AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880044267.01

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MsG0880044267.01.T01 AT1G67520 54.206 107 47 2 101 205 455 561 9.65e-31 120
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MsG0880044267.01.T01 AT1G61430 48.649 111 57 0 101 211 633 743 1.32e-28 114
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MsG0880044267.01.T01 AT4G03230 46.667 105 56 0 101 205 757 861 1.55e-28 114
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MsG0880044267.01.T01 AT1G61490 43.939 132 71 1 101 229 657 788 3.72e-28 113
MsG0880044267.01.T01 AT1G61490 43.939 132 71 1 101 229 657 788 3.72e-28 113
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MsG0880044267.01.T01 AT4G23190 44.444 135 62 3 80 207 420 548 3.89e-28 112
MsG0880044267.01.T01 AT1G61490 43.939 132 71 1 101 229 631 762 4.01e-28 112
MsG0880044267.01.T01 AT1G61490 43.939 132 71 1 101 229 631 762 4.01e-28 112
MsG0880044267.01.T01 AT4G23190 44.444 135 62 3 80 207 498 626 4.59e-28 112
MsG0880044267.01.T01 AT4G11490 43.704 135 74 2 101 233 488 622 7.07e-28 112
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MsG0880044267.01.T01 AT1G61390 48.649 111 55 1 101 211 687 795 1.91e-27 110
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MsG0880044267.01.T01 AT1G11280 45.133 113 60 1 101 211 660 772 2.25e-27 110
MsG0880044267.01.T01 AT1G61440 47.748 111 58 0 101 211 650 760 2.28e-27 110
MsG0880044267.01.T01 AT1G11280 45.133 113 60 1 101 211 670 782 2.32e-27 110
MsG0880044267.01.T01 AT1G61440 47.748 111 58 0 101 211 675 785 2.35e-27 110
MsG0880044267.01.T01 AT4G23210 45.299 117 60 2 92 207 516 629 2.39e-27 110
MsG0880044267.01.T01 AT1G61550 45.902 122 64 2 101 221 656 776 4.77e-27 109
MsG0880044267.01.T01 AT1G61400 47.748 111 58 0 101 211 675 785 7.60e-27 109
MsG0880044267.01.T01 AT1G61400 47.748 111 58 0 101 211 667 777 8.18e-27 109
MsG0880044267.01.T01 AT1G70740 38.667 150 91 1 86 235 213 361 8.81e-27 107
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MsG0880044267.01.T01 AT1G61420 46.847 111 59 0 101 211 663 773 1.23e-26 108
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MsG0880044267.01.T01 AT5G40380 40.708 113 60 3 101 208 481 591 5.41e-19 86.3
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MsG0880044267.01.T01 AT1G68690 41.071 112 50 3 101 202 541 646 2.97e-17 81.3
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MsG0880044267.01.T01 AT3G45430 38.793 116 70 1 100 215 508 622 1.74e-16 79.0
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MsG0880044267.01.T01 AT5G18610 37.383 107 66 1 101 206 252 358 6.34e-16 77.0
MsG0880044267.01.T01 AT1G10620 37.288 118 64 3 101 211 535 649 7.08e-16 77.4
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MsG0880044267.01.T01 AT5G06740 29.545 176 115 4 42 208 446 621 8.98e-16 77.0
MsG0880044267.01.T01 AT3G18810 30.601 183 109 5 46 216 444 620 1.05e-15 76.6
MsG0880044267.01.T01 AT3G20530 36.066 122 71 3 101 218 252 370 1.13e-15 76.3
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MsG0880044267.01.T01 AT4G02420 33.945 109 65 2 101 205 516 621 3.25e-13 69.3
MsG0880044267.01.T01 AT2G43230 33.553 152 93 2 58 205 276 423 3.28e-13 68.9
MsG0880044267.01.T01 AT3G28040 31.405 121 80 3 87 205 882 1001 3.29e-13 69.3
MsG0880044267.01.T01 AT4G35030 34.545 110 72 0 101 210 132 241 3.88e-13 68.2
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MsG0880044267.01.T01 AT3G45390 32.500 120 74 3 101 217 500 615 8.51e-12 65.1
MsG0880044267.01.T01 AT5G60320 27.389 157 106 2 101 250 513 668 9.90e-12 65.1
MsG0880044267.01.T01 AT3G13380 30.075 133 88 2 101 232 1027 1155 1.02e-11 65.1
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MsG0880044267.01.T01 AT1G07570 36.885 122 70 3 88 205 232 350 1.06e-11 64.7
MsG0880044267.01.T01 AT1G07570 36.885 122 70 3 88 205 232 350 1.06e-11 64.7
MsG0880044267.01.T01 AT5G56790 37.037 108 62 2 101 205 556 660 1.19e-11 64.7
MsG0880044267.01.T01 AT1G07570 38.532 109 60 3 101 205 256 361 1.28e-11 64.3
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MsG0880044267.01.T01 AT1G66460 35.433 127 77 3 101 222 331 457 1.43e-11 64.3
MsG0880044267.01.T01 AT3G62220 36.842 133 70 3 90 213 133 260 1.68e-11 63.2
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MsG0880044267.01.T01 AT5G59270 33.028 109 66 3 100 205 517 621 1.76e-11 64.3
MsG0880044267.01.T01 AT5G59270 33.028 109 66 3 100 205 533 637 1.82e-11 64.3
MsG0880044267.01.T01 AT2G32800 34.821 112 61 2 101 205 706 812 1.84e-11 64.3
MsG0880044267.01.T01 AT4G29180 26.490 151 106 2 86 231 728 878 1.91e-11 64.3
MsG0880044267.01.T01 AT5G59650 36.449 107 62 3 101 205 746 848 1.95e-11 64.3
MsG0880044267.01.T01 AT4G00970 49.296 71 31 1 88 153 495 565 1.96e-11 63.9
MsG0880044267.01.T01 AT3G62220 36.842 133 70 3 90 213 226 353 2.05e-11 63.5
MsG0880044267.01.T01 AT3G62220 36.842 133 70 3 90 213 226 353 2.05e-11 63.5
MsG0880044267.01.T01 AT5G37790 36.111 108 66 2 101 205 386 493 2.09e-11 63.9
MsG0880044267.01.T01 AT4G20270 32.000 125 63 5 101 214 879 992 2.09e-11 63.9
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MsG0880044267.01.T01 AT5G59650 36.449 107 62 3 101 205 754 856 2.20e-11 63.9
MsG0880044267.01.T01 AT4G29180 26.490 151 106 2 86 231 729 879 2.23e-11 63.9
MsG0880044267.01.T01 AT1G09440 34.746 118 57 3 101 208 324 431 2.30e-11 63.5
MsG0880044267.01.T01 AT1G09440 34.746 118 57 3 101 208 324 431 2.30e-11 63.5
MsG0880044267.01.T01 AT1G69270 31.776 107 71 1 101 205 426 532 2.34e-11 63.5
MsG0880044267.01.T01 AT3G25560 30.841 107 73 1 100 205 476 582 2.55e-11 63.5
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MsG0880044267.01.T01 AT3G25560 30.841 107 73 1 100 205 475 581 2.64e-11 63.5
MsG0880044267.01.T01 AT5G56040 34.146 123 70 4 101 218 931 1047 2.84e-11 63.5
MsG0880044267.01.T01 AT1G80870 32.773 119 70 4 102 213 555 670 3.28e-11 63.5
MsG0880044267.01.T01 AT1G48220 41.121 107 51 4 105 205 245 345 3.53e-11 62.8
MsG0880044267.01.T01 AT3G19700 34.259 108 66 3 101 205 858 963 3.93e-11 63.2
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MsG0880044267.01.T01 AT3G24240 30.909 165 88 6 91 245 943 1091 4.26e-11 63.2
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MsG0880044267.01.T01 AT2G28930 33.083 133 82 3 101 229 249 378 4.55e-11 62.8
MsG0880044267.01.T01 AT2G07020 31.683 101 59 2 102 202 588 678 4.68e-11 62.8
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MsG0880044267.01.T01 AT5G18500 35.772 123 49 5 101 208 333 440 6.47e-11 62.4
MsG0880044267.01.T01 AT5G18500 35.772 123 49 5 101 208 333 440 6.47e-11 62.4
MsG0880044267.01.T01 AT5G18500 35.772 123 49 5 101 208 333 440 6.47e-11 62.4
MsG0880044267.01.T01 AT5G18500 35.772 123 49 5 101 208 333 440 6.47e-11 62.4
MsG0880044267.01.T01 AT1G20650 33.333 108 67 2 101 205 246 351 6.48e-11 62.0
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MsG0880044267.01.T01 AT1G49100 35.514 107 65 2 101 206 748 851 8.29e-11 62.4
MsG0880044267.01.T01 AT4G23190 49.254 67 24 2 80 142 498 558 8.35e-11 62.0
MsG0880044267.01.T01 AT1G51890 33.594 128 77 4 101 224 464 587 8.95e-11 62.0
MsG0880044267.01.T01 AT2G23200 27.273 154 97 4 79 221 632 781 9.22e-11 62.0

Find 45 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 162 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GTCCCTTACGATAAAATTCT+TGG 0.227926 8:-39005021 None:intergenic
ACATAGAATGCTGGTCTTCT+TGG 0.291640 8:-39007689 None:intergenic
ACTCCTTCCATGGCATATTC+TGG 0.300723 8:-39007288 None:intergenic
GATCGCCCACTAAATCTAAT+AGG 0.360550 8:+39007399 MsG0880044267.01.T01:CDS
TCGACAAGAAGATCTTGATT+TGG 0.361617 8:+39005069 MsG0880044267.01.T01:CDS
CGGGATGTCTATTCTATTCA+TGG 0.382201 8:+39005043 MsG0880044267.01.T01:CDS
ATTAATAGGCATGGGAGTTA+TGG 0.395167 8:+39007490 MsG0880044267.01.T01:intron
CCTGGTGAGGTGTTTCAAAA+AGG 0.400975 8:+39004892 MsG0880044267.01.T01:CDS
GGGAGGATATACCAACTTGC+AGG 0.400993 8:+39004866 MsG0880044267.01.T01:CDS
GTTGTTGAATTATCTATGTA+TGG 0.421567 8:-39004923 None:intergenic
ATGCACCTTTGCACTTCATC+AGG 0.422247 8:-39007567 None:intergenic
ACATGTCCTATTAGATTTAG+TGG 0.436146 8:-39007405 None:intergenic
GGTGTCGGTGTCTTTCCCTT+TGG 0.445399 8:-39007744 None:intergenic
AGAAATTGTTGTCGTAGAAT+AGG 0.445993 8:-39007765 None:intergenic
AAGTCTGACGTCTACAGCTT+TGG 0.450533 8:+39007321 MsG0880044267.01.T01:CDS
TGGTGAGTATCTAAAGCTAA+TGG 0.461240 8:+39007518 MsG0880044267.01.T01:CDS
TGCTTCTTGAAATCGTTTGT+GGG 0.462298 8:+39007349 MsG0880044267.01.T01:CDS
TTGCTTCTTGAAATCGTTTG+TGG 0.466921 8:+39007348 MsG0880044267.01.T01:CDS
GATATAACATCAGACATTGT+AGG 0.467178 8:-39007633 None:intergenic
TAATTCAACAACGTTGGAAC+AGG 0.469063 8:+39004934 MsG0880044267.01.T01:CDS
GGAAATGCAGATATGTGTTA+TGG 0.470259 8:+39004814 None:intergenic
ACAAATGTGTCGTTTAATGT+TGG 0.477509 8:-39007543 None:intergenic
ATACCAACTTGCAGGGAACC+TGG 0.512863 8:+39004874 MsG0880044267.01.T01:CDS
CATGTCCTATTAGATTTAGT+GGG 0.541561 8:-39007404 None:intergenic
AGGAGGAAACAACTTCCAAA+GGG 0.554805 8:+39007729 MsG0880044267.01.T01:CDS
GTGATTGCAAGATGAGATGT+TGG 0.556493 8:+39004975 MsG0880044267.01.T01:CDS
GAGGAGGAAACAACTTCCAA+AGG 0.556897 8:+39007728 MsG0880044267.01.T01:CDS
TGTAGAACAAACTCCTTCCA+TGG 0.562420 8:-39007298 None:intergenic
TGTTAGACGAGAGATATTTG+AGG 0.567809 8:+39007709 MsG0880044267.01.T01:CDS
TCTCGTCTAACATAGAATGC+TGG 0.568089 8:-39007698 None:intergenic
CATAGATAATTCAACAACGT+TGG 0.568994 8:+39004928 MsG0880044267.01.T01:CDS
GCATGGGAGTTATGGAATGA+TGG 0.585144 8:+39007498 MsG0880044267.01.T01:CDS
TGTTATGGATATAATAGCGA+TGG 0.585283 8:+39004829 MsG0880044267.01.T01:CDS
TATGGATATAATAGCGATGG+AGG 0.594421 8:+39004832 MsG0880044267.01.T01:CDS
TAGACGAGAGATATTTGAGG+AGG 0.605461 8:+39007712 MsG0880044267.01.T01:CDS
AACTTGCAGGGAACCTGGTG+AGG 0.606111 8:+39004879 MsG0880044267.01.T01:CDS
TGGAGAAATTGTAATTGCAG+TGG 0.607423 8:+39004995 MsG0880044267.01.T01:CDS
TCACCAGGTTCCCTGCAAGT+TGG 0.618893 8:-39004877 None:intergenic
TTTCCCTTCTACTTCACATG+AGG 0.619457 8:-39007789 None:intergenic
CATGTCTCCAGAATATGCCA+TGG 0.619976 8:+39007281 MsG0880044267.01.T01:CDS
TCTCCAGAATATGCCATGGA+AGG 0.622019 8:+39007285 MsG0880044267.01.T01:CDS
GGAGGATATACCAACTTGCA+GGG 0.636612 8:+39004867 MsG0880044267.01.T01:CDS
TGTTGTCGTAGAATAGGTGT+CGG 0.664980 8:-39007759 None:intergenic
TTGTTCCTGATGAAGTGCAA+AGG 0.675769 8:+39007562 MsG0880044267.01.T01:CDS
GTGCAAAGGTGCATTCATGT+TGG 0.682981 8:+39007576 MsG0880044267.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ATAAAAATCATATTTAAATG+AGG + Chr8:39005985-39006004 MsG0880044267.01.T01:intron 10.0%
!!! AAAAAAATATATGCATTTTT+AGG + Chr8:39006246-39006265 MsG0880044267.01.T01:intron 10.0%
!! AATTGATATAAAAAAGGTTA+TGG - Chr8:39005620-39005639 None:intergenic 15.0%
!! ATAATAAAAAGTTGTGAAAA+TGG - Chr8:39005849-39005868 None:intergenic 15.0%
!! ATTAAATTATTAATAGGCAT+GGG + Chr8:39007482-39007501 MsG0880044267.01.T01:intron 15.0%
!! TATCTCAATTGATATAAAAA+AGG - Chr8:39005626-39005645 None:intergenic 15.0%
!!! TAATATCATTTTAACAAGAT+CGG + Chr8:39005163-39005182 MsG0880044267.01.T01:intron 15.0%
!!! TATTTTTATGTGATTTTTGT+TGG + Chr8:39006666-39006685 MsG0880044267.01.T01:intron 15.0%
!! ACATAAACAAGATATTTACT+TGG - Chr8:39006834-39006853 None:intergenic 20.0%
!! ATCTGTTATGATATATTTGT+AGG - Chr8:39005886-39005905 None:intergenic 20.0%
!! CATAATTATCTTGATATACT+AGG - Chr8:39005649-39005668 None:intergenic 20.0%
!! GATTAAATTATTAATAGGCA+TGG + Chr8:39007481-39007500 MsG0880044267.01.T01:intron 20.0%
!!! AAAACATACGGAAAAATTTT+AGG - Chr8:39006406-39006425 None:intergenic 20.0%
!!! AAATTGATTTTGTATAATGC+AGG + Chr8:39006098-39006117 MsG0880044267.01.T01:intron 20.0%
!!! AGCATTTTATGAAATTATTG+TGG + Chr8:39006768-39006787 MsG0880044267.01.T01:intron 20.0%
!!! ATCTCAAACTTTTAGTTTTT+TGG - Chr8:39006056-39006075 None:intergenic 20.0%
!!! GGATTTTGAATTAGAAATAT+AGG + Chr8:39006006-39006025 MsG0880044267.01.T01:intron 20.0%
!!! TAGAAAACTAAAAAGCATTT+TGG + Chr8:39006871-39006890 MsG0880044267.01.T01:intron 20.0%
!!! TGCATATTTTTGTTTCTTTT+TGG - Chr8:39006201-39006220 None:intergenic 20.0%
!!! TTCCTTAGATAATTTTAACA+CGG - Chr8:39006378-39006397 None:intergenic 20.0%
! AAAAAGACTTTCAAAACATC+CGG + Chr8:39006468-39006487 MsG0880044267.01.T01:intron 25.0%
! AAACAAAAATATGCACTACA+AGG + Chr8:39006206-39006225 MsG0880044267.01.T01:intron 25.0%
! AACCGTGTTAAAATTATCTA+AGG + Chr8:39006373-39006392 MsG0880044267.01.T01:intron 25.0%
! AAGATAATTATGTGACTATC+TGG + Chr8:39005657-39005676 MsG0880044267.01.T01:intron 25.0%
! AGATAATTATGTGACTATCT+GGG + Chr8:39005658-39005677 MsG0880044267.01.T01:intron 25.0%
! ATAAAAAAGGTTATGGAAGT+GGG - Chr8:39005613-39005632 None:intergenic 25.0%
! ATAGCTTACTATACTTGATA+AGG - Chr8:39005535-39005554 None:intergenic 25.0%
! GAATTAGAAATATAGGACTA+GGG + Chr8:39006013-39006032 MsG0880044267.01.T01:intron 25.0%
! GTTGTTGAATTATCTATGTA+TGG - Chr8:39004926-39004945 None:intergenic 25.0%
! TATAAAAAAGGTTATGGAAG+TGG - Chr8:39005614-39005633 None:intergenic 25.0%
! TGAATTAGAAATATAGGACT+AGG + Chr8:39006012-39006031 MsG0880044267.01.T01:intron 25.0%
! TTAATCATGCATTAGGATAT+TGG + Chr8:39005225-39005244 MsG0880044267.01.T01:intron 25.0%
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!! ATGCCAAAATCAGAAATTTT+TGG - Chr8:39007107-39007126 None:intergenic 25.0%
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!!! AAAAATTTCTGATTTTGGCA+TGG + Chr8:39007106-39007125 MsG0880044267.01.T01:intron 25.0%
!!! TACTTGGTTATTTTCAAGTT+AGG - Chr8:39006818-39006837 None:intergenic 25.0%
AAAAGACTTTCAAAACATCC+GGG + Chr8:39006469-39006488 MsG0880044267.01.T01:intron 30.0%
AACATAGTCACTTATACAAG+TGG + Chr8:39005429-39005448 MsG0880044267.01.T01:intron 30.0%
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AATATGCACTACAAGGTATA+CGG + Chr8:39006213-39006232 MsG0880044267.01.T01:intron 30.0%
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ACAGTTTGATCATGATCAAA+CGG - Chr8:39005335-39005354 None:intergenic 30.0%
ACATGTCCTATTAGATTTAG+TGG - Chr8:39007408-39007427 None:intergenic 30.0%
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ATAATAGAAGGAATTGCTCA+AGG + Chr8:39006994-39007013 MsG0880044267.01.T01:intron 30.0%
ATAATGCAGGTAAAAAACAG+TGG + Chr8:39006111-39006130 MsG0880044267.01.T01:intron 30.0%
ATATATGCCAAACAAAAGCT+TGG + Chr8:39006607-39006626 MsG0880044267.01.T01:intron 30.0%
ATTATAGACTTACGTACCAT+GGG - Chr8:39005147-39005166 None:intergenic 30.0%
CAATCTGTTGGTATTTACTA+CGG - Chr8:39007156-39007175 None:intergenic 30.0%
CATAGATAATTCAACAACGT+TGG + Chr8:39004928-39004947 MsG0880044267.01.T01:CDS 30.0%
CATGTCCTATTAGATTTAGT+GGG - Chr8:39007407-39007426 None:intergenic 30.0%
CATTTACTCAAAGTAACCTT+AGG + Chr8:39005753-39005772 MsG0880044267.01.T01:intron 30.0%
GAGTTATCAAAATGACTTTG+AGG + Chr8:39005493-39005512 MsG0880044267.01.T01:intron 30.0%
GATATAACATCAGACATTGT+AGG - Chr8:39007636-39007655 None:intergenic 30.0%
GGAAGAATAAATCAATCTGA+GGG + Chr8:39005780-39005799 MsG0880044267.01.T01:intron 30.0%
GTAAATACCAACAGATTGTT+GGG + Chr8:39007158-39007177 MsG0880044267.01.T01:intron 30.0%
GTTAGACATGAAAATGTCAT+CGG + Chr8:39005802-39005821 MsG0880044267.01.T01:intron 30.0%
TATTATAGACTTACGTACCA+TGG - Chr8:39005148-39005167 None:intergenic 30.0%
TATTATGCCCACTCATTATA+TGG + Chr8:39006171-39006190 MsG0880044267.01.T01:intron 30.0%
TGTTATGGATATAATAGCGA+TGG + Chr8:39004829-39004848 MsG0880044267.01.T01:CDS 30.0%
TTGAATGCGTGAAAAACTAA+CGG + Chr8:39005361-39005380 MsG0880044267.01.T01:intron 30.0%
! AAGAATTTTATCGTAAGGGA+CGG + Chr8:39005023-39005042 MsG0880044267.01.T01:CDS 30.0%
! AGTGAGTTTTCTAGACTTTA+TGG + Chr8:39007185-39007204 MsG0880044267.01.T01:intron 30.0%
!! AAAATGGATTGCGAATTGTA+TGG - Chr8:39005833-39005852 None:intergenic 30.0%
!! ACAAATGTGTCGTTTAATGT+TGG - Chr8:39007546-39007565 None:intergenic 30.0%
AAAACCATTCCTATCGCAAA+AGG + Chr8:39005682-39005701 MsG0880044267.01.T01:intron 35.0%
ATTAATAGGCATGGGAGTTA+TGG + Chr8:39007490-39007509 MsG0880044267.01.T01:intron 35.0%
CCCTGAAGTTGTAAAACATA+CGG - Chr8:39006418-39006437 None:intergenic 35.0%
CTCAAAGTAACCTTAGGAAA+AGG + Chr8:39005759-39005778 MsG0880044267.01.T01:intron 35.0%
GAGAAAATATGAGTGGTTGA+CGG + Chr8:39005913-39005932 MsG0880044267.01.T01:intron 35.0%
GTCCCTTACGATAAAATTCT+TGG - Chr8:39005024-39005043 None:intergenic 35.0%
TAATTCAACAACGTTGGAAC+AGG + Chr8:39004934-39004953 MsG0880044267.01.T01:CDS 35.0%
TAGCCAAGAGAAAATATGAG+TGG + Chr8:39005906-39005925 MsG0880044267.01.T01:intron 35.0%
TATGGATATAATAGCGATGG+AGG + Chr8:39004832-39004851 MsG0880044267.01.T01:CDS 35.0%
TCGACAAGAAGATCTTGATT+TGG + Chr8:39005069-39005088 MsG0880044267.01.T01:CDS 35.0%
TGCTTCTTGAAATCGTTTGT+GGG + Chr8:39007349-39007368 MsG0880044267.01.T01:CDS 35.0%
TGGAGAAATTGTAATTGCAG+TGG + Chr8:39004995-39005014 MsG0880044267.01.T01:CDS 35.0%
TGTTAGACGAGAGATATTTG+AGG + Chr8:39007709-39007728 MsG0880044267.01.T01:CDS 35.0%
TTACAACTTCAGGGAATCTT+GGG + Chr8:39006424-39006443 MsG0880044267.01.T01:intron 35.0%
TTGCTTCTTGAAATCGTTTG+TGG + Chr8:39007348-39007367 MsG0880044267.01.T01:CDS 35.0%
TTTACAACTTCAGGGAATCT+TGG + Chr8:39006423-39006442 MsG0880044267.01.T01:intron 35.0%
! AATTCCTTTTGCGATAGGAA+TGG - Chr8:39005689-39005708 None:intergenic 35.0%
! AGAATTTTATCGTAAGGGAC+GGG + Chr8:39005024-39005043 MsG0880044267.01.T01:CDS 35.0%
! CAACCACTCATATTTTCTCT+TGG - Chr8:39005912-39005931 None:intergenic 35.0%
! CACAAAATTCCTTTTGCGAT+AGG - Chr8:39005694-39005713 None:intergenic 35.0%
! CCGTATGTTTTACAACTTCA+GGG + Chr8:39006415-39006434 MsG0880044267.01.T01:intron 35.0%
! TACAAGTCCAAGCTTTTGTT+TGG - Chr8:39006617-39006636 None:intergenic 35.0%
! TCCGTATGTTTTACAACTTC+AGG + Chr8:39006414-39006433 MsG0880044267.01.T01:intron 35.0%
! TGATTTGTAGAGTTTACCAG+CGG - Chr8:39005114-39005133 None:intergenic 35.0%
! TGGTGAGTATCTAAAGCTAA+TGG + Chr8:39007518-39007537 MsG0880044267.01.T01:CDS 35.0%
! TTGGTATATCCTCCCATTTT+TGG - Chr8:39004861-39004880 None:intergenic 35.0%
!! GCATGATTAAGTTGACTGTT+GGG - Chr8:39005215-39005234 None:intergenic 35.0%
!! TGCATGATTAAGTTGACTGT+TGG - Chr8:39005216-39005235 None:intergenic 35.0%
AAATCAGGACCAAATTCCCA+TGG + Chr8:39005128-39005147 MsG0880044267.01.T01:intron 40.0%
ACTATGTCCCAACAATCTGT+TGG - Chr8:39007168-39007187 None:intergenic 40.0%
ACTTACGTACCATGGGAATT+TGG - Chr8:39005140-39005159 None:intergenic 40.0%
AGCTTGGACTTGTATCTGTT+TGG + Chr8:39006623-39006642 MsG0880044267.01.T01:intron 40.0%
AGGAGGAAACAACTTCCAAA+GGG + Chr8:39007729-39007748 MsG0880044267.01.T01:CDS 40.0%
CAGGTAAAAAACAGTGGATG+TGG + Chr8:39006117-39006136 MsG0880044267.01.T01:intron 40.0%
CGAAAAAGAAGCTGCTAGAT+TGG + Chr8:39006956-39006975 MsG0880044267.01.T01:intron 40.0%
CGGGATGTCTATTCTATTCA+TGG + Chr8:39005043-39005062 MsG0880044267.01.T01:CDS 40.0%
CTAACGGCAAGGAACATAAT+CGG + Chr8:39005377-39005396 MsG0880044267.01.T01:intron 40.0%
GATCGCCCACTAAATCTAAT+AGG + Chr8:39007399-39007418 MsG0880044267.01.T01:CDS 40.0%
GATTTGTAGAGTTTACCAGC+GGG - Chr8:39005113-39005132 None:intergenic 40.0%
GCTGCATTCATGAAGAAGAA+AGG + Chr8:39006570-39006589 MsG0880044267.01.T01:intron 40.0%
GCTGGTAAACTCTACAAATC+AGG + Chr8:39005113-39005132 MsG0880044267.01.T01:intron 40.0%
GGCAAGAATGTTCACACAAT+AGG + Chr8:39007127-39007146 MsG0880044267.01.T01:intron 40.0%
GTGATTGCAAGATGAGATGT+TGG + Chr8:39004975-39004994 MsG0880044267.01.T01:CDS 40.0%
TAGACGAGAGATATTTGAGG+AGG + Chr8:39007712-39007731 MsG0880044267.01.T01:CDS 40.0%
TAGCGAGTTGCAACAAACTA+GGG + Chr8:39005587-39005606 MsG0880044267.01.T01:intron 40.0%
TCTCGTCTAACATAGAATGC+TGG - Chr8:39007701-39007720 None:intergenic 40.0%
TCTCTGGACTAAACTTGTGA+TGG + Chr8:39005944-39005963 MsG0880044267.01.T01:intron 40.0%
TGTAGAACAAACTCCTTCCA+TGG - Chr8:39007301-39007320 None:intergenic 40.0%
TGTTGTCGTAGAATAGGTGT+CGG - Chr8:39007762-39007781 None:intergenic 40.0%
TTGTTCCTGATGAAGTGCAA+AGG + Chr8:39007562-39007581 MsG0880044267.01.T01:CDS 40.0%
! GTCAGAATAATTTTACCCGC+TGG + Chr8:39005095-39005114 MsG0880044267.01.T01:CDS 40.0%
! TGGCTAGCCATATAATGAGT+GGG - Chr8:39006181-39006200 None:intergenic 40.0%
! TTGGCTAGCCATATAATGAG+TGG - Chr8:39006182-39006201 None:intergenic 40.0%
!! ACATAGAATGCTGGTCTTCT+TGG - Chr8:39007692-39007711 None:intergenic 40.0%
AAGTCTGACGTCTACAGCTT+TGG + Chr8:39007321-39007340 MsG0880044267.01.T01:CDS 45.0%
ACTCCTTCCATGGCATATTC+TGG - Chr8:39007291-39007310 None:intergenic 45.0%
ACTTTCAAAACATCCGGGCA+AGG + Chr8:39006474-39006493 MsG0880044267.01.T01:intron 45.0%
ATGCACCTTTGCACTTCATC+AGG - Chr8:39007570-39007589 None:intergenic 45.0%
CATGTCTCCAGAATATGCCA+TGG + Chr8:39007281-39007300 MsG0880044267.01.T01:CDS 45.0%
CGATGGAGGATGCCAAAAAT+GGG + Chr8:39004846-39004865 MsG0880044267.01.T01:CDS 45.0%
GAGGAGGAAACAACTTCCAA+AGG + Chr8:39007728-39007747 MsG0880044267.01.T01:CDS 45.0%
GCATGGGAGTTATGGAATGA+TGG + Chr8:39007498-39007517 MsG0880044267.01.T01:CDS 45.0%
GGAGGATATACCAACTTGCA+GGG + Chr8:39004867-39004886 MsG0880044267.01.T01:CDS 45.0%
GTAGCGAGTTGCAACAAACT+AGG + Chr8:39005586-39005605 MsG0880044267.01.T01:intron 45.0%
GTTGACGGTATAGTTGTCTC+TGG + Chr8:39005928-39005947 MsG0880044267.01.T01:intron 45.0%
TCTCCAGAATATGCCATGGA+AGG + Chr8:39007285-39007304 MsG0880044267.01.T01:CDS 45.0%
TGAAGAATTCTCTTGCCCGT+CGG - Chr8:39005464-39005483 None:intergenic 45.0%
TGATTCCACAATTCCTTGCC+CGG - Chr8:39006490-39006509 None:intergenic 45.0%
TGCGTGAAAAACTAACGGCA+AGG + Chr8:39005366-39005385 MsG0880044267.01.T01:intron 45.0%
! CCTGGTGAGGTGTTTCAAAA+AGG + Chr8:39004892-39004911 MsG0880044267.01.T01:CDS 45.0%
! GGTGAGGTGTTTCAAAAAGG+CGG + Chr8:39004895-39004914 MsG0880044267.01.T01:CDS 45.0%
! GTGAGGTGTTTCAAAAAGGC+GGG + Chr8:39004896-39004915 MsG0880044267.01.T01:CDS 45.0%
! GTGCAAAGGTGCATTCATGT+TGG + Chr8:39007576-39007595 MsG0880044267.01.T01:CDS 45.0%
!!! CCTTTTTGAAACACCTCACC+AGG - Chr8:39004895-39004914 None:intergenic 45.0%
!! TATTAATAATTTAATCAAAT+AGG - Chr8:39007477-39007496 None:intergenic 5.0%
!! TATTTGATTAAATTATTAAT+AGG + Chr8:39007476-39007495 MsG0880044267.01.T01:intron 5.0%
AACATCCGGGCAAGGAATTG+TGG + Chr8:39006482-39006501 MsG0880044267.01.T01:intron 50.0%
AAGTGGACATTCTCTCCGAC+GGG + Chr8:39005446-39005465 MsG0880044267.01.T01:intron 50.0%
ATACCAACTTGCAGGGAACC+TGG + Chr8:39004874-39004893 MsG0880044267.01.T01:CDS 50.0%
CAAGTGGACATTCTCTCCGA+CGG + Chr8:39005445-39005464 MsG0880044267.01.T01:intron 50.0%
CTTCAGGGAATCTTGGGAAC+AGG + Chr8:39006430-39006449 MsG0880044267.01.T01:intron 50.0%
GCGATGGAGGATGCCAAAAA+TGG + Chr8:39004845-39004864 MsG0880044267.01.T01:CDS 50.0%
GGGAGGATATACCAACTTGC+AGG + Chr8:39004866-39004885 MsG0880044267.01.T01:CDS 50.0%
TGGAGGATGCCAAAAATGGG+AGG + Chr8:39004849-39004868 MsG0880044267.01.T01:CDS 50.0%
AACTTGCAGGGAACCTGGTG+AGG + Chr8:39004879-39004898 MsG0880044267.01.T01:CDS 55.0%
TCACCAGGTTCCCTGCAAGT+TGG - Chr8:39004880-39004899 None:intergenic 55.0%
!! GGTGTCGGTGTCTTTCCCTT+TGG - Chr8:39007747-39007766 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 39004818 39007803 39004818 ID=MsG0880044267.01;Name=MsG0880044267.01
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Gene Sequence

>MsG0880044267.01.T01

ATGCAGATATGTGTTATGGATATAATAGCGATGGAGGATGCCAAAAATGGGAGGATATACCAACTTGCAGGGAACCTGGTGAGGTGTTTCAAAAAGGCGGGCAGACCATACATAGATAATTCAACAACGTTGGAACAGGATGTGACTTATGATTACAGTGATTGCAAGATGAGATGTTGGAGAAATTGTAATTGCAGTGGATTCCAAGAATTTTATCGTAAGGGACGGGATGTCTATTCTATTCATGGAATTCGACAAGAAGATCTTGATTTGGTGAGTCAGAATAATTTTACCCGCTGTGGATACATGTCTCCAGAATATGCCATGGAAGGAGTTTGTTCTACAAAGTCTGACGTCTACAGCTTTGGAGTGTTGCTTCTTGAAATCGTTTGTGGGAGAAAAAACAATAGCTTCTATGATGTTGATCGCCCACTAAATCTAATAGGACATGCATGGGAGTTATGGAATGATGGTGAGTATCTAAAGCTAATGGATCCAACATTAAACGACACATTTGTTCCTGATGAAGTGCAAAGGTGCATTCATGTTGGTCTCTTATGTGTAGAGCATTATGCAATTGATCGACCTACAATGTCTGATGTTATATCTGTGTTAACAAACAAATATGAACTCAGAACTTACCAAGAAGACCAGCATTCTATGTTAGACGAGAGATATTTGAGGAGGAAACAACTTCCAAAGGGAAAGACACCGACACCTATTCTACGACAACAATTTCTACCTCATGTGAAGTAG
Protein sequence

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