AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0480022073.01


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MsG0480022073.01.T01 AT2G43290 34.091 132 59 5 69 176 80 207 3.22e-12 62.8
MsG0480022073.01.T01 AT3G56800 44.595 74 41 0 102 175 73 146 3.31e-12 61.6
MsG0480022073.01.T01 AT2G27030 44.595 74 41 0 102 175 73 146 3.31e-12 61.6
MsG0480022073.01.T01 AT2G41110 44.595 74 41 0 102 175 73 146 3.31e-12 61.6
MsG0480022073.01.T01 AT3G43810 44.595 74 41 0 102 175 73 146 3.45e-12 61.6
MsG0480022073.01.T01 AT5G37780 44.595 74 41 0 102 175 88 161 3.57e-12 62.0
MsG0480022073.01.T01 AT2G41110 44.595 74 41 0 102 175 85 158 4.03e-12 61.6
MsG0480022073.01.T01 AT2G27030 44.595 74 41 0 102 175 73 146 4.61e-12 62.0
MsG0480022073.01.T01 AT1G73630 34.862 109 64 2 67 175 49 150 7.48e-12 60.8
MsG0480022073.01.T01 AT2G41100 31.469 143 76 4 56 180 29 167 1.00e-11 62.4
MsG0480022073.01.T01 AT2G41100 31.469 143 76 4 56 180 29 167 1.00e-11 62.4
MsG0480022073.01.T01 AT3G43810 44.595 74 41 0 102 175 73 146 1.30e-11 61.2
MsG0480022073.01.T01 AT4G20780 32.948 173 102 6 13 175 15 183 1.49e-11 60.8
MsG0480022073.01.T01 AT1G24620 48.438 64 33 0 112 175 108 171 2.69e-11 60.1
MsG0480022073.01.T01 AT2G41100 32.061 131 68 3 67 180 6 132 2.82e-11 61.2
MsG0480022073.01.T01 AT2G41100 32.061 131 68 3 67 180 6 132 2.82e-11 61.2
MsG0480022073.01.T01 AT2G41100 32.061 131 68 3 67 180 6 132 2.82e-11 61.2
MsG0480022073.01.T01 AT4G12860 47.541 61 30 1 118 176 82 142 3.55e-11 58.9
MsG0480022073.01.T01 AT1G66400 35.185 108 63 2 71 175 48 151 5.26e-11 58.5
MsG0480022073.01.T03 AT5G39670 41.593 113 63 2 73 182 91 203 1.87e-22 90.1
MsG0480022073.01.T03 AT3G29000 46.429 112 55 3 74 182 84 193 4.32e-20 83.6
MsG0480022073.01.T03 AT3G47480 53.731 67 30 1 118 183 117 183 3.55e-15 70.5
MsG0480022073.01.T03 AT1G05990 44.330 97 48 3 88 179 48 143 1.03e-13 65.9
MsG0480022073.01.T03 AT4G03290 44.000 100 50 4 88 181 48 147 2.97e-13 64.7
MsG0480022073.01.T03 AT5G44460 47.887 71 35 1 111 179 105 175 7.84e-13 63.9
MsG0480022073.01.T03 AT1G66410 44.595 74 41 0 105 178 37 110 8.99e-13 62.4
MsG0480022073.01.T03 AT1G66410 44.595 74 41 0 105 178 37 110 8.99e-13 62.4
MsG0480022073.01.T03 AT3G07490 49.180 61 29 1 121 179 82 142 9.17e-13 63.2
MsG0480022073.01.T03 AT5G37780 44.595 74 41 0 105 178 73 146 1.81e-12 62.4
MsG0480022073.01.T03 AT1G66410 44.595 74 41 0 105 178 73 146 1.81e-12 62.4
MsG0480022073.01.T03 AT3G43810 44.595 74 41 0 105 178 37 110 1.92e-12 61.2
MsG0480022073.01.T03 AT3G43810 44.595 74 41 0 105 178 37 110 1.92e-12 61.2
MsG0480022073.01.T03 AT2G43290 34.091 132 59 5 72 179 80 207 1.93e-12 63.5
MsG0480022073.01.T03 AT5G37780 44.595 74 41 0 105 178 60 133 2.26e-12 61.6
MsG0480022073.01.T03 AT1G66410 44.595 74 41 0 105 178 83 156 2.27e-12 62.4
MsG0480022073.01.T03 AT5G21274 44.595 74 41 0 105 178 73 146 2.99e-12 61.6
MsG0480022073.01.T03 AT5G37780 44.595 74 41 0 105 178 99 172 3.30e-12 62.4
MsG0480022073.01.T03 AT3G56800 44.595 74 41 0 105 178 73 146 3.35e-12 61.6
MsG0480022073.01.T03 AT2G27030 44.595 74 41 0 105 178 73 146 3.35e-12 61.6
MsG0480022073.01.T03 AT2G41110 44.595 74 41 0 105 178 73 146 3.35e-12 61.6
MsG0480022073.01.T03 AT3G43810 44.595 74 41 0 105 178 73 146 3.49e-12 61.6
MsG0480022073.01.T03 AT5G37780 44.595 74 41 0 105 178 88 161 3.55e-12 62.0
MsG0480022073.01.T03 AT2G41110 44.595 74 41 0 105 178 85 158 4.87e-12 61.6
MsG0480022073.01.T03 AT2G27030 44.595 74 41 0 105 178 73 146 5.07e-12 62.0
MsG0480022073.01.T03 AT1G73630 38.202 89 54 1 90 178 63 150 7.73e-12 60.8
MsG0480022073.01.T03 AT2G41100 31.469 143 76 4 59 183 29 167 1.13e-11 62.4
MsG0480022073.01.T03 AT2G41100 31.469 143 76 4 59 183 29 167 1.13e-11 62.4
MsG0480022073.01.T03 AT3G43810 44.595 74 41 0 105 178 73 146 1.57e-11 61.2
MsG0480022073.01.T03 AT4G20780 51.562 64 29 1 117 178 120 183 2.16e-11 60.5
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MsG0480022073.01.T03 AT2G41100 32.061 131 68 3 70 183 6 132 3.42e-11 60.8
MsG0480022073.01.T03 AT2G41100 32.061 131 68 3 70 183 6 132 3.42e-11 60.8
MsG0480022073.01.T03 AT4G12860 47.541 61 30 1 121 179 82 142 3.94e-11 58.9
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MsG0480022073.01.T02 AT1G66410 44.595 74 41 0 114 187 37 110 1.06e-12 62.4
MsG0480022073.01.T02 AT5G44460 47.887 71 35 1 120 188 105 175 1.09e-12 63.9
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MsG0480022073.01.T02 AT1G66410 44.595 74 41 0 114 187 73 146 1.76e-12 62.8
MsG0480022073.01.T02 AT3G43810 44.595 74 41 0 114 187 37 110 2.10e-12 61.6
MsG0480022073.01.T02 AT3G43810 44.595 74 41 0 114 187 37 110 2.10e-12 61.6
MsG0480022073.01.T02 AT2G43290 34.091 132 59 5 81 188 80 207 2.20e-12 63.5
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MsG0480022073.01.T02 AT5G21274 44.595 74 41 0 114 187 73 146 3.31e-12 62.0
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MsG0480022073.01.T02 AT2G27030 44.595 74 41 0 114 187 73 146 3.64e-12 61.6
MsG0480022073.01.T02 AT2G41110 44.595 74 41 0 114 187 73 146 3.64e-12 61.6
MsG0480022073.01.T02 AT3G43810 44.595 74 41 0 114 187 73 146 3.87e-12 61.6
MsG0480022073.01.T02 AT5G37780 44.595 74 41 0 114 187 88 161 3.94e-12 62.0
MsG0480022073.01.T02 AT2G41110 44.595 74 41 0 114 187 85 158 4.73e-12 61.6
MsG0480022073.01.T02 AT2G27030 44.595 74 41 0 114 187 73 146 5.58e-12 62.0
MsG0480022073.01.T02 AT1G73630 34.862 109 64 2 79 187 49 150 9.39e-12 60.8
MsG0480022073.01.T02 AT2G41100 31.469 143 76 4 68 192 29 167 1.30e-11 62.8
MsG0480022073.01.T02 AT2G41100 31.469 143 76 4 68 192 29 167 1.30e-11 62.8
MsG0480022073.01.T02 AT3G43810 44.595 74 41 0 114 187 73 146 1.52e-11 61.2
MsG0480022073.01.T02 AT4G20780 51.562 64 29 1 126 187 120 183 2.70e-11 60.5
MsG0480022073.01.T02 AT1G24620 48.438 64 33 0 124 187 108 171 2.80e-11 60.1
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MsG0480022073.01.T02 AT2G41100 32.061 131 68 3 79 192 6 132 3.79e-11 61.2
MsG0480022073.01.T02 AT2G41100 32.061 131 68 3 79 192 6 132 3.79e-11 61.2
MsG0480022073.01.T02 AT4G12860 47.541 61 30 1 130 188 82 142 4.15e-11 58.9
MsG0480022073.01.T02 AT1G66400 35.185 108 63 2 83 187 48 151 6.33e-11 58.5

Find 30 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 34 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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ATTAATGCAGTTGATCAAAA+TGG 0.313664 4:+67749245 MsG0480022073.01.T02:CDS
CCTTGTAGCATAAATATGTT+TGG 0.318327 4:+67748759 MsG0480022073.01.T02:CDS
CTATGAGTTTGTTGTGTTGA+TGG 0.336088 4:+67749286 MsG0480022073.01.T02:CDS
AAGAGAGTCTTGTGTTGTTT+GGG 0.336625 4:+67749188 MsG0480022073.01.T02:CDS
GAAGAGAGTCTTGTGTTGTT+TGG 0.378049 4:+67749187 MsG0480022073.01.T02:CDS
TTGCTCATATGTTTGAAAAT+GGG 0.395795 4:+67749087 MsG0480022073.01.T02:CDS
GGATTAAGAGTGGAGTTTGA+TGG 0.422050 4:+67749029 MsG0480022073.01.T02:CDS
GTGTTGATGGAACAAAGTTT+TGG 0.423873 4:+67749299 MsG0480022073.01.T02:CDS
GGGGATTGTATAGATGAGTT+TGG 0.426479 4:+67749050 MsG0480022073.01.T02:CDS
TAATCTTGAACAAGTGAAGC+AGG 0.448279 4:+67748935 MsG0480022073.01.T02:CDS
CATTGTTGTGATGGAAAAGC+TGG 0.452065 4:+67749007 MsG0480022073.01.T02:CDS
CTTGTAGCATAAATATGTTT+GGG 0.457566 4:+67748760 MsG0480022073.01.T02:CDS
GATTAAGAGTGGAGTTTGAT+GGG 0.458447 4:+67749030 MsG0480022073.01.T02:CDS
ATTTAAGTTTAATGTAACAT+AGG 0.459945 4:-67748809 None:intergenic
TGCTCATATGTTTGAAAATG+GGG 0.468776 4:+67749088 MsG0480022073.01.T02:CDS
GTGTTTGATGAAAACAAAGA+TGG 0.498276 4:+67749143 MsG0480022073.01.T02:CDS
AGAAGAAATCATTGTTGTGA+TGG 0.498467 4:+67748998 MsG0480022073.01.T02:CDS
AAACAAAGATGGGTTTATAG+AGG 0.531105 4:+67749154 MsG0480022073.01.T02:CDS
TGTTTGATGAAAACAAAGAT+GGG 0.535462 4:+67749144 MsG0480022073.01.T02:CDS
CCAAACATATTTATGCTACA+AGG 0.548023 4:-67748759 None:intergenic
GCAGTTGATCAAAATGGAGA+TGG 0.549331 4:+67749251 MsG0480022073.01.T02:CDS
GGAAAAGCTGGGATTAAGAG+TGG 0.561846 4:+67749019 MsG0480022073.01.T02:CDS
AATCTTGAACAAGTGAAGCA+GGG 0.597395 4:+67748936 MsG0480022073.01.T02:CDS
TCAACACAACAAACTCATAG+TGG 0.604767 4:-67749283 None:intergenic
ATTAAGAGTGGAGTTTGATG+GGG 0.610187 4:+67749031 MsG0480022073.01.T02:CDS
CAAACATATTTATGCTACAA+GGG 0.610279 4:-67748758 None:intergenic
ATTGTTGTGATGGAAAAGCT+GGG 0.629690 4:+67749008 MsG0480022073.01.T02:CDS
TTGAATAGCTGCATTCAAAG+TGG 0.646037 4:+67748960 MsG0480022073.01.T02:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! CATAAAAAATTAAAATTGAA+AGG - Chr4:67748839-67748858 None:intergenic 10.0%
!!! ATTTAAGTTTAATGTAACAT+AGG - Chr4:67748812-67748831 None:intergenic 15.0%
!!! ATGTTTTCTTTTTCTACAAT+TGG + Chr4:67748877-67748896 MsG0480022073.01.T02:CDS 20.0%
! ATTAATGCAGTTGATCAAAA+TGG + Chr4:67749245-67749264 MsG0480022073.01.T02:CDS 25.0%
! ATTGCTCATATGTTTGAAAA+TGG + Chr4:67749086-67749105 MsG0480022073.01.T02:CDS 25.0%
! CAAACATATTTATGCTACAA+GGG - Chr4:67748761-67748780 None:intergenic 25.0%
! CTTGTAGCATAAATATGTTT+GGG + Chr4:67748760-67748779 MsG0480022073.01.T02:CDS 25.0%
! TGTTTGATGAAAACAAAGAT+GGG + Chr4:67749144-67749163 MsG0480022073.01.T02:CDS 25.0%
! TTGCTCATATGTTTGAAAAT+GGG + Chr4:67749087-67749106 MsG0480022073.01.T02:CDS 25.0%
AGAAGAAATCATTGTTGTGA+TGG + Chr4:67748998-67749017 MsG0480022073.01.T02:CDS 30.0%
CCAAACATATTTATGCTACA+AGG - Chr4:67748762-67748781 None:intergenic 30.0%
CCTTGTAGCATAAATATGTT+TGG + Chr4:67748759-67748778 MsG0480022073.01.T02:CDS 30.0%
GTGTTTGATGAAAACAAAGA+TGG + Chr4:67749143-67749162 MsG0480022073.01.T02:CDS 30.0%
TGCTCATATGTTTGAAAATG+GGG + Chr4:67749088-67749107 MsG0480022073.01.T02:CDS 30.0%
! AAACAAAGATGGGTTTATAG+AGG + Chr4:67749154-67749173 MsG0480022073.01.T02:CDS 30.0%
!!! TTTTTTATGTGCACACATTG+TGG + Chr4:67748850-67748869 MsG0480022073.01.T02:CDS 30.0%
AATCTTGAACAAGTGAAGCA+GGG + Chr4:67748936-67748955 MsG0480022073.01.T02:CDS 35.0%
ATTAAGAGTGGAGTTTGATG+GGG + Chr4:67749031-67749050 MsG0480022073.01.T02:CDS 35.0%
GATTAAGAGTGGAGTTTGAT+GGG + Chr4:67749030-67749049 MsG0480022073.01.T02:CDS 35.0%
TAATCTTGAACAAGTGAAGC+AGG + Chr4:67748935-67748954 MsG0480022073.01.T02:CDS 35.0%
TCAACACAACAAACTCATAG+TGG - Chr4:67749286-67749305 None:intergenic 35.0%
TTGAATAGCTGCATTCAAAG+TGG + Chr4:67748960-67748979 MsG0480022073.01.T02:CDS 35.0%
! ATTGTTGTGATGGAAAAGCT+GGG + Chr4:67749008-67749027 MsG0480022073.01.T02:CDS 35.0%
!! AAGAGAGTCTTGTGTTGTTT+GGG + Chr4:67749188-67749207 MsG0480022073.01.T02:CDS 35.0%
!! CTATGAGTTTGTTGTGTTGA+TGG + Chr4:67749286-67749305 MsG0480022073.01.T02:CDS 35.0%
!! GTGTTGATGGAACAAAGTTT+TGG + Chr4:67749299-67749318 MsG0480022073.01.T02:CDS 35.0%
!! GTTTGAAAATGGGGTTAGTT+TGG + Chr4:67749097-67749116 MsG0480022073.01.T02:CDS 35.0%
GCAGTTGATCAAAATGGAGA+TGG + Chr4:67749251-67749270 MsG0480022073.01.T02:CDS 40.0%
GGATTAAGAGTGGAGTTTGA+TGG + Chr4:67749029-67749048 MsG0480022073.01.T02:CDS 40.0%
GGGGATTGTATAGATGAGTT+TGG + Chr4:67749050-67749069 MsG0480022073.01.T02:CDS 40.0%
! CATTGTTGTGATGGAAAAGC+TGG + Chr4:67749007-67749026 MsG0480022073.01.T02:CDS 40.0%
! GAAGAGAGTCTTGTGTTGTT+TGG + Chr4:67749187-67749206 MsG0480022073.01.T02:CDS 40.0%
! GGGATTGCATAGAGATTTTG+TGG + Chr4:67749208-67749227 MsG0480022073.01.T02:CDS 40.0%
GGAAAAGCTGGGATTAAGAG+TGG + Chr4:67749019-67749038 MsG0480022073.01.T02:CDS 45.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr4 gene 67748747 67749325 67748747 ID=MsG0480022073.01;Name=MsG0480022073.01
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Chr4 CDS 67748747 67748866 67748747 ID=MsG0480022073.01.T01:cds;Parent=MsG0480022073.01.T01
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Chr4 exon 67749095 67749325 67749095 ID=MsG0480022073.01.T05:exon:18360;Parent=MsG0480022073.01.T05
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Gene Sequence

>MsG0480022073.01.T04

ATGGAAAAGCTGGGATTAAGAGTGGAGTTTGATGGGGATTGTATAGATGAGTTTGGTGATGAACAAGAAATTGCTCATATGTTTGAAAATGGGGTTAGTTTGGAAGAGTTGAATGAAGCTTTCAATGTGTTTGATGAAAACAAAGATGGGTTTATAGAGGCTGCTGAGTTGAAGAGAGTCTTGTGTTGTTTGGGATTGCATAGAGATTTTGTGGAGTGTCAGAAAATGATTAATGCAGTTGATCAAAATGGAGATGGATTAATTGACCACTATGAGTTTGTTGTGTTGATGGAACAAAGTTTTGGTTGA

>MsG0480022073.01.T05

ATGTTTGAAAATGGGGTTAGTTTGGAAGAGTTGAATGAAGCTTTCAATGTGTTTGATGAAAACAAAGATGGGTTTATAGAGGCTGCTGAGTTGAAGAGAGTCTTGTGTTGTTTGGGATTGCATAGAGATTTTGTGGAGTGTCAGAAAATGATTAATGCAGTTGATCAAAATGGAGATGGATTAATTGACCACTATGAGTTTGTTGTGTTGATGGAACAAAGTTTTGGTTGA

>MsG0480022073.01.T01

ATGGAGCAAATCCCTTGTAGCATAAATATGTTTGGGTCATCAAATTTTCTTAGAATAATTCTCCTATGTTACATTAAACTTAAATATTTCCTTTCAATTTTAATTTTTTATGTGCACACATTATGCAATTGCATCACTCTTTCAAGCTACTCTAATCTTGAACAAGTGAAGCAGGGTTTGAATAGCTGCATTCAAAGTGGTGAGAAACTGTGCAAAGAAGAAATCATTGTTGTGATGGAAAAGCTGGGATTAAGAGTGGAGTTTGATGGGGATTGTATAGATGAGTTTGGTGATGAACAAGAAATTGCTCATATGTTTGAAAATGGGGTTAGTTTGGAAGAGTTGAATGAAGCTTTCAATGTGTTTGATGAAAACAAAGATGGGTTTATAGAGGCTGCTGAGTTGAAGAGAGTCTTGTGTTGTTTGGGATTGCATAGAGATTTTGTGGAGTGTCAGAAAATGATTAATGCAGTTGATCAAAATGGAGATGGATTAATTGACCACTATGAGTTTGTTGTGTTGATGGAACAAAGTTTTGGTTGA

>MsG0480022073.01.T03

ATGTTTGGGTCATCAAATTTTCTTAGAATAATTCTCCTATGTTACATTAAACTTAAATATTTCCTTTCAATTTTAATTTTTTATGTGCACACATTGTGGAACTATGTTTTCTTTTTCTACAATTGGAAGTTATGCAATTGCATCACTCTTTCAAGCTACTCTAATCTTGAACAAGTGAAGCAGGGTTTGAATAGCTGCATTCAAAGTGGTGAGAAACTGTGCAAAGAAGAAATCATTGTTGTGATGGAAAAGCTGGGATTAAGAGTGGAGTTTGATGGGGATTGTATAGATGAGTTTGGTGATGAACAAGAAATTGCTCATATGTTTGAAAATGGGGTTAGTTTGGAAGAGTTGAATGAAGCTTTCAATGTGTTTGATGAAAACAAAGATGGGTTTATAGAGGCTGCTGAGTTGAAGAGAGTCTTGTGTTGTTTGGGATTGCATAGAGATTTTGTGGAGTGTCAGAAAATGATTAATGCAGTTGATCAAAATGGAGATGGATTAATTGACCACTATGAGTTTGTTGTGTTGATGGAACAAAGTTTTGGTTGA

>MsG0480022073.01.T02

ATGGAGCAAATCCCTTGTAGCATAAATATGTTTGGGTCATCAAATTTTCTTAGAATAATTCTCCTATGTTACATTAAACTTAAATATTTCCTTTCAATTTTAATTTTTTATGTGCACACATTGTGGAACTATGTTTTCTTTTTCTACAATTGGAAGTTATGCAATTGCATCACTCTTTCAAGCTACTCTAATCTTGAACAAGTGAAGCAGGGTTTGAATAGCTGCATTCAAAGTGGTGAGAAACTGTGCAAAGAAGAAATCATTGTTGTGATGGAAAAGCTGGGATTAAGAGTGGAGTTTGATGGGGATTGTATAGATGAGTTTGGTGATGAACAAGAAATTGCTCATATGTTTGAAAATGGGGTTAGTTTGGAAGAGTTGAATGAAGCTTTCAATGTGTTTGATGAAAACAAAGATGGGTTTATAGAGGCTGCTGAGTTGAAGAGAGTCTTGTGTTGTTTGGGATTGCATAGAGATTTTGTGGAGTGTCAGAAAATGATTAATGCAGTTGATCAAAATGGAGATGGATTAATTGACCACTATGAGTTTGTTGTGTTGATGGAACAAAGTTTTGGTTGA

Protein sequence

>MsG0480022073.01.T04

MEKLGLRVEFDGDCIDEFGDEQEIAHMFENGVSLEELNEAFNVFDENKDGFIEAAELKRVLCCLGLHRDFVECQKMINAVDQNGDGLIDHYEFVVLMEQSFG*

>MsG0480022073.01.T05

MFENGVSLEELNEAFNVFDENKDGFIEAAELKRVLCCLGLHRDFVECQKMINAVDQNGDGLIDHYEFVVLMEQSFG*

>MsG0480022073.01.T01

MEQIPCSINMFGSSNFLRIILLCYIKLKYFLSILIFYVHTLCNCITLSSYSNLEQVKQGLNSCIQSGEKLCKEEIIVVMEKLGLRVEFDGDCIDEFGDEQEIAHMFENGVSLEELNEAFNVFDENKDGFIEAAELKRVLCCLGLHRDFVECQKMINAVDQNGDGLIDHYEFVVLMEQSFG*

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MFGSSNFLRIILLCYIKLKYFLSILIFYVHTLWNYVFFFYNWKLCNCITLSSYSNLEQVKQGLNSCIQSGEKLCKEEIIVVMEKLGLRVEFDGDCIDEFGDEQEIAHMFENGVSLEELNEAFNVFDENKDGFIEAAELKRVLCCLGLHRDFVECQKMINAVDQNGDGLIDHYEFVVLMEQSFG*

>MsG0480022073.01.T02

MEQIPCSINMFGSSNFLRIILLCYIKLKYFLSILIFYVHTLWNYVFFFYNWKLCNCITLSSYSNLEQVKQGLNSCIQSGEKLCKEEIIVVMEKLGLRVEFDGDCIDEFGDEQEIAHMFENGVSLEELNEAFNVFDENKDGFIEAAELKRVLCCLGLHRDFVECQKMINAVDQNGDGLIDHYEFVVLMEQSFG*