AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780039098.01

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MsG0780039098.01.T01 AT1G80080 30.802 237 116 8 21 212 159 392 8.69e-12 65.5
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MsG0780039098.01.T01 AT3G53240 30.435 230 130 5 46 271 87 290 7.78e-11 63.2
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MsG0780039098.01.T01 AT5G07180 29.675 246 152 9 15 253 43 274 7.66e-11 63.2
MsG0780039098.01.T01 AT5G51350 29.555 247 160 8 23 264 203 440 2.03e-11 64.7
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MsG0780039098.01.T01 AT5G01890 30.594 219 146 6 17 235 137 349 5.81e-11 63.5
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MsG0780039098.01.T01 AT1G17230 25.000 304 156 6 21 255 259 559 4.45e-11 63.9
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MsG0780039098.01.T01 AT5G27060 29.000 300 170 8 4 261 536 834 2.28e-11 64.7
MsG0780039098.01.T01 AT1G09970 29.084 251 147 7 22 270 98 319 2.31e-11 64.7
MsG0780039098.01.T01 AT1G09970 28.692 237 158 8 26 260 200 427 6.75e-11 63.2
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MsG0780039098.01.T01 AT1G55610 27.917 240 166 6 21 257 351 586 8.87e-11 62.8
MsG0780039098.01.T01 AT3G25010 28.295 258 158 6 21 255 508 761 9.66e-11 62.8

Find 46 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 192 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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ATTGCTTCCATTTATCATAT+TGG 0.293031 7:+57915463 None:intergenic
TCGAACCTTAAGTTCATCTT+TGG 0.297818 7:-57914579 MsG0780039098.01.T01:CDS
GTGAAATAGGGAATTCAAAT+TGG 0.307783 7:+57914622 None:intergenic
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ATCGATCTAGTTGTTCATAA+AGG 0.365978 7:-57915956 MsG0780039098.01.T01:intron
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TTTAAAGGGACAATTCTTGA+TGG 0.422423 7:-57915380 MsG0780039098.01.T01:CDS
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ATGAATGGTACACTTCCAAT+TGG 0.477827 7:-57914990 MsG0780039098.01.T01:CDS
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TTGGAATACTTAGTATTGGA+TGG 0.482643 7:-57915095 MsG0780039098.01.T01:CDS
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TTCATATTTGGTGTGAATCA+AGG 0.492379 7:+57914538 None:intergenic
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GAGATGTGGAAGACCACTTA+GGG 0.496061 7:+57918410 None:intergenic
GAAGTGGAACTTGCAAGGTT+AGG 0.497731 7:+57914672 None:intergenic
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ATCAAGATATTCAAGTGAAG+TGG 0.505728 7:+57914656 None:intergenic
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GTGCAAGACTGTGGGATGAA+TGG 0.551247 7:-57915005 MsG0780039098.01.T01:CDS
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AAGTAAGATTCCTAATAGAT+GGG 0.556171 7:+57915417 None:intergenic
CAAGTGAAGTGGAACTTGCA+AGG 0.558004 7:+57914667 None:intergenic
ATCATGGATTTAGATTTGCA+TGG 0.570567 7:-57918494 MsG0780039098.01.T01:CDS
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AAAGGGACAATTCTTGATGG+AGG 0.584920 7:-57915377 MsG0780039098.01.T01:intron
AAGTCAAGAGATTTGAGATG+TGG 0.586859 7:+57918396 None:intergenic
AATGGATCGCTAGATATCAC+CGG 0.607661 7:-57918357 MsG0780039098.01.T01:intron
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CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
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!! TTTTGGCTAAACTGCAACTT+TGG + Chr7:57916651-57916670 None:intergenic 35.0%
!!! CTTTTTTGTGTAGGTTTTCG+TGG - Chr7:57917939-57917958 MsG0780039098.01.T01:intron 35.0%
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AAACTCTAGGCATAGGCTTC+TGG + Chr7:57917190-57917209 None:intergenic 45.0%
AAAGTTGACAATCCTGCAGG+AGG + Chr7:57917051-57917070 None:intergenic 45.0%
ACCTACACAAAAAAGGGGGA+TGG + Chr7:57917934-57917953 None:intergenic 45.0%
CAAGTGAAGTGGAACTTGCA+AGG + Chr7:57918403-57918422 None:intergenic 45.0%
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GAGATGTGGAAGACCACTTA+GGG + Chr7:57914660-57914679 None:intergenic 45.0%
GCAAAGGGGCTAAAACATAG+AGG + Chr7:57915030-57915049 None:intergenic 45.0%
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TTAACGGCCAACTGCTTGAA+TGG - Chr7:57916727-57916746 MsG0780039098.01.T01:intron 45.0%
! ATTCATGTTACAGAGGGTGC+CGG - Chr7:57917291-57917310 MsG0780039098.01.T01:intron 45.0%
! GTTTTGTCTGTGCAAGACTG+TGG - Chr7:57918053-57918072 MsG0780039098.01.T01:intron 45.0%
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!!! ATTTTAAAAATTAACATTAT+AGG + Chr7:57917814-57917833 None:intergenic 5.0%
!!! CTTTTTAAAAAAAAAAAAAT+CGG - Chr7:57914926-57914945 MsG0780039098.01.T01:intron 5.0%
AGGCATAGGCTTCTGGTAGA+GGG + Chr7:57917183-57917202 None:intergenic 50.0%
GTGCAAGACTGTGGGATGAA+TGG - Chr7:57918062-57918081 MsG0780039098.01.T01:intron 50.0%
TAGGCATAGGCTTCTGGTAG+AGG + Chr7:57917184-57917203 None:intergenic 50.0%
! TTGACTGGTCAACACCCATG+TGG - Chr7:57915073-57915092 MsG0780039098.01.T01:CDS 50.0%
ACCCATGTGGCATGCCACAT+GGG - Chr7:57915086-57915105 MsG0780039098.01.T01:CDS 55.0%
ACCCATGTGGCATGCCACAT+GGG + Chr7:57915105-57915086 None:intergenic 55.0%
TACCCATGTGGCATGCCACA+TGG - Chr7:57916503-57916522 MsG0780039098.01.T01:intron 55.0%
TACCCATGTGGCATGCCACA+TGG + Chr7:57916522-57916503 None:intergenic 55.0%
AGCCCATGTGGCATGCCACA+TGG + Chr7:57916509-57916528 None:intergenic 60.0%
CACCCATGTGGCATGCCACA+TGG - Chr7:57915085-57915104 MsG0780039098.01.T01:CDS 60.0%
GCCCATGTGGCATGCCACAT+GGG + Chr7:57916508-57916527 None:intergenic 60.0%
! AGGCTTCTGGTAGAGGGTGC+CGG + Chr7:57917177-57917196 None:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 57914539 57918550 57914539 ID=MsG0780039098.01;Name=MsG0780039098.01
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Chr7 CDS 57914539 57914834 57914539 ID=MsG0780039098.01.T01:cds;Parent=MsG0780039098.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780039098.01.T01

ATGTTCTCAATTTTATTTATTTTTTTATCAGAGAATCATGGATTTAGATTTGCATGGCCGTCCAGCTTACAAGTTCTTTCGTTGAGCTACAACAGTTTGAGTAACAACATTATTTCATCCCTAAGTGGTCTTCCACATCTCAAATCTCTTGACTTAAGTTACAACAACTTGAATGGATCGCTAGATATCACCGGATTGTCAACTTTAACAAGCTTGAAGATTCTCGATTTTAACGAGAATCAATTAATCGATCTAGTTGTTCATAAAGGTTCAAAAAATTTAAGCAGATTGGATATTCTGTATTTAGATTCCAATATGATAAATGGAAGCAATCTACAAGAGTGGTTATGGGCTTTCCCATCTATTAGGAATCTTACTTTGAGATATAACGAGTTTAAAGGGACAATTCTTGATGGAGGTTTTCGTGGTTTAAGAAATTTGGAATACTTAGTATTGGATGGAAGTTCTAACTTACAAAATGAGTTTTTCAAAAGTATTGGAGACTTGCCTTCTTTAAAAGTTTTGTCTGTGCAAGACTGTGGGATGAATGGTACACTTCCAATTGGAGATTGGTATAAGCTTAAGAAGTTGGAAGAGTTAGATCTATCAGGCAATGAATTTGTGGGGAAATTCCCGTCATCTTTTTTCAATATGACATCACTTCGGACTTTGAAACTTACTGATAATCACTTTATTGGTAAAATTGCTCCTAACCTTGCAAGTTCCACTTCACTTGAATATCTTGATTTTGAAGGAAACCAATTTGAATTCCCTATTTCACTAACACAATTTTACAATCATTCGAACCTTAAGTTCATCTTTGGTAATGGGAACAAAGTCATCCTTGATTCACACCAAATATGA
Protein sequence

>MsG0780039098.01.T01

MFSILFIFLSENHGFRFAWPSSLQVLSLSYNSLSNNIISSLSGLPHLKSLDLSYNNLNGSLDITGLSTLTSLKILDFNENQLIDLVVHKGSKNLSRLDILYLDSNMINGSNLQEWLWAFPSIRNLTLRYNEFKGTILDGGFRGLRNLEYLVLDGSSNLQNEFFKSIGDLPSLKVLSVQDCGMNGTLPIGDWYKLKKLEELDLSGNEFVGKFPSSFFNMTSLRTLKLTDNHFIGKIAPNLASSTSLEYLDFEGNQFEFPISLTQFYNHSNLKFIFGNGNKVILDSHQI*