AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880045056.01

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MsG0880045056.01.T01 AT3G50210 31.525 295 162 9 158 419 8 295 6.12e-34 130
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MsG0880045056.01.T02 AT1G55290 34.593 344 202 11 124 456 26 357 2.51e-53 183
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MsG0880045056.01.T02 AT5G08640 33.127 323 197 9 141 456 26 336 1.14e-49 172
MsG0880045056.01.T02 AT5G08640 33.127 323 197 9 141 456 26 336 1.14e-49 172
MsG0880045056.01.T02 AT4G16330 35.573 253 154 4 210 458 9 256 2.21e-49 169
MsG0880045056.01.T02 AT1G12010 31.457 302 189 6 157 452 6 295 9.87e-49 170
MsG0880045056.01.T02 AT4G25420 32.653 294 188 3 158 442 61 353 1.03e-48 171
MsG0880045056.01.T02 AT5G07480 31.013 316 204 7 158 462 44 356 1.65e-48 170
MsG0880045056.01.T02 AT5G59540 30.460 348 225 7 124 460 25 366 1.27e-47 168
MsG0880045056.01.T02 AT5G43450 31.487 343 215 9 124 455 24 357 2.69e-47 167
MsG0880045056.01.T02 AT1G62380 30.333 300 195 5 157 452 6 295 3.31e-47 166
MsG0880045056.01.T02 AT1G05010 29.085 306 202 5 155 452 1 299 5.15e-47 165
MsG0880045056.01.T02 AT2G19590 32.013 303 181 7 157 452 10 294 2.77e-46 163
MsG0880045056.01.T02 AT3G19010 33.227 313 180 10 157 461 27 318 3.35e-46 163
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MsG0880045056.01.T02 AT1G60980 32.673 303 186 6 135 423 36 334 2.76e-45 162
MsG0880045056.01.T02 AT5G59530 30.484 351 220 10 124 460 24 364 8.67e-45 160
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MsG0880045056.01.T02 AT1G04380 31.596 307 200 5 158 460 45 345 3.83e-44 158
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MsG0880045056.01.T02 AT5G07200 31.935 310 197 6 126 424 28 334 2.77e-43 157
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MsG0880045056.01.T02 AT1G04350 30.372 349 221 10 124 460 22 360 4.55e-43 155
MsG0880045056.01.T02 AT1G06650 29.023 348 216 9 123 451 25 360 1.14e-42 155
MsG0880045056.01.T02 AT5G51810 31.699 306 188 8 133 427 40 335 1.59e-42 155
MsG0880045056.01.T02 AT1G80340 29.283 321 209 6 134 448 26 334 2.87e-42 153
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MsG0880045056.01.T02 AT1G78440 30.341 323 194 11 147 450 2 312 3.26e-41 150
MsG0880045056.01.T02 AT3G19010 33.333 249 137 6 157 384 27 267 2.67e-40 147
MsG0880045056.01.T02 AT2G30840 28.080 349 234 8 123 460 20 362 1.95e-39 146
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MsG0880045056.01.T02 AT1G44090 32.143 280 172 6 158 424 63 337 1.38e-38 144
MsG0880045056.01.T02 AT4G21200 31.159 276 171 6 149 417 33 296 2.48e-38 142
MsG0880045056.01.T02 AT5G63600 31.731 312 185 11 150 451 23 316 2.98e-38 142
MsG0880045056.01.T02 AT1G03410 30.132 302 194 7 158 449 57 351 7.93e-38 142
MsG0880045056.01.T02 AT1G03410 30.464 302 193 7 158 449 94 388 1.10e-37 142
MsG0880045056.01.T02 AT5G07480 32.743 226 141 5 245 462 25 247 1.17e-37 138
MsG0880045056.01.T02 AT5G63600 31.629 313 185 12 150 451 23 317 2.48e-37 139
MsG0880045056.01.T02 AT3G51240 31.325 249 165 4 205 450 3 248 5.63e-37 137
MsG0880045056.01.T02 AT4G25420 32.618 233 147 3 158 381 61 292 6.44e-37 137
MsG0880045056.01.T02 AT1G30040 29.900 301 192 11 158 449 31 321 8.25e-37 138
MsG0880045056.01.T02 AT2G30840 27.507 349 230 9 123 460 20 356 8.66e-36 136
MsG0880045056.01.T02 AT2G19590 31.408 277 165 7 183 452 21 279 1.00e-35 134
MsG0880045056.01.T02 AT3G61400 28.986 345 217 12 124 449 25 360 1.74e-35 135
MsG0880045056.01.T02 AT5G12270 27.679 336 230 5 132 460 30 359 4.77e-35 134
MsG0880045056.01.T02 AT4G21690 27.879 330 209 9 135 449 29 344 6.05e-35 133
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MsG0880045056.01.T02 AT2G25450 28.613 346 233 7 123 460 20 359 1.70e-34 132
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MsG0880045056.01.T02 AT3G50210 31.525 295 162 9 158 419 8 295 6.12e-34 130
MsG0880045056.01.T02 AT3G50210 31.525 295 162 9 158 419 8 295 6.12e-34 130
MsG0880045056.01.T02 AT3G49620 31.690 284 171 7 158 419 34 316 1.11e-33 130
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MsG0880045056.01.T02 AT1G35190 25.987 304 176 11 151 431 5 282 7.24e-15 75.5
MsG0880045056.01.T02 AT1G52800 25.552 317 215 12 149 453 1 308 1.31e-14 75.1
MsG0880045056.01.T02 AT4G22870 38.318 107 58 3 350 452 40 142 5.09e-14 70.1
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MsG0880045056.01.T02 AT3G46500 30.189 159 98 6 259 406 13 169 1.67e-12 66.6
MsG0880045056.01.T02 AT4G16765 27.273 198 131 6 259 445 45 240 9.09e-12 65.5
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MsG0880045056.01.T02 AT4G16765 27.273 198 131 6 259 445 45 240 9.09e-12 65.5
MsG0880045056.01.T02 AT1G52820 27.016 248 151 11 150 381 3 236 9.12e-11 62.8

Find 19 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 365 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CACTTCGGTATTTCTGAGTT+TGG 0.296133 8:-53503444 MsG0880045056.01.T02:three_prime_UTR
TAAAACTCCTGCAGTGTTCA+AGG 0.405071 8:-53503682 MsG0880045056.01.T01:CDS
TGCACTCATCATTCAACATT+AGG 0.443929 8:-53503412 MsG0880045056.01.T02:three_prime_UTR
TATTTCTCACGCAAGCTTGA+AGG 0.469607 8:-53503630 MsG0880045056.01.T01:CDS
GGAGTAATAAGGCTTGGTGC+TGG 0.491129 8:+53503705 None:intergenic
CATATCAAATATAGTCATGT+TGG 0.496795 8:-53503529 MsG0880045056.01.T01:intron
AGTGTGGAAGATTTCTTCAA+AGG 0.508864 8:-53503654 MsG0880045056.01.T01:CDS
AGTGATAGTAATAATGCATT+GGG 0.531223 8:-53503572 MsG0880045056.01.T01:exon
GAGTGATAGTAATAATGCAT+TGG 0.532569 8:-53503573 MsG0880045056.01.T01:exon
CTAATGTCCTTGAACACTGC+AGG 0.547371 8:+53503675 None:intergenic
TATAGTCATGTTGGATGTGA+TGG 0.552305 8:-53503520 MsG0880045056.01.T01:intron
ATAGTAATAATGCATTGGGA+TGG 0.577014 8:-53503568 MsG0880045056.01.T01:intron
CAATCTAGCACTGTGAAATG+TGG 0.587201 8:+53503743 None:intergenic
AGCAACAATTAACTCAGAGA+AGG 0.603268 8:-53503781 MsG0880045056.01.T01:CDS
CAATTAACTCAGAGAAGGAG+AGG 0.612359 8:-53503776 MsG0880045056.01.T01:CDS
AGCACTGTGAAATGTGGCAA+TGG 0.625118 8:+53503749 None:intergenic
GTTCGACAGATATTGACGAA+TGG 0.645000 8:-53503828 MsG0880045056.01.T01:intron
AATTGTACATTGATGACATG+AGG 0.667705 8:-53503605 MsG0880045056.01.T01:CDS
AGTGTTCAAGGACATTAGTG+TGG 0.714770 8:-53503670 MsG0880045056.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ATAAAATAAAATAAAAAAAA+AGG + Chr8:53505392-53505411 None:intergenic 0.0%
!! AAATAAAAAAAAATAACATG+TGG - Chr8:53505830-53505849 MsG0880045056.01.T01:CDS 10.0%
!! AATAAATTCTTGAAAAATAA+TGG - Chr8:53506458-53506477 MsG0880045056.01.T01:intron 10.0%
!! TAAATTATAAATCATTGAAT+TGG + Chr8:53504896-53504915 None:intergenic 10.0%
!!! AAAAGATTTTATGAATTTTA+AGG + Chr8:53507128-53507147 None:intergenic 10.0%
!!! AAGTCAATAATTTTATAATA+AGG + Chr8:53505505-53505524 None:intergenic 10.0%
!!! TATTTTATTTTAATCAAATC+CGG + Chr8:53504679-53504698 None:intergenic 10.0%
!!! TTATTTTTCAAGAATTTATT+TGG + Chr8:53506458-53506477 None:intergenic 10.0%
!! ATAATTATCAATTATGTTAG+AGG + Chr8:53503660-53503679 None:intergenic 15.0%
!! ATTTACAATTTGAATTTCAA+TGG + Chr8:53507208-53507227 None:intergenic 15.0%
!! GTAATATAATATAGTTACTA+GGG + Chr8:53508019-53508038 None:intergenic 15.0%
!! TAAAATAAAAAAAAAGGAGA+CGG + Chr8:53505386-53505405 None:intergenic 15.0%
!! TAATTATCAATTATGTTAGA+GGG + Chr8:53503659-53503678 None:intergenic 15.0%
!! TGTAATATAATATAGTTACT+AGG + Chr8:53508020-53508039 None:intergenic 15.0%
!! TTATACATTGTCAATTATAA+TGG + Chr8:53507923-53507942 None:intergenic 15.0%
!! TTTAAAAAATTACTTTCAGA+CGG + Chr8:53504851-53504870 None:intergenic 15.0%
!!! AAAAATCAATTGTTTCTTAT+AGG - Chr8:53505680-53505699 MsG0880045056.01.T01:CDS 15.0%
!!! AATTAATGTATCTCTTTTTT+TGG + Chr8:53505646-53505665 None:intergenic 15.0%
!!! ATAAGAAACAATTGATTTTT+TGG + Chr8:53505680-53505699 None:intergenic 15.0%
!!! TAAGAAACAATTGATTTTTT+GGG + Chr8:53505679-53505698 None:intergenic 15.0%
!!! TATATGATTTATGGTTTTAT+TGG - Chr8:53505478-53505497 MsG0880045056.01.T01:intron 15.0%
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! TCATCTCATATCAATTTACT+TGG - Chr8:53504961-53504980 MsG0880045056.01.T01:intron 25.0%
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!! ATAATTTTTCTTTGCAGCAA+TGG - Chr8:53505105-53505124 MsG0880045056.01.T01:intron 25.0%
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!!! AATGCTTTTGTTATCAACAT+TGG - Chr8:53507782-53507801 MsG0880045056.01.T01:CDS 25.0%
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!!! AATTTTTCAGAGTGATACAA+AGG - Chr8:53507345-53507364 MsG0880045056.01.T01:intron 25.0%
!!! ACTCTAGCAATTCATTTTTT+GGG + Chr8:53507577-53507596 None:intergenic 25.0%
!!! ATTTTTAGAGTGGTACAAAA+GGG + Chr8:53506360-53506379 None:intergenic 25.0%
!!! ATTTTTCAGAGTGATACAAA+GGG - Chr8:53507346-53507365 MsG0880045056.01.T01:intron 25.0%
!!! CAACATAAACACTTTTTAAC+CGG - Chr8:53504657-53504676 MsG0880045056.01.T01:intron 25.0%
!!! CTATCTTTTTTTCCAAATAG+AGG + Chr8:53506322-53506341 None:intergenic 25.0%
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!!! TAATGTATCTCTTTTTTTGG+TGG + Chr8:53505643-53505662 None:intergenic 25.0%
!!! TATTTTTTTATGACGAGAGA+GGG + Chr8:53507055-53507074 None:intergenic 25.0%
!!! TTATTTTTTTATGACGAGAG+AGG + Chr8:53507056-53507075 None:intergenic 25.0%
AAAATATTGTCTCAGAAACC+AGG - Chr8:53506146-53506165 MsG0880045056.01.T01:intron 30.0%
AAATATTTGGTTACCTTAGG+GGG - Chr8:53506513-53506532 MsG0880045056.01.T01:intron 30.0%
AAGTTATTGTCTGAAGAAGA+TGG - Chr8:53505298-53505317 MsG0880045056.01.T01:intron 30.0%
ACCAAATATTTGGTTACCTT+AGG - Chr8:53506510-53506529 MsG0880045056.01.T01:intron 30.0%
ACTATTCAGTTTCAAACTTG+TGG + Chr8:53505018-53505037 None:intergenic 30.0%
ATAGTAATAATGCATTGGGA+TGG - Chr8:53508377-53508396 MsG0880045056.01.T01:CDS 30.0%
ATGGTTGCGTATATGATTTA+TGG - Chr8:53505469-53505488 MsG0880045056.01.T01:intron 30.0%
CAAATATTTGGTTACCTTAG+GGG - Chr8:53506512-53506531 MsG0880045056.01.T01:intron 30.0%
CATAATATATGCAAGGTATG+AGG - Chr8:53505602-53505621 MsG0880045056.01.T01:intron 30.0%
CATCATATAAAGTTAGTGGA+AGG + Chr8:53504826-53504845 None:intergenic 30.0%
CCAAATATTTGGTTACCTTA+GGG - Chr8:53506511-53506530 MsG0880045056.01.T01:intron 30.0%
CTATTCAGTTTCAAACTTGT+GGG + Chr8:53505017-53505036 None:intergenic 30.0%
CTGTTATAGTTGCAAAACTT+AGG + Chr8:53505776-53505795 None:intergenic 30.0%
GACAATGCATAATATATGCA+AGG - Chr8:53505595-53505614 MsG0880045056.01.T01:intron 30.0%
GAGATGAAACAAAAAGTCAA+TGG + Chr8:53504948-53504967 None:intergenic 30.0%
GAGTGATAGTAATAATGCAT+TGG - Chr8:53508372-53508391 MsG0880045056.01.T01:CDS 30.0%
GGCCTTCAAATAAAAAAAGA+TGG - Chr8:53507731-53507750 MsG0880045056.01.T01:intron 30.0%
GGTCAAGTAACTAAAAAATG+TGG - Chr8:53506479-53506498 MsG0880045056.01.T01:intron 30.0%
GTTATAGTTGCAAAACTTAG+GGG + Chr8:53505774-53505793 None:intergenic 30.0%
TATGTCATGGGATTATATTC+CGG - Chr8:53503570-53503589 MsG0880045056.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
TATTCAGTTTCAAACTTGTG+GGG + Chr8:53505016-53505035 None:intergenic 30.0%
TCTTATAATAAGGAGTTGTC+CGG - Chr8:53506003-53506022 MsG0880045056.01.T01:intron 30.0%
TGATATCAATAGCATTTGCT+TGG + Chr8:53505084-53505103 None:intergenic 30.0%
TTAACTGAGTGGAAAAATAG+CGG + Chr8:53506435-53506454 None:intergenic 30.0%
TTGCTAGAGTTATTTGAAGA+AGG - Chr8:53507587-53507606 MsG0880045056.01.T01:intron 30.0%
TTTACCAAATATTGTCCTTG+GGG + Chr8:53505807-53505826 None:intergenic 30.0%
TTTCTAGATACGTGTAGTAT+GGG - Chr8:53504343-53504362 MsG0880045056.01.T01:CDS 30.0%
TTTGGATTTCTCATGTATGA+TGG + Chr8:53506257-53506276 None:intergenic 30.0%
! AATATTTTCTTCTCTTCCAC+CGG + Chr8:53506134-53506153 None:intergenic 30.0%
! AATTGTACATTGATGACATG+AGG - Chr8:53508340-53508359 MsG0880045056.01.T01:intron 30.0%
! ATAGTCTTGATTGATTACCA+CGG + Chr8:53503401-53503420 None:intergenic 30.0%
! CACACTTGATTGGTTAAAAA+AGG - Chr8:53504918-53504937 MsG0880045056.01.T01:intron 30.0%
! CATTATCTTGGTTCCTTTTA+CGG + Chr8:53503618-53503637 None:intergenic 30.0%
! CCATTTAAAATTAAGGTGGT+AGG - Chr8:53504421-53504440 MsG0880045056.01.T01:CDS 30.0%
! CCTACCACCTTAATTTTAAA+TGG + Chr8:53504424-53504443 None:intergenic 30.0%
! CTGCTGATCTAAAACATAAA+AGG + Chr8:53504095-53504114 None:intergenic 30.0%
! TGAATACTAGACGAATGTTT+TGG - Chr8:53504206-53504225 MsG0880045056.01.T01:CDS 30.0%
! TGGACCATTTAAAATTAAGG+TGG - Chr8:53504417-53504436 MsG0880045056.01.T01:CDS 30.0%
! TTTTCTAGATACGTGTAGTA+TGG - Chr8:53504342-53504361 MsG0880045056.01.T01:CDS 30.0%
!! ATAACAAAAGCATTTGTGAG+AGG + Chr8:53507776-53507795 None:intergenic 30.0%
!! CTTTTATGTTTTAGATCAGC+AGG - Chr8:53504093-53504112 MsG0880045056.01.T01:intron 30.0%
!! TTTTGTTTAAAAAAGGCTCG+AGG + Chr8:53507288-53507307 None:intergenic 30.0%
!!! AACTATAGTTTTGAGAACGA+TGG - Chr8:53504604-53504623 MsG0880045056.01.T01:intron 30.0%
!!! TTGGATTTTGATGGATTTTG+TGG - Chr8:53506757-53506776 MsG0880045056.01.T01:CDS 30.0%
!!! TTTTTTTCCAAATAGAGGGA+TGG + Chr8:53506317-53506336 None:intergenic 30.0%
AACCCAATATATGATCTGTG+TGG - Chr8:53506387-53506406 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
ACTCGAGATTAATCCGTAAA+AGG - Chr8:53503602-53503621 MsG0880045056.01.T01:CDS 35.0%
ACTGAAAAAGCTATGTGTGA+CGG - Chr8:53507520-53507539 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
ACTTCGTTAAAATGTGCGTA+TGG - Chr8:53504397-53504416 MsG0880045056.01.T01:CDS 35.0%
AGACGAACACAAATTGGAAT+GGG - Chr8:53506205-53506224 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
AGCAACAATTAACTCAGAGA+AGG - Chr8:53508164-53508183 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
AGTGTGGAAGATTTCTTCAA+AGG - Chr8:53508291-53508310 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
ATAATTCAATACACCCCCTA+AGG + Chr8:53506529-53506548 None:intergenic 35.0%
ATATAATCCCATGACATACC+CGG + Chr8:53503568-53503587 None:intergenic 35.0%
ATATACGCAACCATTGAGAT+TGG + Chr8:53505463-53505482 None:intergenic 35.0%
ATGTCATGGGATTATATTCC+GGG - Chr8:53503571-53503590 MsG0880045056.01.T01:exon 35.0%
ATTGTGCTAGATACTACAGA+AGG + Chr8:53505244-53505263 None:intergenic 35.0%
CAAGTATGTGACTTTCAAAG+TGG - Chr8:53507866-53507885 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
CCCTAAGGTAACCAAATATT+TGG + Chr8:53506514-53506533 None:intergenic 35.0%
CTAGAGTTATTTGAAGAAGG+AGG - Chr8:53507590-53507609 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
CTATGACATGTAGAAGCTTA+TGG - Chr8:53503908-53503927 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
CTCCAACTCAATGAAATAGA+AGG - Chr8:53507710-53507729 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
GGAATACTAGGGAATAAGTT+TGG + Chr8:53506275-53506294 None:intergenic 35.0%
GGGTCATCATATAAAGTTAG+TGG + Chr8:53504830-53504849 None:intergenic 35.0%
GGTCACACAAACCAAATATT+TGG - Chr8:53506500-53506519 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
GTGCATACTATATCATTGAC+TGG + Chr8:53503789-53503808 None:intergenic 35.0%
GTGTCTACAACAAAACCAAT+CGG + Chr8:53503991-53504010 None:intergenic 35.0%
GTTACCTATATCCTAGGATT+AGG - Chr8:53504035-53504054 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
TATACGCAACCATTGAGATT+GGG + Chr8:53505462-53505481 None:intergenic 35.0%
TATAGTCATGTTGGATGTGA+TGG - Chr8:53508425-53508444 MsG0880045056.01.T01:CDS 35.0%
TATTGGCAGTTGATCAATCA+CGG - Chr8:53506050-53506069 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
TCAGAAATGGTAAAGAAGCT+TGG - Chr8:53505130-53505149 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
TCTACCTAATCCTAGGATAT+AGG + Chr8:53504042-53504061 None:intergenic 35.0%
TGCACTCATCATTCAACATT+AGG - Chr8:53508533-53508552 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
TGTATCAGACGAACACAAAT+TGG - Chr8:53506199-53506218 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
TGTCATTATAAACCTGTTGC+AGG + Chr8:53503737-53503756 None:intergenic 35.0%
TTACCAAATATTGTCCTTGG+GGG + Chr8:53505806-53505825 None:intergenic 35.0%
TTATTTCAACATTAGCCCCA+TGG - Chr8:53505051-53505070 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
TTGTGCTAGATACTACAGAA+GGG + Chr8:53505243-53505262 None:intergenic 35.0%
! ATCGCAACTTTGGAAAAGTT+AGG - Chr8:53505973-53505992 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
! CTTTTCCAAAGTTGCGATTT+TGG + Chr8:53505971-53505990 None:intergenic 35.0%
! TAGTCTTGATTGATTACCAC+GGG + Chr8:53503400-53503419 None:intergenic 35.0%
! TATATCATTGACTGGACGAT+CGG + Chr8:53503781-53503800 None:intergenic 35.0%
! TCGCAACTTTGGAAAAGTTA+GGG - Chr8:53505974-53505993 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
! TTTTAGATCAGCAGGTTTTG+TGG - Chr8:53504101-53504120 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
! TTTTGCTGAACATATCGTTC+TGG + Chr8:53505214-53505233 None:intergenic 35.0%
!! AACATATCGTTCTGGAACTT+TGG + Chr8:53505206-53505225 None:intergenic 35.0%
!! AGTTAGTGGAAGGTCATTTT+AGG + Chr8:53504816-53504835 None:intergenic 35.0%
!! TTCATTGAGTTGGAGAAGAA+TGG + Chr8:53507705-53507724 None:intergenic 35.0%
!! TTGAGTCCAATGACTTTTTC+TGG + Chr8:53507656-53507675 None:intergenic 35.0%
!! TTTTACGGATTAATCTCGAG+TGG + Chr8:53503603-53503622 None:intergenic 35.0%
!!! AGTTTTGAGAACGATGGATT+TGG - Chr8:53504610-53504629 MsG0880045056.01.T01:intron 35.0%
!!! CAGGAGTTTTAGGAGTAATA+AGG + Chr8:53508254-53508273 None:intergenic 35.0%
!!! GTTTTAGGAGTAATAAGGCT+TGG + Chr8:53508249-53508268 None:intergenic 35.0%
!!! TCCAATGACTTTTTCTGGTT+GGG + Chr8:53507651-53507670 None:intergenic 35.0%
!!! TGTATCTCTTTTTTTGGTGG+TGG + Chr8:53505640-53505659 None:intergenic 35.0%
AAATCGATGACTGGAACTTG+TGG + Chr8:53505274-53505293 None:intergenic 40.0%
AACTTCTGCAAATCGATGAC+TGG + Chr8:53505283-53505302 None:intergenic 40.0%
AATTTCACCGGGTATGTCAT+GGG - Chr8:53503558-53503577 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
ACCGAGTCAAAATTGACCTT+GGG - Chr8:53505883-53505902 MsG0880045056.01.T01:CDS 40.0%
AGAGAGACAAAGAGAGGAAT+GGG + Chr8:53506977-53506996 None:intergenic 40.0%
AGGGGGCCTTTCTTATAATA+AGG - Chr8:53505993-53506012 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
AGTGAGTTCTACCTAATCCT+AGG + Chr8:53504049-53504068 None:intergenic 40.0%
AGTGTTCAAGGACATTAGTG+TGG - Chr8:53508275-53508294 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
ATCGCAACTTCGTGAAAGTT+AGG + Chr8:53505726-53505745 None:intergenic 40.0%
ATCGGTTGATTATACGTGTG+TGG + Chr8:53503973-53503992 None:intergenic 40.0%
ATGGAAAGAACCTGAATGGT+TGG + Chr8:53506298-53506317 None:intergenic 40.0%
ATTTGCTTGGATCACTTCCA+TGG + Chr8:53505071-53505090 None:intergenic 40.0%
CAATCTAGCACTGTGAAATG+TGG + Chr8:53508205-53508224 None:intergenic 40.0%
CAATTAACTCAGAGAAGGAG+AGG - Chr8:53508169-53508188 MsG0880045056.01.T01:CDS 40.0%
CACACGTATAATCAACCGAT+TGG - Chr8:53503973-53503992 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
CAGACGAACACAAATTGGAA+TGG - Chr8:53506204-53506223 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
CGATCATGCATGCAAAGAAT+GGG - Chr8:53505339-53505358 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
CGTAAGCAATTACCGCTAAA+CGG - Chr8:53503362-53503381 MsG0880045056.01.T02:three_prime_UTR 40.0%
GAGTTGGAGAAGAATGGTAA+GGG + Chr8:53507699-53507718 None:intergenic 40.0%
GATCATGCATGCAAAGAATG+GGG - Chr8:53505340-53505359 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
GATTGCCAAAATCGCAACTT+TGG - Chr8:53505963-53505982 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
GCATTTGTGAGAGGCTTAAT+AGG + Chr8:53507767-53507786 None:intergenic 40.0%
GGCCACACAGATCATATATT+GGG + Chr8:53506392-53506411 None:intergenic 40.0%
GGCCTTCTATTTCATTGAGT+TGG + Chr8:53507715-53507734 None:intergenic 40.0%
GTAAGCAATTACCGCTAAAC+GGG - Chr8:53503363-53503382 MsG0880045056.01.T02:three_prime_UTR 40.0%
GTCACGCAACTGAAAAAATG+TGG + Chr8:53506413-53506432 None:intergenic 40.0%
GTTCGACAGATATTGACGAA+TGG - Chr8:53508117-53508136 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
GTTCTTTCCATCCCTCTATT+TGG - Chr8:53506307-53506326 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
TAAAACTCCTGCAGTGTTCA+AGG - Chr8:53508263-53508282 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
TACCAAATATTGTCCTTGGG+GGG + Chr8:53505805-53505824 None:intergenic 40.0%
TAGATACTACAGAAGGGTCT+TGG + Chr8:53505237-53505256 None:intergenic 40.0%
TATTTCTCACGCAAGCTTGA+AGG - Chr8:53508315-53508334 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
TCGATCATGCATGCAAAGAA+TGG - Chr8:53505338-53505357 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
TCGCAACTTCGTGAAAGTTA+GGG + Chr8:53505725-53505744 None:intergenic 40.0%
TCGGAAAACTGTCACTATCA+TGG + Chr8:53503826-53503845 None:intergenic 40.0%
TGAATGGTTGGGGAATACTA+GGG + Chr8:53506286-53506305 None:intergenic 40.0%
TGGAAAGAACCTGAATGGTT+GGG + Chr8:53506297-53506316 None:intergenic 40.0%
TGGCCACACAGATCATATAT+TGG + Chr8:53506393-53506412 None:intergenic 40.0%
TGTATGTGTCCCAATCTCAA+TGG - Chr8:53505450-53505469 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
TGTCACAGGTGCAAAACTTA+GGG - Chr8:53505915-53505934 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
TGTCATGGGATTATATTCCG+GGG - Chr8:53503572-53503591 MsG0880045056.01.T01:exon 40.0%
TTTGCTTGGATCACTTCCAT+GGG + Chr8:53505070-53505089 None:intergenic 40.0%
! ATATCATTGACTGGACGATC+GGG + Chr8:53503780-53503799 None:intergenic 40.0%
! CACTTCGGTATTTCTGAGTT+TGG - Chr8:53508501-53508520 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
! CGCAACTTTGGAAAAGTTAG+GGG - Chr8:53505975-53505994 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
! GCAACTTTGGAAAAGTTAGG+GGG - Chr8:53505976-53505995 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
! TCTTTTCGTTATCCATGCCA+GGG - Chr8:53503442-53503461 MsG0880045056.01.T02:three_prime_UTR 40.0%
! TGAGTTGGAGAAGAATGGTA+AGG + Chr8:53507700-53507719 None:intergenic 40.0%
! TGCAGCAATGGATTCAGAAA+TGG - Chr8:53505117-53505136 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
! TTGAACACTGCAGGAGTTTT+AGG + Chr8:53508264-53508283 None:intergenic 40.0%
! TTTTTATGACGAGAGAGGGA+GGG + Chr8:53507051-53507070 None:intergenic 40.0%
!! GTCCAATGACTTTTTCTGGT+TGG + Chr8:53507652-53507671 None:intergenic 40.0%
!!! CCAATGACTTTTTCTGGTTG+GGG + Chr8:53507650-53507669 None:intergenic 40.0%
!!! TTGGTTTTGTTGTAGACACG+TGG - Chr8:53503992-53504011 MsG0880045056.01.T01:intron 40.0%
!!! TTTTTTATGACGAGAGAGGG+AGG + Chr8:53507052-53507071 None:intergenic 40.0%
AAGAAGGAGGTCAAGCAATG+AGG - Chr8:53507603-53507622 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
AAGGTATGAGGTTCGAACCT+CGG - Chr8:53505614-53505633 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
ACCAGTCGAGGATTCTTGTT+TGG - Chr8:53504176-53504195 MsG0880045056.01.T01:CDS 45.0%
ACGTTATGCAGGTAGCTGAA+TGG - Chr8:53504130-53504149 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
ACTTCGTGAAAGTTAGGGAG+CGG + Chr8:53505720-53505739 None:intergenic 45.0%
AGAGAGACGAAGAGAGAAGA+GGG + Chr8:53506903-53506922 None:intergenic 45.0%
AGCACTGTGAAATGTGGCAA+TGG + Chr8:53508199-53508218 None:intergenic 45.0%
AGCCTCGATAGGAATTTCAC+CGG - Chr8:53503546-53503565 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
AGGGATGGAAAGAACCTGAA+TGG + Chr8:53506302-53506321 None:intergenic 45.0%
ATACGAGAGGTTCACGTTAG+GGG - Chr8:53503467-53503486 MsG0880045056.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
ATTCCTATCGAGGCTAACAC+CGG + Chr8:53503541-53503560 None:intergenic 45.0%
CAAAGAATGGGGTTTCTTCC+AGG - Chr8:53505351-53505370 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
CAACATTGGAGACATGCTAG+AGG - Chr8:53507796-53507815 MsG0880045056.01.T01:CDS 45.0%
CAGAAACCAGGAGATATGGA+AGG - Chr8:53506158-53506177 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
CCAAGACTTCTTCAATCTGC+CGG - Chr8:53506112-53506131 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
CCAGGAGATATGGAAGGTTT+CGG - Chr8:53506164-53506183 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
CCCCAACCAGAAAAAGTCAT+TGG - Chr8:53507647-53507666 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
CCGAGTCAAAATTGACCTTG+GGG - Chr8:53505884-53505903 MsG0880045056.01.T01:CDS 45.0%
CCTAGGATATAGGTAACCTC+AGG + Chr8:53504032-53504051 None:intergenic 45.0%
CCTGAGGTTACCTATATCCT+AGG - Chr8:53504029-53504048 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
CGAGTCAAAATTGACCTTGG+GGG - Chr8:53505885-53505904 MsG0880045056.01.T01:CDS 45.0%
CTAATGTCCTTGAACACTGC+AGG + Chr8:53508273-53508292 None:intergenic 45.0%
CTAGTATTCCCCAACCATTC+AGG - Chr8:53506285-53506304 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
CTGAATGGTTGGGGAATACT+AGG + Chr8:53506287-53506306 None:intergenic 45.0%
CTGTCACAGGTGCAAAACTT+AGG - Chr8:53505914-53505933 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
GAATTTCACCGGGTATGTCA+TGG - Chr8:53503557-53503576 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
GACCGAGTCAAAATTGACCT+TGG - Chr8:53505882-53505901 MsG0880045056.01.T01:CDS 45.0%
GAGAGAGACAAAGAGAGGAA+TGG + Chr8:53506978-53506997 None:intergenic 45.0%
GATACGAGAGGTTCACGTTA+GGG - Chr8:53503466-53503485 MsG0880045056.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
GGAAACTAAGACCACTACGT+CGG + Chr8:53503845-53503864 None:intergenic 45.0%
GGAAAGAACCTGAATGGTTG+GGG + Chr8:53506296-53506315 None:intergenic 45.0%
GGACTCAATCCTCATTCTGA+TGG - Chr8:53507668-53507687 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
GGTAACCTCAGGAAAACCTA+TGG + Chr8:53504021-53504040 None:intergenic 45.0%
GTCACAGGTGCAAAACTTAG+GGG - Chr8:53505916-53505935 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
GTCTCAGAAACCAGGAGATA+TGG - Chr8:53506154-53506173 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
TAGGTATATGCTCCTGCAAC+AGG - Chr8:53503722-53503741 MsG0880045056.01.T01:CDS 45.0%
TCACAGGTGCAAAACTTAGG+GGG - Chr8:53505917-53505936 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
TCACGGAGTCGATCCTTTAT+TGG - Chr8:53506067-53506086 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
TCCAAACAAGAATCCTCGAC+TGG + Chr8:53504180-53504199 None:intergenic 45.0%
TTGCTTGGATCACTTCCATG+GGG + Chr8:53505069-53505088 None:intergenic 45.0%
TTTACAAGCTCCTGGACAGA+AGG + Chr8:53505172-53505191 None:intergenic 45.0%
! CTTTTCGTTATCCATGCCAG+GGG - Chr8:53503443-53503462 MsG0880045056.01.T02:three_prime_UTR 45.0%
! GAGTGGTACAAAAGGGTGTA+CGG + Chr8:53506353-53506372 None:intergenic 45.0%
! GTCTTTTCGTTATCCATGCC+AGG - Chr8:53503441-53503460 MsG0880045056.01.T02:three_prime_UTR 45.0%
! TATCATTGACTGGACGATCG+GGG + Chr8:53503779-53503798 None:intergenic 45.0%
! TGAGCTTAGCTCAGTTGGTA+TGG - Chr8:53505573-53505592 MsG0880045056.01.T01:intron 45.0%
! TTTTCGTTATCCATGCCAGG+GGG - Chr8:53503444-53503463 MsG0880045056.01.T02:three_prime_UTR 45.0%
!! CGTTCTGGAACTTTGGTGAT+GGG + Chr8:53505199-53505218 None:intergenic 45.0%
!! TCGTTCTGGAACTTTGGTGA+TGG + Chr8:53505200-53505219 None:intergenic 45.0%
!!! ACTTTTTCTGGTTGGGGACA+AGG + Chr8:53507644-53507663 None:intergenic 45.0%
!!! CCCCAAGGTCAATTTTGACT+CGG + Chr8:53505887-53505906 None:intergenic 45.0%
AAATGCCCTGCATACCATGG+CGG + Chr8:53503873-53503892 None:intergenic 50.0%
AACATGTGGCACCTCACTCA+GGG - Chr8:53505844-53505863 MsG0880045056.01.T01:CDS 50.0%
AATCTCGAGTGGAGTAACCC+CGG + Chr8:53503592-53503611 None:intergenic 50.0%
AATGGGAGAGAGACGAAGAG+AGG + Chr8:53506960-53506979 None:intergenic 50.0%
ACCCGGTGAAATTCCTATCG+AGG + Chr8:53503551-53503570 None:intergenic 50.0%
ACCGCTAAACGGGTAGGTTA+CGG - Chr8:53503373-53503392 MsG0880045056.01.T02:three_prime_UTR 50.0%
AGACTTCTTCAATCTGCCGG+TGG - Chr8:53506115-53506134 MsG0880045056.01.T01:intron 50.0%
AGAGAGACGAAGAGAGGAGA+GGG + Chr8:53506954-53506973 None:intergenic 50.0%
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAG+AGG + Chr8:53506867-53506886 None:intergenic 50.0%
AGAGAGAGAGGGCAACAGAA+GGG + Chr8:53507002-53507021 None:intergenic 50.0%
AGGAGACGGTGATTCAAACC+TGG + Chr8:53505372-53505391 None:intergenic 50.0%
AGGGCAGTACCATCAGAATG+AGG + Chr8:53507680-53507699 None:intergenic 50.0%
CACGACATTAAGAGGAGTCC+CGG - Chr8:53503519-53503538 MsG0880045056.01.T01:intron 50.0%
CCGAAACCTTCCATATCTCC+TGG + Chr8:53506167-53506186 None:intergenic 50.0%
CCGGCAGATTGAAGAAGTCT+TGG + Chr8:53506115-53506134 None:intergenic 50.0%
CGGAGTCGATCCTTTATTGG+TGG - Chr8:53506070-53506089 MsG0880045056.01.T01:intron 50.0%
CTGGATATGCTCCGCAATGT+AGG - Chr8:53503492-53503511 MsG0880045056.01.T01:three_prime_UTR 50.0%
GAAGCTTGGAACCTCTCTCT+TGG - Chr8:53505144-53505163 MsG0880045056.01.T01:intron 50.0%
GACTCCTCTTAATGTCGTGC+GGG + Chr8:53503518-53503537 None:intergenic 50.0%
GAGAGAGACGAAGAGAGAAG+AGG + Chr8:53506904-53506923 None:intergenic 50.0%
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGA+GGG + Chr8:53506866-53506885 None:intergenic 50.0%
GCAATTACCGCTAAACGGGT+AGG - Chr8:53503367-53503386 MsG0880045056.01.T02:three_prime_UTR 50.0%
GCCTCGATAGGAATTTCACC+GGG - Chr8:53503547-53503566 MsG0880045056.01.T01:intron 50.0%
GCTAAATGCCCTGCATACCA+TGG + Chr8:53503876-53503895 None:intergenic 50.0%
GGACTCCTCTTAATGTCGTG+CGG + Chr8:53503519-53503538 None:intergenic 50.0%
GGATACGAGAGGTTCACGTT+AGG - Chr8:53503465-53503484 MsG0880045056.01.T01:three_prime_UTR 50.0%
GTACATGTTCGTACCAGTCG+AGG - Chr8:53504164-53504183 MsG0880045056.01.T01:CDS 50.0%
TAACATGTGGCACCTCACTC+AGG - Chr8:53505843-53505862 MsG0880045056.01.T01:CDS 50.0%
TACGAGAGGTTCACGTTAGG+GGG - Chr8:53503468-53503487 MsG0880045056.01.T01:three_prime_UTR 50.0%
TCCGTAACCTACCCGTTTAG+CGG + Chr8:53503377-53503396 None:intergenic 50.0%
TGTAGACACGTGGTGACCAT+AGG - Chr8:53504002-53504021 MsG0880045056.01.T01:intron 50.0%
TGTGGCAAGAGACGTTATGC+AGG - Chr8:53504119-53504138 MsG0880045056.01.T01:intron 50.0%
TTCCTATCGAGGCTAACACC+GGG + Chr8:53503540-53503559 None:intergenic 50.0%
TTGGGGGCTAAAACTGTCAC+AGG - Chr8:53505901-53505920 MsG0880045056.01.T01:intron 50.0%
! GGTGACCATAGGTTTTCCTG+AGG - Chr8:53504013-53504032 MsG0880045056.01.T01:intron 50.0%
! GTGACAGTTTTCCGACGTAG+TGG - Chr8:53503831-53503850 MsG0880045056.01.T01:intron 50.0%
! TGGGTTGCTTTACAAGCTCC+TGG + Chr8:53505180-53505199 None:intergenic 50.0%
!! ATAACAGTTTTGGCCCCCCA+AGG - Chr8:53505789-53505808 MsG0880045056.01.T01:CDS 50.0%
!! GGAGTAATAAGGCTTGGTGC+TGG + Chr8:53508243-53508262 None:intergenic 50.0%
!! TGTGACAGTTTTAGCCCCCA+AGG + Chr8:53505902-53505921 None:intergenic 50.0%
!!! TCTTTTTTTGGTGGTGGCCG+AGG + Chr8:53505634-53505653 None:intergenic 50.0%
!!! TTTTCTGGTTGGGGACAAGG+AGG + Chr8:53507641-53507660 None:intergenic 50.0%
AGAGAGAGGGCAACAGAAGG+GGG + Chr8:53507000-53507019 None:intergenic 55.0%
AGGGAGAGAGAGACGAAGAG+AGG + Chr8:53506935-53506954 None:intergenic 55.0%
AGGGGGAGAGAGACAAAGAG+AGG + Chr8:53506983-53507002 None:intergenic 55.0%
CCAACTGAGCTAAGCTCACG+AGG + Chr8:53505571-53505590 None:intergenic 55.0%
CCTCGTGAGCTTAGCTCAGT+TGG - Chr8:53505568-53505587 MsG0880045056.01.T01:intron 55.0%
GAGAGAGACGAAGAGAGGAG+AGG + Chr8:53506955-53506974 None:intergenic 55.0%
GAGAGAGAGACGAAGAGAGG+GGG + Chr8:53506932-53506951 None:intergenic 55.0%
GAGAGAGAGAGGGCAACAGA+AGG + Chr8:53507003-53507022 None:intergenic 55.0%
GAGAGAGAGGGCAACAGAAG+GGG + Chr8:53507001-53507020 None:intergenic 55.0%
GGAGAGAGAGACGAAGAGAG+GGG + Chr8:53506933-53506952 None:intergenic 55.0%
GGCCCCCCAAGGACAATATT+TGG - Chr8:53505800-53505819 MsG0880045056.01.T01:CDS 55.0%
GGGAGAGAGAGACGAAGAGA+GGG + Chr8:53506934-53506953 None:intergenic 55.0%
TAGGCCCGCACGACATTAAG+AGG - Chr8:53503511-53503530 MsG0880045056.01.T01:intron 55.0%
TTAGTTTCCCCTGACCGCCA+TGG - Chr8:53503856-53503875 MsG0880045056.01.T01:intron 55.0%
!! GACAGAAGGCACCAAGAGAG+AGG + Chr8:53505158-53505177 None:intergenic 55.0%
!! TCTCTTGGTGCCTTCTGTCC+AGG - Chr8:53505159-53505178 MsG0880045056.01.T01:intron 55.0%
CCTGACCGCCATGGTATGCA+GGG - Chr8:53503865-53503884 MsG0880045056.01.T01:intron 60.0%
CCTGCATACCATGGCGGTCA+GGG + Chr8:53503867-53503886 None:intergenic 60.0%
CTGCATACCATGGCGGTCAG+GGG + Chr8:53503866-53503885 None:intergenic 60.0%
GAGGTTCACGTTAGGGGGAC+TGG - Chr8:53503473-53503492 MsG0880045056.01.T01:three_prime_UTR 60.0%
GTGAACCTCTCGTATCCCCC+TGG + Chr8:53503462-53503481 None:intergenic 60.0%
TGTCGTGCGGGCCTACATTG+CGG + Chr8:53503506-53503525 None:intergenic 60.0%
! GTCCCGGTGTTAGCCTCGAT+AGG - Chr8:53503535-53503554 MsG0880045056.01.T01:intron 60.0%
!! TGACTCGGTCTACGCTGACG+TGG + Chr8:53505872-53505891 None:intergenic 60.0%
ACGGGTAGGTTACGGACCCG+TGG - Chr8:53503381-53503400 MsG0880045056.01.T02:three_prime_UTR 65.0%
CCATGCCAGGGGGATACGAG+AGG - Chr8:53503454-53503473 MsG0880045056.01.T02:three_prime_UTR 65.0%
CCCTGACCGCCATGGTATGC+AGG - Chr8:53503864-53503883 MsG0880045056.01.T01:intron 65.0%
CCCTGCATACCATGGCGGTC+AGG + Chr8:53503868-53503887 None:intergenic 65.0%
CCTCTCGTATCCCCCTGGCA+TGG + Chr8:53503457-53503476 None:intergenic 65.0%
CTGACGTGGCACCCTGAGTG+AGG + Chr8:53505858-53505877 None:intergenic 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 53503341 53508626 53503341 ID=MsG0880045056.01;Name=MsG0880045056.01
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Chr8 three_prime_UTR 53503341 53503589 53503341 ID=MsG0880045056.01.T02:three_prime_utr;Parent=MsG0880045056.01.T02
Gene Sequence

>MsG0880045056.01.T01

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>MsG0880045056.01.T02

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Protein sequence

>MsG0880045056.01.T01

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>MsG0880045056.01.T02

MCELEQTRGYERFTLGGLDMLRNVGPHDIKRSPGVSLDRNFTGYVMGLYSGVTPLEINPYMLLQQVYNDTVDDISLPDRPVNDIVAEWILIKYMFVPVEDSCLDSTMDSEMVKKLGTSLLVPSVQELVKQPITKVPERYVQQNQDPSVVSSTISLPQVPVIDLQKLLSEEDGTELQKFDHACKEWGFFQLINHGVDPLLVENFKKLVQDFFNLPVEEKKILSQKPGDMEGFGQMFVVSDEHKLEWADLFYIVTHPSYMRNPNLFPSIPQPFRENLEMYSLELKKLCVTVVEFMSKALKIPKNELLELFEEGGQAMRMNYYPPCPQPEKVIGLNPHSDGTALTILLQLNEIEGLQIKKDGMWIPIKPLTNAFVINIGDMLEILTNGIYRSIEHRATINSEKERISIATFHSARLNAILAPAPSLITPKTPAVFKDISVEDFFKGYFSRKLEGKLYIDDMRMKNE*