AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene045728

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MS.gene045728.t1 AT3G12760 75.926 216 51 1 1 215 1 216 3.75e-125 354
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MS.gene045728.t1 AT1G15860 26.486 185 125 3 42 215 20 204 8.41e-18 79.3

Find 48 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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ATTGAAGGCTTACAATCTTT+GGG 0.290934 2.3:-30491367 MS.gene045728:CDS
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TTCAGCTCAGAGCGCATATA+TGG 0.364877 2.3:+30491229 None:intergenic
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GGCATAACAAAGCAATATCT+AGG 0.382983 2.3:-30489984 MS.gene045728:CDS
ACATTGGTGCCAATTCTTGC+AGG 0.391466 2.3:-30490118 MS.gene045728:intron
TGGCTTTGGATACAGCTATT+GGG 0.410722 2.3:-30490185 MS.gene045728:CDS
TGCTGAGAAGCAGTGGCCTC+TGG 0.419876 2.3:-30490145 MS.gene045728:CDS
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CCTCCTTTGCAATGATATCC+AGG 0.475584 2.3:-30495014 MS.gene045728:intron
CTTTCATGGCACATGAAGGC+TGG 0.477640 2.3:-30491421 MS.gene045728:CDS
TAAATTGGGGAGAGGTCATC+GGG 0.477715 2.3:-30497980 MS.gene045728:CDS
CAGTTATCGTTACGAACTGC+TGG 0.487867 2.3:+30497950 None:intergenic
GCTAGTGATTGGAATCTTGA+AGG 0.498024 2.3:-30496917 MS.gene045728:CDS
AGTGGCAATGCAGGCTCTGA+AGG 0.498625 2.3:-30496939 MS.gene045728:CDS
CTTCACTGATACTAGGCACT+TGG 0.508982 2.3:-30496855 MS.gene045728:CDS
CACTGATACTAGGCACTTGG+AGG 0.516875 2.3:-30496852 MS.gene045728:CDS
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TTAGAACCTTCACTGATACT+AGG 0.536113 2.3:-30496862 MS.gene045728:CDS
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TGGATACAGCTATTGGGATG+TGG 0.552347 2.3:-30490179 MS.gene045728:CDS
TTGAAGGCTTACAATCTTTG+GGG 0.561512 2.3:-30491366 MS.gene045728:intron
AAGCAATATCTAGGGATACA+TGG 0.569704 2.3:-30489975 MS.gene045728:CDS
TATTATTTGCTGAGAAGCAG+TGG 0.570737 2.3:-30490152 MS.gene045728:CDS
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CATACCATTACTATGTCTTG+AGG 0.583443 2.3:+30492514 None:intergenic
ATTGATATGATTTATGCAGA+CGG 0.595709 2.3:-30495043 MS.gene045728:CDS
CCTGGATATCATTGCAAAGG+AGG 0.603718 2.3:+30495014 None:intergenic
TCTTTGTGCAGCATAAATTG+GGG 0.617535 2.3:-30497993 MS.gene045728:intron
CTGGATATCATTGCAAAGGA+GGG 0.626647 2.3:+30495015 None:intergenic
CAACCTGGATATCATTGCAA+AGG 0.631060 2.3:+30495011 None:intergenic
GGATCCTCAAGACATAGTAA+TGG 0.646312 2.3:-30492518 MS.gene045728:intron
CAAGTGCCTAGTATCAGTGA+AGG 0.648036 2.3:+30496856 None:intergenic
TCAGTGAAGGTTCTAAGCTG+AGG 0.649173 2.3:+30496869 None:intergenic
AGTGGCCTCTGGTTGAACAT+TGG 0.651904 2.3:-30490134 MS.gene045728:CDS
TGGCACCAATGTTCAACCAG+AGG 0.679329 2.3:+30490129 None:intergenic
TCGTAACGATAACTGGAGCG+AGG 0.712120 2.3:-30497942 MS.gene045728:intron

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr2.3 gene 30489951 30498854 30489951 ID=MS.gene045728
chr2.3 mRNA 30489951 30498854 30489951 ID=MS.gene045728.t1;Parent=MS.gene045728
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chr2.3 CDS 30489951 30490010 30489951 ID=cds.MS.gene045728.t1;Parent=MS.gene045728.t1
Gene Sequence

>MS.gene045728

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Protein sequence

>MS.gene045728.t1

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