AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0380011902.01

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MsG0380011902.01.T01 AT1G17230 33.333 435 262 11 7 420 649 1076 8.46e-62 216
MsG0380011902.01.T01 AT2G02220 32.796 372 218 7 1 344 570 937 2.83e-60 212
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MsG0380011902.01.T01 AT2G43700 34.959 369 215 9 56 413 224 578 2.10e-59 205
MsG0380011902.01.T01 AT2G43700 34.959 369 215 9 56 413 224 578 2.10e-59 205
MsG0380011902.01.T01 AT1G74360 32.166 457 256 11 4 418 643 1087 2.15e-59 209
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MsG0380011902.01.T01 AT4G08850 32.118 439 262 12 1 417 621 1045 3.35e-58 206
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MsG0380011902.01.T01 AT1G28440 33.178 428 249 14 7 413 545 956 6.88e-58 205
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MsG0380011902.01.T01 AT5G53890 34.400 375 203 7 7 344 589 957 1.34e-57 204
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MsG0380011902.01.T01 AT5G49660 33.710 442 242 14 3 413 509 930 1.38e-56 201
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MsG0380011902.01.T01 AT1G55610 32.096 458 258 13 7 421 692 1139 1.66e-56 201
MsG0380011902.01.T01 AT3G13380 32.294 449 253 13 7 414 692 1130 2.52e-56 201
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MsG0380011902.01.T01 AT5G59260 35.191 341 202 7 84 416 295 624 1.09e-55 195
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MsG0380011902.01.T01 AT5G65240 32.794 433 247 10 7 413 141 555 3.53e-54 191
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MsG0380011902.01.T01 AT5G45780 30.889 450 262 11 4 413 86 526 5.87e-54 189
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MsG0380011902.01.T01 AT2G43690 32.682 358 218 7 66 413 259 603 2.99e-53 189
MsG0380011902.01.T01 AT5G10290 30.454 463 254 11 1 413 117 561 3.24e-53 187
MsG0380011902.01.T01 AT5G10290 30.454 463 254 11 1 413 117 561 3.24e-53 187
MsG0380011902.01.T01 AT1G51880 33.108 444 257 15 4 418 430 862 6.23e-53 190
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MsG0380011902.01.T01 AT5G63710 31.982 444 268 12 1 423 104 534 1.39e-52 185
MsG0380011902.01.T01 AT5G59670 30.963 436 264 10 4 416 412 833 1.57e-52 189
MsG0380011902.01.T01 AT5G59670 30.963 436 264 10 4 416 412 833 1.57e-52 189
MsG0380011902.01.T01 AT1G51850 29.348 460 266 10 4 418 384 829 2.08e-52 188
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MsG0380011902.01.T01 AT5G24080 34.024 338 206 7 91 419 348 677 2.63e-52 187
MsG0380011902.01.T01 AT3G58690 34.395 314 184 6 113 416 62 363 2.98e-52 180
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MsG0380011902.01.T01 AT5G63710 31.982 444 268 12 1 423 140 570 3.87e-52 185
MsG0380011902.01.T01 AT5G24080 34.024 338 206 7 91 419 475 804 4.45e-52 187
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MsG0380011902.01.T01 AT4G29050 34.877 367 221 9 55 413 257 613 5.32e-52 185
MsG0380011902.01.T01 AT1G24650 33.480 454 233 11 1 409 387 816 5.93e-52 187
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MsG0380011902.01.T01 AT4G02630 34.007 297 184 4 123 413 141 431 6.13e-52 182
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MsG0380011902.01.T01 AT4G33430 31.829 421 268 6 7 413 145 560 1.24e-51 183
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MsG0380011902.01.T01 AT5G60300 34.111 343 206 8 84 418 284 614 1.36e-51 185
MsG0380011902.01.T01 AT5G60300 34.006 347 209 8 84 422 284 618 1.71e-51 185
MsG0380011902.01.T01 AT1G09440 33.670 297 182 5 124 413 137 425 1.79e-51 180
MsG0380011902.01.T01 AT1G09440 33.670 297 182 5 124 413 137 425 1.79e-51 180
MsG0380011902.01.T01 AT1G56120 34.000 350 215 6 71 417 643 979 2.00e-51 186
MsG0380011902.01.T01 AT1G56120 34.000 350 215 6 71 417 625 961 2.04e-51 186
MsG0380011902.01.T01 AT1G01540 40.000 225 132 1 123 344 133 357 2.05e-51 178
MsG0380011902.01.T01 AT4G01330 34.797 296 182 4 123 413 141 430 2.98e-51 180
MsG0380011902.01.T01 AT4G01330 34.797 296 182 4 123 413 141 430 3.01e-51 180
MsG0380011902.01.T01 AT4G02010 34.278 353 203 10 94 423 316 662 3.81e-51 184
MsG0380011902.01.T01 AT5G15730 34.494 316 169 9 117 420 88 377 4.04e-51 178
MsG0380011902.01.T01 AT3G53380 34.769 325 197 5 98 413 330 648 4.29e-51 183
MsG0380011902.01.T01 AT4G33430 31.678 423 270 6 5 413 190 607 4.33e-51 182
MsG0380011902.01.T01 AT4G32300 36.486 296 167 6 127 413 478 761 4.60e-51 184
MsG0380011902.01.T01 AT2G19230 30.162 431 264 13 1 419 437 842 5.98e-51 185
MsG0380011902.01.T01 AT3G53590 34.561 353 206 8 79 416 548 890 6.73e-51 184
MsG0380011902.01.T01 AT2G19230 30.394 431 262 14 1 419 437 841 7.28e-51 184
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MsG0380011902.01.T01 AT2G35620 29.621 422 261 8 16 413 159 568 9.06e-51 181
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MsG0380011902.01.T01 AT2G35620 29.621 422 261 8 16 413 159 568 9.06e-51 181
MsG0380011902.01.T01 AT2G35620 29.621 422 261 8 16 413 159 568 9.06e-51 181
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MsG0380011902.01.T01 AT3G45430 33.898 354 215 9 69 417 274 613 3.18e-50 181
MsG0380011902.01.T01 AT5G42440 35.986 289 170 6 132 413 69 349 3.26e-50 174
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MsG0380011902.01.T01 AT4G21230 32.682 358 211 8 75 417 262 604 3.48e-50 180
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MsG0380011902.01.T01 AT4G04490 31.190 420 251 11 23 424 215 614 1.63e-49 178
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MsG0380011902.01.T01 AT2G18470 38.496 226 138 1 132 356 272 497 2.67e-49 177
MsG0380011902.01.T01 AT1G09970 29.694 458 257 13 4 413 508 948 2.84e-49 180
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MsG0380011902.01.T01 AT1G56720 33.670 297 182 5 124 413 159 447 3.98e-49 174
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MsG0380011902.01.T01 AT3G17420 32.203 295 189 4 123 412 133 421 4.02e-47 168
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MsG0380011902.01.T01 AT5G38560 34.694 294 177 5 132 416 327 614 4.84e-47 172
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MsG0380011902.01.T01 AT2G42960 33.220 295 186 4 123 412 162 450 7.60e-47 168
MsG0380011902.01.T01 AT2G42960 33.220 295 186 4 123 412 162 450 7.60e-47 168
MsG0380011902.01.T01 AT2G42960 33.220 295 186 4 123 412 162 450 7.60e-47 168
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MsG0380011902.01.T01 AT5G07180 29.087 416 260 9 14 412 516 913 3.52e-46 171
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MsG0380011902.01.T01 AT1G24030 39.535 215 123 4 137 344 1 215 5.69e-46 161
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MsG0380011902.01.T01 AT5G18500 33.559 295 185 4 123 412 145 433 7.25e-46 165
MsG0380011902.01.T01 AT5G18500 33.559 295 185 4 123 412 145 433 7.25e-46 165
MsG0380011902.01.T01 AT5G18500 33.559 295 185 4 123 412 145 433 7.25e-46 165
MsG0380011902.01.T01 AT5G18500 33.559 295 185 4 123 412 145 433 7.25e-46 165
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MsG0380011902.01.T01 AT4G29180 33.613 357 198 8 12 345 444 784 6.27e-45 167
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MsG0380011902.01.T01 AT2G28990 29.605 456 268 11 3 418 406 848 6.86e-45 167
MsG0380011902.01.T01 AT4G23130 33.548 310 191 7 117 419 318 619 6.93e-45 166
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MsG0380011902.01.T01 AT4G11900 31.111 360 207 9 91 422 399 745 7.37e-45 166
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MsG0380011902.01.T01 AT3G45440 34.516 310 190 7 111 416 310 610 8.67e-45 165
MsG0380011902.01.T01 AT1G21250 38.647 207 125 1 137 341 402 608 9.16e-45 166
MsG0380011902.01.T01 AT4G22130 27.941 476 263 13 4 418 74 530 9.27e-45 164
MsG0380011902.01.T01 AT1G79620 34.007 297 184 5 122 413 642 931 9.56e-45 167
MsG0380011902.01.T01 AT4G04510 30.827 399 249 9 34 416 221 608 9.64e-45 165
MsG0380011902.01.T01 AT4G11900 31.111 360 207 9 91 422 468 814 9.80e-45 166
MsG0380011902.01.T01 AT3G25560 29.425 435 261 11 9 413 161 579 9.88e-45 165
MsG0380011902.01.T01 AT1G07560 30.465 430 257 12 1 416 435 836 9.90e-45 167
MsG0380011902.01.T01 AT1G51860 29.956 454 263 12 4 416 413 852 9.92e-45 167
MsG0380011902.01.T01 AT1G79670 34.014 294 184 5 132 421 372 659 1.04e-44 166
MsG0380011902.01.T01 AT4G11890 33.688 282 173 5 137 413 33 305 1.07e-44 159
MsG0380011902.01.T01 AT1G51890 29.464 448 268 14 4 418 136 568 1.10e-44 164
MsG0380011902.01.T01 AT4G04510 30.827 399 249 9 34 416 219 606 1.11e-44 165
MsG0380011902.01.T01 AT3G46290 35.017 297 175 4 128 416 469 755 1.12e-44 166
MsG0380011902.01.T01 AT3G45440 34.516 310 190 7 111 416 363 663 1.12e-44 166
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MsG0380011902.01.T01 AT1G61380 32.213 357 212 8 81 422 424 765 1.25e-44 166
MsG0380011902.01.T01 AT1G61500 31.356 354 224 7 81 422 427 773 1.27e-44 166
MsG0380011902.01.T01 AT4G32710 40.845 213 122 3 132 340 377 589 1.37e-44 165
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MsG0380011902.01.T01 AT5G01950 35.714 294 172 5 130 416 527 810 1.80e-44 166
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MsG0380011902.01.T01 AT5G01950 35.714 294 172 5 130 416 612 895 2.25e-44 166
MsG0380011902.01.T01 AT5G01950 35.714 294 172 5 130 416 612 895 2.25e-44 166
MsG0380011902.01.T01 AT5G01950 35.714 294 172 5 130 416 612 895 2.25e-44 166
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MsG0380011902.01.T01 AT3G24790 34.667 300 181 7 126 417 48 340 3.56e-44 158
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MsG0380011902.01.T01 AT5G01950 35.452 299 171 6 130 416 612 900 7.21e-44 164
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MsG0380011902.01.T01 AT3G13690 32.872 289 184 5 129 413 396 678 8.26e-44 163
MsG0380011902.01.T01 AT1G51890 29.464 448 268 14 4 418 344 776 8.53e-44 164
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MsG0380011902.01.T01 AT1G51890 29.464 448 268 14 4 418 408 840 1.09e-43 164
MsG0380011902.01.T01 AT4G23310 33.235 340 206 9 101 428 461 791 1.14e-43 163
MsG0380011902.01.T01 AT5G38240 35.294 323 186 10 99 413 228 535 1.18e-43 161
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MsG0380011902.01.T01 AT5G06740 33.333 300 182 7 129 417 327 619 1.42e-43 162
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MsG0380011902.01.T01 AT4G23190 30.194 361 227 8 74 417 195 547 1.45e-43 161
MsG0380011902.01.T01 AT1G61490 31.831 355 221 9 81 422 271 617 1.49e-43 162
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MsG0380011902.01.T01 AT1G06700 31.313 297 186 6 132 416 56 346 2.17e-43 156
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MsG0380011902.01.T01 AT1G51790 29.206 428 268 15 7 419 440 847 3.02e-43 162
MsG0380011902.01.T01 AT3G08870 35.254 295 173 5 129 416 374 657 3.17e-43 161
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MsG0380011902.01.T01 AT1G61490 31.831 355 221 9 81 422 395 741 3.48e-43 162
MsG0380011902.01.T01 AT1G61490 31.831 355 221 9 81 422 421 767 3.54e-43 162
MsG0380011902.01.T01 AT1G61490 31.831 355 221 9 81 422 421 767 3.54e-43 162
MsG0380011902.01.T01 AT1G61490 31.831 355 221 9 81 422 421 767 3.54e-43 162
MsG0380011902.01.T01 AT1G61490 31.831 355 221 9 81 422 421 767 3.54e-43 162
MsG0380011902.01.T01 AT4G21380 32.787 305 181 6 132 423 514 807 3.61e-43 162
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MsG0380011902.01.T01 AT2G30740 34.440 241 147 4 132 361 59 299 4.91e-43 155
MsG0380011902.01.T01 AT2G30740 34.440 241 147 4 132 361 59 299 4.91e-43 155
MsG0380011902.01.T01 AT2G30740 34.440 241 147 4 132 361 59 299 4.91e-43 155
MsG0380011902.01.T01 AT2G30740 34.440 241 147 4 132 361 59 299 4.91e-43 155
MsG0380011902.01.T01 AT2G30740 34.440 241 147 4 132 361 59 299 4.91e-43 155
MsG0380011902.01.T01 AT2G30740 34.440 241 147 4 132 361 59 299 4.91e-43 155
MsG0380011902.01.T01 AT2G30740 34.440 241 147 4 132 361 59 299 4.91e-43 155
MsG0380011902.01.T01 AT2G30740 34.440 241 147 4 132 361 59 299 4.91e-43 155
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MsG0380011902.01.T01 AT2G30740 34.440 241 147 4 132 361 59 299 4.91e-43 155
MsG0380011902.01.T01 AT1G66920 40.175 229 131 4 116 340 281 507 4.94e-43 160
MsG0380011902.01.T01 AT2G28970 30.997 371 220 7 4 340 275 643 4.98e-43 161
MsG0380011902.01.T01 AT1G51940 33.540 322 174 9 122 418 319 625 5.03e-43 160
MsG0380011902.01.T01 AT5G42120 31.487 343 206 10 87 413 312 641 5.08e-43 160
MsG0380011902.01.T01 AT1G11300 33.125 320 196 9 66 370 422 738 6.01e-43 161
MsG0380011902.01.T01 AT1G08590 27.511 458 286 9 1 420 555 1004 6.05e-43 162
MsG0380011902.01.T01 AT2G25220 32.372 312 180 9 74 357 53 361 6.14e-43 155
MsG0380011902.01.T01 AT2G28970 30.997 371 220 7 4 340 310 678 6.20e-43 161
MsG0380011902.01.T01 AT3G16030 34.256 289 177 5 132 413 392 674 7.46e-43 160
MsG0380011902.01.T01 AT1G16110 38.249 217 130 1 130 342 418 634 7.51e-43 159
MsG0380011902.01.T01 AT1G76370 33.557 298 183 7 127 416 58 348 8.63e-43 155
MsG0380011902.01.T01 AT1G61400 31.421 366 208 10 89 424 435 787 8.63e-43 160
MsG0380011902.01.T01 AT1G61370 29.888 358 219 8 85 422 282 627 8.81e-43 159
MsG0380011902.01.T01 AT5G59700 37.991 229 139 3 131 356 469 697 9.17e-43 160
MsG0380011902.01.T01 AT1G51800 29.295 454 275 13 1 427 431 865 1.02e-42 161
MsG0380011902.01.T01 AT4G23130 37.719 228 138 3 117 341 318 544 1.03e-42 158
MsG0380011902.01.T01 AT1G61420 31.008 387 236 10 53 422 399 771 1.07e-42 160
MsG0380011902.01.T01 AT1G11340 33.916 286 162 6 80 341 501 783 1.12e-42 160
MsG0380011902.01.T01 AT4G23160 32.012 328 204 8 100 417 313 631 1.12e-42 159
MsG0380011902.01.T01 AT4G13190 33.108 296 184 6 130 417 57 346 1.13e-42 154
MsG0380011902.01.T01 AT1G70450 31.944 288 192 4 132 416 37 323 1.16e-42 155
MsG0380011902.01.T01 AT1G60800 33.784 296 183 6 125 413 215 504 1.22e-42 158
MsG0380011902.01.T01 AT5G11020 31.579 323 208 7 110 427 46 360 1.26e-42 154
MsG0380011902.01.T01 AT1G61420 34.007 297 177 6 135 422 487 773 1.31e-42 160
MsG0380011902.01.T01 AT1G61420 34.007 297 177 6 135 422 487 773 1.31e-42 160
MsG0380011902.01.T01 AT1G53440 31.471 340 200 8 95 413 608 935 1.38e-42 160
MsG0380011902.01.T01 AT1G67000 38.431 255 146 6 95 341 506 757 1.40e-42 160
MsG0380011902.01.T01 AT1G16160 32.660 297 188 3 130 421 418 707 1.65e-42 159
MsG0380011902.01.T01 AT3G16030 34.256 289 177 5 132 413 536 818 1.73e-42 160
MsG0380011902.01.T01 AT1G61370 29.888 358 219 8 85 422 433 778 1.74e-42 160
MsG0380011902.01.T01 AT3G16030 34.256 289 177 5 132 413 515 797 1.75e-42 160
MsG0380011902.01.T01 AT1G70740 31.104 299 182 5 137 418 43 334 2.18e-42 155
MsG0380011902.01.T01 AT2G25220 32.476 311 179 8 74 356 4 311 2.19e-42 154
MsG0380011902.01.T01 AT5G11020 31.579 323 208 7 110 427 73 387 2.43e-42 154
MsG0380011902.01.T01 AT1G67520 32.990 291 178 6 132 413 247 529 2.53e-42 157
MsG0380011902.01.T01 AT5G11020 31.677 322 207 7 110 426 69 382 2.53e-42 154
MsG0380011902.01.T01 AT3G09010 36.207 232 144 2 130 357 32 263 2.72e-42 151
MsG0380011902.01.T01 AT1G29750 29.248 359 222 8 72 416 597 937 2.75e-42 160
MsG0380011902.01.T01 AT5G11020 31.579 323 208 7 110 427 107 421 2.81e-42 154
MsG0380011902.01.T01 AT1G11300 34.899 298 168 10 96 370 429 723 2.86e-42 159
MsG0380011902.01.T01 AT1G29750 29.248 359 222 8 72 416 612 952 2.88e-42 160
MsG0380011902.01.T01 AT4G23320 31.322 348 217 9 84 419 121 458 2.88e-42 156
MsG0380011902.01.T01 AT4G23320 31.322 348 217 9 84 419 121 458 2.88e-42 156
MsG0380011902.01.T01 AT1G21240 32.463 268 171 3 153 416 163 424 3.07e-42 155
MsG0380011902.01.T01 AT3G45390 34.286 315 180 7 111 422 319 609 3.14e-42 158
MsG0380011902.01.T01 AT2G48010 32.491 277 170 4 82 341 210 486 3.40e-42 157
MsG0380011902.01.T01 AT4G28670 32.441 299 182 6 132 419 319 608 3.57e-42 157
MsG0380011902.01.T01 AT1G67520 32.990 291 178 6 132 413 276 558 3.78e-42 157
MsG0380011902.01.T01 AT1G67520 32.990 291 178 6 132 413 276 558 3.78e-42 157
MsG0380011902.01.T01 AT4G23240 32.550 298 183 6 131 419 15 303 3.80e-42 152
MsG0380011902.01.T01 AT1G53430 31.195 343 203 8 95 416 569 899 3.83e-42 159
MsG0380011902.01.T01 AT5G40380 40.284 211 118 5 131 336 302 509 3.90e-42 156
MsG0380011902.01.T01 AT1G60800 33.784 296 183 6 125 413 282 571 3.94e-42 157
MsG0380011902.01.T01 AT1G61610 33.673 294 175 5 132 416 513 795 3.96e-42 159
MsG0380011902.01.T01 AT1G52290 33.188 229 150 2 132 357 131 359 4.07e-42 153
MsG0380011902.01.T01 AT4G23320 31.322 348 217 9 84 419 142 479 4.47e-42 156
MsG0380011902.01.T01 AT5G15080 32.558 301 183 5 130 416 128 422 4.49e-42 155
MsG0380011902.01.T01 AT3G59420 33.226 310 180 9 130 425 498 794 4.52e-42 159
MsG0380011902.01.T01 AT1G53430 31.176 340 201 8 95 413 610 937 4.66e-42 159
MsG0380011902.01.T01 AT5G01540 32.938 337 208 5 86 416 311 635 4.80e-42 158
MsG0380011902.01.T01 AT1G61590 34.797 296 168 9 136 416 91 376 5.34e-42 154
MsG0380011902.01.T01 AT5G37450 34.007 297 180 5 133 423 417 703 5.37e-42 158
MsG0380011902.01.T01 AT2G25220 32.476 311 179 9 74 356 53 360 5.41e-42 154
MsG0380011902.01.T01 AT1G29730 34.084 311 179 8 112 413 647 940 5.55e-42 159

Find 82 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 91 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CATAGTTGTGTCAGCCATTT+TGG 0.154217 3:-7682320 MsG0380011902.01.T01:CDS
GTTGCACATGTTAGCGATTT+TGG 0.157375 3:-7681761 MsG0380011902.01.T01:CDS
TCATAATATGATATTCTTCT+TGG 0.224154 3:+7682214 None:intergenic
AAAAGAGATTCTAAGGGTTT+TGG 0.226299 3:+7682544 None:intergenic
CAAAATGGCTGACACAACTA+TGG 0.276809 3:+7682321 None:intergenic
TTGTCTCAAAATATGTTAAA+TGG 0.281147 3:-7682574 MsG0380011902.01.T01:CDS
AACTCTTGATTTCAAATCAT+TGG 0.292144 3:-7681975 MsG0380011902.01.T01:CDS
CCATGCAGAGTATGGATCTA+AGG 0.293233 3:-7681478 MsG0380011902.01.T01:intron
TGTCTTGTTGGATGAAAATA+TGG 0.299504 3:-7681783 MsG0380011902.01.T01:CDS
AAAACCAAGACTTTGGTTCT+TGG 0.303866 3:-7681156 MsG0380011902.01.T01:CDS
GTCATATTAATTCTTGCTTC+AGG 0.307707 3:+7681201 None:intergenic
AAGGTACAAAAGAGATTCTA+AGG 0.314268 3:+7682537 None:intergenic
TCATCCAACAAGACATTAGA+AGG 0.325647 3:+7681791 None:intergenic
ACACAGACTTTAGCTACTAT+TGG 0.327313 3:-7681698 MsG0380011902.01.T01:CDS
GAAAGGGGTTTATCAGCTTT+AGG 0.329076 3:-7682241 MsG0380011902.01.T01:CDS
GAGCTTTGGTTCTGTGTATG+AGG 0.343051 3:-7682140 MsG0380011902.01.T01:CDS
CAATTTGTTCCCCACTTTGT+TGG 0.351706 3:+7681286 None:intergenic
TAATTCAATTATAGAGGTCT+TGG 0.353936 3:-7681322 MsG0380011902.01.T01:CDS
AAGAACCAAAGTCTTGGTTT+TGG 0.369255 3:+7681158 None:intergenic
TGATTTCAAATCATTGGTAA+TGG 0.383149 3:-7681969 MsG0380011902.01.T01:CDS
CAGCTATGGAATTATGCTAA+TGG 0.391470 3:-7681427 MsG0380011902.01.T01:CDS
AAGACCTCTATAATTGAATT+AGG 0.397450 3:+7681324 None:intergenic
AAATCTACGGCATCGAAATC+TGG 0.398851 3:-7682020 MsG0380011902.01.T01:CDS
AAAGCCTTCTAATGTCTTGT+TGG 0.406579 3:-7681795 MsG0380011902.01.T01:CDS
GATGCATGCAACAACCAAAA+TGG 0.421461 3:+7682306 None:intergenic
CAGAACTAAGTTTGAAAACA+TGG 0.435989 3:-7681362 MsG0380011902.01.T01:CDS
GTAATGGAGTTCATGTCAAA+TGG 0.453210 3:-7681953 MsG0380011902.01.T01:CDS
AGCTTTGGTTCTGTGTATGA+GGG 0.454249 3:-7682139 MsG0380011902.01.T01:CDS
TGTTGAAAATACTCATGAAA+GGG 0.456708 3:-7682257 MsG0380011902.01.T01:CDS
AGTTTGAAAACATGGATTAG+TGG 0.469201 3:-7681354 MsG0380011902.01.T01:CDS
TCAAATTTAGTCCAACAAAG+TGG 0.469260 3:-7681297 MsG0380011902.01.T01:CDS
TTCTTGAAAGGTCCTCCATC+AGG 0.477365 3:+7682472 None:intergenic
GAACTTGCGCAAGCAACAAA+TGG 0.478121 3:-7682193 MsG0380011902.01.T01:CDS
CAAATGGAAGTGTAGACAAA+TGG 0.478986 3:-7681937 MsG0380011902.01.T01:CDS
ATTGCCTAATTCAATTATAG+AGG 0.480033 3:-7681328 MsG0380011902.01.T01:CDS
ATGCATAATGGAGCACTTTG+CGG 0.485995 3:-7682430 MsG0380011902.01.T01:CDS
AATGGTAAGCTTGATCTCCT+TGG 0.489565 3:-7682599 MsG0380011902.01.T01:CDS
TGCTCCAAGAACCAAAGTCT+TGG 0.490256 3:+7681152 None:intergenic
ATGAGAGTAAATTACTTGGA+AGG 0.493501 3:-7682165 MsG0380011902.01.T01:CDS
AAGGGAATTGTTTCTGTCAA+AGG 0.493773 3:-7681459 MsG0380011902.01.T01:CDS
ATTGTTTAAATTTCTTGCAA+AGG 0.494367 3:-7681898 MsG0380011902.01.T01:CDS
TTCAATGAGAGTAAATTACT+TGG 0.495799 3:-7682169 MsG0380011902.01.T01:CDS
ACTGCTATCATCTCACCATC+AGG 0.498956 3:+7682109 None:intergenic
GCTAACCAAAACCAAGACTT+TGG 0.501530 3:-7681163 MsG0380011902.01.T01:CDS
TGAATCTTCACAACAGTTGA+GGG 0.502714 3:+7681224 None:intergenic
TCATATGTCTTAGAATCAAA+AGG 0.506759 3:-7682285 MsG0380011902.01.T01:CDS
CAAATTTAGTCCAACAAAGT+GGG 0.513766 3:-7681296 MsG0380011902.01.T01:CDS
TTTGGTTCTTGGAGCAAACA+AGG 0.522790 3:-7681145 MsG0380011902.01.T01:CDS
AAAGGAGATGTGTACAGCTA+TGG 0.525100 3:-7681441 MsG0380011902.01.T01:CDS
GCAACAAATATATCATCTGT+TGG 0.526114 3:+7681384 None:intergenic
TGAGAGTAAATTACTTGGAA+GGG 0.529843 3:-7682164 MsG0380011902.01.T01:CDS
ATGTTGAAAATACTCATGAA+AGG 0.538741 3:-7682258 MsG0380011902.01.T01:CDS
CATGCAGAGTATGGATCTAA+GGG 0.541162 3:-7681477 MsG0380011902.01.T01:intron
GCAATTGAATATCTTCATCA+TGG 0.546203 3:-7681848 MsG0380011902.01.T01:CDS
GAGAGTAAATTACTTGGAAG+GGG 0.549442 3:-7682163 MsG0380011902.01.T01:CDS
TTCTCATATAATAGATTACA+AGG 0.553917 3:-7682502 MsG0380011902.01.T01:CDS
ATTGCCAAGCTCATGGATGA+AGG 0.555712 3:-7681737 MsG0380011902.01.T01:CDS
TTCTTATCTTGTTTACCGCA+AGG 0.559379 3:+7682385 None:intergenic
TTGTCCTTCATCCATGAGCT+TGG 0.559811 3:+7681733 None:intergenic
GCTTTGGTTCTGTGTATGAG+GGG 0.565749 3:-7682138 MsG0380011902.01.T01:CDS
GTTGAAAATACTCATGAAAG+GGG 0.567836 3:-7682256 MsG0380011902.01.T01:CDS
AGTAATTGATATACAATCAG+AGG 0.569925 3:-7682083 MsG0380011902.01.T01:CDS
GTGAATCTTCACAACAGTTG+AGG 0.576819 3:+7681223 None:intergenic
TGAGCTGTGAAATTCTTGAA+AGG 0.584161 3:+7682460 None:intergenic
ACAAGATAAGAAAATGTCAA+AGG 0.590607 3:-7682374 MsG0380011902.01.T01:CDS
TCATGGCTCTTCAATACCCG+TGG 0.596442 3:-7681831 MsG0380011902.01.T01:CDS
CGCCTCCACGTACCTCCTTG+CGG 0.597060 3:-7682400 MsG0380011902.01.T01:CDS
AGGTACAAAAGAGATTCTAA+GGG 0.611005 3:+7682538 None:intergenic
AGAAGAAATGACCTGGTGCA+AGG 0.611045 3:+7681672 None:intergenic
TTACAAGGAGAGATTCCTGA+TGG 0.623710 3:-7682487 MsG0380011902.01.T01:CDS
TATGAGGGGATTCTTCCTGA+TGG 0.626086 3:-7682124 MsG0380011902.01.T01:CDS
TTTAGATCACAATGAACCAC+GGG 0.630768 3:+7681815 None:intergenic
GTTTACCGCAAGGAGGTACG+TGG 0.637030 3:+7682395 None:intergenic
AAAATGGCTGACACAACTAT+GGG 0.640102 3:+7682322 None:intergenic
AAATTTAGTCCAACAAAGTG+GGG 0.640196 3:-7681295 MsG0380011902.01.T01:CDS
ACTATTGGATACCTTGCACC+AGG 0.647071 3:-7681683 MsG0380011902.01.T01:intron
GCAATGCAATGAGAAATCTA+CGG 0.651191 3:-7682033 MsG0380011902.01.T01:CDS
CAAGGAGAGATTCCTGATGG+AGG 0.670981 3:-7682484 MsG0380011902.01.T01:CDS
AGAGTAAATTACTTGGAAGG+GGG 0.676512 3:-7682162 MsG0380011902.01.T01:CDS
CTTTAGATCACAATGAACCA+CGG 0.682084 3:+7681814 None:intergenic
TACCGCAAGGAGGTACGTGG+AGG 0.684887 3:+7682398 None:intergenic
TTATCTTGTTTACCGCAAGG+AGG 0.699914 3:+7682388 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AAATAAATTTTTTAATTTTT+AGG + Chr3:7682128-7682147 None:intergenic 0.0%
!! ATTGTTTAAATTTCTTGCAA+AGG - Chr3:7681840-7681859 MsG0380011902.01.T01:CDS 20.0%
!! TCATAATATGATATTCTTCT+TGG + Chr3:7681527-7681546 None:intergenic 20.0%
!! TTCTCATATAATAGATTACA+AGG - Chr3:7681236-7681255 MsG0380011902.01.T01:CDS 20.0%
!! TTGTCTCAAAATATGTTAAA+TGG - Chr3:7681164-7681183 MsG0380011902.01.T01:CDS 20.0%
! AACTCTTGATTTCAAATCAT+TGG - Chr3:7681763-7681782 MsG0380011902.01.T01:CDS 25.0%
! AAGACCTCTATAATTGAATT+AGG + Chr3:7682417-7682436 None:intergenic 25.0%
! ACAAGATAAGAAAATGTCAA+AGG - Chr3:7681364-7681383 MsG0380011902.01.T01:CDS 25.0%
! AGTAATTGATATACAATCAG+AGG - Chr3:7681655-7681674 MsG0380011902.01.T01:intron 25.0%
! ATGTTGAAAATACTCATGAA+AGG - Chr3:7681480-7681499 MsG0380011902.01.T01:intron 25.0%
! ATTGCCTAATTCAATTATAG+AGG - Chr3:7682410-7682429 MsG0380011902.01.T01:CDS 25.0%
! TAATTCAATTATAGAGGTCT+TGG - Chr3:7682416-7682435 MsG0380011902.01.T01:CDS 25.0%
! TCATATGTCTTAGAATCAAA+AGG - Chr3:7681453-7681472 MsG0380011902.01.T01:CDS 25.0%
! TCGTTTCTTTCTTTCTTTAT+TGG + Chr3:7682158-7682177 None:intergenic 25.0%
! TGATTTCAAATCATTGGTAA+TGG - Chr3:7681769-7681788 MsG0380011902.01.T01:CDS 25.0%
! TGTTGAAAATACTCATGAAA+GGG - Chr3:7681481-7681500 MsG0380011902.01.T01:intron 25.0%
! TTCAATGAGAGTAAATTACT+TGG - Chr3:7681569-7681588 MsG0380011902.01.T01:intron 25.0%
AAATATTACCATGCAGAGTA+TGG - Chr3:7682252-7682271 MsG0380011902.01.T01:CDS 30.0%
AAATTTAGTCCAACAAAGTG+GGG - Chr3:7682443-7682462 MsG0380011902.01.T01:CDS 30.0%
AAGGTACAAAAGAGATTCTA+AGG + Chr3:7681204-7681223 None:intergenic 30.0%
AGGTACAAAAGAGATTCTAA+GGG + Chr3:7681203-7681222 None:intergenic 30.0%
ATGAGAGTAAATTACTTGGA+AGG - Chr3:7681573-7681592 MsG0380011902.01.T01:intron 30.0%
CAAATTTAGTCCAACAAAGT+GGG - Chr3:7682442-7682461 MsG0380011902.01.T01:CDS 30.0%
CAGAACTAAGTTTGAAAACA+TGG - Chr3:7682376-7682395 MsG0380011902.01.T01:CDS 30.0%
GCAACAAATATATCATCTGT+TGG + Chr3:7682357-7682376 None:intergenic 30.0%
GCAATTGAATATCTTCATCA+TGG - Chr3:7681890-7681909 MsG0380011902.01.T01:CDS 30.0%
GTCATATTAATTCTTGCTTC+AGG + Chr3:7682540-7682559 None:intergenic 30.0%
GTTGAAAATACTCATGAAAG+GGG - Chr3:7681482-7681501 MsG0380011902.01.T01:intron 30.0%
TCAAATTTAGTCCAACAAAG+TGG - Chr3:7682441-7682460 MsG0380011902.01.T01:CDS 30.0%
TGAGAGTAAATTACTTGGAA+GGG - Chr3:7681574-7681593 MsG0380011902.01.T01:intron 30.0%
! GCTCAATCTTTTATGCATAA+TGG - Chr3:7681296-7681315 MsG0380011902.01.T01:CDS 30.0%
! TGTCTTGTTGGATGAAAATA+TGG - Chr3:7681955-7681974 MsG0380011902.01.T01:CDS 30.0%
!! AAAAGAGATTCTAAGGGTTT+TGG + Chr3:7681197-7681216 None:intergenic 30.0%
!! AGTTTGAAAACATGGATTAG+TGG - Chr3:7682384-7682403 MsG0380011902.01.T01:CDS 30.0%
!!! ATGAGAAGTTGATGTTTTGA+AGG + Chr3:7681223-7681242 None:intergenic 30.0%
AAAATGGCTGACACAACTAT+GGG + Chr3:7681419-7681438 None:intergenic 35.0%
AAAGCCTTCTAATGTCTTGT+TGG - Chr3:7681943-7681962 MsG0380011902.01.T01:CDS 35.0%
ACACAGACTTTAGCTACTAT+TGG - Chr3:7682040-7682059 MsG0380011902.01.T01:CDS 35.0%
AGAGTAAATTACTTGGAAGG+GGG - Chr3:7681576-7681595 MsG0380011902.01.T01:intron 35.0%
CAGCTATGGAATTATGCTAA+TGG - Chr3:7682311-7682330 MsG0380011902.01.T01:CDS 35.0%
CTTTAGATCACAATGAACCA+CGG + Chr3:7681927-7681946 None:intergenic 35.0%
GAGAGTAAATTACTTGGAAG+GGG - Chr3:7681575-7681594 MsG0380011902.01.T01:intron 35.0%
GCAATGCAATGAGAAATCTA+CGG - Chr3:7681705-7681724 MsG0380011902.01.T01:CDS 35.0%
GTTAAAGAGAAGAAATGACC+TGG + Chr3:7682076-7682095 None:intergenic 35.0%
TCATCCAACAAGACATTAGA+AGG + Chr3:7681950-7681969 None:intergenic 35.0%
TGAATCTTCACAACAGTTGA+GGG + Chr3:7682517-7682536 None:intergenic 35.0%
TGAGCTGTGAAATTCTTGAA+AGG + Chr3:7681281-7681300 None:intergenic 35.0%
TTTAGATCACAATGAACCAC+GGG + Chr3:7681926-7681945 None:intergenic 35.0%
! AAGAACCAAAGTCTTGGTTT+TGG + Chr3:7682583-7682602 None:intergenic 35.0%
! CAAATGGAAGTGTAGACAAA+TGG - Chr3:7681801-7681820 MsG0380011902.01.T01:CDS 35.0%
! GTAATGGAGTTCATGTCAAA+TGG - Chr3:7681785-7681804 MsG0380011902.01.T01:CDS 35.0%
! TTCTTATCTTGTTTACCGCA+AGG + Chr3:7681356-7681375 None:intergenic 35.0%
!! AAAACCAAGACTTTGGTTCT+TGG - Chr3:7682582-7682601 MsG0380011902.01.T01:CDS 35.0%
!! AAGGGAATTGTTTCTGTCAA+AGG - Chr3:7682279-7682298 MsG0380011902.01.T01:CDS 35.0%
!!! CATATTTTGAGACAAGTCCA+AGG + Chr3:7681159-7681178 None:intergenic 35.0%
AAAGGAGATGTGTACAGCTA+TGG - Chr3:7682297-7682316 MsG0380011902.01.T01:CDS 40.0%
CAAAATGGCTGACACAACTA+TGG + Chr3:7681420-7681439 None:intergenic 40.0%
CATGCAGAGTATGGATCTAA+GGG - Chr3:7682261-7682280 MsG0380011902.01.T01:CDS 40.0%
GAAAGGGGTTTATCAGCTTT+AGG - Chr3:7681497-7681516 MsG0380011902.01.T01:intron 40.0%
GATGCATGCAACAACCAAAA+TGG + Chr3:7681435-7681454 None:intergenic 40.0%
GCTAACCAAAACCAAGACTT+TGG - Chr3:7682575-7682594 MsG0380011902.01.T01:CDS 40.0%
GTGAATCTTCACAACAGTTG+AGG + Chr3:7682518-7682537 None:intergenic 40.0%
TTACAAGGAGAGATTCCTGA+TGG - Chr3:7681251-7681270 MsG0380011902.01.T01:CDS 40.0%
! AAATCTACGGCATCGAAATC+TGG - Chr3:7681718-7681737 MsG0380011902.01.T01:CDS 40.0%
! ATGCATAATGGAGCACTTTG+CGG - Chr3:7681308-7681327 MsG0380011902.01.T01:CDS 40.0%
! CAATTTGTTCCCCACTTTGT+TGG + Chr3:7682455-7682474 None:intergenic 40.0%
! CATAGTTGTGTCAGCCATTT+TGG - Chr3:7681418-7681437 MsG0380011902.01.T01:CDS 40.0%
! GTTGCACATGTTAGCGATTT+TGG - Chr3:7681977-7681996 MsG0380011902.01.T01:CDS 40.0%
! TTATCTTGTTTACCGCAAGG+AGG + Chr3:7681353-7681372 None:intergenic 40.0%
! TTTTGGTATTGCCAAGCTCA+TGG - Chr3:7681994-7682013 MsG0380011902.01.T01:CDS 40.0%
!! AGCTTTGGTTCTGTGTATGA+GGG - Chr3:7681599-7681618 MsG0380011902.01.T01:intron 40.0%
!! TTTGGTTCTTGGAGCAAACA+AGG - Chr3:7682593-7682612 MsG0380011902.01.T01:CDS 40.0%
ACTATTGGATACCTTGCACC+AGG - Chr3:7682055-7682074 MsG0380011902.01.T01:CDS 45.0%
ACTGCTATCATCTCACCATC+AGG + Chr3:7681632-7681651 None:intergenic 45.0%
AGAAGAAATGACCTGGTGCA+AGG + Chr3:7682069-7682088 None:intergenic 45.0%
ATTGCCAAGCTCATGGATGA+AGG - Chr3:7682001-7682020 MsG0380011902.01.T01:CDS 45.0%
CCATGCAGAGTATGGATCTA+AGG - Chr3:7682260-7682279 MsG0380011902.01.T01:CDS 45.0%
CCTTAGATCCATACTCTGCA+TGG + Chr3:7682263-7682282 None:intergenic 45.0%
GAACTTGCGCAAGCAACAAA+TGG - Chr3:7681545-7681564 MsG0380011902.01.T01:intron 45.0%
TATGAGGGGATTCTTCCTGA+TGG - Chr3:7681614-7681633 MsG0380011902.01.T01:intron 45.0%
TGCTCCAAGAACCAAAGTCT+TGG + Chr3:7682589-7682608 None:intergenic 45.0%
TTCTTGAAAGGTCCTCCATC+AGG + Chr3:7681269-7681288 None:intergenic 45.0%
TTGTCCTTCATCCATGAGCT+TGG + Chr3:7682008-7682027 None:intergenic 45.0%
!! GAGCTTTGGTTCTGTGTATG+AGG - Chr3:7681598-7681617 MsG0380011902.01.T01:intron 45.0%
!! GCTTTGGTTCTGTGTATGAG+GGG - Chr3:7681600-7681619 MsG0380011902.01.T01:intron 45.0%
CAAGGAGAGATTCCTGATGG+AGG - Chr3:7681254-7681273 MsG0380011902.01.T01:CDS 50.0%
TCATGGCTCTTCAATACCCG+TGG - Chr3:7681907-7681926 MsG0380011902.01.T01:CDS 50.0%
TTACTTGGAAGGGGGAGCTT+TGG - Chr3:7681584-7681603 MsG0380011902.01.T01:intron 50.0%
! GTTTACCGCAAGGAGGTACG+TGG + Chr3:7681346-7681365 None:intergenic 55.0%
! TACCGCAAGGAGGTACGTGG+AGG + Chr3:7681343-7681362 None:intergenic 60.0%
CGCCTCCACGTACCTCCTTG+CGG - Chr3:7681338-7681357 MsG0380011902.01.T01:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr3 gene 7681140 7682620 7681140 ID=MsG0380011902.01;Name=MsG0380011902.01
Chr3 mRNA 7681140 7682620 7681140 ID=MsG0380011902.01.T01;Parent=MsG0380011902.01;Name=MsG0380011902.01.T01;_AED=0.50;_eAED=0.50;_QI=0|0|0|1|1|0.5|2|0|429
Chr3 exon 7681684 7682620 7681684 ID=MsG0380011902.01.T01:exon:1239;Parent=MsG0380011902.01.T01
Chr3 exon 7681140 7681492 7681140 ID=MsG0380011902.01.T01:exon:1240;Parent=MsG0380011902.01.T01
Chr3 CDS 7681684 7682620 7681684 ID=MsG0380011902.01.T01:cds;Parent=MsG0380011902.01.T01
Chr3 CDS 7681140 7681492 7681140 ID=MsG0380011902.01.T01:cds;Parent=MsG0380011902.01.T01
Gene Sequence

>MsG0380011902.01.T01

ATGGTAAGCTTGATCTCCTTGGACTTGTCTCAAAATATGTTAAATGGTGTTATTCCAAAACCCTTAGAATCTCTTTTGTACCTTCAAAACATCAACTTCTCATATAATAGATTACAAGGAGAGATTCCTGATGGAGGACCTTTCAAGAATTTCACAGCTCAATCTTTTATGCATAATGGAGCACTTTGCGGAAATCTTCGCCTCCACGTACCTCCTTGCGGTAAACAAGATAAGAAAATGTCAAAGGTGAAGAAGATATTACTCAAATGCATACTTCCCATAGTTGTGTCAGCCATTTTGGTTGTTGCATGCATCATATGTCTTAGAATCAAAAGGAAAAATGTTGAAAATACTCATGAAAGGGGTTTATCAGCTTTAGGAGCTCCAAGAAGAATATCATATTATGAACTTGCGCAAGCAACAAATGGTTTCAATGAGAGTAAATTACTTGGAAGGGGGAGCTTTGGTTCTGTGTATGAGGGGATTCTTCCTGATGGTGAGATGATAGCAGTTAAAGTAATTGATATACAATCAGAGGCAAAATCAAAGAGCTTTGATGCAGAATGCAATGCAATGAGAAATCTACGGCATCGAAATCTGGTGAAGATTATCAGCAGTTGTTCAACTCTTGATTTCAAATCATTGGTAATGGAGTTCATGTCAAATGGAAGTGTAGACAAATGGTTATATTCAAATAACTATTGTTTAAATTTCTTGCAAAGGTTAAATATAATGATAGATGTTGCATCTGCAATTGAATATCTTCATCATGGCTCTTCAATACCCGTGGTTCATTGTGATCTAAAGCCTTCTAATGTCTTGTTGGATGAAAATATGGTTGCACATGTTAGCGATTTTGGTATTGCCAAGCTCATGGATGAAGGACAATCTAAAACTCATACACAGACTTTAGCTACTATTGGATACCTTGCACCAGAGTATGGATCTAAGGGAATTGTTTCTGTCAAAGGAGATGTGTACAGCTATGGAATTATGCTAATGGAAATCTTCACAAGAAGAAAGCCAACAGATGATATATTTGTTGCAGAACTAAGTTTGAAAACATGGATTAGTGGATCATTGCCTAATTCAATTATAGAGGTCTTGGATTCAAATTTAGTCCAACAAAGTGGGGAACAAATTGATGTCATATTGACTCACATGTCATCTATTTTTAGTTTAGCCCTCAACTGTTGTGAAGATTCACCTGAAGCAAGAATTAATATGACAGATGTTATTGTGTCGCTAACCAAAACCAAGACTTTGGTTCTTGGAGCAAACAAGGTCTAG
Protein sequence

>MsG0380011902.01.T01

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