AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880042462.01

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MsG0880042462.01.T01 AT1G10620 45.641 195 92 3 23 215 358 540 1.58e-50 174
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MsG0880042462.01.T01 AT3G58690 42.079 202 99 3 21 215 73 263 5.65e-50 167
MsG0880042462.01.T01 AT5G01950 46.341 205 87 5 23 215 614 807 7.31e-50 174
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MsG0880042462.01.T01 AT1G61490 41.429 210 105 4 13 215 314 512 2.66e-42 151
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MsG0880042462.01.T01 AT1G07570 40.670 209 98 6 21 215 54 250 4.37e-41 144
MsG0880042462.01.T01 AT4G11470 42.132 197 100 4 22 215 331 516 4.49e-41 148
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MsG0880042462.01.T01 AT4G11900 45.503 189 89 4 27 212 529 706 6.07e-41 147
MsG0880042462.01.T01 AT3G25560 39.394 198 103 5 21 215 298 481 6.44e-41 147
MsG0880042462.01.T01 AT5G63710 42.000 200 99 5 21 215 276 463 6.60e-41 147
MsG0880042462.01.T01 AT3G45420 39.437 213 110 5 5 215 325 520 6.60e-41 147
MsG0880042462.01.T01 AT3G45860 42.132 197 100 4 22 215 338 523 6.83e-41 147
MsG0880042462.01.T01 AT1G66920 40.102 197 103 4 21 215 287 470 6.88e-41 147
MsG0880042462.01.T01 AT3G25560 39.394 198 103 5 21 215 299 482 6.96e-41 147
MsG0880042462.01.T01 AT1G07570 40.670 209 98 6 21 215 65 261 6.99e-41 144
MsG0880042462.01.T01 AT4G34500 43.646 181 86 4 39 215 151 319 7.15e-41 144
MsG0880042462.01.T01 AT1G61400 42.157 204 96 3 23 215 488 680 7.57e-41 148
MsG0880042462.01.T01 AT4G00970 45.000 180 85 4 39 215 350 518 8.02e-41 146
MsG0880042462.01.T01 AT3G25560 39.394 198 103 5 21 215 298 481 8.23e-41 147
MsG0880042462.01.T01 AT4G23200 44.792 192 92 4 21 209 322 502 8.36e-41 145
MsG0880042462.01.T01 AT4G32000 39.899 198 103 4 21 215 158 342 8.44e-41 144
MsG0880042462.01.T01 AT2G43700 38.350 206 113 4 12 215 289 482 9.09e-41 147
MsG0880042462.01.T01 AT2G43700 38.350 206 113 4 12 215 289 482 9.09e-41 147
MsG0880042462.01.T01 AT2G43700 38.350 206 113 4 12 215 289 482 9.09e-41 147
MsG0880042462.01.T01 AT2G43700 38.350 206 113 4 12 215 289 482 9.09e-41 147
MsG0880042462.01.T01 AT1G61430 42.347 196 99 3 23 215 454 638 9.41e-41 147
MsG0880042462.01.T01 AT4G38830 41.784 213 109 5 7 215 316 517 9.73e-41 147
MsG0880042462.01.T01 AT1G61430 40.465 215 110 4 8 215 458 661 9.82e-41 147
MsG0880042462.01.T01 AT1G61430 40.465 215 110 4 8 215 458 661 9.82e-41 147
MsG0880042462.01.T01 AT1G67520 42.708 192 96 3 21 209 407 587 1.04e-40 146
MsG0880042462.01.T01 AT2G43700 38.350 206 113 4 12 215 313 506 1.09e-40 147
MsG0880042462.01.T01 AT4G04500 41.117 197 102 3 22 215 332 517 1.12e-40 146
MsG0880042462.01.T01 AT4G04490 41.624 197 101 3 22 215 327 512 1.14e-40 147
MsG0880042462.01.T01 AT1G69730 41.667 204 103 5 16 215 428 619 1.20e-40 147
MsG0880042462.01.T01 AT1G78530 43.646 181 86 4 36 215 78 243 1.27e-40 140
MsG0880042462.01.T01 AT2G39660 41.627 209 96 6 21 215 53 249 1.30e-40 142
MsG0880042462.01.T01 AT1G61430 42.347 196 99 3 23 215 454 638 1.35e-40 147
MsG0880042462.01.T01 AT1G61430 42.347 196 99 3 23 215 454 638 1.35e-40 147
MsG0880042462.01.T01 AT1G61430 42.347 196 99 3 23 215 454 638 1.35e-40 147
MsG0880042462.01.T01 AT1G67520 42.708 192 96 3 21 209 482 662 1.45e-40 146
MsG0880042462.01.T01 AT1G34210 42.500 200 98 5 21 215 291 478 1.53e-40 146
MsG0880042462.01.T01 AT1G34210 42.500 200 98 5 21 215 291 478 1.53e-40 146
MsG0880042462.01.T01 AT3G45410 39.614 207 111 4 11 215 318 512 1.56e-40 146
MsG0880042462.01.T01 AT1G16150 42.347 196 98 4 23 215 412 595 1.62e-40 147
MsG0880042462.01.T01 AT1G61430 40.465 215 110 4 8 215 458 661 1.64e-40 147

Find 39 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 87 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CATGCAAAGATTGCTGATTT+TGG 0.141585 8:+9153313 MsG0880042462.01.T01:CDS
AATCTCCAACAACACTTATT+TGG 0.156031 8:+9152093 MsG0880042462.01.T01:CDS
GATTGTTCATCATAGAAATT+TGG 0.259780 8:+9152002 MsG0880042462.01.T01:CDS
AAAATTCAAATATCTTAAAT+TGG 0.276594 8:+9153095 MsG0880042462.01.T01:CDS
ATCATCAATGCAAGGTTATA+AGG 0.287528 8:+9151831 MsG0880042462.01.T01:CDS
ATAACTGAATCTCTGATGTT+TGG 0.338624 8:-9151689 None:intergenic
ACTATCGGAGAAGGAGGATT+TGG 0.356879 8:+9151748 MsG0880042462.01.T01:CDS
TTTGGTTTAAGTAGAGCTTT+TGG 0.378935 8:+9153331 MsG0880042462.01.T01:CDS
AGAAATTTGGTCTCTCTCAT+TGG 0.380123 8:+9152015 MsG0880042462.01.T01:CDS
GGATTGGATTATCTGCATAA+TGG 0.383279 8:+9153226 MsG0880042462.01.T01:intron
AGTTACGTCTTCAAACTCTA+AGG 0.385800 8:+9151648 MsG0880042462.01.T01:CDS
TTCAAATCTCTATGCATAAT+AGG 0.389612 8:-9153259 None:intergenic
ACACGCCCTGCTGGTACAAT+TGG 0.405804 8:+9153379 MsG0880042462.01.T01:CDS
AATTACCAAATAAGTGTTGT+TGG 0.412161 8:-9152098 None:intergenic
GTCTTCAAACTCTAAGGAAA+GGG 0.432033 8:+9151654 MsG0880042462.01.T01:CDS
AAACTCAAGTCGCTGTTAAG+AGG 0.436850 8:+9151800 MsG0880042462.01.T01:CDS
GGATTTGGAAAAGTTTACTT+TGG 0.476489 8:+9151763 MsG0880042462.01.T01:CDS
ATTATATTCACAGTTAACTT+TGG 0.486665 8:+9151942 MsG0880042462.01.T01:intron
TTATAACCTTGCATTGATGA+TGG 0.493034 8:-9151829 None:intergenic
CTCATTGGATATTGTGATGA+AGG 0.493261 8:+9152030 MsG0880042462.01.T01:CDS
CATGTATCCACACGCCCTGC+TGG 0.507461 8:+9153370 MsG0880042462.01.T01:CDS
GCGTAACCAATTGTACCAGC+AGG 0.508663 8:-9153385 None:intergenic
GATAACTTCAAAACTACTAT+CGG 0.523824 8:+9151733 MsG0880042462.01.T01:CDS
AGCATTGATTTATGAATACA+TGG 0.524548 8:+9152062 MsG0880042462.01.T01:CDS
ATATCTTAAATTGGAATGAG+AGG 0.530121 8:+9153104 MsG0880042462.01.T01:CDS
ATTTATGAATACATGGCCAA+TGG 0.533355 8:+9152069 MsG0880042462.01.T01:CDS
CGTCTTCAAACTCTAAGGAA+AGG 0.535474 8:+9151653 MsG0880042462.01.T01:CDS
AGAGATAAAATTGAACATGC+AGG 0.557699 8:+9151966 MsG0880042462.01.T01:CDS
GTGTTGTTGGAGATTTCCAT+TGG 0.563010 8:-9152085 None:intergenic
TCATCTAGTAGTATGTTGGA+AGG 0.563926 8:-9153283 None:intergenic
TTATAAGGAATTTCAATCAG+AGG 0.570275 8:+9151846 MsG0880042462.01.T01:CDS
TTCAAAACTACTATCGGAGA+AGG 0.574198 8:+9151739 MsG0880042462.01.T01:CDS
AATTGTACCAGCAGGGCGTG+TGG 0.602763 8:-9153377 None:intergenic
CTTTCACCATCATCAATGCA+AGG 0.613023 8:+9151823 MsG0880042462.01.T01:CDS
AAATCTCTATGCATAATAGG+TGG 0.620528 8:-9153256 None:intergenic
TCTTCAAACTCTAAGGAAAG+GGG 0.632763 8:+9151655 MsG0880042462.01.T01:CDS
CGTAACCAATTGTACCAGCA+GGG 0.649049 8:-9153384 None:intergenic
AAAACTACTATCGGAGAAGG+AGG 0.650064 8:+9151742 MsG0880042462.01.T01:CDS
ATTGCAGTTGATGCAGCACA+TGG 0.657211 8:+9153133 MsG0880042462.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AATTTTTTAAAAATAATTAT+AGG - Chr8:9152827-9152846 None:intergenic 0.0%
!!! ATAATTATTTTTAAAAAATT+TGG + Chr8:9152827-9152846 MsG0880042462.01.T01:intron 0.0%
!!! TAATTATTTTTAAAAAATTT+GGG + Chr8:9152828-9152847 MsG0880042462.01.T01:intron 0.0%
!! AAAATTCAAATATCTTAAAT+TGG + Chr8:9153095-9153114 MsG0880042462.01.T01:CDS 10.0%
!! ATATATATATATATATGTCT+GGG - Chr8:9152598-9152617 None:intergenic 10.0%
!! TAAAATTTCATAAAAAAACA+CGG - Chr8:9152321-9152340 None:intergenic 10.0%
!! TATATATATATATATATGTC+TGG - Chr8:9152599-9152618 None:intergenic 10.0%
!!! TTTATTTTAGTTAAGTAATA+AGG + Chr8:9151909-9151928 MsG0880042462.01.T01:intron 10.0%
!! AGAATATGTTATTATCAATA+AGG + Chr8:9152853-9152872 MsG0880042462.01.T01:intron 15.0%
!! GAATATGTTATTATCAATAA+GGG + Chr8:9152854-9152873 MsG0880042462.01.T01:intron 15.0%
!! TTATTTGTATTCAAAATTGA+GGG + Chr8:9152724-9152743 MsG0880042462.01.T01:intron 15.0%
!!! ATAAATAATCATGATTAGTT+TGG - Chr8:9152398-9152417 None:intergenic 15.0%
!! ATTATATTCACAGTTAACTT+TGG + Chr8:9151942-9151961 MsG0880042462.01.T01:intron 20.0%
!! GTTATTTGTATTCAAAATTG+AGG + Chr8:9152723-9152742 MsG0880042462.01.T01:intron 20.0%
! ATATCTTAAATTGGAATGAG+AGG + Chr8:9153104-9153123 MsG0880042462.01.T01:CDS 25.0%
! CATAATATTTGTCATCCTTA+AGG - Chr8:9152974-9152993 None:intergenic 25.0%
! GATAACTTCAAAACTACTAT+CGG + Chr8:9151733-9151752 MsG0880042462.01.T01:CDS 25.0%
! GATGACAAATATTATGCATT+AGG + Chr8:9152978-9152997 MsG0880042462.01.T01:intron 25.0%
! GATTGTTCATCATAGAAATT+TGG + Chr8:9152002-9152021 MsG0880042462.01.T01:CDS 25.0%
! TATTATAACTAGCGAAAAGA+CGG + Chr8:9152237-9152256 MsG0880042462.01.T01:intron 25.0%
! TCTATAATAAAGATCGTTGT+TGG - Chr8:9152480-9152499 None:intergenic 25.0%
! TGATGAAAATGAAGATAAAC+TGG - Chr8:9152170-9152189 None:intergenic 25.0%
! TTATAAGGAATTTCAATCAG+AGG + Chr8:9151846-9151865 MsG0880042462.01.T01:CDS 25.0%
! TTCAAATCTCTATGCATAAT+AGG - Chr8:9153262-9153281 None:intergenic 25.0%
!! AATTACCAAATAAGTGTTGT+TGG - Chr8:9152101-9152120 None:intergenic 25.0%
!! ACATGGTAATGTATTGTTTA+TGG + Chr8:9153150-9153169 MsG0880042462.01.T01:intron 25.0%
!!! AGCATTGATTTATGAATACA+TGG + Chr8:9152062-9152081 MsG0880042462.01.T01:CDS 25.0%
AAATCTCTATGCATAATAGG+TGG - Chr8:9153259-9153278 None:intergenic 30.0%
AATCCTGAAAATTCACACTA+AGG - Chr8:9153211-9153230 None:intergenic 30.0%
AATCTCCAACAACACTTATT+TGG + Chr8:9152093-9152112 MsG0880042462.01.T01:CDS 30.0%
AGAGATAAAATTGAACATGC+AGG + Chr8:9151966-9151985 MsG0880042462.01.T01:CDS 30.0%
ATAACTGAATCTCTGATGTT+TGG - Chr8:9151692-9151711 None:intergenic 30.0%
ATCATCAATGCAAGGTTATA+AGG + Chr8:9151831-9151850 MsG0880042462.01.T01:CDS 30.0%
ATCCTGAAAATTCACACTAA+GGG - Chr8:9153210-9153229 None:intergenic 30.0%
ATTATAACTAGCGAAAAGAC+GGG + Chr8:9152238-9152257 MsG0880042462.01.T01:intron 30.0%
ATTTATGAATACATGGCCAA+TGG + Chr8:9152069-9152088 MsG0880042462.01.T01:CDS 30.0%
CAAATATTATGCATTAGGCA+AGG + Chr8:9152983-9153002 MsG0880042462.01.T01:intron 30.0%
GAGACACTTGTATTGTAATA+TGG - Chr8:9152891-9152910 None:intergenic 30.0%
GGATTTGGAAAAGTTTACTT+TGG + Chr8:9151763-9151782 MsG0880042462.01.T01:CDS 30.0%
GTTAACTGTGAATATAATGC+AGG - Chr8:9151940-9151959 None:intergenic 30.0%
TGGAAGTAGTAAATCTGTTA+TGG - Chr8:9152150-9152169 None:intergenic 30.0%
! GTTTTCATCTAGTAGTATGT+TGG - Chr8:9153290-9153309 None:intergenic 30.0%
! TAATGTCTATTTTCATGCAG+TGG + Chr8:9153072-9153091 MsG0880042462.01.T01:intron 30.0%
! TTATAACCTTGCATTGATGA+TGG - Chr8:9151832-9151851 None:intergenic 30.0%
!! TTAGTGTGAATTTTCAGGAT+TGG + Chr8:9153210-9153229 MsG0880042462.01.T01:intron 30.0%
!! TTTGGTTTAAGTAGAGCTTT+TGG + Chr8:9153331-9153350 MsG0880042462.01.T01:CDS 30.0%
!!! TTCAAAATTGAGGGCATTTT+TGG + Chr8:9152733-9152752 MsG0880042462.01.T01:intron 30.0%
AGAAATTTGGTCTCTCTCAT+TGG + Chr8:9152015-9152034 MsG0880042462.01.T01:CDS 35.0%
AGTTACGTCTTCAAACTCTA+AGG + Chr8:9151648-9151667 MsG0880042462.01.T01:CDS 35.0%
CTCATTGGATATTGTGATGA+AGG + Chr8:9152030-9152049 MsG0880042462.01.T01:CDS 35.0%
GGATTGGATTATCTGCATAA+TGG + Chr8:9153226-9153245 MsG0880042462.01.T01:intron 35.0%
TCATCTAGTAGTATGTTGGA+AGG - Chr8:9153286-9153305 None:intergenic 35.0%
TTCAAAACTACTATCGGAGA+AGG + Chr8:9151739-9151758 MsG0880042462.01.T01:CDS 35.0%
! GTCTTCAAACTCTAAGGAAA+GGG + Chr8:9151654-9151673 MsG0880042462.01.T01:CDS 35.0%
! TCTTCAAACTCTAAGGAAAG+GGG + Chr8:9151655-9151674 MsG0880042462.01.T01:CDS 35.0%
!! TTACCATCAAGTTGACCTTA+AGG + Chr8:9152956-9152975 MsG0880042462.01.T01:intron 35.0%
!!! CATGCAAAGATTGCTGATTT+TGG + Chr8:9153313-9153332 MsG0880042462.01.T01:CDS 35.0%
AAAACTACTATCGGAGAAGG+AGG + Chr8:9151742-9151761 MsG0880042462.01.T01:CDS 40.0%
AAACTCAAGTCGCTGTTAAG+AGG + Chr8:9151800-9151819 MsG0880042462.01.T01:CDS 40.0%
AGCATGACGTTGTAATCTCA+AGG - Chr8:9152935-9152954 None:intergenic 40.0%
CATCCTTAAGGTCAACTTGA+TGG - Chr8:9152962-9152981 None:intergenic 40.0%
CGTTAGCGCAATAAAAAGAG+CGG - Chr8:9152283-9152302 None:intergenic 40.0%
CTTTCACCATCATCAATGCA+AGG + Chr8:9151823-9151842 MsG0880042462.01.T01:CDS 40.0%
GCATGACGTTGTAATCTCAA+GGG - Chr8:9152934-9152953 None:intergenic 40.0%
TATGCATTAGGCAAGGAGAA+GGG + Chr8:9152990-9153009 MsG0880042462.01.T01:intron 40.0%
TTATGCATTAGGCAAGGAGA+AGG + Chr8:9152989-9153008 MsG0880042462.01.T01:intron 40.0%
! CGTCTTCAAACTCTAAGGAA+AGG + Chr8:9151653-9151672 MsG0880042462.01.T01:CDS 40.0%
! GTGTTGTTGGAGATTTCCAT+TGG - Chr8:9152088-9152107 None:intergenic 40.0%
! TGCCCTTAGTGTGAATTTTC+AGG + Chr8:9153205-9153224 MsG0880042462.01.T01:intron 40.0%
ACTATCGGAGAAGGAGGATT+TGG + Chr8:9151748-9151767 MsG0880042462.01.T01:CDS 45.0%
ATCCCAAAAGAGCTGAAAGG+GGG + Chr8:9152768-9152787 MsG0880042462.01.T01:intron 45.0%
CATCCCAAAAGAGCTGAAAG+GGG + Chr8:9152767-9152786 MsG0880042462.01.T01:intron 45.0%
CCATCCCAAAAGAGCTGAAA+GGG + Chr8:9152766-9152785 MsG0880042462.01.T01:intron 45.0%
CGTAACCAATTGTACCAGCA+GGG - Chr8:9153387-9153406 None:intergenic 45.0%
CGTTGTAATCTCAAGGGACA+AGG - Chr8:9152928-9152947 None:intergenic 45.0%
! ATTGCAGTTGATGCAGCACA+TGG + Chr8:9153133-9153152 MsG0880042462.01.T01:CDS 45.0%
!!! AATTATTTTTAAAAAATTTG+GGG + Chr8:9152829-9152848 MsG0880042462.01.T01:intron 5.0%
!!! TTTTTATGAAATTTTATATT+TGG + Chr8:9152325-9152344 MsG0880042462.01.T01:intron 5.0%
!!! TTTTTTTTTTGTTATATTAT+TGG - Chr8:9152431-9152450 None:intergenic 5.0%
GCCATCCCAAAAGAGCTGAA+AGG + Chr8:9152765-9152784 MsG0880042462.01.T01:intron 50.0%
GCGTAACCAATTGTACCAGC+AGG - Chr8:9153388-9153407 None:intergenic 50.0%
! ACACCCCCTTTCAGCTCTTT+TGG - Chr8:9152774-9152793 None:intergenic 50.0%
! CACCCCCTTTCAGCTCTTTT+GGG - Chr8:9152773-9152792 None:intergenic 50.0%
!! CCCTTTCAGCTCTTTTGGGA+TGG - Chr8:9152769-9152788 None:intergenic 50.0%
AATTGTACCAGCAGGGCGTG+TGG - Chr8:9153380-9153399 None:intergenic 55.0%
ACACGCCCTGCTGGTACAAT+TGG + Chr8:9153379-9153398 MsG0880042462.01.T01:CDS 55.0%
CATGTATCCACACGCCCTGC+TGG + Chr8:9153370-9153389 MsG0880042462.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 9151637 9153420 9151637 ID=MsG0880042462.01;Name=MsG0880042462.01
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Chr8 exon 9151637 9151867 9151637 ID=MsG0880042462.01.T01:exon:3854;Parent=MsG0880042462.01.T01
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Chr8 exon 9153092 9153154 9153092 ID=MsG0880042462.01.T01:exon:3856;Parent=MsG0880042462.01.T01
Chr8 exon 9153227 9153420 9153227 ID=MsG0880042462.01.T01:exon:3857;Parent=MsG0880042462.01.T01
Chr8 CDS 9151637 9151867 9151637 ID=MsG0880042462.01.T01:cds;Parent=MsG0880042462.01.T01
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Chr8 CDS 9153227 9153420 9153227 ID=MsG0880042462.01.T01:cds;Parent=MsG0880042462.01.T01
Gene Sequence

>MsG0880042462.01.T01

ATGACAGTTGTAGTTACGTCTTCAAACTCTAAGGAAAGGGGTTCAATGAAATCCAAACATCAGAGATTCAGTTATACTGAAATTCTCAACATTACTGATAACTTCAAAACTACTATCGGAGAAGGAGGATTTGGAAAAGTTTACTTTGGCACTCTACAAGATCAAACTCAAGTCGCTGTTAAGAGGCTTTCACCATCATCAATGCAAGGTTATAAGGAATTTCAATCAGAGTTAACTTTGGTAGAGATAAAATTGAACATGCAGGCACAACTTCTAATGATTGTTCATCATAGAAATTTGGTCTCTCTCATTGGATATTGTGATGAAGGTGAAATCAAAGCATTGATTTATGAATACATGGCCAATGGAAATCTCCAACAACACTTATTTGTGGAAAATTCAAATATCTTAAATTGGAATGAGAGGCTTAAGATTGCAGTTGATGCAGCACATGGATTGGATTATCTGCATAATGGATGTAAACCACCTATTATGCATAGAGATTTGAAGCCTTCCAACATACTACTAGATGAAAACTTGCATGCAAAGATTGCTGATTTTGGTTTAAGTAGAGCTTTTGGTAACGACGACGATTCTCATGTATCCACACGCCCTGCTGGTACAATTGGTTACGCTGATCCAGAGTAA
Protein sequence

>MsG0880042462.01.T01

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