AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580028776.01

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MsG0580028776.01.T01 AT1G34170 41.634 257 141 4 18 271 19 269 2.23e-63 208
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MsG0580028776.01.T01 AT1G43950 42.857 217 106 5 16 227 19 222 1.88e-51 170
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MsG0580028776.01.T01 AT1G77850 34.375 320 168 6 21 307 16 326 3.57e-49 173
MsG0580028776.01.T01 AT1G01030 34.146 123 76 3 113 232 42 162 7.61e-11 62.8
MsG0580028776.01.T01 AT1G01030 34.146 123 76 3 113 232 42 162 8.24e-11 62.8

Find 87 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 301 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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TTACGGTGTTCTTTAATCCA+AGG 0.496586 5:-86111385 MsG0580028776.01.T01:intron
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CRISPR-GE

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!! TGATTTTGTAACTATTCACA+TGG - Chr5:86111513-86111532 MsG0580028776.01.T01:CDS 25.0%
!! TTTTATAGTTTCACTGTATG+CGG - Chr5:86113204-86113223 MsG0580028776.01.T01:intron 25.0%
!! TTTTGCTAAACAATGATTCT+AGG - Chr5:86112446-86112465 MsG0580028776.01.T01:intron 25.0%
!!! ATAAAAAGTATTCAGAAAGG+TGG + Chr5:86115889-86115908 None:intergenic 25.0%
!!! GGAATAAAAAGTATTCAGAA+AGG + Chr5:86115892-86115911 None:intergenic 25.0%
!!! GTTTGCTAAATTTTTCTATC+AGG + Chr5:86115335-86115354 None:intergenic 25.0%
!!! TGTTTGATTCTAGTTTGATA+TGG - Chr5:86113003-86113022 MsG0580028776.01.T01:intron 25.0%
!!! TTATTTTTGCAAGACATTGA+CGG - Chr5:86112881-86112900 MsG0580028776.01.T01:intron 25.0%
!!! TTTCTTTTTGTTGTTGCTAT+TGG - Chr5:86112406-86112425 MsG0580028776.01.T01:intron 25.0%
!!! TTTTAAGGTTTTTTTTGGTG+GGG - Chr5:86111465-86111484 MsG0580028776.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTTTAACTGCATTGGAAAA+TGG - Chr5:86114346-86114365 MsG0580028776.01.T01:intron 25.0%
AAAAACTCACCCATATTATG+TGG - Chr5:86113252-86113271 MsG0580028776.01.T01:intron 30.0%
AAACAATAAGGAGTTGTAGT+AGG + Chr5:86112303-86112322 None:intergenic 30.0%
AAACTGAATCCTATCTGATA+TGG - Chr5:86115047-86115066 MsG0580028776.01.T01:intron 30.0%
AAATTCCTTAAAACACCATC+AGG - Chr5:86114537-86114556 MsG0580028776.01.T01:intron 30.0%
AAGTTGTTGACCACATAATA+TGG + Chr5:86113265-86113284 None:intergenic 30.0%
AATTTCTTACGCTAGCATTA+TGG + Chr5:86114007-86114026 None:intergenic 30.0%
ACCTTAAAAAACCAACATCA+TGG + Chr5:86111542-86111561 None:intergenic 30.0%
AGTGAATTAGAAACTAACCT+CGG + Chr5:86113140-86113159 None:intergenic 30.0%
AGTTGTTGACCACATAATAT+GGG + Chr5:86113264-86113283 None:intergenic 30.0%
ATAAGTATAAGCTACCTATG+TGG + Chr5:86113683-86113702 None:intergenic 30.0%
ATGTGCATTGCATTAACATT+TGG - Chr5:86114403-86114422 MsG0580028776.01.T01:CDS 30.0%
CAAACTAGAATCAAACAGAA+AGG + Chr5:86113000-86113019 None:intergenic 30.0%
CAACCTATCGAAGAATAAAA+AGG + Chr5:86112744-86112763 None:intergenic 30.0%
CAGAAAGGAAAACAAAATCA+CGG + Chr5:86112985-86113004 None:intergenic 30.0%
CATACCTAATACTTTGATTG+AGG - Chr5:86114923-86114942 MsG0580028776.01.T01:intron 30.0%
CCTTAAAAAACCAACATCAT+GGG + Chr5:86111541-86111560 None:intergenic 30.0%
CTTCTTCAGTTTCATTTCAA+TGG - Chr5:86111273-86111292 MsG0580028776.01.T01:CDS 30.0%
GAATAAAAAGGATAACGTAC+CGG + Chr5:86112732-86112751 None:intergenic 30.0%
GATATTGAAGCATGAACAAA+AGG + Chr5:86112088-86112107 None:intergenic 30.0%
GCATTGTAACATTATGAAGT+TGG + Chr5:86112545-86112564 None:intergenic 30.0%
GGAAATTGGTCATATGTAAA+AGG - Chr5:86115118-86115137 MsG0580028776.01.T01:intron 30.0%
GGTATGAGTGAATGTAATAA+TGG - Chr5:86111640-86111659 MsG0580028776.01.T01:intron 30.0%
GTGAAATTATGGTAATAGGA+GGG - Chr5:86112145-86112164 MsG0580028776.01.T01:intron 30.0%
GTTCTTAAAATTGTGACCAT+CGG - Chr5:86113789-86113808 MsG0580028776.01.T01:intron 30.0%
GTTGAGTTCTATTTCATAGA+AGG - Chr5:86115289-86115308 MsG0580028776.01.T01:CDS 30.0%
TAAGTATAAGCTACCTATGT+GGG + Chr5:86113682-86113701 None:intergenic 30.0%
TACACAACACTGAAACAATA+AGG + Chr5:86112315-86112334 None:intergenic 30.0%
TATGTGACTATCATTTGGAT+TGG + Chr5:86114154-86114173 None:intergenic 30.0%
TATTGAAGCATGAACAAAAG+GGG + Chr5:86112086-86112105 None:intergenic 30.0%
TGAAATTATGGTAATAGGAG+GGG - Chr5:86112146-86112165 MsG0580028776.01.T01:intron 30.0%
TGTGAAATTATGGTAATAGG+AGG - Chr5:86112144-86112163 MsG0580028776.01.T01:intron 30.0%
! GAAAAGAATCAGCTTCTTTT+GGG - Chr5:86115971-86115990 MsG0580028776.01.T01:five_prime_UTR 30.0%
! GTTGGTGAAATTATTCTGTT+AGG - Chr5:86115097-86115116 MsG0580028776.01.T01:intron 30.0%
! TAGAGCTTGTGTTAATTTTC+AGG - Chr5:86112653-86112672 MsG0580028776.01.T01:intron 30.0%
! TGAAAAGAATCAGCTTCTTT+TGG - Chr5:86115970-86115989 MsG0580028776.01.T01:five_prime_UTR 30.0%
! TGTTGATTGTATGTTTCACT+TGG - Chr5:86111338-86111357 MsG0580028776.01.T01:intron 30.0%
! TTTTACTACGTGTTTGAAGA+AGG - Chr5:86115001-86115020 MsG0580028776.01.T01:CDS 30.0%
! TTTTGGATTGACTATGAGTT+TGG - Chr5:86114035-86114054 MsG0580028776.01.T01:intron 30.0%
!! AGTGAATGTAATAATGGGTT+TGG - Chr5:86111646-86111665 MsG0580028776.01.T01:CDS 30.0%
!! GATTTTATTTGGTACCTTAG+TGG - Chr5:86115396-86115415 MsG0580028776.01.T01:intron 30.0%
!! GCTTTGATATATTTTGAGAG+TGG + Chr5:86116245-86116264 None:intergenic 30.0%
!! GTGAATGTAATAATGGGTTT+GGG - Chr5:86111647-86111666 MsG0580028776.01.T01:CDS 30.0%
!! TGAATGTAATAATGGGTTTG+GGG - Chr5:86111648-86111667 MsG0580028776.01.T01:CDS 30.0%
!! TTAATAAGCATTGGAACACT+GGG - Chr5:86114375-86114394 MsG0580028776.01.T01:intron 30.0%
!! TTTAATAAGCATTGGAACAC+TGG - Chr5:86114374-86114393 MsG0580028776.01.T01:intron 30.0%
!!! ACTGCACCATTTTTTCATAA+CGG + Chr5:86113856-86113875 None:intergenic 30.0%
!!! ATCTTTTGAAACCTACATCA+TGG - Chr5:86116190-86116209 MsG0580028776.01.T01:five_prime_UTR 30.0%
!!! TCTTTTGAAACCTACATCAT+GGG - Chr5:86116191-86116210 MsG0580028776.01.T01:five_prime_UTR 30.0%
!!! TGGCTACTTTTAATAAGCAT+TGG - Chr5:86114366-86114385 MsG0580028776.01.T01:intron 30.0%
AAACAGAAACATAACACAGG+TGG - Chr5:86115611-86115630 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
ACAACCAACAGAGAAATTGA+TGG - Chr5:86112477-86112496 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
ACACAAGATAGTTGAGTTAC+TGG - Chr5:86115186-86115205 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
ACATGTATAAAATTCGCTCG+AGG + Chr5:86111922-86111941 None:intergenic 35.0%
ACGTTTCTTCCTATGGAATT+AGG - Chr5:86112834-86112853 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
AGCAATACGCATATCATATC+AGG + Chr5:86115746-86115765 None:intergenic 35.0%
AGTGTTTGAATTCTGAGCTA+TGG - Chr5:86112175-86112194 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
ATGTTAATGCAATGCACATG+TGG + Chr5:86114402-86114421 None:intergenic 35.0%
CATGTATAAAATTCGCTCGA+GGG + Chr5:86111921-86111940 None:intergenic 35.0%
CATTTCACTCCATATCAGAT+AGG + Chr5:86115059-86115078 None:intergenic 35.0%
CCAAATCAATAGGCTTCATA+TGG - Chr5:86113958-86113977 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
CGTTTCTTCCTATGGAATTA+GGG - Chr5:86112835-86112854 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
CTATACTAAAATTCGCTCGA+GGG + Chr5:86111892-86111911 None:intergenic 35.0%
CTATCTGATATGGAGTGAAA+TGG - Chr5:86115057-86115076 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
CTGAATTCATTCACTTCTGT+TGG + Chr5:86112628-86112647 None:intergenic 35.0%
GAAAGATACGTTTCTTCCTA+TGG - Chr5:86112827-86112846 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
GATTCATAATGATGTAGGCA+TGG + Chr5:86115678-86115697 None:intergenic 35.0%
GTACCATTCATGTTTCTCAT+GGG + Chr5:86113906-86113925 None:intergenic 35.0%
GTTATGAAGCTTTCAACATC+AGG - Chr5:86111770-86111789 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
GTTTGAAAGAGACTCAAATG+TGG - Chr5:86112380-86112399 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
TATAACTTAGTGTCCCACAT+AGG - Chr5:86113666-86113685 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
TCACTTGAAAGAACTGATGA+TGG + Chr5:86116031-86116050 None:intergenic 35.0%
TCTATACTAAAATTCGCTCG+AGG + Chr5:86111893-86111912 None:intergenic 35.0%
TGACTAAATTATTGCGCATC+AGG + Chr5:86113558-86113577 None:intergenic 35.0%
TGCATATAGCTTTCTCTATC+CGG + Chr5:86114272-86114291 None:intergenic 35.0%
TGCTCAAGAACTAATTGCTA+GGG - Chr5:86113077-86113096 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
TGTCTCTATCAGAAAGTGAT+TGG - Chr5:86111169-86111188 MsG0580028776.01.T01:CDS 35.0%
TTACGGTGTTCTTTAATCCA+AGG - Chr5:86116110-86116129 MsG0580028776.01.T01:five_prime_UTR 35.0%
TTAGTCAAGTTAGTAGTCAC+TGG - Chr5:86113571-86113590 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
TTGTCCATCAATTTCTCTGT+TGG + Chr5:86112484-86112503 None:intergenic 35.0%
! AAGTTTCGACATATTTTCCG+AGG - Chr5:86113120-86113139 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
! AGACACAAGTGAGAGATTTT+TGG + Chr5:86111154-86111173 None:intergenic 35.0%
! AGCAACTAATAGCTGCTTTA+CGG - Chr5:86116093-86116112 MsG0580028776.01.T01:five_prime_UTR 35.0%
! AGTGAGTTTGCCCTTTTTAT+TGG - Chr5:86115564-86115583 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
! ATCAATTTCTCTGTTGGTTG+TGG + Chr5:86112478-86112497 None:intergenic 35.0%
! CAACCCTCAATCAAAGTATT+AGG + Chr5:86114930-86114949 None:intergenic 35.0%
! CCATATGAAGCCTATTGATT+TGG + Chr5:86113961-86113980 None:intergenic 35.0%
! GACACAAGTGAGAGATTTTT+GGG + Chr5:86111153-86111172 None:intergenic 35.0%
! GTGATTCTGTGCTTTTCATT+TGG - Chr5:86115850-86115869 MsG0580028776.01.T01:five_prime_UTR 35.0%
! TAATTTGTAGGCTGCTTACT+TGG + Chr5:86112864-86112883 None:intergenic 35.0%
! TATGTGAGAGCATACATAGT+TGG + Chr5:86114907-86114926 None:intergenic 35.0%
! TGAGAAAGTTTTTCCTCCAT+TGG - Chr5:86112953-86112972 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
! TGTTTTCTTCGTGTAATGAG+AGG - Chr5:86112762-86112781 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
! TTTCACTTGGTTTCCTCTTT+TGG - Chr5:86111351-86111370 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
!! ATTTGGATTGGTAGTGAGTT+TGG + Chr5:86114142-86114161 None:intergenic 35.0%
!! CATTATTGACTTCAAGGTCT+GGG - Chr5:86113606-86113625 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
!! GCATACCATTATTGACTTCA+AGG - Chr5:86113600-86113619 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
!!! CCCATGATGTTGGTTTTTTA+AGG - Chr5:86111538-86111557 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
!!! GAAGTAAAGTCCTTGTTTTG+TGG + Chr5:86111195-86111214 None:intergenic 35.0%
!!! TTTCCTCTTTTGGCTCATAA+GGG - Chr5:86111361-86111380 MsG0580028776.01.T01:intron 35.0%
AAAATCACGGACACTACCAA+TGG + Chr5:86112972-86112991 None:intergenic 40.0%
AAGTCCCACATCAGAAAGTT+TGG + Chr5:86114493-86114512 None:intergenic 40.0%
ACACGTAGTAAAAAGTCACC+TGG + Chr5:86114994-86115013 None:intergenic 40.0%
ACATAATTCACCATTCCCCT+AGG - Chr5:86114169-86114188 MsG0580028776.01.T01:intron 40.0%
ACCAAAGTGAATTGCAAACC+AGG - Chr5:86114973-86114992 MsG0580028776.01.T01:CDS 40.0%
AGGAGTTGTAGTAGGAAATG+AGG + Chr5:86112295-86112314 None:intergenic 40.0%
AGTGCAAAAAGACTAGTAGC+TGG - Chr5:86115828-86115847 MsG0580028776.01.T01:five_prime_UTR 40.0%
ATTCACTTTGGTACGTGGTA+AGG + Chr5:86114965-86114984 None:intergenic 40.0%
CATAATTCACCATTCCCCTA+GGG - Chr5:86114170-86114189 MsG0580028776.01.T01:intron 40.0%
CCAGACCTTGAAGTCAATAA+TGG + Chr5:86113608-86113627 None:intergenic 40.0%
CTATGAGTTTGGCAAAGTCA+TGG - Chr5:86114046-86114065 MsG0580028776.01.T01:intron 40.0%
CTGCTCAAGAACTAATTGCT+AGG - Chr5:86113076-86113095 MsG0580028776.01.T01:intron 40.0%
CTTGCCAAACTTTCTGATGT+GGG - Chr5:86114486-86114505 MsG0580028776.01.T01:intron 40.0%
CTTGGAATCCCTAATTCCAT+AGG + Chr5:86112846-86112865 None:intergenic 40.0%
CTTTAATCCAAGGTTGTGTC+TGG - Chr5:86116120-86116139 MsG0580028776.01.T01:five_prime_UTR 40.0%
GAAACTTCCACTCAACATCA+TGG + Chr5:86113107-86113126 None:intergenic 40.0%
GACACAAAGAAGTTCCACTA+AGG + Chr5:86115413-86115432 None:intergenic 40.0%
GAGTTTGGCAGAATTGCATT+GGG + Chr5:86114127-86114146 None:intergenic 40.0%
GCGAATAATCTCTCAATGTG+AGG - Chr5:86115238-86115257 MsG0580028776.01.T01:intron 40.0%
GGTACCATTCATGTTTCTCA+TGG + Chr5:86113907-86113926 None:intergenic 40.0%
TAGTTTCTCTACCAACCTCA+GGG - Chr5:86112217-86112236 MsG0580028776.01.T01:intron 40.0%
TATTTGGGTATTCCTGTCCT+AGG - Chr5:86113456-86113475 MsG0580028776.01.T01:intron 40.0%
TCAAGATCAAGATCCTACCT+AGG + Chr5:86113476-86113495 None:intergenic 40.0%
TCAAGTGATAGCATGCACAT+TGG - Chr5:86116043-86116062 MsG0580028776.01.T01:five_prime_UTR 40.0%
TGAAGTTGGCATATCAACTG+AGG + Chr5:86112531-86112550 None:intergenic 40.0%
TGAGAGTGGTATGACAAACT+CGG + Chr5:86116231-86116250 None:intergenic 40.0%
TGAGTTTGGCAGAATTGCAT+TGG + Chr5:86114128-86114147 None:intergenic 40.0%
TGTCCCATGAGAAACATGAA+TGG - Chr5:86113900-86113919 MsG0580028776.01.T01:intron 40.0%
TTAGTTTCTCTACCAACCTC+AGG - Chr5:86112216-86112235 MsG0580028776.01.T01:intron 40.0%
TTGCAATTCACTTTGGTACG+TGG + Chr5:86114970-86114989 None:intergenic 40.0%
TTTATAGCCCATTTCCCTCT+TGG - Chr5:86114460-86114479 MsG0580028776.01.T01:intron 40.0%
TTTGTGTGTGTGTGTGTGTT+GGG - Chr5:86111590-86111609 MsG0580028776.01.T01:intron 40.0%
! AAGTGATTGGCCACAAAACA+AGG - Chr5:86111182-86111201 MsG0580028776.01.T01:CDS 40.0%
! ACCTGGTTTGCAATTCACTT+TGG + Chr5:86114977-86114996 None:intergenic 40.0%
! CTAGCAATTAGTTCTTGAGC+AGG + Chr5:86113078-86113097 None:intergenic 40.0%
! GATGATGGCATAACAGTTTG+TGG + Chr5:86116016-86116035 None:intergenic 40.0%
! TCGCGGTACTTTTAACGTAT+TGG - Chr5:86114207-86114226 MsG0580028776.01.T01:intron 40.0%
! TGGAGTGAAATGGTTCTGTT+CGG - Chr5:86115067-86115086 MsG0580028776.01.T01:intron 40.0%
! TTTGGAGCTGAACAAAATCG+CGG + Chr5:86114077-86114096 None:intergenic 40.0%
! TTTGTTGTGTGAAGTGCCAT+GGG + Chr5:86113234-86113253 None:intergenic 40.0%
! TTTTGTGTGTGTGTGTGTGT+TGG - Chr5:86111589-86111608 MsG0580028776.01.T01:intron 40.0%
!! AATTGGTTTGCAGTTCCCTA+GGG + Chr5:86114188-86114207 None:intergenic 40.0%
!! ACGTTAAAAGTACCGCGAAT+TGG + Chr5:86114205-86114224 None:intergenic 40.0%
!! CCATTATTGACTTCAAGGTC+TGG - Chr5:86113605-86113624 MsG0580028776.01.T01:intron 40.0%
!! CTGTTCCTGATGGTGTTTTA+AGG + Chr5:86114545-86114564 None:intergenic 40.0%
!! GAGGTTGGTAGAGAAACTAA+GGG + Chr5:86112216-86112235 None:intergenic 40.0%
!! TAATGGGTTTGGGGAAATTG+AGG - Chr5:86111657-86111676 MsG0580028776.01.T01:CDS 40.0%
!! TCTTTCTATTTGGGTTGTGC+AGG - Chr5:86113035-86113054 MsG0580028776.01.T01:intron 40.0%
!! TGAGGTTGGTAGAGAAACTA+AGG + Chr5:86112217-86112236 None:intergenic 40.0%
!! TTTTGTTGTGTGAAGTGCCA+TGG + Chr5:86113235-86113254 None:intergenic 40.0%
!!! GTTTCCTCTTTTGGCTCATA+AGG - Chr5:86111360-86111379 MsG0580028776.01.T01:intron 40.0%
AAACGACACCTTCTTACCAC+AGG - Chr5:86115789-86115808 MsG0580028776.01.T01:five_prime_UTR 45.0%
AACAAATACACTCCAGCCTG+TGG + Chr5:86115808-86115827 None:intergenic 45.0%
AACATCAGGAATGAGTCAGC+AGG - Chr5:86111784-86111803 MsG0580028776.01.T01:intron 45.0%
AAGTTTGGCAAGCAACCAAG+AGG + Chr5:86114478-86114497 None:intergenic 45.0%
ACATCAGGAATGAGTCAGCA+GGG - Chr5:86111785-86111804 MsG0580028776.01.T01:intron 45.0%
AGCACTTTGCAACATCGATG+AGG + Chr5:86115913-86115932 None:intergenic 45.0%
AGTGATACAAGCACACATGG+AGG - Chr5:86112906-86112925 MsG0580028776.01.T01:intron 45.0%
AGTGGTATGACAAACTCGGA+TGG + Chr5:86116227-86116246 None:intergenic 45.0%
AGTTGGCATATCAACTGAGG+CGG + Chr5:86112528-86112547 None:intergenic 45.0%
AGTTTGGCAAGCAACCAAGA+GGG + Chr5:86114477-86114496 None:intergenic 45.0%
ATCAAGATCCTACCTAGGAC+AGG + Chr5:86113471-86113490 None:intergenic 45.0%
ATGATGGCAACAAGTACCTG+CGG + Chr5:86116336-86116355 None:intergenic 45.0%
ATTGTGACCATCGGTGATTG+TGG - Chr5:86113798-86113817 MsG0580028776.01.T01:intron 45.0%
CAAGCAACCAAGAGGGAAAT+GGG + Chr5:86114470-86114489 None:intergenic 45.0%
CACCATCAGGAACAGAATGT+AGG - Chr5:86114550-86114569 MsG0580028776.01.T01:CDS 45.0%
CATAACAGTTTGTGGCCTAC+TGG + Chr5:86116008-86116027 None:intergenic 45.0%
CCAACAAGGAGCTCAGAATA+GGG + Chr5:86111979-86111998 None:intergenic 45.0%
CCTATTCTGAGCTCCTTGTT+GGG - Chr5:86111977-86111996 MsG0580028776.01.T01:intron 45.0%
CTAGAAACCAGACACAACCT+TGG + Chr5:86116130-86116149 None:intergenic 45.0%
CTATTCTGAGCTCCTTGTTG+GGG - Chr5:86111978-86111997 MsG0580028776.01.T01:intron 45.0%
GATGGAGTGCATTGGAAAGT+GGG - Chr5:86111612-86111631 MsG0580028776.01.T01:intron 45.0%
GCTTGCCAAACTTTCTGATG+TGG - Chr5:86114485-86114504 MsG0580028776.01.T01:intron 45.0%
GGTTTGGGGAAATTGAGGAT+GGG - Chr5:86111662-86111681 MsG0580028776.01.T01:CDS 45.0%
GTGATACAAGCACACATGGA+GGG - Chr5:86112907-86112926 MsG0580028776.01.T01:intron 45.0%
GTGCAACATTAGCCAAGAAG+TGG + Chr5:86115217-86115236 None:intergenic 45.0%
GTTCTGTTCGGAAAGTCTGT+TGG - Chr5:86115079-86115098 MsG0580028776.01.T01:intron 45.0%
GTTTGGGGAAATTGAGGATG+GGG - Chr5:86111663-86111682 MsG0580028776.01.T01:CDS 45.0%
TACCATACACGCGTTTCTGT+CGG - Chr5:86116269-86116288 MsG0580028776.01.T01:five_prime_UTR 45.0%
TATTCTGAGCTCCTTGTTGG+GGG - Chr5:86111979-86111998 MsG0580028776.01.T01:intron 45.0%
TCACATGGATCCCATGATGT+TGG - Chr5:86111528-86111547 MsG0580028776.01.T01:CDS 45.0%
TGAAACCTACATCATGGGCA+GGG - Chr5:86116196-86116215 MsG0580028776.01.T01:five_prime_UTR 45.0%
TGACCCTTATGAGCCAAAAG+AGG + Chr5:86111367-86111386 None:intergenic 45.0%
TGCCTACATTCTGTTCCTGA+TGG + Chr5:86114555-86114574 None:intergenic 45.0%
TTGAAACCTACATCATGGGC+AGG - Chr5:86116195-86116214 MsG0580028776.01.T01:five_prime_UTR 45.0%
TTTCTGTCGGTATGCGTTTC+AGG - Chr5:86116282-86116301 MsG0580028776.01.T01:five_prime_UTR 45.0%
! GCAATTAGTTCTTGAGCAGG+AGG + Chr5:86113075-86113094 None:intergenic 45.0%
!! ATTGGTTTGCAGTTCCCTAG+GGG + Chr5:86114187-86114206 None:intergenic 45.0%
!! GAATTGGTTTGCAGTTCCCT+AGG + Chr5:86114189-86114208 None:intergenic 45.0%
!! TTACTGGCTTTGCCACTTCT+TGG - Chr5:86115202-86115221 MsG0580028776.01.T01:intron 45.0%
!!! GTGGTAAGAAGGTGTCGTTT+TGG + Chr5:86115789-86115808 None:intergenic 45.0%
ACCTGCTCACTATGACCTTG+AGG + Chr5:86112261-86112280 None:intergenic 50.0%
AGCTTTCTCTATCCGGTGCT+CGG + Chr5:86114265-86114284 None:intergenic 50.0%
AGGATGGGGACTCTGAGTTA+GGG - Chr5:86111677-86111696 MsG0580028776.01.T01:CDS 50.0%
ATCACGGACACTACCAATGG+AGG + Chr5:86112969-86112988 None:intergenic 50.0%
ATGACAGCCACAATCACCGA+TGG + Chr5:86113808-86113827 None:intergenic 50.0%
ATGAGTCAGCAGGGTCATGA+AGG - Chr5:86111794-86111813 MsG0580028776.01.T01:intron 50.0%
ATTCTGAGCTCCTTGTTGGG+GGG - Chr5:86111980-86111999 MsG0580028776.01.T01:intron 50.0%
CCCAACAAGGAGCTCAGAAT+AGG + Chr5:86111980-86111999 None:intergenic 50.0%
CCCTATTCTGAGCTCCTTGT+TGG - Chr5:86111976-86111995 MsG0580028776.01.T01:intron 50.0%
CCTGCTCACTATGACCTTGA+GGG + Chr5:86112260-86112279 None:intergenic 50.0%
CGTGTGGTTTACTTCCCTCA+AGG - Chr5:86112243-86112262 MsG0580028776.01.T01:intron 50.0%
CTGAAGAATCAAGTGTCCGC+AGG - Chr5:86116317-86116336 MsG0580028776.01.T01:five_prime_UTR 50.0%
GCAAGCAACCAAGAGGGAAA+TGG + Chr5:86114471-86114490 None:intergenic 50.0%
GCGAGTGATACAAGCACACA+TGG - Chr5:86112903-86112922 MsG0580028776.01.T01:intron 50.0%
GGATAACGTACCGGAGTCAA+CGG + Chr5:86112723-86112742 None:intergenic 50.0%
GGATGGAGTGCATTGGAAAG+TGG - Chr5:86111611-86111630 MsG0580028776.01.T01:intron 50.0%
GGCGGCAAGCTAGGATAATT+CGG + Chr5:86112510-86112529 None:intergenic 50.0%
GGGAACTGCAAACCAATTCG+CGG - Chr5:86114190-86114209 MsG0580028776.01.T01:intron 50.0%
GGGATCTCCATGATGTTGAG+TGG - Chr5:86113097-86113116 MsG0580028776.01.T01:intron 50.0%
GGGTTTGGGGAAATTGAGGA+TGG - Chr5:86111661-86111680 MsG0580028776.01.T01:CDS 50.0%
GTTCACACAAAACCGAGCAC+CGG - Chr5:86114250-86114269 MsG0580028776.01.T01:intron 50.0%
TACCGACAGAAACGCGTGTA+TGG + Chr5:86116274-86116293 None:intergenic 50.0%
TGAGCTATGGCATGCATGTG+CGG - Chr5:86112188-86112207 MsG0580028776.01.T01:intron 50.0%
TGCATTGGAAAGTGGGAGAG+AGG - Chr5:86111619-86111638 MsG0580028776.01.T01:intron 50.0%
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TGTGTTGGGATGGAGTGCAT+TGG - Chr5:86111604-86111623 MsG0580028776.01.T01:intron 50.0%
TTTGCAGTTCCCTAGGGGAA+TGG + Chr5:86114182-86114201 None:intergenic 50.0%
ACTAGCCCTGCCCATGATGT+AGG + Chr5:86116204-86116223 None:intergenic 55.0%
ACTTTCTCAGCTGCACGACG+AGG + Chr5:86112942-86112961 None:intergenic 55.0%
ATCAACTGAGGCGGCAAGCT+AGG + Chr5:86112519-86112538 None:intergenic 55.0%
CACTCCAGCCTGTGGTAAGA+AGG + Chr5:86115800-86115819 None:intergenic 55.0%
CACTGTATGCGGACTTCCCA+TGG - Chr5:86113215-86113234 MsG0580028776.01.T01:intron 55.0%
CCCTCAAGGTCATAGTGAGC+AGG - Chr5:86112257-86112276 MsG0580028776.01.T01:intron 55.0%
GACACCTTCTTACCACAGGC+TGG - Chr5:86115793-86115812 MsG0580028776.01.T01:five_prime_UTR 55.0%
GAGCTATGGCATGCATGTGC+GGG - Chr5:86112189-86112208 MsG0580028776.01.T01:intron 55.0%
GAGGATGGGGACTCTGAGTT+AGG - Chr5:86111676-86111695 MsG0580028776.01.T01:CDS 55.0%
GCGCATCAGGATTCTTGCGA+AGG + Chr5:86113545-86113564 None:intergenic 55.0%
GTAAACCACACGAGTCCCTG+AGG + Chr5:86112235-86112254 None:intergenic 55.0%
TGGGAATACGTCGTGCCAGT+AGG - Chr5:86115990-86116009 MsG0580028776.01.T01:five_prime_UTR 55.0%
TTCTGAGCTCCTTGTTGGGG+GGG - Chr5:86111981-86112000 MsG0580028776.01.T01:intron 55.0%
ACCAACCTCAGGGACTCGTG+TGG - Chr5:86112227-86112246 MsG0580028776.01.T01:intron 60.0%
ACCACACGAGTCCCTGAGGT+TGG + Chr5:86112231-86112250 None:intergenic 60.0%
TACAGCAGACCCCCCCAACA+AGG + Chr5:86111993-86112012 None:intergenic 60.0%
!! GACGCTACAGCCGTTGACTC+CGG - Chr5:86112710-86112729 MsG0580028776.01.T01:intron 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr5 gene 86111147 86116370 86111147 ID=MsG0580028776.01;Name=MsG0580028776.01
Chr5 mRNA 86111147 86116370 86111147 ID=MsG0580028776.01.T01;Parent=MsG0580028776.01;Name=MsG0580028776.01.T01;_AED=0.42;_eAED=0.43;_QI=626|1|0.88|1|0.87|0.77|9|0|321
Chr5 exon 86111147 86111300 86111147 ID=MsG0580028776.01.T01:exon:21687;Parent=MsG0580028776.01.T01
Chr5 exon 86111386 86111550 86111386 ID=MsG0580028776.01.T01:exon:21686;Parent=MsG0580028776.01.T01
Chr5 exon 86111646 86111736 86111646 ID=MsG0580028776.01.T01:exon:21685;Parent=MsG0580028776.01.T01
Chr5 exon 86114376 86114460 86114376 ID=MsG0580028776.01.T01:exon:21684;Parent=MsG0580028776.01.T01
Chr5 exon 86114543 86114698 86114543 ID=MsG0580028776.01.T01:exon:21683;Parent=MsG0580028776.01.T01
Chr5 exon 86114786 86114842 86114786 ID=MsG0580028776.01.T01:exon:21682;Parent=MsG0580028776.01.T01
Chr5 exon 86114951 86115049 86114951 ID=MsG0580028776.01.T01:exon:21681;Parent=MsG0580028776.01.T01
Chr5 exon 86115239 86115354 86115239 ID=MsG0580028776.01.T01:exon:21680;Parent=MsG0580028776.01.T01
Chr5 exon 86115702 86116370 86115702 ID=MsG0580028776.01.T01:exon:21679;Parent=MsG0580028776.01.T01
Chr5 five_prime_UTR 86115745 86116370 86115745 ID=MsG0580028776.01.T01:five_prime_utr;Parent=MsG0580028776.01.T01
Chr5 CDS 86115702 86115744 86115702 ID=MsG0580028776.01.T01:cds;Parent=MsG0580028776.01.T01
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Chr5 CDS 86111147 86111300 86111147 ID=MsG0580028776.01.T01:cds;Parent=MsG0580028776.01.T01
Gene Sequence

>MsG0580028776.01.T01

ATGAAGCTTTCAACATCAGGAATGAGTCAGCAGGGTCATGAAGGAGGGGAGAAGAAGTGTTTGAATTCTGAGCTATGGCATGCATGTGCGGGTCCCTTAGTTTCTCTACCAACCTCAGGGACTCGTGTGGTTTACTTCCCTCAAGGTCATAGTGAGCAGGTTTCTGCCACAACCAACAGAGAAATTGATGGACAAATTCCGAATTATCCTAGCTTGCCGCCTCAGTTGATATGCCAACTTCATAATGTTACAATGCATGCAGATGTTGAAACAGATGAAGTGTATGCTCAGATGACGCTACAGCCGTTGACTCCGCAAGAGCAGAAAGATACGTTTCTTCCTATGGAATTAGGGATTCCAAGTAAGCAGCCTACAAATTATTTTTGCAAGACATTGACGGCGAGTGATACAAGCACACATGGAGGGTTCTCTGTTCCTCGTCGTGCAGCTGAGAAAGTTTTTCCTCCATTGGATTTCTCACAGCAACCTCCTGCTCAAGAACTAATTGCTAGGGATCTCCATGATGTTGAGTGGAAGTTTCGACATATTTTCCGAGGACAGCCAAAACGACACCTTCTTACCACAGGCTGGAGTGTATTTGTTAGTGCAAAAAGACTAGTAGCTGGTGATTCTGTGCTTTTCATTTGGAATGAAAAGAATCAGCTTCTTTTGGGAATACGTCGTGCCAGTAGGCCACAAACTGTTATGCCATCATCAGTTCTTTCAAGTGATAGCATGCACATTGGACTTCTTGCAGCTGCAGCACATGCTGCAGCAACTAATAGCTGCTTTACGGTGTTCTTTAATCCAAGGGCTAGTCCATCCGAGTTTGTCATACCACTCTCAAAATATATCAAAGCTGTGTACCATACACGCGTTTCTGTCGGTATGCGTTTCAGGATGCTTTTGAGACTGAAGAATCAAGTGTCCGCAGGTACTTGTTGCCATCATTTATTTTTTCTCTGA
Protein sequence

>MsG0580028776.01.T01

MKLSTSGMSQQGHEGGEKKCLNSELWHACAGPLVSLPTSGTRVVYFPQGHSEQVSATTNREIDGQIPNYPSLPPQLICQLHNVTMHADVETDEVYAQMTLQPLTPQEQKDTFLPMELGIPSKQPTNYFCKTLTASDTSTHGGFSVPRRAAEKVFPPLDFSQQPPAQELIARDLHDVEWKFRHIFRGQPKRHLLTTGWSVFVSAKRLVAGDSVLFIWNEKNQLLLGIRRASRPQTVMPSSVLSSDSMHIGLLAAAAHAAATNSCFTVFFNPRASPSEFVIPLSKYIKAVYHTRVSVGMRFRMLLRLKNQVSAGTCCHHLFFL*