AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0380012901.01

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MsG0380012901.01.T05 AT5G11150 41.818 55 32 0 16 70 126 180 8.84e-11 55.5
MsG0380012901.01.T02 AT4G15780 87.671 146 17 1 1 145 34 179 7.25e-94 270
MsG0380012901.01.T02 AT2G33120 69.737 152 46 0 1 152 34 185 4.57e-77 228
MsG0380012901.01.T02 AT2G32670 69.799 149 45 0 1 149 99 247 1.21e-76 229
MsG0380012901.01.T02 AT1G04750 69.079 152 47 0 1 152 34 185 2.57e-76 226
MsG0380012901.01.T02 AT1G04760 69.128 149 46 0 1 149 34 182 1.68e-74 222
MsG0380012901.01.T02 AT1G04760 69.128 149 46 0 1 149 34 182 1.68e-74 222
MsG0380012901.01.T02 AT2G33120 66.250 160 46 1 1 152 34 193 3.22e-74 221
MsG0380012901.01.T02 AT2G33110 59.060 149 57 1 1 149 34 178 6.59e-56 174
MsG0380012901.01.T02 AT2G33110 62.319 138 51 1 1 137 34 171 1.26e-55 173
MsG0380012901.01.T02 AT3G54300 49.123 171 68 2 1 152 34 204 1.68e-55 174
MsG0380012901.01.T02 AT3G54300 49.123 171 68 2 1 152 34 204 1.68e-55 174
MsG0380012901.01.T02 AT3G54300 49.123 171 68 2 1 152 34 204 1.68e-55 174
MsG0380012901.01.T02 AT1G04750 66.355 107 36 0 46 152 1 107 1.28e-46 148
MsG0380012901.01.T02 AT1G04750 66.355 107 36 0 46 152 1 107 1.28e-46 148
MsG0380012901.01.T02 AT1G04750 66.355 107 36 0 46 152 1 107 1.28e-46 148
MsG0380012901.01.T02 AT5G11150 34.211 152 96 3 1 150 31 180 5.26e-25 95.9
MsG0380012901.01.T02 AT5G11150 34.211 152 96 3 1 150 31 180 8.78e-25 95.5
MsG0380012901.01.T02 AT4G32150 31.788 151 100 3 1 150 31 179 3.44e-24 93.6
MsG0380012901.01.T02 AT5G22360 29.870 154 104 3 1 152 31 182 2.61e-22 89.0
MsG0380012901.01.T02 AT2G25340 28.758 153 106 3 1 152 31 181 1.19e-19 82.0
MsG0380012901.01.T02 AT2G33120 65.385 52 18 0 101 152 52 103 1.34e-17 74.7
MsG0380012901.01.T03 AT4G15780 87.786 131 16 0 1 131 49 179 8.33e-85 246
MsG0380012901.01.T03 AT2G33120 66.667 138 46 0 1 138 48 185 1.32e-65 199
MsG0380012901.01.T03 AT2G32670 66.667 135 45 0 1 135 113 247 3.12e-65 200
MsG0380012901.01.T03 AT1G04750 65.942 138 47 0 1 138 48 185 7.70e-65 197
MsG0380012901.01.T03 AT1G04760 65.926 135 46 0 1 135 48 182 4.72e-63 192
MsG0380012901.01.T03 AT1G04760 65.926 135 46 0 1 135 48 182 4.72e-63 192
MsG0380012901.01.T03 AT2G33120 64.336 143 43 1 1 135 48 190 8.85e-63 192
MsG0380012901.01.T03 AT2G33110 57.037 135 54 1 1 135 48 178 1.12e-47 153
MsG0380012901.01.T03 AT3G54300 47.771 157 63 2 1 138 48 204 3.39e-47 152
MsG0380012901.01.T03 AT3G54300 47.771 157 63 2 1 138 48 204 3.39e-47 152
MsG0380012901.01.T03 AT3G54300 47.771 157 63 2 1 138 48 204 3.39e-47 152
MsG0380012901.01.T03 AT2G33110 60.484 124 48 1 1 123 48 171 3.73e-47 151
MsG0380012901.01.T03 AT1G04750 66.355 107 36 0 32 138 1 107 5.17e-47 149
MsG0380012901.01.T03 AT1G04750 66.355 107 36 0 32 138 1 107 5.17e-47 149
MsG0380012901.01.T03 AT1G04750 66.355 107 36 0 32 138 1 107 5.17e-47 149
MsG0380012901.01.T03 AT5G11150 33.824 136 88 2 1 136 47 180 5.38e-22 87.4
MsG0380012901.01.T03 AT5G11150 33.824 136 88 2 1 136 47 180 7.90e-22 87.4
MsG0380012901.01.T03 AT5G22360 30.435 138 94 2 1 138 47 182 1.79e-21 86.3
MsG0380012901.01.T03 AT4G32150 31.618 136 91 2 1 136 46 179 2.44e-21 85.9
MsG0380012901.01.T03 AT2G33120 65.385 52 18 0 87 138 52 103 1.05e-17 74.3
MsG0380012901.01.T03 AT2G25340 28.986 138 96 2 1 138 46 181 1.34e-17 75.9
MsG0380012901.01.T01 AT4G15780 87.671 146 17 1 6 150 34 179 9.07e-94 270
MsG0380012901.01.T01 AT2G33120 69.737 152 46 0 6 157 34 185 7.65e-77 228
MsG0380012901.01.T01 AT2G32670 69.799 149 45 0 6 154 99 247 3.50e-76 229
MsG0380012901.01.T01 AT1G04750 69.079 152 47 0 6 157 34 185 3.50e-76 226
MsG0380012901.01.T01 AT1G04760 67.763 152 49 0 6 157 34 185 2.46e-74 222
MsG0380012901.01.T01 AT1G04760 67.763 152 49 0 6 157 34 185 2.46e-74 222
MsG0380012901.01.T01 AT2G33120 66.250 160 46 1 6 157 34 193 5.38e-74 221
MsG0380012901.01.T01 AT2G33110 59.060 149 57 1 6 154 34 178 9.18e-56 174
MsG0380012901.01.T01 AT2G33110 62.319 138 51 1 6 142 34 171 1.33e-55 173
MsG0380012901.01.T01 AT3G54300 49.123 171 68 2 6 157 34 204 2.88e-55 174
MsG0380012901.01.T01 AT3G54300 49.123 171 68 2 6 157 34 204 2.88e-55 174
MsG0380012901.01.T01 AT3G54300 49.123 171 68 2 6 157 34 204 2.88e-55 174
MsG0380012901.01.T01 AT1G04750 66.355 107 36 0 51 157 1 107 2.00e-46 148
MsG0380012901.01.T01 AT1G04750 66.355 107 36 0 51 157 1 107 2.00e-46 148
MsG0380012901.01.T01 AT1G04750 66.355 107 36 0 51 157 1 107 2.00e-46 148
MsG0380012901.01.T01 AT5G11150 34.211 152 96 3 6 155 31 180 6.06e-25 95.9
MsG0380012901.01.T01 AT5G11150 34.211 152 96 3 6 155 31 180 1.00e-24 95.5
MsG0380012901.01.T01 AT4G32150 31.788 151 100 3 6 155 31 179 3.30e-24 94.0
MsG0380012901.01.T01 AT5G22360 29.870 154 104 3 6 157 31 182 3.32e-22 89.0
MsG0380012901.01.T01 AT2G25340 28.758 153 106 3 6 157 31 181 9.98e-20 82.4
MsG0380012901.01.T01 AT2G33120 65.385 52 18 0 106 157 52 103 1.78e-17 74.3

Find 21 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 23 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AAATTCCTTGTTCAGACTTT+TGG 0.234403 3:-26599313 MsG0380012902.01.T01:intron
CTGCTTGCTAATAGATTCTT+TGG 0.244434 3:-26599211 MsG0380012902.01.T01:intron
AAAAGTCTGAACAAGGAATT+TGG 0.258186 3:+26599315 MsG0380012901.01.T01:CDS
GCTGTAGGTGAACTTGTTAT+TGG 0.335131 3:-26599130 MsG0380012902.01.T01:intron
TTCATGTGCTCTTTCATAAT+CGG 0.353938 3:-26599339 MsG0380012902.01.T01:intron
TGTTCATTCAGAAGCACCTT+TGG 0.393729 3:+26599079 None:intergenic
TTCTTTGGCAACAACACAAT+AGG 0.407269 3:-26599196 MsG0380012902.01.T01:intron
GCCGACTTTAAGAAAAGATA+TGG 0.410544 3:+26599264 MsG0380012901.01.T01:CDS
GTGAACTTGTTATTGGAAGA+AGG 0.469932 3:-26599123 MsG0380012902.01.T01:intron
AGTCGGCTTTGACACGTTCA+AGG 0.477338 3:-26599248 MsG0380012902.01.T01:intron
TGAAAAGCTATTAAAAGTGA+AGG 0.564756 3:+26599389 MsG0380012901.01.T01:CDS
GCTCAAGATTTCAGAAAGCA+AGG 0.567408 3:+26599522 MsG0380012901.01.T01:CDS
GACACGTTCAAGGAAAGCAA+TGG 0.576248 3:-26599238 MsG0380012902.01.T01:intron
CAAGAAAATTGAAAGTGTGA+TGG 0.587480 3:-26599158 MsG0380012902.01.T01:intron
TTTAAGAAAAGATATGGTGG+TGG 0.589931 3:+26599270 MsG0380012901.01.T01:CDS
ATAGACAAGGCTATTGCTAG+AGG 0.628755 3:+26599450 MsG0380012901.01.T01:CDS
CATGTTAGAAAATATAGACA+AGG 0.632618 3:+26599437 MsG0380012901.01.T01:CDS
AGTGTGATGGTCACAGCTGT+AGG 0.634169 3:-26599145 MsG0380012902.01.T01:intron
TATTGCCAAAAGTCTGAACA+AGG 0.635316 3:+26599308 MsG0380012901.01.T01:CDS
TCTGAAGACACTGATGCCAA+AGG 0.658241 3:-26599095 MsG0380012902.01.T01:intron
GACTTTAAGAAAAGATATGG+TGG 0.664798 3:+26599267 MsG0380012901.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
! CATGTTAGAAAATATAGACA+AGG + Chr3:26599437-26599456 MsG0380012901.01.T01:CDS 25.0%
! TGAAAAGCTATTAAAAGTGA+AGG + Chr3:26599389-26599408 MsG0380012901.01.T01:CDS 25.0%
!! ACCATATCTTTTCTTAAAGT+CGG - Chr3:26599268-26599287 MsG0380012902.01.T01:intron 25.0%
!! TAATAGCTTTTCAATCTCTT+CGG - Chr3:26599382-26599401 MsG0380012902.01.T01:intron 25.0%
!! TTCAATTTTCTTGTTGAAGA+TGG + Chr3:26599168-26599187 MsG0380012901.01.T01:CDS 25.0%
AAAAGTCTGAACAAGGAATT+TGG + Chr3:26599315-26599334 MsG0380012901.01.T01:CDS 30.0%
TTCATGTGCTCTTTCATAAT+CGG - Chr3:26599342-26599361 MsG0380012902.01.T01:intron 30.0%
TTTAAGAAAAGATATGGTGG+TGG + Chr3:26599270-26599289 MsG0380012901.01.T01:CDS 30.0%
! AAATTCCTTGTTCAGACTTT+TGG - Chr3:26599316-26599335 MsG0380012902.01.T01:intron 30.0%
! CAAGAAAATTGAAAGTGTGA+TGG - Chr3:26599161-26599180 MsG0380012902.01.T01:intron 30.0%
! GACTTTAAGAAAAGATATGG+TGG + Chr3:26599267-26599286 MsG0380012901.01.T01:CDS 30.0%
TATTGCCAAAAGTCTGAACA+AGG + Chr3:26599308-26599327 MsG0380012901.01.T01:CDS 35.0%
TTCTTTGGCAACAACACAAT+AGG - Chr3:26599199-26599218 MsG0380012902.01.T01:intron 35.0%
! CTGCTTGCTAATAGATTCTT+TGG - Chr3:26599214-26599233 MsG0380012902.01.T01:intron 35.0%
! GCCGACTTTAAGAAAAGATA+TGG + Chr3:26599264-26599283 MsG0380012901.01.T01:CDS 35.0%
!! GTGAACTTGTTATTGGAAGA+AGG - Chr3:26599126-26599145 MsG0380012902.01.T01:intron 35.0%
ATAGACAAGGCTATTGCTAG+AGG + Chr3:26599450-26599469 MsG0380012901.01.T01:CDS 40.0%
GCTCAAGATTTCAGAAAGCA+AGG + Chr3:26599522-26599541 MsG0380012901.01.T01:CDS 40.0%
!! GCTGTAGGTGAACTTGTTAT+TGG - Chr3:26599133-26599152 MsG0380012902.01.T01:intron 40.0%
GACACGTTCAAGGAAAGCAA+TGG - Chr3:26599241-26599260 MsG0380012902.01.T01:intron 45.0%
TCTGAAGACACTGATGCCAA+AGG - Chr3:26599098-26599117 MsG0380012902.01.T01:intron 45.0%
AGTGTGATGGTCACAGCTGT+AGG - Chr3:26599148-26599167 MsG0380012902.01.T01:intron 50.0%
! AGTCGGCTTTGACACGTTCA+AGG - Chr3:26599251-26599270 MsG0380012902.01.T01:intron 50.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr3 gene 26599090 26599563 26599090 ID=MsG0380012901.01;Name=MsG0380012901.01
Chr3 mRNA 26599090 26599563 26599090 ID=MsG0380012901.01.T01;Parent=MsG0380012901.01;Name=MsG0380012901.01.T01;_AED=0.01;_eAED=0.01;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|157
Chr3 exon 26599090 26599563 26599090 ID=MsG0380012901.01.T01:exon:12429;Parent=MsG0380012901.01.T01
Chr3 CDS 26599090 26599563 26599090 ID=MsG0380012901.01.T01:cds;Parent=MsG0380012901.01.T01
Chr3 mRNA 26599105 26599563 26599105 ID=MsG0380012901.01.T02;Parent=MsG0380012901.01;Name=MsG0380012901.01.T02;_AED=0.02;_eAED=0.02;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|152
Chr3 exon 26599105 26599563 26599105 ID=MsG0380012901.01.T02:exon:12430;Parent=MsG0380012901.01.T02
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