AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene045729

Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MS.gene045729.t1 MTR_2g064415 84.496 258 20 4 1 247 1 249 5.28e-156 434
MS.gene045729.t1 MTR_4g116980 27.941 204 135 5 49 241 22 224 8.67e-20 85.1
MS.gene045729.t1 MTR_4g008540 25.962 208 146 3 42 241 17 224 1.32e-15 73.9
MS.gene045729.t1 MTR_7g010920 35.165 91 53 2 154 239 88 177 2.38e-13 68.6
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MS.gene045729.t1 AT3G12760 63.672 256 72 5 1 244 1 247 4.72e-112 322
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MS.gene045729.t1 AT3G28970 42.667 75 42 1 165 239 106 179 1.53e-15 74.7
MS.gene045729.t1 AT1G15860 25.701 214 142 4 45 241 20 233 4.24e-15 72.8

Find 50 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CATTGAAGGCTTACAATCTT+TGG 0.213937 2.2:-25305626 MS.gene045729:CDS
TCTGCTTTGGATACAGCTAT+TGG 0.269358 2.2:-25304456 MS.gene045729:CDS
GGATACATGGTCTCAGCTTT+TGG 0.269497 2.2:-25304231 MS.gene045729:CDS
ATTGAAGGCTTACAATCTTT+GGG 0.290934 2.2:-25305625 MS.gene045729:CDS
CGAGATAATAACTTTGCTTT+TGG 0.313357 2.2:-25305315 MS.gene045729:intron
TTTGCCAGCTAGTTCTTTCA+TGG 0.328213 2.2:-25305693 MS.gene045729:intron
TTCAGCTCAGTGCGCATATA+TGG 0.334583 2.2:+25305489 None:intergenic
AGCAGTTTCGTAACGATAAC+TGG 0.341791 2.2:-25312173 MS.gene045729:CDS
AGCTTATTACCTGCAAGAAT+TGG 0.348585 2.2:+25304379 None:intergenic
GAGCTATACAATAGATATAA+AGG 0.381421 2.2:-25311061 MS.gene045729:intron
GGCATAACAAAGCAATATCT+AGG 0.382983 2.2:-25304253 MS.gene045729:CDS
ACATTGGTGCCAATTCTTGC+AGG 0.391466 2.2:-25304388 MS.gene045729:intron
CTGCTTTGGATACAGCTATT+GGG 0.400285 2.2:-25304455 MS.gene045729:CDS
TGCTGAGAAGCAGTGGCCTC+TGG 0.419876 2.2:-25304415 MS.gene045729:CDS
TACATTGGGGAGAGGTCATC+GGG 0.449390 2.2:-25312205 MS.gene045729:CDS
CAGCGAGAAAGTGGCAATGC+AGG 0.455285 2.2:-25311179 MS.gene045729:CDS
GTCGATTATCTGAACGAGAA+TGG 0.468378 2.2:-25303456 MS.gene045729:CDS
CTTTCATGGCACATGAAGGC+TGG 0.477640 2.2:-25305679 MS.gene045729:CDS
CATCCTTTGCAATGATATCC+AGG 0.485502 2.2:-25309252 MS.gene045729:intron
GCTAGTGATTGGAATCTTGA+AGG 0.498024 2.2:-25311148 MS.gene045729:CDS
AGTGGCAATGCAGGCTCTGA+AGG 0.498625 2.2:-25311170 MS.gene045729:CDS
CTTCACTGATACTAGGCACT+TGG 0.508982 2.2:-25311086 MS.gene045729:CDS
CACTGATACTAGGCACTTGG+AGG 0.516875 2.2:-25311083 MS.gene045729:CDS
AGGCTCTGAAGGCTAGTGAT+TGG 0.526944 2.2:-25311159 MS.gene045729:CDS
ATACATTGGGGAGAGGTCAT+CGG 0.533290 2.2:-25312206 MS.gene045729:CDS
AGTTATCGTTACGAAACTGC+TGG 0.535371 2.2:+25312175 None:intergenic
TTAGAACCTTCACTGATACT+AGG 0.536113 2.2:-25311093 MS.gene045729:CDS
TGAAGGTTCTAAGCTGAGGC+TGG 0.538587 2.2:+25311104 None:intergenic
ATTATGATGCTGAAGGTGCT+TGG 0.540689 2.2:-25303500 MS.gene045729:CDS
AGTTCTTTCATGGCACATGA+AGG 0.546918 2.2:-25305683 MS.gene045729:CDS
GTGCAGCATACATTGGGGAG+AGG 0.549995 2.2:-25312213 MS.gene045729:intron
TGGATACAGCTATTGGGATG+TGG 0.552347 2.2:-25304449 MS.gene045729:CDS
TTGAAGGCTTACAATCTTTG+GGG 0.561512 2.2:-25305624 MS.gene045729:CDS
ACAAACTCATCAATAAGATA+CGG 0.563427 2.2:+25303477 None:intergenic
AAGCAATATCTAGGGATACA+TGG 0.569704 2.2:-25304244 MS.gene045729:CDS
TATTATTTGCTGAGAAGCAG+TGG 0.570737 2.2:-25304422 MS.gene045729:CDS
CTGGATATCATTGCAAAGGA+TGG 0.572643 2.2:+25309253 None:intergenic
GCATAACAAAGCAATATCTA+GGG 0.579769 2.2:-25304252 MS.gene045729:CDS
AATCGGTTATCTGACCATGT+TGG 0.594215 2.2:+25303427 None:intergenic
ATTGATATGATTTATGCAGA+CGG 0.595709 2.2:-25309281 MS.gene045729:CDS
CTTACCATTACTATGTCTTG+AGG 0.607210 2.2:+25306763 None:intergenic
TTATCTGATTATGATGCTGA+AGG 0.610431 2.2:-25303507 MS.gene045729:CDS
CAACCTGGATATCATTGCAA+AGG 0.624970 2.2:+25309249 None:intergenic
GGATCCTCAAGACATAGTAA+TGG 0.646312 2.2:-25306767 MS.gene045729:intron
CAAGTGCCTAGTATCAGTGA+AGG 0.648036 2.2:+25311087 None:intergenic
TCAGTGAAGGTTCTAAGCTG+AGG 0.649173 2.2:+25311100 None:intergenic
AGTGGCCTCTGGTTGAACAT+TGG 0.651904 2.2:-25304404 MS.gene045729:CDS
TGGCACCAATGTTCAACCAG+AGG 0.679329 2.2:+25304399 None:intergenic
GAGAATGGTGTTAACCAACA+TGG 0.694710 2.2:-25303441 None:intergenic
TCGTAACGATAACTGGAGCG+AGG 0.712120 2.2:-25312166 MS.gene045729:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr2.2 gene 25303442 25313079 25303442 ID=MS.gene045729
chr2.2 mRNA 25303442 25313079 25303442 ID=MS.gene045729.t1;Parent=MS.gene045729
chr2.2 exon 25313077 25313079 25313077 ID=MS.gene045729.t1.exon1;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 CDS 25313077 25313079 25313077 ID=cds.MS.gene045729.t1;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 exon 25312159 25312229 25312159 ID=MS.gene045729.t1.exon2;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 CDS 25312159 25312229 25312159 ID=cds.MS.gene045729.t1;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 exon 25311062 25311198 25311062 ID=MS.gene045729.t1.exon3;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 CDS 25311062 25311198 25311062 ID=cds.MS.gene045729.t1;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 exon 25309253 25309311 25309253 ID=MS.gene045729.t1.exon4;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 CDS 25309253 25309311 25309253 ID=cds.MS.gene045729.t1;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 exon 25306768 25306791 25306768 ID=MS.gene045729.t1.exon5;Parent=MS.gene045729.t1
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chr2.2 exon 25305611 25305707 25305611 ID=MS.gene045729.t1.exon6;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 CDS 25305611 25305707 25305611 ID=cds.MS.gene045729.t1;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 exon 25305481 25305513 25305481 ID=MS.gene045729.t1.exon7;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 CDS 25305481 25305513 25305481 ID=cds.MS.gene045729.t1;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 exon 25305280 25305333 25305280 ID=MS.gene045729.t1.exon8;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 CDS 25305280 25305333 25305280 ID=cds.MS.gene045729.t1;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 exon 25304389 25304489 25304389 ID=MS.gene045729.t1.exon9;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 CDS 25304389 25304489 25304389 ID=cds.MS.gene045729.t1;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 exon 25304220 25304279 25304220 ID=MS.gene045729.t1.exon10;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 CDS 25304220 25304279 25304220 ID=cds.MS.gene045729.t1;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 exon 25303442 25303544 25303442 ID=MS.gene045729.t1.exon11;Parent=MS.gene045729.t1
chr2.2 CDS 25303442 25303544 25303442 ID=cds.MS.gene045729.t1;Parent=MS.gene045729.t1
Gene Sequence

>MS.gene045729

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