AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880044622.01

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MsG0880044622.01.T01 AT1G67520 35.057 174 97 7 60 221 27 196 4.12e-17 80.5
MsG0880044622.01.T01 AT1G61490 33.721 172 105 4 68 232 34 203 4.15e-17 80.5
MsG0880044622.01.T01 AT1G61490 33.721 172 105 4 68 232 34 203 4.15e-17 80.5
MsG0880044622.01.T01 AT1G67520 35.057 174 97 7 60 221 27 196 5.28e-17 80.1
MsG0880044622.01.T01 AT5G39370 39.200 125 69 4 101 219 4 127 1.75e-16 73.9
MsG0880044622.01.T01 AT1G61440 35.897 156 96 3 68 221 27 180 5.15e-16 77.4
MsG0880044622.01.T01 AT1G61440 35.897 156 96 3 68 221 27 180 5.40e-16 77.4
MsG0880044622.01.T01 AT1G61440 35.897 156 96 3 68 221 27 180 5.67e-16 77.0
MsG0880044622.01.T01 AT4G11900 35.638 188 78 8 70 221 40 220 8.08e-16 76.6
MsG0880044622.01.T01 AT4G11900 35.638 188 78 8 70 221 40 220 8.08e-16 76.6
MsG0880044622.01.T01 AT4G11900 35.638 188 78 8 70 221 40 220 8.41e-16 76.6
MsG0880044622.01.T01 AT4G11900 35.638 188 78 8 70 221 40 220 9.39e-16 76.6
MsG0880044622.01.T01 AT4G11900 35.638 188 78 8 70 221 40 220 9.39e-16 76.6
MsG0880044622.01.T01 AT4G11900 35.638 188 78 8 70 221 40 220 9.78e-16 76.6
MsG0880044622.01.T01 AT4G11900 35.638 188 78 8 70 221 40 220 9.78e-16 76.6
MsG0880044622.01.T01 AT5G18470 33.333 177 97 6 63 221 36 209 1.01e-15 75.9
MsG0880044622.01.T01 AT4G11900 35.638 188 78 8 70 221 40 220 1.04e-15 76.3
MsG0880044622.01.T01 AT1G61370 32.692 156 101 3 68 221 35 188 3.59e-15 74.7
MsG0880044622.01.T01 AT4G00340 35.220 159 90 6 66 221 27 175 6.23e-15 73.9
MsG0880044622.01.T01 AT4G00340 35.220 159 90 6 66 221 27 175 6.27e-15 73.9
MsG0880044622.01.T01 AT1G61430 35.526 152 94 3 68 217 34 183 1.45e-14 72.8
MsG0880044622.01.T01 AT1G61430 35.526 152 94 3 68 217 34 183 1.45e-14 72.8
MsG0880044622.01.T01 AT1G61430 35.294 153 95 3 68 218 34 184 1.68e-14 72.8
MsG0880044622.01.T01 AT1G61430 35.294 153 95 3 68 218 34 184 1.68e-14 72.8
MsG0880044622.01.T01 AT1G61430 35.294 153 95 3 68 218 34 184 1.70e-14 72.8
MsG0880044622.01.T01 AT1G61430 35.526 152 94 3 68 217 11 160 1.93e-14 72.4
MsG0880044622.01.T01 AT1G61430 35.526 152 94 3 68 217 11 160 2.01e-14 72.4
MsG0880044622.01.T01 AT1G61430 35.526 152 94 3 68 217 34 183 2.07e-14 72.8
MsG0880044622.01.T01 AT1G61430 35.526 152 94 3 68 217 34 183 2.15e-14 72.4
MsG0880044622.01.T01 AT1G61430 35.526 152 94 3 68 217 43 192 2.30e-14 72.4
MsG0880044622.01.T01 AT1G61430 35.526 152 94 3 68 217 11 160 2.55e-14 72.4
MsG0880044622.01.T01 AT1G61430 35.526 152 94 3 68 217 11 160 2.55e-14 72.4
MsG0880044622.01.T01 AT1G61430 35.526 152 94 3 68 217 11 160 2.55e-14 72.4
MsG0880044622.01.T01 AT4G27300 30.052 193 110 8 52 232 26 205 4.70e-14 71.6
MsG0880044622.01.T01 AT1G61550 34.868 152 95 3 68 217 29 178 6.88e-14 71.2
MsG0880044622.01.T01 AT4G03230 39.000 100 52 3 125 221 27 120 1.68e-13 70.1
MsG0880044622.01.T01 AT1G61500 34.146 164 98 4 60 221 33 188 6.63e-12 65.1
MsG0880044622.01.T01 AT1G61500 34.146 164 98 4 60 221 38 193 6.70e-12 65.1
MsG0880044622.01.T01 AT1G61500 34.146 164 98 4 60 221 15 170 6.72e-12 65.1
MsG0880044622.01.T01 AT3G16030 50.909 55 27 0 167 221 4 58 1.05e-11 64.7

Find 48 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 59 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TGCATTTACGCAAAACATAT+TGG 0.229981 8:-45862830 None:intergenic
TTACTGATTGCCCCATTAAT+AGG 0.257716 8:-45862870 None:intergenic
GCATTTACGCAAAACATATT+GGG 0.271753 8:-45862829 None:intergenic
CCTAGGTATAAGGTCTAAAA+AGG 0.307097 8:+45862978 MsG0880044622.01.T01:CDS
TACCAAATGATAAGATAGTT+TGG 0.307731 8:+45863001 MsG0880044622.01.T01:CDS
ACCCAAACTATCTTATCATT+TGG 0.336702 8:-45863003 None:intergenic
GATATCAATTGGAAAGTATA+TGG 0.377033 8:-45863339 None:intergenic
GGTAACATTCGCCTCATAGA+TGG 0.381128 8:+45863078 MsG0880044622.01.T01:CDS
GAAGCCTGTGCCATGATAGA+TGG 0.389968 8:-45862766 None:intergenic
TCAGACACACTTGTTTCATA+TGG 0.398311 8:+45862898 MsG0880044622.01.T01:CDS
CCCTGTACTACCTAGGTATA+AGG 0.399793 8:+45862968 MsG0880044622.01.T01:CDS
ACCAAATGATAAGATAGTTT+GGG 0.411491 8:+45863002 MsG0880044622.01.T01:CDS
ACAAAGTGGAAGATATCAAT+TGG 0.426024 8:-45863350 None:intergenic
AAAGTATATGGTCCTGCAGC+AGG 0.441709 8:-45863327 None:intergenic
AACGCTGAGGATGTAACAAA+TGG 0.445733 8:-45863039 None:intergenic
AACTCTGCCATAAAATTGCT+TGG 0.447550 8:-45863203 None:intergenic
ACCTTATACCTAGGTAGTAC+AGG 0.451614 8:-45862969 None:intergenic
TCTCTTTGACACAGGAAACT+TGG 0.457058 8:+45863161 MsG0880044622.01.T01:CDS
ACATACCAAGTCGGCACAAA+GGG 0.460462 8:-45862709 None:intergenic
GACACACTTGTTTCATATGG+TGG 0.485451 8:+45862901 MsG0880044622.01.T01:CDS
GAAATCCCTTTGTGCCGACT+TGG 0.497522 8:+45862704 MsG0880044622.01.T01:CDS
AAACTTGGTCAATGAGATCA+TGG 0.500440 8:+45863289 MsG0880044622.01.T01:CDS
CTTTGTTGAGATCAAGTATG+AGG 0.520065 8:+45863367 MsG0880044622.01.T01:CDS
AGTGAAGATGACCCTGCTGC+AGG 0.524146 8:+45863315 MsG0880044622.01.T01:CDS
CATTTACGCAAAACATATTG+GGG 0.542354 8:-45862828 None:intergenic
TCCAGGCAAAAGCGTATCCG+TGG 0.549804 8:-45863235 None:intergenic
GCGTATTATCTCCATCTATG+AGG 0.558782 8:-45863089 None:intergenic
GCGAATGTTACCATTGTGAA+TGG 0.561889 8:-45863067 None:intergenic
AAAGTGCGAACCATCTATCA+TGG 0.567113 8:+45862756 MsG0880044622.01.T01:CDS
TATGGTGGAAACTACGAACT+AGG 0.568134 8:+45862916 MsG0880044622.01.T01:CDS
CATACTTGATCTCAACAAAG+TGG 0.571774 8:-45863364 None:intergenic
TACGCAACTCTCTTTGACAC+AGG 0.571855 8:+45863153 MsG0880044622.01.T01:CDS
CCTTATACCTAGGTAGTACA+GGG 0.580432 8:-45862968 None:intergenic
CGAACCATCTATCATGGCAC+AGG 0.582744 8:+45862762 MsG0880044622.01.T01:CDS
ACGCTGAGGATGTAACAAAT+GGG 0.590278 8:-45863038 None:intergenic
CCAGGCAAAAGCGTATCCGT+GGG 0.592061 8:-45863234 None:intergenic
ATTGGAAACGTTATTGACAC+AGG 0.611888 8:+45863264 MsG0880044622.01.T01:CDS
AAGTATATGGTCCTGCAGCA+GGG 0.625585 8:-45863326 None:intergenic
AAATATTGACAATATTAGCA+AGG 0.625803 8:-45862800 None:intergenic
GACATACCAAGTCGGCACAA+AGG 0.643142 8:-45862710 None:intergenic
AAACTATAGACATACCAAGT+CGG 0.657000 8:-45862718 None:intergenic
AACTCGACCCTGTACTACCT+AGG 0.665807 8:+45862961 MsG0880044622.01.T01:CDS
CTGAGGATGTAACAAATGGG+AGG 0.700075 8:-45863035 None:intergenic
AGCTTAGGATCCGAAATGGG+CGG 0.713028 8:+45862679 None:intergenic
GCGTTGCTAACCATTCACAA+TGG 0.726213 8:+45863057 MsG0880044622.01.T01:CDS
CTTGGTCAATGAGATCATGG+AGG 0.737636 8:+45863292 MsG0880044622.01.T01:CDS
CAGGCAAAAGCGTATCCGTG+GGG 0.743029 8:-45863233 None:intergenic
GTGAATGGTTAGCAACGCTG+AGG 0.762231 8:-45863052 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TACAAAAAATTCCTATTAAT+GGG + Chr8:45862859-45862878 MsG0880044622.01.T01:CDS 15.0%
!! AAATATTGACAATATTAGCA+AGG - Chr8:45862803-45862822 None:intergenic 20.0%
!! ACAAAAAATTCCTATTAATG+GGG + Chr8:45862860-45862879 MsG0880044622.01.T01:CDS 20.0%
!! CTACAAAAAATTCCTATTAA+TGG + Chr8:45862858-45862877 MsG0880044622.01.T01:CDS 20.0%
!!! CATTAATAGGAATTTTTTGT+AGG - Chr8:45862860-45862879 None:intergenic 20.0%
! ACCAAATGATAAGATAGTTT+GGG + Chr8:45863002-45863021 MsG0880044622.01.T01:CDS 25.0%
! TACCAAATGATAAGATAGTT+TGG + Chr8:45863001-45863020 MsG0880044622.01.T01:CDS 25.0%
!! GATATCAATTGGAAAGTATA+TGG - Chr8:45863342-45863361 None:intergenic 25.0%
AAACTATAGACATACCAAGT+CGG - Chr8:45862721-45862740 None:intergenic 30.0%
ACAAAGTGGAAGATATCAAT+TGG - Chr8:45863353-45863372 None:intergenic 30.0%
ACCCAAACTATCTTATCATT+TGG - Chr8:45863006-45863025 None:intergenic 30.0%
CATTTACGCAAAACATATTG+GGG - Chr8:45862831-45862850 None:intergenic 30.0%
GCATTTACGCAAAACATATT+GGG - Chr8:45862832-45862851 None:intergenic 30.0%
TGCATTTACGCAAAACATAT+TGG - Chr8:45862833-45862852 None:intergenic 30.0%
TTATTGACACAGGAAAAACT+TGG + Chr8:45863274-45863293 MsG0880044622.01.T01:CDS 30.0%
! ACTCTAACCAAGCAATTTTA+TGG + Chr8:45863196-45863215 MsG0880044622.01.T01:CDS 30.0%
! AGGATTTTTCACTACAAAGA+TGG + Chr8:45862936-45862955 MsG0880044622.01.T01:CDS 30.0%
AAACTTGGTCAATGAGATCA+TGG + Chr8:45863289-45863308 MsG0880044622.01.T01:CDS 35.0%
AACTCTGCCATAAAATTGCT+TGG - Chr8:45863206-45863225 None:intergenic 35.0%
ATTGGAAACGTTATTGACAC+AGG + Chr8:45863264-45863283 MsG0880044622.01.T01:CDS 35.0%
CATACTTGATCTCAACAAAG+TGG - Chr8:45863367-45863386 None:intergenic 35.0%
CCTAGGTATAAGGTCTAAAA+AGG + Chr8:45862978-45862997 MsG0880044622.01.T01:CDS 35.0%
CTTTGTTGAGATCAAGTATG+AGG + Chr8:45863367-45863386 MsG0880044622.01.T01:CDS 35.0%
TCAGACACACTTGTTTCATA+TGG + Chr8:45862898-45862917 MsG0880044622.01.T01:CDS 35.0%
! ACGTTTCCAATTTTCATTCC+AGG - Chr8:45863255-45863274 None:intergenic 35.0%
! CCTTTTTAGACCTTATACCT+AGG - Chr8:45862981-45863000 None:intergenic 35.0%
! CTTTTGCCTGGAATGAAAAT+TGG + Chr8:45863246-45863265 MsG0880044622.01.T01:CDS 35.0%
! TTACTGATTGCCCCATTAAT+AGG - Chr8:45862873-45862892 None:intergenic 35.0%
AAAGTGCGAACCATCTATCA+TGG + Chr8:45862756-45862775 MsG0880044622.01.T01:CDS 40.0%
AACGCTGAGGATGTAACAAA+TGG - Chr8:45863042-45863061 None:intergenic 40.0%
ACCTTATACCTAGGTAGTAC+AGG - Chr8:45862972-45862991 None:intergenic 40.0%
ACGCTGAGGATGTAACAAAT+GGG - Chr8:45863041-45863060 None:intergenic 40.0%
CCTTATACCTAGGTAGTACA+GGG - Chr8:45862971-45862990 None:intergenic 40.0%
GACACACTTGTTTCATATGG+TGG + Chr8:45862901-45862920 MsG0880044622.01.T01:CDS 40.0%
GCGAATGTTACCATTGTGAA+TGG - Chr8:45863070-45863089 None:intergenic 40.0%
GCGTATTATCTCCATCTATG+AGG - Chr8:45863092-45863111 None:intergenic 40.0%
TCTCTTTGACACAGGAAACT+TGG + Chr8:45863161-45863180 MsG0880044622.01.T01:CDS 40.0%
! TATGGTGGAAACTACGAACT+AGG + Chr8:45862916-45862935 MsG0880044622.01.T01:CDS 40.0%
AAAGTATATGGTCCTGCAGC+AGG - Chr8:45863330-45863349 None:intergenic 45.0%
AAGTATATGGTCCTGCAGCA+GGG - Chr8:45863329-45863348 None:intergenic 45.0%
ACATACCAAGTCGGCACAAA+GGG - Chr8:45862712-45862731 None:intergenic 45.0%
CCCTGTACTACCTAGGTATA+AGG + Chr8:45862968-45862987 MsG0880044622.01.T01:CDS 45.0%
CTGAGGATGTAACAAATGGG+AGG - Chr8:45863038-45863057 None:intergenic 45.0%
CTTGGTCAATGAGATCATGG+AGG + Chr8:45863292-45863311 MsG0880044622.01.T01:CDS 45.0%
GCGTTGCTAACCATTCACAA+TGG + Chr8:45863057-45863076 MsG0880044622.01.T01:CDS 45.0%
GGTAACATTCGCCTCATAGA+TGG + Chr8:45863078-45863097 MsG0880044622.01.T01:CDS 45.0%
TACGCAACTCTCTTTGACAC+AGG + Chr8:45863153-45863172 MsG0880044622.01.T01:CDS 45.0%
AACTCGACCCTGTACTACCT+AGG + Chr8:45862961-45862980 MsG0880044622.01.T01:CDS 50.0%
CGAACCATCTATCATGGCAC+AGG + Chr8:45862762-45862781 MsG0880044622.01.T01:CDS 50.0%
GAAGCCTGTGCCATGATAGA+TGG - Chr8:45862769-45862788 None:intergenic 50.0%
GACATACCAAGTCGGCACAA+AGG - Chr8:45862713-45862732 None:intergenic 50.0%
GTGAATGGTTAGCAACGCTG+AGG - Chr8:45863055-45863074 None:intergenic 50.0%
!! GAAATCCCTTTGTGCCGACT+TGG + Chr8:45862704-45862723 MsG0880044622.01.T01:CDS 50.0%
!! GCAGAGTTTTGATGACCCCA+CGG + Chr8:45863218-45863237 MsG0880044622.01.T01:CDS 50.0%
AGTGAAGATGACCCTGCTGC+AGG + Chr8:45863315-45863334 MsG0880044622.01.T01:CDS 55.0%
! CAGGCAAAAGCGTATCCGTG+GGG - Chr8:45863236-45863255 None:intergenic 55.0%
! CCAGGCAAAAGCGTATCCGT+GGG - Chr8:45863237-45863256 None:intergenic 55.0%
! TCCAGGCAAAAGCGTATCCG+TGG - Chr8:45863238-45863257 None:intergenic 55.0%
! CCCACGGATACGCTTTTGCC+TGG + Chr8:45863234-45863253 MsG0880044622.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 45862694 45863410 45862694 ID=MsG0880044622.01;Name=MsG0880044622.01
Chr8 mRNA 45862694 45863410 45862694 ID=MsG0880044622.01.T01;Parent=MsG0880044622.01;Name=MsG0880044622.01.T01;_AED=0.50;_eAED=0.50;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|238
Chr8 exon 45862694 45863410 45862694 ID=MsG0880044622.01.T01:exon:18519;Parent=MsG0880044622.01.T01
Chr8 CDS 45862694 45863410 45862694 ID=MsG0880044622.01.T01:cds;Parent=MsG0880044622.01.T01
Gene Sequence

>MsG0880044622.01.T01

ATGGGCGGTCGAAATCCCTTTGTGCCGACTTGGTATGTCTATAGTTTTGAATTAAGCATTGCAAAGTGCGAACCATCTATCATGGCACAGGCTTCTAAAACTGTTTCCTTGCTAATATTGTCAATATTTTATTGCCCCAATATGTTTTGCGTAAATGCAACATCCTACAAAAAATTCCTATTAATGGGGCAATCAGTAAGAATTTCAGACACACTTGTTTCATATGGTGGAAACTACGAACTAGGATTTTTCACTACAAAGATGGAGAACTCGACCCTGTACTACCTAGGTATAAGGTCTAAAAAGGTACCAAATGATAAGATAGTTTGGGTTGAAAGACACCTCCCATTTGTTACATCCTCAGCGTTGCTAACCATTCACAATGGTAACATTCGCCTCATAGATGGAGATAATACGCACAACGTGACAAGTAATCAGAACAGCAATAGTATTAGTATCTACGCAACTCTCTTTGACACAGGAAACTTGGTACTGTTGAATAACTCTAACCAAGCAATTTTATGGCAGAGTTTTGATGACCCCACGGATACGCTTTTGCCTGGAATGAAAATTGGAAACGTTATTGACACAGGAAAAACTTGGTCAATGAGATCATGGAGGAGTGAAGATGACCCTGCTGCAGGACCATATACTTTCCAATTGATATCTTCCACTTTGTTGAGATCAAGTATGAGGTCATTGAGTCTATCAAGTTAA
Protein sequence

>MsG0880044622.01.T01

MGGRNPFVPTWYVYSFELSIAKCEPSIMAQASKTVSLLILSIFYCPNMFCVNATSYKKFLLMGQSVRISDTLVSYGGNYELGFFTTKMENSTLYYLGIRSKKVPNDKIVWVERHLPFVTSSALLTIHNGNIRLIDGDNTHNVTSNQNSNSISIYATLFDTGNLVLLNNSNQAILWQSFDDPTDTLLPGMKIGNVIDTGKTWSMRSWRSEDDPAAGPYTFQLISSTLLRSSMRSLSLSS*