AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene052148

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MS.gene052148.t1 MTR_1g017220 99.412 170 1 0 1 170 32 201 5.37e-124 349
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MS.gene052148.t1 MTR_2g010540 63.529 170 62 0 1 170 42 211 1.94e-78 234
MS.gene052148.t1 MTR_4g097530 65.294 170 58 1 1 170 40 208 2.98e-78 233
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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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MS.gene052148.t1 AT5G65810 66.471 170 56 1 1 170 39 207 1.88e-80 239

Find 40 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GTAGCAGATGTTTCTAAATT+TGG 0.163117 1.2:+5575130 MS.gene052148:CDS
ATTACAAGAGAGAAAGATTT+TGG 0.176751 1.2:-5574337 None:intergenic
CAATAAAACTCTTCCTGATT+TGG 0.285100 1.2:+5574399 MS.gene052148:CDS
GATGGTTTAGTGATATTTAC+TGG 0.296086 1.2:+5574436 MS.gene052148:CDS
TTCTCATTGGTTACTTGTAC+AGG 0.330384 1.2:+5562642 MS.gene052148:CDS
CCATATGCTTTCTGTAAAAC+AGG 0.362663 1.2:-5574121 None:intergenic
ACCTTGGCCTTCTGATTAGT+TGG 0.376653 1.2:-5575109 None:intergenic
TCAAGTTTCCTCTTCCATAT+AGG 0.389012 1.2:+5574314 MS.gene052148:CDS
GCTGATACCCTCACCAAATC+AGG 0.395423 1.2:-5574412 None:intergenic
TTTAGAAACATCTGCTACCT+TGG 0.407306 1.2:-5575125 None:intergenic
TGGTTCTATACCCCAGGCTT+CGG 0.413733 1.2:-5574221 None:intergenic
GCCGTTTAGATTCTGTTAGC+AGG 0.417799 1.2:+5562908 MS.gene052148:CDS
GGTTACTTGTACAGGGGCTC+AGG 0.420689 1.2:+5562650 MS.gene052148:CDS
TGTAATTGTTTCAGATACTC+TGG 0.424438 1.2:+5574354 MS.gene052148:CDS
TAGGGAGGCTTGTTTCTCAT+TGG 0.425163 1.2:+5562629 None:intergenic
CTCATTGGTTACTTGTACAG+GGG 0.431130 1.2:+5562644 MS.gene052148:CDS
AGGAAGATGAAACCGAAGCC+TGG 0.442655 1.2:+5574209 MS.gene052148:CDS
CCCTGCTAACAGAATCTAAA+CGG 0.453868 1.2:-5562909 None:intergenic
TCAGCATCCTCTATATCATA+TGG 0.464095 1.2:-5574241 None:intergenic
GATTCTGTTAGCAGGGTTGA+AGG 0.466384 1.2:+5562916 MS.gene052148:CDS
TCTCATTGGTTACTTGTACA+GGG 0.473655 1.2:+5562643 MS.gene052148:CDS
GAGACCACATAACAAGTGTC+TGG 0.486625 1.2:-5574175 None:intergenic
TTGTTACATATAGGTGGACT+TGG 0.494468 1.2:+5562883 MS.gene052148:intron
GGAAGATGAAACCGAAGCCT+GGG 0.497641 1.2:+5574210 MS.gene052148:CDS
TGTGGTCTCTAAATTGCAAA+AGG 0.503512 1.2:+5574189 MS.gene052148:CDS
CGACACGCACATTGCCTCTA+CGG 0.505900 1.2:-5574285 None:intergenic
TATAGAACCATATGATATAG+AGG 0.516192 1.2:+5574234 MS.gene052148:CDS
ATCATATGGTTCTATACCCC+AGG 0.528710 1.2:-5574227 None:intergenic
AACTCTTCCTGATTTGGTGA+GGG 0.539875 1.2:+5574405 MS.gene052148:CDS
CCGTTTAGATTCTGTTAGCA+GGG 0.545887 1.2:+5562909 MS.gene052148:CDS
TTGGTGAGGGTATCAGCTGA+TGG 0.552785 1.2:+5574418 MS.gene052148:CDS
AAACTCTTCCTGATTTGGTG+AGG 0.567840 1.2:+5574404 MS.gene052148:CDS
TTACATATAGGTGGACTTGG+AGG 0.567958 1.2:+5562886 MS.gene052148:intron
AGATTATTTGTGCAGTGGAG+AGG 0.575456 1.2:+5574084 MS.gene052148:CDS
TCCAACTAATCAGAAGGCCA+AGG 0.581897 1.2:+5575108 MS.gene052148:CDS
TGGTCCAGACACTTGTTATG+TGG 0.588659 1.2:+5574171 MS.gene052148:CDS
GTAAAACAGGAATTGCTCGT+TGG 0.599584 1.2:-5574108 None:intergenic
GCAGGAGATTATTTGTGCAG+TGG 0.630343 1.2:+5574079 MS.gene052148:intron
TGCAAAGCACAAATCCGTAG+AGG 0.674784 1.2:+5574271 MS.gene052148:CDS
GAAGATGAAACCGAAGCCTG+GGG 0.688039 1.2:+5574211 MS.gene052148:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr1.2 gene 5562632 5575156 5562632 ID=MS.gene052148
chr1.2 mRNA 5562632 5575156 5562632 ID=MS.gene052148.t1;Parent=MS.gene052148
chr1.2 exon 5562632 5562671 5562632 ID=MS.gene052148.t1.exon1;Parent=MS.gene052148.t1
chr1.2 CDS 5562632 5562671 5562632 ID=cds.MS.gene052148.t1;Parent=MS.gene052148.t1
chr1.2 exon 5562896 5562937 5562896 ID=MS.gene052148.t1.exon2;Parent=MS.gene052148.t1
chr1.2 CDS 5562896 5562937 5562896 ID=cds.MS.gene052148.t1;Parent=MS.gene052148.t1
chr1.2 exon 5574083 5574457 5574083 ID=MS.gene052148.t1.exon3;Parent=MS.gene052148.t1
chr1.2 CDS 5574083 5574457 5574083 ID=cds.MS.gene052148.t1;Parent=MS.gene052148.t1
chr1.2 exon 5575104 5575156 5575104 ID=MS.gene052148.t1.exon4;Parent=MS.gene052148.t1
chr1.2 CDS 5575104 5575156 5575104 ID=cds.MS.gene052148.t1;Parent=MS.gene052148.t1
Gene Sequence

>MS.gene052148

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