AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580026524.01

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MsG0580026524.01.T06 AT1G50580 33.758 157 99 3 53 207 229 382 3.14e-16 78.6
MsG0580026524.01.T06 AT4G09500 32.624 141 93 1 67 207 218 356 2.27e-15 76.3
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MsG0580026524.01.T08 AT3G53160 57.277 213 88 3 2 214 280 489 6.73e-79 244
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MsG0580026524.01.T08 AT2G36790 55.869 213 92 2 2 214 285 495 1.83e-70 223
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MsG0580026524.01.T08 AT3G29630 34.328 134 84 2 1 133 224 354 1.41e-17 80.9
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MsG0580026524.01.T01 AT2G18560 32.343 303 163 10 173 459 75 351 7.80e-37 140
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MsG0580026524.01.T01 AT5G05890 27.990 418 267 10 4 412 3 395 3.10e-36 140
MsG0580026524.01.T01 AT3G21800 33.333 282 162 9 218 488 212 478 5.93e-36 139
MsG0580026524.01.T01 AT2G23250 27.992 493 278 20 12 485 1 435 7.25e-36 138
MsG0580026524.01.T01 AT2G28080 28.078 463 274 18 13 447 22 453 9.69e-36 139
MsG0580026524.01.T01 AT1G07240 32.660 297 180 10 193 486 197 476 2.22e-35 138
MsG0580026524.01.T01 AT3G21560 26.465 495 312 21 9 485 12 472 2.93e-35 138
MsG0580026524.01.T01 AT3G21790 27.778 414 256 13 101 488 85 481 4.28e-35 137
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MsG0580026524.01.T01 AT2G22590 25.918 490 305 15 7 475 13 465 1.98e-32 129
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MsG0580026524.01.T01 AT5G37950 27.174 276 171 10 120 387 84 337 3.70e-25 106
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MsG0580026524.01.T02 AT5G59590 29.333 450 261 17 1 438 22 426 2.45e-43 159
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MsG0580026524.01.T02 AT3G16520 33.887 301 177 12 100 392 115 401 1.45e-42 157
MsG0580026524.01.T02 AT5G59580 27.754 472 289 14 1 465 21 447 1.47e-42 157
MsG0580026524.01.T02 AT2G18570 35.401 274 141 9 196 455 205 456 1.07e-41 155
MsG0580026524.01.T02 AT3G46670 30.471 361 217 10 100 455 107 438 1.87e-40 151
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MsG0580026524.01.T02 AT1G01390 28.744 414 246 13 1 392 37 423 4.11e-40 151
MsG0580026524.01.T02 AT2G30150 29.657 408 226 14 77 465 87 452 2.03e-39 148
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MsG0580026524.01.T02 AT2G29750 32.734 278 165 8 198 473 224 481 2.37e-39 149
MsG0580026524.01.T02 AT2G30150 29.657 408 226 14 77 465 71 436 2.48e-39 147
MsG0580026524.01.T02 AT1G22370 31.338 284 169 7 189 466 43 306 2.91e-39 144
MsG0580026524.01.T02 AT3G46690 33.775 302 174 10 100 392 108 392 5.03e-39 147
MsG0580026524.01.T02 AT5G05880 28.297 417 225 15 3 392 22 391 9.05e-39 146
MsG0580026524.01.T02 AT5G65550 28.641 412 248 12 1 397 21 401 1.39e-38 146
MsG0580026524.01.T02 AT4G15280 34.276 283 156 9 198 468 212 476 1.64e-38 146
MsG0580026524.01.T02 AT4G15280 34.276 283 156 9 198 468 244 508 1.96e-38 146
MsG0580026524.01.T02 AT1G05680 28.448 464 281 16 1 454 18 440 3.41e-38 145
MsG0580026524.01.T02 AT3G21760 30.990 384 213 15 112 470 129 485 4.08e-38 145
MsG0580026524.01.T02 AT2G30140 28.715 397 243 13 77 465 87 451 4.76e-38 144
MsG0580026524.01.T02 AT4G15260 33.452 281 160 8 198 468 94 357 5.25e-38 142
MsG0580026524.01.T02 AT2G31750 27.907 473 293 16 3 466 22 455 5.35e-38 144
MsG0580026524.01.T02 AT5G05860 27.101 476 285 14 3 466 23 448 6.97e-38 144
MsG0580026524.01.T02 AT3G46680 30.063 316 201 7 100 410 109 409 8.63e-38 144
MsG0580026524.01.T02 AT1G07260 32.573 307 174 12 168 466 191 472 1.28e-37 144
MsG0580026524.01.T02 AT5G05900 28.607 402 242 11 3 392 22 390 1.77e-37 143
MsG0580026524.01.T02 AT2G31750 27.755 490 272 18 3 466 22 455 1.97e-37 143
MsG0580026524.01.T02 AT3G46720 30.547 311 196 5 88 396 95 387 2.19e-37 142
MsG0580026524.01.T02 AT2G30140 28.535 396 244 13 77 465 87 450 2.42e-37 142
MsG0580026524.01.T02 AT3G02100 27.511 458 268 15 1 439 25 437 6.91e-37 141
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MsG0580026524.01.T02 AT1G64910 25.000 404 270 9 1 403 18 389 9.12e-27 112
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MsG0580026524.01.T02 AT1G05560 25.258 388 238 11 93 465 151 501 2.28e-25 109
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MsG0580026524.01.T03 AT1G22340 29.208 404 221 10 77 450 114 482 5.55e-48 172
MsG0580026524.01.T03 AT1G22360 29.975 397 204 11 82 450 116 466 1.18e-47 171
MsG0580026524.01.T03 AT5G05870 31.903 373 218 11 84 449 111 454 4.85e-47 169
MsG0580026524.01.T03 AT1G22380 28.936 470 283 16 2 450 42 481 1.94e-46 167
MsG0580026524.01.T03 AT4G01070 29.975 397 216 13 83 453 111 471 4.72e-46 166
MsG0580026524.01.T03 AT5G26310 34.139 331 167 11 138 446 162 463 5.30e-45 164
MsG0580026524.01.T03 AT1G06000 29.870 462 243 17 2 449 39 433 2.72e-44 160
MsG0580026524.01.T03 AT3G16520 31.467 375 214 16 84 447 115 457 3.25e-44 161
MsG0580026524.01.T03 AT3G11340 31.481 378 212 11 84 450 104 445 3.75e-44 160
MsG0580026524.01.T03 AT1G22370 27.273 462 296 13 2 450 42 476 1.92e-43 159
MsG0580026524.01.T03 AT3G16520 33.887 301 177 12 84 376 115 401 7.42e-43 157
MsG0580026524.01.T03 AT2G29740 32.143 364 210 16 96 449 138 474 8.35e-43 157
MsG0580026524.01.T03 AT1G07250 34.783 276 160 8 182 455 221 478 1.01e-42 157
MsG0580026524.01.T03 AT3G16520 33.887 301 177 12 84 376 115 401 1.08e-42 157
MsG0580026524.01.T03 AT5G59590 31.700 347 200 11 84 422 109 426 1.55e-42 156
MsG0580026524.01.T03 AT5G66690 32.208 385 194 13 83 436 105 453 3.92e-42 156
MsG0580026524.01.T03 AT5G59580 30.295 373 221 11 84 449 107 447 4.57e-42 155
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MsG0580026524.01.T03 AT5G37950 27.174 276 171 10 84 351 84 337 2.80e-25 106
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MsG0580026524.01.T03 AT3G22250 26.316 380 220 13 84 434 104 452 1.89e-24 105
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MsG0580026524.01.T07 AT2G36780 55.686 255 111 2 1 255 244 496 3.26e-95 288
MsG0580026524.01.T07 AT2G36770 55.556 252 110 2 4 255 247 496 5.42e-95 288
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MsG0580026524.01.T07 AT4G34131 45.306 245 123 5 3 247 246 479 4.18e-65 210
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MsG0580026524.01.T07 AT3G22250 30.802 237 133 9 2 232 241 452 2.70e-24 101
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MsG0580026524.01.T07 AT1G05560 31.019 216 128 6 38 247 251 451 8.66e-24 99.8
MsG0580026524.01.T07 AT1G30530 28.000 250 144 8 3 249 236 452 9.87e-24 99.8
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MsG0580026524.01.T07 AT1G64910 34.091 176 104 3 2 177 218 381 7.27e-23 97.1
MsG0580026524.01.T07 AT4G15500 33.333 168 104 4 8 175 241 400 7.44e-23 97.4
MsG0580026524.01.T07 AT1G05530 29.493 217 132 6 38 248 254 455 1.62e-22 96.3
MsG0580026524.01.T07 AT5G37950 35.172 145 85 3 5 149 202 337 1.10e-21 92.8
MsG0580026524.01.T07 AT5G37950 35.172 145 85 3 5 149 208 343 1.25e-21 92.8
MsG0580026524.01.T07 AT5G54010 35.542 166 105 2 26 191 238 401 2.00e-21 93.2
MsG0580026524.01.T07 AT4G27560 32.955 176 104 3 3 177 225 387 6.36e-21 91.7
MsG0580026524.01.T07 AT3G29630 31.609 174 107 3 2 174 218 380 1.49e-19 87.8
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MsG0580026524.01.T04 AT1G01390 32.372 312 177 10 17 310 128 423 3.27e-39 146
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MsG0580026524.01.T04 AT3G55710 30.233 301 188 10 19 310 110 397 1.89e-33 130
MsG0580026524.01.T04 AT3G02100 29.494 356 194 12 18 357 123 437 1.96e-33 130
MsG0580026524.01.T04 AT4G15480 28.197 305 196 7 16 311 126 416 4.82e-33 129
MsG0580026524.01.T04 AT4G14090 28.421 380 225 16 14 382 111 454 9.02e-33 128
MsG0580026524.01.T04 AT4G15490 27.861 402 248 14 3 390 100 473 1.32e-32 128
MsG0580026524.01.T04 AT2G23250 29.351 385 212 16 18 383 92 435 1.39e-32 127
MsG0580026524.01.T04 AT2G31790 28.261 368 227 13 16 372 103 444 1.60e-32 127
MsG0580026524.01.T04 AT5G05890 29.667 300 188 7 18 310 112 395 1.62e-32 127
MsG0580026524.01.T04 AT5G49690 29.124 388 212 14 3 369 101 446 2.28e-32 127
MsG0580026524.01.T04 AT3G21750 31.250 288 167 10 113 386 201 471 1.55e-31 125
MsG0580026524.01.T04 AT5G17030 28.283 297 174 10 95 384 192 456 1.56e-31 125
MsG0580026524.01.T04 AT2G23260 29.457 387 214 17 18 383 105 453 1.96e-30 122
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MsG0580026524.01.T04 AT1G05560 24.936 389 238 12 11 383 151 501 8.37e-26 109
MsG0580026524.01.T04 AT5G37950 27.174 276 171 10 18 285 84 337 2.22e-25 105
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MsG0580026524.01.T04 AT5G53990 30.457 197 125 3 117 313 197 381 6.25e-19 88.6
MsG0580026524.01.T04 AT3G29630 35.507 138 85 2 174 310 220 354 7.98e-19 88.2
MsG0580026524.01.T04 AT1G64920 29.954 217 134 4 117 328 197 400 2.43e-18 86.7
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MsG0580026524.01.T04 AT5G54060 32.105 190 111 5 116 301 219 394 2.32e-17 84.0
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MsG0580026524.01.T04 AT2G15490 44.872 78 40 2 1 78 110 184 1.92e-15 76.3
MsG0580026524.01.T04 AT4G09500 32.192 146 97 1 168 313 213 356 3.47e-15 77.0
MsG0580026524.01.T04 AT2G16890 27.941 204 120 7 18 209 120 308 7.91e-15 75.1
MsG0580026524.01.T04 AT2G16890 27.941 204 120 7 18 209 120 308 7.91e-15 75.1
MsG0580026524.01.T04 AT4G01070 24.901 253 140 9 17 243 111 339 6.97e-12 66.6
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MsG0580026524.01.T05 AT2G36750 52.117 307 144 3 1 307 182 485 1.83e-110 330
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MsG0580026524.01.T05 AT2G36760 49.026 308 155 2 1 308 186 491 9.14e-104 312
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MsG0580026524.01.T05 AT2G15480 43.092 304 153 6 12 305 187 480 2.22e-78 247
MsG0580026524.01.T05 AT4G34138 44.840 281 143 4 25 305 210 478 1.97e-76 242
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MsG0580026524.01.T05 AT4G34135 48.214 224 110 3 21 242 207 426 2.10e-68 221
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MsG0580026524.01.T05 AT3G16520 39.303 201 110 6 36 232 209 401 3.00e-43 154
MsG0580026524.01.T05 AT2G16890 32.281 285 166 7 31 312 214 474 3.98e-43 154
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MsG0580026524.01.T05 AT5G03490 34.483 290 153 10 20 305 206 462 5.54e-41 148
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MsG0580026524.01.T05 AT4G15280 34.276 283 156 9 38 308 244 508 4.42e-39 144
MsG0580026524.01.T05 AT3G46670 38.389 211 119 4 22 232 192 391 4.50e-39 143
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MsG0580026524.01.T05 AT1G01390 37.054 224 118 6 23 232 209 423 6.34e-39 143
MsG0580026524.01.T05 AT1G06000 33.448 290 164 8 25 305 164 433 7.37e-39 142
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MsG0580026524.01.T05 AT5G59590 36.066 244 135 6 35 278 204 426 9.05e-39 142
MsG0580026524.01.T05 AT3G21760 35.789 285 155 11 38 310 217 485 1.49e-38 142
MsG0580026524.01.T05 AT1G07260 32.573 307 174 12 8 306 191 472 2.64e-38 141
MsG0580026524.01.T05 AT2G16890 35.096 208 116 4 31 235 214 405 3.14e-38 140
MsG0580026524.01.T05 AT5G05880 35.981 214 121 5 23 232 190 391 7.08e-38 140
MsG0580026524.01.T05 AT2G18560 32.246 276 153 7 36 298 115 369 2.59e-37 137
MsG0580026524.01.T05 AT3G55700 33.448 290 161 8 25 310 194 455 3.07e-37 138
MsG0580026524.01.T05 AT3G21800 33.333 282 162 9 38 308 212 478 4.82e-37 138
MsG0580026524.01.T05 AT3G46700 35.961 203 120 4 35 236 198 391 5.41e-37 137
MsG0580026524.01.T05 AT2G29730 32.222 270 162 8 38 306 214 463 6.26e-37 137
MsG0580026524.01.T05 AT1G07240 32.857 280 170 9 28 306 214 476 1.10e-36 137
MsG0580026524.01.T05 AT1G10400 34.799 273 149 7 36 305 216 462 1.43e-36 137
MsG0580026524.01.T05 AT1G05680 35.385 260 141 9 39 294 204 440 2.21e-36 136
MsG0580026524.01.T05 AT3G46690 37.500 200 113 4 35 232 203 392 6.51e-36 134
MsG0580026524.01.T05 AT4G36770 32.051 312 166 12 5 297 173 457 7.43e-36 134
MsG0580026524.01.T05 AT2G31750 34.182 275 151 8 39 306 204 455 2.57e-35 133
MsG0580026524.01.T05 AT5G05860 31.597 288 167 7 22 306 188 448 4.14e-35 132
MsG0580026524.01.T05 AT2G31750 34.182 275 151 8 39 306 204 455 4.80e-35 133
MsG0580026524.01.T05 AT3G46720 35.644 202 114 3 35 236 202 387 8.45e-35 131
MsG0580026524.01.T05 AT3G21790 36.946 203 112 5 38 232 216 410 8.68e-35 132
MsG0580026524.01.T05 AT1G05675 33.955 268 151 8 39 302 204 449 9.08e-35 131
MsG0580026524.01.T05 AT3G46680 34.328 201 117 4 35 232 204 392 2.17e-34 130
MsG0580026524.01.T05 AT2G29710 31.273 275 159 8 38 306 213 463 2.26e-34 130
MsG0580026524.01.T05 AT3G46650 33.200 250 133 7 35 279 187 407 4.80e-34 129
MsG0580026524.01.T05 AT3G21780 31.802 283 163 8 38 308 207 471 5.06e-34 130
MsG0580026524.01.T05 AT3G55710 36.449 214 126 5 22 232 191 397 1.11e-33 129
MsG0580026524.01.T05 AT5G05890 33.953 215 126 5 22 232 193 395 3.03e-33 127
MsG0580026524.01.T05 AT2G26480 32.394 284 164 7 25 306 189 446 3.83e-33 127
MsG0580026524.01.T05 AT3G46660 34.884 215 122 6 22 232 198 398 4.62e-33 127
MsG0580026524.01.T05 AT1G24100 32.971 276 152 9 39 305 207 458 8.51e-33 126
MsG0580026524.01.T05 AT5G05900 34.579 214 120 6 22 232 194 390 1.16e-32 125
MsG0580026524.01.T05 AT2G43820 32.721 272 156 9 39 305 197 446 1.23e-32 125
MsG0580026524.01.T05 AT5G17030 28.136 295 177 9 17 306 192 456 1.79e-32 125
MsG0580026524.01.T05 AT5G49690 38.806 201 99 6 95 291 266 446 3.00e-32 125
MsG0580026524.01.T05 AT2G43840 31.429 280 149 9 39 305 197 446 3.78e-32 124
MsG0580026524.01.T05 AT3G21750 31.250 288 167 10 35 308 201 471 4.57e-32 124
MsG0580026524.01.T05 AT2G43840 31.560 282 146 10 39 305 197 446 9.28e-32 123
MsG0580026524.01.T05 AT2G23250 33.453 278 142 12 39 305 190 435 1.78e-31 122
MsG0580026524.01.T05 AT5G38010 30.627 271 163 6 35 305 208 453 8.38e-31 120
MsG0580026524.01.T05 AT4G14090 30.844 308 175 13 1 304 181 454 1.31e-30 120
MsG0580026524.01.T05 AT5G17040 28.523 298 174 11 17 307 74 339 2.29e-30 117
MsG0580026524.01.T05 AT2G23260 32.155 283 144 11 39 305 203 453 4.86e-30 119
MsG0580026524.01.T05 AT5G17040 28.523 298 174 11 17 307 176 441 5.62e-30 118
MsG0580026524.01.T05 AT2G31790 35.784 204 114 7 39 235 205 398 6.70e-30 118
MsG0580026524.01.T05 AT2G30150 30.175 285 163 9 25 305 184 436 7.06e-30 118
MsG0580026524.01.T05 AT2G30150 30.175 285 163 9 25 305 200 452 9.03e-30 118
MsG0580026524.01.T05 AT5G38040 30.213 235 149 6 1 232 170 392 5.38e-29 115
MsG0580026524.01.T05 AT4G15480 32.353 204 121 4 36 233 224 416 6.09e-29 116
MsG0580026524.01.T05 AT5G65550 35.922 206 115 4 32 237 213 401 8.25e-29 115
MsG0580026524.01.T05 AT4G15490 33.000 200 123 5 36 233 214 404 9.27e-29 115
MsG0580026524.01.T05 AT5G17050 29.966 297 167 11 17 306 195 457 1.18e-28 115
MsG0580026524.01.T05 AT4G15550 31.679 262 152 8 39 297 227 464 2.69e-28 114
MsG0580026524.01.T05 AT2G28080 32.510 243 137 9 8 232 181 414 3.34e-28 114
MsG0580026524.01.T05 AT3G02100 31.128 257 123 7 27 279 231 437 4.87e-28 113
MsG0580026524.01.T05 AT2G30140 32.061 262 147 7 46 305 219 451 5.25e-28 113
MsG0580026524.01.T05 AT2G30140 32.061 262 147 7 46 305 218 450 5.69e-28 113
MsG0580026524.01.T05 AT2G36970 29.008 262 158 7 39 298 230 465 2.39e-27 111
MsG0580026524.01.T05 AT4G34135 43.697 119 67 0 21 139 207 325 4.37e-26 106
MsG0580026524.01.T05 AT3G21560 30.653 199 130 5 36 233 219 410 5.35e-26 107
MsG0580026524.01.T05 AT1G30530 27.852 298 174 10 17 307 189 452 9.58e-26 106
MsG0580026524.01.T05 AT4G27570 33.498 203 121 3 34 235 198 387 1.10e-24 103
MsG0580026524.01.T05 AT1G05560 28.000 275 167 9 39 305 250 501 1.45e-24 103
MsG0580026524.01.T05 AT1G05560 28.000 275 167 9 39 305 200 451 1.46e-24 103
MsG0580026524.01.T05 AT4G15500 30.303 198 129 5 37 233 211 400 1.58e-24 103
MsG0580026524.01.T05 AT1G05530 28.369 282 174 9 33 306 194 455 3.81e-24 102
MsG0580026524.01.T05 AT3G22250 30.802 237 133 9 60 290 241 452 6.03e-24 101
MsG0580026524.01.T05 AT1G64910 32.487 197 121 3 39 235 197 381 1.22e-23 100
MsG0580026524.01.T05 AT2G22590 32.759 232 136 7 68 295 250 465 1.78e-23 100
MsG0580026524.01.T05 AT4G27560 32.020 203 124 3 34 235 198 387 1.34e-22 97.8
MsG0580026524.01.T05 AT5G37950 31.609 174 108 4 35 207 180 343 3.69e-22 95.5
MsG0580026524.01.T05 AT5G37950 31.609 174 108 4 35 207 174 337 3.98e-22 95.5
MsG0580026524.01.T05 AT5G54010 31.280 211 133 3 39 249 203 401 1.47e-21 94.7
MsG0580026524.01.T05 AT3G29630 30.256 195 124 3 39 232 197 380 2.67e-20 91.3
MsG0580026524.01.T05 AT5G53990 30.964 197 124 4 39 235 197 381 3.37e-19 88.2
MsG0580026524.01.T05 AT3G29630 35.507 138 85 2 96 232 220 354 3.82e-19 87.8
MsG0580026524.01.T05 AT1G64920 29.954 217 134 4 39 250 197 400 2.00e-18 85.9
MsG0580026524.01.T05 AT2G22930 32.203 177 106 3 60 235 218 381 4.26e-18 84.7
MsG0580026524.01.T05 AT5G54060 32.105 190 111 5 38 223 219 394 8.20e-18 84.0
MsG0580026524.01.T05 AT4G09500 28.426 197 129 2 39 235 197 381 2.01e-16 79.7
MsG0580026524.01.T05 AT1G50580 31.746 189 115 4 46 232 203 379 3.86e-16 79.0
MsG0580026524.01.T05 AT4G09500 32.624 141 93 1 95 235 218 356 2.57e-15 76.3
MsG0580026524.01.T05 AT4G01070 29.487 156 89 5 23 165 192 339 8.33e-11 62.8

Find 88 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 112 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CATCAAATAGACCATTTATT+TGG 0.063917 5:+38843116 MsG0580026524.01.T01:CDS
CTTGGAATGGCTTAATTTAA+TGG 0.113497 5:+38843006 MsG0580026524.01.T01:CDS
TCATCACAATTAATAGAAAT+TGG 0.184241 5:+38843079 MsG0580026524.01.T01:CDS
CAAGACAAAGTGAATGTTCT+TGG 0.228760 5:-38842201 None:intergenic
CAACATTTCATGCTTGATTC+AGG 0.239229 5:+38843615 MsG0580026524.01.T01:CDS
ATTTGGGTGGTTACAAATAA+TGG 0.243032 5:+38843133 MsG0580026524.01.T01:CDS
CAATTGAAGGTATATGCTTT+GGG 0.305870 5:+38843314 MsG0580026524.01.T01:CDS
GAAGCTGAAATGTCTTCTTA+TGG 0.320295 5:+38842818 MsG0580026524.01.T01:CDS
TGCAACTTGGTGGAAAAGTA+TGG 0.320829 5:-38842529 None:intergenic
ACAATTGAAGGTATATGCTT+TGG 0.323590 5:+38843313 MsG0580026524.01.T01:CDS
TTGAATATTGGAGTTAGAAT+TGG 0.345999 5:+38843403 MsG0580026524.01.T01:CDS
ATCAAATAGACCATTTATTT+GGG 0.348869 5:+38843117 MsG0580026524.01.T01:CDS
TTTGTAACCACCCAAATAAA+TGG 0.351314 5:-38843127 None:intergenic
ATTGTGTAGTTTGATGTTAT+AGG 0.364072 5:-38842654 None:intergenic
ATTCTTGCCATGTCTATCAT+TGG 0.369007 5:-38842254 None:intergenic
GGGATTTCAAGGAGGTGAAT+TGG 0.372700 5:-38842374 None:intergenic
CAATTAATAGAAATTGGATT+AGG 0.376746 5:+38843085 MsG0580026524.01.T01:CDS
ATTCAAAGAGCAACAAAATC+AGG 0.385455 5:+38842347 MsG0580026524.01.T01:CDS
ATACTTTCTCACCCTTCAAT+TGG 0.386287 5:+38843259 MsG0580026524.01.T01:CDS
CATGGCTACAAAGACTTTAG+AGG 0.386554 5:+38843570 MsG0580026524.01.T01:CDS
TTTCTGAGTAGATTTCTTGA+TGG 0.395733 5:-38842452 None:intergenic
TTTGCCTTGGTAGCTTATGT+AGG 0.396000 5:+38843050 MsG0580026524.01.T01:CDS
ATTGTGCAAGTATTGAATAT+TGG 0.400314 5:+38843391 MsG0580026524.01.T01:CDS
CTTGTTATCTCAATTCTTTG+AGG 0.405671 5:-38842731 None:intergenic
GGAAGAGCAACAAATGTTCC+TGG 0.407624 5:-38842764 None:intergenic
GACATGGAAATGGGATTTCA+AGG 0.422800 5:-38842385 None:intergenic
TTCTTGCCATGTCTATCATT+GGG 0.426711 5:-38842253 None:intergenic
TGAGAAAGTATTAAAATTTG+TGG 0.438865 5:-38843247 None:intergenic
CTTTCTCACCCTTCAATTGG+AGG 0.440731 5:+38843262 MsG0580026524.01.T01:CDS
TATCAGATAAATGCATCTCT+TGG 0.445362 5:+38842555 MsG0580026524.01.T01:CDS
CAAGAACATTCACTTTGTCT+TGG 0.445519 5:+38842202 MsG0580026524.01.T01:CDS
TTTCTATAGTCATCAAGATC+AGG 0.455301 5:-38842785 None:intergenic
GAGGAAAGGGTTAAAGGGAG+AGG 0.456073 5:+38843202 MsG0580026524.01.T01:CDS
AATAAAGGCCATGTAATCAT+TGG 0.460148 5:-38843340 None:intergenic
ATAACAAGAGCACAACTTCC+AGG 0.464135 5:+38842746 MsG0580026524.01.T01:CDS
GCTGGAAAATTGGTTAGTAA+AGG 0.474408 5:+38843171 MsG0580026524.01.T01:CDS
GTTGAGGTTCCAGTAAGGTT+TGG 0.475998 5:+38843427 MsG0580026524.01.T01:CDS
AATTGTTGTAAATAGCTTTG+AGG 0.479457 5:+38842841 MsG0580026524.01.T01:CDS
TTTGGTGATGAAAAGAAAGC+TGG 0.482825 5:+38843445 MsG0580026524.01.T01:CDS
TATTGAAGAGAAACAATGCT+TGG 0.489762 5:+38842988 MsG0580026524.01.T01:CDS
GTGTATGGAAGGAGGTGTAG+AGG 0.490842 5:+38843510 MsG0580026524.01.T01:CDS
TTGGTTCCACTATTTGCTCA+AGG 0.492937 5:+38842221 MsG0580026524.01.T01:CDS
GTTATAGAGATGTGTATGGA+AGG 0.501803 5:+38843499 MsG0580026524.01.T01:CDS
ATGCCATGGAAAACAAGTCT+TGG 0.504661 5:-38842608 None:intergenic
TCAGTTATTTATGTTTGCCT+TGG 0.507903 5:+38843037 MsG0580026524.01.T01:CDS
GTCAAGAATCCTCCAATTGA+AGG 0.509260 5:-38843271 None:intergenic
GGATGGAATTCAACAATTGA+AGG 0.511599 5:+38843301 MsG0580026524.01.T01:CDS
TGAAGTTATAGAGATGTGTA+TGG 0.511653 5:+38843495 MsG0580026524.01.T01:CDS
TCTGATATAATGCAACTTGG+TGG 0.513094 5:-38842539 None:intergenic
TGTATGGAAGGAGGTGTAGA+GGG 0.518635 5:+38843511 MsG0580026524.01.T01:CDS
AAGAGAAACAATGCTTGGAA+TGG 0.523460 5:+38842993 MsG0580026524.01.T01:CDS
ATGTGGCCTTGAGCAAATAG+TGG 0.529202 5:-38842227 None:intergenic
ATTCTTTGAGGCATAACTCC+AGG 0.529749 5:-38842719 None:intergenic
AAATAGACCATTTATTTGGG+TGG 0.533951 5:+38843120 MsG0580026524.01.T01:CDS
TTGGGGTGCCAATGATTACA+TGG 0.533980 5:+38843332 MsG0580026524.01.T01:CDS
ATGAGAAACAAGACATGCCA+TGG 0.541176 5:-38842622 None:intergenic
GCAAGAATCTTAGCAGAGAA+AGG 0.550127 5:+38842269 MsG0580026524.01.T01:CDS
GATTCTTGACACATTGTGGA+TGG 0.550843 5:+38843284 MsG0580026524.01.T01:CDS
AGGTGTAGAGCAAAAGAACT+TGG 0.556360 5:+38843544 MsG0580026524.01.T01:CDS
ATAACTCCAGGAATCACAAA+AGG 0.557002 5:-38842707 None:intergenic
GAGGTGTAGAGGGAGAAAAG+AGG 0.558735 5:+38843521 MsG0580026524.01.T01:CDS
AACAAGAGAGTTTATTGCAT+AGG 0.558748 5:+38842905 MsG0580026524.01.T01:CDS
ATAGAGATGTGTATGGAAGG+AGG 0.562991 5:+38843502 MsG0580026524.01.T01:CDS
TTATCTGATATAATGCAACT+TGG 0.563548 5:-38842542 None:intergenic
AATTTGGATAAATTTGAGAG+AGG 0.567662 5:+38842953 MsG0580026524.01.T01:CDS
TGGAGTTAGAATTGGTGTTG+AGG 0.570464 5:+38843411 MsG0580026524.01.T01:CDS
TTGGTGTTGAGGTTCCAGTA+AGG 0.570754 5:+38843422 MsG0580026524.01.T01:CDS
AGCAAAAGAACTTGGAAACA+TGG 0.578440 5:+38843552 MsG0580026524.01.T01:CDS
TGTCTATCATTGGGATCATG+TGG 0.580700 5:-38842244 None:intergenic
TCCAGGAATCACAAAAGGAT+CGG 0.581825 5:-38842702 None:intergenic
AAGACTTTAGAGGTGGATGA+AGG 0.582642 5:+38843580 MsG0580026524.01.T01:CDS
TTGGTGATGAAAAGAAAGCT+GGG 0.584330 5:+38843446 MsG0580026524.01.T01:CDS
GGCTTAATTTAATGGAAACA+AGG 0.585599 5:+38843014 MsG0580026524.01.T01:CDS
GTGTAGAGGGAGAAAAGAGG+AGG 0.588592 5:+38843524 MsG0580026524.01.T01:CDS
GGAGGATTCTTGACACATTG+TGG 0.595017 5:+38843280 MsG0580026524.01.T01:CDS
CTTAGCAGAGAAAGGTGTGA+TGG 0.596835 5:+38842277 MsG0580026524.01.T01:CDS
TGAAAAGAAAGCTGGGGTGT+TGG 0.597937 5:+38843453 MsG0580026524.01.T01:CDS
TTTCAAGGAGGTGAATTGGA+AGG 0.598376 5:-38842370 None:intergenic
AGCTTTGAGGAATTAGAACA+AGG 0.599804 5:+38842854 MsG0580026524.01.T01:CDS
GGCTACAAAGACTTTAGAGG+TGG 0.614155 5:+38843573 MsG0580026524.01.T01:CDS
TCAAGAATCCTCCAATTGAA+GGG 0.615314 5:-38843270 None:intergenic
AATCACAAAAGGATCGGAGT+CGG 0.616581 5:-38842696 None:intergenic
CATGATCCCAATGATAGACA+TGG 0.617853 5:+38842247 MsG0580026524.01.T01:CDS
CAAGCCTACATAAGCTACCA+AGG 0.626832 5:-38843054 None:intergenic
AATTGAAGGTATATGCTTTG+GGG 0.631077 5:+38843315 MsG0580026524.01.T01:CDS
GCTTTGAGGAATTAGAACAA+GGG 0.656863 5:+38842855 MsG0580026524.01.T01:CDS
TGGTGATGAAAAGAAAGCTG+GGG 0.712180 5:+38843447 MsG0580026524.01.T01:CDS
ATGGAAATGGGATTTCAAGG+AGG 0.736602 5:-38842382 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TTTATGCAATAAAAAGAATT+TGG + Chr5:38842937-38842956 MsG0580026524.01.T01:CDS 15.0%
!! AAAAATTGTTCAGCAAATAA+AGG - Chr5:38843358-38843377 None:intergenic 20.0%
!! ATCAAATAGACCATTTATTT+GGG + Chr5:38843117-38843136 MsG0580026524.01.T01:CDS 20.0%
!! CAATTAATAGAAATTGGATT+AGG + Chr5:38843085-38843104 MsG0580026524.01.T01:CDS 20.0%
!! TCATCACAATTAATAGAAAT+TGG + Chr5:38843079-38843098 MsG0580026524.01.T01:CDS 20.0%
!!! TGAGAAAGTATTAAAATTTG+TGG - Chr5:38843250-38843269 None:intergenic 20.0%
!!! TTTTTATTGCATAAAGAAAC+TGG - Chr5:38842932-38842951 None:intergenic 20.0%
! AATTTGGATAAATTTGAGAG+AGG + Chr5:38842953-38842972 MsG0580026524.01.T01:CDS 25.0%
! ATTGTGTAGTTTGATGTTAT+AGG - Chr5:38842657-38842676 None:intergenic 25.0%
! CATCAAATAGACCATTTATT+TGG + Chr5:38843116-38843135 MsG0580026524.01.T01:CDS 25.0%
! TTATCTGATATAATGCAACT+TGG - Chr5:38842545-38842564 None:intergenic 25.0%
! TTGAATATTGGAGTTAGAAT+TGG + Chr5:38843403-38843422 MsG0580026524.01.T01:CDS 25.0%
!! AATTGTTGTAAATAGCTTTG+AGG + Chr5:38842841-38842860 MsG0580026524.01.T01:CDS 25.0%
!! GTTAGTAAAGGAAAATTTTG+AGG + Chr5:38843183-38843202 MsG0580026524.01.T01:CDS 25.0%
!!! AAAGGAAAATTTTGAGGAAA+GGG + Chr5:38843189-38843208 MsG0580026524.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATTATTTTGAGCTGGAAAAT+TGG + Chr5:38843161-38843180 MsG0580026524.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATTGTGCAAGTATTGAATAT+TGG + Chr5:38843391-38843410 MsG0580026524.01.T01:CDS 25.0%
!!! TAAAGGAAAATTTTGAGGAA+AGG + Chr5:38843188-38843207 MsG0580026524.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTTTGAGGTAATTCTCTAA+AGG - Chr5:38842509-38842528 None:intergenic 25.0%
AAATAGACCATTTATTTGGG+TGG + Chr5:38843120-38843139 MsG0580026524.01.T01:CDS 30.0%
AACAAGAGAGTTTATTGCAT+AGG + Chr5:38842905-38842924 MsG0580026524.01.T01:CDS 30.0%
AATAAAGGCCATGTAATCAT+TGG - Chr5:38843343-38843362 None:intergenic 30.0%
ATTCAAAGAGCAACAAAATC+AGG + Chr5:38842347-38842366 MsG0580026524.01.T01:CDS 30.0%
ATTTGGGTGGTTACAAATAA+TGG + Chr5:38843133-38843152 MsG0580026524.01.T01:CDS 30.0%
CAAAAAGTTCAACTTCCATT+AGG + Chr5:38842407-38842426 MsG0580026524.01.T01:CDS 30.0%
CTTGGAATGGCTTAATTTAA+TGG + Chr5:38843006-38843025 MsG0580026524.01.T01:CDS 30.0%
GGCTTAATTTAATGGAAACA+AGG + Chr5:38843014-38843033 MsG0580026524.01.T01:CDS 30.0%
TATCAGATAAATGCATCTCT+TGG + Chr5:38842555-38842574 MsG0580026524.01.T01:CDS 30.0%
TATTGAAGAGAAACAATGCT+TGG + Chr5:38842988-38843007 MsG0580026524.01.T01:CDS 30.0%
TCAGTTATTTATGTTTGCCT+TGG + Chr5:38843037-38843056 MsG0580026524.01.T01:CDS 30.0%
TGAAGTTATAGAGATGTGTA+TGG + Chr5:38843495-38843514 MsG0580026524.01.T01:CDS 30.0%
TTTCTATAGTCATCAAGATC+AGG - Chr5:38842788-38842807 None:intergenic 30.0%
TTTCTGAGTAGATTTCTTGA+TGG - Chr5:38842455-38842474 None:intergenic 30.0%
TTTGTAACCACCCAAATAAA+TGG - Chr5:38843130-38843149 None:intergenic 30.0%
! AATTGAAGGTATATGCTTTG+GGG + Chr5:38843315-38843334 MsG0580026524.01.T01:CDS 30.0%
! ACAATTGAAGGTATATGCTT+TGG + Chr5:38843313-38843332 MsG0580026524.01.T01:CDS 30.0%
! CAATTGAAGGTATATGCTTT+GGG + Chr5:38843314-38843333 MsG0580026524.01.T01:CDS 30.0%
! CTTGTTATCTCAATTCTTTG+AGG - Chr5:38842734-38842753 None:intergenic 30.0%
! GAACTTTTTGACATGGAAAT+GGG - Chr5:38842397-38842416 None:intergenic 30.0%
! TGAACTTTTTGACATGGAAA+TGG - Chr5:38842398-38842417 None:intergenic 30.0%
!! AATTTTGAGGAAAGGGTTAA+AGG + Chr5:38843196-38843215 MsG0580026524.01.T01:CDS 30.0%
!! AGGACTTTTGATTAAAGGAT+GGG + Chr5:38843222-38843241 MsG0580026524.01.T01:CDS 30.0%
!! ATTTTGAGGAAAGGGTTAAA+GGG + Chr5:38843197-38843216 MsG0580026524.01.T01:CDS 30.0%
!! TGAAATCTTGAAGTGTTTTG+AGG - Chr5:38842320-38842339 None:intergenic 30.0%
!!! TGGTGAAAATTATTTTGAGC+TGG + Chr5:38843153-38843172 MsG0580026524.01.T01:CDS 30.0%
AAGAGAAACAATGCTTGGAA+TGG + Chr5:38842993-38843012 MsG0580026524.01.T01:CDS 35.0%
AGCAAAAGAACTTGGAAACA+TGG + Chr5:38843552-38843571 MsG0580026524.01.T01:CDS 35.0%
ATAACTCCAGGAATCACAAA+AGG - Chr5:38842710-38842729 None:intergenic 35.0%
ATACTTTCTCACCCTTCAAT+TGG + Chr5:38843259-38843278 MsG0580026524.01.T01:CDS 35.0%
ATTCTTGCCATGTCTATCAT+TGG - Chr5:38842257-38842276 None:intergenic 35.0%
CAACATTTCATGCTTGATTC+AGG + Chr5:38843615-38843634 MsG0580026524.01.T01:CDS 35.0%
CAAGAACATTCACTTTGTCT+TGG + Chr5:38842202-38842221 MsG0580026524.01.T01:CDS 35.0%
CAAGACAAAGTGAATGTTCT+TGG - Chr5:38842204-38842223 None:intergenic 35.0%
GAAGCTGAAATGTCTTCTTA+TGG + Chr5:38842818-38842837 MsG0580026524.01.T01:CDS 35.0%
GCTGGAAAATTGGTTAGTAA+AGG + Chr5:38843171-38843190 MsG0580026524.01.T01:CDS 35.0%
GGATGGAATTCAACAATTGA+AGG + Chr5:38843301-38843320 MsG0580026524.01.T01:CDS 35.0%
GTTATAGAGATGTGTATGGA+AGG + Chr5:38843499-38843518 MsG0580026524.01.T01:CDS 35.0%
TCAAGAATCCTCCAATTGAA+GGG - Chr5:38843273-38843292 None:intergenic 35.0%
TCTGATATAATGCAACTTGG+TGG - Chr5:38842542-38842561 None:intergenic 35.0%
TTCTTGCCATGTCTATCATT+GGG - Chr5:38842256-38842275 None:intergenic 35.0%
! GGAAGTTGAACTTTTTGACA+TGG - Chr5:38842404-38842423 None:intergenic 35.0%
! TTTTCATCACCAAACCTTAC+TGG - Chr5:38843439-38843458 None:intergenic 35.0%
!! AGCTTTGAGGAATTAGAACA+AGG + Chr5:38842854-38842873 MsG0580026524.01.T01:CDS 35.0%
!! ATTCCAAGACTTGTTTTCCA+TGG + Chr5:38842605-38842624 MsG0580026524.01.T01:CDS 35.0%
!! GAGGACTTTTGATTAAAGGA+TGG + Chr5:38843221-38843240 MsG0580026524.01.T01:CDS 35.0%
!! GCTTTGAGGAATTAGAACAA+GGG + Chr5:38842855-38842874 MsG0580026524.01.T01:CDS 35.0%
!! GTGGAAAAGTATGGTTTTTG+AGG - Chr5:38842523-38842542 None:intergenic 35.0%
!! TTGGTGATGAAAAGAAAGCT+GGG + Chr5:38843446-38843465 MsG0580026524.01.T01:CDS 35.0%
!! TTTGGTGATGAAAAGAAAGC+TGG + Chr5:38843445-38843464 MsG0580026524.01.T01:CDS 35.0%
AATCACAAAAGGATCGGAGT+CGG - Chr5:38842699-38842718 None:intergenic 40.0%
AGGTGTAGAGCAAAAGAACT+TGG + Chr5:38843544-38843563 MsG0580026524.01.T01:CDS 40.0%
ATAGAGATGTGTATGGAAGG+AGG + Chr5:38843502-38843521 MsG0580026524.01.T01:CDS 40.0%
ATGAGAAACAAGACATGCCA+TGG - Chr5:38842625-38842644 None:intergenic 40.0%
ATGCCATGGAAAACAAGTCT+TGG - Chr5:38842611-38842630 None:intergenic 40.0%
ATGGAAATGGGATTTCAAGG+AGG - Chr5:38842385-38842404 None:intergenic 40.0%
CATGATCCCAATGATAGACA+TGG + Chr5:38842247-38842266 MsG0580026524.01.T01:CDS 40.0%
CATGGCTACAAAGACTTTAG+AGG + Chr5:38843570-38843589 MsG0580026524.01.T01:CDS 40.0%
GACATGGAAATGGGATTTCA+AGG - Chr5:38842388-38842407 None:intergenic 40.0%
GATTCTTGACACATTGTGGA+TGG + Chr5:38843284-38843303 MsG0580026524.01.T01:CDS 40.0%
GCAAGAATCTTAGCAGAGAA+AGG + Chr5:38842269-38842288 MsG0580026524.01.T01:CDS 40.0%
GTCAAGAATCCTCCAATTGA+AGG - Chr5:38843274-38843293 None:intergenic 40.0%
TCCAGGAATCACAAAAGGAT+CGG - Chr5:38842705-38842724 None:intergenic 40.0%
TGTCTATCATTGGGATCATG+TGG - Chr5:38842247-38842266 None:intergenic 40.0%
TTGGTTCCACTATTTGCTCA+AGG + Chr5:38842221-38842240 MsG0580026524.01.T01:CDS 40.0%
TTTCAAGGAGGTGAATTGGA+AGG - Chr5:38842373-38842392 None:intergenic 40.0%
! AAGACTTTAGAGGTGGATGA+AGG + Chr5:38843580-38843599 MsG0580026524.01.T01:CDS 40.0%
! ATAACAAGAGCACAACTTCC+AGG + Chr5:38842746-38842765 MsG0580026524.01.T01:CDS 40.0%
! TGCAACTTGGTGGAAAAGTA+TGG - Chr5:38842532-38842551 None:intergenic 40.0%
! TGGTGATGAAAAGAAAGCTG+GGG + Chr5:38843447-38843466 MsG0580026524.01.T01:CDS 40.0%
! TTTGCCTTGGTAGCTTATGT+AGG + Chr5:38843050-38843069 MsG0580026524.01.T01:CDS 40.0%
!! ATTCTTTGAGGCATAACTCC+AGG - Chr5:38842722-38842741 None:intergenic 40.0%
!! GGGAGAGGACTTTTGATTAA+AGG + Chr5:38843217-38843236 MsG0580026524.01.T01:CDS 40.0%
!! TGGAGTTAGAATTGGTGTTG+AGG + Chr5:38843411-38843430 MsG0580026524.01.T01:CDS 40.0%
CAAGCCTACATAAGCTACCA+AGG - Chr5:38843057-38843076 None:intergenic 45.0%
CTTTCTCACCCTTCAATTGG+AGG + Chr5:38843262-38843281 MsG0580026524.01.T01:CDS 45.0%
GGAAGAGCAACAAATGTTCC+TGG - Chr5:38842767-38842786 None:intergenic 45.0%
GGAGGATTCTTGACACATTG+TGG + Chr5:38843280-38843299 MsG0580026524.01.T01:CDS 45.0%
GGGATTTCAAGGAGGTGAAT+TGG - Chr5:38842377-38842396 None:intergenic 45.0%
GTTGAGGTTCCAGTAAGGTT+TGG + Chr5:38843427-38843446 MsG0580026524.01.T01:CDS 45.0%
TGAAAAGAAAGCTGGGGTGT+TGG + Chr5:38843453-38843472 MsG0580026524.01.T01:CDS 45.0%
! ATGTGGCCTTGAGCAAATAG+TGG - Chr5:38842230-38842249 None:intergenic 45.0%
! CTTAGCAGAGAAAGGTGTGA+TGG + Chr5:38842277-38842296 MsG0580026524.01.T01:CDS 45.0%
! GGCTACAAAGACTTTAGAGG+TGG + Chr5:38843573-38843592 MsG0580026524.01.T01:CDS 45.0%
! TCCGATCCTTTTGTGATTCC+TGG + Chr5:38842701-38842720 MsG0580026524.01.T01:CDS 45.0%
! TCGAGATTTTCGCAGCCTAA+TGG - Chr5:38842425-38842444 None:intergenic 45.0%
! TGTATGGAAGGAGGTGTAGA+GGG + Chr5:38843511-38843530 MsG0580026524.01.T01:CDS 45.0%
! TTGGGGTGCCAATGATTACA+TGG + Chr5:38843332-38843351 MsG0580026524.01.T01:CDS 45.0%
!! TTGGTGTTGAGGTTCCAGTA+AGG + Chr5:38843422-38843441 MsG0580026524.01.T01:CDS 45.0%
GAGGAAAGGGTTAAAGGGAG+AGG + Chr5:38843202-38843221 MsG0580026524.01.T01:CDS 50.0%
GAGGTGTAGAGGGAGAAAAG+AGG + Chr5:38843521-38843540 MsG0580026524.01.T01:CDS 50.0%
GTGTAGAGGGAGAAAAGAGG+AGG + Chr5:38843524-38843543 MsG0580026524.01.T01:CDS 50.0%
! GTGTATGGAAGGAGGTGTAG+AGG + Chr5:38843510-38843529 MsG0580026524.01.T01:CDS 50.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr5 gene 38842188 38843669 38842188 ID=MsG0580026524.01;Name=MsG0580026524.01
Chr5 mRNA 38842188 38843669 38842188 ID=MsG0580026524.01.T01;Parent=MsG0580026524.01;Name=MsG0580026524.01.T01;_AED=0.02;_eAED=0.02;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|493
Chr5 exon 38842188 38843669 38842188 ID=MsG0580026524.01.T01:exon:36812;Parent=MsG0580026524.01.T01
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Chr5 mRNA 38842248 38843669 38842248 ID=MsG0580026524.01.T02;Parent=MsG0580026524.01;Name=MsG0580026524.01.T02;_AED=0.04;_eAED=0.04;_QI=0|-1|0|1|-1|0|1|0|473
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Chr5 CDS 38842248 38843669 38842248 ID=MsG0580026524.01.T02:cds;Parent=MsG0580026524.01.T02
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