AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680031049.01

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MsG0680031049.01.T01 AT1G12700 24.632 475 331 6 154 612 120 583 6.85e-45 169
MsG0680031049.01.T01 AT1G12700 23.100 329 217 3 300 593 102 429 4.22e-22 101
MsG0680031049.01.T01 AT1G12700 21.898 274 213 1 319 592 86 358 2.44e-17 86.3
MsG0680031049.01.T01 AT1G12700 22.283 184 143 0 196 379 418 601 1.54e-11 67.8
MsG0680031049.01.T01 AT1G12700 24.286 210 155 2 394 601 90 297 5.64e-11 65.9
MsG0680031049.01.T01 AT3G53700 24.180 579 382 6 74 596 11 588 7.43e-45 171
MsG0680031049.01.T01 AT3G53700 26.823 384 241 5 190 536 358 738 2.02e-39 154
MsG0680031049.01.T01 AT3G53700 23.583 547 398 8 65 593 148 692 1.33e-38 152
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MsG0680031049.01.T01 AT1G13630 25.310 403 286 4 202 591 410 810 2.12e-30 127
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MsG0680031049.01.T01 AT1G31840 31.925 213 142 2 201 412 605 815 8.05e-29 122
MsG0680031049.01.T01 AT1G31840 24.085 328 248 1 198 525 462 788 3.54e-25 111
MsG0680031049.01.T01 AT1G31840 25.979 281 171 3 200 445 534 812 3.47e-24 108
MsG0680031049.01.T01 AT1G30290 25.954 524 367 8 96 601 162 682 2.59e-42 163
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MsG0680031049.01.T01 AT4G20090 30.851 376 250 4 225 592 251 624 1.12e-39 154
MsG0680031049.01.T01 AT4G20090 26.067 445 286 5 193 595 144 587 6.35e-39 152
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MsG0680031049.01.T01 AT1G13630 27.778 360 248 4 252 607 48 399 1.11e-38 152
MsG0680031049.01.T01 AT1G13630 27.273 407 259 4 191 596 88 458 1.20e-37 149
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MsG0680031049.01.T01 AT3G06920 21.905 420 302 5 115 532 71 466 4.99e-25 110
MsG0680031049.01.T01 AT3G06920 22.289 332 223 3 304 601 100 430 1.07e-17 87.8
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MsG0680031049.01.T01 AT3G61520 22.757 457 297 6 147 599 334 738 2.38e-29 124
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MsG0680031049.01.T01 AT1G18900 24.638 276 207 1 262 537 359 633 8.91e-23 103
MsG0680031049.01.T01 AT1G18900 23.964 338 213 7 256 590 320 616 1.81e-18 90.1
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MsG0680031049.01.T01 AT4G39620 22.192 365 271 7 228 582 91 452 2.79e-17 85.9
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MsG0680031049.01.T01 AT4G18840 21.716 373 275 5 203 574 111 467 6.37e-12 68.9
MsG0680031049.01.T01 AT2G21090 19.626 321 242 7 265 585 111 415 6.85e-12 68.9
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MsG0680031049.01.T01 AT4G38150 26.087 138 99 1 253 390 120 254 1.00e-11 66.6
MsG0680031049.01.T01 AT3G09040 20.354 339 222 5 232 570 150 440 1.20e-11 68.6
MsG0680031049.01.T01 AT3G09040 19.406 438 301 11 200 599 153 576 2.87e-11 67.4
MsG0680031049.01.T01 AT3G09040 20.354 339 222 5 232 570 150 440 1.20e-11 68.6
MsG0680031049.01.T01 AT3G09040 19.406 438 301 11 200 599 153 576 2.87e-11 67.4
MsG0680031049.01.T01 AT5G39350 22.101 276 205 6 221 495 344 610 1.28e-11 68.2
MsG0680031049.01.T01 AT4G22760 23.973 292 193 11 299 585 167 434 1.31e-11 67.8
MsG0680031049.01.T01 AT3G09040 20.354 339 222 5 232 570 125 415 1.36e-11 68.2
MsG0680031049.01.T01 AT3G09040 19.406 438 301 11 200 599 128 551 2.95e-11 67.4
MsG0680031049.01.T01 AT3G09040 20.354 339 222 5 232 570 125 415 1.36e-11 68.2
MsG0680031049.01.T01 AT3G09040 19.406 438 301 11 200 599 128 551 2.95e-11 67.4
MsG0680031049.01.T01 AT5G16860 26.471 204 131 5 195 390 191 383 1.75e-11 67.8
MsG0680031049.01.T01 AT5G66520 21.262 301 213 7 296 590 73 355 1.77e-11 67.8
MsG0680031049.01.T01 AT3G03580 22.597 385 268 10 198 574 274 636 1.82e-11 67.8
MsG0680031049.01.T01 AT4G25270 21.543 311 212 11 196 497 159 446 2.01e-11 67.4
MsG0680031049.01.T01 AT1G02150 21.530 353 249 11 98 428 89 435 2.45e-11 67.0
MsG0680031049.01.T01 AT5G44230 25.630 238 160 8 203 434 221 447 3.59e-11 66.6
MsG0680031049.01.T01 AT5G44230 25.630 238 160 8 203 434 124 350 4.20e-11 66.2
MsG0680031049.01.T01 AT5G02830 28.070 171 114 3 227 390 521 689 4.43e-11 66.6
MsG0680031049.01.T01 AT3G08820 20.424 377 279 8 230 599 74 436 4.87e-11 66.2
MsG0680031049.01.T01 AT1G09410 22.258 310 200 11 269 574 19 291 5.21e-11 66.2
MsG0680031049.01.T01 AT2G03880 20.821 341 223 8 277 585 36 361 5.48e-11 65.9
MsG0680031049.01.T01 AT4G20770 22.905 358 212 11 232 544 72 410 7.23e-11 65.9
MsG0680031049.01.T01 AT1G09220 22.424 330 229 11 253 574 179 489 8.64e-11 65.1
MsG0680031049.01.T01 AT1G20230 25.105 239 159 6 204 434 325 551 9.68e-11 65.5
MsG0680031049.01.T01 AT1G80880 23.622 254 187 4 227 479 289 536 9.72e-11 65.1
MsG0680031049.01.T01 AT1G80880 23.622 254 187 4 227 479 289 536 9.72e-11 65.1
MsG0680031049.01.T01 AT1G80880 23.622 254 187 4 227 479 289 536 9.72e-11 65.1

Find 100 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 142 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TACTTGCATGTTAAACTATT+TGG 0.122287 6:-13331668 None:intergenic
TTGTAAAATGGACTTGAAAT+TGG 0.190909 6:-13329998 None:intergenic
ATTAAGGCTTATGTGAAATT+AGG 0.208415 6:+13330433 MsG0680031049.01.T01:CDS
CAAGATAAGCTGGTCAAAAT+AGG 0.214209 6:+13331638 MsG0680031049.01.T01:CDS
CAAAACAATTCTCCCTCATT+TGG 0.233478 6:+13330120 MsG0680031049.01.T01:CDS
TTAATGTAAGTACTCATTTC+AGG 0.245317 6:-13331249 None:intergenic
ACGTATAACACATTGATTAA+TGG 0.246482 6:+13330733 MsG0680031049.01.T01:CDS
TGGGCGCCCATGAAATTTCT+AGG 0.266136 6:+13330140 MsG0680031049.01.T01:CDS
GCACTATACGAAATCAAATT+AGG 0.299705 6:-13330826 None:intergenic
GCCCTCTTTATTTCTAAATC+AGG 0.300291 6:-13331458 None:intergenic
TACAAGATTATGTGCATTAG+AGG 0.301953 6:+13330796 MsG0680031049.01.T01:CDS
ATAAAGAGGGCATTAATAAA+TGG 0.307265 6:+13331470 MsG0680031049.01.T01:CDS
AGAAGGATTTGAACCGGATT+TGG 0.310939 6:+13330708 MsG0680031049.01.T01:CDS
AACAATTGCATTGTAGCTTT+CGG 0.333672 6:-13331570 None:intergenic
TGCTTAATTGTTCATATACT+TGG 0.336638 6:+13330259 MsG0680031049.01.T01:CDS
TGTAAAATGGACTTGAAATT+GGG 0.337882 6:-13329997 None:intergenic
TTGTAAAGAAGGCAAGATTA+AGG 0.365996 6:+13330864 MsG0680031049.01.T01:CDS
AAGATAAGCTGGTCAAAATA+GGG 0.366256 6:+13331639 MsG0680031049.01.T01:CDS
GTTGCGGAACTTCAGAGGTT+TGG 0.370416 6:+13331114 MsG0680031049.01.T01:CDS
TCGTATAATACACTTATATC+TGG 0.381645 6:+13330943 MsG0680031049.01.T01:CDS
TCAAAACCCTAGAAATTTCA+TGG 0.383394 6:-13330147 None:intergenic
AAAACAATTCTCCCTCATTT+GGG 0.384663 6:+13330121 MsG0680031049.01.T01:CDS
TTGCATGAAATGATAGGAAT+CGG 0.388422 6:+13331009 MsG0680031049.01.T01:CDS
AATGTACTGAGGATTGTAAT+TGG 0.393091 6:+13330386 MsG0680031049.01.T01:CDS
ATGGTTATTGTAAGAAAAGA+AGG 0.394075 6:+13330752 MsG0680031049.01.T01:CDS
TTGGGAAGTGTATGAAGAAA+TGG 0.403411 6:+13330576 MsG0680031049.01.T01:CDS
GTCCGGACAATGTTACTTGT+AGG 0.404076 6:+13331037 MsG0680031049.01.T01:CDS
TAGATTGAATTTGAGATTCG+AGG 0.405550 6:-13329878 None:intergenic
TTGTGAAAATTGAATGAGAA+AGG 0.408338 6:-13329904 None:intergenic
CTGTCTAAGATTAATTATAT+CGG 0.414646 6:+13330547 MsG0680031049.01.T01:CDS
CAATTACAAGCAACAACAAT+AGG 0.419031 6:-13330511 None:intergenic
GGAGATAGTGATAAGGTGAA+TGG 0.430223 6:+13330664 MsG0680031049.01.T01:CDS
GCTTGTAATTGTTTGTTAAG+TGG 0.431227 6:+13330523 MsG0680031049.01.T01:CDS
TAATTATATCGGTGAATGTT+GGG 0.433429 6:+13330558 MsG0680031049.01.T01:CDS
ATGAATGGTCTTTGTAAAGA+AGG 0.435156 6:+13330853 MsG0680031049.01.T01:CDS
TTAATTATATCGGTGAATGT+TGG 0.440958 6:+13330557 MsG0680031049.01.T01:CDS
GGTGGGAGAAGATTGTAAAA+TGG 0.450934 6:-13330010 None:intergenic
TGGTAATGTGGCTGAGTTGA+TGG 0.451037 6:+13331610 MsG0680031049.01.T01:CDS
TAGAGAGGGAGATAGTGATA+AGG 0.451533 6:+13330657 MsG0680031049.01.T01:CDS
CTTGACAAGATGGAGGAAGA+AGG 0.455566 6:+13330691 MsG0680031049.01.T01:CDS
TCGTATAGTGCGTTGATGAA+TGG 0.455569 6:+13330838 MsG0680031049.01.T01:CDS
TGCATGAAATGATAGGAATC+GGG 0.459045 6:+13331010 MsG0680031049.01.T01:CDS
ATATCTGGTTATTGCAAAGA+AGG 0.463924 6:+13330958 MsG0680031049.01.T01:CDS
GGAGGAAGAAGGATTTGAAC+CGG 0.466403 6:+13330702 MsG0680031049.01.T01:CDS
TTGCCGCCGTGCGTGGTCAC+CGG 0.472311 6:+13329835 MsG0680031049.01.T01:CDS
AGAAAACTTCGTGCCGCAAA+CGG 0.476900 6:-13331198 None:intergenic
TACCTGATTTAGAAATAAAG+AGG 0.479005 6:+13331456 MsG0680031049.01.T01:CDS
TAATTGTTCATATACTTGGT+TGG 0.482306 6:+13330263 MsG0680031049.01.T01:CDS
TGGGAAGTGTATGAAGAAAT+GGG 0.485159 6:+13330577 MsG0680031049.01.T01:CDS
AGACTTGGAATACATAGAAA+TGG 0.487892 6:+13330601 MsG0680031049.01.T01:CDS
TATGAAGAAATGGGGAGACT+TGG 0.489364 6:+13330586 MsG0680031049.01.T01:CDS
TTAGTTGCATTGTGTAAAGA+AGG 0.489718 6:+13331171 MsG0680031049.01.T01:CDS
ATCGTAAACTTGAAACTCCT+TGG 0.490252 6:-13331546 None:intergenic
AAGCTCATTGCCGCCGTGCG+TGG 0.491293 6:+13329828 MsG0680031049.01.T01:CDS
ATCCTACAAGTAACATTGTC+CGG 0.494154 6:-13331039 None:intergenic
ATCGGCGTTGAATATGGTTG+CGG 0.497727 6:+13331098 MsG0680031049.01.T01:CDS
TACATTCAATAATGTGGAAG+AGG 0.498769 6:+13331290 MsG0680031049.01.T01:CDS
GCGTGGTCACCGGCGATGAA+AGG 0.499791 6:+13329845 MsG0680031049.01.T01:CDS
GGGTTTGAAAATGAGAAAGA+TGG 0.505488 6:-13330093 None:intergenic
GTGTTATACGTAACCAAATC+CGG 0.506503 6:-13330721 None:intergenic
ATTTCATGGGCGCCCAAATG+AGG 0.508347 6:-13330133 None:intergenic
GTTTGAGGGTTGTTGAAATG+AGG 0.509304 6:-13330060 None:intergenic
ACGGCGGCAATGAGCTTGCA+TGG 0.511208 6:-13329822 None:intergenic
GAATGGATTTCTTGACAAGA+TGG 0.513744 6:+13330681 MsG0680031049.01.T01:CDS
CCGAGGATTGCAGAAAGGTA+TGG 0.514525 6:+13331697 MsG0680031049.01.T01:CDS
GGCTTATGTGAAATTAGGTA+TGG 0.516707 6:+13330438 MsG0680031049.01.T01:CDS
TAAAGAAGGTCGACCGTTTG+CGG 0.523518 6:+13331185 MsG0680031049.01.T01:CDS
GATAGGAATCGGGATTCGTC+CGG 0.525535 6:+13331020 MsG0680031049.01.T01:CDS
GAAATTAGGTATGGTAGAGA+AGG 0.527120 6:+13330447 MsG0680031049.01.T01:CDS
CCATACCTTTCTGCAATCCT+CGG 0.531313 6:-13331697 None:intergenic
GGGCGCCCATGAAATTTCTA+GGG 0.531479 6:+13330141 MsG0680031049.01.T01:CDS
TTGTAAGAAAAGAAGGTTGG+AGG 0.533225 6:+13330759 MsG0680031049.01.T01:CDS
AAATTAGGTATGGTAGAGAA+GGG 0.539151 6:+13330448 MsG0680031049.01.T01:CDS
GATGGAGCTTCAAGATAAGC+TGG 0.544124 6:+13331628 MsG0680031049.01.T01:CDS
GCTATTGAAATTCTTTGCCA+AGG 0.545542 6:+13331529 MsG0680031049.01.T01:CDS
TTATTGTAAGAAAAGAAGGT+TGG 0.550138 6:+13330756 MsG0680031049.01.T01:CDS
CTGATAAGGATATCTCAAGA+TGG 0.557280 6:+13331219 MsG0680031049.01.T01:CDS
TCATCGCCGGTGACCACGCA+CGG 0.562592 6:-13329841 None:intergenic
GGTTCAAAGAGGAATTGATC+CGG 0.568413 6:+13330912 MsG0680031049.01.T01:CDS
TCTATGTACATTCAATAATG+TGG 0.569730 6:+13331284 MsG0680031049.01.T01:CDS
CAAAACCCTAGAAATTTCAT+GGG 0.576465 6:-13330146 None:intergenic
GTATTATACGACACAACATC+CGG 0.581302 6:-13330931 None:intergenic
TTTCAAGGATATGCAAGGGA+GGG 0.581845 6:+13331066 MsG0680031049.01.T01:CDS
TTTCATGGGCGCCCAAATGA+GGG 0.587922 6:-13330132 None:intergenic
TTTAATCAGATGGTTCAAAG+AGG 0.598977 6:+13330901 MsG0680031049.01.T01:CDS
ATATGGTTGCGGAACTTCAG+AGG 0.601057 6:+13331109 MsG0680031049.01.T01:CDS
GTTATCCGAGGATTGCAGAA+AGG 0.602425 6:+13331692 MsG0680031049.01.T01:CDS
GATTATGTGCATTAGAGGTG+TGG 0.603437 6:+13330801 MsG0680031049.01.T01:CDS
ACCTGATTTAGAAATAAAGA+GGG 0.605368 6:+13331457 MsG0680031049.01.T01:CDS
TGGATTTCTTGACAAGATGG+AGG 0.617883 6:+13330684 MsG0680031049.01.T01:CDS
ACATGCAAGTACGTTATCCG+AGG 0.620513 6:+13331680 MsG0680031049.01.T01:CDS
TAAAGAAGGCAAGATTAAGG+AGG 0.629125 6:+13330867 MsG0680031049.01.T01:CDS
TGAAATCTGAGTTGACACAA+AGG 0.631490 6:+13331322 MsG0680031049.01.T01:CDS
ATAGTGAAACCTTTCATCGC+CGG 0.634407 6:-13329854 None:intergenic
TCTGGTTATTGCAAAGAAGG+TGG 0.646252 6:+13330961 MsG0680031049.01.T01:CDS
GTGTTTGATTGAATGTACTG+AGG 0.668740 6:+13330375 MsG0680031049.01.T01:CDS
AAAGAATTTCAATAGCGACA+CGG 0.690441 6:-13331522 None:intergenic
GGGAAGTGTATGAAGAAATG+GGG 0.690598 6:+13330578 MsG0680031049.01.T01:CDS
GATGATGATGATATATCGGA+CGG 0.752848 6:+13331728 MsG0680031049.01.T01:CDS
TCGCCGGTGACCACGCACGG+CGG 0.768285 6:-13329838 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AGATAATCATATAAATTTTC+AGG - Chr6:13331150-13331169 None:intergenic 15.0%
!!! GATAATCATATAAATTTTCA+GGG - Chr6:13331149-13331168 None:intergenic 15.0%
!! ATTGGGTTAAAAATGATTTA+AGG + Chr6:13330212-13330231 MsG0680031049.01.T01:CDS 20.0%
!! TTGGGTTAAAAATGATTTAA+GGG + Chr6:13330213-13330232 MsG0680031049.01.T01:CDS 20.0%
!!! CTGTCTAAGATTAATTATAT+CGG + Chr6:13330547-13330566 MsG0680031049.01.T01:CDS 20.0%
!!! GATTTTTGATATGCTTATTA+AGG + Chr6:13330417-13330436 MsG0680031049.01.T01:CDS 20.0%
! ACCTGATTTAGAAATAAAGA+GGG + Chr6:13331457-13331476 MsG0680031049.01.T01:CDS 25.0%
! ATAAGCATATCAAAAATCAC+AGG - Chr6:13330415-13330434 None:intergenic 25.0%
! ATGGTTATTGTAAGAAAAGA+AGG + Chr6:13330752-13330771 MsG0680031049.01.T01:CDS 25.0%
! ATTAAGGCTTATGTGAAATT+AGG + Chr6:13330433-13330452 MsG0680031049.01.T01:CDS 25.0%
! TAATTATATCGGTGAATGTT+GGG + Chr6:13330558-13330577 MsG0680031049.01.T01:CDS 25.0%
! TAATTGTTCATATACTTGGT+TGG + Chr6:13330263-13330282 MsG0680031049.01.T01:CDS 25.0%
! TACCTGATTTAGAAATAAAG+AGG + Chr6:13331456-13331475 MsG0680031049.01.T01:CDS 25.0%
! TACTTGCATGTTAAACTATT+TGG - Chr6:13331671-13331690 None:intergenic 25.0%
! TCGTATAATACACTTATATC+TGG + Chr6:13330943-13330962 MsG0680031049.01.T01:CDS 25.0%
! TCTATGTACATTCAATAATG+TGG + Chr6:13331284-13331303 MsG0680031049.01.T01:CDS 25.0%
! TGCTTAATTGTTCATATACT+TGG + Chr6:13330259-13330278 MsG0680031049.01.T01:CDS 25.0%
! TTAATGTAAGTACTCATTTC+AGG - Chr6:13331252-13331271 None:intergenic 25.0%
! TTAATTATATCGGTGAATGT+TGG + Chr6:13330557-13330576 MsG0680031049.01.T01:CDS 25.0%
! TTATTGTAAGAAAAGAAGGT+TGG + Chr6:13330756-13330775 MsG0680031049.01.T01:CDS 25.0%
! TTGTGAAAATTGAATGAGAA+AGG - Chr6:13329907-13329926 None:intergenic 25.0%
!! AATTGTTAAAGTCTTTTGTG+AGG + Chr6:13331586-13331605 MsG0680031049.01.T01:CDS 25.0%
!! ACGTATAACACATTGATTAA+TGG + Chr6:13330733-13330752 MsG0680031049.01.T01:CDS 25.0%
!! ATGAGGTTTACAATGTTTTT+AGG - Chr6:13330046-13330065 None:intergenic 25.0%
!! TCATCAACTTTTTAATCAGA+TGG + Chr6:13330891-13330910 MsG0680031049.01.T01:CDS 25.0%
!! TGATGATGATGATGATATAT+CGG + Chr6:13331724-13331743 MsG0680031049.01.T01:CDS 25.0%
!! TGTAAAATGGACTTGAAATT+GGG - Chr6:13330000-13330019 None:intergenic 25.0%
!! TTGTAAAATGGACTTGAAAT+TGG - Chr6:13330001-13330020 None:intergenic 25.0%
!!! ATAAAGAGGGCATTAATAAA+TGG + Chr6:13331470-13331489 MsG0680031049.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATGGAAACTTTTTTGTTTGA+GGG - Chr6:13330077-13330096 None:intergenic 25.0%
!!! TACAATGTTTTTAGGGTTTT+GGG - Chr6:13330038-13330057 None:intergenic 25.0%
!!! TGAGGTTTACAATGTTTTTA+GGG - Chr6:13330045-13330064 None:intergenic 25.0%
!!! TTACAATGTTTTTAGGGTTT+TGG - Chr6:13330039-13330058 None:intergenic 25.0%
AAAACAATTCTCCCTCATTT+GGG + Chr6:13330121-13330140 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
AAAGAATTTCAATAGCGACA+CGG - Chr6:13331525-13331544 None:intergenic 30.0%
AAATTAGGTATGGTAGAGAA+GGG + Chr6:13330448-13330467 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
AACAATTGCATTGTAGCTTT+CGG - Chr6:13331573-13331592 None:intergenic 30.0%
AAGATAAGCTGGTCAAAATA+GGG + Chr6:13331639-13331658 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
AATGTACTGAGGATTGTAAT+TGG + Chr6:13330386-13330405 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
AGACTTGGAATACATAGAAA+TGG + Chr6:13330601-13330620 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
AGCTGCTTATATAGAGTAAA+AGG + Chr6:13331384-13331403 MsG0680031049.01.T01:intron 30.0%
ATATCTGGTTATTGCAAAGA+AGG + Chr6:13330958-13330977 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
ATGAATGGTCTTTGTAAAGA+AGG + Chr6:13330853-13330872 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
CAAAACCCTAGAAATTTCAT+GGG - Chr6:13330149-13330168 None:intergenic 30.0%
CAATTACAAGCAACAACAAT+AGG - Chr6:13330514-13330533 None:intergenic 30.0%
GCACTATACGAAATCAAATT+AGG - Chr6:13330829-13330848 None:intergenic 30.0%
TACAAGATTATGTGCATTAG+AGG + Chr6:13330796-13330815 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
TACATTCAATAATGTGGAAG+AGG + Chr6:13331290-13331309 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
TCAAAACCCTAGAAATTTCA+TGG - Chr6:13330150-13330169 None:intergenic 30.0%
TTAGTTGCATTGTGTAAAGA+AGG + Chr6:13331171-13331190 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
TTGCATGAAATGATAGGAAT+CGG + Chr6:13331009-13331028 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
TTGTAAAGAAGGCAAGATTA+AGG + Chr6:13330864-13330883 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
TTTAATCAGATGGTTCAAAG+AGG + Chr6:13330901-13330920 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
! GCTTGTAATTGTTTGTTAAG+TGG + Chr6:13330523-13330542 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
! TAGATTGAATTTGAGATTCG+AGG - Chr6:13329881-13329900 None:intergenic 30.0%
!! ACTTGTAGGATTGTTTTTCA+AGG + Chr6:13331051-13331070 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
!! ACTTTTTGGAAGAATGTTGA+AGG + Chr6:13330478-13330497 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
!! AGCACTCACATTTTTCAATT+GGG + Chr6:13330195-13330214 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
!! TCACTTTTGCATGAAATGAT+AGG + Chr6:13331003-13331022 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
!!! AGGGAGAATTGTTTTGAATT+GGG - Chr6:13330116-13330135 None:intergenic 30.0%
!!! GATGGAAACTTTTTTGTTTG+AGG - Chr6:13330078-13330097 None:intergenic 30.0%
!!! TGTTTTTCAAGGATATGCAA+GGG + Chr6:13331062-13331081 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
!!! TTGTTTTTCAAGGATATGCA+AGG + Chr6:13331061-13331080 MsG0680031049.01.T01:CDS 30.0%
ATAGAGTAAAAGGACTTCAG+AGG + Chr6:13331394-13331413 MsG0680031049.01.T01:intron 35.0%
ATCCTACAAGTAACATTGTC+CGG - Chr6:13331042-13331061 None:intergenic 35.0%
ATCGTAAACTTGAAACTCCT+TGG - Chr6:13331549-13331568 None:intergenic 35.0%
CAAAACAATTCTCCCTCATT+TGG + Chr6:13330120-13330139 MsG0680031049.01.T01:CDS 35.0%
CAAGATAAGCTGGTCAAAAT+AGG + Chr6:13331638-13331657 MsG0680031049.01.T01:CDS 35.0%
CTGATAAGGATATCTCAAGA+TGG + Chr6:13331219-13331238 MsG0680031049.01.T01:CDS 35.0%
GAAATTAGGTATGGTAGAGA+AGG + Chr6:13330447-13330466 MsG0680031049.01.T01:CDS 35.0%
GCTATTGAAATTCTTTGCCA+AGG + Chr6:13331529-13331548 MsG0680031049.01.T01:CDS 35.0%
GGCTTATGTGAAATTAGGTA+TGG + Chr6:13330438-13330457 MsG0680031049.01.T01:CDS 35.0%
GGGTTTGAAAATGAGAAAGA+TGG - Chr6:13330096-13330115 None:intergenic 35.0%
GTATTATACGACACAACATC+CGG - Chr6:13330934-13330953 None:intergenic 35.0%
GTGTTATACGTAACCAAATC+CGG - Chr6:13330724-13330743 None:intergenic 35.0%
GTGTTTGATTGAATGTACTG+AGG + Chr6:13330375-13330394 MsG0680031049.01.T01:CDS 35.0%
TAAAGAAGGCAAGATTAAGG+AGG + Chr6:13330867-13330886 MsG0680031049.01.T01:CDS 35.0%
TGCATGAAATGATAGGAATC+GGG + Chr6:13331010-13331029 MsG0680031049.01.T01:CDS 35.0%
TTGTAAGAAAAGAAGGTTGG+AGG + Chr6:13330759-13330778 MsG0680031049.01.T01:CDS 35.0%
! AGAAGGGTTTAGAGACTTTT+TGG + Chr6:13330464-13330483 MsG0680031049.01.T01:CDS 35.0%
! GAATGGATTTCTTGACAAGA+TGG + Chr6:13330681-13330700 MsG0680031049.01.T01:CDS 35.0%
! GATGATGATGATATATCGGA+CGG + Chr6:13331728-13331747 MsG0680031049.01.T01:CDS 35.0%
! GTTAAAGTCTTTTGTGAGGT+TGG + Chr6:13331590-13331609 MsG0680031049.01.T01:CDS 35.0%
! TGAAATCTGAGTTGACACAA+AGG + Chr6:13331322-13331341 MsG0680031049.01.T01:CDS 35.0%
! TGGGAAGTGTATGAAGAAAT+GGG + Chr6:13330577-13330596 MsG0680031049.01.T01:CDS 35.0%
! TTGGGAAGTGTATGAAGAAA+TGG + Chr6:13330576-13330595 MsG0680031049.01.T01:CDS 35.0%
!! CAGCACTCACATTTTTCAAT+TGG + Chr6:13330194-13330213 MsG0680031049.01.T01:CDS 35.0%
!! GCAGCTTATGATAGCTTTAT+AGG - Chr6:13331370-13331389 None:intergenic 35.0%
!! GCCCTCTTTATTTCTAAATC+AGG - Chr6:13331461-13331480 None:intergenic 35.0%
!! TGAAAACTTGTTGGAGGAAA+TGG + Chr6:13331418-13331437 MsG0680031049.01.T01:intron 35.0%
!! TTGGAGGAAATGGTTAGTTT+AGG + Chr6:13331428-13331447 MsG0680031049.01.T01:intron 35.0%
!!! ATGTTTTTAGGGTTTTGGGT+CGG - Chr6:13330034-13330053 None:intergenic 35.0%
!!! GAGGGAGAATTGTTTTGAAT+TGG - Chr6:13330117-13330136 None:intergenic 35.0%
AGAAGGATTTGAACCGGATT+TGG + Chr6:13330708-13330727 MsG0680031049.01.T01:CDS 40.0%
ATAGTGAAACCTTTCATCGC+CGG - Chr6:13329857-13329876 None:intergenic 40.0%
GATTATGTGCATTAGAGGTG+TGG + Chr6:13330801-13330820 MsG0680031049.01.T01:CDS 40.0%
GGAGATAGTGATAAGGTGAA+TGG + Chr6:13330664-13330683 MsG0680031049.01.T01:CDS 40.0%
GGTGGGAGAAGATTGTAAAA+TGG - Chr6:13330013-13330032 None:intergenic 40.0%
GGTTCAAAGAGGAATTGATC+CGG + Chr6:13330912-13330931 MsG0680031049.01.T01:CDS 40.0%
GTTTGAGGGTTGTTGAAATG+AGG - Chr6:13330063-13330082 None:intergenic 40.0%
TAGAGAGGGAGATAGTGATA+AGG + Chr6:13330657-13330676 MsG0680031049.01.T01:CDS 40.0%
TATGAAGAAATGGGGAGACT+TGG + Chr6:13330586-13330605 MsG0680031049.01.T01:CDS 40.0%
TCTGGTTATTGCAAAGAAGG+TGG + Chr6:13330961-13330980 MsG0680031049.01.T01:CDS 40.0%
TGGATTTCTTGACAAGATGG+AGG + Chr6:13330684-13330703 MsG0680031049.01.T01:CDS 40.0%
TTCAGAGGCTGAAAACTTGT+TGG + Chr6:13331409-13331428 MsG0680031049.01.T01:intron 40.0%
TTTCAAGGATATGCAAGGGA+GGG + Chr6:13331066-13331085 MsG0680031049.01.T01:CDS 40.0%
! AAGGGAGGGAAAGCTTTTAT+CGG + Chr6:13331080-13331099 MsG0680031049.01.T01:CDS 40.0%
! ACGCATGTTTTGTGTAGAGA+GGG + Chr6:13330643-13330662 MsG0680031049.01.T01:CDS 40.0%
! GGGAAGTGTATGAAGAAATG+GGG + Chr6:13330578-13330597 MsG0680031049.01.T01:CDS 40.0%
! TCGTATAGTGCGTTGATGAA+TGG + Chr6:13330838-13330857 MsG0680031049.01.T01:CDS 40.0%
!! GCTTTTATCGGCGTTGAATA+TGG + Chr6:13331092-13331111 MsG0680031049.01.T01:CDS 40.0%
!! TTTTCAAGGATATGCAAGGG+AGG + Chr6:13331065-13331084 MsG0680031049.01.T01:CDS 40.0%
!!! CTTTTGTGAGGTTGGTAATG+TGG + Chr6:13331598-13331617 MsG0680031049.01.T01:CDS 40.0%
ACATGCAAGTACGTTATCCG+AGG + Chr6:13331680-13331699 MsG0680031049.01.T01:CDS 45.0%
AGAAAACTTCGTGCCGCAAA+CGG - Chr6:13331201-13331220 None:intergenic 45.0%
ATATGGTTGCGGAACTTCAG+AGG + Chr6:13331109-13331128 MsG0680031049.01.T01:CDS 45.0%
CCATACCTTTCTGCAATCCT+CGG - Chr6:13331700-13331719 None:intergenic 45.0%
CTTGACAAGATGGAGGAAGA+AGG + Chr6:13330691-13330710 MsG0680031049.01.T01:CDS 45.0%
GATGGAGCTTCAAGATAAGC+TGG + Chr6:13331628-13331647 MsG0680031049.01.T01:CDS 45.0%
GGAGGAAGAAGGATTTGAAC+CGG + Chr6:13330702-13330721 MsG0680031049.01.T01:CDS 45.0%
GTTATCCGAGGATTGCAGAA+AGG + Chr6:13331692-13331711 MsG0680031049.01.T01:CDS 45.0%
TAAAGAAGGTCGACCGTTTG+CGG + Chr6:13331185-13331204 MsG0680031049.01.T01:CDS 45.0%
! ATCGGCGTTGAATATGGTTG+CGG + Chr6:13331098-13331117 MsG0680031049.01.T01:CDS 45.0%
! CGGCACGAAGTTTTCTGATA+AGG + Chr6:13331205-13331224 MsG0680031049.01.T01:CDS 45.0%
! GACGCATGTTTTGTGTAGAG+AGG + Chr6:13330642-13330661 MsG0680031049.01.T01:CDS 45.0%
! GTCCGGACAATGTTACTTGT+AGG + Chr6:13331037-13331056 MsG0680031049.01.T01:CDS 45.0%
! TGGTAATGTGGCTGAGTTGA+TGG + Chr6:13331610-13331629 MsG0680031049.01.T01:CDS 45.0%
!! AGAGGCTGAAAACTTGTTGG+AGG + Chr6:13331412-13331431 MsG0680031049.01.T01:intron 45.0%
!!! TTTTAGGGTTTTGGGTCGGT+GGG - Chr6:13330030-13330049 None:intergenic 45.0%
!!! TTTTTAGGGTTTTGGGTCGG+TGG - Chr6:13330031-13330050 None:intergenic 45.0%
ATTTCATGGGCGCCCAAATG+AGG - Chr6:13330136-13330155 None:intergenic 50.0%
CCGAGGATTGCAGAAAGGTA+TGG + Chr6:13331697-13331716 MsG0680031049.01.T01:CDS 50.0%
GATAGGAATCGGGATTCGTC+CGG + Chr6:13331020-13331039 MsG0680031049.01.T01:CDS 50.0%
GGGCGCCCATGAAATTTCTA+GGG + Chr6:13330141-13330160 MsG0680031049.01.T01:CDS 50.0%
GTTGCGGAACTTCAGAGGTT+TGG + Chr6:13331114-13331133 MsG0680031049.01.T01:CDS 50.0%
TGGGCGCCCATGAAATTTCT+AGG + Chr6:13330140-13330159 MsG0680031049.01.T01:CDS 50.0%
TTTCATGGGCGCCCAAATGA+GGG - Chr6:13330135-13330154 None:intergenic 50.0%
AAGCTCATTGCCGCCGTGCG+TGG + Chr6:13329828-13329847 MsG0680031049.01.T01:CDS 65.0%
GCGTGGTCACCGGCGATGAA+AGG + Chr6:13329845-13329864 MsG0680031049.01.T01:CDS 65.0%
TCATCGCCGGTGACCACGCA+CGG - Chr6:13329844-13329863 None:intergenic 65.0%
TTGCCGCCGTGCGTGGTCAC+CGG + Chr6:13329835-13329854 MsG0680031049.01.T01:CDS 70.0%
TCGCCGGTGACCACGCACGG+CGG - Chr6:13329841-13329860 None:intergenic 75.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 13329824 13331769 13329824 ID=MsG0680031049.01;Name=MsG0680031049.01
Chr6 mRNA 13329824 13331769 13329824 ID=MsG0680031049.01.T01;Parent=MsG0680031049.01;Name=MsG0680031049.01.T01;_AED=0.49;_eAED=0.49;_QI=0|0|0|1|1|0.5|2|0|613
Chr6 exon 13329824 13331345 13329824 ID=MsG0680031049.01.T01:exon:9432;Parent=MsG0680031049.01.T01
Chr6 exon 13331450 13331769 13331450 ID=MsG0680031049.01.T01:exon:9433;Parent=MsG0680031049.01.T01
Chr6 CDS 13329824 13331345 13329824 ID=MsG0680031049.01.T01:cds;Parent=MsG0680031049.01.T01
Chr6 CDS 13331450 13331769 13331450 ID=MsG0680031049.01.T01:cds;Parent=MsG0680031049.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680031049.01.T01

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Protein sequence

>MsG0680031049.01.T01

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