AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0480021036.01

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MsG0480021036.01.T01 AT3G63370 28.839 267 156 7 62 297 303 566 2.29e-20 93.6
MsG0480021036.01.T01 AT3G63370 25.000 288 183 4 40 297 383 667 3.52e-20 93.2
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MsG0480021036.01.T01 AT3G02010 27.820 266 158 4 64 297 168 431 2.63e-25 108
MsG0480021036.01.T01 AT5G13230 27.986 293 165 4 43 297 245 529 4.18e-30 122
MsG0480021036.01.T01 AT5G13230 26.667 285 177 3 43 297 146 428 1.55e-29 120
MsG0480021036.01.T01 AT5G13230 32.530 166 110 1 62 227 367 530 3.54e-19 90.1
MsG0480021036.01.T01 AT3G20730 29.699 266 155 3 65 300 35 298 6.70e-30 121
MsG0480021036.01.T01 AT3G20730 27.675 271 162 5 59 297 130 398 6.74e-23 100
MsG0480021036.01.T01 AT3G20730 24.646 353 181 12 42 352 212 521 2.02e-15 78.2
MsG0480021036.01.T01 AT1G31430 28.308 325 162 7 43 301 44 363 1.16e-29 120
MsG0480021036.01.T01 AT1G31430 31.500 200 103 4 129 297 31 227 1.94e-21 96.7
MsG0480021036.01.T01 AT1G31430 24.561 285 181 7 82 351 217 482 1.49e-18 87.8
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MsG0480021036.01.T01 AT2G44880 24.034 233 167 4 64 295 37 260 2.44e-13 72.0
MsG0480021036.01.T01 AT2G44880 24.731 372 185 9 36 326 104 461 4.05e-27 113
MsG0480021036.01.T01 AT2G44880 24.034 233 167 4 64 295 35 258 2.53e-13 72.0
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MsG0480021036.01.T01 AT2G44880 24.034 233 167 4 64 295 39 262 3.12e-13 71.6
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MsG0480021036.01.T01 AT4G14050 27.757 263 179 4 46 308 6 257 5.73e-24 104
MsG0480021036.01.T01 AT3G23330 29.114 316 153 8 49 297 11 322 9.52e-27 112
MsG0480021036.01.T01 AT3G23330 25.902 305 176 6 42 336 239 503 2.05e-23 102
MsG0480021036.01.T01 AT4G14170 28.800 250 146 4 79 297 67 315 1.18e-26 111
MsG0480021036.01.T01 AT4G14170 26.724 232 157 4 56 284 147 368 1.18e-14 75.9
MsG0480021036.01.T01 AT3G26540 27.864 323 165 6 38 295 53 372 2.01e-26 111
MsG0480021036.01.T01 AT3G26540 23.179 302 173 3 55 297 275 576 1.61e-21 97.1
MsG0480021036.01.T01 AT3G02330 27.536 276 166 4 52 297 191 462 2.46e-26 111
MsG0480021036.01.T01 AT3G02330 24.917 301 165 5 58 297 63 363 5.27e-19 89.7
MsG0480021036.01.T01 AT3G02330 26.562 256 157 4 59 285 297 550 4.28e-18 86.7
MsG0480021036.01.T01 AT3G02330 22.727 308 185 6 40 326 478 753 3.80e-16 80.9
MsG0480021036.01.T01 AT4G33170 25.762 361 187 8 42 326 413 768 2.84e-26 111
MsG0480021036.01.T01 AT4G33170 28.889 180 121 3 54 228 50 227 3.53e-16 80.9
MsG0480021036.01.T01 AT4G33170 27.404 208 116 4 123 298 294 498 4.04e-14 74.7
MsG0480021036.01.T01 AT4G14050 26.087 299 161 4 58 326 67 335 3.62e-26 110
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MsG0480021036.01.T01 AT5G13270 26.117 291 181 5 43 301 183 471 5.96e-24 104
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MsG0480021036.01.T01 AT5G43790 25.946 370 202 11 21 355 88 420 6.24e-24 103
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MsG0480021036.01.T01 AT1G19720 29.167 264 161 7 45 297 83 331 9.91e-24 103
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MsG0480021036.01.T01 AT1G19720 26.587 252 161 5 57 297 366 604 1.80e-20 94.0
MsG0480021036.01.T01 AT1G19720 24.555 281 195 4 25 301 169 436 1.16e-19 91.7
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MsG0480021036.01.T01 AT2G04860 25.455 275 168 4 55 326 359 599 1.87e-19 90.9
MsG0480021036.01.T01 AT2G04860 24.345 267 164 4 61 297 169 427 5.55e-19 89.4
MsG0480021036.01.T01 AT5G59200 27.778 306 171 5 48 346 163 425 1.25e-23 102
MsG0480021036.01.T01 AT5G59200 23.611 288 157 6 39 319 15 246 1.68e-11 66.2
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MsG0480021036.01.T01 AT3G22150 27.572 243 138 4 92 296 53 295 1.24e-16 82.4
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MsG0480021036.01.T01 AT3G49142 27.309 249 138 7 89 331 254 465 2.09e-15 78.6
MsG0480021036.01.T01 AT3G49142 26.415 159 87 2 168 296 61 219 3.36e-13 71.6
MsG0480021036.01.T01 AT3G26630 25.836 329 166 7 45 342 121 402 5.79e-21 94.7
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MsG0480021036.01.T01 AT1G32415 25.882 255 166 6 45 292 202 440 1.42e-14 75.9
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MsG0480021036.01.T01 AT1G32415 28.774 212 123 7 92 297 56 245 2.54e-12 68.9
MsG0480021036.01.T01 AT5G06540 22.388 335 156 6 94 326 67 399 4.78e-14 73.9
MsG0480021036.01.T01 AT2G32630 24.275 276 190 6 34 297 250 518 1.05e-13 73.2
MsG0480021036.01.T01 AT3G47530 23.920 301 121 5 153 349 120 416 5.49e-13 70.9
MsG0480021036.01.T01 AT5G44230 25.101 247 170 5 58 302 61 294 1.19e-12 69.7
MsG0480021036.01.T01 AT5G42450 25.871 201 107 4 97 297 46 204 6.00e-12 67.4
MsG0480021036.01.T01 AT1G09190 25.652 230 148 7 64 284 22 237 8.79e-12 67.0

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GCAATGAATGCTGTTGTTTC+TGG 0.106497 4:-52458977 MsG0480021036.01.T01:CDS
CGAATACGCTATTGGACTTT+TGG 0.247766 4:+52459197 None:intergenic
CATGGTTATGCTTTGGTGAT+TGG 0.295466 4:-52458605 MsG0480021036.01.T01:CDS
TGCAAAATGTGGGTTCATTT+CGG 0.319637 4:-52458537 MsG0480021036.01.T01:CDS
TCCAACGGTGAATATTTGTT+TGG 0.323800 4:+52459302 None:intergenic
ACTCTAAGTGCGGTGAAGTT+AGG 0.334128 4:-52459045 MsG0480021036.01.T01:CDS
CCAACGGTGAATATTTGTTT+GGG 0.335901 4:+52459303 None:intergenic
TTGGCCACAGGTTGTGTATA+AGG 0.340986 4:+52459360 None:intergenic
TGGAATGGGTGTGAAGGATT+TGG 0.350878 4:-52459002 MsG0480021036.01.T01:CDS
TTGGCTTCTTGTAGAAATCA+TGG 0.387619 4:-52458148 MsG0480021036.01.T01:intron
CAATGAATGCTGTTGTTTCT+GGG 0.390380 4:-52458976 MsG0480021036.01.T01:CDS
AGGAATGACGAATACGCTAT+TGG 0.391980 4:+52459189 None:intergenic
AGATTATGCAAGAGAAATAC+TGG 0.395684 4:-52458297 MsG0480021036.01.T01:CDS
CATGTTGGTGATAGAATTTA+CGG 0.399272 4:-52459145 MsG0480021036.01.T01:CDS
GCATGCATGGTGGATCGTTT+TGG 0.400974 4:-52458249 MsG0480021036.01.T01:CDS
CTCTAAGTGCGGTGAAGTTA+GGG 0.405554 4:-52459044 MsG0480021036.01.T01:CDS
GGAGATTCATGGTTATGCTT+TGG 0.408302 4:-52458612 MsG0480021036.01.T01:CDS
CGGAGAGCAAGTGCATTGTT+TGG 0.416733 4:-52459125 MsG0480021036.01.T01:CDS
GAGGTTGGGAAGGAGATTCA+TGG 0.436039 4:-52458623 MsG0480021036.01.T01:CDS
CTTACAAGAGCATGCATAGT+AGG 0.437040 4:+52459580 None:intergenic
GATGCACGTAAGGTGTTTGA+TGG 0.438313 4:-52459022 MsG0480021036.01.T01:CDS
AGACGATTCCCAGCACTCTC+AGG 0.461506 4:+52458077 None:intergenic
TGTGTATAAGGTAATGAGGT+TGG 0.467208 4:+52459372 None:intergenic
TGCTTTGGTGATTGGTGTGG+AGG 0.467873 4:-52458597 MsG0480021036.01.T01:CDS
ATCAAGAGAAGGATAAAGAA+AGG 0.468944 4:-52458003 MsG0480021036.01.T01:CDS
AGGTAAGAGTGAGGTTGGGA+AGG 0.472649 4:-52458633 MsG0480021036.01.T01:intron
CGGGTTCTGATCGGAGAAAA+CGG 0.473020 4:+52459509 None:intergenic
GTCCGCTTGTATGCCGATGC+TGG 0.473065 4:-52458048 MsG0480021036.01.T01:CDS
AAGGGCTTCGAATGAGGCGT+TGG 0.473182 4:-52458943 MsG0480021036.01.T01:CDS
AAATCTCGAGAGCGTGATCA+TGG 0.475577 4:+52459245 None:intergenic
GTCGAACAGTTTACGTGCAA+TGG 0.481331 4:+52459333 None:intergenic
AGAGTTAGACCTGAGAGTGC+TGG 0.481479 4:-52458086 MsG0480021036.01.T01:CDS
ATTGTCACAGTGTTCTTCTC+CGG 0.484531 4:+52458488 None:intergenic
CCTAGTGTTCTTAAAGCTTG+TGG 0.486772 4:-52459169 MsG0480021036.01.T01:CDS
TCTGAAATGCAAAGTCTCAA+TGG 0.488295 4:-52459220 MsG0480021036.01.T01:CDS
TACTGAGGTAAGAGTGAGGT+TGG 0.490279 4:-52458638 MsG0480021036.01.T01:intron
CCCAAACAAATATTCACCGT+TGG 0.496618 4:-52459303 MsG0480021036.01.T01:CDS
GTGGGTTCATTTCGGAAGCC+AGG 0.500538 4:-52458529 MsG0480021036.01.T01:CDS
TTTGTATGTGAGGAGTGCTT+TGG 0.501394 4:-52458570 MsG0480021036.01.T01:CDS
GAGAAAACGGTGGTTGAAGA+TGG 0.518642 4:+52459522 None:intergenic
CTCAACAAGGGCTTCGAATG+AGG 0.519894 4:-52458949 MsG0480021036.01.T01:CDS
GTTTCTGGGTATGCTCAACA+AGG 0.521111 4:-52458962 MsG0480021036.01.T01:CDS
TACTGGAGTGAGCCACAGAC+TGG 0.521142 4:-52458280 MsG0480021036.01.T01:CDS
AGGGCTTCGAATGAGGCGTT+GGG 0.521253 4:-52458942 MsG0480021036.01.T01:intron
TGGCTTCTTGTAGAAATCAT+GGG 0.522238 4:-52458147 MsG0480021036.01.T01:intron
ACGTAAGGTGTTTGATGGAA+TGG 0.522286 4:-52459017 MsG0480021036.01.T01:CDS
GAGTTAGACCTGAGAGTGCT+GGG 0.524056 4:-52458085 MsG0480021036.01.T01:CDS
CGTAAGGTGTTTGATGGAAT+GGG 0.525696 4:-52459016 MsG0480021036.01.T01:CDS
AATGGGTGTGAAGGATTTGG+TGG 0.535507 4:-52458999 MsG0480021036.01.T01:CDS
CAACGGTGAATATTTGTTTG+GGG 0.536338 4:+52459304 None:intergenic
TCAAGAGAAGGATAAAGAAA+GGG 0.536593 4:-52458002 MsG0480021036.01.T01:CDS
TTTATGGGAATTCTGAGGGA+TGG 0.538921 4:+52459550 None:intergenic
CTTTCCCCATGTTCCAGCAT+CGG 0.541986 4:+52458035 None:intergenic
CGCTCACGATCATTACATCA+AGG 0.544916 4:-52459454 MsG0480021036.01.T01:CDS
TGAAGTTAGGGATGCACGTA+AGG 0.545905 4:-52459032 MsG0480021036.01.T01:CDS
TGTAGGATTCGGGTTCTGAT+CGG 0.547435 4:+52459500 None:intergenic
CCACAAGCTTTAAGAACACT+AGG 0.549280 4:+52459169 None:intergenic
CTTAAAGCTTGTGGCCATGT+TGG 0.551320 4:-52459160 MsG0480021036.01.T01:CDS
GTATGCCGATGCTGGAACAT+GGG 0.554627 4:-52458040 MsG0480021036.01.T01:CDS
TGTATGCCGATGCTGGAACA+TGG 0.554778 4:-52458041 MsG0480021036.01.T01:CDS
GTTGATATGTATGCAAAATG+TGG 0.556785 4:-52458548 MsG0480021036.01.T01:CDS
AGCGAGCACATGTGGCAATG+AGG 0.558917 4:+52459275 None:intergenic
GCGAGCACATGTGGCAATGA+GGG 0.565820 4:+52459276 None:intergenic
TGCAATGGAGAGTTGGCCAC+AGG 0.567363 4:+52459348 None:intergenic
TTATGCTTTGGTGATTGGTG+TGG 0.570360 4:-52458600 MsG0480021036.01.T01:CDS
GTTTACGTGCAATGGAGAGT+TGG 0.576715 4:+52459341 None:intergenic
ACTGAGGTAAGAGTGAGGTT+GGG 0.579888 4:-52458637 MsG0480021036.01.T01:intron
CATCTTATAAAACAGTGTCC+TGG 0.582294 4:+52458511 None:intergenic
CGATGCTGGAACATGGGGAA+AGG 0.584038 4:-52458034 MsG0480021036.01.T01:CDS
GAACATGGGGAAAGGTTTAG+CGG 0.587554 4:-52458026 MsG0480021036.01.T01:CDS
GCATGTGGAGCTTGCAGAAG+TGG 0.588719 4:-52458125 MsG0480021036.01.T01:CDS
CATGCGCTTCTAACAACCAA+CGG 0.592278 4:-52459421 MsG0480021036.01.T01:CDS
TAATGAGGTTGGATGCTATG+AGG 0.593467 4:+52459383 None:intergenic
GTTGAAACGCGCGTAACCGT+TGG 0.593926 4:+52459405 None:intergenic
AGGTTGTGTATAAGGTAATG+AGG 0.599349 4:+52459368 None:intergenic
TTGATATGTATGCAAAATGT+GGG 0.602788 4:-52458547 MsG0480021036.01.T01:CDS
CGTAAATTCTATCACCAACA+TGG 0.622850 4:+52459146 None:intergenic
TTCCAGCATCGGCATACAAG+CGG 0.624104 4:+52458046 None:intergenic
AGGTTTAGCGGATCAAGAGA+AGG 0.624777 4:-52458014 MsG0480021036.01.T01:CDS
TGGAGGATGATTTGTATGTG+AGG 0.626353 4:-52458580 MsG0480021036.01.T01:CDS
TGGCAATGAGGGCAATCCAA+CGG 0.635138 4:+52459287 None:intergenic
TTGTAGAAATCATGGGCATG+TGG 0.637901 4:-52458140 MsG0480021036.01.T01:intron
TTTCTGGGTATGCTCAACAA+GGG 0.639866 4:-52458961 MsG0480021036.01.T01:CDS
GTTTGATGGAATGGGTGTGA+AGG 0.641207 4:-52459008 MsG0480021036.01.T01:CDS
ATGCATAAAGCTCCAGTCTG+TGG 0.641549 4:+52458268 None:intergenic
GAAGCCACAGCGAGCACATG+TGG 0.647055 4:+52459267 None:intergenic
ACTGGAGCTTTATGCATGCA+TGG 0.652467 4:-52458262 MsG0480021036.01.T01:CDS
ATTGCCACATGTGCTCGCTG+TGG 0.664297 4:-52459271 MsG0480021036.01.T01:CDS
GGCGCTCGTAATGCTCTCAG+TGG 0.671451 4:-52459610 MsG0480021036.01.T01:CDS
TATGCCGATGCTGGAACATG+GGG 0.672802 4:-52458039 MsG0480021036.01.T01:CDS
ATTGTTATGTACTCTAAGTG+CGG 0.685212 4:-52459055 MsG0480021036.01.T01:CDS
ATTACCTTATACACAACCTG+TGG 0.685746 4:-52459364 MsG0480021036.01.T01:CDS
GGAGCTTTATGCATGCATGG+TGG 0.729632 4:-52458259 MsG0480021036.01.T01:CDS
GTTCTGATCGGAGAAAACGG+TGG 0.787694 4:+52459512 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
! TTGATATGTATGCAAAATGT+GGG - Chr4:52459063-52459082 MsG0480021036.01.T01:CDS 25.0%
!! ACAATGAACTCTATGATTTT+TGG - Chr4:52459140-52459159 MsG0480021036.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATTTTTGGTTATGCAAATCA+TGG - Chr4:52459155-52459174 MsG0480021036.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATTTTTTATGGGAATTCTGA+GGG + Chr4:52458067-52458086 None:intergenic 25.0%
!!! TTGAAGATGGCATTTTTTAT+GGG + Chr4:52458078-52458097 None:intergenic 25.0%
!!! TTTTTGGTTATGCAAATCAT+GGG - Chr4:52459156-52459175 MsG0480021036.01.T01:CDS 25.0%
AGATTATGCAAGAGAAATAC+TGG - Chr4:52459313-52459332 MsG0480021036.01.T01:CDS 30.0%
ATCAAGAGAAGGATAAAGAA+AGG - Chr4:52459607-52459626 MsG0480021036.01.T01:CDS 30.0%
ATGTTGGAGATATTGAACTT+GGG - Chr4:52459277-52459296 MsG0480021036.01.T01:CDS 30.0%
ATTGTTATGTACTCTAAGTG+CGG - Chr4:52458555-52458574 MsG0480021036.01.T01:CDS 30.0%
GTTGATATGTATGCAAAATG+TGG - Chr4:52459062-52459081 MsG0480021036.01.T01:CDS 30.0%
TCAAGAGAAGGATAAAGAAA+GGG - Chr4:52459608-52459627 MsG0480021036.01.T01:CDS 30.0%
! TATGCAGAATTTTCGTAATG+AGG - Chr4:52458865-52458884 MsG0480021036.01.T01:intron 30.0%
!! CATGTTGGTGATAGAATTTA+CGG - Chr4:52458465-52458484 MsG0480021036.01.T01:CDS 30.0%
!!! CATTTTTTATGGGAATTCTG+AGG + Chr4:52458068-52458087 None:intergenic 30.0%
!!! GTTGAAGATGGCATTTTTTA+TGG + Chr4:52458079-52458098 None:intergenic 30.0%
ACTTGGAATGCTTTGATATC+TGG - Chr4:52458736-52458755 MsG0480021036.01.T01:intron 35.0%
AGGTTGTGTATAAGGTAATG+AGG + Chr4:52458245-52458264 None:intergenic 35.0%
ATTACCTTATACACAACCTG+TGG - Chr4:52458246-52458265 MsG0480021036.01.T01:CDS 35.0%
CAACGGTGAATATTTGTTTG+GGG + Chr4:52458309-52458328 None:intergenic 35.0%
CATCTTATAAAACAGTGTCC+TGG + Chr4:52459102-52459121 None:intergenic 35.0%
CATGTTGGAGATATTGAACT+TGG - Chr4:52459276-52459295 MsG0480021036.01.T01:CDS 35.0%
CCAACGGTGAATATTTGTTT+GGG + Chr4:52458310-52458329 None:intergenic 35.0%
CGTAAATTCTATCACCAACA+TGG + Chr4:52458467-52458486 None:intergenic 35.0%
CTTGGAATGCTTTGATATCT+GGG - Chr4:52458737-52458756 MsG0480021036.01.T01:intron 35.0%
GAGAGTTAAATGATCTAGCT+TGG + Chr4:52459232-52459251 None:intergenic 35.0%
GCTAGATCATTTAACTCTCA+CGG - Chr4:52459233-52459252 MsG0480021036.01.T01:CDS 35.0%
TATTGAGCTCTTCAATCAGA+TGG - Chr4:52459192-52459211 MsG0480021036.01.T01:CDS 35.0%
TCAATCAGATGGAAATGGAA+GGG - Chr4:52459203-52459222 MsG0480021036.01.T01:CDS 35.0%
TCCAACGGTGAATATTTGTT+TGG + Chr4:52458311-52458330 None:intergenic 35.0%
TGCAAAATGTGGGTTCATTT+CGG - Chr4:52459073-52459092 MsG0480021036.01.T01:CDS 35.0%
TGGCTTCTTGTAGAAATCAT+GGG - Chr4:52459463-52459482 MsG0480021036.01.T01:CDS 35.0%
TGTGTATAAGGTAATGAGGT+TGG + Chr4:52458241-52458260 None:intergenic 35.0%
TTAACCTGATTGTTTGTGGT+GGG - Chr4:52459432-52459451 MsG0480021036.01.T01:CDS 35.0%
TTCAATCAGATGGAAATGGA+AGG - Chr4:52459202-52459221 MsG0480021036.01.T01:CDS 35.0%
TTGGCTTCTTGTAGAAATCA+TGG - Chr4:52459462-52459481 MsG0480021036.01.T01:CDS 35.0%
TTTAGGCTGATGAATGAAGA+TGG - Chr4:52458798-52458817 MsG0480021036.01.T01:intron 35.0%
! GACACTGTTTTATAAGATGC+CGG - Chr4:52459103-52459122 MsG0480021036.01.T01:CDS 35.0%
! GTGGAGAATATGAAGTTGAT+GGG - Chr4:52458695-52458714 MsG0480021036.01.T01:intron 35.0%
! TCTGAAATGCAAAGTCTCAA+TGG - Chr4:52458390-52458409 MsG0480021036.01.T01:intron 35.0%
!! ATGAGTTTTGTGTAGGATTC+GGG + Chr4:52458123-52458142 None:intergenic 35.0%
!! CAATGAATGCTGTTGTTTCT+GGG - Chr4:52458634-52458653 MsG0480021036.01.T01:intron 35.0%
!! GATGAGTTTTGTGTAGGATT+CGG + Chr4:52458124-52458143 None:intergenic 35.0%
!! TGTTTCGATGAGTTTTGTGT+AGG + Chr4:52458130-52458149 None:intergenic 35.0%
!!! GAAAGGTGTCTGAGATTTTT+AGG - Chr4:52458781-52458800 MsG0480021036.01.T01:intron 35.0%
AAAATCTCAGACACCTTTCC+CGG + Chr4:52458780-52458799 None:intergenic 40.0%
AATCAGATGGAAATGGAAGG+GGG - Chr4:52459205-52459224 MsG0480021036.01.T01:CDS 40.0%
AGGAATGACGAATACGCTAT+TGG + Chr4:52458424-52458443 None:intergenic 40.0%
ATTGTCACAGTGTTCTTCTC+CGG + Chr4:52459125-52459144 None:intergenic 40.0%
CAATCAGATGGAAATGGAAG+GGG - Chr4:52459204-52459223 MsG0480021036.01.T01:CDS 40.0%
CCACAAACAATCAGGTTAAC+CGG + Chr4:52459431-52459450 None:intergenic 40.0%
CCCAAACAAATATTCACCGT+TGG - Chr4:52458307-52458326 MsG0480021036.01.T01:CDS 40.0%
CCTAGTGTTCTTAAAGCTTG+TGG - Chr4:52458441-52458460 MsG0480021036.01.T01:intron 40.0%
GCTCTTCAATCAGATGGAAA+TGG - Chr4:52459198-52459217 MsG0480021036.01.T01:CDS 40.0%
GGAGATTCATGGTTATGCTT+TGG - Chr4:52458998-52459017 MsG0480021036.01.T01:CDS 40.0%
GGTGGAGAATATGAAGTTGA+TGG - Chr4:52458694-52458713 MsG0480021036.01.T01:intron 40.0%
GTTAACCTGATTGTTTGTGG+TGG - Chr4:52459431-52459450 MsG0480021036.01.T01:CDS 40.0%
TAATGAGGTTGGATGCTATG+AGG + Chr4:52458230-52458249 None:intergenic 40.0%
TTGTAGAAATCATGGGCATG+TGG - Chr4:52459470-52459489 MsG0480021036.01.T01:CDS 40.0%
TTTAAGCAAATGTTGCGTCG+TGG - Chr4:52458902-52458921 MsG0480021036.01.T01:intron 40.0%
TTTCTGGGTATGCTCAACAA+GGG - Chr4:52458649-52458668 MsG0480021036.01.T01:intron 40.0%
! ACGTAAGGTGTTTGATGGAA+TGG - Chr4:52458593-52458612 MsG0480021036.01.T01:CDS 40.0%
! CATGGTTATGCTTTGGTGAT+TGG - Chr4:52459005-52459024 MsG0480021036.01.T01:CDS 40.0%
! CGAATACGCTATTGGACTTT+TGG + Chr4:52458416-52458435 None:intergenic 40.0%
! CGTAAGGTGTTTGATGGAAT+GGG - Chr4:52458594-52458613 MsG0480021036.01.T01:CDS 40.0%
! CTTACAAGAGCATGCATAGT+AGG + Chr4:52458033-52458052 None:intergenic 40.0%
! TGGAGGATGATTTGTATGTG+AGG - Chr4:52459030-52459049 MsG0480021036.01.T01:CDS 40.0%
! TTATGCTTTGGTGATTGGTG+TGG - Chr4:52459010-52459029 MsG0480021036.01.T01:CDS 40.0%
! TTTATGGGAATTCTGAGGGA+TGG + Chr4:52458063-52458082 None:intergenic 40.0%
!! CCACAAGCTTTAAGAACACT+AGG + Chr4:52458444-52458463 None:intergenic 40.0%
!! GCAATGAATGCTGTTGTTTC+TGG - Chr4:52458633-52458652 MsG0480021036.01.T01:intron 40.0%
!! TTTGTATGTGAGGAGTGCTT+TGG - Chr4:52459040-52459059 MsG0480021036.01.T01:CDS 40.0%
AACAATCAGGTTAACCGGCA+TGG + Chr4:52459426-52459445 None:intergenic 45.0%
AATGGGTGTGAAGGATTTGG+TGG - Chr4:52458611-52458630 MsG0480021036.01.T01:CDS 45.0%
ACTCTAAGTGCGGTGAAGTT+AGG - Chr4:52458565-52458584 MsG0480021036.01.T01:CDS 45.0%
ACTGAGGTAAGAGTGAGGTT+GGG - Chr4:52458973-52458992 MsG0480021036.01.T01:CDS 45.0%
AGCATTCCAAGTCACCACAT+TGG + Chr4:52458728-52458747 None:intergenic 45.0%
ATCAGATGGAAATGGAAGGG+GGG - Chr4:52459206-52459225 MsG0480021036.01.T01:CDS 45.0%
ATGCATAAAGCTCCAGTCTG+TGG + Chr4:52459345-52459364 None:intergenic 45.0%
CATGCGCTTCTAACAACCAA+CGG - Chr4:52458189-52458208 MsG0480021036.01.T01:intron 45.0%
CCGGTTAACCTGATTGTTTG+TGG - Chr4:52459428-52459447 MsG0480021036.01.T01:CDS 45.0%
CGCTCACGATCATTACATCA+AGG - Chr4:52458156-52458175 MsG0480021036.01.T01:intron 45.0%
CTCACAGCATGTAGTCATGT+TGG - Chr4:52459261-52459280 MsG0480021036.01.T01:CDS 45.0%
CTCTAAGTGCGGTGAAGTTA+GGG - Chr4:52458566-52458585 MsG0480021036.01.T01:CDS 45.0%
CTTAAAGCTTGTGGCCATGT+TGG - Chr4:52458450-52458469 MsG0480021036.01.T01:intron 45.0%
GAACATGGGGAAAGGTTTAG+CGG - Chr4:52459584-52459603 MsG0480021036.01.T01:CDS 45.0%
GAGAAAACGGTGGTTGAAGA+TGG + Chr4:52458091-52458110 None:intergenic 45.0%
GAGATATTGAACTTGGGCAG+AGG - Chr4:52459283-52459302 MsG0480021036.01.T01:CDS 45.0%
GCATTCCAAGTCACCACATT+GGG + Chr4:52458727-52458746 None:intergenic 45.0%
GTCGAACAGTTTACGTGCAA+TGG + Chr4:52458280-52458299 None:intergenic 45.0%
GTTTACGTGCAATGGAGAGT+TGG + Chr4:52458272-52458291 None:intergenic 45.0%
GTTTGATGGAATGGGTGTGA+AGG - Chr4:52458602-52458621 MsG0480021036.01.T01:CDS 45.0%
GTTTGCTCAGAAATGTGACC+GGG - Chr4:52458759-52458778 MsG0480021036.01.T01:intron 45.0%
TACTGAGGTAAGAGTGAGGT+TGG - Chr4:52458972-52458991 MsG0480021036.01.T01:CDS 45.0%
TGAAGTTAGGGATGCACGTA+AGG - Chr4:52458578-52458597 MsG0480021036.01.T01:CDS 45.0%
TGGAATGGGTGTGAAGGATT+TGG - Chr4:52458608-52458627 MsG0480021036.01.T01:CDS 45.0%
TTGAACCCAATGTGGTGACT+TGG - Chr4:52458719-52458738 MsG0480021036.01.T01:intron 45.0%
TTGGCCACAGGTTGTGTATA+AGG + Chr4:52458253-52458272 None:intergenic 45.0%
! AAATCTCGAGAGCGTGATCA+TGG + Chr4:52458368-52458387 None:intergenic 45.0%
! ACTGGAGCTTTATGCATGCA+TGG - Chr4:52459348-52459367 MsG0480021036.01.T01:CDS 45.0%
! AGGTTTAGCGGATCAAGAGA+AGG - Chr4:52459596-52459615 MsG0480021036.01.T01:CDS 45.0%
! GATGCACGTAAGGTGTTTGA+TGG - Chr4:52458588-52458607 MsG0480021036.01.T01:CDS 45.0%
! GCGAAAACTAGAGAAGCGTA+TGG - Chr4:52459388-52459407 MsG0480021036.01.T01:CDS 45.0%
! GGTTTGCTCAGAAATGTGAC+CGG - Chr4:52458758-52458777 MsG0480021036.01.T01:intron 45.0%
! GTTTCTGGGTATGCTCAACA+AGG - Chr4:52458648-52458667 MsG0480021036.01.T01:intron 45.0%
! TGTAGGATTCGGGTTCTGAT+CGG + Chr4:52458113-52458132 None:intergenic 45.0%
!! GTTTGTGGTGGGTGCATTAT+TGG - Chr4:52459443-52459462 MsG0480021036.01.T01:CDS 45.0%
!! TGATGGGTTTGAACCCAATG+TGG - Chr4:52458711-52458730 MsG0480021036.01.T01:intron 45.0%
AGGTAAGAGTGAGGTTGGGA+AGG - Chr4:52458977-52458996 MsG0480021036.01.T01:CDS 50.0%
CGGAGAGCAAGTGCATTGTT+TGG - Chr4:52458485-52458504 MsG0480021036.01.T01:CDS 50.0%
CTCAACAAGGGCTTCGAATG+AGG - Chr4:52458661-52458680 MsG0480021036.01.T01:intron 50.0%
CTCAGAAATGTGACCGGGAA+AGG - Chr4:52458764-52458783 MsG0480021036.01.T01:intron 50.0%
CTTTCCCCATGTTCCAGCAT+CGG + Chr4:52459578-52459597 None:intergenic 50.0%
GAAGTCCATGACACCACATC+AGG + Chr4:52458831-52458850 None:intergenic 50.0%
GAGGTTGGGAAGGAGATTCA+TGG - Chr4:52458987-52459006 MsG0480021036.01.T01:CDS 50.0%
GGCAGAATCAAGTTCCATGC+CGG - Chr4:52459409-52459428 MsG0480021036.01.T01:CDS 50.0%
GTATGCCGATGCTGGAACAT+GGG - Chr4:52459570-52459589 MsG0480021036.01.T01:CDS 50.0%
GTTCTGATCGGAGAAAACGG+TGG + Chr4:52458101-52458120 None:intergenic 50.0%
TATGCCGATGCTGGAACATG+GGG - Chr4:52459571-52459590 MsG0480021036.01.T01:CDS 50.0%
TCTTACCTCAGTAGCACAGC+TGG + Chr4:52458965-52458984 None:intergenic 50.0%
TGCACCCACCACAAACAATC+AGG + Chr4:52459439-52459458 None:intergenic 50.0%
TGGCAATGAGGGCAATCCAA+CGG + Chr4:52458326-52458345 None:intergenic 50.0%
TGTATGCCGATGCTGGAACA+TGG - Chr4:52459569-52459588 MsG0480021036.01.T01:CDS 50.0%
! AGAGTTAGACCTGAGAGTGC+TGG - Chr4:52459524-52459543 MsG0480021036.01.T01:CDS 50.0%
! AGATGGTGTTGAGCCTGATG+TGG - Chr4:52458815-52458834 MsG0480021036.01.T01:intron 50.0%
! CGGGTTCTGATCGGAGAAAA+CGG + Chr4:52458104-52458123 None:intergenic 50.0%
! GGAGCTTTATGCATGCATGG+TGG - Chr4:52459351-52459370 MsG0480021036.01.T01:CDS 50.0%
! GTGCTACTGAGGTAAGAGTG+AGG - Chr4:52458968-52458987 MsG0480021036.01.T01:CDS 50.0%
! TGCTTTGGTGATTGGTGTGG+AGG - Chr4:52459013-52459032 MsG0480021036.01.T01:CDS 50.0%
! TTGAGCCTGATGTGGTGTCA+TGG - Chr4:52458823-52458842 MsG0480021036.01.T01:intron 50.0%
!! GAGTTAGACCTGAGAGTGCT+GGG - Chr4:52459525-52459544 MsG0480021036.01.T01:CDS 50.0%
!! TTCCAGCATCGGCATACAAG+CGG + Chr4:52459567-52459586 None:intergenic 50.0%
!! TTCGAATGAGGCGTTGGGTT+TGG - Chr4:52458673-52458692 MsG0480021036.01.T01:intron 50.0%
!!! GCATGCATGGTGGATCGTTT+TGG - Chr4:52459361-52459380 MsG0480021036.01.T01:CDS 50.0%
AAGGGCTTCGAATGAGGCGT+TGG - Chr4:52458667-52458686 MsG0480021036.01.T01:intron 55.0%
AGACGATTCCCAGCACTCTC+AGG + Chr4:52459536-52459555 None:intergenic 55.0%
AGCGAGCACATGTGGCAATG+AGG + Chr4:52458338-52458357 None:intergenic 55.0%
ATTGCCACATGTGCTCGCTG+TGG - Chr4:52458339-52458358 MsG0480021036.01.T01:intron 55.0%
CGATGCTGGAACATGGGGAA+AGG - Chr4:52459576-52459595 MsG0480021036.01.T01:CDS 55.0%
GCATGTGGAGCTTGCAGAAG+TGG - Chr4:52459485-52459504 MsG0480021036.01.T01:CDS 55.0%
GCGAGCACATGTGGCAATGA+GGG + Chr4:52458337-52458356 None:intergenic 55.0%
GTGGGTTCATTTCGGAAGCC+AGG - Chr4:52459081-52459100 MsG0480021036.01.T01:CDS 55.0%
GTTGAAACGCGCGTAACCGT+TGG + Chr4:52458208-52458227 None:intergenic 55.0%
TACTGGAGTGAGCCACAGAC+TGG - Chr4:52459330-52459349 MsG0480021036.01.T01:CDS 55.0%
TGCAATGGAGAGTTGGCCAC+AGG + Chr4:52458265-52458284 None:intergenic 55.0%
! AGGGCTTCGAATGAGGCGTT+GGG - Chr4:52458668-52458687 MsG0480021036.01.T01:intron 55.0%
! GCGCTGATCGTAGCTGAAGT+TGG + Chr4:52458935-52458954 None:intergenic 55.0%
! TTCTGCCAGCTGTGCTACTG+AGG - Chr4:52458957-52458976 MsG0480021036.01.T01:CDS 55.0%
!! GAATGAGGCGTTGGGTTTGG+TGG - Chr4:52458676-52458695 MsG0480021036.01.T01:intron 55.0%
GAAGCCACAGCGAGCACATG+TGG + Chr4:52458346-52458365 None:intergenic 60.0%
GGCGCTCGTAATGCTCTCAG+TGG - Chr4:52458000-52458019 MsG0480021036.01.T01:CDS 60.0%
GTCCGCTTGTATGCCGATGC+TGG - Chr4:52459562-52459581 MsG0480021036.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr4 gene 52457994 52459638 52457994 ID=MsG0480021036.01;Name=MsG0480021036.01
Chr4 mRNA 52457994 52459638 52457994 ID=MsG0480021036.01.T01;Parent=MsG0480021036.01;Name=MsG0480021036.01.T01;_AED=0.49;_eAED=0.58;_QI=0|0|0|1|1|1|4|0|384
Chr4 exon 52458943 52459638 52458943 ID=MsG0480021036.01.T01:exon:831;Parent=MsG0480021036.01.T01
Chr4 exon 52458455 52458648 52458455 ID=MsG0480021036.01.T01:exon:830;Parent=MsG0480021036.01.T01
Chr4 exon 52458228 52458329 52458228 ID=MsG0480021036.01.T01:exon:829;Parent=MsG0480021036.01.T01
Chr4 exon 52457994 52458156 52457994 ID=MsG0480021036.01.T01:exon:828;Parent=MsG0480021036.01.T01
Chr4 CDS 52458943 52459638 52458943 ID=MsG0480021036.01.T01:cds;Parent=MsG0480021036.01.T01
Chr4 CDS 52458455 52458648 52458455 ID=MsG0480021036.01.T01:cds;Parent=MsG0480021036.01.T01
Chr4 CDS 52458228 52458329 52458228 ID=MsG0480021036.01.T01:cds;Parent=MsG0480021036.01.T01
Chr4 CDS 52457994 52458156 52457994 ID=MsG0480021036.01.T01:cds;Parent=MsG0480021036.01.T01
Gene Sequence

>MsG0480021036.01.T01

ATATTTGGCGCTCGTAATGCTCTCAGTGGCTTAGTGCCTACTATGCATGCTCTTGTAAGAACTTCACCATCCCTCAGAATTCCCATAAAAAATGCCATCTTCAACCACCGTTTTCTCCGATCAGAACCCGAATCCTACACAAAACTCATCGAAACATACATTCGCTCACGATCATTACATCAAGGAAAGAAGCTTCATGCGCTTCTAACAACCAACGGTTACGCGCGTTTCAACCTCATAGCATCCAACCTCATTACCTTATACACAACCTGTGGCCAACTCTCCATTGCACGTAAACTGTTCGACAAAATTCCCCAAACAAATATTCACCGTTGGATTGCCCTCATTGCCACATGTGCTCGCTGTGGCTTCCATGATCACGCTCTCGAGATTTTCTCTGAAATGCAAAGTCTCAATGGCCAAAAGTCCAATAGCGTATTCGTCATTCCTAGTGTTCTTAAAGCTTGTGGCCATGTTGGTGATAGAATTTACGGAGAGCAAGTGCATTGTTTGGTTTTGAAGTGTTCGTTTGAGATTGATGCTTTTGTTTCGAGTGCGTTGATTGTTATGTACTCTAAGTGCGGTGAAGTTAGGGATGCACGTAAGGTGTTTGATGGAATGGGTGTGAAGGATTTGGTGGCAATGAATGCTGTTGTTTCTGGGTATGCTCAACAAGGGCTTCGAATGAGGCGTTGGAGTGAGGTTGGGAAGGAGATTCATGGTTATGCTTTGGTGATTGGTGTGGAGGATGATTTGTATGTGAGGAGTGCTTTGGTTGATATGTATGCAAAATGTGGGTTCATTTCGGAAGCCAGGACACTGTTTTATAAGATGCCGGAGAAGAACACTGTGACAATGAACTCTATGATTTTTGGTTATGCAAATCATGGAGGCTGTTCAAGATTATGCAAGAGAAATACTGGAGTGAGCCACAGACTGGAGCTTTATGCATGCATGGTGGATCGTTTTGGTCGAGCGAAAACTAGAGAAGCAAATCATGGGCATGTGGAGCTTGCAGAAGTGGCTGCTAAGCATTTGTCAGAGTTAGACCTGAGAGTGCTGGGAATCGTCTTCTGTTGTCCGCTTGTATGCCGATGCTGGAACATGGGGAAAGGTTTAGCGGATCAAGAGAAGGATAAAGAAAGGGAAACTTAG
Protein sequence

>MsG0480021036.01.T01

IFGARNALSGLVPTMHALVRTSPSLRIPIKNAIFNHRFLRSEPESYTKLIETYIRSRSLHQGKKLHALLTTNGYARFNLIASNLITLYTTCGQLSIARKLFDKIPQTNIHRWIALIATCARCGFHDHALEIFSEMQSLNGQKSNSVFVIPSVLKACGHVGDRIYGEQVHCLVLKCSFEIDAFVSSALIVMYSKCGEVRDARKVFDGMGVKDLVAMNAVVSGYAQQGLRMRRWSEVGKEIHGYALVIGVEDDLYVRSALVDMYAKCGFISEARTLFYKMPEKNTVTMNSMIFGYANHGGCSRLCKRNTGVSHRLELYACMVDRFGRAKTREANHGHVELAEVAAKHLSELDLRVLGIVFCCPLVCRCWNMGKGLADQEKDKERET*