552 608 1.78e-15 68.6
MsG0780041052.01.T03 AT3G49170 51.923 52 25 0 6 57 799 850 1.88e-15 68.6
MsG0780041052.01.T03 AT2G01510 49.091 55 28 0 3 57 530 584 2.27e-15 68.2
MsG0780041052.01.T03 AT2G01510 49.091 55 28 0 3 57 530 584 2.27e-15 68.2
MsG0780041052.01.T03 AT5G06540 52.727 55 26 0 3 57 568 622 2.41e-15 68.2
MsG0780041052.01.T03 AT1G20230 49.057 53 27 0 5 57 708 760 2.97e-15 67.8
MsG0780041052.01.T03 AT5G50990 51.852 54 26 0 4 57 481 534 3.13e-15 67.8
MsG0780041052.01.T03 AT4G37170 52.830 53 25 0 5 57 639 691 3.86e-15 67.8
MsG0780041052.01.T03 AT1G31920 48.148 54 28 0 4 57 553 606 4.33e-15 67.4
MsG0780041052.01.T03 AT3G22690 54.717 53 24 0 5 57 759 811 5.61e-15 67.0
MsG0780041052.01.T03 AT3G22690 54.717 53 24 0 5 57 790 842 5.61e-15 67.0
MsG0780041052.01.T03 AT2G15690 48.148 54 28 0 4 57 526 579 5.69e-15 67.0
MsG0780041052.01.T03 AT4G16835 49.057 53 27 0 5 57 604 656 8.26e-15 66.6
MsG0780041052.01.T03 AT1G34160 49.020 51 26 0 7 57 484 534 9.16e-15 66.6
MsG0780041052.01.T03 AT5G16860 54.717 53 24 0 5 57 798 850 9.98e-15 66.2
MsG0780041052.01.T03 AT1G34160 49.020 51 26 0 7 57 531 581 1.19e-14 66.2
MsG0780041052.01.T03 AT1G68930 50.000 56 28 0 2 57 662 717 1.20e-14 66.2
MsG0780041052.01.T03 AT1G68930 50.000 56 28 0 2 57 688 743 1.20e-14 66.2
MsG0780041052.01.T03 AT4G33990 54.000 50 23 0 8 57 767 816 1.40e-14 65.9
MsG0780041052.01.T03 AT4G33990 54.000 50 23 0 8 57 774 823 1.43e-14 65.9
MsG0780041052.01.T03 AT4G15720 45.283 53 29 0 5 57 564 616 1.54e-14 65.9
MsG0780041052.01.T03 AT5G39680 50.980 51 25 0 7 57 660 710 1.62e-14 65.9
MsG0780041052.01.T03 AT4G13650 49.020 51 26 0 7 57 1014 1064 2.04e-14 65.5
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MsG0780041052.01.T03 AT4G21065 50.980 51 25 0 7 57 545 595 2.15e-14 65.5
MsG0780041052.01.T03 AT3G46790 50.943 53 26 0 5 57 605 657 2.17e-14 65.5
MsG0780041052.01.T03 AT1G74630 50.943 53 26 0 5 57 591 643 3.21e-14 65.1
MsG0780041052.01.T03 AT1G74630 50.943 53 26 0 5 57 606 658 3.21e-14 65.1
MsG0780041052.01.T03 AT3G63370 52.000 50 24 0 8 57 911 960 3.59e-14 64.7
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MsG0780041052.01.T03 AT2G22070 50.000 50 25 0 8 57 737 786 4.35e-14 64.7
MsG0780041052.01.T03 AT3G02010 50.943 53 26 0 5 57 773 825 4.36e-14 64.7
MsG0780041052.01.T03 AT2G02980 50.000 54 27 0 4 57 550 603 4.38e-14 64.7
MsG0780041052.01.T03 AT2G29760 50.000 52 26 0 6 57 687 738 4.61e-14 64.7
MsG0780041052.01.T03 AT2G27610 50.000 54 26 1 5 57 815 868 4.62e-14 64.7
MsG0780041052.01.T03 AT3G13770 50.943 53 26 0 5 57 543 595 8.43e-14 63.9
MsG0780041052.01.T03 AT3G13770 50.943 53 26 0 5 57 576 628 8.43e-14 63.9
MsG0780041052.01.T03 AT5G13270 50.980 51 25 0 7 57 702 752 9.32e-14 63.5
MsG0780041052.01.T03 AT3G26782 44.444 54 30 0 4 57 606 659 1.03e-13 63.5
MsG0780041052.01.T03 AT3G49142 52.000 50 24 0 8 57 637 686 1.08e-13 63.5
MsG0780041052.01.T03 AT5G15340 45.455 55 30 0 3 57 569 623 1.21e-13 63.2
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MsG0780041052.01.T03 AT3G15130 49.091 55 28 0 3 57 635 689 1.25e-13 63.2
MsG0780041052.01.T03 AT3G22690 54.902 51 23 0 5 55 790 840 1.28e-13 63.2
MsG0780041052.01.T03 AT1G08070 49.091 55 28 0 3 57 687 741 1.35e-13 63.2
MsG0780041052.01.T03 AT3G57430 48.148 54 28 0 4 57 837 890 2.02e-13 62.8
MsG0780041052.01.T03 AT5G40405 48.214 56 29 0 2 57 557 612 2.54e-13 62.4
MsG0780041052.01.T03 AT5G40405 48.214 56 29 0 2 57 557 612 2.54e-13 62.4
MsG0780041052.01.T03 AT1G16480 50.943 53 26 0 5 57 885 937 2.68e-13 62.4
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MsG0780041052.01.T03 AT3G56550 49.057 53 27 0 5 57 529 581 1.10e-12 60.5
MsG0780041052.01.T03 AT3G56550 49.057 53 27 0 5 57 529 581 1.10e-12 60.5
MsG0780041052.01.T03 AT2G25580 42.593 54 31 0 4 57 562 615 1.38e-12 60.5
MsG0780041052.01.T03 AT2G25580 42.593 54 31 0 4 57 562 615 1.38e-12 60.5
MsG0780041052.01.T03 AT1G11290 47.170 53 28 0 5 57 757 809 1.62e-12 60.1
MsG0780041052.01.T03 AT5G44230 50.000 50 25 0 8 57 511 560 1.67e-12 60.1
MsG0780041052.01.T03 AT5G44230 50.000 50 25 0 8 57 608 657 1.68e-12 60.1
MsG0780041052.01.T03 AT4G01030 47.059 51 27 0 7 57 718 768 2.39e-12 59.7
MsG0780041052.01.T03 AT1G18485 47.170 53 28 0 5 57 918 970 3.09e-12 59.3
MsG0780041052.01.T03 AT1G15510 46.154 52 28 0 4 55 815 866 3.15e-12 59.3
MsG0780041052.01.T03 AT2G33760 50.000 50 25 0 8 57 534 583 3.35e-12 59.3
MsG0780041052.01.T03 AT5G46460 47.170 53 28 0 5 57 645 697 3.36e-12 59.3
MsG0780041052.01.T03 AT4G32450 44.000 50 28 0 8 57 488 537 5.84e-12 58.5
MsG0780041052.01.T03 AT5G13230 46.000 50 27 0 8 57 773 822 6.62e-12 58.5
MsG0780041052.01.T03 AT1G29710 40.000 55 33 0 3 57 421 475 2.76e-11 56.6
MsG0780041052.01.T03 AT5G52850 39.623 53 32 0 4 56 836 888 2.96e-11 56.6
MsG0780041052.01.T03 AT4G35130 43.396 53 30 0 5 57 752 804 3.13e-11 56.6
MsG0780041052.01.T03 AT5G50390 41.176 51 30 0 7 57 651 701 5.20e-11 55.8
MsG0780041052.01.T03 AT1G19720 49.057 53 21 2 8 57 845 894 6.22e-11 55.8

Find 63 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 170 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TCGAATTTGCATTCATCTTC+TGG 0.143004 7:+85889738 MsG0780041052.01.T01:CDS
TTCATCCTTCATCAGTGTTT+TGG 0.177276 7:+85889530 MsG0780041052.01.T01:CDS
GAATACAATGATTGGAAAAT+TGG 0.195402 7:+85889659 MsG0780041052.01.T01:CDS
TTCCAATCATTGTATTCTTA+TGG 0.217420 7:-85889653 None:intergenic
TTTGGGTCACTGGGGTCTTT+TGG 0.253152 7:+85889548 MsG0780041052.01.T01:CDS
TGGAGAACAAAGCTTGTTTC+AGG 0.261670 7:-85889957 None:intergenic
CACGACGCAATATCTCTTTC+AGG 0.282493 7:-85888281 None:intergenic
GTTTGGCGTGCTTTGCTTGA+TGG 0.298533 7:+85889621 MsG0780041052.01.T01:CDS
TCAAAACTAGCAGCAGCTTA+TGG 0.302883 7:+85890025 MsG0780041052.01.T02:CDS
TGCAATGTCTTGTGCAGTTC+AGG 0.303125 7:+85888310 MsG0780041052.01.T01:CDS
CGCAAGATAAAGACATATAT+AGG 0.314184 7:+85889889 MsG0780041052.01.T01:CDS
TGTGATATGCTGGTGATTGA+TGG 0.333256 7:+85888365 MsG0780041052.01.T01:CDS
GCAAGATAAAGACATATATA+GGG 0.346148 7:+85889890 MsG0780041052.01.T01:CDS
CGAATTTGCATTCATCTTCT+GGG 0.348908 7:+85889739 MsG0780041052.01.T01:CDS
TTTGATGCTCCTCCACTTCG+TGG 0.386564 7:-85889977 None:intergenic
CTCCATAAGAATACAATGAT+TGG 0.394716 7:+85889651 MsG0780041052.01.T01:CDS
TGCATTCATCTTCTGGGAGA+TGG 0.406072 7:+85889745 MsG0780041052.01.T01:CDS
TGCTGCAAGTGGTTTGTTGA+TGG 0.408652 7:+85888433 MsG0780041052.01.T01:CDS
ATATAAGTAGATGGATCATT+AGG 0.420796 7:-85889708 None:intergenic
TAAAGACATATATAGGGGTT+TGG 0.421067 7:+85889896 MsG0780041052.01.T01:CDS
GAAACAAGTATATAAGTAGA+TGG 0.436219 7:-85889717 None:intergenic
ATGCACATTTCAAGAATGTA+TGG 0.442777 7:-85890114 None:intergenic
GGATTTCACTGTTTCTCTGA+TGG 0.444627 7:+85890178 MsG0780041052.01.T03:CDS
ACAATCCGAATGGGCTTCCC+TGG 0.450728 7:-85890064 None:intergenic
CTCAAAGTTGGATAATTTGT+CGG 0.456897 7:+85889826 MsG0780041052.01.T01:CDS
TAAAGAACATCCTTCTTTGT+GGG 0.458760 7:+85890086 MsG0780041052.01.T02:CDS
GTAAAGAACATCCTTCTTTG+TGG 0.461894 7:+85890085 MsG0780041052.01.T02:CDS
GCATTCATCTTCTGGGAGAT+GGG 0.468048 7:+85889746 MsG0780041052.01.T01:CDS
CTAGGGAAAATATGAGAGAA+AGG 0.470788 7:+85889784 MsG0780041052.01.T01:CDS
GCAAACACCCGGCTCAAAGT+TGG 0.477178 7:+85889814 MsG0780041052.01.T01:CDS
ATATTAGAGTGCCTAAAAGT+TGG 0.479489 7:+85889927 MsG0780041052.01.T01:CDS
TAAAGCCAGGGAAGCCCATT+CGG 0.482274 7:+85890059 MsG0780041052.01.T02:CDS
CTTTACCTGCGTCTCACCAT+TGG 0.485488 7:-85890219 None:intergenic
ATTCATTCTATGCAAGAGAT+AGG 0.490638 7:+85889859 MsG0780041052.01.T01:CDS
TAGGGAAAATATGAGAGAAA+GGG 0.492582 7:+85889785 MsG0780041052.01.T01:CDS
GGGATTGCTCTGAGATGACT+AGG 0.496607 7:+85889766 MsG0780041052.01.T01:CDS
ATGTTCTTTACAATCCGAAT+GGG 0.502675 7:-85890073 None:intergenic
CAAATTATCCAACTTTGAGC+CGG 0.508660 7:-85889822 None:intergenic
ATTGGTCTTTACATGAGCAT+TGG 0.517225 7:-85890201 None:intergenic
TTGACTGCATGTGCTGCAAG+TGG 0.520596 7:+85888422 MsG0780041052.01.T01:CDS
GGATTATTGATGATAAAGCC+AGG 0.523557 7:+85890046 MsG0780041052.01.T02:CDS
CTATATATGTCTTTATCTTG+CGG 0.525945 7:-85889888 None:intergenic
TAATTGAATTAAACAAGATA+CGG 0.533353 7:-85889470 None:intergenic
AAATTATCCAACTTTGAGCC+GGG 0.539594 7:-85889821 None:intergenic
TATGGCAGTCCCCACAAAGA+AGG 0.553468 7:-85890096 None:intergenic
GATGAATAATGCTGAGATGT+TGG 0.557011 7:-85889513 None:intergenic
GTGACCCAAAACACTGATGA+AGG 0.561490 7:-85889535 None:intergenic
GATGTTCTTTACAATCCGAA+TGG 0.564318 7:-85890074 None:intergenic
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TAGATGGATCATTAGGTTCG+AGG 0.574472 7:-85889701 None:intergenic
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AAGGGGATTTCGCAAACACC+CGG 0.582908 7:+85889803 MsG0780041052.01.T01:CDS
AGATGGATCATTAGGTTCGA+GGG 0.588811 7:-85889700 None:intergenic
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AAGCTTTGTTCTCCACGAAG+TGG 0.605153 7:+85889965 MsG0780041052.01.T01:CDS
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GCACGCCAAACAAAAGCAGA+AGG 0.616078 7:-85889609 None:intergenic
CAAGTGGTTTGTTGATGGAA+GGG 0.616250 7:+85888438 MsG0780041052.01.T01:CDS
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CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
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!!! TTGAAATGTATTTTAAATGT+GGG + Chr7:85889230-85889249 MsG0780041052.01.T01:intron 15.0%
!! AATTCGTATAAAATCCAATA+AGG - Chr7:85888526-85888545 None:intergenic 20.0%
!! ATTCGTATAAAATCCAATAA+GGG - Chr7:85888525-85888544 None:intergenic 20.0%
!! CAAAACAAATGTAATTTCAT+CGG - Chr7:85889403-85889422 None:intergenic 20.0%
!!! ATTGGATTTTATACGAATTT+TGG + Chr7:85888527-85888546 MsG0780041052.01.T01:intron 20.0%
!!! GTTGAAATGTATTTTAAATG+TGG + Chr7:85889229-85889248 MsG0780041052.01.T01:intron 20.0%
! AGTATTCCATGAAACTATAT+CGG - Chr7:85889299-85889318 None:intergenic 25.0%
! ATATAAGTAGATGGATCATT+AGG - Chr7:85889711-85889730 None:intergenic 25.0%
! CAAATTTAAGAACTTGACAA+TGG - Chr7:85889174-85889193 None:intergenic 25.0%
! CAAGATAAAGACATATATAG+GGG + Chr7:85889891-85889910 MsG0780041052.01.T01:CDS 25.0%
! CATTGTCAAGTTCTTAAATT+TGG + Chr7:85889172-85889191 MsG0780041052.01.T01:intron 25.0%
! CTATATATGTCTTTATCTTG+CGG - Chr7:85889891-85889910 None:intergenic 25.0%
! GAAACAAGTATATAAGTAGA+TGG - Chr7:85889720-85889739 None:intergenic 25.0%
! GAATACAATGATTGGAAAAT+TGG + Chr7:85889659-85889678 MsG0780041052.01.T01:CDS 25.0%
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! TGTGGAATTGTTTATAAGAA+TGG + Chr7:85888751-85888770 MsG0780041052.01.T01:intron 25.0%
! TTCCAATCATTGTATTCTTA+TGG - Chr7:85889656-85889675 None:intergenic 25.0%
!! ACTTATAATGTTCTTTTGTC+TGG + Chr7:85888698-85888717 MsG0780041052.01.T01:intron 25.0%
!! ATCAAATGTATTTGTTGAAG+GGG + Chr7:85888895-85888914 MsG0780041052.01.T01:intron 25.0%
!! CTTATAATGTTCTTTTGTCT+GGG + Chr7:85888699-85888718 MsG0780041052.01.T01:intron 25.0%
!! GATCAAATGTATTTGTTGAA+GGG + Chr7:85888894-85888913 MsG0780041052.01.T01:intron 25.0%
!! TAAGTAACACAATTTTTCTC+CGG - Chr7:85888683-85888702 None:intergenic 25.0%
!!! ATTTTTCTAAGAGATTCTTC+AGG + Chr7:85890157-85890176 MsG0780041052.01.T03:CDS 25.0%
!!! GAATTTGGTTTTGTTGATTT+GGG + Chr7:85888635-85888654 MsG0780041052.01.T01:intron 25.0%
ATGCACATTTCAAGAATGTA+TGG - Chr7:85890117-85890136 None:intergenic 30.0%
ATGTTCTTTACAATCCGAAT+GGG - Chr7:85890076-85890095 None:intergenic 30.0%
ATTCATTCTATGCAAGAGAT+AGG + Chr7:85889859-85889878 MsG0780041052.01.T01:CDS 30.0%
ATTGTTTATAAGAATGGTGG+AGG + Chr7:85888757-85888776 MsG0780041052.01.T01:intron 30.0%
CGCAAGATAAAGACATATAT+AGG + Chr7:85889889-85889908 MsG0780041052.01.T01:CDS 30.0%
CTCCATAAGAATACAATGAT+TGG + Chr7:85889651-85889670 MsG0780041052.01.T01:CDS 30.0%
GGAATTGTTTATAAGAATGG+TGG + Chr7:85888754-85888773 MsG0780041052.01.T01:intron 30.0%
TAAAGAACATCCTTCTTTGT+GGG + Chr7:85890086-85890105 MsG0780041052.01.T02:CDS 30.0%
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TAGGGAAAATATGAGAGAAA+GGG + Chr7:85889785-85889804 MsG0780041052.01.T01:CDS 30.0%
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TTTGCAATCAAGTTTGGATT+TGG + Chr7:85888872-85888891 MsG0780041052.01.T01:intron 30.0%
! ATATTAGAGTGCCTAAAAGT+TGG + Chr7:85889927-85889946 MsG0780041052.01.T01:CDS 30.0%
! CTCAAAGTTGGATAATTTGT+CGG + Chr7:85889826-85889845 MsG0780041052.01.T01:CDS 30.0%
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! GGATCAAATGTATTTGTTGA+AGG + Chr7:85888893-85888912 MsG0780041052.01.T01:intron 30.0%
! TCATGGAATACTTTGATTTC+TGG + Chr7:85889307-85889326 MsG0780041052.01.T01:intron 30.0%
! TTCTGAAGGGAAATTGATTA+TGG + Chr7:85889078-85889097 MsG0780041052.01.T01:intron 30.0%
!! TAGTTTGCTTGCTGATTATA+GGG + Chr7:85888829-85888848 MsG0780041052.01.T01:intron 30.0%
!!! GGAATTTGGTTTTGTTGATT+TGG + Chr7:85888634-85888653 MsG0780041052.01.T01:intron 30.0%
!!! TTTTGGAGATATTGATGATG+TGG + Chr7:85888544-85888563 MsG0780041052.01.T01:intron 30.0%
AAAGAACATCCTTCTTTGTG+GGG + Chr7:85890087-85890106 MsG0780041052.01.T02:CDS 35.0%
AAATTATCCAACTTTGAGCC+GGG - Chr7:85889824-85889843 None:intergenic 35.0%
AATGCTCATGTAAAGACCAA+TGG + Chr7:85890203-85890222 MsG0780041052.01.T03:CDS 35.0%
AGGGAAAATATGAGAGAAAG+GGG + Chr7:85889786-85889805 MsG0780041052.01.T01:CDS 35.0%
CAAATTATCCAACTTTGAGC+CGG - Chr7:85889825-85889844 None:intergenic 35.0%
CATGGATTTGCAATCAAGTT+TGG + Chr7:85888866-85888885 MsG0780041052.01.T01:intron 35.0%
CGAATTTGCATTCATCTTCT+GGG + Chr7:85889739-85889758 MsG0780041052.01.T01:CDS 35.0%
CTAGGGAAAATATGAGAGAA+AGG + Chr7:85889784-85889803 MsG0780041052.01.T01:CDS 35.0%
GAAGATATTTGATGAGATGC+CGG + Chr7:85888661-85888680 MsG0780041052.01.T01:intron 35.0%
GATGAATAATGCTGAGATGT+TGG - Chr7:85889516-85889535 None:intergenic 35.0%
GATGCAATTAAGATGTTCAG+TGG + Chr7:85889262-85889281 MsG0780041052.01.T01:intron 35.0%
GATGTTCTTTACAATCCGAA+TGG - Chr7:85890077-85890096 None:intergenic 35.0%
GGAAATATGGTTGAAAATGC+AGG + Chr7:85889363-85889382 MsG0780041052.01.T01:intron 35.0%
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GTGTGAGAGATGTTATAACT+TGG + Chr7:85888588-85888607 MsG0780041052.01.T01:intron 35.0%
TCGAATTTGCATTCATCTTC+TGG + Chr7:85889738-85889757 MsG0780041052.01.T01:CDS 35.0%
TGAAAAGATGTGGGAAGAAT+TGG + Chr7:85888961-85888980 MsG0780041052.01.T01:intron 35.0%
TGGAGGATGAATTGAATGTT+GGG + Chr7:85888495-85888514 MsG0780041052.01.T01:intron 35.0%
TGTTATAACTTGGACAGAGA+TGG + Chr7:85888598-85888617 MsG0780041052.01.T01:intron 35.0%
TTGGAGGATGAATTGAATGT+TGG + Chr7:85888494-85888513 MsG0780041052.01.T01:intron 35.0%
! ACTTCAATGCTTAGTCTTTG+TGG + Chr7:85889115-85889134 MsG0780041052.01.T01:intron 35.0%
! CAGGTTCATATCCAACTTTT+AGG - Chr7:85889941-85889960 None:intergenic 35.0%
! GGATTATTGATGATAAAGCC+AGG + Chr7:85890046-85890065 MsG0780041052.01.T02:CDS 35.0%
! TCATCCTTCATCAGTGTTTT+GGG + Chr7:85889531-85889550 MsG0780041052.01.T01:CDS 35.0%
! TGCATCTTTTGTCACTAAGA+GGG + Chr7:85890132-85890151 MsG0780041052.01.T03:CDS 35.0%
! TTCATCCTTCATCAGTGTTT+TGG + Chr7:85889530-85889549 MsG0780041052.01.T01:CDS 35.0%
! TTCGAGGGCAAGAATATTTT+TGG - Chr7:85889688-85889707 None:intergenic 35.0%
! TTTATAAGAATGGTGGAGGA+GGG + Chr7:85888761-85888780 MsG0780041052.01.T01:intron 35.0%
!! ATGTGGTTTGTTTGTTTGAG+AGG + Chr7:85888561-85888580 MsG0780041052.01.T01:intron 35.0%
!! ATTGGTCTTTACATGAGCAT+TGG - Chr7:85890204-85890223 None:intergenic 35.0%
!! GTAGTTTGCTTGCTGATTAT+AGG + Chr7:85888828-85888847 MsG0780041052.01.T01:intron 35.0%
!! TCGATTGTTTTGTGATATGC+TGG + Chr7:85888355-85888374 MsG0780041052.01.T01:CDS 35.0%
!! TTAAGCCTTCTGCTTTTGTT+TGG + Chr7:85889604-85889623 MsG0780041052.01.T01:CDS 35.0%
AAAAGAGAAAACGCCTTACG+TGG - Chr7:85889046-85889065 None:intergenic 40.0%
AAAGATGTGGGAAGAATTGG+AGG + Chr7:85888964-85888983 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
AATGTTGGGAATGCCCTTAT+TGG + Chr7:85888509-85888528 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
ACGGATTTCTCTTTGAGTAG+TGG + Chr7:85888794-85888813 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
AGATGGATCATTAGGTTCGA+GGG - Chr7:85889703-85889722 None:intergenic 40.0%
ATGGTTGAAAATGCAGGAAG+AGG + Chr7:85889369-85889388 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
ATGTGTGGCTATGCTAGAAA+CGG + Chr7:85889016-85889035 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
CCATGAAACTATATCGGTAG+AGG - Chr7:85889293-85889312 None:intergenic 40.0%
CCTCTACCGATATAGTTTCA+TGG + Chr7:85889290-85889309 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
CGGATTTCTCTTTGAGTAGT+GGG + Chr7:85888795-85888814 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
CTTTGCTTGACATGTACACA+AGG + Chr7:85888918-85888937 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
GGATATCTTACACACAGACA+GGG + Chr7:85889328-85889347 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
GGTAGATGCTGAAAAGATGT+GGG + Chr7:85888952-85888971 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
TAGATGGATCATTAGGTTCG+AGG - Chr7:85889704-85889723 None:intergenic 40.0%
TCAAAACTAGCAGCAGCTTA+TGG + Chr7:85890025-85890044 MsG0780041052.01.T02:CDS 40.0%
TCCATCTTGGTCATTCTGAA+GGG + Chr7:85889065-85889084 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
TGGATATCTTACACACAGAC+AGG + Chr7:85889327-85889346 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
TGGTAGATGCTGAAAAGATG+TGG + Chr7:85888951-85888970 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
TGGTTGAAAATGCAGGAAGA+GGG + Chr7:85889370-85889389 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
TGTGATATGCTGGTGATTGA+TGG + Chr7:85888365-85888384 MsG0780041052.01.T01:CDS 40.0%
TTCCATCTTGGTCATTCTGA+AGG + Chr7:85889064-85889083 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
TTGACATGTACACAAGGTGT+GGG + Chr7:85888924-85888943 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
! ATTCAAGCTAGTCTGTCTGT+AGG - Chr7:85889436-85889455 None:intergenic 40.0%
! GCGTTTTCTCTTTTCCATCT+TGG + Chr7:85889052-85889071 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
! GGATTTCACTGTTTCTCTGA+TGG + Chr7:85890178-85890197 MsG0780041052.01.T03:CDS 40.0%
! GTGAGGGTGTATATGGAATT+TGG + Chr7:85888620-85888639 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
! GTGCATCTTTTGTCACTAAG+AGG + Chr7:85890131-85890150 MsG0780041052.01.T03:CDS 40.0%
! GTTTATAAGAATGGTGGAGG+AGG + Chr7:85888760-85888779 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
! TGGAGAACAAAGCTTGTTTC+AGG - Chr7:85889960-85889979 None:intergenic 40.0%
! TGTGCAAGTTGGAAATGTTG+TGG + Chr7:85889207-85889226 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
!! CAAGTGGTTTGTTGATGGAA+GGG + Chr7:85888438-85888457 MsG0780041052.01.T01:CDS 40.0%
!! CAGACAGACTAGCTTGAATT+TGG + Chr7:85889437-85889456 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
!! GCGATAGAGCATTGGAAATA+TGG + Chr7:85889350-85889369 MsG0780041052.01.T01:intron 40.0%
AACTTGGACAGAGATGGTGA+GGG + Chr7:85888604-85888623 MsG0780041052.01.T01:intron 45.0%
ACCCATATCATGATAGCCGA+CGG - Chr7:85889143-85889162 None:intergenic 45.0%
CACGACGCAATATCTCTTTC+AGG - Chr7:85888284-85888303 None:intergenic 45.0%
CTGAAAGAGATATTGCGTCG+TGG + Chr7:85888282-85888301 MsG0780041052.01.T01:CDS 45.0%
CTTGACATGTACACAAGGTG+TGG + Chr7:85888923-85888942 MsG0780041052.01.T01:intron 45.0%
GTGACCCAAAACACTGATGA+AGG - Chr7:85889538-85889557 None:intergenic 45.0%
TAACTTGGACAGAGATGGTG+AGG + Chr7:85888603-85888622 MsG0780041052.01.T01:intron 45.0%
TCCCTTCAGAATGACCAAGA+TGG - Chr7:85889069-85889088 None:intergenic 45.0%
TCGAAATGCGGAGGGTTTAA+AGG + Chr7:85888727-85888746 MsG0780041052.01.T01:intron 45.0%
TCTAGCATAGCCACACATCA+TGG - Chr7:85889014-85889033 None:intergenic 45.0%
TGCAATGTCTTGTGCAGTTC+AGG + Chr7:85888310-85888329 MsG0780041052.01.T01:CDS 45.0%
TGTGTGGCTATGCTAGAAAC+GGG + Chr7:85889017-85889036 MsG0780041052.01.T01:intron 45.0%
! AACCGTCGGCTATCATGATA+TGG + Chr7:85889138-85889157 MsG0780041052.01.T01:intron 45.0%
! ACCGTCGGCTATCATGATAT+GGG + Chr7:85889139-85889158 MsG0780041052.01.T01:intron 45.0%
! AGAGATGGTGAGGGTGTATA+TGG + Chr7:85888613-85888632 MsG0780041052.01.T01:intron 45.0%
! CTTAGTCTTTGTGGAACCGT+CGG + Chr7:85889124-85889143 MsG0780041052.01.T01:intron 45.0%
! GCATTCATCTTCTGGGAGAT+GGG + Chr7:85889746-85889765 MsG0780041052.01.T01:CDS 45.0%
! TGCATTCATCTTCTGGGAGA+TGG + Chr7:85889745-85889764 MsG0780041052.01.T01:CDS 45.0%
! TTGCTGATTATAGGGTCAGC+AGG + Chr7:85888837-85888856 MsG0780041052.01.T01:intron 45.0%
!! AAGCTTTGTTCTCCACGAAG+TGG + Chr7:85889965-85889984 MsG0780041052.01.T01:CDS 45.0%
!! ATCAGTGTTTTGGGTCACTG+GGG + Chr7:85889540-85889559 MsG0780041052.01.T01:CDS 45.0%
!! CATCAGTGTTTTGGGTCACT+GGG + Chr7:85889539-85889558 MsG0780041052.01.T01:CDS 45.0%
!! GCAAGTGGTTTGTTGATGGA+AGG + Chr7:85888437-85888456 MsG0780041052.01.T01:CDS 45.0%
!! GGATTGCTCTGAGATGACTA+GGG + Chr7:85889767-85889786 MsG0780041052.01.T01:CDS 45.0%
!! TCATCAGTGTTTTGGGTCAC+TGG + Chr7:85889538-85889557 MsG0780041052.01.T01:CDS 45.0%
!! TGCTGCAAGTGGTTTGTTGA+TGG + Chr7:85888433-85888452 MsG0780041052.01.T01:CDS 45.0%
AAGGGGATTTCGCAAACACC+CGG + Chr7:85889803-85889822 MsG0780041052.01.T01:CDS 50.0%
ACATGTACACAAGGTGTGGG+AGG + Chr7:85888927-85888946 MsG0780041052.01.T01:intron 50.0%
ATTGGAGGAGGTTAGCAGTG+TGG + Chr7:85888979-85888998 MsG0780041052.01.T01:intron 50.0%
CTTTGTTCTCCACGAAGTGG+AGG + Chr7:85889968-85889987 MsG0780041052.01.T01:CDS 50.0%
GATGTGGGAAGAATTGGAGG+AGG + Chr7:85888967-85888986 MsG0780041052.01.T01:intron 50.0%
GCACGCCAAACAAAAGCAGA+AGG - Chr7:85889612-85889631 None:intergenic 50.0%
GCTTGGACTTCCATGATGTG+TGG + Chr7:85889001-85889020 MsG0780041052.01.T01:intron 50.0%
GTCTGGGTTGTGTCGAAATG+CGG + Chr7:85888715-85888734 MsG0780041052.01.T01:intron 50.0%
GTTTGGCGTGCTTTGCTTGA+TGG + Chr7:85889621-85889640 MsG0780041052.01.T01:CDS 50.0%
TAAAGCCAGGGAAGCCCATT+CGG + Chr7:85890059-85890078 MsG0780041052.01.T02:CDS 50.0%
TAGAAACGGGCAACCACGTA+AGG + Chr7:85889030-85889049 MsG0780041052.01.T01:intron 50.0%
TATGGCAGTCCCCACAAAGA+AGG - Chr7:85890099-85890118 None:intergenic 50.0%
TTGACTGCATGTGCTGCAAG+TGG + Chr7:85888422-85888441 MsG0780041052.01.T01:CDS 50.0%
TTTGATGCTCCTCCACTTCG+TGG - Chr7:85889980-85889999 None:intergenic 50.0%
! GCATGCTGTCAAGGTTGGTT+TGG + Chr7:85888475-85888494 MsG0780041052.01.T01:intron 50.0%
! GGAGGAGGGTGTAGAGTTAA+CGG + Chr7:85888775-85888794 MsG0780041052.01.T01:intron 50.0%
! TTTGGGTCACTGGGGTCTTT+TGG + Chr7:85889548-85889567 MsG0780041052.01.T01:CDS 50.0%
!! GGGATTGCTCTGAGATGACT+AGG + Chr7:85889766-85889785 MsG0780041052.01.T01:CDS 50.0%
!! TCACTGGGGTCTTTTGGAAG+AGG + Chr7:85889554-85889573 MsG0780041052.01.T01:CDS 50.0%
!! TGCTGTCAAGGTTGGTTTGG+AGG + Chr7:85888478-85888497 MsG0780041052.01.T01:intron 50.0%
AGGAGGTTAGCAGTGTGGCT+TGG + Chr7:85888984-85889003 MsG0780041052.01.T01:intron 55.0%
AGGGTCAGCAGGCAAATGCA+TGG + Chr7:85888848-85888867 MsG0780041052.01.T01:intron 55.0%
AGTGCATGCGCATGCTGTCA+AGG + Chr7:85888466-85888485 MsG0780041052.01.T01:intron 55.0%
CAGACAGGGCGATAGAGCAT+TGG + Chr7:85889342-85889361 MsG0780041052.01.T01:intron 55.0%
CATGCGCATGCTGTCAAGGT+TGG + Chr7:85888470-85888489 MsG0780041052.01.T01:intron 55.0%
GCAAACACCCGGCTCAAAGT+TGG + Chr7:85889814-85889833 MsG0780041052.01.T01:CDS 55.0%
GGGTTGTGTCGAAATGCGGA+GGG + Chr7:85888719-85888738 MsG0780041052.01.T01:intron 55.0%
GTACACAAGGTGTGGGAGGA+TGG + Chr7:85888931-85888950 MsG0780041052.01.T01:intron 55.0%
TGCGGAGGGTTTAAAGGCTG+TGG + Chr7:85888733-85888752 MsG0780041052.01.T01:intron 55.0%
TGGGTTGTGTCGAAATGCGG+AGG + Chr7:85888718-85888737 MsG0780041052.01.T01:intron 55.0%
! ACAATCCGAATGGGCTTCCC+TGG - Chr7:85890067-85890086 None:intergenic 55.0%
!! GGGTCTTTTGGAAGAGGCAC+TGG + Chr7:85889560-85889579 MsG0780041052.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 85888278 85890228 85888278 ID=MsG0780041052.01;Name=MsG0780041052.01
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Chr7 exon 85888278 85888462 85888278 ID=MsG0780041052.01.T01:exon:17973;Parent=MsG0780041052.01.T01
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Chr7 CDS 85888278 85888462 85888278 ID=MsG0780041052.01.T01:cds;Parent=MsG0780041052.01.T01
Chr7 CDS 85889473 85890034 85889473 ID=MsG0780041052.01.T01:cds;Parent=MsG0780041052.01.T01
Chr7 mRNA 85889952 85890149 85889952 ID=MsG0780041052.01.T02;Parent=MsG0780041052.01;Name=MsG0780041052.01.T02;_AED=0.47;_eAED=0.47;_QI=0|-1|0|1|-1|0|1|0|65
Chr7 exon 85889952 85890149 85889952 ID=MsG0780041052.01.T02:exon:17975;Parent=MsG0780041052.01.T02
Chr7 CDS 85889952 85890149 85889952 ID=MsG0780041052.01.T02:cds;Parent=MsG0780041052.01.T02
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Chr7 exon 85890055 85890228 85890055 ID=MsG0780041052.01.T03:exon:17976;Parent=MsG0780041052.01.T03
Chr7 CDS 85890055 85890228 85890055 ID=MsG0780041052.01.T03:cds;Parent=MsG0780041052.01.T03
Gene Sequence

>MsG0780041052.01.T02

ATGAACCTGAAACAAGCTTTGTTCTCCACGAAGTGGAGGAGCATCAAAAGAAAAATTTCTATTCAATCACAGTTCAAAACTAGCAGCAGCTTATGGATTATTGATGATAAAGCCAGGGAAGCCCATTCGGATTGTAAAGAACATCCTTCTTTGTGGGGACTGCCATACATTCTTGAAATGTGCATCTTTTGTCACTAA

>MsG0780041052.01.T01

ATGCCTGAAAGAGATATTGCGTCGTGGAACACTGCAATGTCTTGTGCAGTTCAGGAGTTTATGCATGATGATGTGTTTCGATTGTTTTGTGATATGCTGGTGATTGATGGTTTGAAAGTTGATTATTTTACTCTGTCAACGCTTTTGACTGCATGTGCTGCAAGTGGTTTGTTGATGGAAGGGAATATCTTGTTTAATTCAATTAAAACTGTTTATCACATTGAGCCAACATCTCAGCATTATTCATCCTTCATCAGTGTTTTGGGTCACTGGGGTCTTTTGGAAGAGGCACTGGAAACTATCAATAAGATGTCTTTTAAGCCTTCTGCTTTTGTTTGGCGTGCTTTGCTTGATGGTTGCAGACTCCATAAGAATACAATGATTGGAAAATTGGCTGCCAAAAATATTCTTGCCCTCGAACCTAATGATCCATCTACTTATATACTTGTTTCGAATTTGCATTCATCTTCTGGGAGATGGGATTGCTCTGAGATGACTAGGGAAAATATGAGAGAAAGGGGATTTCGCAAACACCCGGCTCAAAGTTGGATAATTTGTCGGAAGAAAATGCATTCATTCTATGCAAGAGATAGGTCTCATCCGCAAGATAAAGACATATATAGGGGTTTGGAGATTCTAATATTAGAGTGCCTAAAAGTTGGATATGAACCTGAAACAAGCTTTGTTCTCCACGAAGTGGAGGAGCATCAAAAGAAAAATTTCTATTCAATCACAGTTCAAAACTAG

>MsG0780041052.01.T03

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Protein sequence

>MsG0780041052.01.T02

MNLKQALFSTKWRSIKRKISIQSQFKTSSSLWIIDDKAREAHSDCKEHPSLWGLPYILEMCIFCH*

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>MsG0780041052.01.T03

MIKPGKPIRIVKNILLCGDCHTFLKCASFVTKRDIFLRDSSGFHCFSDGQCSCKDQW*