AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780041104.01

Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0780041104.01.T01 MTR_7g104290 73.993 273 17 2 15 233 76 348 4.97e-125 358
MsG0780041104.01.T01 MTR_7g104300 73.723 274 17 2 15 233 76 349 1.64e-124 357
MsG0780041104.01.T01 MTR_7g006080 39.918 243 92 2 18 206 74 316 3.10e-54 177
MsG0780041104.01.T01 MTR_7g006100 51.724 87 42 0 19 105 274 360 9.88e-25 102
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0780041104.01.T01 AT3G59310 36.293 259 113 1 18 224 74 332 2.79e-52 172
MsG0780041104.01.T01 AT3G59340 39.111 225 85 1 19 191 105 329 9.45e-51 169
MsG0780041104.01.T01 AT3G59340 39.111 225 85 1 19 191 105 329 9.45e-51 169
MsG0780041104.01.T01 AT3G59340 39.111 225 85 1 19 191 105 329 9.45e-51 169
MsG0780041104.01.T01 AT3G59340 38.938 226 86 1 18 191 77 302 1.35e-50 168
MsG0780041104.01.T01 AT3G59310 45.304 181 92 2 18 198 74 247 1.68e-50 168
MsG0780041104.01.T01 AT3G59310 37.759 241 116 2 18 224 74 314 6.07e-50 166
MsG0780041104.01.T01 AT3G59330 48.227 141 73 0 17 157 98 238 3.35e-45 152
MsG0780041104.01.T01 AT3G59330 48.571 140 72 0 18 157 90 229 5.12e-45 151
MsG0780041104.01.T01 AT3G59330 47.368 152 78 1 17 166 98 249 4.03e-44 149
MsG0780041104.01.T01 AT3G59320 35.094 265 108 3 17 229 74 326 8.37e-40 140
MsG0780041104.01.T01 AT3G59320 32.911 237 95 3 45 229 1 225 5.68e-29 109

Find 48 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 166 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CACTTTCACCATTAAGTATT+TGG 0.123877 7:+86627299 None:intergenic
GTTACCATGCTTGGTGTTTA+TGG 0.168778 7:-86628678 MsG0780041104.01.T01:CDS
TGATGCTCAGGGGTGTTATT+TGG 0.210435 7:-86629308 MsG0780041104.01.T01:CDS
TCCTTACTGTGCAGGTTTCT+TGG 0.236108 7:-86629357 MsG0780041104.01.T01:intron
ACAGAATACCAAATACTTAA+TGG 0.248335 7:-86627307 MsG0780041104.01.T01:CDS
GACTCTTGGGTTGGTGGTGG+TGG 0.297507 7:-86629017 MsG0780041104.01.T01:CDS
TGGTATTGGTATTTGTTACT+AGG 0.299647 7:-86629337 MsG0780041104.01.T01:CDS
ACCAATGGCCACAACTAAAA+AGG 0.300199 7:+86627533 None:intergenic
TAGTCCTACTTTCTGACTCT+TGG 0.300530 7:-86629031 MsG0780041104.01.T01:CDS
CTGTGCAGGTTTCTTGGTAT+TGG 0.310471 7:-86629351 MsG0780041104.01.T01:intron
AGTTACTAGTGTAACATTAC+TGG 0.316958 7:-86629162 MsG0780041104.01.T01:CDS
GGTGATGTACTTGTTATTGT+AGG 0.337651 7:-86628886 MsG0780041104.01.T01:CDS
AGTCCTACTTTCTGACTCTT+GGG 0.351348 7:-86629030 MsG0780041104.01.T01:CDS
GATGCTCAGGGGTGTTATTT+GGG 0.354614 7:-86629307 MsG0780041104.01.T01:intron
TCTTGGGTTGGTGGTGGTGG+AGG 0.406577 7:-86629014 MsG0780041104.01.T01:intron
CTTTCTGACTCTTGGGTTGG+TGG 0.413315 7:-86629023 MsG0780041104.01.T01:CDS
CTACTTTCTGACTCTTGGGT+TGG 0.442810 7:-86629026 MsG0780041104.01.T01:CDS
TGTTAATATTTCAGGTGGAT+TGG 0.451259 7:-86627569 MsG0780041104.01.T01:intron
AGATATTCCCTATGGCAGTT+AGG 0.452883 7:-86629086 MsG0780041104.01.T01:CDS
AGACTCTGAAATCAATCAAA+TGG 0.464098 7:-86628442 MsG0780041104.01.T01:CDS
GTGATGTACTTGTTATTGTA+GGG 0.464171 7:-86628885 MsG0780041104.01.T01:CDS
TCTGACTCTTGGGTTGGTGG+TGG 0.470842 7:-86629020 MsG0780041104.01.T01:CDS
CTACTCACATGGATCTTCCT+TGG 0.475337 7:-86629113 MsG0780041104.01.T01:CDS
GGAGGAACACTCTGTGTACT+TGG 0.490779 7:-86629062 MsG0780041104.01.T01:CDS
TGGACTGTTGGACAGTACCT+TGG 0.500284 7:-86629142 MsG0780041104.01.T01:CDS
CGCAATAAGCAATGTTGTTG+AGG 0.508494 7:-86628851 MsG0780041104.01.T01:intron
GGACTGTTGGACAGTACCTT+GGG 0.513919 7:-86629141 MsG0780041104.01.T01:CDS
TTCCTCCACCTAACTGCCAT+AGG 0.526077 7:+86629078 None:intergenic
CTTGGGTAATTCTACTCACA+TGG 0.528315 7:-86629124 MsG0780041104.01.T01:CDS
TCCTCAGTAGTAGCTGATGC+AGG 0.537140 7:+86627343 None:intergenic
TTGGCACAAGATATTCCCTA+TGG 0.540600 7:-86629094 MsG0780041104.01.T01:CDS
AATGATTCTTTAGCTTCATG+AGG 0.544124 7:-86627256 None:intergenic
GTGTAACATTACTGGACTGT+TGG 0.549286 7:-86629154 MsG0780041104.01.T01:CDS
GTTGAAGCAGTTACCATGCT+TGG 0.558634 7:-86628687 MsG0780041104.01.T01:CDS
GAAAGTGATTGTTGATGTGA+GGG 0.569647 7:+86630213 None:intergenic
ACACTTCAATAGCAGTAACT+AGG 0.574085 7:+86628652 None:intergenic
ATGATTCTTTAGCTTCATGA+GGG 0.580070 7:-86627255 None:intergenic
TCCCTATGGCAGTTAGGTGG+AGG 0.580943 7:-86629080 MsG0780041104.01.T01:CDS
TCCTCCACCTAACTGCCATA+GGG 0.599929 7:+86629079 None:intergenic
TGAAAGTGATTGTTGATGTG+AGG 0.600004 7:+86630212 None:intergenic
AGAATAAATGATGAGACCAA+TGG 0.602099 7:+86627518 None:intergenic
TATTCCCTATGGCAGTTAGG+TGG 0.603065 7:-86629083 MsG0780041104.01.T01:CDS
GAATCCATAAACACCAAGCA+TGG 0.605054 7:+86628674 None:intergenic
TGATGTGAGGGATGATGTCA+AGG 0.615911 7:+86630225 None:intergenic
CAACCCAAGAGTCAGAAAGT+AGG 0.624613 7:+86629027 None:intergenic
TCCTGCATCAGCTACTACTG+AGG 0.630475 7:-86627344 MsG0780041104.01.T01:CDS
ATAGGGAATATCTTGTGCCA+AGG 0.633044 7:+86629096 None:intergenic
CATGTGAGTAGAATTACCCA+AGG 0.694773 7:+86629125 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAATTAATACATATTACTTA+TGG + Chr7:86627386-86627405 None:intergenic 10.0%
!! AATTATAGTTACAATTATAA+AGG + Chr7:86630056-86630075 None:intergenic 10.0%
!! TAAATTAGAATAATAGTATT+TGG + Chr7:86628956-86628975 None:intergenic 10.0%
!!! ATAAAATTTTGAATCTAAAA+AGG + Chr7:86628520-86628539 None:intergenic 10.0%
!!! TGTATTTAATTTCTAATTTA+TGG - Chr7:86629118-86629137 MsG0780041104.01.T01:CDS 10.0%
!! TATTTCATTATAACAACAAT+GGG + Chr7:86627654-86627673 None:intergenic 15.0%
!! TTAACAAAGAAATAAGATAT+TGG - Chr7:86627681-86627700 MsG0780041104.01.T01:intron 15.0%
!! TTATTTCATTATAACAACAA+TGG + Chr7:86627655-86627674 None:intergenic 15.0%
!!! AAATTTAAATCATTTAGCTT+TGG - Chr7:86629348-86629367 MsG0780041104.01.T01:intron 15.0%
!!! AGTCAGAAAAAATATTTTAT+AGG - Chr7:86629654-86629673 MsG0780041104.01.T01:intron 15.0%
!!! GTCAGAAAAAATATTTTATA+GGG - Chr7:86629655-86629674 MsG0780041104.01.T01:intron 15.0%
!!! TTCTGTTTTATAATATTGAT+TGG - Chr7:86628984-86629003 MsG0780041104.01.T01:intron 15.0%
!! AAAAAAACTAGAATATACTG+TGG - Chr7:86628233-86628252 MsG0780041104.01.T01:intron 20.0%
!! AAAATCATGTTACTAACTAT+TGG - Chr7:86630093-86630112 MsG0780041104.01.T01:intron 20.0%
!! AACCAAACTAGAATAATATT+TGG + Chr7:86628903-86628922 None:intergenic 20.0%
!! AAGTAACAAAAACATTAAGA+AGG + Chr7:86628866-86628885 None:intergenic 20.0%
!! AATCAAAACTTAGCTTATAA+TGG + Chr7:86630026-86630045 None:intergenic 20.0%
!! ACTAGAATAATATTTGGTAT+TGG + Chr7:86628897-86628916 None:intergenic 20.0%
!! ATTATGGGTAAAGATAATTA+TGG + Chr7:86627350-86627369 None:intergenic 20.0%
!! TTCAATTATGAAATGTTACT+TGG - Chr7:86628924-86628943 MsG0780041104.01.T01:intron 20.0%
!!! GTATGTTTGTTTTTTACATT+TGG - Chr7:86630000-86630019 MsG0780041104.01.T01:intron 20.0%
!!! GTCAGTTTTAATATCATTTT+AGG - Chr7:86629090-86629109 MsG0780041104.01.T01:CDS 20.0%
!!! TACCAAATATTATTCTAGTT+TGG - Chr7:86628898-86628917 MsG0780041104.01.T01:CDS 20.0%
!!! TATTGGACATTTTTCAATAA+TGG - Chr7:86627698-86627717 MsG0780041104.01.T01:intron 20.0%
!!! TTACTTTGTTATTTTTTTCC+TGG - Chr7:86627863-86627882 MsG0780041104.01.T01:intron 20.0%
!!! TTATAGCTTTTAGAAAATCA+TGG - Chr7:86629564-86629583 MsG0780041104.01.T01:intron 20.0%
!!! TTCTTAATGTTTTTGTTACT+TGG - Chr7:86628865-86628884 MsG0780041104.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTGATAGATGATATTTTACA+GGG + Chr7:86629439-86629458 None:intergenic 20.0%
!!! TTTAAATTTTACGAGAAGAT+TGG + Chr7:86629337-86629356 None:intergenic 20.0%
!!! TTTTTTTCCTGGATTTTAAA+CGG - Chr7:86627874-86627893 MsG0780041104.01.T01:intron 20.0%
! AATTCAAATACTACCAAGAA+CGG - Chr7:86627560-86627579 MsG0780041104.01.T01:intron 25.0%
! ACAGAATACCAAATACTTAA+TGG - Chr7:86630183-86630202 MsG0780041104.01.T01:intron 25.0%
! AGATATCTAAATTCCTTAAC+TGG - Chr7:86629183-86629202 MsG0780041104.01.T01:CDS 25.0%
! AGTAAAAATACCAACCAAAT+TGG + Chr7:86627848-86627867 None:intergenic 25.0%
! ATCTAAAAAGGTTGAAGAAA+TGG + Chr7:86628508-86628527 None:intergenic 25.0%
! ATCTTATTCTGCAACATAAA+TGG + Chr7:86628720-86628739 None:intergenic 25.0%
! ATTTGACAAATCAATGATGA+TGG + Chr7:86627609-86627628 None:intergenic 25.0%
! GATGTAAAGTGAATTTCATT+GGG + Chr7:86627632-86627651 None:intergenic 25.0%
! GTAAAAATACCAACCAAATT+GGG + Chr7:86627847-86627866 None:intergenic 25.0%
! TATATGCATATACATACAAG+AGG + Chr7:86628023-86628042 None:intergenic 25.0%
! TCATTAATAATCAATCCATG+TGG + Chr7:86627900-86627919 None:intergenic 25.0%
! TTACCCATAATTTATTAGCT+TGG - Chr7:86627359-86627378 MsG0780041104.01.T01:CDS 25.0%
!! ATTTTGTAAGATGGAAAAAC+AGG + Chr7:86628752-86628771 None:intergenic 25.0%
!! CTTGATAGATGATATTTTAC+AGG + Chr7:86629440-86629459 None:intergenic 25.0%
!! TACCCATAATTTATTAGCTT+GGG - Chr7:86627360-86627379 MsG0780041104.01.T01:CDS 25.0%
!! TCACAAAGTGTTAATATTTC+AGG - Chr7:86629913-86629932 MsG0780041104.01.T01:intron 25.0%
!! TTGGTAGTATTTGAATTGAA+CGG + Chr7:86627557-86627576 None:intergenic 25.0%
!!! AAGCTAAGTTTTGATTATAG+TGG - Chr7:86630030-86630049 MsG0780041104.01.T01:intron 25.0%
!!! GACATTTTTCAATAATGGAT+TGG - Chr7:86627703-86627722 MsG0780041104.01.T01:intron 25.0%
!!! GCTTGTTTTGTTTTTTTTGT+TGG + Chr7:86627507-86627526 None:intergenic 25.0%
AGAACAGATCTATGAGATAT+TGG + Chr7:86629020-86629039 None:intergenic 30.0%
AGAATAAATGATGAGACCAA+TGG + Chr7:86629975-86629994 None:intergenic 30.0%
AGTTACTAGTGTAACATTAC+TGG - Chr7:86628328-86628347 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
ATACCAAAGATGCACTAAAA+TGG - Chr7:86629619-86629638 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
CACTTTCACCATTAAGTATT+TGG + Chr7:86630194-86630213 None:intergenic 30.0%
CTAAAGATCCATATGTAAAC+AGG + Chr7:86627959-86627978 None:intergenic 30.0%
GGATGTAAAGTGAATTTCAT+TGG + Chr7:86627633-86627652 None:intergenic 30.0%
TACCAAAGATGCACTAAAAT+GGG - Chr7:86629620-86629639 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
TAGTATTTGAATTGAACGGT+GGG + Chr7:86627553-86627572 None:intergenic 30.0%
TATCGGAAATTAATACCTTC+TGG + Chr7:86629815-86629834 None:intergenic 30.0%
TCTATGAGATATTGGAGTAA+AGG + Chr7:86629012-86629031 None:intergenic 30.0%
TCTTCTAACATCTGATATGT+GGG - Chr7:86629761-86629780 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
TGTCACATGCAAATGAATAT+CGG + Chr7:86629832-86629851 None:intergenic 30.0%
TTAGTCACTGGATGTATATT+TGG - Chr7:86629490-86629509 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
TTTGTCTGATATTTAGTCAC+TGG - Chr7:86629478-86629497 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
! AATTCCTGCATTTTGTAAGA+TGG + Chr7:86628761-86628780 None:intergenic 30.0%
! AGTTTTCATTTATCACCAGA+AGG - Chr7:86629797-86629816 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
! ATGGAAGCATATTGCTTTAT+AGG - Chr7:86627988-86628007 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
! CAAAGTGTTAATATTTCAGG+TGG - Chr7:86629916-86629935 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
! TACATATGGATCTTTAGCTT+TGG - Chr7:86627962-86627981 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
! TAGATTTGTTTGTGTCAATG+TGG - Chr7:86629289-86629308 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
! TGTTAATATTTCAGGTGGAT+TGG - Chr7:86629921-86629940 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
! TTGTCCTGATTACAATTTTC+AGG - Chr7:86628562-86628581 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
! TTTGATTTAGCATTATGCTC+TGG - Chr7:86628268-86628287 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
! TTTTCCATCTTACAAAATGC+AGG - Chr7:86628754-86628773 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
!! AAACTGACCTTTAGAACAAA+AGG + Chr7:86629262-86629281 None:intergenic 30.0%
!! AGACTCTGAAATCAATCAAA+TGG - Chr7:86629048-86629067 MsG0780041104.01.T01:CDS 30.0%
!! GTGATGTACTTGTTATTGTA+GGG - Chr7:86628605-86628624 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
!! TAGCTTTTAGAAAATCATGG+TGG - Chr7:86629567-86629586 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
!! TGATGATGGAATTTGAAGTT+TGG + Chr7:86627595-86627614 None:intergenic 30.0%
!! TGGTAAGTTTGTTGAAGTTA+CGG - Chr7:86629518-86629537 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
!! TGGTATTGGTATTTGTTACT+AGG - Chr7:86628153-86628172 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
!!! CGTAGTTTTAAATAGTGTGA+TGG - Chr7:86629692-86629711 MsG0780041104.01.T01:intron 30.0%
AACAAATTAAGCACGGTGTA+AGG - Chr7:86627465-86627484 MsG0780041104.01.T01:intron 35.0%
ACACTTCAATAGCAGTAACT+AGG + Chr7:86628841-86628860 None:intergenic 35.0%
ATGGTGGTTCGATGTAATTT+CGG - Chr7:86629583-86629602 MsG0780041104.01.T01:intron 35.0%
CTCTTCTAACATCTGATATG+TGG - Chr7:86629760-86629779 MsG0780041104.01.T01:intron 35.0%
GAAAGTGATTGTTGATGTGA+GGG + Chr7:86627280-86627299 None:intergenic 35.0%
GGCCCAAGCTAATAAATTAT+GGG + Chr7:86627365-86627384 None:intergenic 35.0%
GGTGGATCAAAAACTATCTT+CGG - Chr7:86628583-86628602 MsG0780041104.01.T01:intron 35.0%
GTACCCAAACAAATTAAGCA+CGG - Chr7:86627458-86627477 MsG0780041104.01.T01:intron 35.0%
GTAGTATTTGAATTGAACGG+TGG + Chr7:86627554-86627573 None:intergenic 35.0%
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TGAAAGTGATTGTTGATGTG+AGG + Chr7:86627281-86627300 None:intergenic 35.0%
TGGCCCAAGCTAATAAATTA+TGG + Chr7:86627366-86627385 None:intergenic 35.0%
! ACTTGCTCCTTTTGTTCTAA+AGG - Chr7:86629252-86629271 MsG0780041104.01.T01:intron 35.0%
!! ACACCGTGCTTAATTTGTTT+GGG + Chr7:86627464-86627483 None:intergenic 35.0%
!! GGATCTTTAGCTTTGGTTTA+TGG - Chr7:86627969-86627988 MsG0780041104.01.T01:intron 35.0%
!! GGTGATGTACTTGTTATTGT+AGG - Chr7:86628604-86628623 MsG0780041104.01.T01:intron 35.0%
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!!! CTTCGTTTCCTTTTTAGTTG+TGG - Chr7:86629949-86629968 MsG0780041104.01.T01:intron 35.0%
ACCAATGGCCACAACTAAAA+AGG + Chr7:86629960-86629979 None:intergenic 40.0%
ACTCAGAGCCTGTTTACATA+TGG - Chr7:86627948-86627967 MsG0780041104.01.T01:intron 40.0%
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AGTCCTACTTTCTGACTCTT+GGG - Chr7:86628460-86628479 MsG0780041104.01.T01:CDS 40.0%
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ATTGGACTACCATGAGAACT+TGG - Chr7:86627721-86627740 MsG0780041104.01.T01:intron 40.0%
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!! TCTTGGGTTGGTGGTGGTGG+AGG - Chr7:86628476-86628495 MsG0780041104.01.T01:intron 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 86627258 86630254 86627258 ID=MsG0780041104.01;Name=MsG0780041104.01
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Gene Sequence

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