AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180005824.01

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MsG0180005824.01.T01 AT1G17750 31.250 256 163 6 94 343 255 503 4.09e-21 96.3
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MsG0180005824.01.T01 AT5G65700 30.363 303 151 5 95 343 275 571 3.21e-21 96.3
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MsG0180005824.01.T01 AT3G13380 31.855 248 156 7 108 343 176 422 8.26e-16 80.1
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MsG0180005824.01.T01 AT5G01890 36.158 177 109 2 90 263 368 543 6.58e-19 89.4
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MsG0180005824.01.T01 AT3G11080 26.061 330 192 10 94 377 556 879 4.74e-19 89.7
MsG0180005824.01.T01 AT3G11080 27.240 279 156 7 109 343 547 822 2.56e-17 84.3
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MsG0180005824.01.T01 AT4G28650 31.746 252 164 5 96 343 321 568 5.92e-20 92.4
MsG0180005824.01.T01 AT4G28650 32.103 271 174 6 94 359 271 536 6.20e-20 92.4
MsG0180005824.01.T01 AT4G28650 29.139 302 184 5 85 359 118 416 5.53e-19 89.7
MsG0180005824.01.T01 AT4G28650 26.914 405 239 14 6 382 5 380 1.64e-17 85.1
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MsG0180005824.01.T01 AT1G12460 29.880 251 168 5 96 342 225 471 2.41e-18 87.4
MsG0180005824.01.T01 AT1G12460 31.343 201 132 3 95 292 272 469 2.65e-17 84.3
MsG0180005824.01.T01 AT1G12460 41.748 103 60 0 97 199 370 472 3.66e-15 77.8
MsG0180005824.01.T01 AT1G12460 32.203 177 98 3 88 264 313 467 3.74e-14 74.7
MsG0180005824.01.T01 AT1G12460 27.570 214 128 4 133 344 69 257 3.01e-13 72.0
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MsG0180005824.01.T01 AT3G23120 33.475 236 148 5 107 337 278 509 1.85e-23 102
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MsG0180005824.01.T01 AT5G23400 32.759 290 161 9 84 344 253 537 1.21e-23 103
MsG0180005824.01.T01 AT5G23400 32.946 258 167 4 83 337 132 386 7.62e-22 97.8
MsG0180005824.01.T01 AT5G23400 34.513 226 140 6 96 316 121 343 4.36e-19 89.4
MsG0180005824.01.T01 AT5G23400 27.301 326 173 8 25 343 28 296 3.25e-16 80.9
MsG0180005824.01.T01 AT4G29240 30.800 250 162 5 91 337 102 343 1.31e-23 102
MsG0180005824.01.T01 AT4G29240 28.910 211 143 4 133 340 116 322 1.45e-14 75.1
MsG0180005824.01.T01 AT3G02130 26.625 323 179 5 73 343 116 432 1.46e-23 103
MsG0180005824.01.T01 AT3G02130 27.304 293 146 9 109 340 414 700 2.97e-12 68.9
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MsG0180005824.01.T01 AT1G33600 27.300 337 179 11 83 365 150 474 5.66e-15 76.6
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MsG0180005824.01.T01 AT2G13800 37.143 175 99 6 23 196 18 182 1.33e-20 94.0
MsG0180005824.01.T01 AT2G34930 30.195 308 184 6 82 360 565 870 1.53e-20 94.4
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MsG0180005824.01.T01 AT2G34930 31.907 257 162 5 68 316 623 874 1.08e-18 88.6
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MsG0180005824.01.T01 AT1G33610 34.010 197 121 3 96 288 140 331 1.36e-19 90.5
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MsG0180005824.01.T01 AT1G68780 28.399 331 184 12 55 338 56 380 1.04e-15 78.6
MsG0180005824.01.T01 AT1G34210 36.585 164 91 5 34 196 34 185 2.83e-20 93.2
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MsG0180005824.01.T01 AT2G32660 25.455 275 177 4 94 343 204 475 7.55e-19 89.0
MsG0180005824.01.T01 AT2G32660 36.486 148 89 2 50 197 355 497 6.41e-15 76.6
MsG0180005824.01.T01 AT2G32660 29.339 242 151 7 97 328 136 367 4.11e-11 65.1
MsG0180005824.01.T01 AT2G24230 26.706 337 182 10 56 340 47 370 7.55e-19 89.0
MsG0180005824.01.T01 AT2G24230 30.576 278 155 8 96 344 128 396 1.23e-18 88.6
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MsG0180005824.01.T01 AT5G49290 28.814 295 171 7 84 345 193 481 4.68e-14 74.3
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MsG0180005824.01.T01 AT3G25560 36.842 114 69 1 109 219 83 196 6.13e-13 70.9
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MsG0180005824.01.T01 AT1G07390 28.425 292 190 8 78 357 206 490 4.62e-11 65.1
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MsG0180005824.01.T01 AT1G07390 50.588 85 42 0 112 196 889 973 6.75e-16 80.1
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MsG0180005824.01.T01 AT5G63710 38.793 116 71 0 81 196 31 146 9.66e-14 73.2
MsG0180005824.01.T01 AT1G29720 28.780 205 122 2 84 264 119 323 5.94e-15 77.4
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MsG0180005824.01.T01 AT2G15880 23.497 366 234 12 35 381 66 404 9.33e-15 76.6
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MsG0180005824.01.T01 AT5G05160 38.298 141 78 5 107 241 73 210 3.20e-13 71.6
MsG0180005824.01.T01 AT1G29750 28.571 189 130 3 109 295 156 341 3.56e-14 74.7
MsG0180005824.01.T01 AT1G29750 26.728 217 146 5 88 299 159 367 4.96e-13 71.2
MsG0180005824.01.T01 AT1G11130 29.310 232 121 6 8 216 14 225 3.75e-14 74.7
MsG0180005824.01.T01 AT1G29750 28.571 189 130 3 109 295 171 356 4.18e-14 74.7
MsG0180005824.01.T01 AT1G29750 26.728 217 146 5 88 299 174 382 6.50e-13 70.9
MsG0180005824.01.T01 AT3G28450 30.500 200 114 6 4 196 11 192 4.36e-14 74.3
MsG0180005824.01.T01 AT1G56130 36.747 166 93 4 102 262 39 197 4.45e-14 74.3
MsG0180005824.01.T01 AT1G29750 28.571 189 130 3 109 295 171 356 4.51e-14 74.7
MsG0180005824.01.T01 AT1G29750 26.728 217 146 5 88 299 174 382 6.57e-13 70.9
MsG0180005824.01.T01 AT5G49780 30.830 253 160 6 95 336 5 253 6.93e-14 73.9
MsG0180005824.01.T01 AT1G49490 25.215 349 213 11 35 379 65 369 7.27e-14 73.9
MsG0180005824.01.T01 AT5G10290 41.844 141 74 3 86 222 52 188 7.35e-14 73.6
MsG0180005824.01.T01 AT5G10290 29.231 195 123 4 5 197 3 184 5.93e-13 70.9
MsG0180005824.01.T01 AT5G10290 41.844 141 74 3 86 222 52 188 7.35e-14 73.6
MsG0180005824.01.T01 AT5G10290 29.231 195 123 4 5 197 3 184 5.93e-13 70.9
MsG0180005824.01.T01 AT1G49490 25.215 349 213 11 35 379 70 374 7.36e-14 73.9
MsG0180005824.01.T01 AT1G56120 30.918 207 111 5 83 262 47 248 8.84e-14 73.6
MsG0180005824.01.T01 AT1G56120 28.870 239 142 3 85 321 1 213 3.59e-13 71.6
MsG0180005824.01.T01 AT1G56120 29.439 214 139 5 133 340 1 208 5.22e-11 65.1
MsG0180005824.01.T01 AT1G54475 45.652 92 50 0 106 197 19 110 9.92e-14 70.1
MsG0180005824.01.T01 AT4G18640 33.520 179 95 6 26 200 23 181 1.13e-13 73.2
MsG0180005824.01.T01 AT1G53420 27.298 359 220 12 34 384 33 358 1.28e-13 73.2
MsG0180005824.01.T01 AT5G45780 35.443 158 93 4 42 198 2 151 1.84e-13 72.4
MsG0180005824.01.T01 AT5G45780 40.000 110 63 1 109 215 38 147 3.03e-11 65.5
MsG0180005824.01.T01 AT4G18760 38.579 197 108 5 85 276 192 380 2.30e-13 71.6
MsG0180005824.01.T01 AT3G14350 31.224 237 122 9 3 214 4 224 2.40e-13 72.0
MsG0180005824.01.T01 AT3G20190 32.105 190 114 8 31 216 51 229 2.57e-13 72.0
MsG0180005824.01.T01 AT3G14350 31.224 237 122 9 3 214 4 224 2.74e-13 72.0
MsG0180005824.01.T01 AT4G22130 31.658 199 101 5 23 198 24 210 3.82e-13 71.6
MsG0180005824.01.T01 AT4G03390 30.374 214 110 7 28 216 31 230 4.04e-13 71.6
MsG0180005824.01.T01 AT4G03390 30.374 214 110 7 28 216 31 230 4.04e-13 71.6
MsG0180005824.01.T01 AT3G42880 32.407 216 114 8 1 196 1 204 4.42e-13 71.2
MsG0180005824.01.T01 AT3G43740 29.032 217 109 6 16 200 14 217 6.83e-13 68.6
MsG0180005824.01.T01 AT1G60800 40.164 122 71 1 77 198 3 122 7.40e-13 70.5
MsG0180005824.01.T01 AT1G14390 45.556 90 49 0 107 196 201 290 1.07e-12 70.1
MsG0180005824.01.T01 AT1G14390 34.356 163 79 4 127 263 103 263 1.84e-12 69.3
MsG0180005824.01.T01 AT1G14390 31.122 196 107 5 76 245 100 293 1.31e-11 66.6
MsG0180005824.01.T01 AT5G63410 32.258 155 81 2 88 218 122 276 1.09e-12 70.1
MsG0180005824.01.T01 AT5G63410 29.670 182 121 3 81 259 91 268 3.47e-11 65.5
MsG0180005824.01.T01 AT4G33430 28.829 222 98 6 23 196 19 228 1.29e-12 69.7
MsG0180005824.01.T01 AT3G23750 27.036 307 159 10 55 335 42 309 1.74e-12 69.7
MsG0180005824.01.T01 AT1G27190 35.638 188 112 4 11 196 6 186 2.42e-12 68.9
MsG0180005824.01.T01 AT1G11130 43.396 106 59 1 112 216 42 147 2.58e-12 68.9
MsG0180005824.01.T01 AT1G11130 31.176 170 85 5 97 263 5 145 7.37e-12 67.4
MsG0180005824.01.T01 AT5G45840 27.329 161 107 2 35 195 36 186 2.77e-12 68.9
MsG0180005824.01.T01 AT5G45840 27.329 161 107 2 35 195 36 186 2.80e-12 68.9
MsG0180005824.01.T01 AT2G23300 30.345 290 134 10 31 316 33 258 3.25e-12 68.6
MsG0180005824.01.T01 AT1G51790 32.895 152 84 5 18 165 355 492 3.53e-12 68.6
MsG0180005824.01.T01 AT5G43020 29.680 219 134 7 4 220 13 213 6.64e-12 67.4
MsG0180005824.01.T01 AT3G19020 25.360 347 210 12 4 313 14 348 9.04e-12 67.4
MsG0180005824.01.T01 AT1G50610 29.798 198 123 8 23 216 38 223 9.35e-12 67.0
MsG0180005824.01.T01 AT3G19230 31.206 141 71 3 58 198 375 489 1.17e-11 66.6
MsG0180005824.01.T01 AT3G19020 25.360 347 210 12 4 313 14 348 1.23e-11 67.0
MsG0180005824.01.T01 AT3G14350 31.500 200 99 6 39 214 2 187 1.83e-11 66.2
MsG0180005824.01.T01 AT2G35620 30.964 197 112 4 32 227 32 205 1.96e-11 65.9
MsG0180005824.01.T01 AT2G35620 30.964 197 112 4 32 227 32 205 1.96e-11 65.9
MsG0180005824.01.T01 AT2G35620 30.964 197 112 4 32 227 32 205 1.96e-11 65.9
MsG0180005824.01.T01 AT2G35620 30.964 197 112 4 32 227 32 205 1.96e-11 65.9
MsG0180005824.01.T01 AT1G51790 33.108 148 78 5 18 161 355 485 2.27e-11 66.2
MsG0180005824.01.T01 AT1G51790 33.108 148 78 5 18 161 355 485 2.27e-11 66.2
MsG0180005824.01.T01 AT5G45800 31.183 186 79 4 103 263 76 237 3.35e-11 65.1
MsG0180005824.01.T01 AT5G06820 29.817 218 112 8 23 214 22 224 4.99e-11 65.1
MsG0180005824.01.T01 AT5G45800 31.183 186 79 4 103 263 76 237 5.80e-11 64.7
MsG0180005824.01.T01 AT3G17840 30.366 191 115 5 31 219 33 207 7.52e-11 64.3
MsG0180005824.01.T01 AT2G01820 27.869 305 149 11 12 263 8 294 8.45e-11 64.3

Find 111 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 121 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GTGAGTGAATTCAAGGAGTT+TGG 0.227770 1:+96589217 None:intergenic
CTTTCACATAATTCACTATC+AGG 0.231723 1:-96589247 MsG0180005824.01.T01:CDS
GATTGCGAGTTCTAGTAAAT+TGG 0.234913 1:+96589132 None:intergenic
CTTTCTGACAACAACTTCTT+TGG 0.244972 1:-96589391 MsG0180005824.01.T01:CDS
TGAGCTCCACCACTTCTAAT+TGG 0.282176 1:+96589056 None:intergenic
AGTAAATTGGGTGGTAGTTT+CGG 0.285186 1:+96589145 None:intergenic
GTAAATTGGGTGGTAGTTTC+GGG 0.288440 1:+96589146 None:intergenic
GCCGCCGGAGCTACGGTTTC+CGG 0.295954 1:-96588698 MsG0180005824.01.T01:CDS
AAGGGATTTGAGTGTGGTTA+TGG 0.332398 1:+96589282 None:intergenic
GAGGGATTGTACAAGGTAAT+TGG 0.334946 1:+96589672 None:intergenic
CTTGGATTCTGTTAAATCCT+AGG 0.359893 1:+96588888 None:intergenic
ATCAAGGCAAATTCTTTATC+CGG 0.361599 1:-96589112 MsG0180005824.01.T01:CDS
GAACCATGATTCAATTGTTC+CGG 0.366418 1:+96589018 None:intergenic
GCGGCCAACAACGCCGGCGG+CGG 0.372846 1:+96588716 None:intergenic
GAGTATGAAGAGGTTGTTCT+TGG 0.373910 1:-96588762 MsG0180005824.01.T01:CDS
ACCTCGTTTGCAAACGGAGC+TGG 0.385626 1:+96588607 None:intergenic
AAAGCCGCCGCCGGCGTTGT+TGG 0.391048 1:-96588720 MsG0180005824.01.T01:CDS
GGCAATATACCATTGGAGTA+TGG 0.395085 1:-96588794 MsG0180005824.01.T01:CDS
GGTATTGGATCGGAGAGTTA+AGG 0.396419 1:+96589327 None:intergenic
AGTGAGCCTGAGTAGCTTGC+AGG 0.406454 1:+96589457 None:intergenic
AGCTACGGTTTCCGGTAGCT+TGG 0.408519 1:-96588690 MsG0180005824.01.T01:CDS
AGGCAAAGAAATAAGAGGTT+TGG 0.411130 1:+96589727 None:intergenic
ATTGCGAGTTCTAGTAAATT+GGG 0.411743 1:+96589133 None:intergenic
TGAGTGAATTCAAGGAGTTT+GGG 0.413753 1:+96589218 None:intergenic
TTGGATGGAAACTTCTTTGA+CGG 0.414819 1:-96588743 MsG0180005824.01.T01:CDS
TTGCAGGGTCTAGTGTGATT+TGG 0.414898 1:+96589473 None:intergenic
CTCCGATCCAATACCTTCTC+TGG 0.437388 1:-96589319 MsG0180005824.01.T01:CDS
CCGCCGGCGTTGTTGGCCGC+CGG 0.437719 1:-96588713 MsG0180005824.01.T01:CDS
GATTCGCGGGCGCGTAACCT+TGG 0.444202 1:+96588870 None:intergenic
GCTACGGTTTCCGGTAGCTT+GGG 0.447500 1:-96588689 MsG0180005824.01.T01:CDS
CGTCGCGCTTACTTCTTATG+TGG 0.454504 1:-96589529 MsG0180005824.01.T01:CDS
TGAGTGTGGTTATGGAAGGA+GGG 0.466623 1:+96589290 None:intergenic
GTGGTTATGGAAGGAGGGAT+TGG 0.469133 1:+96589295 None:intergenic
GCGCACATCTGTGAAGAAAC+TGG 0.471002 1:+96588644 None:intergenic
AAGATTTGTGAGTGAATTCA+AGG 0.477314 1:+96589210 None:intergenic
TTGAGTGTGGTTATGGAAGG+AGG 0.479914 1:+96589289 None:intergenic
ACGGAGCTGGGTTTCTGTGC+CGG 0.482330 1:+96588620 None:intergenic
GATTGGACCAGAGAAGGTAT+TGG 0.482774 1:+96589312 None:intergenic
ATGAAGAGGTTGTTCTTGGA+TGG 0.485419 1:-96588758 MsG0180005824.01.T01:CDS
ATCACTGCAACAAGTGAACT+TGG 0.485965 1:-96588984 MsG0180005824.01.T01:CDS
CCTCGTTTGCAAACGGAGCT+GGG 0.487175 1:+96588608 None:intergenic
TTGGCAAACAACAGTTTCAC+GGG 0.490877 1:-96588965 MsG0180005824.01.T01:CDS
CCCAGCTCCGTTTGCAAACG+AGG 0.490940 1:-96588608 MsG0180005824.01.T01:CDS
TTTACTAGAACTCGCAATCA+AGG 0.498896 1:-96589128 MsG0180005824.01.T01:CDS
CTAGACCCTGCAAGCTACTC+AGG 0.500333 1:-96589463 MsG0180005824.01.T01:CDS
GTTGTTGGCCGCCGGAGCTA+CGG 0.500685 1:-96588705 MsG0180005824.01.T01:CDS
GTGAAAGATCAAGAGATTCA+AGG 0.502967 1:+96589263 None:intergenic
CCGGCGGCCAACAACGCCGG+CGG 0.503552 1:+96588713 None:intergenic
GGATATGCAGCGAGATTCGC+GGG 0.503964 1:+96588857 None:intergenic
TAGTTAGGCAAAGAAATAAG+AGG 0.505168 1:+96589722 None:intergenic
GTGTGTGGAATCTGTGGTGC+AGG 0.512529 1:+96589501 None:intergenic
ATCTAACCAATTAGAAGTGG+TGG 0.516573 1:-96589062 MsG0180005824.01.T01:CDS
GAAAGGGAAGAGATTGAAGA+AGG 0.521054 1:+96589361 None:intergenic
GCAATTATCTCCCAAGCTAC+CGG 0.521953 1:+96588679 None:intergenic
CAAAGAAGTTGTTGTCAGAA+AGG 0.523908 1:+96589392 None:intergenic
ACGATAACCTCGTTTGCAAA+CGG 0.526111 1:+96588601 None:intergenic
CTTGGCAAACAACAGTTTCA+CGG 0.526192 1:-96588966 MsG0180005824.01.T01:CDS
TCAAGGCAAATTCTTTATCC+GGG 0.527121 1:-96589111 MsG0180005824.01.T01:CDS
TGTGATTTGGTTGATGTGTG+TGG 0.528082 1:+96589486 None:intergenic
TGAAAGATCAAGAGATTCAA+GGG 0.530527 1:+96589264 None:intergenic
CTTGGGAGATAATTGCCTAC+AGG 0.531352 1:-96588672 MsG0180005824.01.T01:CDS
GCTCCGGCGGCCAACAACGC+CGG 0.532686 1:+96588710 None:intergenic
AAAGGTCTAGTGTGATGAGT+TGG 0.532970 1:+96589410 None:intergenic
CTCAGCGAGAATGCTCTCGC+CGG 0.538625 1:-96589037 MsG0180005824.01.T01:CDS
GCTACCGGAAACCGTAGCTC+CGG 0.542729 1:+96588694 None:intergenic
CTAGGATTTAACAGAATCCA+AGG 0.545196 1:-96588887 MsG0180005824.01.T01:CDS
CTTTGACGGAAAGCCGCCGC+CGG 0.546113 1:-96588729 MsG0180005824.01.T01:CDS
TTGAGCTTCAATAAACTCAC+GGG 0.548050 1:-96589175 MsG0180005824.01.T01:CDS
GCGCGACGAGGGTGTGAGCA+TGG 0.551617 1:+96589544 None:intergenic
TTGATTTGTCCATACTCCAA+TGG 0.554917 1:+96588785 None:intergenic
TTTGAGCTTCAATAAACTCA+CGG 0.557161 1:-96589176 MsG0180005824.01.T01:CDS
TCGCCGGAACAATTGAATCA+TGG 0.561298 1:-96589021 MsG0180005824.01.T01:CDS
GTTTGCAAACGAGGTTATCG+TGG 0.562179 1:-96588599 MsG0180005824.01.T01:CDS
CGGATATGCAGCGAGATTCG+CGG 0.566093 1:+96588856 None:intergenic
TTTCACATAATTCACTATCA+GGG 0.571216 1:-96589246 MsG0180005824.01.T01:CDS
GATTTGAGTGTGGTTATGGA+AGG 0.574707 1:+96589286 None:intergenic
TGACCATGGTGTGATGGATG+AGG 0.577277 1:+96589597 None:intergenic
GACCAGAGAAGGTATTGGAT+CGG 0.580414 1:+96589317 None:intergenic
AAGGTCTAGTGTGATGAGTT+GGG 0.581623 1:+96589411 None:intergenic
GTTGATGTGTGTGGAATCTG+TGG 0.585203 1:+96589495 None:intergenic
GTGAGCCTGAGTAGCTTGCA+GGG 0.586303 1:+96589458 None:intergenic
GTGAAGTGAGGGATTGTACA+AGG 0.586882 1:+96589665 None:intergenic
CATGGTCATGTATAGCATCA+TGG 0.587092 1:-96589582 MsG0180005824.01.T01:CDS
AATGTCTGACGGTGAAGTGA+GGG 0.589694 1:+96589654 None:intergenic
TTCTTCACAGATGTGCGCGC+CGG 0.591687 1:-96588639 MsG0180005824.01.T01:CDS
AGGAGGGATTGGACCAGAGA+AGG 0.593569 1:+96589306 None:intergenic
CAATGTCTGACGGTGAAGTG+AGG 0.594484 1:+96589653 None:intergenic
GCTACGTGGCAATATACCAT+TGG 0.595384 1:-96588801 MsG0180005824.01.T01:CDS
CATAAGAAGTAAGCGCGACG+AGG 0.595861 1:+96589532 None:intergenic
TTGCTTTCTACACCACGTGC+GGG 0.599947 1:+96588926 None:intergenic
ACCGGAAACCGTAGCTCCGG+CGG 0.602174 1:+96588697 None:intergenic
ATAAGAAGTAAGCGCGACGA+GGG 0.602226 1:+96589533 None:intergenic
TAATTGGTTAGATCCTTCAA+AGG 0.604997 1:+96589072 None:intergenic
AGATTCAAGGGATTTGAGTG+TGG 0.609152 1:+96589276 None:intergenic
TTGAGAGCTTCAATGTCTGA+CGG 0.611977 1:+96589643 None:intergenic
TGGGTGAGTTTAGAGATGAG+TGG 0.626379 1:+96589430 None:intergenic
AATCTCGTGGCATTGAACCT+AGG 0.628510 1:-96588905 MsG0180005824.01.T01:CDS
GACAAATCAAGAGTATGAAG+AGG 0.631871 1:-96588772 MsG0180005824.01.T01:CDS
AGGATCTAACCAATTAGAAG+TGG 0.633372 1:-96589065 MsG0180005824.01.T01:CDS
ATTGCTTTCTACACCACGTG+CGG 0.645394 1:+96588925 None:intergenic
GCGAGTTCTAGTAAATTGGG+TGG 0.658396 1:+96589136 None:intergenic
TATACATGACCATGGTGTGA+TGG 0.663629 1:+96589591 None:intergenic
TGGTGTAGAAAGCAATCTCG+TGG 0.664824 1:-96588918 MsG0180005824.01.T01:CDS
GACCATGGTGTGATGGATGA+GGG 0.665244 1:+96589598 None:intergenic
AAGAAACTGGACATACCTGT+AGG 0.666210 1:+96588657 None:intergenic
AGGGTGTGAGCATGGATCAG+TGG 0.673460 1:+96589552 None:intergenic
CAGATCTCAAAACCCGCACG+TGG 0.674542 1:-96588938 MsG0180005824.01.T01:CDS
ATTCGTCACAACTCGCTACG+TGG 0.681956 1:-96588815 MsG0180005824.01.T01:CDS
AACCCTCATCCATCACACCA+TGG 0.696863 1:-96589600 MsG0180005824.01.T01:CDS
CATGATGCTATACATGACCA+TGG 0.720106 1:+96589583 None:intergenic
TGGCAAACAACAGTTTCACG+GGG 0.726780 1:-96588964 MsG0180005824.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAAAACAAATAGTGATAGTT+AGG + Chr1:96588615-96588634 None:intergenic 20.0%
! AAGGTAATTGGTATGAAAAA+TGG + Chr1:96588638-96588657 None:intergenic 25.0%
! TTTCACATAATTCACTATCA+GGG - Chr1:96589073-96589092 MsG0180005824.01.T01:CDS 25.0%
AAGATTTGTGAGTGAATTCA+AGG + Chr1:96589112-96589131 None:intergenic 30.0%
ATCAAGGCAAATTCTTTATC+CGG - Chr1:96589207-96589226 MsG0180005824.01.T01:CDS 30.0%
CTTCAAAAAACAACCTTTGA+AGG - Chr1:96589234-96589253 MsG0180005824.01.T01:CDS 30.0%
CTTTCACATAATTCACTATC+AGG - Chr1:96589072-96589091 MsG0180005824.01.T01:CDS 30.0%
TAATTGGTTAGATCCTTCAA+AGG + Chr1:96589250-96589269 None:intergenic 30.0%
TAGTTAGGCAAAGAAATAAG+AGG + Chr1:96588600-96588619 None:intergenic 30.0%
TGAAAGATCAAGAGATTCAA+GGG + Chr1:96589058-96589077 None:intergenic 30.0%
TTTGAGCTTCAATAAACTCA+CGG - Chr1:96589143-96589162 MsG0180005824.01.T01:CDS 30.0%
! ATTGCGAGTTCTAGTAAATT+GGG + Chr1:96589189-96589208 None:intergenic 30.0%
!!! TCAAAGGTTGTTTTTTGAAG+TGG + Chr1:96589234-96589253 None:intergenic 30.0%
AGGATCTAACCAATTAGAAG+TGG - Chr1:96589254-96589273 MsG0180005824.01.T01:CDS 35.0%
AGGCAAAGAAATAAGAGGTT+TGG + Chr1:96588595-96588614 None:intergenic 35.0%
AGTAAATTGGGTGGTAGTTT+CGG + Chr1:96589177-96589196 None:intergenic 35.0%
ATCGACAAAAACGACAGTAA+CGG + Chr1:96589486-96589505 None:intergenic 35.0%
ATCTAACCAATTAGAAGTGG+TGG - Chr1:96589257-96589276 MsG0180005824.01.T01:CDS 35.0%
CAAAGAAGTTGTTGTCAGAA+AGG + Chr1:96588930-96588949 None:intergenic 35.0%
CTAGGATTTAACAGAATCCA+AGG - Chr1:96589432-96589451 MsG0180005824.01.T01:CDS 35.0%
CTTGGATTCTGTTAAATCCT+AGG + Chr1:96589434-96589453 None:intergenic 35.0%
CTTTCTGACAACAACTTCTT+TGG - Chr1:96588928-96588947 MsG0180005824.01.T01:CDS 35.0%
GAACCATGATTCAATTGTTC+CGG + Chr1:96589304-96589323 None:intergenic 35.0%
GTGAAAGATCAAGAGATTCA+AGG + Chr1:96589059-96589078 None:intergenic 35.0%
TCAAGGCAAATTCTTTATCC+GGG - Chr1:96589208-96589227 MsG0180005824.01.T01:CDS 35.0%
TGAGTGAATTCAAGGAGTTT+GGG + Chr1:96589104-96589123 None:intergenic 35.0%
TTGAGCTTCAATAAACTCAC+GGG - Chr1:96589144-96589163 MsG0180005824.01.T01:CDS 35.0%
TTGGATGGAAACTTCTTTGA+CGG - Chr1:96589576-96589595 MsG0180005824.01.T01:CDS 35.0%
TTTACTAGAACTCGCAATCA+AGG - Chr1:96589191-96589210 MsG0180005824.01.T01:CDS 35.0%
! GACAAATCAAGAGTATGAAG+AGG - Chr1:96589547-96589566 MsG0180005824.01.T01:CDS 35.0%
! GATTGCGAGTTCTAGTAAAT+TGG + Chr1:96589190-96589209 None:intergenic 35.0%
!! TTGATTTGTCCATACTCCAA+TGG + Chr1:96589537-96589556 None:intergenic 35.0%
!!! TAAGGTTTTGAGGTTGGAAA+GGG + Chr1:96588977-96588996 None:intergenic 35.0%
!!! TTAAGGTTTTGAGGTTGGAA+AGG + Chr1:96588978-96588997 None:intergenic 35.0%
AAAGGTCTAGTGTGATGAGT+TGG + Chr1:96588912-96588931 None:intergenic 40.0%
AAGAAACTGGACATACCTGT+AGG + Chr1:96589665-96589684 None:intergenic 40.0%
AAGGGATTTGAGTGTGGTTA+TGG + Chr1:96589040-96589059 None:intergenic 40.0%
AAGGTCTAGTGTGATGAGTT+GGG + Chr1:96588911-96588930 None:intergenic 40.0%
ACGATAACCTCGTTTGCAAA+CGG + Chr1:96589721-96589740 None:intergenic 40.0%
AGATTCAAGGGATTTGAGTG+TGG + Chr1:96589046-96589065 None:intergenic 40.0%
ATCACTGCAACAAGTGAACT+TGG - Chr1:96589335-96589354 MsG0180005824.01.T01:CDS 40.0%
ATGAAGAGGTTGTTCTTGGA+TGG - Chr1:96589561-96589580 MsG0180005824.01.T01:CDS 40.0%
CATGATGCTATACATGACCA+TGG + Chr1:96588739-96588758 None:intergenic 40.0%
CATGGTCATGTATAGCATCA+TGG - Chr1:96588737-96588756 MsG0180005824.01.T01:CDS 40.0%
CTTGGCAAACAACAGTTTCA+CGG - Chr1:96589353-96589372 MsG0180005824.01.T01:CDS 40.0%
GAAAGGGAAGAGATTGAAGA+AGG + Chr1:96588961-96588980 None:intergenic 40.0%
GAGGGATTGTACAAGGTAAT+TGG + Chr1:96588650-96588669 None:intergenic 40.0%
GAGTATGAAGAGGTTGTTCT+TGG - Chr1:96589557-96589576 MsG0180005824.01.T01:CDS 40.0%
GATTTGAGTGTGGTTATGGA+AGG + Chr1:96589036-96589055 None:intergenic 40.0%
GGCAATATACCATTGGAGTA+TGG - Chr1:96589525-96589544 MsG0180005824.01.T01:CDS 40.0%
GTAAATTGGGTGGTAGTTTC+GGG + Chr1:96589176-96589195 None:intergenic 40.0%
GTGAGTGAATTCAAGGAGTT+TGG + Chr1:96589105-96589124 None:intergenic 40.0%
TATACATGACCATGGTGTGA+TGG + Chr1:96588731-96588750 None:intergenic 40.0%
TTGAGAGCTTCAATGTCTGA+CGG + Chr1:96588679-96588698 None:intergenic 40.0%
TTGGCAAACAACAGTTTCAC+GGG - Chr1:96589354-96589373 MsG0180005824.01.T01:CDS 40.0%
! ATCGGAGAGTTAAGGTTTTG+AGG + Chr1:96588987-96589006 None:intergenic 40.0%
!! TGTGATTTGGTTGATGTGTG+TGG + Chr1:96588836-96588855 None:intergenic 40.0%
!!! GAGAGTTAAGGTTTTGAGGT+TGG + Chr1:96588983-96589002 None:intergenic 40.0%
AATGTCTGACGGTGAAGTGA+GGG + Chr1:96588668-96588687 None:intergenic 45.0%
ATAAGAAGTAAGCGCGACGA+GGG + Chr1:96588789-96588808 None:intergenic 45.0%
ATTGCTTTCTACACCACGTG+CGG + Chr1:96589397-96589416 None:intergenic 45.0%
CTTGGGAGATAATTGCCTAC+AGG - Chr1:96589647-96589666 MsG0180005824.01.T01:CDS 45.0%
GCAATTATCTCCCAAGCTAC+CGG + Chr1:96589643-96589662 None:intergenic 45.0%
GCTACGTGGCAATATACCAT+TGG - Chr1:96589518-96589537 MsG0180005824.01.T01:CDS 45.0%
GTGAAGTGAGGGATTGTACA+AGG + Chr1:96588657-96588676 None:intergenic 45.0%
GTTGATGTGTGTGGAATCTG+TGG + Chr1:96588827-96588846 None:intergenic 45.0%
GTTTGCAAACGAGGTTATCG+TGG - Chr1:96589720-96589739 MsG0180005824.01.T01:CDS 45.0%
TCGCCGGAACAATTGAATCA+TGG - Chr1:96589298-96589317 MsG0180005824.01.T01:CDS 45.0%
TGAGCTCCACCACTTCTAAT+TGG + Chr1:96589266-96589285 None:intergenic 45.0%
TGAGTGTGGTTATGGAAGGA+GGG + Chr1:96589032-96589051 None:intergenic 45.0%
TGGCAAACAACAGTTTCACG+GGG - Chr1:96589355-96589374 MsG0180005824.01.T01:CDS 45.0%
TGGGTGAGTTTAGAGATGAG+TGG + Chr1:96588892-96588911 None:intergenic 45.0%
TGGTGTAGAAAGCAATCTCG+TGG - Chr1:96589401-96589420 MsG0180005824.01.T01:CDS 45.0%
TTGAGTGTGGTTATGGAAGG+AGG + Chr1:96589033-96589052 None:intergenic 45.0%
TTGCAGGGTCTAGTGTGATT+TGG + Chr1:96588849-96588868 None:intergenic 45.0%
! AATCTCGTGGCATTGAACCT+AGG - Chr1:96589414-96589433 MsG0180005824.01.T01:CDS 45.0%
! GATTGGACCAGAGAAGGTAT+TGG + Chr1:96589010-96589029 None:intergenic 45.0%
! GCGAGTTCTAGTAAATTGGG+TGG + Chr1:96589186-96589205 None:intergenic 45.0%
! GGTATTGGATCGGAGAGTTA+AGG + Chr1:96588995-96589014 None:intergenic 45.0%
!! GACCAGAGAAGGTATTGGAT+CGG + Chr1:96589005-96589024 None:intergenic 45.0%
!!! GGTTGTTTTTTGAAGTGGCC+CGG + Chr1:96589229-96589248 None:intergenic 45.0%
AACCCTCATCCATCACACCA+TGG - Chr1:96588719-96588738 MsG0180005824.01.T01:CDS 50.0%
ATTCGTCACAACTCGCTACG+TGG - Chr1:96589504-96589523 MsG0180005824.01.T01:CDS 50.0%
CAATGTCTGACGGTGAAGTG+AGG + Chr1:96588669-96588688 None:intergenic 50.0%
CATAAGAAGTAAGCGCGACG+AGG + Chr1:96588790-96588809 None:intergenic 50.0%
CGTCGCGCTTACTTCTTATG+TGG - Chr1:96588790-96588809 MsG0180005824.01.T01:CDS 50.0%
CTCCGATCCAATACCTTCTC+TGG - Chr1:96589000-96589019 MsG0180005824.01.T01:CDS 50.0%
GCGCACATCTGTGAAGAAAC+TGG + Chr1:96589678-96589697 None:intergenic 50.0%
GTGGTTATGGAAGGAGGGAT+TGG + Chr1:96589027-96589046 None:intergenic 50.0%
TTGCTTTCTACACCACGTGC+GGG + Chr1:96589396-96589415 None:intergenic 50.0%
!! GACCATGGTGTGATGGATGA+GGG + Chr1:96588724-96588743 None:intergenic 50.0%
!! TGACCATGGTGTGATGGATG+AGG + Chr1:96588725-96588744 None:intergenic 50.0%
ACCTCGTTTGCAAACGGAGC+TGG + Chr1:96589715-96589734 None:intergenic 55.0%
AGCTACGGTTTCCGGTAGCT+TGG - Chr1:96589629-96589648 MsG0180005824.01.T01:CDS 55.0%
AGGAGGGATTGGACCAGAGA+AGG + Chr1:96589016-96589035 None:intergenic 55.0%
AGGGTGTGAGCATGGATCAG+TGG + Chr1:96588770-96588789 None:intergenic 55.0%
CAGATCTCAAAACCCGCACG+TGG - Chr1:96589381-96589400 MsG0180005824.01.T01:CDS 55.0%
CCTCGTTTGCAAACGGAGCT+GGG + Chr1:96589714-96589733 None:intergenic 55.0%
CGGATATGCAGCGAGATTCG+CGG + Chr1:96589466-96589485 None:intergenic 55.0%
CTAGACCCTGCAAGCTACTC+AGG - Chr1:96588856-96588875 MsG0180005824.01.T01:CDS 55.0%
GCTACGGTTTCCGGTAGCTT+GGG - Chr1:96589630-96589649 MsG0180005824.01.T01:CDS 55.0%
GGATATGCAGCGAGATTCGC+GGG + Chr1:96589465-96589484 None:intergenic 55.0%
GTGTGTGGAATCTGTGGTGC+AGG + Chr1:96588821-96588840 None:intergenic 55.0%
TTCTTCACAGATGTGCGCGC+CGG - Chr1:96589680-96589699 MsG0180005824.01.T01:CDS 55.0%
! AGTGAGCCTGAGTAGCTTGC+AGG + Chr1:96588865-96588884 None:intergenic 55.0%
! GTGAGCCTGAGTAGCTTGCA+GGG + Chr1:96588864-96588883 None:intergenic 55.0%
ACGGAGCTGGGTTTCTGTGC+CGG + Chr1:96589702-96589721 None:intergenic 60.0%
CCCAGCTCCGTTTGCAAACG+AGG - Chr1:96589711-96589730 MsG0180005824.01.T01:CDS 60.0%
CTCAGCGAGAATGCTCTCGC+CGG - Chr1:96589282-96589301 MsG0180005824.01.T01:CDS 60.0%
GCTACCGGAAACCGTAGCTC+CGG + Chr1:96589628-96589647 None:intergenic 60.0%
ACCGGAAACCGTAGCTCCGG+CGG + Chr1:96589625-96589644 None:intergenic 65.0%
CTTTGACGGAAAGCCGCCGC+CGG - Chr1:96589590-96589609 MsG0180005824.01.T01:CDS 65.0%
GATTCGCGGGCGCGTAACCT+TGG + Chr1:96589452-96589471 None:intergenic 65.0%
GTTGTTGGCCGCCGGAGCTA+CGG - Chr1:96589614-96589633 MsG0180005824.01.T01:CDS 65.0%
AAAGCCGCCGCCGGCGTTGT+TGG - Chr1:96589599-96589618 MsG0180005824.01.T01:CDS 70.0%
GCCGCCGGAGCTACGGTTTC+CGG - Chr1:96589621-96589640 MsG0180005824.01.T01:CDS 70.0%
! GCGCGACGAGGGTGTGAGCA+TGG + Chr1:96588778-96588797 None:intergenic 70.0%
GCTCCGGCGGCCAACAACGC+CGG + Chr1:96589612-96589631 None:intergenic 75.0%
! CCGCCGGCGTTGTTGGCCGC+CGG - Chr1:96589606-96589625 MsG0180005824.01.T01:CDS 80.0%
! CCGGCGGCCAACAACGCCGG+CGG + Chr1:96589609-96589628 None:intergenic 80.0%
! GCGGCCAACAACGCCGGCGG+CGG + Chr1:96589606-96589625 None:intergenic 80.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 96588589 96589752 96588589 ID=MsG0180005824.01;Name=MsG0180005824.01
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Chr1 exon 96588589 96589752 96588589 ID=MsG0180005824.01.T01:exon:10645;Parent=MsG0180005824.01.T01
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Gene Sequence

>MsG0180005824.01.T01

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Protein sequence

>MsG0180005824.01.T01

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