AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880041900.01

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MsG0880041900.01.T01 AT5G41170 27.854 219 158 0 231 449 70 288 1.43e-26 112
MsG0880041900.01.T01 AT5G41170 23.675 283 196 6 59 333 225 495 6.56e-15 77.4
MsG0880041900.01.T01 AT5G41170 25.714 175 126 1 285 455 54 228 9.90e-12 67.4
MsG0880041900.01.T01 AT5G41170 27.005 374 261 4 59 432 50 411 1.78e-45 166
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MsG0880041900.01.T01 AT2G41720 20.344 349 267 4 85 433 296 633 1.45e-17 85.9
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MsG0880041900.01.T01 AT1G62260 26.027 219 145 7 218 432 54 259 2.98e-13 72.4
MsG0880041900.01.T01 AT5G59600 26.667 180 128 1 226 405 145 320 4.46e-13 71.6
MsG0880041900.01.T01 AT5G59200 26.339 224 146 7 218 432 203 416 4.50e-13 71.6
MsG0880041900.01.T01 AT5G52850 23.509 285 200 5 153 432 418 689 8.01e-13 71.2
MsG0880041900.01.T01 AT3G02330 27.179 195 110 3 268 430 568 762 1.11e-12 70.9
MsG0880041900.01.T01 AT5G67570 24.151 265 176 8 172 433 265 507 1.38e-12 70.5
MsG0880041900.01.T01 AT5G67570 24.859 177 117 2 269 429 256 432 9.15e-12 67.8
MsG0880041900.01.T01 AT1G22830 25.446 224 158 4 210 431 368 584 1.77e-12 70.1
MsG0880041900.01.T01 AT1G22830 25.446 224 158 4 210 431 368 584 1.77e-12 70.1
MsG0880041900.01.T01 AT3G09040 20.295 271 203 5 174 438 631 894 2.23e-12 70.1
MsG0880041900.01.T01 AT3G09040 20.295 271 203 5 174 438 631 894 2.23e-12 70.1
MsG0880041900.01.T01 AT3G09040 20.295 271 203 5 174 438 606 869 2.23e-12 70.1
MsG0880041900.01.T01 AT3G09040 20.295 271 203 5 174 438 606 869 2.23e-12 70.1
MsG0880041900.01.T01 AT1G30610 23.476 328 210 10 84 403 530 824 2.29e-12 70.1
MsG0880041900.01.T01 AT1G71490 26.160 237 122 6 240 431 314 542 2.51e-12 69.7
MsG0880041900.01.T01 AT1G32415 24.638 207 134 5 196 402 107 291 2.72e-12 69.7
MsG0880041900.01.T01 AT1G32415 21.739 322 221 8 81 399 338 631 5.96e-11 65.5
MsG0880041900.01.T01 AT5G47460 23.985 271 178 9 143 407 71 319 3.47e-12 68.9
MsG0880041900.01.T01 AT2G01510 25.664 226 156 4 209 434 23 236 3.54e-12 68.9
MsG0880041900.01.T01 AT2G01510 25.664 226 156 4 209 434 23 236 3.54e-12 68.9
MsG0880041900.01.T01 AT5G27300 26.923 182 114 4 199 367 167 342 3.85e-12 68.9
MsG0880041900.01.T01 AT5G27300 26.923 182 114 4 199 367 142 317 5.05e-12 68.6
MsG0880041900.01.T01 AT1G30610 25.472 212 149 5 195 403 591 796 5.34e-12 68.9
MsG0880041900.01.T01 AT5G27300 29.530 149 92 2 227 367 174 317 5.35e-12 67.8
MsG0880041900.01.T01 AT1G05750 24.498 249 165 7 229 465 67 304 5.92e-12 68.2
MsG0880041900.01.T01 AT1G05750 24.498 249 165 7 229 465 67 304 5.92e-12 68.2
MsG0880041900.01.T01 AT2G44880 23.047 256 180 5 196 449 41 281 6.29e-12 68.2
MsG0880041900.01.T01 AT2G44880 23.047 256 180 5 196 449 80 320 6.58e-12 68.2
MsG0880041900.01.T01 AT2G44880 23.047 256 180 5 196 449 81 321 6.70e-12 68.2
MsG0880041900.01.T01 AT2G44880 23.047 256 180 5 196 449 82 322 7.20e-12 68.2
MsG0880041900.01.T01 AT2G44880 23.047 256 180 5 196 449 82 322 7.20e-12 68.2
MsG0880041900.01.T01 AT1G56690 24.883 213 138 6 222 432 66 258 7.27e-12 68.2
MsG0880041900.01.T01 AT2G44880 23.047 256 180 5 196 449 84 324 7.61e-12 67.8
MsG0880041900.01.T01 AT4G16470 23.569 297 187 7 165 429 79 367 7.87e-12 67.8
MsG0880041900.01.T01 AT3G06430 24.066 241 180 3 194 432 121 360 9.18e-12 67.4
MsG0880041900.01.T01 AT1G08070 20.792 303 221 5 153 453 125 410 9.72e-12 67.8
MsG0880041900.01.T01 AT3G53360 21.739 345 238 9 117 454 334 653 1.07e-11 67.8
MsG0880041900.01.T01 AT3G53360 21.739 345 238 9 117 454 334 653 1.07e-11 67.8
MsG0880041900.01.T01 AT1G11290 25.366 205 144 3 141 345 48 243 1.28e-11 67.4
MsG0880041900.01.T01 AT4G20770 19.653 346 247 8 55 395 359 678 1.29e-11 67.4
MsG0880041900.01.T01 AT1G28690 22.650 234 168 6 218 445 220 446 1.38e-11 67.0
MsG0880041900.01.T01 AT5G66520 21.557 334 235 10 138 466 25 336 1.52e-11 67.0
MsG0880041900.01.T01 AT2G41080 23.684 228 158 4 224 449 35 248 1.53e-11 67.0
MsG0880041900.01.T01 AT3G56030 28.934 197 132 4 271 460 128 323 1.62e-11 65.9
MsG0880041900.01.T01 AT3G56030 22.754 334 225 9 59 368 9 333 2.89e-11 65.1
MsG0880041900.01.T01 AT1G20230 19.500 200 157 2 232 431 181 376 1.91e-11 67.0
MsG0880041900.01.T01 AT2G39620 18.966 290 194 3 195 451 62 343 2.96e-11 66.2
MsG0880041900.01.T01 AT4G08210 24.153 236 155 7 194 424 37 253 3.23e-11 66.2
MsG0880041900.01.T01 AT5G19020 25.668 187 125 5 230 415 104 277 3.91e-11 65.9
MsG0880041900.01.T01 AT1G08070 20.792 303 221 5 153 453 21 306 4.92e-11 65.5
MsG0880041900.01.T01 AT2G03880 27.742 155 103 4 232 385 292 438 5.67e-11 65.1
MsG0880041900.01.T01 AT3G49142 22.835 254 186 5 177 428 221 466 6.17e-11 65.1
MsG0880041900.01.T01 AT1G26900 24.138 232 161 5 196 424 292 511 6.62e-11 65.1
MsG0880041900.01.T01 AT5G16860 27.477 222 147 7 220 432 423 639 6.76e-11 65.1

Find 125 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 162 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TGCTTACCAATTAAAATTTA+AGG 0.080929 8:-905426 None:intergenic
CATCAGAAACCATCAAATTT+AGG 0.137620 8:-904484 None:intergenic
GATGAACGGTGAATCAAATT+AGG 0.197164 8:-904080 None:intergenic
CATTGGAAAGCACACTTAAA+TGG 0.207598 8:+905380 MsG0880041900.01.T01:CDS
AATTTAGGGTTTGATGAATT+AGG 0.220699 8:-904469 None:intergenic
ATCAGAAACCATCAAATTTA+GGG 0.245364 8:-904483 None:intergenic
TTTGCTGCTTACAGGGTTTA+GGG 0.248766 8:-904005 None:intergenic
TTGAATACAGAAACGGGTTT+TGG 0.288355 8:-904188 None:intergenic
AGGATTGAAGAAGGGAATTA+TGG 0.289611 8:-904289 None:intergenic
ATTTAGGGTTTGATGAATTA+GGG 0.293055 8:-904468 None:intergenic
ATTAGGAAAATGATGGGGTT+TGG 0.295326 8:-904123 None:intergenic
TCATCAAACCCTAAATTTGA+TGG 0.303237 8:+904475 MsG0880041900.01.T01:CDS
TTCTGAAACCCGACCAGATT+TGG 0.303577 8:-904978 None:intergenic
AAAAGCAATGGAATCGTTAA+TGG 0.321846 8:-904327 None:intergenic
GAAGGAATTGAAGATGCTTT+TGG 0.329259 8:-904231 None:intergenic
GAGGTATAAGTTACCTCATC+AGG 0.331950 8:-905043 None:intergenic
TTAGGAAAATGATGGGGTTT+GGG 0.346269 8:-904122 None:intergenic
CTTCTTATGCTACGTTTGTA+AGG 0.359261 8:+905263 MsG0880041900.01.T01:CDS
TAAGAAGTTATTGCGTGTTA+TGG 0.360592 8:+905003 MsG0880041900.01.T01:CDS
ACGTATAACACGCTGCTTCA+TGG 0.372008 8:+905160 MsG0880041900.01.T01:CDS
AAATCAACAGTACCTTTATC+AGG 0.378938 8:-904515 None:intergenic
GGATGGTCTAAAGCTTGATA+TGG 0.382548 8:+905240 MsG0880041900.01.T01:CDS
GTGTTATACGTGCACGTATT+GGG 0.385783 8:-905148 None:intergenic
TAAGTCTCGCACTTTGAGTT+TGG 0.392873 8:+904661 MsG0880041900.01.T01:CDS
CTTGGCTGCATTGGCATTGT+TGG 0.397921 8:+905099 MsG0880041900.01.T01:CDS
ATGAACGGTGAATCAAATTA+GGG 0.400427 8:-904079 None:intergenic
AAATTGTAAGTGTAAATATC+AGG 0.402438 8:-904620 None:intergenic
ATTGCGTGTTATGGCTGAAA+AGG 0.411956 8:+905012 MsG0880041900.01.T01:CDS
CGTATAACACGCTGCTTCAT+GGG 0.412082 8:+905161 MsG0880041900.01.T01:CDS
AGGGGAGACCTTGGCTGCAT+TGG 0.413842 8:+905090 MsG0880041900.01.T01:CDS
CGTGTTATACGTGCACGTAT+TGG 0.414768 8:-905149 None:intergenic
AAGAAGGGAATTATGGAAAC+GGG 0.422237 8:-904282 None:intergenic
ATCAGTTGGTTTGCAGCAAT+GGG 0.426753 8:-904417 None:intergenic
ATATGATAAGTAGATTTATC+AGG 0.429156 8:-904386 None:intergenic
ATAGTATAAGTAACAAGATT+AGG 0.435288 8:-904728 None:intergenic
CTTATACCTCTCTGATGAAT+GGG 0.435733 8:+905056 MsG0880041900.01.T01:CDS
AATCAGTTGGTTTGCAGCAA+TGG 0.436127 8:-904418 None:intergenic
CTCTGATGAATGGGATGTGC+AGG 0.437616 8:+905065 MsG0880041900.01.T01:CDS
TAGAAGCATAGGATTGAAGA+AGG 0.438655 8:-904298 None:intergenic
TAGGGAAAGCGTAGAATCCT+TGG 0.441088 8:-904450 None:intergenic
GATGGGGTCAGTCCTGATAA+AGG 0.445012 8:+904503 MsG0880041900.01.T01:CDS
GGGGATTTGAATACAGAAAC+GGG 0.449131 8:-904194 None:intergenic
ACTTATACCTCTCTGATGAA+TGG 0.450710 8:+905055 MsG0880041900.01.T01:CDS
TTATGGAAACGGGAATCAAT+AGG 0.460197 8:-904272 None:intergenic
GGGGTTTATTAGGAAAATGA+TGG 0.463642 8:-904130 None:intergenic
CATACAATAACCTTTCATAA+TGG 0.467428 8:-904855 None:intergenic
GCGTGAGGCGACGCGGTTGG+TGG 0.481438 8:+904784 MsG0880041900.01.T01:CDS
TGGGGATTTGAATACAGAAA+CGG 0.487993 8:-904195 None:intergenic
TGGGTTATCCAAATCTGGTC+GGG 0.493982 8:+904970 MsG0880041900.01.T01:CDS
TAAATTTGATGGTTTCTGAT+GGG 0.494417 8:+904486 MsG0880041900.01.T01:CDS
TGATGGGGTTTGGGAGAAGA+AGG 0.498329 8:-904113 None:intergenic
CATTCGATTATAAACCTCAA+TGG 0.501647 8:-904897 None:intergenic
AGTAGATTTATCAGGTGAGA+AGG 0.501848 8:-904378 None:intergenic
CTAAATTTGATGGTTTCTGA+TGG 0.504825 8:+904485 MsG0880041900.01.T01:CDS
CTTTATAATACCATTATGAA+AGG 0.506410 8:+904845 MsG0880041900.01.T01:CDS
AATATCAGGACTACAATGCT+TGG 0.506907 8:-904606 None:intergenic
GTTGGAAGAGATGGAAATGA+AGG 0.507477 8:+905117 MsG0880041900.01.T01:CDS
ATTGTATGGTGCGATGAAAT+CGG 0.512595 8:+905219 MsG0880041900.01.T01:CDS
TTGCGTGTTATGGCTGAAAA+GGG 0.513885 8:+905013 MsG0880041900.01.T01:CDS
TGAATGGGATGTGCAGGAAA+GGG 0.514093 8:+905071 MsG0880041900.01.T01:CDS
GAAGAAGGGAATTATGGAAA+CGG 0.516235 8:-904283 None:intergenic
GAATGGGATGTGCAGGAAAG+GGG 0.518096 8:+905072 MsG0880041900.01.T01:CDS
ACGGGAATCAATAGGAGCAT+TGG 0.518163 8:-904264 None:intergenic
TTCTTATGCTACGTTTGTAA+GGG 0.520676 8:+905264 MsG0880041900.01.T01:CDS
GGGTTTATTAGGAAAATGAT+GGG 0.521007 8:-904129 None:intergenic
TAGAGGGAGTGAGGCCATTG+AGG 0.521089 8:+904883 MsG0880041900.01.T01:CDS
GAGAGTGCGGATCGAAATGA+AGG 0.521409 8:-904053 None:intergenic
TGAGGTTTATAATCGAATGA+AGG 0.522423 8:+904901 MsG0880041900.01.T01:CDS
ATGAATGGGATGTGCAGGAA+AGG 0.523795 8:+905070 MsG0880041900.01.T01:CDS
GGTTATTGTATGCTGAGTAG+AGG 0.525160 8:+904866 MsG0880041900.01.T01:CDS
GACAAGGCCATGGAATTGTA+TGG 0.525440 8:+905205 MsG0880041900.01.T01:CDS
TTTGGCATCTTGGAGATTTG+GGG 0.528616 8:-904213 None:intergenic
CTGAAACAAAACAAACTACC+AGG 0.529513 8:-905907 None:intergenic
GATTTATCAGGTGAGAAGGA+AGG 0.532084 8:-904374 None:intergenic
TTGGGTTATCCAAATCTGGT+CGG 0.536093 8:+904969 MsG0880041900.01.T01:CDS
AAATTTGATGGTTTCTGATG+GGG 0.537754 8:+904487 MsG0880041900.01.T01:CDS
GTTATTGTATGCTGAGTAGA+GGG 0.538051 8:+904867 MsG0880041900.01.T01:CDS
GTGCAGGAAAGGGGAGACCT+TGG 0.540805 8:+905081 MsG0880041900.01.T01:CDS
CGCAGTACAAAGTGACCTTA+CGG 0.541496 8:-904540 None:intergenic
GTATTATAAGTAATAAGATC+AGG 0.545312 8:-904938 None:intergenic
TTTGCGTGAGGCGACGCGGT+TGG 0.546161 8:+904781 MsG0880041900.01.T01:CDS
CAAATTAGGGTTTGAGAGTG+CGG 0.552244 8:-904066 None:intergenic
CATCGCACCATACAATTCCA+TGG 0.552793 8:-905212 None:intergenic
ATTGGCATTGTTGGAAGAGA+TGG 0.554560 8:+905108 MsG0880041900.01.T01:CDS
GCAGCAAAAGTCTGAAACAT+GGG 0.554601 8:+904020 MsG0880041900.01.T01:exon
TATCAGGTGAGAAGGAAGGA+TGG 0.554724 8:-904370 None:intergenic
CAACAATGCCAATGCAGCCA+AGG 0.559946 8:-905098 None:intergenic
TTCAAGAAAGCAAAAGAAGA+AGG 0.560988 8:+905403 MsG0880041900.01.T01:CDS
GTAAGGGCACTGTGTAGTGT+TGG 0.563424 8:+905280 MsG0880041900.01.T01:CDS
TGTCGCTGCTTACTCTACAT+TGG 0.566914 8:+905363 MsG0880041900.01.T01:CDS
AATGGTGGAAATAGAAGCAT+AGG 0.567113 8:-904309 None:intergenic
TATAATCGAATGAAGGAGAA+GGG 0.569470 8:+904908 MsG0880041900.01.T01:CDS
TCGAATGAAGGAGAAGGGTG+TGG 0.575433 8:+904913 MsG0880041900.01.T01:CDS
AGAAGCATAGGATTGAAGAA+GGG 0.579163 8:-904297 None:intergenic
TAGGATGTTTGACAAGGCCA+TGG 0.579858 8:+905195 MsG0880041900.01.T01:CDS
GTGGATATTCTCGAAGAGGA+AGG 0.581586 8:+904803 MsG0880041900.01.T01:CDS
TTATAATCGAATGAAGGAGA+AGG 0.583385 8:+904907 MsG0880041900.01.T01:CDS
AACTGATTCCGACGATTCCA+AGG 0.583723 8:+904433 MsG0880041900.01.T01:CDS
TTGGAATCGTCGGAATCAGT+TGG 0.584025 8:-904431 None:intergenic
ATCAGGTGAGAAGGAAGGAT+GGG 0.584363 8:-904369 None:intergenic
GTATTATAAAGAAAACAATC+CGG 0.587145 8:-904833 None:intergenic
CGTAGAATCCTTGGAATCGT+CGG 0.587297 8:-904441 None:intergenic
CATATGACGAAGAAAAGCAA+TGG 0.596023 8:-904339 None:intergenic
AGCAATGGAATCGTTAATGG+TGG 0.600571 8:-904324 None:intergenic
AGCAGCAAAAGTCTGAAACA+TGG 0.606590 8:+904019 MsG0880041900.01.T01:exon
AAGGAATCAATGAAGATGAA+CGG 0.607344 8:-904094 None:intergenic
TATTAGGTTGTTCTACACCC+TGG 0.617028 8:+905889 MsG0880041900.01.T01:intron
AAAGGGTCATTTCCCTGATG+AGG 0.618037 8:+905030 MsG0880041900.01.T01:CDS
TTCATGGGTTGTGTAAGTCT+AGG 0.621988 8:+905176 MsG0880041900.01.T01:CDS
AGGTATAAGTTACCTCATCA+GGG 0.632806 8:-905042 None:intergenic
GTACTGTTGATTTAGCCGTA+AGG 0.639650 8:+904525 MsG0880041900.01.T01:CDS
TATGCTGAGTAGAGGGAGTG+AGG 0.642141 8:+904874 MsG0880041900.01.T01:CDS
GTTGGTGGATATTCTCGAAG+AGG 0.658972 8:+904799 MsG0880041900.01.T01:CDS
AGAATTTGCGTGAGGCGACG+CGG 0.663816 8:+904777 MsG0880041900.01.T01:CDS
TTGGAAGAGATGGAAATGAA+GGG 0.665721 8:+905118 MsG0880041900.01.T01:CDS
AGTGCGGATCGAAATGAAGG+AGG 0.677408 8:-904050 None:intergenic
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GGTTTATTAGGAAAATGATG+GGG 0.681923 8:-904128 None:intergenic
GTGTAGTGTTGGTAGAATTG+CGG 0.687055 8:+905291 MsG0880041900.01.T01:CDS
CGTAAGGTCACTTTGTACTG+CGG 0.691054 8:+904541 MsG0880041900.01.T01:CDS
TAAGTCTAGGATGTTTGACA+AGG 0.701511 8:+905189 MsG0880041900.01.T01:CDS
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GCACATCCCATTCATCAGAG+AGG 0.712193 8:-905062 None:intergenic
TATGGTGCGATGAAATCGGA+TGG 0.716022 8:+905223 MsG0880041900.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
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!! ATAATAATAATGTGTTTCAA+CGG - Chr8:905533-905552 None:intergenic 15.0%
!!! ACTTATAATACTTTGATTTT+TGG + Chr8:904950-904969 MsG0880041900.01.T01:CDS 15.0%
!!! CTTATAATACTTTGATTTTT+GGG + Chr8:904951-904970 MsG0880041900.01.T01:CDS 15.0%
!! AAATTGTAAGTGTAAATATC+AGG - Chr8:904623-904642 None:intergenic 20.0%
!! ACTAGATTCAACTATTTATT+AGG + Chr8:905873-905892 MsG0880041900.01.T01:intron 20.0%
!! ATAGTATAAGTAACAAGATT+AGG - Chr8:904731-904750 None:intergenic 20.0%
!! ATATGATAAGTAGATTTATC+AGG - Chr8:904389-904408 None:intergenic 20.0%
!! CTTTATAATACCATTATGAA+AGG + Chr8:904845-904864 MsG0880041900.01.T01:CDS 20.0%
!! GTATTATAAAGAAAACAATC+CGG - Chr8:904836-904855 None:intergenic 20.0%
!! GTATTATAAGTAATAAGATC+AGG - Chr8:904941-904960 None:intergenic 20.0%
!! TGCTTACCAATTAAAATTTA+AGG - Chr8:905429-905448 None:intergenic 20.0%
!!! CATTTAATACAGTTTGTTTT+GGG + Chr8:905797-905816 MsG0880041900.01.T01:intron 20.0%
!!! GATAAATTATGCTTTTAAGT+TGG + Chr8:905597-905616 MsG0880041900.01.T01:intron 20.0%
!!! TAAATTTTAATTGGTAAGCA+TGG + Chr8:905429-905448 MsG0880041900.01.T01:intron 20.0%
!!! TCATTTAATACAGTTTGTTT+TGG + Chr8:905796-905815 MsG0880041900.01.T01:intron 20.0%
! ATCAGAAACCATCAAATTTA+GGG - Chr8:904486-904505 None:intergenic 25.0%
! CATACAATAACCTTTCATAA+TGG - Chr8:904858-904877 None:intergenic 25.0%
!! AATTTAGGGTTTGATGAATT+AGG - Chr8:904472-904491 None:intergenic 25.0%
!! ATTTAGGGTTTGATGAATTA+GGG - Chr8:904471-904490 None:intergenic 25.0%
!! TAAATTTGATGGTTTCTGAT+GGG + Chr8:904486-904505 MsG0880041900.01.T01:CDS 25.0%
!!! AGAAGGCCTTAAATTTTAAT+TGG + Chr8:905420-905439 MsG0880041900.01.T01:intron 25.0%
AAAAGCAATGGAATCGTTAA+TGG - Chr8:904330-904349 None:intergenic 30.0%
AAATCAACAGTACCTTTATC+AGG - Chr8:904518-904537 None:intergenic 30.0%
AAGGAATCAATGAAGATGAA+CGG - Chr8:904097-904116 None:intergenic 30.0%
ATGAACGGTGAATCAAATTA+GGG - Chr8:904082-904101 None:intergenic 30.0%
CATCAGAAACCATCAAATTT+AGG - Chr8:904487-904506 None:intergenic 30.0%
CATTCGATTATAAACCTCAA+TGG - Chr8:904900-904919 None:intergenic 30.0%
GGGTTTATTAGGAAAATGAT+GGG - Chr8:904132-904151 None:intergenic 30.0%
GGTTTATTAGGAAAATGATG+GGG - Chr8:904131-904150 None:intergenic 30.0%
TAAGAAGTTATTGCGTGTTA+TGG + Chr8:905003-905022 MsG0880041900.01.T01:CDS 30.0%
TATAATCGAATGAAGGAGAA+GGG + Chr8:904908-904927 MsG0880041900.01.T01:CDS 30.0%
TCATCAAACCCTAAATTTGA+TGG + Chr8:904475-904494 MsG0880041900.01.T01:CDS 30.0%
TGAAACTGTAGAAAAATCTC+AGG - Chr8:905704-905723 None:intergenic 30.0%
TGAGGTTTATAATCGAATGA+AGG + Chr8:904901-904920 MsG0880041900.01.T01:CDS 30.0%
TTATAATCGAATGAAGGAGA+AGG + Chr8:904907-904926 MsG0880041900.01.T01:CDS 30.0%
TTCAAGAAAGCAAAAGAAGA+AGG + Chr8:905403-905422 MsG0880041900.01.T01:CDS 30.0%
TTCTTATGCTACGTTTGTAA+GGG + Chr8:905264-905283 MsG0880041900.01.T01:CDS 30.0%
! AAATTTGATGGTTTCTGATG+GGG + Chr8:904487-904506 MsG0880041900.01.T01:CDS 30.0%
! CTAAATTTGATGGTTTCTGA+TGG + Chr8:904485-904504 MsG0880041900.01.T01:CDS 30.0%
!!! AGATTGTCGTTGTTTTTGAT+GGG - Chr8:904162-904181 None:intergenic 30.0%
!!! ATTTTTGGGTTATCCAAATC+TGG + Chr8:904965-904984 MsG0880041900.01.T01:CDS 30.0%
AAGAAGGGAATTATGGAAAC+GGG - Chr8:904285-904304 None:intergenic 35.0%
AATATCAGGACTACAATGCT+TGG - Chr8:904609-904628 None:intergenic 35.0%
ACTTATACCTCTCTGATGAA+TGG + Chr8:905055-905074 MsG0880041900.01.T01:CDS 35.0%
AGGATTGAAGAAGGGAATTA+TGG - Chr8:904292-904311 None:intergenic 35.0%
AGGTATAAGTTACCTCATCA+GGG - Chr8:905045-905064 None:intergenic 35.0%
AGTAGATTTATCAGGTGAGA+AGG - Chr8:904381-904400 None:intergenic 35.0%
ATTGTATGGTGCGATGAAAT+CGG + Chr8:905219-905238 MsG0880041900.01.T01:CDS 35.0%
CATATGACGAAGAAAAGCAA+TGG - Chr8:904342-904361 None:intergenic 35.0%
CGAGGTAGGTTATAAATTTG+AGG - Chr8:905558-905577 None:intergenic 35.0%
CTTATACCTCTCTGATGAAT+GGG + Chr8:905056-905075 MsG0880041900.01.T01:CDS 35.0%
CTTCTTATGCTACGTTTGTA+AGG + Chr8:905263-905282 MsG0880041900.01.T01:CDS 35.0%
GAAGAAGGGAATTATGGAAA+CGG - Chr8:904286-904305 None:intergenic 35.0%
GATGAACGGTGAATCAAATT+AGG - Chr8:904083-904102 None:intergenic 35.0%
GGGGTTTATTAGGAAAATGA+TGG - Chr8:904133-904152 None:intergenic 35.0%
GTTATTGTATGCTGAGTAGA+GGG + Chr8:904867-904886 MsG0880041900.01.T01:CDS 35.0%
TAACACTAAGAATTTGCGTG+AGG + Chr8:904769-904788 MsG0880041900.01.T01:CDS 35.0%
TGGGGATTTGAATACAGAAA+CGG - Chr8:904198-904217 None:intergenic 35.0%
TTATGGAAACGGGAATCAAT+AGG - Chr8:904275-904294 None:intergenic 35.0%
TTGGAAGAGATGGAAATGAA+GGG + Chr8:905118-905137 MsG0880041900.01.T01:CDS 35.0%
! AATGGTGGAAATAGAAGCAT+AGG - Chr8:904312-904331 None:intergenic 35.0%
! AGAAGCATAGGATTGAAGAA+GGG - Chr8:904300-904319 None:intergenic 35.0%
! ATTAGGAAAATGATGGGGTT+TGG - Chr8:904126-904145 None:intergenic 35.0%
! CATTGGAAAGCACACTTAAA+TGG + Chr8:905380-905399 MsG0880041900.01.T01:CDS 35.0%
! GAAGGAATTGAAGATGCTTT+TGG - Chr8:904234-904253 None:intergenic 35.0%
! TAAGTCTAGGATGTTTGACA+AGG + Chr8:905189-905208 MsG0880041900.01.T01:CDS 35.0%
! TAGAAGCATAGGATTGAAGA+AGG - Chr8:904301-904320 None:intergenic 35.0%
! TTAGGAAAATGATGGGGTTT+GGG - Chr8:904125-904144 None:intergenic 35.0%
! TTTTGGCATCTTGGAGATTT+GGG - Chr8:904217-904236 None:intergenic 35.0%
!! TTGAATACAGAAACGGGTTT+TGG - Chr8:904191-904210 None:intergenic 35.0%
!!! GAGATTGTCGTTGTTTTTGA+TGG - Chr8:904163-904182 None:intergenic 35.0%
!!! GATTGTCGTTGTTTTTGATG+GGG - Chr8:904161-904180 None:intergenic 35.0%
!!! GTTGTTTTTGATGGGGTTTT+CGG - Chr8:904154-904173 None:intergenic 35.0%
!!! GTTTGTTTTGGGTTTAACTC+AGG + Chr8:905808-905827 MsG0880041900.01.T01:intron 35.0%
!!! TTGTTTTTGATGGGGTTTTC+GGG - Chr8:904153-904172 None:intergenic 35.0%
AGCAATGGAATCGTTAATGG+TGG - Chr8:904327-904346 None:intergenic 40.0%
ATGGTTTCTATTTCGCTCGA+GGG + Chr8:905448-905467 MsG0880041900.01.T01:intron 40.0%
ATTGCGTGTTATGGCTGAAA+AGG + Chr8:905012-905031 MsG0880041900.01.T01:CDS 40.0%
ATTGGCATTGTTGGAAGAGA+TGG + Chr8:905108-905127 MsG0880041900.01.T01:CDS 40.0%
CAAATTAGGGTTTGAGAGTG+CGG - Chr8:904069-904088 None:intergenic 40.0%
CATAAGACTCGTAATACCTG+TGG + Chr8:905747-905766 MsG0880041900.01.T01:intron 40.0%
CTAATTGTAAGTACAGCCAC+AGG - Chr8:905766-905785 None:intergenic 40.0%
GAGGTATAAGTTACCTCATC+AGG - Chr8:905046-905065 None:intergenic 40.0%
GATTTATCAGGTGAGAAGGA+AGG - Chr8:904377-904396 None:intergenic 40.0%
GGGGATTTGAATACAGAAAC+GGG - Chr8:904197-904216 None:intergenic 40.0%
GGTTATTGTATGCTGAGTAG+AGG + Chr8:904866-904885 MsG0880041900.01.T01:CDS 40.0%
GTGTTATACGTGCACGTATT+GGG - Chr8:905151-905170 None:intergenic 40.0%
GTTGGAAGAGATGGAAATGA+AGG + Chr8:905117-905136 MsG0880041900.01.T01:CDS 40.0%
TTGCGTGTTATGGCTGAAAA+GGG + Chr8:905013-905032 MsG0880041900.01.T01:CDS 40.0%
TTGGGTTATCCAAATCTGGT+CGG + Chr8:904969-904988 MsG0880041900.01.T01:CDS 40.0%
TTTGGCATCTTGGAGATTTG+GGG - Chr8:904216-904235 None:intergenic 40.0%
! AGCAGCAAAAGTCTGAAACA+TGG + Chr8:904019-904038 MsG0880041900.01.T01:exon 40.0%
! CTTTTGGCATCTTGGAGATT+TGG - Chr8:904218-904237 None:intergenic 40.0%
! GCAGCAAAAGTCTGAAACAT+GGG + Chr8:904020-904039 MsG0880041900.01.T01:exon 40.0%
! GGATGGTCTAAAGCTTGATA+TGG + Chr8:905240-905259 MsG0880041900.01.T01:CDS 40.0%
! TAAGTCTCGCACTTTGAGTT+TGG + Chr8:904661-904680 MsG0880041900.01.T01:CDS 40.0%
! TATTAGGTTGTTCTACACCC+TGG + Chr8:905889-905908 MsG0880041900.01.T01:intron 40.0%
! TGAAGATGCTTTTGGCATCT+TGG - Chr8:904226-904245 None:intergenic 40.0%
! TTCATGGGTTGTGTAAGTCT+AGG + Chr8:905176-905195 MsG0880041900.01.T01:CDS 40.0%
! TTTGCTGCTTACAGGGTTTA+GGG - Chr8:904008-904027 None:intergenic 40.0%
!! AATCAGTTGGTTTGCAGCAA+TGG - Chr8:904421-904440 None:intergenic 40.0%
!! ATCAGTTGGTTTGCAGCAAT+GGG - Chr8:904420-904439 None:intergenic 40.0%
!! GTACTGTTGATTTAGCCGTA+AGG + Chr8:904525-904544 MsG0880041900.01.T01:CDS 40.0%
!! GTGTAGTGTTGGTAGAATTG+CGG + Chr8:905291-905310 MsG0880041900.01.T01:CDS 40.0%
!! TACAGGGTTTAGGGTTTTTC+AGG - Chr8:903999-904018 None:intergenic 40.0%
!! TCAGACTTTTGCTGCTTACA+GGG - Chr8:904015-904034 None:intergenic 40.0%
!! TGTTTTTGATGGGGTTTTCG+GGG - Chr8:904152-904171 None:intergenic 40.0%
!! TTCAGACTTTTGCTGCTTAC+AGG - Chr8:904016-904035 None:intergenic 40.0%
!! TTTTGCTGCTTACAGGGTTT+AGG - Chr8:904009-904028 None:intergenic 40.0%
AAAGGGTCATTTCCCTGATG+AGG + Chr8:905030-905049 MsG0880041900.01.T01:CDS 45.0%
ACAATATTGCACGTCGAGGT+AGG - Chr8:905572-905591 None:intergenic 45.0%
ACGTATAACACGCTGCTTCA+TGG + Chr8:905160-905179 MsG0880041900.01.T01:CDS 45.0%
ATCAGGTGAGAAGGAAGGAT+GGG - Chr8:904372-904391 None:intergenic 45.0%
ATGAATGGGATGTGCAGGAA+AGG + Chr8:905070-905089 MsG0880041900.01.T01:CDS 45.0%
CATCGCACCATACAATTCCA+TGG - Chr8:905215-905234 None:intergenic 45.0%
CATGGTTTCTATTTCGCTCG+AGG + Chr8:905447-905466 MsG0880041900.01.T01:intron 45.0%
CGCAGTACAAAGTGACCTTA+CGG - Chr8:904543-904562 None:intergenic 45.0%
CGTAGAATCCTTGGAATCGT+CGG - Chr8:904444-904463 None:intergenic 45.0%
CGTATAACACGCTGCTTCAT+GGG + Chr8:905161-905180 MsG0880041900.01.T01:CDS 45.0%
CGTGTTATACGTGCACGTAT+TGG - Chr8:905152-905171 None:intergenic 45.0%
GACAAGGCCATGGAATTGTA+TGG + Chr8:905205-905224 MsG0880041900.01.T01:CDS 45.0%
GTGGATATTCTCGAAGAGGA+AGG + Chr8:904803-904822 MsG0880041900.01.T01:CDS 45.0%
TACCTCGACGTGCAATATTG+TGG + Chr8:905571-905590 MsG0880041900.01.T01:intron 45.0%
TAGGATGTTTGACAAGGCCA+TGG + Chr8:905195-905214 MsG0880041900.01.T01:CDS 45.0%
TATCAGGTGAGAAGGAAGGA+TGG - Chr8:904373-904392 None:intergenic 45.0%
TATGGTGCGATGAAATCGGA+TGG + Chr8:905223-905242 MsG0880041900.01.T01:CDS 45.0%
TGAATGGGATGTGCAGGAAA+GGG + Chr8:905071-905090 MsG0880041900.01.T01:CDS 45.0%
TGGGTTATCCAAATCTGGTC+GGG + Chr8:904970-904989 MsG0880041900.01.T01:CDS 45.0%
TGTCGCTGCTTACTCTACAT+TGG + Chr8:905363-905382 MsG0880041900.01.T01:CDS 45.0%
TTCCACAATATTGCACGTCG+AGG - Chr8:905576-905595 None:intergenic 45.0%
TTGGAATCGTCGGAATCAGT+TGG - Chr8:904434-904453 None:intergenic 45.0%
! AACTGATTCCGACGATTCCA+AGG + Chr8:904433-904452 MsG0880041900.01.T01:CDS 45.0%
! ACGGGAATCAATAGGAGCAT+TGG - Chr8:904267-904286 None:intergenic 45.0%
! AGCATTGGAACTGTTGACGA+AGG - Chr8:904252-904271 None:intergenic 45.0%
! CGTAAGGTCACTTTGTACTG+CGG + Chr8:904541-904560 MsG0880041900.01.T01:CDS 45.0%
! GTTGGTGGATATTCTCGAAG+AGG + Chr8:904799-904818 MsG0880041900.01.T01:CDS 45.0%
! TAGGGAAAGCGTAGAATCCT+TGG - Chr8:904453-904472 None:intergenic 45.0%
!! TGGGGTTTTCGGGGTTTATT+AGG - Chr8:904143-904162 None:intergenic 45.0%
!! TTCTGAAACCCGACCAGATT+TGG - Chr8:904981-905000 None:intergenic 45.0%
!!! CGAAGAGGAAGGTTTTAAGC+CGG + Chr8:904814-904833 MsG0880041900.01.T01:CDS 45.0%
AGTGCGGATCGAAATGAAGG+AGG - Chr8:904053-904072 None:intergenic 50.0%
CAACAATGCCAATGCAGCCA+AGG - Chr8:905101-905120 None:intergenic 50.0%
CTCTGATGAATGGGATGTGC+AGG + Chr8:905065-905084 MsG0880041900.01.T01:CDS 50.0%
GAATGGGATGTGCAGGAAAG+GGG + Chr8:905072-905091 MsG0880041900.01.T01:CDS 50.0%
GATGGGGTCAGTCCTGATAA+AGG + Chr8:904503-904522 MsG0880041900.01.T01:CDS 50.0%
GCACATCCCATTCATCAGAG+AGG - Chr8:905065-905084 None:intergenic 50.0%
TATGCTGAGTAGAGGGAGTG+AGG + Chr8:904874-904893 MsG0880041900.01.T01:CDS 50.0%
TCGAATGAAGGAGAAGGGTG+TGG + Chr8:904913-904932 MsG0880041900.01.T01:CDS 50.0%
TGATGGGGTTTGGGAGAAGA+AGG - Chr8:904116-904135 None:intergenic 50.0%
! CTTGGCTGCATTGGCATTGT+TGG + Chr8:905099-905118 MsG0880041900.01.T01:CDS 50.0%
! GAGAGTGCGGATCGAAATGA+AGG - Chr8:904056-904075 None:intergenic 50.0%
! TCAACGGTGCTGAAAGCAGA+AGG - Chr8:905517-905536 None:intergenic 50.0%
!! GTAAGGGCACTGTGTAGTGT+TGG + Chr8:905280-905299 MsG0880041900.01.T01:CDS 50.0%
AGAATTTGCGTGAGGCGACG+CGG + Chr8:904777-904796 MsG0880041900.01.T01:CDS 55.0%
TAGAGGGAGTGAGGCCATTG+AGG + Chr8:904883-904902 MsG0880041900.01.T01:CDS 55.0%
! ACGGTGCTGAAAGCAGAAGG+TGG - Chr8:905514-905533 None:intergenic 55.0%
AGGGGAGACCTTGGCTGCAT+TGG + Chr8:905090-905109 MsG0880041900.01.T01:CDS 60.0%
GTGCAGGAAAGGGGAGACCT+TGG + Chr8:905081-905100 MsG0880041900.01.T01:CDS 60.0%
TTTGCGTGAGGCGACGCGGT+TGG + Chr8:904781-904800 MsG0880041900.01.T01:CDS 65.0%
GCGTGAGGCGACGCGGTTGG+TGG + Chr8:904784-904803 MsG0880041900.01.T01:CDS 75.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 903977 905914 903977 ID=MsG0880041900.01;Name=MsG0880041900.01
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Chr8 exon 905895 905914 905895 ID=MsG0880041900.01.T01:exon:108;Parent=MsG0880041900.01.T01
Chr8 exon 903977 905438 903977 ID=MsG0880041900.01.T01:exon:107;Parent=MsG0880041900.01.T01
Chr8 five_prime_UTR 903977 904037 903977 ID=MsG0880041900.01.T01:five_prime_utr;Parent=MsG0880041900.01.T01
Chr8 CDS 904038 905438 904038 ID=MsG0880041900.01.T01:cds;Parent=MsG0880041900.01.T01
Chr8 three_prime_UTR 905895 905914 905895 ID=MsG0880041900.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0880041900.01.T01
Gene Sequence

>MsG0880041900.01.T01

ATGGGAAAAATTCCTCCTTCATTTCGATCCGCACTCTCAAACCCTAATTTGATTCACCGTTCATCTTCATTGATTCCTTCTTCTCCCAAACCCCATCATTTTCCTAATAAACCCCGAAAACCCCATCAAAAACAACGACAATCTCAATCTCCAAAACCCGTTTCTGTATTCAAATCCCCAAATCTCCAAGATGCCAAAAGCATCTTCAATTCCTTCGTCAACAGTTCCAATGCTCCTATTGATTCCCGTTTCCATAATTCCCTTCTTCAATCCTATGCTTCTATTTCCACCATTAACGATTCCATTGCTTTTCTTCGTCATATGACAAAGACCCATCCTTCCTTCTCACCTGATAAATCTACTTATCATATCTTGCTTACCCATTGCTGCAAACCAACTGATTCCGACGATTCCAAGGATTCTACGCTTTCCCTAATTCATCAAACCCTAAATTTGATGGTTTCTGATGGGGTCAGTCCTGATAAAGGTACTGTTGATTTAGCCGTAAGGTCACTTTGTACTGCGGATCGTGTTGACGATGCTGTTGAATTGATCAAAGAGCTGTCTTCCAAGCATTGTAGTCCTGATATTTACACTTACAATTTTCTTGTTAAGAATTTATGTAAGTCTCGCACTTTGAGTTTGGTTTATGCTTTTATTGATGAAATGCGTACTGAGTTTGATGTCAAGCCTAATCTTGTTACTTATACTATTTTGATTGATAATGTCTGTAACACTAAGAATTTGCGTGAGGCGACGCGGTTGGTGGATATTCTCGAAGAGGAAGGTTTTAAGCCGGATTGTTTTCTTTATAATACCATTATGAAAGGTTATTGTATGCTGAGTAGAGGGAGTGAGGCCATTGAGGTTTATAATCGAATGAAGGAGAAGGGTGTGGAGCCTGATCTTATTACTTATAATACTTTGATTTTTGGGTTATCCAAATCTGGTCGGGTTTCAGAAGCTAAGAAGTTATTGCGTGTTATGGCTGAAAAGGGTCATTTCCCTGATGAGGTAACTTATACCTCTCTGATGAATGGGATGTGCAGGAAAGGGGAGACCTTGGCTGCATTGGCATTGTTGGAAGAGATGGAAATGAAGGGCTGCAGTCCCAATACGTGCACGTATAACACGCTGCTTCATGGGTTGTGTAAGTCTAGGATGTTTGACAAGGCCATGGAATTGTATGGTGCGATGAAATCGGATGGTCTAAAGCTTGATATGGCTTCTTATGCTACGTTTGTAAGGGCACTGTGTAGTGTTGGTAGAATTGCGGATGCTTATGAAGTGTTTGATTATGCAGTTGAAAGCAAGAGTTTGACAGATGTCGCTGCTTACTCTACATTGGAAAGCACACTTAAATGGTTCAAGAAAGCAAAAGAAGAAGGCCTTAAATTTTAA
Protein sequence

>MsG0880041900.01.T01

MGKIPPSFRSALSNPNLIHRSSSLIPSSPKPHHFPNKPRKPHQKQRQSQSPKPVSVFKSPNLQDAKSIFNSFVNSSNAPIDSRFHNSLLQSYASISTINDSIAFLRHMTKTHPSFSPDKSTYHILLTHCCKPTDSDDSKDSTLSLIHQTLNLMVSDGVSPDKGTVDLAVRSLCTADRVDDAVELIKELSSKHCSPDIYTYNFLVKNLCKSRTLSLVYAFIDEMRTEFDVKPNLVTYTILIDNVCNTKNLREATRLVDILEEEGFKPDCFLYNTIMKGYCMLSRGSEAIEVYNRMKEKGVEPDLITYNTLIFGLSKSGRVSEAKKLLRVMAEKGHFPDEVTYTSLMNGMCRKGETLAALALLEEMEMKGCSPNTCTYNTLLHGLCKSRMFDKAMELYGAMKSDGLKLDMASYATFVRALCSVGRIADAYEVFDYAVESKSLTDVAAYSTLESTLKWFKKAKEEGLKF*