AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780039964.01


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MsG0780039964.01.T01 AT1G61430 37.243 341 199 9 234 567 433 765 5.36e-56 202
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MsG0780039964.01.T01 AT1G61380 34.211 380 227 9 204 578 290 651 2.13e-55 199
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MsG0780039964.01.T01 AT2G18470 39.145 304 157 12 254 543 272 561 2.60e-51 187
MsG0780039964.01.T01 AT1G11330 39.576 283 155 6 196 469 450 725 2.67e-51 189
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MsG0780039964.01.T01 AT4G05200 34.030 335 206 7 253 579 352 679 4.64e-51 187
MsG0780039964.01.T01 AT5G16000 34.066 364 210 9 188 540 241 585 5.01e-51 186
MsG0780039964.01.T01 AT1G11410 33.971 418 250 9 185 585 440 848 5.62e-51 189
MsG0780039964.01.T01 AT1G11410 33.971 418 250 9 185 585 409 817 5.64e-51 189
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MsG0780039964.01.T01 AT3G45410 33.724 341 196 11 227 559 306 624 7.07e-48 178
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MsG0780039964.01.T01 AT5G63930 32.494 397 224 17 167 538 637 1014 1.15e-45 174
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MsG0780039964.01.T01 AT5G28680 36.120 299 177 8 250 542 505 795 1.24e-45 173
MsG0780039964.01.T01 AT5G63930 32.494 397 224 17 167 538 701 1078 1.26e-45 174
MsG0780039964.01.T01 AT1G18390 29.377 514 260 23 34 464 45 538 1.48e-45 171
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MsG0780039964.01.T01 AT1G29740 36.177 293 169 9 254 538 665 947 3.20e-45 172
MsG0780039964.01.T01 AT1G29740 36.177 293 169 9 254 538 665 947 3.43e-45 172
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MsG0780039964.01.T01 AT2G28590 33.887 301 187 7 251 544 83 378 4.70e-45 165
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MsG0780039964.01.T01 AT4G29180 32.911 316 188 6 252 550 555 863 9.59e-45 171
MsG0780039964.01.T01 AT1G51880 33.143 350 199 10 195 538 532 852 9.76e-45 171
MsG0780039964.01.T01 AT4G29180 32.911 316 188 6 252 550 553 861 1.03e-44 171
MsG0780039964.01.T01 AT5G18500 34.812 293 176 9 254 539 154 438 1.07e-44 166
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MsG0780039964.01.T01 AT5G18500 34.812 293 176 9 254 539 154 438 1.07e-44 166
MsG0780039964.01.T01 AT5G18500 34.812 293 176 9 254 539 154 438 1.07e-44 166
MsG0780039964.01.T01 AT5G18500 34.812 293 176 9 254 539 154 438 1.07e-44 166
MsG0780039964.01.T01 AT5G18500 34.812 293 176 9 254 539 154 438 1.07e-44 166
MsG0780039964.01.T01 AT3G53590 29.839 372 227 10 195 548 545 900 1.08e-44 171
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MsG0780039964.01.T01 AT1G56720 34.471 293 177 8 254 539 167 451 1.17e-44 166
MsG0780039964.01.T01 AT1G56720 34.471 293 177 8 254 539 167 451 1.17e-44 166
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MsG0780039964.01.T01 AT1G51880 33.143 350 199 10 195 538 514 834 1.35e-44 170
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MsG0780039964.01.T01 AT5G18610 34.967 306 186 8 251 549 68 367 2.86e-44 165
MsG0780039964.01.T01 AT5G40380 33.247 385 227 14 206 578 254 620 3.07e-44 167
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MsG0780039964.01.T01 AT1G48210 34.295 312 187 9 258 560 60 362 4.15e-44 161
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MsG0780039964.01.T01 AT1G51790 28.792 389 239 12 167 543 487 849 6.21e-44 168

Find 99 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 181 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CCCTCTTCTAGTTCTGTTTC+TGG 0.078045 7:+71169262 None:intergenic
TGTTGTTGAGATTCCGATTT+TGG 0.156106 7:-71171746 MsG0780039964.01.T01:CDS
GATTAGTTGTTACTTTAAAA+AGG 0.185021 7:-71170364 MsG0780039964.01.T01:CDS
TAAAGCGGTTAAACACTTAA+TGG 0.216444 7:-71169062 MsG0780039964.01.T01:three_prime_UTR
GGTGCTTCAGTTGCTGGATT+TGG 0.257850 7:-71170411 MsG0780039964.01.T01:CDS
CTTTCCAGATTGGATTTATA+AGG 0.263643 7:-71169554 MsG0780039964.01.T01:CDS
TTGAAATGGACGGGAAATTA+TGG 0.279272 7:-71171658 MsG0780039964.01.T01:CDS
CAAACCTCAAAACATTCTTT+TGG 0.283436 7:-71169821 MsG0780039964.01.T01:CDS
AAGTAGAAATTTAGTGTCTA+AGG 0.284726 7:+71169086 None:intergenic
TTCATTGGTGGTCTGTCTAA+TGG 0.291305 7:+71169424 None:intergenic
AAATCAGGTGCTTCAGTTGC+TGG 0.298636 7:-71170417 MsG0780039964.01.T01:intron
GGAGAAAATAAGACAGGCTT+TGG 0.312626 7:+71169352 None:intergenic
CAAATCTTGAATATCCGTTC+TGG 0.316681 7:-71172056 MsG0780039964.01.T01:CDS
AAATTAGGCCACGGAGGATA+TGG 0.334207 7:-71170192 MsG0780039964.01.T01:CDS
ACTTTGTTCCAAATTGCTAT+TGG 0.337525 7:-71169907 MsG0780039964.01.T01:CDS
ACAGTTATGCAGAAGTAAAA+AGG 0.339758 7:-71170236 MsG0780039964.01.T01:CDS
TCGCACGTAAGATTCATATT+AGG 0.343202 7:+71171997 None:intergenic
ATTTCAATTACTTTATTCAT+TGG 0.352802 7:+71169409 None:intergenic
AACTCATTTCGAGATAAATT+AGG 0.353509 7:-71170207 MsG0780039964.01.T01:CDS
AAAGCGGTTAAACACTTAAT+GGG 0.355751 7:-71169061 MsG0780039964.01.T01:three_prime_UTR
CGAAATTGATTGTTATCTTC+GGG 0.360463 7:+71171965 None:intergenic
TAGCAATGCCAATAGCAATT+TGG 0.360993 7:+71169899 None:intergenic
TTCAGAGGAAGAAAATGATA+TGG 0.363693 7:-71169491 MsG0780039964.01.T01:CDS
ACGAAATTGATTGTTATCTT+CGG 0.365285 7:+71171964 None:intergenic
GAAGTATTTAGTAGAGCATT+TGG 0.366092 7:-71169685 MsG0780039964.01.T01:CDS
AAGAGGAACTATAGGATATA+TGG 0.375883 7:-71169713 MsG0780039964.01.T01:CDS
GAGTTGCAAGAGATGATTAC+TGG 0.378148 7:-71171897 MsG0780039964.01.T01:CDS
TTCCTGAAAATTGTCATTTG+CGG 0.383768 7:+71170330 None:intergenic
GCAGCTTGAGTTTCCAAAAT+CGG 0.397163 7:+71171733 None:intergenic
TGAAATATCGTATTCTTGAA+TGG 0.401319 7:-71171942 MsG0780039964.01.T01:CDS
AAACTTATCTAGCGATCCTT+TGG 0.401691 7:+71169978 None:intergenic
CCGAAATGTACTTTCCAGAT+TGG 0.404389 7:-71169564 MsG0780039964.01.T01:CDS
CCAATCTGGAAAGTACATTT+CGG 0.411313 7:+71169564 None:intergenic
TAAACGAGTCAAAAGGAAAC+GGG 0.416142 7:-71170116 MsG0780039964.01.T01:CDS
AATGCTCTACTAAATACTTC+TGG 0.418272 7:+71169688 None:intergenic
AGATCCTTATAAATCCAATC+TGG 0.428222 7:+71169550 None:intergenic
TGTCAGATGTGTGTTGATTC+CGG 0.434589 7:-71171631 MsG0780039964.01.T01:CDS
TGTGTACAAAGCAAGTTTAA+CGG 0.451680 7:-71170166 MsG0780039964.01.T01:CDS
GGAAGAAAGAACTATCAAAC+TGG 0.452917 7:-71169601 MsG0780039964.01.T01:CDS
AAATCTGATGTATACAGTTA+TGG 0.455888 7:-71169649 MsG0780039964.01.T01:CDS
TGTAAACCAAGCATTAGAAA+AGG 0.464176 7:-71171689 MsG0780039964.01.T01:CDS
TCAATTACTTTATTCATTGG+TGG 0.466092 7:+71169412 None:intergenic
AAATCTTGAATATCCGTTCT+GGG 0.468280 7:-71172055 MsG0780039964.01.T01:CDS
TGATAGTATTGTGTCAATAC+CGG 0.470105 7:-71169740 MsG0780039964.01.T01:CDS
CAAATATGTCTTCATCAGAT+TGG 0.473191 7:-71169306 MsG0780039964.01.T01:CDS
GATAAGTTTATCTATAAAAG+TGG 0.481058 7:-71169964 MsG0780039964.01.T01:CDS
CCGTTCTGGGGAGGAAATAG+AGG 0.485199 7:-71172042 MsG0780039964.01.T01:CDS
GTAAACCAAGCATTAGAAAA+GGG 0.490521 7:-71171688 MsG0780039964.01.T01:CDS
TCAAAATCACAAACTGCGTC+AGG 0.494085 7:+71169937 None:intergenic
GATTTGTTTGAATGCACCAT+AGG 0.499620 7:+71169446 None:intergenic
GAAAATAAGACAGGCTTTGG+AGG 0.505713 7:+71169355 None:intergenic
CCGGGGACAAGAGGAACTAT+AGG 0.506435 7:-71169721 MsG0780039964.01.T01:CDS
TTATCATCACAAATACACTT+TGG 0.510319 7:+71172129 None:intergenic
TGCATCAAGGATGTAGTTCA+AGG 0.510333 7:-71169861 MsG0780039964.01.T01:CDS
AAAGTAATAAACGAGTCAAA+AGG 0.516105 7:-71170123 MsG0780039964.01.T01:CDS
ATGTTGATTCTTGAAATGAT+TGG 0.519414 7:-71169625 MsG0780039964.01.T01:CDS
GGAAGGAACGTGGTCTCTGT+TGG 0.520951 7:+71169238 None:intergenic
ATAAACGAGTCAAAAGGAAA+CGG 0.524520 7:-71170117 MsG0780039964.01.T01:CDS
AGATTACTATGGTGAGCCTA+TGG 0.532659 7:-71169462 MsG0780039964.01.T01:CDS
GATAGTATTGTGTCAATACC+GGG 0.533117 7:-71169739 MsG0780039964.01.T01:CDS
GGTTTAGAGTACTTGCATCA+AGG 0.543390 7:-71169874 MsG0780039964.01.T01:CDS
ATCGTTGCCACACACTCCAC+CGG 0.551419 7:+71171612 None:intergenic
GGAAATAGAGGAAAGTATTG+TGG 0.553878 7:-71172030 MsG0780039964.01.T01:CDS
GTATTTAGTAGAGCATTTGG+TGG 0.556238 7:-71169682 MsG0780039964.01.T01:CDS
CCTCTATTTCCTCCCCAGAA+CGG 0.571191 7:+71172042 None:intergenic
CCTATAGTTCCTCTTGTCCC+CGG 0.572439 7:+71169721 None:intergenic
TTGATTCTTGAAATGATTGG+AGG 0.577751 7:-71169622 MsG0780039964.01.T01:CDS
ATTGCTATTGGCATTGCTAG+AGG 0.582732 7:-71169895 MsG0780039964.01.T01:CDS
ACCAGAAACAGAACTAGAAG+AGG 0.584989 7:-71169263 MsG0780039964.01.T01:CDS
TTTCGAGATAAATTAGGCCA+CGG 0.590602 7:-71170201 MsG0780039964.01.T01:CDS
AATATGAATCTTACGTGCGA+AGG 0.592145 7:-71171994 MsG0780039964.01.T01:CDS
GTTCTTATGATTGTCACTCA+AGG 0.593440 7:+71171861 None:intergenic
GGAATCTCAACAACACTCCT+CGG 0.594073 7:+71171754 None:intergenic
ATTTATAAGGATCTTGAGCA+AGG 0.594966 7:-71169541 MsG0780039964.01.T01:CDS
GTGTCAATACCGGGGACAAG+AGG 0.596585 7:-71169730 MsG0780039964.01.T01:CDS
ATATATGAATTCATGTCCAA+AGG 0.597762 7:-71169994 MsG0780039964.01.T01:CDS
CTTGAATATCCGTTCTGGGG+AGG 0.597867 7:-71172051 MsG0780039964.01.T01:CDS
AGAAAGAACTATCAAACTGG+AGG 0.607015 7:-71169598 MsG0780039964.01.T01:CDS
AAAGTAATTGAAATGCTGCA+AGG 0.613992 7:-71169400 MsG0780039964.01.T01:CDS
GACATATTTGACAGTTGTAG+TGG 0.614299 7:+71169319 None:intergenic
GGTGGAGTGTGTGGCAACGA+TGG 0.616524 7:-71171610 MsG0780039964.01.T01:CDS
AAATTCTTTGACAATTTCAG+AGG 0.620250 7:-71169506 MsG0780039964.01.T01:CDS
GTTGATTCCGGTGGAGTGTG+TGG 0.626269 7:-71171619 MsG0780039964.01.T01:CDS
ATATTTGACAGTTGTAGTGG+TGG 0.627606 7:+71169322 None:intergenic
TACAAAGCAAGTTTAACGGA+TGG 0.634668 7:-71170162 MsG0780039964.01.T01:CDS
CCAGAAACAGAACTAGAAGA+GGG 0.635450 7:-71169262 MsG0780039964.01.T01:CDS
GAAAGAACTATCAAACTGGA+GGG 0.656781 7:-71169597 MsG0780039964.01.T01:CDS
TTAAGAGTTTGGAAGGAACG+TGG 0.657503 7:+71169228 None:intergenic
AATCTTGAATATCCGTTCTG+GGG 0.658434 7:-71172054 MsG0780039964.01.T01:CDS
CAGATGTGTGTTGATTCCGG+TGG 0.663692 7:-71171628 MsG0780039964.01.T01:CDS
TTTAACGGATGGTCGTCAAG+TGG 0.676781 7:-71170151 MsG0780039964.01.T01:CDS
GGAAATGCGACTGATGAAAG+CGG 0.685058 7:+71169376 None:intergenic
CGAGATAAATTAGGCCACGG+AGG 0.693101 7:-71170198 MsG0780039964.01.T01:CDS
ACATGTCGACAACAATGTGG+AGG 0.694580 7:-71170298 MsG0780039964.01.T01:CDS
AAAACATGTCGACAACAATG+TGG 0.695560 7:-71170301 MsG0780039964.01.T01:CDS
AAACGAGTCAAAAGGAAACG+GGG 0.713273 7:-71170115 MsG0780039964.01.T01:CDS
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ACACAACACCATATCCTCCG+TGG 0.744694 7:+71170184 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AATATCAAATAAAATTGATT+TGG - Chr7:71170049-71170068 MsG0780039964.01.T01:CDS 10.0%
!! ATAAAAAAAAATTAAGAGTT+TGG + Chr7:71171997-71172016 None:intergenic 10.0%
!! TAGAAACAAAAAAAAAATAT+AGG + Chr7:71169733-71169752 None:intergenic 10.0%
!!! CATTTTTAAATTACTATATT+AGG - Chr7:71172102-71172121 MsG0780039964.01.T01:CDS 10.0%
!!! TTTATTTTTTTATTTCTACT+GGG - Chr7:71172012-71172031 MsG0780039964.01.T01:CDS 10.0%
!!! TTTTATTTTTTTATTTCTAC+TGG - Chr7:71172011-71172030 MsG0780039964.01.T01:CDS 10.0%
!! ATTTCAATTACTTTATTCAT+TGG + Chr7:71171805-71171824 None:intergenic 15.0%
!!! AATTTGATTTTTGAATTGTA+GGG - Chr7:71170625-71170644 MsG0780039964.01.T01:intron 15.0%
!!! ATTAGTTGTTACTTTAAAAA+GGG - Chr7:71170848-71170867 MsG0780039964.01.T01:intron 15.0%
!!! TAATTTGATTTTTGAATTGT+AGG - Chr7:71170624-71170643 MsG0780039964.01.T01:intron 15.0%
!! AAAAAAATTAAGAGTTTGGA+AGG + Chr7:71171993-71172012 None:intergenic 20.0%
!! GATAAGTTTATCTATAAAAG+TGG - Chr7:71171247-71171266 MsG0780039964.01.T01:intron 20.0%
!! TATGGTTAAAAAGATTACTA+TGG - Chr7:71171738-71171757 MsG0780039964.01.T01:CDS 20.0%
!! TGATAATATTTACATACTTG+AGG + Chr7:71169698-71169717 None:intergenic 20.0%
!!! AAGTAGTTATATGTTTCTAT+AGG - Chr7:71170356-71170375 MsG0780039964.01.T01:CDS 20.0%
!!! ACTATATTTTCTAATAAGTG+AGG + Chr7:71170139-71170158 None:intergenic 20.0%
!!! AGTAATTAGACATTACTTTT+TGG - Chr7:71169992-71170011 MsG0780039964.01.T01:CDS 20.0%
!!! CTAAATTTCTACTTTTAAAG+CGG - Chr7:71172134-71172153 MsG0780039964.01.T01:CDS 20.0%
!!! GATTAGTTGTTACTTTAAAA+AGG - Chr7:71170847-71170866 MsG0780039964.01.T01:intron 20.0%
!!! TGGGATACTATTATATTTTT+TGG - Chr7:71172031-71172050 MsG0780039964.01.T01:CDS 20.0%
! AAAGTAATAAACGAGTCAAA+AGG - Chr7:71171088-71171107 MsG0780039964.01.T01:intron 25.0%
! AAATCTGATGTATACAGTTA+TGG - Chr7:71171562-71171581 MsG0780039964.01.T01:intron 25.0%
! AAATTCTTTGACAATTTCAG+AGG - Chr7:71171705-71171724 MsG0780039964.01.T01:CDS 25.0%
! AACTCATTTCGAGATAAATT+AGG - Chr7:71171004-71171023 MsG0780039964.01.T01:intron 25.0%
! AAGTAGAAATTTAGTGTCTA+AGG + Chr7:71172128-71172147 None:intergenic 25.0%
! ACGAAATTGATTGTTATCTT+CGG + Chr7:71169250-71169269 None:intergenic 25.0%
! ATATATGAATTCATGTCCAA+AGG - Chr7:71171217-71171236 MsG0780039964.01.T01:intron 25.0%
! ATTGATTAACGTATAGTGAA+AGG - Chr7:71169798-71169817 MsG0780039964.01.T01:CDS 25.0%
! TATTTACATACTTGAGGATA+AGG + Chr7:71169692-71169711 None:intergenic 25.0%
! TCAATTACTTTATTCATTGG+TGG + Chr7:71171802-71171821 None:intergenic 25.0%
! TGAAATATCGTATTCTTGAA+TGG - Chr7:71169269-71169288 MsG0780039964.01.T01:CDS 25.0%
! TTATCATCACAAATACACTT+TGG + Chr7:71169085-71169104 None:intergenic 25.0%
!! AGCAAATTTTGGATGTTTTT+GGG + Chr7:71170469-71170488 None:intergenic 25.0%
!! AGTGACATGTATAAGATTTT+TGG - Chr7:71170508-71170527 MsG0780039964.01.T01:intron 25.0%
!! TGTTCTTAAATGTGTTTTCA+TGG - Chr7:71169905-71169924 MsG0780039964.01.T01:CDS 25.0%
!!! ACATTCATGTTGATTTTGAT+AGG + Chr7:71170425-71170444 None:intergenic 25.0%
!!! ACTTTTAGGTTATTGTTATG+AGG - Chr7:71171177-71171196 MsG0780039964.01.T01:intron 25.0%
!!! ATGTTGATTCTTGAAATGAT+TGG - Chr7:71171586-71171605 MsG0780039964.01.T01:intron 25.0%
!!! CATTCATGTTGATTTTGATA+GGG + Chr7:71170424-71170443 None:intergenic 25.0%
!!! GGCGTTAATTGTTTTATAAA+AGG - Chr7:71170738-71170757 MsG0780039964.01.T01:intron 25.0%
AAAGCGGTTAAACACTTAAT+GGG - Chr7:71172150-71172169 MsG0780039964.01.T01:CDS 30.0%
AAAGTAATTGAAATGCTGCA+AGG - Chr7:71171811-71171830 MsG0780039964.01.T01:CDS 30.0%
AAATCTTGAATATCCGTTCT+GGG - Chr7:71169156-71169175 MsG0780039964.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
AAGAGGAACTATAGGATATA+TGG - Chr7:71171498-71171517 MsG0780039964.01.T01:intron 30.0%
AATCAATTTCCTAACAGCTT+AGG + Chr7:71169785-71169804 None:intergenic 30.0%
AATGCTCTACTAAATACTTC+TGG + Chr7:71171526-71171545 None:intergenic 30.0%
ACAGTTATGCAGAAGTAAAA+AGG - Chr7:71170975-71170994 MsG0780039964.01.T01:intron 30.0%
ACTTTGTTCCAAATTGCTAT+TGG - Chr7:71171304-71171323 MsG0780039964.01.T01:intron 30.0%
AGATCCTTATAAATCCAATC+TGG + Chr7:71171664-71171683 None:intergenic 30.0%
ATAAACGAGTCAAAAGGAAA+CGG - Chr7:71171094-71171113 MsG0780039964.01.T01:intron 30.0%
ATATGTCTTTCTTCTCTGTT+AGG - Chr7:71170329-71170348 MsG0780039964.01.T01:CDS 30.0%
ATCAATTTCCTAACAGCTTA+GGG + Chr7:71169784-71169803 None:intergenic 30.0%
ATCTGTTCTTTGCATAAATC+AGG - Chr7:71170779-71170798 MsG0780039964.01.T01:intron 30.0%
ATTACAATACAAGTTTACCG+AGG - Chr7:71169440-71169459 MsG0780039964.01.T01:CDS 30.0%
ATTTATAAGGATCTTGAGCA+AGG - Chr7:71171670-71171689 MsG0780039964.01.T01:CDS 30.0%
CAAATATGTCTTCATCAGAT+TGG - Chr7:71171905-71171924 MsG0780039964.01.T01:CDS 30.0%
CGAAATTGATTGTTATCTTC+GGG + Chr7:71169249-71169268 None:intergenic 30.0%
CTTATACATGTCACTATTGT+AGG + Chr7:71170503-71170522 None:intergenic 30.0%
CTTTCCAGATTGGATTTATA+AGG - Chr7:71171657-71171676 MsG0780039964.01.T01:CDS 30.0%
GTAAACCAAGCATTAGAAAA+GGG - Chr7:71169523-71169542 MsG0780039964.01.T01:CDS 30.0%
TAAAGCGGTTAAACACTTAA+TGG - Chr7:71172149-71172168 MsG0780039964.01.T01:CDS 30.0%
TGATAGTATTGTGTCAATAC+CGG - Chr7:71171471-71171490 MsG0780039964.01.T01:intron 30.0%
TGTAAACCAAGCATTAGAAA+AGG - Chr7:71169522-71169541 MsG0780039964.01.T01:CDS 30.0%
TGTGTACAAAGCAAGTTTAA+CGG - Chr7:71171045-71171064 MsG0780039964.01.T01:intron 30.0%
TTCAGAGGAAGAAAATGATA+TGG - Chr7:71171720-71171739 MsG0780039964.01.T01:CDS 30.0%
TTGATTCTTGAAATGATTGG+AGG - Chr7:71171589-71171608 MsG0780039964.01.T01:CDS 30.0%
TTTGAATTGTAGGGTCAAAA+CGG - Chr7:71170634-71170653 MsG0780039964.01.T01:intron 30.0%
! AGTCCAAAATCAGAGATTTT+TGG + Chr7:71171430-71171449 None:intergenic 30.0%
! CAAACCTCAAAACATTCTTT+TGG - Chr7:71171390-71171409 MsG0780039964.01.T01:intron 30.0%
! CTTTGATGAAGAGCAAATTT+TGG + Chr7:71170480-71170499 None:intergenic 30.0%
! GAAGTATTTAGTAGAGCATT+TGG - Chr7:71171526-71171545 MsG0780039964.01.T01:intron 30.0%
! GAGCAAATTTTGGATGTTTT+TGG + Chr7:71170470-71170489 None:intergenic 30.0%
! GTCCAAAATCAGAGATTTTT+GGG + Chr7:71171429-71171448 None:intergenic 30.0%
! GTTAAAAGTTTTGCTACAGT+TGG + Chr7:71169119-71169138 None:intergenic 30.0%
! TTCAGATGTTTCTGTAAGAA+TGG - Chr7:71169634-71169653 MsG0780039964.01.T01:CDS 30.0%
! TTCCTGAAAATTGTCATTTG+CGG + Chr7:71170884-71170903 None:intergenic 30.0%
!! AGAAACTTTCAGTTTGCTTT+TGG + Chr7:71169879-71169898 None:intergenic 30.0%
!! CTTTTAGGAGAAAATAAGAC+AGG + Chr7:71171868-71171887 None:intergenic 30.0%
!! GACATGTATAAGATTTTTGG+AGG - Chr7:71170511-71170530 MsG0780039964.01.T01:intron 30.0%
!! GCAAATTTTGGATGTTTTTG+GGG + Chr7:71170468-71170487 None:intergenic 30.0%
!! TACTTTTTGGTCCGTATTAT+CGG - Chr7:71170005-71170024 MsG0780039964.01.T01:CDS 30.0%
!!! AAAAGGGTTTTGAGTTGAAA+TGG - Chr7:71169539-71169558 MsG0780039964.01.T01:CDS 30.0%
!!! AACACTCTTTTTCAACGTTA+CGG - Chr7:71169385-71169404 MsG0780039964.01.T01:CDS 30.0%
!!! ATGAACATTGTGTCACTTTT+AGG - Chr7:71171163-71171182 MsG0780039964.01.T01:intron 30.0%
!!! CTGTCTTATTTTCTCCTAAA+AGG - Chr7:71171866-71171885 MsG0780039964.01.T01:CDS 30.0%
AAAACATGTCGACAACAATG+TGG - Chr7:71170910-71170929 MsG0780039964.01.T01:intron 35.0%
AAACTTATCTAGCGATCCTT+TGG + Chr7:71171236-71171255 None:intergenic 35.0%
AATATGAATCTTACGTGCGA+AGG - Chr7:71169217-71169236 MsG0780039964.01.T01:exon 35.0%
AATCTTGAATATCCGTTCTG+GGG - Chr7:71169157-71169176 MsG0780039964.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
AGAAAGAACTATCAAACTGG+AGG - Chr7:71171613-71171632 MsG0780039964.01.T01:CDS 35.0%
ATAGTATTGTGTCAATACCG+GGG - Chr7:71171473-71171492 MsG0780039964.01.T01:intron 35.0%
ATATTTGACAGTTGTAGTGG+TGG + Chr7:71171892-71171911 None:intergenic 35.0%
CAAATCTTGAATATCCGTTC+TGG - Chr7:71169155-71169174 MsG0780039964.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
GAAAGAACTATCAAACTGGA+GGG - Chr7:71171614-71171633 MsG0780039964.01.T01:CDS 35.0%
GACATATTTGACAGTTGTAG+TGG + Chr7:71171895-71171914 None:intergenic 35.0%
GATAGTATTGTGTCAATACC+GGG - Chr7:71171472-71171491 MsG0780039964.01.T01:intron 35.0%
GGAAGAAAGAACTATCAAAC+TGG - Chr7:71171610-71171629 MsG0780039964.01.T01:CDS 35.0%
GTTCTTATGATTGTCACTCA+AGG + Chr7:71169353-71169372 None:intergenic 35.0%
TAAACGAGTCAAAAGGAAAC+GGG - Chr7:71171095-71171114 MsG0780039964.01.T01:intron 35.0%
TACAAAGCAAGTTTAACGGA+TGG - Chr7:71171049-71171068 MsG0780039964.01.T01:intron 35.0%
TAGCAATGCCAATAGCAATT+TGG + Chr7:71171315-71171334 None:intergenic 35.0%
TCAATTTCCTAACAGCTTAG+GGG + Chr7:71169783-71169802 None:intergenic 35.0%
TCGCACGTAAGATTCATATT+AGG + Chr7:71169217-71169236 None:intergenic 35.0%
TTGAAATGGACGGGAAATTA+TGG - Chr7:71169553-71169572 MsG0780039964.01.T01:CDS 35.0%
TTGAATTGTAGGGTCAAAAC+GGG - Chr7:71170635-71170654 MsG0780039964.01.T01:intron 35.0%
TTTCGAGATAAATTAGGCCA+CGG - Chr7:71171010-71171029 MsG0780039964.01.T01:intron 35.0%
! AAGTGTTGTTCCCGATAATA+CGG + Chr7:71170019-71170038 None:intergenic 35.0%
! CAAAACCCTTTTCTAATGCT+TGG + Chr7:71169531-71169550 None:intergenic 35.0%
! CCAATCTGGAAAGTACATTT+CGG + Chr7:71171650-71171669 None:intergenic 35.0%
! GATTTGTTTGAATGCACCAT+AGG + Chr7:71171768-71171787 None:intergenic 35.0%
! GTATTTAGTAGAGCATTTGG+TGG - Chr7:71171529-71171548 MsG0780039964.01.T01:intron 35.0%
! TCGTCCAAAAGAATGTTTTG+AGG + Chr7:71171397-71171416 None:intergenic 35.0%
! TGCCCAAAAATCTCTGATTT+TGG - Chr7:71171424-71171443 MsG0780039964.01.T01:intron 35.0%
! TGTTGTTGAGATTCCGATTT+TGG - Chr7:71169465-71169484 MsG0780039964.01.T01:CDS 35.0%
!! AACTTTCAGTTTGCTTTTGG+TGG + Chr7:71169876-71169895 None:intergenic 35.0%
!! ACGCAGTTTGTGATTTTGAT+TGG - Chr7:71171278-71171297 MsG0780039964.01.T01:intron 35.0%
!! ACTTTTTGGTCCGTATTATC+GGG - Chr7:71170006-71170025 MsG0780039964.01.T01:CDS 35.0%
!! GGAAATAGAGGAAAGTATTG+TGG - Chr7:71169181-71169200 MsG0780039964.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
!! TTTGCTTTTGGTGGAAAACA+AGG + Chr7:71169867-71169886 None:intergenic 35.0%
!! TTTTGCTACAGTTGGTGTAT+TGG + Chr7:71169111-71169130 None:intergenic 35.0%
AAACAGAAAAGAAAGACCGC+AGG + Chr7:71170400-71170419 None:intergenic 40.0%
AAACGAGTCAAAAGGAAACG+GGG - Chr7:71171096-71171115 MsG0780039964.01.T01:intron 40.0%
AAATTGAGTCATACTCGCTC+TGG - Chr7:71170085-71170104 MsG0780039964.01.T01:CDS 40.0%
AATTAACGCCACCTGAAAGT+GGG + Chr7:71170728-71170747 None:intergenic 40.0%
ACCAGAAACAGAACTAGAAG+AGG - Chr7:71171948-71171967 MsG0780039964.01.T01:CDS 40.0%
AGATTACTATGGTGAGCCTA+TGG - Chr7:71171749-71171768 MsG0780039964.01.T01:CDS 40.0%
CAATTTCCTAACAGCTTAGG+GGG + Chr7:71169782-71169801 None:intergenic 40.0%
CCAGAAACAGAACTAGAAGA+GGG - Chr7:71171949-71171968 MsG0780039964.01.T01:CDS 40.0%
CCGAAATGTACTTTCCAGAT+TGG - Chr7:71171647-71171666 MsG0780039964.01.T01:CDS 40.0%
GACAGGAGGTTAATAGTGAT+TGG - Chr7:71170657-71170676 MsG0780039964.01.T01:intron 40.0%
GAGTTGCAAGAGATGATTAC+TGG - Chr7:71169314-71169333 MsG0780039964.01.T01:CDS 40.0%
GCAGCTTGAGTTTCCAAAAT+CGG + Chr7:71169481-71169500 None:intergenic 40.0%
GGAGAAAATAAGACAGGCTT+TGG + Chr7:71171862-71171881 None:intergenic 40.0%
TCAAAATCACAAACTGCGTC+AGG + Chr7:71171277-71171296 None:intergenic 40.0%
TGCATCAAGGATGTAGTTCA+AGG - Chr7:71171350-71171369 MsG0780039964.01.T01:intron 40.0%
TTAAGAGTTTGGAAGGAACG+TGG + Chr7:71171986-71172005 None:intergenic 40.0%
! ATTGCTATTGGCATTGCTAG+AGG - Chr7:71171316-71171335 MsG0780039964.01.T01:intron 40.0%
! GAAAATAAGACAGGCTTTGG+AGG + Chr7:71171859-71171878 None:intergenic 40.0%
! GACCGCAAATGACAATTTTC+AGG - Chr7:71170879-71170898 MsG0780039964.01.T01:intron 40.0%
! GGTTTAGAGTACTTGCATCA+AGG - Chr7:71171337-71171356 MsG0780039964.01.T01:intron 40.0%
! TTCATTGGTGGTCTGTCTAA+TGG + Chr7:71171790-71171809 None:intergenic 40.0%
!! TGAAAGGTATCATCCTGAAG+CGG - Chr7:71169814-71169833 MsG0780039964.01.T01:CDS 40.0%
!! TGTCAGATGTGTGTTGATTC+CGG - Chr7:71169580-71169599 MsG0780039964.01.T01:CDS 40.0%
!!! GGGTTTTGAGTTGAAATGGA+CGG - Chr7:71169543-71169562 MsG0780039964.01.T01:CDS 40.0%
!!! GGTTTTGAGTTGAAATGGAC+GGG - Chr7:71169544-71169563 MsG0780039964.01.T01:CDS 40.0%
AAAAGAAAGACCGCAGGCTT+TGG + Chr7:71170394-71170413 None:intergenic 45.0%
AAATCAGGTGCTTCAGTTGC+TGG - Chr7:71170794-71170813 MsG0780039964.01.T01:intron 45.0%
AAATTAGGCCACGGAGGATA+TGG - Chr7:71171019-71171038 MsG0780039964.01.T01:intron 45.0%
AACTTACCCCCTAAGCTGTT+AGG - Chr7:71169773-71169792 MsG0780039964.01.T01:CDS 45.0%
ACATGTCGACAACAATGTGG+AGG - Chr7:71170913-71170932 MsG0780039964.01.T01:intron 45.0%
CAATTAACGCCACCTGAAAG+TGG + Chr7:71170729-71170748 None:intergenic 45.0%
CGAGATATAGCACTGCTCAA+TGG - Chr7:71169950-71169969 MsG0780039964.01.T01:CDS 45.0%
CGATGATGAACTGCATGTAG+TGG + Chr7:71169668-71169687 None:intergenic 45.0%
GGAAATGCGACTGATGAAAG+CGG + Chr7:71171838-71171857 None:intergenic 45.0%
GGAATCTCAACAACACTCCT+CGG + Chr7:71169460-71169479 None:intergenic 45.0%
GTGTTTCTCATCCCACTTTC+AGG - Chr7:71170714-71170733 MsG0780039964.01.T01:intron 45.0%
TGGTGGAAAACAAGGATCGT+TGG + Chr7:71169859-71169878 None:intergenic 45.0%
TTTCTCATCCCACTTTCAGG+TGG - Chr7:71170717-71170736 MsG0780039964.01.T01:intron 45.0%
! AGTTGTAGTGGTGGCCTTTT+AGG + Chr7:71171883-71171902 None:intergenic 45.0%
! GCGGAGCTAAGTAATGGAAT+TGG - Chr7:71169833-71169852 MsG0780039964.01.T01:CDS 45.0%
! TTTAACGGATGGTCGTCAAG+TGG - Chr7:71171060-71171079 MsG0780039964.01.T01:intron 45.0%
!! CCCTCTTCTAGTTCTGTTTC+TGG + Chr7:71171952-71171971 None:intergenic 45.0%
ACACAACACCATATCCTCCG+TGG + Chr7:71171030-71171049 None:intergenic 50.0%
CCATTACTTAGCTCCGCTTC+AGG + Chr7:71169830-71169849 None:intergenic 50.0%
CCTATAGTTCCTCTTGTCCC+CGG + Chr7:71171493-71171512 None:intergenic 50.0%
CCTCTATTTCCTCCCCAGAA+CGG + Chr7:71169172-71169191 None:intergenic 50.0%
CCTGAAGCGGAGCTAAGTAA+TGG - Chr7:71169827-71169846 MsG0780039964.01.T01:CDS 50.0%
CGAGATAAATTAGGCCACGG+AGG - Chr7:71171013-71171032 MsG0780039964.01.T01:intron 50.0%
GGTGCTTCAGTTGCTGGATT+TGG - Chr7:71170800-71170819 MsG0780039964.01.T01:intron 50.0%
GTGCATTTGTCCAAAGCCTG+CGG - Chr7:71170381-71170400 MsG0780039964.01.T01:CDS 50.0%
TTGTAGGGTCAAAACGGGAC+AGG - Chr7:71170640-71170659 MsG0780039964.01.T01:intron 50.0%
!! CAGATGTGTGTTGATTCCGG+TGG - Chr7:71169583-71169602 MsG0780039964.01.T01:CDS 50.0%
!! CTTGAATATCCGTTCTGGGG+AGG - Chr7:71169160-71169179 MsG0780039964.01.T01:three_prime_UTR 50.0%
ATCGTTGCCACACACTCCAC+CGG + Chr7:71169602-71169621 None:intergenic 55.0%
CCGGGGACAAGAGGAACTAT+AGG - Chr7:71171490-71171509 MsG0780039964.01.T01:intron 55.0%
GGAAGGAACGTGGTCTCTGT+TGG + Chr7:71171976-71171995 None:intergenic 55.0%
GTGTCAATACCGGGGACAAG+AGG - Chr7:71171481-71171500 MsG0780039964.01.T01:intron 55.0%
TAGGGTCAAAACGGGACAGG+AGG - Chr7:71170643-71170662 MsG0780039964.01.T01:intron 55.0%
! GTTGATTCCGGTGGAGTGTG+TGG - Chr7:71169592-71169611 MsG0780039964.01.T01:CDS 55.0%
!! CCGTTCTGGGGAGGAAATAG+AGG - Chr7:71169169-71169188 MsG0780039964.01.T01:three_prime_UTR 55.0%
GGTGGAGTGTGTGGCAACGA+TGG - Chr7:71169601-71169620 MsG0780039964.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 71169061 71172172 71169061 ID=MsG0780039964.01;Name=MsG0780039964.01
Chr7 mRNA 71169061 71172172 71169061 ID=MsG0780039964.01.T01;Parent=MsG0780039964.01;Name=MsG0780039964.01.T01;_AED=0.40;_eAED=0.40;_QI=0|0|0.5|1|1|1|2|167|596
Chr7 exon 71169061 71170432 71169061 ID=MsG0780039964.01.T01:exon:13684;Parent=MsG0780039964.01.T01
Chr7 exon 71171587 71172172 71171587 ID=MsG0780039964.01.T01:exon:13683;Parent=MsG0780039964.01.T01
Chr7 CDS 71171587 71172172 71171587 ID=MsG0780039964.01.T01:cds;Parent=MsG0780039964.01.T01
Chr7 CDS 71169228 71170432 71169228 ID=MsG0780039964.01.T01:cds;Parent=MsG0780039964.01.T01
Chr7 three_prime_UTR 71169061 71169227 71169061 ID=MsG0780039964.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0780039964.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780039964.01.T01

ATGATCTCAATCATCAATATTCCAAAGTGTATTTGTGATGATAATAGCCAATACACCAACTGTAGCAAAACTTTTAACTGTGAAAGCAACATCACAAATCTTGAATATCCGTTCTGGGGAGGAAATAGAGGAAAGTATTGTGGTGTTTCTGATCCTAATATGAATCTTACGTGCGAAGGAAAAGTCCCGAAGATAACAATCAATTTCGTGAAATATCGTATTCTTGAATGGAACAATACAACACAGAGACTAAGAGTTGCAAGAGATGATTACTGGAGTAATATCTGTGCCTTGAGTGACAATCATAAGAACAGCACATTCAACAACACTCTTTTTCAACGTTACGGTAATACTTCTTCTAAAGTAACTTTGTTATATAATTACAATACAAGTTTACCGAGGAGTGTTGTTGAGATTCCGATTTTGGAAACTCAAGCTGCAAAAATTGCAACTGTTAATGATGTAAACCAAGCATTAGAAAAGGGTTTTGAGTTGAAATGGACGGGAAATTATGGAGTGTGTCAGATGTGTGTTGATTCCGGTGGAGTGTGTGGCAACGATGGACGAAATGAATTCAGATGTTTCTGTGCTTCAGTTGCTGGATTTGGAGTAACAATATTCTTTATTATTATGATTAGTTGTTACTTTAAAAAGGGTATACGTAGACCGCAAATGACAATTTTCAGGAAAAGAAGAAAACATGTCGACAACAATGTGGAGGTTTTCATGCAAAGTTACAATTTATCGATTGCGAGAAGATACAGTTATGCAGAAGTAAAAAGGATCACAAACTCATTTCGAGATAAATTAGGCCACGGAGGATATGGTGTTGTGTACAAAGCAAGTTTAACGGATGGTCGTCAAGTGGCAGTGAAAGTAATAAACGAGTCAAAAGGAAACGGGGAAGAGTTCATAAATGAAGTTGCTAGCATTAGTAGAACATCACACATGAACATTGTGTCACTTTTAGGTTATTGTTATGAGGTAAATAAAAGAGCACTAATATATGAATTCATGTCCAAAGGATCGCTAGATAAGTTTATCTATAAAAGTGGAGTTCCTGACGCAGTTTGTGATTTTGATTGGAATACTTTGTTCCAAATTGCTATTGGCATTGCTAGAGGTTTAGAGTACTTGCATCAAGGATGTAGTTCAAGGATACTGCATCTTGATATCAAACCTCAAAACATTCTTTTGGACGAAAATTTTTGCCCAAAAATCTCTGATTTTGGACTAGCAAAAATATGTCAAATGAATGATAGTATTGTGTCAATACCGGGGACAAGAGGAACTATAGGATATATGGCGCCAGAAGTATTTAGTAGAGCATTTGGTGGTGTTTCTTACAAATCTGATGTATACAGTTATGGCATGTTGATTCTTGAAATGATTGGAGGAAGAAAGAACTATCAAACTGGAGGGTCGTGTACTTCCGAAATGTACTTTCCAGATTGGATTTATAAGGATCTTGAGCAAGGTAATGATCTTTTAAATTCTTTGACAATTTCAGAGGAAGAAAATGATATGGTTAAAAAGATTACTATGGTGAGCCTATGGTGCATTCAAACAAATCCATTAGACAGACCACCAATGAATAAAGTAATTGAAATGCTGCAAGGACCGCTTTCATCAGTCGCATTTCCTCCAAAGCCTGTCTTATTTTCTCCTAAAAGGCCACCACTACAACTGTCAAATATGTCTTCATCAGATTGGCAAGAGACGAATTCAATTACACCAGAAACAGAACTAGAAGAGGGACCAACAGAGACCACGTTCCTTCCAAACTCTTAA

Protein sequence

>MsG0780039964.01.T01

MISIINIPKCICDDNSQYTNCSKTFNCESNITNLEYPFWGGNRGKYCGVSDPNMNLTCEGKVPKITINFVKYRILEWNNTTQRLRVARDDYWSNICALSDNHKNSTFNNTLFQRYGNTSSKVTLLYNYNTSLPRSVVEIPILETQAAKIATVNDVNQALEKGFELKWTGNYGVCQMCVDSGGVCGNDGRNEFRCFCASVAGFGVTIFFIIMISCYFKKGIRRPQMTIFRKRRKHVDNNVEVFMQSYNLSIARRYSYAEVKRITNSFRDKLGHGGYGVVYKASLTDGRQVAVKVINESKGNGEEFINEVASISRTSHMNIVSLLGYCYEVNKRALIYEFMSKGSLDKFIYKSGVPDAVCDFDWNTLFQIAIGIARGLEYLHQGCSSRILHLDIKPQNILLDENFCPKISDFGLAKICQMNDSIVSIPGTRGTIGYMAPEVFSRAFGGVSYKSDVYSYGMLILEMIGGRKNYQTGGSCTSEMYFPDWIYKDLEQGNDLLNSLTISEEENDMVKKITMVSLWCIQTNPLDRPPMNKVIEMLQGPLSSVAFPPKPVLFSPKRPPLQLSNMSSSDWQETNSITPETELEEGPTETTFLPNS*