AlfalfaGEDB | MS.gene032127

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene032127

KEGG: -
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PFAM: PF00010.29

Nr:

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Swissprot:

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MS.gene032127.t1	Q9C690	35.5	408	201	9	5	404	12	365	2.5e-39	164.5

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Trembl:

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MS.gene032127.t1	TF	bHLH

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Protein Kinases:

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No data available in table

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Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
No data available in table

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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
MS.gene041017	MS.gene032127	PPI
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MS.gene95775	MS.gene032127	PPI

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MS.gene032127.t1	MTR_2g098310	94.103	407	13	3	1	407	1	396	0.0	773
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MS.gene032127.t1	MTR_4g065870	49.057	424	142	15	1	381	1	393	8.03e-120	354
MS.gene032127.t1	MTR_1g052470	40.662	423	158	13	3	402	5	357	7.17e-74	235
MS.gene032127.t1	MTR_3g027650	35.523	411	211	13	3	404	18	383	6.47e-50	174

Showing 1 to 10 of 43 entries

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MS.gene032127.t1	AT1G51140	38.293	410	187	13	5	404	12	365	1.41e-62	206
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MS.gene032127.t1	AT2G42280	37.717	403	156	14	16	402	15	338	8.97e-61	201
MS.gene032127.t1	AT2G43140	64.516	93	32	1	313	404	103	195	1.32e-32	122
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MS.gene032127.t1	AT2G42280	31.579	361	152	14	16	360	15	296	8.28e-31	120
MS.gene032127.t1	AT2G43140	38.367	245	102	10	175	404	82	292	1.32e-30	119
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Find 66 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AACAAACACAGCAGATATGT+TGG	0.533839	2.1:-6020657	MS.gene032127:CDS
AACAGTGAAAGAAGAAGAGG+AGG	0.570389	2.1:-6022813	MS.gene032127:CDS
AACTCTGTTCCTTCTTCTCA+TGG	0.404649	2.1:-6022671	MS.gene032127:CDS
AAGTCATGGTAACGAATATA+TGG	0.373522	2.1:-6021584	MS.gene032127:CDS
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AATGAAGAAAATGAAGCTTT+TGG	0.348594	2.1:-6021610	MS.gene032127:CDS
AATGTTTCTTCTGGTTTAGA+TGG	0.373647	2.1:-6022608	MS.gene032127:CDS
ACAACAACAAGATCAGGGTT+TGG	0.506743	2.1:-6022768	MS.gene032127:CDS
ACAAGATCTGGTCCCAAACA+TGG	0.576424	2.1:-6020792	MS.gene032127:CDS
ACATTCTGATTTGGCAAAGG+TGG	0.545087	2.1:+6022626	None:intergenic

Showing 1 to 10 of 66 entries

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr2.1	gene	6013136	6023065	6013136	ID=MS.gene032127
chr2.1	mRNA	6013136	6023065	6013136	ID=MS.gene032127.t1;Parent=MS.gene032127
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chr2.1	CDS	6021207	6021380	6021207	ID=cds.MS.gene032127.t1;Parent=MS.gene032127.t1
chr2.1	exon	6020787	6020852	6020787	ID=MS.gene032127.t1.exon4;Parent=MS.gene032127.t1
chr2.1	CDS	6020787	6020852	6020787	ID=cds.MS.gene032127.t1;Parent=MS.gene032127.t1
chr2.1	exon	6020613	6020681	6020613	ID=MS.gene032127.t1.exon5;Parent=MS.gene032127.t1
chr2.1	CDS	6020613	6020681	6020613	ID=cds.MS.gene032127.t1;Parent=MS.gene032127.t1
chr2.1	exon	6013136	6013150	6013136	ID=MS.gene032127.t1.exon6;Parent=MS.gene032127.t1
chr2.1	CDS	6013136	6013150	6013136	ID=cds.MS.gene032127.t1;Parent=MS.gene032127.t1

Gene Sequence

>MS.gene032127

ATGGAGTCAGATCTTCATCAACAACAACAAGCACAAGTAAATTCTTCAGGTTTAACAAGGTTTAAATCAGCACCAAGTTCATATTTCAACAACATCATTGACAGAGAATTCTACGAGCATGTTTTCAATAAACCATCAAGTCCAGAAACAGAGCGAGTTTTTTCAAGGTTTATTAACAGTTTTGGTTCAGAAGATGATTTACTAGCAGCTCAAAAAATCTCAGTAGATTCAACAGTGAAAGAAGAAGAGGAGGTTAATATTAATCATCAACAACAACAACAACAAGATCAGGGTTTGGCTTCAATCGACAATGAACATGTGGTTCATCAGCAGAGTAATATCAATATCAATATCAGTGATAATAATTATAACAACTCTGTTCCTTCTTCTCATGGTTTTTATCAAAGCTCTATGATGCCACCTTTGCCAAATCAGAATGTTTCTTCTGGTTTAGATGGAAGTTTTTCAATGGGAGTTAATAGGTTGCAGCCAGTGAAGAATCATGGTGGAAATAATTCAAATCTTATTAGACATAGTAGTTCACCAGCTGGATTATTTTCTCAAATTAACATTGAAAATGGTATGTTTCATATCTTCTAGTATGTGTTTTCTTTGTTACGCACTTTTGGTCCCTCTATTTTAACAGAAACGAGATTTAATTTTCGTTTCCAAATCTGAAATTTTAGTCACATTTTTCAAGTGTTTCAAGATTTTTATTTTGTACGACGTGTAATATTTATTAACCAAGTGTAATTACACTTGATTATGTGACATTACTGATTTTTGATCCGAAATGGTGGATTTTATTAGAATAAGTTTACATATTTGATCTATAAAATTGAAGAAAATGAATTGTAAAAGGTTTTCTGGTTAAAATTAGTACACGTTACTGGTATGTGGACTTGTAAGGTACTGTCCGTGGCATGTACAACTTCAATAAATTGATTTCAACCCAGTTTTCCTTGTCCTACTTTAAAGAGAAAAAAATATAATTTTCCTAGAAAAATGTTAAATTTGAAAATTTTCTTGTCAGGGGTTTTATGATGCTACTATATATTAAAGATCTCTTTAGGGTAACATATACTTTTTAATATTTGCTATTATGTGGACATTATATTTTATACTTTGTACTTGTTGCAACAAGTGGTGAAAAAAAAAAACCCTAGTGGGAATATTAGTTATTACTTATTAGGCTTCATTTTTGTCCCCAAACTATTTTATTTCTTTAACATATAGATTGTTATAGTGATGTTATGCAAGTTTAATTGGCAGGTTATGTTAGTATGAGAGGAATGGGAACTTTAGGAGCTGTTAATAATTCTATGAAAGAACCAAAATTTTCTACTTCAAGGAATTTGAAGAATCAATCAAACTATTCATCAGGGTTAATGTCAACAATAGCAGAAGTTGGTGACAAAGGCAATAGAGAAAATAATGAAGAAAATGAAGCTTTTGGTGAAAGTCATGGTAACGAATATATGGATTATCAGGTTGATACTTGGGATGATTCTGAAATGATGTCTGAAAATGTTGGTGGTTTAAAAAGATTTAGAGATAATGATTCAAAACAACAATTTTCTGGTTTAAATGTTCAGGTAGAATACTATCTAGCATTGGTTAATTTGATCTTAAGTGTAGTTTCTTAATGGAATTTCATTTGACATGATTTTGTTATGGTTGATTAGAATGAAACAGGAGGAGGACATTCTAATTCTCCTTTGGCTCATCAATTGAGTATGCCAAATACTTCATCTGAAATGGCAGCTATGGAGAAGTTTCTGCATTTCTCAGATTCTGTTCCGATGAAAATTCGTGCCAAGCGAGGTTGTGCCACCCACCCAAGAAGCATTGCCGAAAGGGTATGGATTATTGATTTACAATATTTTTTTACCTTTTAGTTCTTATGAGGCAAGTAAAGTCTGATCAACGATTGTTTCAGTCAATATTCGAGCTCAAGACAATTTGTCCTTAACCGAAGCTTATTAACCATTTGAGCAAACCACTTGGTTATAGATAATTCTAATTGACAACAATTTCCCTATATTACTTTTCTTTTGTTTAGGAAATCATAAACCAATTTACATATTTAGTTTTTGTATAGTACTATTAAGACATGATTTTTGGGGCCAATATATGTACATTGAGGTTCATTTTATTTGAGTTTACTAACTATATAAATTAATACTCTTAACACATCATTAAATTGGCTTCAGGTTAGAAGGACTAAAATTAGTGAGCGTATGAGGAAGCTACAAGATCTGGTCCCAAACATGGATAAGGTACCATGCTTCATGATTGGTTTTAACATTTGTAAAGTCTCAAACCATACATTAATTTATGTGAATGCTTTAAGATACAACGTTGTTTCTCTCCCTTTTTTGAAGCAAACAAACACAGCAGATATGTTGGACTTGGCTGTGGATTACATCAAAGACCTTCAAAAGCAAGCTCAGGTATTTCAAAATGCAATATCTCAACTATATATGTCTATATATATCTTTATCGTATTTATTATTATGAATTATTACCTAATTAATTTTCTTCCAACACTTGTATAGAAGCTTCAAGATTGTCAAGCAAAGTGTACGTGCCCACACAAGCAGCAACAACAACAATAACAATAACGGCAAAGAGTGAATTAATTAATTAGTCCATGTACAGATTTGTAATAATTTGGTATCACCAAGTTAGAATCTACCTAGATTAGCTTTTATTTGTTACTGCACTTAATTCCAAAGATAAATTCATTCACCCCTTGATGTACATAATGAAGATGGAGATAAATTAGTAGGGTTGCACTTCTTTCTTCAACAATTATGGGAACTAGCTAGGGAAGAAAAGTGGGTTATAAATTAAGTTGAGTGTAATTGAGGGAAGCAAGTATGTATGTACAAAAAGTCCATGTGGTAAGTAGATCCAATTTAAGCATTTAGGGCCCATATTTGGTGATGAAATCTATTGGTATTGCCGTATAATAACAAATGTGTACGTTTACGCTTTCACATTGAATGGTTGGCATTGGATTATAACATGGTGGGCGCCGAGACGCCGACACATTTTTGTTGGTTATATGATATGATGAATTTGTATTTGAGGTTTACCGTTTACATTACTCTTTTCATTTTGTTTCTTCAATGTTGGTGATGTTTGGTAAAGCCAACTGGTGGTTCTCATTTGCATTCTGGTGTTAGTTATCTAAAGTTGAAAGAATCTCCTTTACTTCATACATTTTGAGTCAAAGACATTATTACTATATTTCATCCCTTAAAAGTGTACGAACTCTTTTATATTTTGACGAAGTGTCAAATATTCGTTAGAGTAATATTAGTAACACTCACTTTTGAACACTCATTCGAGCACTCACTTTTTTATTGAATGTAATGTTAGCATTTTCCTAGTACAAAGTCAGTGCGAAGGGTATGATGTAATATGATTTAAGAGACAATTTTTGTTTGCAAACGTGTCTCCTCATTGTTGTTATGAAGATTTGTTTTGGGGGAACACACTACTAGTTTGATTAATTGGTTAGGGATGACATAATGAGTTGAACATGTTGAATTGAGCTGTTCAACTACTCCTATATATTTTTTTTGTTGGTGAAGTATAGATTGAGATTTTCAACCCTTCAACCCATCTTCATCCGTCATACATAACTTCTAAAAATGCAGACCATGGGAAGATTGGTTCGTCAGCTAAGTTTTTATTTTTTATTTAACTACATATCAACTTGCCTAACAATTAACGTATGCTACTTGCTTTTATTAGTGGTAATGGGGCTCGACAGTTTTTTTAACCTTAGTTAGATGTCAAAACTAGTTTTTCTTCCTTATTATTGAAAAGTAGATTGAGGAGGTAATAGTGATTACATGTGAAAACAAACGAAGAAATGTAGTTCTTATAAATTGAGTTTCTTTTCTTAAAAGATAAGTTTGATCAGAAAAAATGAAATTTAAACTTTTGTATTAATTTAAAACTTTCCACATAATTTTATTAAAAATTATTTTTAACATTCACTTTTATATTGAGCGAAACTCATGCGGGTCTTACCATTTTATGTGGAATCTATTTTCAAAGTGTGGTACCCATATAAATTTCACTCAATAAAAGACCGAGTATTAGAGAACCTTGAAAAGAGAGTATTTATAACACTAATCATTCCTTGAGACCCACTATCATTTCAATTGTCGTGATAAACATAAATATGGAGATAGAAATAATTTCGTTGGGTATCTTTGGATGCCCTAAAGGGGAAAATGCATGCATTTTGGGCTGTTTTTGAGAGTTGATGATTTTATACTGTAGTGCCTCTTTTTGTTTGTTTTTTTGTAAATAGAGTTAATATGCTTTAAAGTGAAAAAGTTAGGATATATATGGCACAACTAGAAACAGTGGACAAGAGTGTCGCCATAAGCATATCTCTATTGGGCCAAAATGTGGGGTCCAAATCTAAATCCATTGAAGTGAAGGCCATGTCACATATGATGTCAGATCACTAAAGTTAGAGTAAAGTTATTGGTGTGGGATCGTTGTGGAAGGTAGATGCAGTTTGCAGTGCAAGAATGCCATTATTTGAAGAAATTCACAGAAAAATAAATAAGGGTGCAGTAATAACAATAATAAAAATGAAATTTGTATTTAATCAAGTGAGCCTCAAGGAGACACGCAGCAGGAGCATGACCTTTTATGCTGGGGGGGACCTTTCTAGTCATGGTTATATATATAACTAAAAGTGTGAAGTTCTTGGCATCTACTATTGTTAACGGTGGGATTTAGCATTGGAAAGGAGAGTTGTTTTCCATCATAGAAAAGTAAATCTTGACCATTAGATTAAAGAGGGACATTGATTTTATCATAGTCTCTCTACACTAAATATTTTCCCCTTTGTCTTCAACCTTACAATCATCAACCAACACCAATAAACCAGACACCAATTTTGGTATGAACTCTTCATTGTAAATTGTAATTGCTTGAAATTACCACAACAACCATTTTTGTTCTAA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Protein sequence

>MS.gene032127.t1

MESDLHQQQQAQVNSSGLTRFKSAPSSYFNNIIDREFYEHVFNKPSSPETERVFSRFINSFGSEDDLLAAQKISVDSTVKEEEEVNINHQQQQQQDQGLASIDNEHVVHQQSNININISDNNYNNSVPSSHGFYQSSMMPPLPNQNVSSGLDGSFSMGVNRLQPVKNHGGNNSNLIRHSSSPAGLFSQINIENGYVSMRGMGTLGAVNNSMKEPKFSTSRNLKNQSNYSSGLMSTIAEVGDKGNRENNEENEAFGESHGNEYMDYQVDTWDDSEMMSENVGGLKRFRDNDSKQQFSGLNVQNETGGGHSNSPLAHQLSMPNTSSEMAAMEKFLHFSDSVPMKIRAKRGCATHPRSIAERVRRTKISERMRKLQDLVPNMDKQTNTADMLDLAVDYIKDLQKQAQKTKI