AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0080048911.01

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MsG0080048911.01.T01 AT2G41720 20.282 355 272 5 120 465 282 634 1.68e-11 67.4
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MsG0080048911.01.T01 AT5G03560 29.412 136 91 2 266 396 203 338 4.85e-11 64.7
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Find 88 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 225 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CRISPR-GE

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! GTGCCGATGTTGTTAATTAA+AGG + contig532end:4630-4649 MsG0080048911.01.T01:exon 35.0%
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! TAAGATGAAAGGTTCTGGTT+TGG + contig532end:4145-4164 MsG0080048911.01.T01:exon 35.0%
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!! ATTTCCTGCTTTTCAAAGGA+AGG + contig532end:3789-3808 MsG0080048911.01.T01:exon 35.0%
!! CAACTTGATGATATGGGTTT+TGG + contig532end:2103-2122 MsG0080048911.01.T01:CDS 35.0%
!! CATGATTTCCTGCTTTTCAA+AGG + contig532end:3785-3804 MsG0080048911.01.T01:exon 35.0%
!! TTCCGCAATTTGGGTTTTAA+GGG + contig532end:2022-2041 MsG0080048911.01.T01:CDS 35.0%
!! TTTCCTGCTTTTCAAAGGAA+GGG + contig532end:3790-3809 MsG0080048911.01.T01:exon 35.0%
!! TTTGCCTTTCATTTTCAAGG+AGG + contig532end:1751-1770 MsG0080048911.01.T01:CDS 35.0%
!!! AAATGTACCCTTGTTGGTTT+TGG + contig532end:4787-4806 MsG0080048911.01.T01:exon 35.0%
!!! ACCTACCATGCATTTTTTGA+AGG + contig532end:4089-4108 MsG0080048911.01.T01:exon 35.0%
!!! CCTACCATGCATTTTTTGAA+GGG + contig532end:4090-4109 MsG0080048911.01.T01:exon 35.0%
AAAGGCTACCGTATTCACAA+TGG - contig532end:4607-4626 MsG0080048910.01.T01:intergenic 40.0%
AAATGCATGGTAGGTCTCAA+CGG - contig532end:4084-4103 MsG0080048910.01.T01:intergenic 40.0%
AAGATGATGCTACAAAGTGG+TGG - contig532end:1806-1825 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
AAGCAGTTGAAGGTTTGGAA+TGG + contig532end:1713-1732 MsG0080048911.01.T01:exon 40.0%
AGATGATGCTACAAAGTGGT+GGG - contig532end:1805-1824 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
AGTAGGCAATAAGCAGTTGA+AGG + contig532end:1703-1722 MsG0080048911.01.T01:exon 40.0%
AGTTTGAGAATGAGAGTGAG+AGG - contig532end:1862-1881 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
ATCCTAGCAATTCACCAAGA+TGG - contig532end:2265-2284 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
ATCGTGGGTACATATCCATA+TGG - contig532end:2649-2668 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
ATGACAAGTTTCACACTGCA+TGG + contig532end:2132-2151 MsG0080048911.01.T01:CDS 40.0%
CACAATGGTAGAATGCAGAA+TGG - contig532end:4592-4611 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
CAGGTGGCAAGATAAAAATC+AGG - contig532end:4557-4576 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
CATCTCCTCATAAAAATCCC+TGG - contig532end:4342-4361 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
CCCTTCAAAAAATGCATGGT+AGG - contig532end:4093-4112 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
CTTGAGTTCATTTCATAGGC+TGG + contig532end:4661-4680 MsG0080048911.01.T01:exon 40.0%
CTTGGTGAATTGCTAGGATT+CGG + contig532end:2266-2285 MsG0080048911.01.T01:intron 40.0%
GAAGCCTCCTTGAAAATGAA+AGG - contig532end:1758-1777 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
GAATTGTAGATCTCTATCCC+AGG - contig532end:3870-3889 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
GACTTTGAGCAGAGAAACAT+AGG + contig532end:4529-4548 MsG0080048911.01.T01:exon 40.0%
GAGAAGATGTACTGAAGAAG+TGG + contig532end:4729-4748 MsG0080048911.01.T01:exon 40.0%
GCAATAAGCAGTTGAAGGTT+TGG + contig532end:1708-1727 MsG0080048911.01.T01:exon 40.0%
GTTGAACGTTTCAATAGCCT+TGG - contig532end:3508-3527 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
GTTTGAGAATGAGAGTGAGA+GGG - contig532end:1861-1880 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
TATAGATCAGAGAACGTTCG+AGG - contig532end:4768-4787 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
TCATTGAGAGCAGTGAAGAT+AGG + contig532end:4498-4517 MsG0080048911.01.T01:exon 40.0%
TGAAGGAGCTTACTAAGCTT+TGG - contig532end:4389-4408 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
TGACTATATGAAGTGGCATC+TGG - contig532end:3765-3784 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
TGCAATTTGCATGTCCATCT+TGG + contig532end:2248-2267 MsG0080048911.01.T01:intron 40.0%
TGTAGCATCATCTTTCTCTC+AGG + contig532end:1812-1831 MsG0080048911.01.T01:CDS 40.0%
TGTCGGATATCGATACCATA+TGG + contig532end:2631-2650 MsG0080048911.01.T01:intron 40.0%
TTGAAATTCTCGGTCTCAAG+CGG - contig532end:3654-3673 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
! AAAGAGCAGTCAAAAGTGCA+CGG - contig532end:3572-3591 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
! AAAGGCCAGGGATTTTTATG+AGG + contig532end:4334-4353 MsG0080048911.01.T01:exon 40.0%
! AGTTTTCCAGCTTCACAAAG+GGG - contig532end:4008-4027 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
! ATTCCCTTCCTTTGAAAAGC+AGG - contig532end:3796-3815 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
! CACGTATACAAGGGTATACA+GGG - contig532end:4991-5010 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
! CATACTACTAAGGTTCGGTT+TGG - contig532end:2524-2543 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
! CTTTAGATTGACTCCTGATC+AGG + contig532end:3539-3558 MsG0080048911.01.T01:exon 40.0%
! TATTTGGTTTCAGCGACGAA+AGG - contig532end:1989-2008 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
! TCACGTATACAAGGGTATAC+AGG - contig532end:4992-5011 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
!! CATCGTCCTTTTTGAGCAAT+TGG - contig532end:1953-1972 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
!! CTAGTTTTCCAGCTTCACAA+AGG - contig532end:4010-4029 MsG0080048911.01.T01:intergenic 40.0%
!! GTTCCGCAATTTGGGTTTTA+AGG + contig532end:2021-2040 MsG0080048911.01.T01:CDS 40.0%
!! TTCTGGTTTGGGTCCAAATA+AGG + contig532end:4157-4176 MsG0080048911.01.T01:exon 40.0%
!! TTTGAAGGGACGGATTATCA+TGG + contig532end:4104-4123 MsG0080048911.01.T01:exon 40.0%
!!! CCATGCATTTTTTGAAGGGA+CGG + contig532end:4094-4113 MsG0080048911.01.T01:exon 40.0%
!!! CCCTTGTTTTGATTGTCTCA+TGG + contig532end:4839-4858 MsG0080048911.01.T01:exon 40.0%
AAGAAAAGGGAATGGATCCC+TGG + contig532end:3849-3868 MsG0080048911.01.T01:exon 45.0%
AAGGGCTTGTAACATGCAGT+TGG + contig532end:4306-4325 MsG0080048911.01.T01:exon 45.0%
AATAAGCATAGCCTGATGGG+TGG - contig532end:2192-2211 MsG0080048911.01.T01:intergenic 45.0%
AATTGGAAACTCGTAAGGGC+CGG - contig532end:3226-3245 MsG0080048911.01.T01:intergenic 45.0%
AGAAAAGGGAATGGATCCCT+GGG + contig532end:3850-3869 MsG0080048911.01.T01:exon 45.0%
CCGTCCCTTCAAAAAATGCA+TGG - contig532end:4097-4116 MsG0080048911.01.T01:intergenic 45.0%
GGAACGCATATCTCGAACAA+TGG - contig532end:2159-2178 MsG0080048911.01.T01:intergenic 45.0%
GTCCATCTTGGTGAATTGCT+AGG + contig532end:2260-2279 MsG0080048911.01.T01:intron 45.0%
TAACAACATCGGCACTGCAA+AGG - contig532end:4625-4644 MsG0080048911.01.T01:intergenic 45.0%
TACCTGCATCGGATATGTGT+CGG + contig532end:2614-2633 MsG0080048911.01.T01:intron 45.0%
TGAAATTCTCGGTCTCAAGC+GGG - contig532end:3653-3672 MsG0080048911.01.T01:intergenic 45.0%
TGAAGCTGGAAAACTAGCGA+TGG + contig532end:4013-4032 MsG0080048911.01.T01:exon 45.0%
TGCTTTGCAAACACTCAGCT+TGG + contig532end:4960-4979 MsG0080048911.01.T01:exon 45.0%
! CAGTTGGTTCATAAAGGCCA+GGG + contig532end:4322-4341 MsG0080048911.01.T01:exon 45.0%
! GTTTTCCAGCTTCACAAAGG+GGG - contig532end:4007-4026 MsG0080048911.01.T01:intergenic 45.0%
!! TTCACAAAGGGGGAGTATCA+TGG - contig532end:3997-4016 MsG0080048911.01.T01:intergenic 45.0%
!! AAAAGTAAAAAAAAAAAAAT+TGG - contig532end:3243-3262 MsG0080048911.01.T01:intergenic 5.0%
AAGCCCGGATACTCCAAACA+CGG + contig532end:2586-2605 MsG0080048911.01.T01:intron 50.0%
ACACGGAGACATACCTGCAT+CGG + contig532end:2603-2622 MsG0080048911.01.T01:intron 50.0%
AGCAGCGACCAAAACCAACA+AGG - contig532end:4798-4817 MsG0080048911.01.T01:intergenic 50.0%
ATACTCCCCCTTTGTGAAGC+TGG + contig532end:3999-4018 MsG0080048911.01.T01:exon 50.0%
ATCCGACACATATCCGATGC+AGG - contig532end:2619-2638 MsG0080048911.01.T01:intergenic 50.0%
GCACTCCGTGCCTTCAATTT+GGG + contig532end:2059-2078 MsG0080048911.01.T01:CDS 50.0%
GCAGCGACCAAAACCAACAA+GGG - contig532end:4797-4816 MsG0080048911.01.T01:intergenic 50.0%
TGCACTCCGTGCCTTCAATT+TGG + contig532end:2058-2077 MsG0080048911.01.T01:CDS 50.0%
TGCAGGTATGTCTCCGTGTT+TGG - contig532end:2602-2621 MsG0080048911.01.T01:intergenic 50.0%
! AAATTGAAGGCACGGAGTGC+AGG - contig532end:2059-2078 MsG0080048911.01.T01:intergenic 50.0%
! AACTTAGGCTGGCTGTCAAG+TGG - contig532end:4693-4712 MsG0080048911.01.T01:intergenic 50.0%
! GATGCTACAAAGTGGTGGGA+AGG - contig532end:1801-1820 MsG0080048911.01.T01:intergenic 50.0%
! GCAGTTGGTTCATAAAGGCC+AGG + contig532end:4321-4340 MsG0080048911.01.T01:exon 50.0%
! GGAAGGTTTTGCAGCTGCAA+GGG - contig532end:1784-1803 MsG0080048911.01.T01:intergenic 50.0%
! GGTTTGGAATGGCTCAACGT+TGG + contig532end:1724-1743 MsG0080048911.01.T01:exon 50.0%
! GTCTCCGTGTTTGGAGTATC+CGG - contig532end:2593-2612 MsG0080048911.01.T01:intergenic 50.0%
! TCTCCGTGTTTGGAGTATCC+GGG - contig532end:2592-2611 MsG0080048911.01.T01:intergenic 50.0%
CTCTTCTCTCTCCACCCATC+AGG + contig532end:2178-2197 MsG0080048911.01.T01:CDS 55.0%
GCACGGAATGCTTCCTGATC+AGG - contig532end:3555-3574 MsG0080048911.01.T01:intergenic 55.0%
GCATGGTAGGTCTCAACGGT+TGG - contig532end:4080-4099 MsG0080048911.01.T01:intergenic 55.0%
TCGTAAGGGCCGGCTAATCT+GGG - contig532end:3216-3235 MsG0080048911.01.T01:intergenic 55.0%
TTGGTCGCTGCTGCATGCTT+TGG + contig532end:4806-4825 MsG0080048911.01.T01:exon 55.0%
! CTGATGGGTGGAGAGAGAAG+AGG - contig532end:2180-2199 MsG0080048911.01.T01:intergenic 55.0%
! GATTGGTCCCCCAGATTAGC+CGG + contig532end:3204-3223 MsG0080048911.01.T01:intron 55.0%
! GGGAAGGTTTTGCAGCTGCA+AGG - contig532end:1785-1804 MsG0080048911.01.T01:intergenic 55.0%
AATCCCCCCGTCTACTAGCG+GGG - contig532end:3188-3207 MsG0080048911.01.T01:intergenic 60.0%
AATGGCCCCCCGCTAGTAGA+CGG + contig532end:3178-3197 MsG0080048911.01.T01:intron 60.0%
CAATCCCCCCGTCTACTAGC+GGG - contig532end:3189-3208 MsG0080048911.01.T01:intergenic 60.0%
CCAATCCCCCCGTCTACTAG+CGG - contig532end:3190-3209 MsG0080048911.01.T01:intergenic 60.0%
CGTAAGGGCCGGCTAATCTG+GGG - contig532end:3215-3234 MsG0080048911.01.T01:intergenic 60.0%
CTCGTAAGGGCCGGCTAATC+TGG - contig532end:3217-3236 MsG0080048911.01.T01:intergenic 60.0%
GTAAGGGCCGGCTAATCTGG+GGG - contig532end:3214-3233 MsG0080048911.01.T01:intergenic 60.0%
ATCCCCCCGTCTACTAGCGG+GGG - contig532end:3187-3206 MsG0080048911.01.T01:intergenic 65.0%
ATGGCCCCCCGCTAGTAGAC+GGG + contig532end:3179-3198 MsG0080048911.01.T01:intron 65.0%
CCGCTAGTAGACGGGGGGAT+TGG + contig532end:3187-3206 MsG0080048911.01.T01:intron 65.0%
TCCCCCCGTCTACTAGCGGG+GGG - contig532end:3186-3205 MsG0080048911.01.T01:intergenic 70.0%
TGGCCCCCCGCTAGTAGACG+GGG + contig532end:3180-3199 MsG0080048911.01.T01:intron 70.0%
GCCCCCCGCTAGTAGACGGG+GGG + contig532end:3182-3201 MsG0080048911.01.T01:intron 75.0%
GGCCCCCCGCTAGTAGACGG+GGG + contig532end:3181-3200 MsG0080048911.01.T01:intron 75.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
contig532end gene 1681 5051 1681 ID=MsG0080048911.01;
contig532end mRNA 1681 5051 1681 ID=MsG0080048911.01.T01;Parent=MsG0080048911.01
contig532end exon 1681 2222 1681 ID=MsG0080048911.01.T01.exon;Parent=MsG0080048911.01.T01
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contig532end CDS 3482 4478 3482 ID=MsG0080048911.01.T01.cds;Parent=MsG0080048911.01.T01
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Gene Sequence

>MsG0080048911.01.T01

ATGGCTCAACGTTGGCAGTTTTGCCTTTCATTTTCAAGGAGGCTTCACGCCCTTGCAGCTGCAAAACCTTCCCACCACTTTGTAGCATCATCTTTCTCTCAGGCTTTCTATCAAACACTTTCACTACCCTCTCACTCTCATTCTCAAACTCAGCAACATGCGCCTTTTGATTTCAACTTCAACTTCGATTTAGATGACCCATCTCTATTGCAATTCATCCAATTGCTCAAAAAGGACGATGACGATCACGATTGCCTTTCGTCGCTGAAACCAAATATAGATTTGATACGTTCCGCAATTTGGGTTTTAAGGGATGATTTGAAACCTGCACTCCGTGCCTTCAATTTGGGTTATAATGACGAGAAAGTTTGCAACTTGATGATATGGGTTTTGGGCACTCATGACAAGTTTCACACTGCATGGTCCATTGTTCGAGATATGCGTTCCTCTTCTCTCTCCACCCATCAGGCTATGCTTATTATCATTGACAGATATGCATATGCAAATAACTCTGCCAAGGCTATTGAAACGTTCAACTTTATGAACAACTTTAGATTGACTCCTGATCAGGAAGCATTCCGTGCACTTTTGACTGCTCTTTGTAAATATGGTAACGTCGAAGAGGCTGAAGAGTTTCTGCTAGTAAACAAGAAGCTCTTCCCGCTTGAGACCGAGAATTTCAACATTATTCTTAATGGATGGTGTAACATAACAACTGATGTATATGAAGCGAAAAGAGTTTGGAGAGACATGTTAAAATACTGTATAACACCAGATGCCACTTCATATAGTCACATGATTTCCTGCTTTTCAAAGGAAGGGAATCTTTTTGACTCTCTTAGACTCTATGATCAGATGAAGAAAAGGGAATGGATCCCTGGGATAGAGATCTACAATTCTTTAGTGTATGTTTTAACGCGTGAAAATTGTTTGAAGGAAGCTCTCAAGACTATAGATAAGTTAAAGGAACAAGGTTTGCAGCCAAATTCTGCCACATTTAACTCCATGATACTCCCCCTTTGTGAAGCTGGAAAACTAGCGATGGCAAGAATACTGTTGAACACAATGATAGAGGAGAATGTTAGTCCAACCGTTGAGACCTACCATGCATTTTTTGAAGGGACGGATTATCATGGAACCTTAGAATTTTTGAGTAAGATGAAAGGTTCTGGTTTGGGTCCAAATAAGGATTCCTTTCTTATAATTCTTGTAAAATTCTTAAAGTTGAAGCAACCTGTAAATGCACTGAAAGTTTGGGCAGAAATGAAGAAGTATGATGTGGTGCCCAGCTGTATACATTACAGAAAAATGGTTGAAGGGCTTGTAACATGCAGTTGGTTCATAAAGGCCAGGGATTTTTATGAGGAGATGATCTCAAACGGATGTTCAGAAGATCCAAAGCTTAGTAAGCTCCTTCATAAAAAAGTACTTGATAGTGGTGTTAAAAGAAAACATATTGTTAAGAAAGCTAATAGTAATAAAGTGTGA
Protein sequence

>MsG0080048911.01.T01

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