AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680033723.01

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MsG0680033723.01.T01 AT1G09900 30.769 455 312 1 42 496 135 586 5.60e-78 255
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MsG0680033723.01.T01 AT1G09900 31.429 420 283 2 5 424 170 584 3.33e-69 232
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MsG0680033723.01.T01 AT1G09900 27.016 248 179 1 4 251 341 586 3.07e-31 127
MsG0680033723.01.T01 AT1G09900 23.247 271 173 4 254 494 4 269 6.64e-14 74.7
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MsG0680033723.01.T01 AT5G28460 24.594 431 310 5 5 427 327 750 3.59e-37 146
MsG0680033723.01.T01 AT5G28460 23.770 366 266 5 120 474 158 521 2.80e-28 119
MsG0680033723.01.T01 AT5G28460 21.526 367 278 4 2 361 401 764 1.69e-26 114
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MsG0680033723.01.T01 AT2G18940 23.377 385 287 3 5 386 419 798 1.72e-32 132
MsG0680033723.01.T01 AT2G18940 20.761 289 219 3 7 291 526 808 1.26e-15 80.5
MsG0680033723.01.T01 AT2G18940 22.674 172 132 1 326 496 212 383 2.04e-11 67.0
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MsG0680033723.01.T01 AT5G16420 26.538 260 187 3 24 281 276 533 7.46e-23 102
MsG0680033723.01.T01 AT5G16420 27.083 192 139 1 306 496 137 328 1.22e-22 101
MsG0680033723.01.T01 AT5G16420 32.192 292 188 2 201 492 182 463 2.58e-45 166
MsG0680033723.01.T01 AT5G16420 27.424 361 260 2 128 487 134 493 1.20e-42 159
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MsG0680033723.01.T01 AT5G65820 22.748 444 303 7 36 474 172 580 1.50e-31 129
MsG0680033723.01.T01 AT5G65820 22.984 248 187 2 5 250 285 530 1.89e-13 73.2
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MsG0680033723.01.T01 AT1G71060 23.418 316 239 1 94 409 177 489 4.09e-27 114
MsG0680033723.01.T01 AT1G71060 24.118 340 255 1 46 385 164 500 2.60e-23 103
MsG0680033723.01.T01 AT1G71060 26.941 219 157 1 42 260 265 480 1.27e-19 92.0
MsG0680033723.01.T01 AT1G71060 27.807 187 133 2 308 493 111 296 6.66e-15 77.4
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MsG0680033723.01.T01 AT4G26680 25.843 356 258 3 30 385 156 505 5.69e-35 137
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MsG0680033723.01.T01 AT1G53330 30.928 291 199 2 182 471 46 335 8.67e-40 148
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MsG0680033723.01.T01 AT2G37230 22.909 275 211 1 220 493 115 389 1.96e-19 92.4
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MsG0680033723.01.T01 AT3G09650 19.836 489 324 10 68 492 102 586 3.64e-18 88.2
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MsG0680033723.01.T01 AT1G52640 27.451 306 221 1 166 470 155 460 3.44e-36 141
MsG0680033723.01.T01 AT1G52640 28.383 303 216 1 155 456 179 481 1.53e-33 133
MsG0680033723.01.T01 AT1G52640 24.854 342 256 1 47 387 141 482 1.83e-33 133
MsG0680033723.01.T01 AT1G52640 24.752 303 222 2 196 493 111 412 4.29e-27 114
MsG0680033723.01.T01 AT1G52640 24.275 276 209 0 202 477 156 431 1.96e-26 112
MsG0680033723.01.T01 AT1G52640 22.258 310 233 2 40 348 169 471 6.93e-23 102
MsG0680033723.01.T01 AT1G52640 25.000 244 179 3 7 249 243 483 8.31e-18 86.7
MsG0680033723.01.T01 AT5G62370 24.652 503 346 6 26 495 111 613 5.73e-36 142
MsG0680033723.01.T01 AT5G62370 23.752 501 348 5 28 496 256 754 6.31e-33 134
MsG0680033723.01.T01 AT5G62370 22.294 462 315 4 4 427 509 964 6.73e-32 130
MsG0680033723.01.T01 AT5G62370 22.402 433 329 3 63 492 496 924 6.47e-31 127
MsG0680033723.01.T01 AT5G62370 23.810 525 336 11 6 483 341 848 2.97e-28 119
MsG0680033723.01.T01 AT5G62370 25.217 345 252 4 155 496 69 410 6.87e-23 103
MsG0680033723.01.T01 AT5G62370 22.005 409 275 5 5 375 580 982 1.89e-22 102
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MsG0680033723.01.T01 AT5G14080 22.300 426 323 4 74 495 77 498 9.79e-22 99.4
MsG0680033723.01.T01 AT1G07740 27.072 362 248 1 25 370 81 442 1.03e-35 138
MsG0680033723.01.T01 AT1G07740 26.546 388 272 4 63 443 65 446 3.03e-35 137
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MsG0680033723.01.T01 AT3G59040 22.654 309 233 2 185 490 140 445 1.17e-25 110
MsG0680033723.01.T01 AT3G59040 24.211 190 135 3 305 491 158 341 7.51e-12 68.2
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MsG0680033723.01.T01 AT3G17370 25.758 198 132 4 10 207 17 199 6.40e-17 80.1
MsG0680033723.01.T01 AT3G17370 25.728 206 140 2 78 283 13 205 5.65e-15 74.3
MsG0680033723.01.T01 AT1G77405 27.476 313 196 7 195 477 135 446 3.52e-28 117
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MsG0680033723.01.T01 AT3G46610 20.607 461 332 5 5 436 185 640 5.06e-23 103
MsG0680033723.01.T01 AT1G63320 32.642 193 117 3 309 492 1 189 5.72e-23 96.7
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MsG0680033723.01.T01 AT5G60960 25.175 286 201 5 221 495 177 460 3.77e-17 84.7
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MsG0680033723.01.T01 AT4G33990 23.200 375 232 11 134 471 67 422 1.38e-13 73.9
MsG0680033723.01.T01 AT4G33990 20.903 421 265 15 7 416 313 676 1.93e-12 70.5
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MsG0680033723.01.T01 AT1G11630 23.151 311 233 3 147 453 73 381 5.47e-20 92.4
MsG0680033723.01.T01 AT1G11630 25.969 258 186 2 133 387 130 385 8.60e-20 92.0
MsG0680033723.01.T01 AT1G11630 24.161 298 214 4 194 487 91 380 1.31e-19 91.3
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MsG0680033723.01.T01 AT1G11630 24.138 261 197 1 23 282 125 385 1.10e-15 79.3
MsG0680033723.01.T01 AT1G11630 29.714 175 123 0 319 493 177 351 1.40e-14 75.9
MsG0680033723.01.T01 AT1G11630 25.000 208 152 2 288 491 107 314 8.39e-13 70.5
MsG0680033723.01.T01 AT4G33990 23.641 423 290 11 78 490 208 607 2.62e-22 101
MsG0680033723.01.T01 AT4G33990 21.980 505 333 15 27 495 62 541 4.45e-16 81.6
MsG0680033723.01.T01 AT4G33990 23.200 375 232 11 134 471 60 415 1.83e-13 73.6
MsG0680033723.01.T01 AT4G33990 20.903 421 265 15 7 416 306 669 2.04e-12 70.1
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MsG0680033723.01.T01 AT2G44880 22.421 504 297 15 27 492 65 512 2.62e-20 94.7
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MsG0680033723.01.T01 AT4G36680 19.940 331 215 5 47 369 105 393 2.28e-14 75.5
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MsG0680033723.01.T01 AT3G06430 22.590 332 218 4 199 493 106 435 9.96e-15 77.0
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MsG0680033723.01.T01 AT2G22070 22.558 430 290 13 77 491 4 405 4.96e-16 81.6
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MsG0680033723.01.T01 AT2G03380 21.725 313 232 4 159 471 51 350 2.12e-13 73.2
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MsG0680033723.01.T01 AT3G49170 20.000 355 240 5 80 432 337 649 8.95e-16 80.9
MsG0680033723.01.T01 AT3G49170 19.426 453 334 12 29 471 187 618 5.86e-12 68.9
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MsG0680033723.01.T01 AT4G18840 20.595 437 322 10 23 455 84 499 6.77e-18 87.0
MsG0680033723.01.T01 AT4G18840 23.324 343 219 4 182 492 103 433 2.08e-18 88.6
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MsG0680033723.01.T01 AT5G37570 20.698 401 239 11 17 350 80 468 2.24e-13 72.8
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MsG0680033723.01.T01 AT3G53360 20.972 391 287 10 27 413 323 695 1.73e-15 79.7
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MsG0680033723.01.T01 AT5G43790 25.106 235 164 4 28 261 169 392 1.44e-14 76.3
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MsG0680033723.01.T01 AT2G42920 21.205 415 302 10 47 454 92 488 2.08e-16 82.4
MsG0680033723.01.T01 AT2G42920 21.053 266 201 4 45 309 224 481 4.33e-12 68.9
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MsG0680033723.01.T01 AT1G06140 23.410 346 209 10 157 490 138 439 4.32e-12 68.9
MsG0680033723.01.T01 AT5G66520 21.204 382 255 6 42 423 78 413 2.87e-17 85.1
MsG0680033723.01.T01 AT5G66520 22.945 292 213 3 182 473 78 357 6.61e-17 84.0
MsG0680033723.01.T01 AT5G66520 18.873 408 312 7 68 473 35 425 4.53e-14 75.1
MsG0680033723.01.T01 AT4G25270 21.910 356 233 11 168 490 146 489 2.99e-17 85.1
MsG0680033723.01.T01 AT5G56310 21.078 408 271 7 20 424 58 417 3.01e-17 85.1
MsG0680033723.01.T01 AT5G56310 19.095 398 302 7 102 494 35 417 8.45e-11 64.7
MsG0680033723.01.T01 AT1G22830 23.796 353 231 11 43 378 249 580 3.05e-17 85.5
MsG0680033723.01.T01 AT1G22830 23.796 353 231 11 43 378 249 580 3.05e-17 85.5
MsG0680033723.01.T01 AT2G01390 26.809 235 161 3 266 492 91 322 3.26e-17 85.1
MsG0680033723.01.T01 AT2G01390 21.548 478 340 8 42 496 53 518 4.52e-17 84.7
MsG0680033723.01.T01 AT1G12615 32.867 143 94 1 35 175 1 143 3.65e-17 79.3
MsG0680033723.01.T01 AT1G12615 28.994 169 87 2 218 386 9 144 4.18e-17 79.3
MsG0680033723.01.T01 AT1G12615 30.822 146 99 1 315 458 1 146 9.51e-17 78.2
MsG0680033723.01.T01 AT1G12615 30.769 143 97 1 350 490 1 143 3.14e-15 73.9
MsG0680033723.01.T01 AT1G12615 28.472 144 101 1 175 316 1 144 1.74e-12 65.9
MsG0680033723.01.T01 AT3G56030 28.662 157 109 1 290 443 126 282 4.45e-17 83.2
MsG0680033723.01.T01 AT5G08305 20.920 435 291 8 58 491 56 438 5.58e-17 84.0
MsG0680033723.01.T01 AT5G08305 23.333 240 175 4 7 245 174 405 5.58e-14 74.7
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MsG0680033723.01.T01 AT1G26900 21.078 408 306 6 28 431 109 504 6.99e-16 80.9
MsG0680033723.01.T01 AT5G08490 20.833 456 324 13 28 473 282 710 5.91e-17 84.7
MsG0680033723.01.T01 AT3G60040 37.607 117 73 0 378 494 709 825 6.87e-17 84.3
MsG0680033723.01.T01 AT3G60040 38.136 118 73 0 132 249 708 825 9.43e-17 84.0
MsG0680033723.01.T01 AT3G60040 35.593 118 76 0 308 425 709 826 1.22e-15 80.5
MsG0680033723.01.T01 AT3G60040 32.000 125 85 0 231 355 702 826 4.15e-12 69.3
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MsG0680033723.01.T01 AT3G60040 37.607 117 73 0 378 494 708 824 6.92e-17 84.3
MsG0680033723.01.T01 AT3G60040 38.136 118 73 0 132 249 707 824 9.67e-17 84.0
MsG0680033723.01.T01 AT3G60040 35.593 118 76 0 308 425 708 825 1.27e-15 80.5
MsG0680033723.01.T01 AT3G60040 32.000 125 85 0 231 355 701 825 4.22e-12 69.3
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MsG0680033723.01.T01 AT3G60040 37.607 117 73 0 378 494 489 605 7.47e-17 84.0
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MsG0680033723.01.T01 AT3G60040 33.333 111 74 0 245 355 496 606 3.05e-12 69.3
MsG0680033723.01.T01 AT3G60040 30.328 122 85 0 268 389 484 605 7.39e-12 68.2
MsG0680033723.01.T01 AT1G17630 20.000 460 342 8 43 493 122 564 7.68e-17 84.0
MsG0680033723.01.T01 AT1G17630 20.000 460 342 8 43 493 122 564 7.68e-17 84.0
MsG0680033723.01.T01 AT3G13770 22.059 408 285 12 77 473 16 401 7.90e-17 84.0
MsG0680033723.01.T01 AT3G57430 20.513 429 308 9 73 490 91 497 8.24e-17 84.3
MsG0680033723.01.T01 AT3G57430 22.444 401 261 11 40 403 93 480 6.29e-16 81.3
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MsG0680033723.01.T01 AT4G22760 20.811 370 271 6 123 490 144 493 4.23e-16 81.6
MsG0680033723.01.T01 AT4G22760 20.479 376 273 7 50 423 145 496 2.16e-15 79.3
MsG0680033723.01.T01 AT3G21470 22.402 433 305 11 63 490 30 436 1.25e-16 82.8
MsG0680033723.01.T01 AT3G21470 20.822 365 266 8 43 406 111 453 1.09e-11 67.4
MsG0680033723.01.T01 AT2G36980 25.449 334 214 8 168 491 5 313 1.64e-16 82.4
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MsG0680033723.01.T01 AT3G22150 19.223 489 336 11 43 490 178 648 2.50e-15 79.3
MsG0680033723.01.T01 AT3G22150 21.854 453 315 13 27 460 326 758 1.92e-16 82.8
MsG0680033723.01.T01 AT3G22150 19.223 489 336 11 43 490 178 648 2.50e-15 79.3
MsG0680033723.01.T01 AT5G44230 23.684 380 243 13 43 396 214 572 2.02e-16 82.8
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MsG0680033723.01.T01 AT5G44230 23.280 378 239 10 47 420 20 350 4.33e-13 72.0
MsG0680033723.01.T01 AT3G20730 21.957 419 237 11 148 493 47 448 2.05e-16 82.4
MsG0680033723.01.T01 AT3G20730 21.728 382 252 8 43 421 179 516 1.40e-15 79.7
MsG0680033723.01.T01 AT5G08490 19.097 487 330 12 28 473 282 745 2.06e-16 82.8
MsG0680033723.01.T01 AT5G08490 19.097 487 330 12 28 473 282 745 2.06e-16 82.8
MsG0680033723.01.T01 AT5G08490 19.097 487 330 12 28 473 282 745 2.06e-16 82.8
MsG0680033723.01.T01 AT1G74630 20.574 418 273 10 42 420 68 465 2.12e-16 82.4
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MsG0680033723.01.T01 AT1G34160 22.899 345 247 6 79 423 66 391 2.24e-16 82.4
MsG0680033723.01.T01 AT1G34160 21.088 294 183 5 31 289 84 363 7.88e-12 68.2
MsG0680033723.01.T01 AT3G51320 21.868 439 315 10 33 462 72 491 2.49e-16 82.0
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MsG0680033723.01.T01 AT5G03560 24.026 154 113 2 311 463 187 337 6.94e-13 70.5
MsG0680033723.01.T01 AT5G03560 26.316 133 95 2 12 143 202 332 2.07e-11 65.9
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MsG0680033723.01.T01 AT5G03560 29.630 135 94 1 155 288 203 337 3.39e-16 80.5
MsG0680033723.01.T01 AT5G03560 30.075 133 92 1 365 496 203 335 5.02e-15 77.0
MsG0680033723.01.T01 AT5G03560 24.026 154 113 2 311 463 187 337 6.94e-13 70.5
MsG0680033723.01.T01 AT5G03560 26.316 133 95 2 12 143 202 332 2.07e-11 65.9
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MsG0680033723.01.T01 AT5G03560 30.075 133 92 1 365 496 203 335 5.02e-15 77.0
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MsG0680033723.01.T01 AT5G03560 26.316 133 95 2 12 143 202 332 2.07e-11 65.9
MsG0680033723.01.T01 AT5G03560 27.152 151 104 3 206 354 187 333 4.18e-11 65.1
MsG0680033723.01.T01 AT1G33350 21.066 394 257 8 102 491 149 492 3.62e-16 81.6

Find 88 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 109 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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TGTTACCTACAGTTCATTAA+TGG 0.213276 6:-72284098 MsG0680033723.01.T01:CDS
AGTTATAGTATCATGATTAA+TGG 0.233268 6:-72283989 MsG0680033723.01.T01:CDS
GAATTGTATGTTACCGTATT+AGG 0.241251 6:+72283896 None:intergenic
CCTAGTTAACGAAGTTATTA+AGG 0.241387 6:-72284065 MsG0680033723.01.T01:CDS
GAGAAAGATTGATGGGAAAT+TGG 0.304084 6:-72284449 MsG0680033723.01.T01:CDS
GTTTCATAAGTTACGGCATT+AGG 0.304928 6:+72283476 None:intergenic
TCAATGGATTGTGTAAAATA+GGG 0.319134 6:-72284498 MsG0680033723.01.T01:CDS
ATCAAAGGTTTGTGTCTTGA+TGG 0.327501 6:-72284604 MsG0680033723.01.T01:CDS
CCTTAATAACTTCGTTAACT+AGG 0.361051 6:+72284065 None:intergenic
ATTAAACACTATTTCTCAAA+TGG 0.373705 6:-72284032 MsG0680033723.01.T01:CDS
CATGACCATGTGCTTGCACT+TGG 0.376873 6:-72284556 MsG0680033723.01.T01:CDS
ATTAATTGTTATTGCCATCT+TGG 0.378645 6:-72284709 MsG0680033723.01.T01:CDS
AATAGTGTTTAATACATGTT+TGG 0.380257 6:+72284042 None:intergenic
ACATACAATTCTCTCATTGA+TGG 0.380904 6:-72283884 MsG0680033723.01.T01:CDS
ATGCTAAAAGTATAAATATC+CGG 0.388515 6:+72284211 None:intergenic
CATTTCAGAATATAATTCAT+AGG 0.392646 6:+72284357 None:intergenic
CACTTCGACCAAGTTACCTA+TGG 0.397106 6:-72284529 MsG0680033723.01.T01:CDS
ATATTGTATGTGCACATATC+TGG 0.409223 6:+72283686 None:intergenic
ATAACCCATCTTAAGAATCT+TGG 0.414505 6:+72284657 None:intergenic
AAGGAGAATCTCCTATGCTT+GGG 0.420516 6:-72283849 MsG0680033723.01.T01:CDS
ATGTATAGCACAATCATTGA+TGG 0.422198 6:-72284409 MsG0680033723.01.T01:CDS
GTTGGCCAAGATTCTTAAGA+TGG 0.430310 6:-72284662 MsG0680033723.01.T01:CDS
GATAAGAGTTTCATAAGTTA+CGG 0.438518 6:+72283469 None:intergenic
GTAGTCAAGGTAATGGTATC+GGG 0.439987 6:+72284631 None:intergenic
AATCTTGTTAAATTCAATGA+TGG 0.442748 6:+72284843 None:intergenic
GAACTGTAGGTAACAACATC+TGG 0.444959 6:+72284106 None:intergenic
ACATACAATATACTTATTGA+TGG 0.445423 6:-72283674 MsG0680033723.01.T01:CDS
GCATTGAAAGTGACAACATC+AGG 0.449262 6:+72284316 None:intergenic
TTTACACAATCCATTGATCA+AGG 0.450313 6:+72284504 None:intergenic
GGTCAATTGAAAGACGCCTT+TGG 0.452089 6:-72284268 MsG0680033723.01.T01:CDS
CAAATGTTGAGAAAGATTGA+TGG 0.457813 6:-72284457 MsG0680033723.01.T01:CDS
GGGAAATAGCAGTGGGGTAG+TGG 0.458014 6:+72284791 None:intergenic
ATCAATGGACTTTGTAAAGA+GGG 0.461474 6:-72283554 MsG0680033723.01.T01:CDS
GTGTTGAAAGTAACAATATC+AGG 0.462376 6:+72284736 None:intergenic
CAAAATTCATTTCACCAAGA+TGG 0.462708 6:+72284695 None:intergenic
AGAATTGTAAGTGAATATAT+CGG 0.463879 6:+72283790 None:intergenic
CTTTGGTTTGTTCCATGAGA+TGG 0.465443 6:-72284251 MsG0680033723.01.T01:CDS
ACATATAATATTATGATCAA+TGG 0.467026 6:-72283569 MsG0680033723.01.T01:CDS
ACCTATGGGACCTTGATCAA+TGG 0.477182 6:-72284514 MsG0680033723.01.T01:CDS
CAAGGAGAATCTCCTATGCT+TGG 0.477841 6:-72283850 MsG0680033723.01.T01:CDS
TTAAACACTATTTCTCAAAT+GGG 0.481071 6:-72284031 MsG0680033723.01.T01:CDS
AGGTTTGTGTCTTGATGGTA+AGG 0.482320 6:-72284599 MsG0680033723.01.T01:CDS
CAGAGGTATTACTCCTAATA+CGG 0.485888 6:-72283909 MsG0680033723.01.T01:CDS
AGTGGGGTAGTGGTTATTGT+TGG 0.486010 6:+72284801 None:intergenic
TGTAGTCAAGGTAATGGTAT+CGG 0.487119 6:+72284630 None:intergenic
TTGATGGTTTGTGCAAATCA+AGG 0.489890 6:-72283868 MsG0680033723.01.T01:CDS
GTTGATGAGATGCATGATAA+TGG 0.496398 6:-72283821 MsG0680033723.01.T01:CDS
TGCTAAAAGTATAAATATCC+GGG 0.501856 6:+72284212 None:intergenic
ATTGGTTGATGCTCTATGTA+AGG 0.504718 6:-72284188 MsG0680033723.01.T01:CDS
AATCTTGGCCAACATAGAAA+AGG 0.511130 6:+72284672 None:intergenic
CAATGGATTGTGTAAAATAG+GGG 0.515031 6:-72284497 MsG0680033723.01.T01:CDS
GATAAGTGTAGTCAAGGTAA+TGG 0.519791 6:+72284624 None:intergenic
CACTATTTCTCAAATGGGAG+TGG 0.519910 6:-72284026 MsG0680033723.01.T01:CDS
ACCTTGACTACACTTATCAA+AGG 0.536414 6:-72284619 MsG0680033723.01.T01:CDS
TTGTTAAATTCAATGATGGA+TGG 0.538459 6:+72284847 None:intergenic
TCATAAAGATGAGAATGAAA+AGG 0.539340 6:-72283435 MsG0680033723.01.T01:CDS
CAATAGCCTTGTCAACATGT+TGG 0.540118 6:+72283744 None:intergenic
TCAAGGTCCCATAGGTAACT+TGG 0.547054 6:+72284521 None:intergenic
GGTTATTGTTGGACTTAACA+AGG 0.547857 6:+72284812 None:intergenic
CATCTTTATGAAAGAGAGCA+AGG 0.551256 6:+72283447 None:intergenic
GATCAATGGACTTTGTAAAG+AGG 0.551340 6:-72283555 MsG0680033723.01.T01:CDS
TTGGCCAAGATTCTTAAGAT+GGG 0.555725 6:-72284661 MsG0680033723.01.T01:CDS
ACTTCGACCAAGTTACCTAT+GGG 0.555819 6:-72284528 MsG0680033723.01.T01:CDS
ACCTTTGATAAGTGTAGTCA+AGG 0.559951 6:+72284618 None:intergenic
CATTTCATTGAAGAGACTCA+AGG 0.564568 6:+72283937 None:intergenic
GTGTCTTGATGGTAAGGTCA+AGG 0.565038 6:-72284593 MsG0680033723.01.T01:CDS
TTGTAAGTGAATATATCGGC+TGG 0.569506 6:+72283794 None:intergenic
ACCTACAGTTCATTAATGGA+TGG 0.573928 6:-72284094 MsG0680033723.01.T01:CDS
GTTGATGCTCTATGTAAGGA+AGG 0.575458 6:-72284184 MsG0680033723.01.T01:CDS
GTTAAGAAAATTAAAGAACA+TGG 0.577638 6:-72283716 MsG0680033723.01.T01:CDS
AAATGTTGAGAAAGATTGAT+GGG 0.583920 6:-72284456 MsG0680033723.01.T01:CDS
TTCAATGAAATGCGTTGCAG+AGG 0.594091 6:-72283926 MsG0680033723.01.T01:CDS
CTTATTGATGGACTATGCAA+AGG 0.606117 6:-72283662 MsG0680033723.01.T01:CDS
GAAATCCAAGTGCAAGCACA+TGG 0.610248 6:+72284551 None:intergenic
TCCATCCATTAATGAACTGT+AGG 0.610511 6:+72284093 None:intergenic
ATCAACAAGTCCCCAAGCAT+AGG 0.616177 6:+72283838 None:intergenic
TCCATTGATCAAGGTCCCAT+AGG 0.616522 6:+72284513 None:intergenic
GTTATTGTTGGACTTAACAA+GGG 0.617790 6:+72284813 None:intergenic
AGGAGAATCTCCTATGCTTG+GGG 0.628584 6:-72283848 MsG0680033723.01.T01:CDS
ATTGATGGACTATGCAAAGG+AGG 0.642545 6:-72283659 MsG0680033723.01.T01:CDS
TAAAGATGAGAATGAAAAGG+CGG 0.653016 6:-72283432 MsG0680033723.01.T01:CDS
CATCTCATGGAACAAACCAA+AGG 0.673106 6:+72284252 None:intergenic
TAGTCAAGGTAATGGTATCG+GGG 0.694820 6:+72284632 None:intergenic
GGTATTAGAAAACAACAACC+CGG 0.698962 6:-72284230 MsG0680033723.01.T01:CDS
ACAACTCAAGAATGCACGAG+AGG 0.699111 6:-72283636 MsG0680033723.01.T01:CDS
GAAATTGGTCATGATCAATG+TGG 0.779033 6:-72284434 MsG0680033723.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ACATATAATATTATGATCAA+TGG - Chr6:72284681-72284700 MsG0680033723.01.T01:CDS 15.0%
!!! ATTGAATTTAACAAGATTTT+AGG - Chr6:72283412-72283431 MsG0680033723.01.T01:CDS 15.0%
!!! TATTTATACTTTTAGCATAT+TGG - Chr6:72284044-72284063 MsG0680033723.01.T01:CDS 15.0%
!! AATAGTGTTTAATACATGTT+TGG + Chr6:72284211-72284230 None:intergenic 20.0%
!! AATCTTGTTAAATTCAATGA+TGG + Chr6:72283410-72283429 None:intergenic 20.0%
!! ACATACAATATACTTATTGA+TGG - Chr6:72284576-72284595 MsG0680033723.01.T01:CDS 20.0%
!! AGAATTGTAAGTGAATATAT+CGG + Chr6:72284463-72284482 None:intergenic 20.0%
!! AGTTATAGTATCATGATTAA+TGG - Chr6:72284261-72284280 MsG0680033723.01.T01:CDS 20.0%
!! CATTTCAGAATATAATTCAT+AGG + Chr6:72283896-72283915 None:intergenic 20.0%
!! GTTAAGAAAATTAAAGAACA+TGG - Chr6:72284534-72284553 MsG0680033723.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATGCTAAAAGTATAAATATC+CGG + Chr6:72284042-72284061 None:intergenic 20.0%
!!! ATTAAACACTATTTCTCAAA+TGG - Chr6:72284218-72284237 MsG0680033723.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATTTATGGATTTTGCATTAT+TGG - Chr6:72283961-72283980 MsG0680033723.01.T01:CDS 20.0%
!!! TATTTCCCTTTTTTATCAAT+TGG - Chr6:72283474-72283493 MsG0680033723.01.T01:CDS 20.0%
!!! TGGATTTTGTAAGATTAAAA+TGG - Chr6:72284281-72284300 MsG0680033723.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTAAACACTATTTCTCAAAT+GGG - Chr6:72284219-72284238 MsG0680033723.01.T01:CDS 20.0%
! AAATGTTGAGAAAGATTGAT+GGG - Chr6:72283794-72283813 MsG0680033723.01.T01:CDS 25.0%
! ACTTTCAATGCTCTAATTTA+TGG - Chr6:72283946-72283965 MsG0680033723.01.T01:CDS 25.0%
! GAGTTCCAATTGATAAAAAA+GGG + Chr6:72283482-72283501 None:intergenic 25.0%
! GATAAGAGTTTCATAAGTTA+CGG + Chr6:72284784-72284803 None:intergenic 25.0%
! TCATAAAGATGAGAATGAAA+AGG - Chr6:72284815-72284834 MsG0680033723.01.T01:CDS 25.0%
! TGAGTTCCAATTGATAAAAA+AGG + Chr6:72283483-72283502 None:intergenic 25.0%
!! ATTAATTGTTATTGCCATCT+TGG - Chr6:72283541-72283560 MsG0680033723.01.T01:CDS 25.0%
!! TGCTAAAAGTATAAATATCC+GGG + Chr6:72284041-72284060 None:intergenic 25.0%
!! TTGTTAAATTCAATGATGGA+TGG + Chr6:72283406-72283425 None:intergenic 25.0%
!!! ATCAATGGATTGTGTAAAAT+AGG - Chr6:72283751-72283770 MsG0680033723.01.T01:CDS 25.0%
!!! TCAATGGATTGTGTAAAATA+GGG - Chr6:72283752-72283771 MsG0680033723.01.T01:CDS 25.0%
ACATACAATTCTCTCATTGA+TGG - Chr6:72284366-72284385 MsG0680033723.01.T01:CDS 30.0%
ATAAAAAAGGGAAATAGCAG+TGG + Chr6:72283470-72283489 None:intergenic 30.0%
ATAACCCATCTTAAGAATCT+TGG + Chr6:72283596-72283615 None:intergenic 30.0%
ATATTGTATGTGCACATATC+TGG + Chr6:72284567-72284586 None:intergenic 30.0%
ATGTATAGCACAATCATTGA+TGG - Chr6:72283841-72283860 MsG0680033723.01.T01:CDS 30.0%
CAAAATTCATTTCACCAAGA+TGG + Chr6:72283558-72283577 None:intergenic 30.0%
CAAATGTTGAGAAAGATTGA+TGG - Chr6:72283793-72283812 MsG0680033723.01.T01:CDS 30.0%
CCTAGTTAACGAAGTTATTA+AGG - Chr6:72284185-72284204 MsG0680033723.01.T01:CDS 30.0%
CCTTAATAACTTCGTTAACT+AGG + Chr6:72284188-72284207 None:intergenic 30.0%
GAATTGTATGTTACCGTATT+AGG + Chr6:72284357-72284376 None:intergenic 30.0%
GTGTTGAAAGTAACAATATC+AGG + Chr6:72283517-72283536 None:intergenic 30.0%
GTTATTGTTGGACTTAACAA+GGG + Chr6:72283440-72283459 None:intergenic 30.0%
TAAAAAAGGGAAATAGCAGT+GGG + Chr6:72283469-72283488 None:intergenic 30.0%
TAAAGATGAGAATGAAAAGG+CGG - Chr6:72284818-72284837 MsG0680033723.01.T01:CDS 30.0%
TGTTACCTACAGTTCATTAA+TGG - Chr6:72284152-72284171 MsG0680033723.01.T01:CDS 30.0%
TTTACACAATCCATTGATCA+AGG + Chr6:72283749-72283768 None:intergenic 30.0%
! ATAGCTGTGATGATGAAAAA+AGG - Chr6:72284114-72284133 MsG0680033723.01.T01:CDS 30.0%
! ATCAATGGACTTTGTAAAGA+GGG - Chr6:72284696-72284715 MsG0680033723.01.T01:CDS 30.0%
! GAATTTTGCCTTTTCTATGT+TGG - Chr6:72283570-72283589 MsG0680033723.01.T01:CDS 30.0%
! TGTTTTCTAATACCATCTCA+TGG + Chr6:72284014-72284033 None:intergenic 30.0%
! TTTCAGGATCTTTTGCTTAA+GGG - Chr6:72284639-72284658 MsG0680033723.01.T01:CDS 30.0%
!! CAATGGATTGTGTAAAATAG+GGG - Chr6:72283753-72283772 MsG0680033723.01.T01:CDS 30.0%
!! TTTTCAGGATCTTTTGCTTA+AGG - Chr6:72284638-72284657 MsG0680033723.01.T01:CDS 30.0%
AAAAAAGGGAAATAGCAGTG+GGG + Chr6:72283468-72283487 None:intergenic 35.0%
AATCTTGGCCAACATAGAAA+AGG + Chr6:72283581-72283600 None:intergenic 35.0%
ACCTACAGTTCATTAATGGA+TGG - Chr6:72284156-72284175 MsG0680033723.01.T01:CDS 35.0%
ACCTTGACTACACTTATCAA+AGG - Chr6:72283631-72283650 MsG0680033723.01.T01:CDS 35.0%
ACCTTTGATAAGTGTAGTCA+AGG + Chr6:72283635-72283654 None:intergenic 35.0%
ATCAAAGGTTTGTGTCTTGA+TGG - Chr6:72283646-72283665 MsG0680033723.01.T01:CDS 35.0%
CAAAAACCAACATGTTGACA+AGG - Chr6:72284500-72284519 MsG0680033723.01.T01:CDS 35.0%
CATCTTTATGAAAGAGAGCA+AGG + Chr6:72284806-72284825 None:intergenic 35.0%
CATTTCATTGAAGAGACTCA+AGG + Chr6:72284316-72284335 None:intergenic 35.0%
GAAATTGGTCATGATCAATG+TGG - Chr6:72283816-72283835 MsG0680033723.01.T01:CDS 35.0%
GAGAAAGATTGATGGGAAAT+TGG - Chr6:72283801-72283820 MsG0680033723.01.T01:CDS 35.0%
GATAAGTGTAGTCAAGGTAA+TGG + Chr6:72283629-72283648 None:intergenic 35.0%
GGTATTAGAAAACAACAACC+CGG - Chr6:72284020-72284039 MsG0680033723.01.T01:CDS 35.0%
GGTTATTGTTGGACTTAACA+AGG + Chr6:72283441-72283460 None:intergenic 35.0%
GTTTCATAAGTTACGGCATT+AGG + Chr6:72284777-72284796 None:intergenic 35.0%
TCCATCCATTAATGAACTGT+AGG + Chr6:72284160-72284179 None:intergenic 35.0%
TTGGCCAAGATTCTTAAGAT+GGG - Chr6:72283589-72283608 MsG0680033723.01.T01:CDS 35.0%
TTGTAAGTGAATATATCGGC+TGG + Chr6:72284459-72284478 None:intergenic 35.0%
TTGTCAAAAATGGAGGACAA+TGG - Chr6:72284744-72284763 MsG0680033723.01.T01:CDS 35.0%
! ATTGGTTGATGCTCTATGTA+AGG - Chr6:72284062-72284081 MsG0680033723.01.T01:CDS 35.0%
! GATCAATGGACTTTGTAAAG+AGG - Chr6:72284695-72284714 MsG0680033723.01.T01:CDS 35.0%
! GTTGATGAGATGCATGATAA+TGG - Chr6:72284429-72284448 MsG0680033723.01.T01:CDS 35.0%
! TGTAGTCAAGGTAATGGTAT+CGG + Chr6:72283623-72283642 None:intergenic 35.0%
! TTGATGGTTTGTGCAAATCA+AGG - Chr6:72284382-72284401 MsG0680033723.01.T01:CDS 35.0%
!! CAGAGGTATTACTCCTAATA+CGG - Chr6:72284341-72284360 MsG0680033723.01.T01:CDS 35.0%
!! CTTATTGATGGACTATGCAA+AGG - Chr6:72284588-72284607 MsG0680033723.01.T01:CDS 35.0%
AAGGAGAATCTCCTATGCTT+GGG - Chr6:72284401-72284420 MsG0680033723.01.T01:CDS 40.0%
ACTTCGACCAAGTTACCTAT+GGG - Chr6:72283722-72283741 MsG0680033723.01.T01:CDS 40.0%
CATCTCATGGAACAAACCAA+AGG + Chr6:72284001-72284020 None:intergenic 40.0%
GAACTGTAGGTAACAACATC+TGG + Chr6:72284147-72284166 None:intergenic 40.0%
GCATTGAAAGTGACAACATC+AGG + Chr6:72283937-72283956 None:intergenic 40.0%
GTTGATGCTCTATGTAAGGA+AGG - Chr6:72284066-72284085 MsG0680033723.01.T01:CDS 40.0%
GTTGGCCAAGATTCTTAAGA+TGG - Chr6:72283588-72283607 MsG0680033723.01.T01:CDS 40.0%
TTCAATGAAATGCGTTGCAG+AGG - Chr6:72284324-72284343 MsG0680033723.01.T01:CDS 40.0%
! AGGTTTGTGTCTTGATGGTA+AGG - Chr6:72283651-72283670 MsG0680033723.01.T01:CDS 40.0%
! CACTATTTCTCAAATGGGAG+TGG - Chr6:72284224-72284243 MsG0680033723.01.T01:CDS 40.0%
! GTAGTCAAGGTAATGGTATC+GGG + Chr6:72283622-72283641 None:intergenic 40.0%
! TAGTCAAGGTAATGGTATCG+GGG + Chr6:72283621-72283640 None:intergenic 40.0%
!! AGCCTTGTTGTCAAAAATGG+AGG - Chr6:72284737-72284756 MsG0680033723.01.T01:CDS 40.0%
!! ATTGATGGACTATGCAAAGG+AGG - Chr6:72284591-72284610 MsG0680033723.01.T01:CDS 40.0%
!! CAATAGCCTTGTCAACATGT+TGG + Chr6:72284509-72284528 None:intergenic 40.0%
!! CTTTGGTTTGTTCCATGAGA+TGG - Chr6:72283999-72284018 MsG0680033723.01.T01:CDS 40.0%
!! GCAAGCCTTGTTGTCAAAAA+TGG - Chr6:72284734-72284753 MsG0680033723.01.T01:CDS 40.0%
!! GTCCTCCATTTTTGACAACA+AGG + Chr6:72284742-72284761 None:intergenic 40.0%
ACAACTCAAGAATGCACGAG+AGG - Chr6:72284614-72284633 MsG0680033723.01.T01:CDS 45.0%
ACCTATGGGACCTTGATCAA+TGG - Chr6:72283736-72283755 MsG0680033723.01.T01:CDS 45.0%
AGGAGAATCTCCTATGCTTG+GGG - Chr6:72284402-72284421 MsG0680033723.01.T01:CDS 45.0%
ATCAACAAGTCCCCAAGCAT+AGG + Chr6:72284415-72284434 None:intergenic 45.0%
CAAGGAGAATCTCCTATGCT+TGG - Chr6:72284400-72284419 MsG0680033723.01.T01:CDS 45.0%
CACTTCGACCAAGTTACCTA+TGG - Chr6:72283721-72283740 MsG0680033723.01.T01:CDS 45.0%
GAAATCCAAGTGCAAGCACA+TGG + Chr6:72283702-72283721 None:intergenic 45.0%
GGTCAATTGAAAGACGCCTT+TGG - Chr6:72283982-72284001 MsG0680033723.01.T01:CDS 45.0%
TCAAGGTCCCATAGGTAACT+TGG + Chr6:72283732-72283751 None:intergenic 45.0%
TCCATTGATCAAGGTCCCAT+AGG + Chr6:72283740-72283759 None:intergenic 45.0%
! AGTGGGGTAGTGGTTATTGT+TGG + Chr6:72283452-72283471 None:intergenic 45.0%
! GAATGCACGAGAGGTTTTTC+AGG - Chr6:72284623-72284642 MsG0680033723.01.T01:CDS 45.0%
! GTGTCTTGATGGTAAGGTCA+AGG - Chr6:72283657-72283676 MsG0680033723.01.T01:CDS 45.0%
CATGACCATGTGCTTGCACT+TGG - Chr6:72283694-72283713 MsG0680033723.01.T01:CDS 50.0%
GGGAAATAGCAGTGGGGTAG+TGG + Chr6:72283462-72283481 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 72283391 72284881 72283391 ID=MsG0680033723.01;Name=MsG0680033723.01
Chr6 mRNA 72283391 72284881 72283391 ID=MsG0680033723.01.T01;Parent=MsG0680033723.01;Name=MsG0680033723.01.T01;_AED=0.42;_eAED=0.42;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|496
Chr6 exon 72283391 72284881 72283391 ID=MsG0680033723.01.T01:exon:4230;Parent=MsG0680033723.01.T01
Chr6 CDS 72283391 72284881 72283391 ID=MsG0680033723.01.T01:cds;Parent=MsG0680033723.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680033723.01.T01

ATGCGTCATACTCCATCCATCATTGAATTTAACAAGATTTTAGGTTCCCTTGTTAAGTCCAACAATAACCACTACCCCACTGCTATTTCCCTTTTTTATCAATTGGAACTCAATCGAGTTACGCCTGATATTGTTACTTTCAACACTGTCATTAATTGTTATTGCCATCTTGGTGAAATGAATTTTGCCTTTTCTATGTTGGCCAAGATTCTTAAGATGGGTTATCACCCCGATACCATTACCTTGACTACACTTATCAAAGGTTTGTGTCTTGATGGTAAGGTCAAGGAAGCTCTTCACTTTCATGACCATGTGCTTGCACTTGGATTTCACTTCGACCAAGTTACCTATGGGACCTTGATCAATGGATTGTGTAAAATAGGGGAAACAAGAGCTGCTTTGCAAATGTTGAGAAAGATTGATGGGAAATTGGTCATGATCAATGTGGTAATGTATAGCACAATCATTGATGGTTTGTGTAAAGATAAACATGTATCTGATGCCTATGAATTATATTCTGAAATGACTGCAAAGAAAATTTATCCTGATGTTGTCACTTTCAATGCTCTAATTTATGGATTTTGCATTATTGGTCAATTGAAAGACGCCTTTGGTTTGTTCCATGAGATGGTATTAGAAAACAACAACCCGGATATTTATACTTTTAGCATATTGGTTGATGCTCTATGTAAGGAAGGAAAGATGAAAGAAGCTAAAAGTGTGATAGCTGTGATGATGAAAAAAGGTGTGATACCAGATGTTGTTACCTACAGTTCATTAATGGATGGATATTGCCTAGTTAACGAAGTTATTAAGGCCAAACATGTATTAAACACTATTTCTCAAATGGGAGTGGCTCATGATGCTCATAGTTATAGTATCATGATTAATGGATTTTGTAAGATTAAAATGGTTGATAAAGCCTTGAGTCTCTTCAATGAAATGCGTTGCAGAGGTATTACTCCTAATACGGTAACATACAATTCTCTCATTGATGGTTTGTGCAAATCAAGGAGAATCTCCTATGCTTGGGGACTTGTTGATGAGATGCATGATAATGGTCAACCAGCCGATATATTCACTTACAATTCTTTAATAGATGCTTTATGCAAAAACCAACATGTTGACAAGGCTATTGCATTAGTTAAGAAAATTAAAGAACATGGCATTCAACCAGATATGTGCACATACAATATACTTATTGATGGACTATGCAAAGGAGGACAACTCAAGAATGCACGAGAGGTTTTTCAGGATCTTTTGCTTAAGGGTTATAGTCTAGATATTCGAACATATAATATTATGATCAATGGACTTTGTAAAGAGGGTTTGATTGATGAAGTGCAAGCCTTGTTGTCAAAAATGGAGGACAATGGTATCATTCCTAATGCCGTAACTTATGAAACTCTTATCCTTGCTCTCTTTCATAAAGATGAGAATGAAAAGGCGGAGAAACTTCTTCGTGAAATGATTTCTAGAGCTCTACTTTAA
Protein sequence

>MsG0680033723.01.T01

MRHTPSIIEFNKILGSLVKSNNNHYPTAISLFYQLELNRVTPDIVTFNTVINCYCHLGEMNFAFSMLAKILKMGYHPDTITLTTLIKGLCLDGKVKEALHFHDHVLALGFHFDQVTYGTLINGLCKIGETRAALQMLRKIDGKLVMINVVMYSTIIDGLCKDKHVSDAYELYSEMTAKKIYPDVVTFNALIYGFCIIGQLKDAFGLFHEMVLENNNPDIYTFSILVDALCKEGKMKEAKSVIAVMMKKGVIPDVVTYSSLMDGYCLVNEVIKAKHVLNTISQMGVAHDAHSYSIMINGFCKIKMVDKALSLFNEMRCRGITPNTVTYNSLIDGLCKSRRISYAWGLVDEMHDNGQPADIFTYNSLIDALCKNQHVDKAIALVKKIKEHGIQPDMCTYNILIDGLCKGGQLKNAREVFQDLLLKGYSLDIRTYNIMINGLCKEGLIDEVQALLSKMEDNGIIPNAVTYETLILALFHKDENEKAEKLLREMISRALL*