AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0380015582.01

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MsG0380015582.01.T01 AT3G15130 28.022 546 324 16 1 535 47 534 4.37e-52 191
MsG0380015582.01.T01 AT3G15130 30.280 393 255 8 178 562 11 392 3.76e-50 185
MsG0380015582.01.T01 AT3G61170 30.805 646 353 9 1 623 65 639 2.33e-98 318
MsG0380015582.01.T01 AT3G61170 26.638 458 236 8 112 556 32 402 6.18e-45 171
MsG0380015582.01.T01 AT3G61170 28.400 250 176 3 311 559 56 303 5.45e-25 110
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MsG0380015582.01.T01 AT3G63370 29.538 606 351 14 1 559 122 698 8.24e-65 229
MsG0380015582.01.T01 AT3G63370 29.680 438 267 7 54 490 99 496 5.59e-52 192
MsG0380015582.01.T01 AT3G63370 28.280 343 225 6 175 502 82 418 1.55e-39 155
MsG0380015582.01.T01 AT3G63370 31.095 283 182 7 281 556 82 358 1.45e-32 134
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MsG0380015582.01.T01 AT3G49170 26.764 411 288 9 157 559 45 450 1.06e-41 162
MsG0380015582.01.T01 AT3G49170 26.933 375 232 8 239 571 21 395 6.94e-30 126
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MsG0380015582.01.T01 AT1G15510 26.915 483 296 7 1 463 237 682 5.15e-41 160
MsG0380015582.01.T01 AT1G15510 25.806 403 291 4 157 558 78 473 9.97e-41 159
MsG0380015582.01.T01 AT1G15510 26.710 307 222 3 251 556 66 370 4.67e-31 129
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MsG0380015582.01.T01 AT3G50420 26.682 431 250 10 81 490 26 411 3.61e-45 172
MsG0380015582.01.T01 AT3G50420 24.242 363 254 7 209 559 23 376 6.55e-28 120
MsG0380015582.01.T01 AT1G71490 30.120 581 344 5 78 626 79 629 5.34e-91 296
MsG0380015582.01.T01 AT1G71490 26.444 450 288 5 178 590 48 491 7.03e-44 167
MsG0380015582.01.T01 AT1G71490 25.591 508 332 11 1 474 84 579 4.25e-40 156
MsG0380015582.01.T01 AT1G71490 26.360 239 174 1 259 495 21 259 3.19e-15 79.7
MsG0380015582.01.T01 AT5G13270 31.148 549 341 5 77 623 118 631 5.65e-91 298
MsG0380015582.01.T01 AT5G13270 28.184 479 285 9 1 456 124 566 6.51e-50 185
MsG0380015582.01.T01 AT2G46050 30.518 521 342 6 112 622 75 585 7.00e-91 293
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MsG0380015582.01.T01 AT3G47840 29.062 437 295 6 112 542 44 471 3.70e-53 194
MsG0380015582.01.T01 AT3G47840 23.573 543 347 10 1 517 149 649 7.93e-42 161
MsG0380015582.01.T01 AT5G19020 32.026 612 336 7 70 610 69 671 1.02e-85 282
MsG0380015582.01.T01 AT5G19020 26.296 521 320 11 1 463 113 627 4.51e-41 159
MsG0380015582.01.T01 AT5G19020 22.541 488 284 9 173 568 41 526 7.43e-35 140
MsG0380015582.01.T01 AT5G16860 28.507 670 420 13 1 623 65 722 4.88e-85 284
MsG0380015582.01.T01 AT5G16860 25.277 451 275 9 212 615 63 498 2.55e-36 145
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MsG0380015582.01.T01 AT2G36980 25.194 516 325 11 2 459 11 523 2.86e-45 171
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MsG0380015582.01.T01 AT3G18840 23.326 463 254 11 196 560 11 470 1.82e-31 130
MsG0380015582.01.T01 AT3G18840 24.235 392 259 10 1 363 199 581 2.70e-26 114
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MsG0380015582.01.T01 AT2G17210 26.923 260 178 6 256 513 23 272 7.42e-20 94.7
MsG0380015582.01.T01 AT2G17210 22.628 411 282 9 1 402 289 672 2.39e-19 92.8
MsG0380015582.01.T01 AT2G17210 32.653 147 98 1 347 492 13 159 9.65e-16 81.6
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MsG0380015582.01.T01 AT5G66520 29.864 221 116 7 1 193 187 396 1.04e-17 87.4
MsG0380015582.01.T01 AT3G14330 33.259 451 297 3 176 624 134 582 3.65e-80 268
MsG0380015582.01.T01 AT3G14330 25.128 390 221 9 1 360 173 521 4.80e-29 123
MsG0380015582.01.T01 AT5G50390 31.042 451 305 2 175 624 125 570 9.50e-79 264
MsG0380015582.01.T01 AT5G50390 25.676 444 285 10 79 517 160 563 3.96e-39 154
MsG0380015582.01.T01 AT5G50390 27.110 391 250 9 4 383 167 533 2.23e-30 127
MsG0380015582.01.T01 AT5G50390 30.189 212 117 5 1 184 265 473 2.55e-18 89.7
MsG0380015582.01.T01 AT4G21065 33.409 443 280 7 193 626 34 470 1.41e-78 261
MsG0380015582.01.T01 AT4G21065 28.099 363 233 11 25 380 84 425 1.11e-31 130
MsG0380015582.01.T01 AT4G21065 25.260 289 143 10 1 259 162 407 1.13e-21 99.8
MsG0380015582.01.T01 AT2G41080 31.303 476 299 3 176 623 47 522 5.31e-78 261
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MsG0380015582.01.T01 AT5G40410 23.714 350 239 7 14 355 85 414 1.59e-24 108
MsG0380015582.01.T01 AT1G13410 33.656 413 258 7 214 623 34 433 1.05e-72 242
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MsG0380015582.01.T01 AT1G13410 27.778 252 109 8 1 190 96 336 7.15e-16 81.3
MsG0380015582.01.T01 AT5G56310 29.536 474 286 5 193 626 32 497 1.42e-72 243
MsG0380015582.01.T01 AT5G56310 27.322 366 232 5 122 453 61 426 1.85e-33 135
MsG0380015582.01.T01 AT5G56310 27.431 288 199 5 72 354 146 428 4.90e-27 115
MsG0380015582.01.T01 AT5G56310 22.478 347 227 7 282 590 17 359 4.40e-19 91.3
MsG0380015582.01.T01 AT5G56310 23.511 319 143 10 1 259 157 434 4.80e-13 72.4
MsG0380015582.01.T01 AT2G36730 33.111 450 288 7 180 624 20 461 2.57e-72 241
MsG0380015582.01.T01 AT2G36730 30.030 333 217 9 141 466 80 403 1.39e-32 132
MsG0380015582.01.T01 AT2G36730 22.400 375 212 11 14 356 66 393 1.28e-18 89.7
MsG0380015582.01.T01 AT2G36730 30.556 180 98 4 1 153 154 333 4.24e-18 88.2
MsG0380015582.01.T01 AT4G16470 32.564 390 256 3 237 625 72 455 2.71e-72 241
MsG0380015582.01.T01 AT4G16470 25.199 377 267 8 161 533 96 461 2.04e-27 116
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MsG0380015582.01.T01 AT2G02750 30.769 338 224 4 172 507 30 359 4.65e-46 172
MsG0380015582.01.T01 AT2G02750 22.957 514 307 9 1 459 72 551 1.37e-33 136
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MsG0380015582.01.T01 AT5G08490 27.647 340 206 13 273 589 15 337 5.28e-24 107
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MsG0380015582.01.T01 AT5G50990 24.188 277 172 6 80 353 101 342 7.13e-18 87.8
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MsG0380015582.01.T01 AT3G21470 29.365 378 232 8 1 355 87 452 8.70e-40 153
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MsG0380015582.01.T01 AT3G47530 21.053 475 291 11 16 444 67 503 5.99e-16 81.6
MsG0380015582.01.T01 AT3G47530 22.603 292 172 5 1 270 154 413 9.86e-16 81.3
MsG0380015582.01.T01 AT1G34160 31.448 442 281 9 193 623 20 450 1.14e-59 209
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MsG0380015582.01.T01 AT1G12700 18.919 518 353 12 53 543 3 480 4.17e-17 85.5
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MsG0380015582.01.T01 AT2G02150 21.519 553 373 12 41 572 157 669 5.75e-20 95.1
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MsG0380015582.01.T01 AT1G74580 20.565 496 336 11 118 559 86 577 3.44e-16 82.8
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MsG0380015582.01.T01 AT4G31850 19.193 719 458 17 2 601 265 979 1.26e-14 78.2
MsG0380015582.01.T01 AT4G31850 20.179 560 399 14 1 515 544 1100 1.13e-13 75.1
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MsG0380015582.01.T01 AT2G41720 19.936 627 386 17 25 618 115 658 1.79e-13 73.9
MsG0380015582.01.T01 AT2G41720 21.429 420 304 8 213 613 51 463 1.91e-11 67.8
MsG0380015582.01.T01 AT5G24830 22.049 449 293 15 112 523 160 588 3.18e-13 73.2
MsG0380015582.01.T01 AT5G24830 21.930 342 248 7 235 559 182 521 4.85e-11 66.2
MsG0380015582.01.T01 AT2G35130 21.277 376 270 10 201 558 148 515 3.92e-13 72.8
MsG0380015582.01.T01 AT3G49730 24.609 256 180 5 298 543 186 438 4.93e-13 72.8
MsG0380015582.01.T01 AT4G26800 24.390 287 198 8 270 543 4 284 6.66e-13 71.2
MsG0380015582.01.T01 AT5G18475 23.279 305 201 8 275 556 156 450 1.16e-12 71.2
MsG0380015582.01.T01 AT5G65820 23.552 259 188 4 293 543 197 453 1.26e-12 71.2
MsG0380015582.01.T01 AT4G34830 24.696 247 176 4 326 563 448 693 1.30e-12 71.6
MsG0380015582.01.T01 AT4G34830 20.000 320 239 4 236 542 494 809 5.09e-11 66.6
MsG0380015582.01.T01 AT5G62370 21.233 438 286 12 224 611 217 645 2.06e-12 70.9
MsG0380015582.01.T01 AT2G35130 21.429 378 270 10 201 558 170 540 2.87e-12 70.1
MsG0380015582.01.T01 AT1G77340 22.772 303 216 6 193 484 107 402 3.49e-12 69.3
MsG0380015582.01.T01 AT2G35130 21.429 378 270 10 201 558 148 518 3.58e-12 69.7
MsG0380015582.01.T01 AT2G26790 23.411 299 187 6 263 556 302 563 3.61e-12 70.1
MsG0380015582.01.T01 AT2G26790 23.411 299 187 6 263 556 302 563 3.61e-12 70.1
MsG0380015582.01.T01 AT5G61400 22.596 416 236 11 81 480 273 618 3.65e-12 69.7
MsG0380015582.01.T01 AT5G61400 20.663 513 354 12 104 577 128 626 3.13e-11 67.0
MsG0380015582.01.T01 AT1G16830 22.478 347 225 10 259 597 88 398 4.56e-12 69.3
MsG0380015582.01.T01 AT1G16830 20.076 528 305 18 1 504 149 583 5.26e-11 66.2
MsG0380015582.01.T01 AT1G02060 18.960 654 430 17 1 611 106 702 1.00e-11 68.6
MsG0380015582.01.T01 AT5G08310 22.727 352 234 11 223 543 156 500 1.07e-11 68.6
MsG0380015582.01.T01 AT5G08310 21.786 560 375 21 23 559 211 730 3.48e-11 67.0
MsG0380015582.01.T01 AT5G08310 22.727 352 234 11 223 543 156 500 1.07e-11 68.6
MsG0380015582.01.T01 AT5G08310 21.786 560 375 21 23 559 211 730 3.48e-11 67.0
MsG0380015582.01.T01 AT4G16390 21.194 335 252 6 215 540 182 513 1.10e-11 68.6
MsG0380015582.01.T01 AT4G16390 19.274 358 276 5 227 572 158 514 1.43e-11 68.2
MsG0380015582.01.T01 AT3G13160 20.301 266 201 4 83 338 112 376 1.10e-11 67.4
MsG0380015582.01.T01 AT3G13160 27.072 181 123 2 336 507 163 343 1.68e-11 67.0
MsG0380015582.01.T01 AT1G18900 18.841 414 311 7 138 536 330 733 2.72e-11 67.4
MsG0380015582.01.T01 AT1G18900 18.841 414 311 7 138 536 330 733 3.33e-11 67.0
MsG0380015582.01.T01 AT1G18900 18.841 414 311 7 138 536 330 733 3.33e-11 67.0
MsG0380015582.01.T01 AT1G18900 18.841 414 311 7 138 536 330 733 3.33e-11 67.0
MsG0380015582.01.T01 AT1G79490 23.154 298 213 5 259 543 220 514 3.81e-11 67.0
MsG0380015582.01.T01 AT5G38730 24.409 254 179 5 316 558 135 386 3.86e-11 66.6
MsG0380015582.01.T01 AT1G10910 22.034 295 180 6 87 367 141 399 4.64e-11 66.2
MsG0380015582.01.T01 AT1G10910 22.034 295 180 6 87 367 141 399 4.95e-11 66.2
MsG0380015582.01.T01 AT3G22670 23.158 285 189 7 1 271 172 440 7.49e-11 65.5
MsG0380015582.01.T01 AT3G16710 20.968 372 260 9 215 559 45 409 9.57e-11 64.7

Find 109 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 128 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CTTTGGAATTCTATGCTTTC+TGG 0.030226 3:+72139944 MsG0380015582.01.T01:CDS
TTCATGGAACACACTCATTA+TGG 0.181666 3:+72139535 MsG0380015582.01.T01:CDS
CCAAATAAAATCACCATTCT+AGG 0.249971 3:+72140643 MsG0380015582.01.T01:CDS
ACCATACAATTGTAATGTTC+TGG 0.262803 3:-72140757 None:intergenic
GTATTCGAGTTTCAAGTTAT+TGG 0.267308 3:+72139859 MsG0380015582.01.T01:CDS
GTCTCTGCATTCACTAATTC+TGG 0.287134 3:+72139246 MsG0380015582.01.T01:CDS
GCTTGGTCGAGTTTGATTAC+TGG 0.301875 3:+72140247 MsG0380015582.01.T01:CDS
TTTCATGAATATGATTCATT+TGG 0.308799 3:+72140309 MsG0380015582.01.T01:CDS
CATTGATCTATATGCAAAAC+AGG 0.309737 3:+72140168 MsG0380015582.01.T01:CDS
TATTCGAGTTTCAAGTTATT+GGG 0.315013 3:+72139860 MsG0380015582.01.T01:CDS
CGCGTAAAAGTGCTACTTCA+TGG 0.315806 3:+72139519 MsG0380015582.01.T01:CDS
ATTTCTCATATGCATCATTC+TGG 0.317924 3:+72140007 MsG0380015582.01.T01:CDS
GCATGCGAAGGGCCTTAAAA+TGG 0.320470 3:+72139700 MsG0380015582.01.T01:CDS
TGCAGTGATGAATTAATGTT+AGG 0.344744 3:+72139761 MsG0380015582.01.T01:CDS
GCTAAAAGCTTGCTCAAGTT+TGG 0.348952 3:+72140366 MsG0380015582.01.T01:CDS
CTCACAGGAACATAGTTTCT+TGG 0.351236 3:+72139214 MsG0380015582.01.T01:CDS
GAGGATGCTTTATCTTTGTT+TGG 0.352008 3:+72140502 MsG0380015582.01.T01:CDS
CGACTTTGATAACTTGAGTT+TGG 0.358012 3:+72140078 MsG0380015582.01.T01:CDS
CATTGTTATATTATTAAGTC+AGG 0.365761 3:+72139794 MsG0380015582.01.T01:CDS
CTGTTCCAAGATACAATATC+TGG 0.367833 3:-72139617 None:intergenic
TATGAGTTAGATTGTGTTGT+TGG 0.370560 3:+72140136 MsG0380015582.01.T01:CDS
TTCATGAATATGATTCATTT+GGG 0.372209 3:+72140310 MsG0380015582.01.T01:CDS
TAGGTGTTCTCACTGCTTGT+AGG 0.373861 3:+72140662 MsG0380015582.01.T01:CDS
CTCTTCTATTTCTGAAAGCT+TGG 0.383426 3:+72139919 MsG0380015582.01.T01:CDS
TTTCTGAAAGCTTGGCGCTT+TGG 0.387607 3:+72139927 MsG0380015582.01.T01:CDS
TTTGGAATTCTATGCTTTCT+GGG 0.401805 3:+72139945 MsG0380015582.01.T01:CDS
TCATGGAACACACTCATTAT+GGG 0.401889 3:+72139536 MsG0380015582.01.T01:CDS
CAAGCCACAACATCTTTATC+TGG 0.406007 3:-72140229 None:intergenic
ATGTATACAGAAACATCTTC+TGG 0.407648 3:-72140946 None:intergenic
AATGAATCATATTCATGAAA+AGG 0.410727 3:-72140306 None:intergenic
CCCAGAACATTACAATTGTA+TGG 0.415435 3:+72140756 MsG0380015582.01.T01:CDS
TGTGAGGCATTTCGTTGAAC+AGG 0.417453 3:-72139197 None:intergenic
TCAAATGTTTATGCAGCTCT+TGG 0.419743 3:+72140976 MsG0380015582.01.T01:CDS
GTCTAGCTGTTATTGTATAT+CGG 0.421645 3:+72139823 MsG0380015582.01.T01:CDS
AATTCTATTGAAACAAATCA+TGG 0.427097 3:+72140721 MsG0380015582.01.T01:CDS
ACTATATGGTCTTCCTTGCT+TGG 0.430207 3:+72140856 MsG0380015582.01.T01:CDS
CTCACTGCTTGTAGGCATGC+TGG 0.439070 3:+72140670 MsG0380015582.01.T01:CDS
ATGAGTTAGATTGTGTTGTT+GGG 0.442901 3:+72140137 MsG0380015582.01.T01:CDS
AGTCTCTACAATGAGATGAT+TGG 0.445071 3:+72139288 MsG0380015582.01.T01:CDS
TTAAGCCCGACAAAACTATA+TGG 0.445211 3:+72140842 MsG0380015582.01.T01:CDS
TCTTGGAACAGCATCATTGC+TGG 0.446841 3:+72139629 MsG0380015582.01.T01:CDS
CCATACAATTGTAATGTTCT+GGG 0.449255 3:-72140756 None:intergenic
TCATTCTTTATGTCTTAAGA+AGG 0.449258 3:+72140414 MsG0380015582.01.T01:CDS
AATTGTATGGTCGATATACT+TGG 0.449350 3:+72140769 MsG0380015582.01.T01:CDS
CCGCAAGCTTTGATCACACT+TGG 0.457803 3:-72139737 None:intergenic
ATGAATCATATTCATGAAAA+GGG 0.461766 3:-72140305 None:intergenic
TGTAGAGACTAAGAGCTTCA+TGG 0.462419 3:-72139275 None:intergenic
ATTTAACATACATATCCAAA+AGG 0.463271 3:-72139454 None:intergenic
CTTTCTGGGTATGTTGTCAA+TGG 0.471809 3:+72139959 MsG0380015582.01.T01:CDS
AAGAGCTAACTTATCTGAAC+CGG 0.473530 3:-72140281 None:intergenic
GAGCTTGAGGGATGCACGAC+AGG 0.474526 3:+72139481 MsG0380015582.01.T01:CDS
ATTACTGGTTGTGCTAGATC+CGG 0.475010 3:+72140262 MsG0380015582.01.T01:CDS
GTAGAGACTAAGAGCTTCAT+GGG 0.487447 3:-72139274 None:intergenic
CATTCTTTATGTCTTAAGAA+GGG 0.488174 3:+72140415 MsG0380015582.01.T01:CDS
CAAGATACAATATCTGGCTC+TGG 0.499295 3:-72139611 None:intergenic
CTGCATAAGATGATAGAGTC+TGG 0.503395 3:+72140613 MsG0380015582.01.T01:CDS
TCTGTTCTTGTAAGTTCCAC+AGG 0.504892 3:-72140881 None:intergenic
GTCGATATACTTGGTCAAGC+AGG 0.506259 3:+72140778 MsG0380015582.01.T01:CDS
CGAAAATTGATACCATGAGT+TGG 0.506539 3:+72140533 MsG0380015582.01.T01:CDS
TCTTCCTTGCTTGGTGCCTG+TGG 0.514021 3:+72140865 MsG0380015582.01.T01:CDS
CAGAGCCAGATATTGTATCT+TGG 0.520806 3:+72139612 MsG0380015582.01.T01:CDS
CATCCCATGCCTCTTCAACT+AGG 0.520912 3:-72140693 None:intergenic
CTGGCCTAGTTGAAGAGGCA+TGG 0.525558 3:+72140689 MsG0380015582.01.T01:CDS
TGTTAAATGTGGGAGCTTGA+GGG 0.526227 3:+72139469 MsG0380015582.01.T01:CDS
AGTTTGGCAGCTCAAGTGCA+TGG 0.533468 3:+72140094 MsG0380015582.01.T01:CDS
AGCAGTGAGAACACCTAGAA+TGG 0.535392 3:-72140656 None:intergenic
GATCTTTAAAATAGTACTGA+AGG 0.536922 3:-72140050 None:intergenic
GCAGTGATGAATTAATGTTA+GGG 0.545952 3:+72139762 MsG0380015582.01.T01:CDS
GGCAGCTCAAGTGCATGGAT+TGG 0.546535 3:+72140099 MsG0380015582.01.T01:CDS
TAAGAAGGGGTATGAATCAG+AGG 0.546718 3:+72140429 MsG0380015582.01.T01:CDS
ATGCGTTAAGATTGTTTGAG+AGG 0.548771 3:+72140203 MsG0380015582.01.T01:CDS
ATTCTTTATGTCTTAAGAAG+GGG 0.552111 3:+72140416 MsG0380015582.01.T01:CDS
ATCGTGGGATGTGCACAAAA+CGG 0.558722 3:+72140565 MsG0380015582.01.T01:CDS
TTTAACATACATATCCAAAA+GGG 0.563636 3:-72139453 None:intergenic
TGTTCAACGAAATGCCTCAC+AGG 0.567213 3:+72139199 MsG0380015582.01.T01:CDS
ATGTTAAATGTGGGAGCTTG+AGG 0.569205 3:+72139468 MsG0380015582.01.T01:CDS
TTGGATATGTATGTTAAATG+TGG 0.569997 3:+72139458 MsG0380015582.01.T01:CDS
CAATTGTAATGTTCTGGGCA+AGG 0.573208 3:-72140751 None:intergenic
ATTGTTATATTATTAAGTCA+GGG 0.574869 3:+72139795 MsG0380015582.01.T01:CDS
TGAGGTAGCAACGAGATGCT+CGG 0.576670 3:-72140923 None:intergenic
AGTTCCACAGGCACCAAGCA+AGG 0.579539 3:-72140869 None:intergenic
CGCAAGCTTTGATCACACTT+GGG 0.582698 3:-72139736 None:intergenic
GTTGCCAGATAAAGATGTTG+TGG 0.584829 3:+72140225 MsG0380015582.01.T01:CDS
GCATGCTGGCCTAGTTGAAG+AGG 0.585959 3:+72140684 MsG0380015582.01.T01:CDS
TGGATATGTATGTTAAATGT+GGG 0.586274 3:+72139459 MsG0380015582.01.T01:CDS
CATAGTTTCTTGGACTACAA+TGG 0.587131 3:+72139224 MsG0380015582.01.T01:CDS
GATAATACTTGTCCAACTCA+TGG 0.593999 3:-72140545 None:intergenic
CAGATAAAGATGTTGTGGCT+TGG 0.594502 3:+72140230 MsG0380015582.01.T01:CDS
TTATGCAGCTCTTGGAATGT+GGG 0.597231 3:+72140984 MsG0380015582.01.T01:CDS
TTTATGCAGCTCTTGGAATG+TGG 0.602949 3:+72140983 MsG0380015582.01.T01:CDS
CATGGATTGGTCATCACTAG+TGG 0.611972 3:+72140112 MsG0380015582.01.T01:CDS
TGGCCTAGTTGAAGAGGCAT+GGG 0.613802 3:+72140690 MsG0380015582.01.T01:CDS
CATGGAACACACTCATTATG+GGG 0.616671 3:+72139537 MsG0380015582.01.T01:CDS
GAGTTGGACAAGTATTATCG+TGG 0.618523 3:+72140549 MsG0380015582.01.T01:CDS
TGTTGCTATGATGCATGCGA+AGG 0.625833 3:+72139688 MsG0380015582.01.T01:CDS
GTTGCTATGATGCATGCGAA+GGG 0.630463 3:+72139689 MsG0380015582.01.T01:CDS
ATTATGGGGTATGCAAAACA+AGG 0.632778 3:+72139551 MsG0380015582.01.T01:CDS
AGTTGGACAAGTATTATCGT+GGG 0.634144 3:+72140550 MsG0380015582.01.T01:CDS
TACAGAAACATCTTCTGGTG+AGG 0.634824 3:-72140941 None:intergenic
CCAAGTGTGATCAAAGCTTG+CGG 0.636520 3:+72139737 MsG0380015582.01.T01:CDS
AAGAAGGGGTATGAATCAGA+GGG 0.638109 3:+72140430 MsG0380015582.01.T01:CDS
ATTGATATGTATGCAAAATG+TGG 0.679160 3:+72140472 MsG0380015582.01.T01:CDS
AGTTTGGCATCTCATCAACA+TGG 0.688194 3:+72140382 MsG0380015582.01.T01:CDS
TGCAAAATGTGGTGACATCG+AGG 0.694871 3:+72140483 MsG0380015582.01.T01:CDS
TCTGCAGTTCTCAAAGCGTG+CGG 0.699614 3:+72139344 MsG0380015582.01.T01:CDS
CAAGAAACTATGTTCCTGTG+AGG 0.708005 3:-72139213 None:intergenic
ATTGATCTATATGCAAAACA+GGG 0.709130 3:+72140169 MsG0380015582.01.T01:CDS
TAGAGACTAAGAGCTTCATG+GGG 0.759267 3:-72139273 None:intergenic
TGTCAATGGAGATTATGTTG+AGG 0.767447 3:+72139973 MsG0380015582.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ATTGTTATATTATTAAGTCA+GGG + Chr3:72139795-72139814 MsG0380015582.01.T01:CDS 15.0%
!! AATGAATCATATTCATGAAA+AGG - Chr3:72140309-72140328 None:intergenic 20.0%
!! AATTCTATTGAAACAAATCA+TGG + Chr3:72140721-72140740 MsG0380015582.01.T01:CDS 20.0%
!! AGAGAAACTGTAAAAAAAAT+CGG + Chr3:72141024-72141043 MsG0380015582.01.T01:CDS 20.0%
!! ATGAATCATATTCATGAAAA+GGG - Chr3:72140308-72140327 None:intergenic 20.0%
!! ATTTAACATACATATCCAAA+AGG - Chr3:72139457-72139476 None:intergenic 20.0%
!! CATTGTTATATTATTAAGTC+AGG + Chr3:72139794-72139813 MsG0380015582.01.T01:CDS 20.0%
!! TCATATATTTCAATCTAAGT+TGG + Chr3:72139406-72139425 MsG0380015582.01.T01:intron 20.0%
!! TTCATGAATATGATTCATTT+GGG + Chr3:72140310-72140329 MsG0380015582.01.T01:CDS 20.0%
!! TTTAACATACATATCCAAAA+GGG - Chr3:72139456-72139475 None:intergenic 20.0%
!! TTTCATGAATATGATTCATT+TGG + Chr3:72140309-72140328 MsG0380015582.01.T01:CDS 20.0%
! ATTCTTTATGTCTTAAGAAG+GGG + Chr3:72140416-72140435 MsG0380015582.01.T01:CDS 25.0%
! ATTGATATGTATGCAAAATG+TGG + Chr3:72140472-72140491 MsG0380015582.01.T01:CDS 25.0%
! ATTGATCTATATGCAAAACA+GGG + Chr3:72140169-72140188 MsG0380015582.01.T01:CDS 25.0%
! CATTCTTTATGTCTTAAGAA+GGG + Chr3:72140415-72140434 MsG0380015582.01.T01:CDS 25.0%
! GTAAAAAAAATCGGCAAAAA+AGG + Chr3:72141033-72141052 MsG0380015582.01.T01:CDS 25.0%
! TCATTCTTTATGTCTTAAGA+AGG + Chr3:72140414-72140433 MsG0380015582.01.T01:CDS 25.0%
! TGGATATGTATGTTAAATGT+GGG + Chr3:72139459-72139478 MsG0380015582.01.T01:CDS 25.0%
! TTGGATATGTATGTTAAATG+TGG + Chr3:72139458-72139477 MsG0380015582.01.T01:CDS 25.0%
!! AGATTTTTGATCAATACTTC+AGG + Chr3:72139894-72139913 MsG0380015582.01.T01:CDS 25.0%
!!! GATCTTTAAAATAGTACTGA+AGG - Chr3:72140053-72140072 None:intergenic 25.0%
!!! TATTCGAGTTTCAAGTTATT+GGG + Chr3:72139860-72139879 MsG0380015582.01.T01:CDS 25.0%
AAATGTTGAATTGGGAAAGA+TGG + Chr3:72139376-72139395 MsG0380015582.01.T01:intron 30.0%
AATTGTATGGTCGATATACT+TGG + Chr3:72140769-72140788 MsG0380015582.01.T01:CDS 30.0%
ACCATACAATTGTAATGTTC+TGG - Chr3:72140760-72140779 None:intergenic 30.0%
ATGTATACAGAAACATCTTC+TGG - Chr3:72140949-72140968 None:intergenic 30.0%
ATTTCTCATATGCATCATTC+TGG + Chr3:72140007-72140026 MsG0380015582.01.T01:CDS 30.0%
CATTGATCTATATGCAAAAC+AGG + Chr3:72140168-72140187 MsG0380015582.01.T01:CDS 30.0%
CCAAATAAAATCACCATTCT+AGG + Chr3:72140643-72140662 MsG0380015582.01.T01:CDS 30.0%
CCATACAATTGTAATGTTCT+GGG - Chr3:72140759-72140778 None:intergenic 30.0%
GCAGAGTATAAAAACTGATT+CGG - Chr3:72139329-72139348 None:intergenic 30.0%
GCAGTGATGAATTAATGTTA+GGG + Chr3:72139762-72139781 MsG0380015582.01.T01:CDS 30.0%
GTCTAGCTGTTATTGTATAT+CGG + Chr3:72139823-72139842 MsG0380015582.01.T01:CDS 30.0%
TATGAGTTAGATTGTGTTGT+TGG + Chr3:72140136-72140155 MsG0380015582.01.T01:CDS 30.0%
TGCAGTGATGAATTAATGTT+AGG + Chr3:72139761-72139780 MsG0380015582.01.T01:CDS 30.0%
! ATGAGTTAGATTGTGTTGTT+GGG + Chr3:72140137-72140156 MsG0380015582.01.T01:CDS 30.0%
! ATGTGAATTCGTCCATTTTA+AGG - Chr3:72139715-72139734 None:intergenic 30.0%
! CCTAGAATGGTGATTTTATT+TGG - Chr3:72140646-72140665 None:intergenic 30.0%
! TTTGGAATTCTATGCTTTCT+GGG + Chr3:72139945-72139964 MsG0380015582.01.T01:CDS 30.0%
!! GTATTCGAGTTTCAAGTTAT+TGG + Chr3:72139859-72139878 MsG0380015582.01.T01:CDS 30.0%
!!! TGTTTTAATGAATGCCCTTT+TGG + Chr3:72139439-72139458 MsG0380015582.01.T01:CDS 30.0%
AAGAGCTAACTTATCTGAAC+CGG - Chr3:72140284-72140303 None:intergenic 35.0%
AGTCTCTACAATGAGATGAT+TGG + Chr3:72139288-72139307 MsG0380015582.01.T01:CDS 35.0%
AGTTGGACAAGTATTATCGT+GGG + Chr3:72140550-72140569 MsG0380015582.01.T01:CDS 35.0%
ATGCGTTAAGATTGTTTGAG+AGG + Chr3:72140203-72140222 MsG0380015582.01.T01:CDS 35.0%
ATTATGGGGTATGCAAAACA+AGG + Chr3:72139551-72139570 MsG0380015582.01.T01:CDS 35.0%
CATAGTTTCTTGGACTACAA+TGG + Chr3:72139224-72139243 MsG0380015582.01.T01:CDS 35.0%
CCCAGAACATTACAATTGTA+TGG + Chr3:72140756-72140775 MsG0380015582.01.T01:CDS 35.0%
CGAAAATTGATACCATGAGT+TGG + Chr3:72140533-72140552 MsG0380015582.01.T01:CDS 35.0%
CTGTTCCAAGATACAATATC+TGG - Chr3:72139620-72139639 None:intergenic 35.0%
CTTGTGGGAAATGTTGAATT+GGG + Chr3:72139368-72139387 MsG0380015582.01.T01:intron 35.0%
GAGGATGCTTTATCTTTGTT+TGG + Chr3:72140502-72140521 MsG0380015582.01.T01:CDS 35.0%
GATAATACTTGTCCAACTCA+TGG - Chr3:72140548-72140567 None:intergenic 35.0%
TCAAATGTTTATGCAGCTCT+TGG + Chr3:72140976-72140995 MsG0380015582.01.T01:CDS 35.0%
TCATGGAACACACTCATTAT+GGG + Chr3:72139536-72139555 MsG0380015582.01.T01:CDS 35.0%
TCTTGTGGGAAATGTTGAAT+TGG + Chr3:72139367-72139386 MsG0380015582.01.T01:intron 35.0%
TGTCAATGGAGATTATGTTG+AGG + Chr3:72139973-72139992 MsG0380015582.01.T01:CDS 35.0%
TTAAGCCCGACAAAACTATA+TGG + Chr3:72140842-72140861 MsG0380015582.01.T01:CDS 35.0%
TTCATGGAACACACTCATTA+TGG + Chr3:72139535-72139554 MsG0380015582.01.T01:CDS 35.0%
! CGACTTTGATAACTTGAGTT+TGG + Chr3:72140078-72140097 MsG0380015582.01.T01:CDS 35.0%
!! CTCTTCTATTTCTGAAAGCT+TGG + Chr3:72139919-72139938 MsG0380015582.01.T01:CDS 35.0%
!! CTTTGGAATTCTATGCTTTC+TGG + Chr3:72139944-72139963 MsG0380015582.01.T01:CDS 35.0%
!!! ATAGTTTTGTCGGGCTTAAA+TGG - Chr3:72140841-72140860 None:intergenic 35.0%
!!! GAAGACCATATAGTTTTGTC+GGG - Chr3:72140850-72140869 None:intergenic 35.0%
!!! GGAAGACCATATAGTTTTGT+CGG - Chr3:72140851-72140870 None:intergenic 35.0%
AAAAAGGAGCTGGAAAAAGC+TGG + Chr3:72141049-72141068 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
AAAATCGGCAAAAAAGGAGC+TGG + Chr3:72141039-72141058 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
ACTATATGGTCTTCCTTGCT+TGG + Chr3:72140856-72140875 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
AGTTTGGCATCTCATCAACA+TGG + Chr3:72140382-72140401 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
ATGTTAAATGTGGGAGCTTG+AGG + Chr3:72139468-72139487 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
CAAGAAACTATGTTCCTGTG+AGG - Chr3:72139216-72139235 None:intergenic 40.0%
CAAGCCACAACATCTTTATC+TGG - Chr3:72140232-72140251 None:intergenic 40.0%
CAGAGCCAGATATTGTATCT+TGG + Chr3:72139612-72139631 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
CAGATAAAGATGTTGTGGCT+TGG + Chr3:72140230-72140249 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
CATGGAACACACTCATTATG+GGG + Chr3:72139537-72139556 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
CTCACAGGAACATAGTTTCT+TGG + Chr3:72139214-72139233 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
CTGCATAAGATGATAGAGTC+TGG + Chr3:72140613-72140632 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
CTTTCTGGGTATGTTGTCAA+TGG + Chr3:72139959-72139978 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
GAGTTGGACAAGTATTATCG+TGG + Chr3:72140549-72140568 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
GTAGAGACTAAGAGCTTCAT+GGG - Chr3:72139277-72139296 None:intergenic 40.0%
GTCTCTGCATTCACTAATTC+TGG + Chr3:72139246-72139265 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
GTTGCCAGATAAAGATGTTG+TGG + Chr3:72140225-72140244 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
TACAGAAACATCTTCTGGTG+AGG - Chr3:72140944-72140963 None:intergenic 40.0%
TAGAGACTAAGAGCTTCATG+GGG - Chr3:72139276-72139295 None:intergenic 40.0%
TCTGTTCTTGTAAGTTCCAC+AGG - Chr3:72140884-72140903 None:intergenic 40.0%
TGTAGAGACTAAGAGCTTCA+TGG - Chr3:72139278-72139297 None:intergenic 40.0%
TGTTAAATGTGGGAGCTTGA+GGG + Chr3:72139469-72139488 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
TTATGCAGCTCTTGGAATGT+GGG + Chr3:72140984-72141003 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
TTTATGCAGCTCTTGGAATG+TGG + Chr3:72140983-72141002 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
! AAGAAGGGGTATGAATCAGA+GGG + Chr3:72140430-72140449 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
! ATTACTGGTTGTGCTAGATC+CGG + Chr3:72140262-72140281 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
! CAAGATACAATATCTGGCTC+TGG - Chr3:72139614-72139633 None:intergenic 40.0%
! CAATTGTAATGTTCTGGGCA+AGG - Chr3:72140754-72140773 None:intergenic 40.0%
! CATGAAGTAGCACTTTTACG+CGG - Chr3:72139521-72139540 None:intergenic 40.0%
! GCTAAAAGCTTGCTCAAGTT+TGG + Chr3:72140366-72140385 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
! TAAGAAGGGGTATGAATCAG+AGG + Chr3:72140429-72140448 MsG0380015582.01.T01:CDS 40.0%
AGCAGTGAGAACACCTAGAA+TGG - Chr3:72140659-72140678 None:intergenic 45.0%
ATCGTGGGATGTGCACAAAA+CGG + Chr3:72140565-72140584 MsG0380015582.01.T01:CDS 45.0%
CCAAGTGTGATCAAAGCTTG+CGG + Chr3:72139737-72139756 MsG0380015582.01.T01:CDS 45.0%
GCTTGGTCGAGTTTGATTAC+TGG + Chr3:72140247-72140266 MsG0380015582.01.T01:CDS 45.0%
GTCGATATACTTGGTCAAGC+AGG + Chr3:72140778-72140797 MsG0380015582.01.T01:CDS 45.0%
GTTGCTATGATGCATGCGAA+GGG + Chr3:72139689-72139708 MsG0380015582.01.T01:CDS 45.0%
TAGGTGTTCTCACTGCTTGT+AGG + Chr3:72140662-72140681 MsG0380015582.01.T01:CDS 45.0%
TCTTGGAACAGCATCATTGC+TGG + Chr3:72139629-72139648 MsG0380015582.01.T01:CDS 45.0%
TGCAAAATGTGGTGACATCG+AGG + Chr3:72140483-72140502 MsG0380015582.01.T01:CDS 45.0%
TGTTCAACGAAATGCCTCAC+AGG + Chr3:72139199-72139218 MsG0380015582.01.T01:CDS 45.0%
TGTTGCTATGATGCATGCGA+AGG + Chr3:72139688-72139707 MsG0380015582.01.T01:CDS 45.0%
! CGCAAGCTTTGATCACACTT+GGG - Chr3:72139739-72139758 None:intergenic 45.0%
! TGTGAGGCATTTCGTTGAAC+AGG - Chr3:72139200-72139219 None:intergenic 45.0%
! TTTCTGAAAGCTTGGCGCTT+TGG + Chr3:72139927-72139946 MsG0380015582.01.T01:CDS 45.0%
!! CATGGATTGGTCATCACTAG+TGG + Chr3:72140112-72140131 MsG0380015582.01.T01:CDS 45.0%
!! CGCGTAAAAGTGCTACTTCA+TGG + Chr3:72139519-72139538 MsG0380015582.01.T01:CDS 45.0%
AGTTTGGCAGCTCAAGTGCA+TGG + Chr3:72140094-72140113 MsG0380015582.01.T01:CDS 50.0%
CATCCCATGCCTCTTCAACT+AGG - Chr3:72140696-72140715 None:intergenic 50.0%
GCATGCGAAGGGCCTTAAAA+TGG + Chr3:72139700-72139719 MsG0380015582.01.T01:CDS 50.0%
TCTGCAGTTCTCAAAGCGTG+CGG + Chr3:72139344-72139363 MsG0380015582.01.T01:CDS 50.0%
TGAGGTAGCAACGAGATGCT+CGG - Chr3:72140926-72140945 None:intergenic 50.0%
! CCGCAAGCTTTGATCACACT+TGG - Chr3:72139740-72139759 None:intergenic 50.0%
! TGGCCTAGTTGAAGAGGCAT+GGG + Chr3:72140690-72140709 MsG0380015582.01.T01:CDS 50.0%
AGTTCCACAGGCACCAAGCA+AGG - Chr3:72140872-72140891 None:intergenic 55.0%
CTCACTGCTTGTAGGCATGC+TGG + Chr3:72140670-72140689 MsG0380015582.01.T01:CDS 55.0%
CTGGCCTAGTTGAAGAGGCA+TGG + Chr3:72140689-72140708 MsG0380015582.01.T01:CDS 55.0%
GGCAGCTCAAGTGCATGGAT+TGG + Chr3:72140099-72140118 MsG0380015582.01.T01:CDS 55.0%
TCTCAAAGCGTGCGGTCTTG+TGG + Chr3:72139352-72139371 MsG0380015582.01.T01:intron 55.0%
! CTCAAAGCGTGCGGTCTTGT+GGG + Chr3:72139353-72139372 MsG0380015582.01.T01:intron 55.0%
! GCATGCTGGCCTAGTTGAAG+AGG + Chr3:72140684-72140703 MsG0380015582.01.T01:CDS 55.0%
!! TCTTCCTTGCTTGGTGCCTG+TGG + Chr3:72140865-72140884 MsG0380015582.01.T01:CDS 55.0%
GAGCTTGAGGGATGCACGAC+AGG + Chr3:72139481-72139500 MsG0380015582.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr3 gene 72139150 72141089 72139150 ID=MsG0380015582.01;Name=MsG0380015582.01
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Gene Sequence

>MsG0380015582.01.T01

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Protein sequence

>MsG0380015582.01.T01

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