AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880042744.01

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MsG0880042744.01.T01 AT1G55200 43.042 309 165 4 59 365 359 658 2.39e-72 242
MsG0880042744.01.T01 AT1G24030 48.536 239 110 3 66 298 49 280 2.80e-72 230
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MsG0880042744.01.T01 AT5G65240 38.782 312 178 6 51 357 256 559 1.53e-57 201
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MsG0880042744.01.T01 AT3G15890 34.839 310 186 5 66 367 26 327 4.56e-55 188
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MsG0880042744.01.T01 AT2G13800 38.889 324 171 10 67 374 146 458 5.97e-55 191
MsG0880042744.01.T01 AT1G17230 39.667 300 161 8 67 358 787 1074 6.15e-55 198
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MsG0880042744.01.T01 AT1G31420 40.404 297 162 8 67 360 294 578 7.87e-55 193
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MsG0880042744.01.T01 AT4G29450 36.164 318 180 6 56 360 545 852 8.22e-55 197
MsG0880042744.01.T01 AT5G53890 41.751 297 159 6 67 359 742 1028 8.24e-55 197
MsG0880042744.01.T01 AT4G13190 47.475 198 101 2 162 356 1 198 8.33e-55 183
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MsG0880042744.01.T01 AT4G11900 37.742 310 180 5 60 367 518 816 1.14e-54 196
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MsG0880042744.01.T01 AT4G23270 38.095 294 169 7 67 356 314 598 4.49e-54 192
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MsG0880042744.01.T01 AT2G18890 35.932 295 173 6 67 357 56 338 6.20e-54 186
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MsG0880042744.01.T01 AT1G21270 39.274 303 165 8 63 359 388 677 1.04e-53 192
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MsG0880042744.01.T01 AT2G35620 40.541 296 163 7 67 360 292 576 1.45e-53 189

Find 71 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 130 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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GATGAGAATGAGATCAACAA+AGG 0.718377 8:+13449773 MsG0880042744.01.T01:CDS
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CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
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!! TTATAGATAATAATGTTGAA+TGG - Chr8:13448123-13448142 None:intergenic 15.0%
!!! AACTTTTTTTTTTCCTTTTT+CGG + Chr8:13449270-13449289 MsG0880042744.01.T01:intron 15.0%
!!! TGTTTTTAAAATCGAATATA+GGG + Chr8:13449174-13449193 MsG0880042744.01.T01:intron 15.0%
!!! TTGTTTTTAAAATCGAATAT+AGG + Chr8:13449173-13449192 MsG0880042744.01.T01:intron 15.0%
!!! TTTTTTTCTTTGTATTGTAT+AGG + Chr8:13448269-13448288 MsG0880042744.01.T01:intron 15.0%
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!!! TAAATAACCTGCATTTTAAA+AGG - Chr8:13448521-13448540 None:intergenic 20.0%
!!! TAGTGTTTTGAAAATCAAAT+TGG + Chr8:13448143-13448162 MsG0880042744.01.T01:intron 20.0%
!!! TTTGACAAATCAAATTTTCT+TGG + Chr8:13447953-13447972 MsG0880042744.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTTTTTTATCTCCTTCTTTT+AGG + Chr8:13449344-13449363 MsG0880042744.01.T01:intron 20.0%
! AAAAAATGACGAAAATTTCG+AGG - Chr8:13449000-13449019 None:intergenic 25.0%
! AAAAATGACGAAAATTTCGA+GGG - Chr8:13448999-13449018 None:intergenic 25.0%
! ACAAGAATCAAAATAGCAAT+TGG + Chr8:13448559-13448578 MsG0880042744.01.T01:CDS 25.0%
! ACATAAACAAAATGACCAAT+TGG - Chr8:13449683-13449702 None:intergenic 25.0%
! AGCCTAAATGAAAATTAAAG+GGG - Chr8:13448927-13448946 None:intergenic 25.0%
! ATATGTGTTTGATCTTTATC+TGG - Chr8:13448811-13448830 None:intergenic 25.0%
! GAAAAGTAAAGATGAAGAAA+AGG + Chr8:13449802-13449821 MsG0880042744.01.T01:CDS 25.0%
! GATTTATCCAATTCATTAGT+GGG + Chr8:13447878-13447897 MsG0880042744.01.T01:CDS 25.0%
! TAAATGAAAATTAAAGGGGT+AGG - Chr8:13448923-13448942 None:intergenic 25.0%
! TCACTAAATGTGGATAAAAA+AGG + Chr8:13449734-13449753 MsG0880042744.01.T01:CDS 25.0%
! TGATTTATCCAATTCATTAG+TGG + Chr8:13447877-13447896 MsG0880042744.01.T01:CDS 25.0%
! TTATAGTAAAGTTCAGTTCA+TGG - Chr8:13448187-13448206 None:intergenic 25.0%
!! AAATCAAATTTTCTTGGAGA+AGG + Chr8:13447959-13447978 MsG0880042744.01.T01:CDS 25.0%
!! AAGATAACTAGTACTGTTTT+TGG + Chr8:13448972-13448991 MsG0880042744.01.T01:intron 25.0%
!! CTTGAAGAAAAACTTTTCAA+AGG + Chr8:13448405-13448424 MsG0880042744.01.T01:CDS 25.0%
!! TCAATATTTGTTACCTCAAT+TGG - Chr8:13449710-13449729 None:intergenic 25.0%
!! TTCCATTGAATTTTCTTTGA+AGG - Chr8:13447725-13447744 None:intergenic 25.0%
!!! ATTTTGATTCTTGTTAACCA+AGG - Chr8:13448553-13448572 None:intergenic 25.0%
!!! GTTTTGAAAATCAAATTGGA+CGG + Chr8:13448147-13448166 MsG0880042744.01.T01:intron 25.0%
!!! TACCCCTTTAATTTTCATTT+AGG + Chr8:13448922-13448941 MsG0880042744.01.T01:intron 25.0%
!!! TATAGTCAACTTTTGAGATT+TGG + Chr8:13449075-13449094 MsG0880042744.01.T01:intron 25.0%
!!! TTATTCTCCTTTTAAAATGC+AGG + Chr8:13448511-13448530 MsG0880042744.01.T01:intron 25.0%
!!! TTTTGATTAACTATATGTGC+CGG - Chr8:13447697-13447716 None:intergenic 25.0%
AAAGGGAGAGAAAAATGAAA+AGG + Chr8:13449820-13449839 MsG0880042744.01.T01:CDS 30.0%
AAGGGAGAGAAAAATGAAAA+GGG + Chr8:13449821-13449840 MsG0880042744.01.T01:CDS 30.0%
ACTTCTTGTGTATGAATACA+TGG + Chr8:13448371-13448390 MsG0880042744.01.T01:CDS 30.0%
AGAGCAAGATTTAGTAGAAT+GGG + Chr8:13449463-13449482 MsG0880042744.01.T01:CDS 30.0%
ATGAGTGATGTATATAGCTT+TGG + Chr8:13449380-13449399 MsG0880042744.01.T01:CDS 30.0%
ATTAAAGGGGTAGGTTTAAT+TGG - Chr8:13448914-13448933 None:intergenic 30.0%
ATTTGATCCCACTAATGAAT+TGG - Chr8:13447888-13447907 None:intergenic 30.0%
CAATGGAAATCATTTGTACT+TGG + Chr8:13447737-13447756 MsG0880042744.01.T01:CDS 30.0%
CGCAATCTTGTTAACTTAAT+TGG + Chr8:13448324-13448343 MsG0880042744.01.T01:CDS 30.0%
GCTCCTGAATATATAAATAC+AGG + Chr8:13448865-13448884 MsG0880042744.01.T01:CDS 30.0%
GTTATTTAGCAACTTTACCT+TGG + Chr8:13448533-13448552 MsG0880042744.01.T01:CDS 30.0%
TAAAGCCTCAAACATTCTAT+TGG + Chr8:13448642-13448661 MsG0880042744.01.T01:CDS 30.0%
TGCCTTCAAAGAAAATTCAA+TGG + Chr8:13447720-13447739 MsG0880042744.01.T01:CDS 30.0%
TTAAACTTGGATGGAAAACA+AGG + Chr8:13448064-13448083 MsG0880042744.01.T01:CDS 30.0%
TTAACAACTGTTCTCATTGT+TGG - Chr8:13449626-13449645 None:intergenic 30.0%
! AATGCTAAGTTGTCAGATTT+TGG + Chr8:13448769-13448788 MsG0880042744.01.T01:CDS 30.0%
! ATAGGCTGAAGTTATCTTTT+TGG + Chr8:13448287-13448306 MsG0880042744.01.T01:intron 30.0%
! ATTTGTACTTGGTTGTTTCA+AGG + Chr8:13447748-13447767 MsG0880042744.01.T01:CDS 30.0%
! TAGGCTGAAGTTATCTTTTT+GGG + Chr8:13448288-13448307 MsG0880042744.01.T01:intron 30.0%
! TATTGAAGTGTCACTAAATG+TGG + Chr8:13449724-13449743 MsG0880042744.01.T01:CDS 30.0%
! TCTTCATATTTTCACCTGTA+AGG + Chr8:13447907-13447926 MsG0880042744.01.T01:CDS 30.0%
! TTGTTTTCCATCCAAGTTTA+AGG - Chr8:13448065-13448084 None:intergenic 30.0%
!! AACGCAAAATATTTTTGAGC+CGG + Chr8:13447675-13447694 MsG0880042744.01.T01:five_prime_UTR 30.0%
!! AATCATTGATTCAAGACTAG+AGG + Chr8:13449523-13449542 MsG0880042744.01.T01:CDS 30.0%
!! TAATTTCATGACTTGCTCTA+AGG - Chr8:13449651-13449670 None:intergenic 30.0%
!!! AATTTTGGTGTTTCCAATGA+AGG - Chr8:13447782-13447801 None:intergenic 30.0%
!!! ATTTTGGTGTTTCCAATGAA+GGG - Chr8:13447781-13447800 None:intergenic 30.0%
!!! GATTTTGGTTTAGCAATAGA+TGG + Chr8:13448784-13448803 MsG0880042744.01.T01:CDS 30.0%
AAAAGGGTCATCAAAGTCAA+CGG + Chr8:13449837-13449856 MsG0880042744.01.T01:CDS 35.0%
AAGATTTAGTAGAATGGGCA+AGG + Chr8:13449468-13449487 MsG0880042744.01.T01:CDS 35.0%
ACATATTACAACTCGTGTGA+TGG + Chr8:13448825-13448844 MsG0880042744.01.T01:CDS 35.0%
ACTAACAGGAAAGAAATCAG+TGG + Chr8:13449421-13449440 MsG0880042744.01.T01:CDS 35.0%
AGATTTGATCGTGTATGTCA+CGG - Chr8:13449249-13449268 None:intergenic 35.0%
AGCATCCAATAGAATGTTTG+AGG - Chr8:13448650-13448669 None:intergenic 35.0%
ATAGAACGAGACTTCATCAA+TGG - Chr8:13449893-13449912 None:intergenic 35.0%
CAAAGTTGTGTGTGATTTCT+TGG - Chr8:13447937-13447956 None:intergenic 35.0%
CATATTACAACTCGTGTGAT+GGG + Chr8:13448826-13448845 MsG0880042744.01.T01:CDS 35.0%
GAGAGCAAGATTTAGTAGAA+TGG + Chr8:13449462-13449481 MsG0880042744.01.T01:CDS 35.0%
GAGGATCAATACTCAATTGA+AGG + Chr8:13449542-13449561 MsG0880042744.01.T01:CDS 35.0%
GATAAATCACTCATGACAGA+AGG - Chr8:13447866-13447885 None:intergenic 35.0%
GATGAGAATGAGATCAACAA+AGG + Chr8:13449773-13449792 MsG0880042744.01.T01:CDS 35.0%
GTGTATGAATACATGGAAAG+AGG + Chr8:13448378-13448397 MsG0880042744.01.T01:CDS 35.0%
TCTACTAAATCTTGCTCTCT+TGG - Chr8:13449461-13449480 None:intergenic 35.0%
TGTTTATGTAGCTCCAATTG+AGG + Chr8:13449694-13449713 MsG0880042744.01.T01:CDS 35.0%
TTAAGATGGTTACAAGTGTC+TGG + Chr8:13449040-13449059 MsG0880042744.01.T01:intron 35.0%
TTAGACCATCTGATCTTGAT+CGG - Chr8:13449142-13449161 None:intergenic 35.0%
TTGTCAAACGACCTAAAAGA+AGG - Chr8:13449358-13449377 None:intergenic 35.0%
! TCAAATTTTCTTGGAGAAGG+TGG + Chr8:13447962-13447981 MsG0880042744.01.T01:CDS 35.0%
!!! CTTTTGAGATTTGGATTGTG+TGG + Chr8:13449084-13449103 MsG0880042744.01.T01:intron 35.0%
ACTGCTCTGTATAAGACTCT+TGG + Chr8:13449923-13449942 MsG0880042744.01.T01:CDS 40.0%
AGCTGTTAAGGCCTTAAACT+TGG + Chr8:13448051-13448070 MsG0880042744.01.T01:CDS 40.0%
CAAGGACAAAAACCCTTCAT+TGG + Chr8:13447766-13447785 MsG0880042744.01.T01:CDS 40.0%
CTGTGTGAATCCTTCAATGA+TGG - Chr8:13449494-13449513 None:intergenic 40.0%
GATTTCTTGGAGTTCCTTAC+AGG - Chr8:13447924-13447943 None:intergenic 40.0%
GTTAAGGCCTTAAACTTGGA+TGG + Chr8:13448055-13448074 MsG0880042744.01.T01:CDS 40.0%
GTTCTCTTAGAGCTACTAAC+AGG + Chr8:13449407-13449426 MsG0880042744.01.T01:CDS 40.0%
TTCGATCATGTAGTTTCGTC+TGG + Chr8:13448207-13448226 MsG0880042744.01.T01:intron 40.0%
TTCTTACCAACCACTCTCTA+TGG - Chr8:13448090-13448109 None:intergenic 40.0%
! CTGGTTCGAGTAGTTTAAGA+TGG + Chr8:13448226-13448245 MsG0880042744.01.T01:intron 40.0%
! GGATTTGGAAAGGTGTACAA+AGG + Chr8:13447983-13448002 MsG0880042744.01.T01:CDS 40.0%
! TTTCTTGGAGAAGGTGGATT+TGG + Chr8:13447968-13447987 MsG0880042744.01.T01:CDS 40.0%
!! ATAGCAATTGGTGCTGCTAA+AGG + Chr8:13448571-13448590 MsG0880042744.01.T01:CDS 40.0%
!!! TTCCTTTTTCGGAGACATGA+GGG + Chr8:13449281-13449300 MsG0880042744.01.T01:intron 40.0%
!!! TTTCCTTTTTCGGAGACATG+AGG + Chr8:13449280-13449299 MsG0880042744.01.T01:intron 40.0%
ACAGCTTGAGGAACAAGTGT+AGG - Chr8:13448031-13448050 None:intergenic 45.0%
ATGGTCCGATCAAGATCAGA+TGG + Chr8:13449134-13449153 MsG0880042744.01.T01:intron 45.0%
GAAAACAAGGCCATAGAGAG+TGG + Chr8:13448077-13448096 MsG0880042744.01.T01:CDS 45.0%
GAAGTCGCAACAATAGACGA+CGG + Chr8:13449861-13449880 MsG0880042744.01.T01:CDS 45.0%
GGCAAAGGTTCACTTCTTGT+TGG - Chr8:13449985-13450004 None:intergenic 45.0%
TCCTCAAGCTGTAGCTGTTA+AGG + Chr8:13448039-13448058 MsG0880042744.01.T01:CDS 45.0%
TGGTTCTCCTTGCTTTGCTT+GGG - Chr8:13449965-13449984 None:intergenic 45.0%
! TGGAGAAGGTGGATTTGGAA+AGG + Chr8:13447973-13447992 MsG0880042744.01.T01:CDS 45.0%
! TTGGTTCTCCTTGCTTTGCT+TGG - Chr8:13449966-13449985 None:intergenic 45.0%
!! TCTTAAAAAAAAATTAAAAA+AGG - Chr8:13449026-13449045 None:intergenic 5.0%
!!! TTTTTAATTTTTTTTTAAGA+TGG + Chr8:13449026-13449045 MsG0880042744.01.T01:intron 5.0%
ACAAGGCCATAGAGAGTGGT+TGG + Chr8:13448081-13448100 MsG0880042744.01.T01:CDS 50.0%
ATGGGCAAGGCCATCATTGA+AGG + Chr8:13449481-13449500 MsG0880042744.01.T01:CDS 50.0%
GATTGTGTGGCGAGTGTATG+CGG + Chr8:13449097-13449116 MsG0880042744.01.T01:intron 50.0%
GCCTTAACAGCTACAGCTTG+AGG - Chr8:13448043-13448062 None:intergenic 50.0%
GTACTCACCCAAGCAAAGCA+AGG + Chr8:13449955-13449974 MsG0880042744.01.T01:CDS 50.0%
GTCCCTCATGTCTCCGAAAA+AGG - Chr8:13449286-13449305 None:intergenic 50.0%
!! ACTCGTGTGATGGGTACACA+TGG + Chr8:13448835-13448854 MsG0880042744.01.T01:CDS 50.0%
TGCGGCTAGCAACGTCTACA+TGG + Chr8:13449115-13449134 MsG0880042744.01.T01:intron 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 13447653 13450012 13447653 ID=MsG0880042744.01;Name=MsG0880042744.01
Chr8 mRNA 13447653 13450012 13447653 ID=MsG0880042744.01.T01;Parent=MsG0880042744.01;Name=MsG0880042744.01.T01;_AED=0.23;_eAED=0.27;_QI=66|1|0.8|1|1|1|5|0|475
Chr8 exon 13447653 13448102 13447653 ID=MsG0880042744.01.T01:exon:3726;Parent=MsG0880042744.01.T01
Chr8 exon 13448291 13448426 13448291 ID=MsG0880042744.01.T01:exon:3727;Parent=MsG0880042744.01.T01
Chr8 exon 13448533 13448669 13448533 ID=MsG0880042744.01.T01:exon:3728;Parent=MsG0880042744.01.T01
Chr8 exon 13448763 13448886 13448763 ID=MsG0880042744.01.T01:exon:3729;Parent=MsG0880042744.01.T01
Chr8 exon 13449366 13450012 13449366 ID=MsG0880042744.01.T01:exon:3730;Parent=MsG0880042744.01.T01
Chr8 five_prime_UTR 13447653 13447718 13447653 ID=MsG0880042744.01.T01:five_prime_utr;Parent=MsG0880042744.01.T01
Chr8 CDS 13447719 13448102 13447719 ID=MsG0880042744.01.T01:cds;Parent=MsG0880042744.01.T01
Chr8 CDS 13448291 13448426 13448291 ID=MsG0880042744.01.T01:cds;Parent=MsG0880042744.01.T01
Chr8 CDS 13448533 13448669 13448533 ID=MsG0880042744.01.T01:cds;Parent=MsG0880042744.01.T01
Chr8 CDS 13448763 13448886 13448763 ID=MsG0880042744.01.T01:cds;Parent=MsG0880042744.01.T01
Chr8 CDS 13449366 13450012 13449366 ID=MsG0880042744.01.T01:cds;Parent=MsG0880042744.01.T01
Gene Sequence

>MsG0880042744.01.T01

ATGCCTTCAAAGAAAATTCAATGGAAATCATTTGTACTTGGTTGTTTCAAGGACAAAAACCCTTCATTGGAAACACCAAAATTTGTTTCAAAAAAGACAGGTTCAAGTAGAATTTCCCTATCTGATTTAAGTGATTATTCATCACCTTCTGTCATGAGTGATTTATCCAATTCATTAGTGGGATCAAATCTTCATATTTTCACCTGTAAGGAACTCCAAGAAATCACACACAACTTTGACAAATCAAATTTTCTTGGAGAAGGTGGATTTGGAAAGGTGTACAAAGGTTTTATTGATGATAAACTTAGGCCTACACTTGTTCCTCAAGCTGTAGCTGTTAAGGCCTTAAACTTGGATGGAAAACAAGGCCATAGAGAGTGGTTGGCTGAAGTTATCTTTTTGGGACAGTTGAAGCATCGCAATCTTGTTAACTTAATTGGCTATTGTTATGAAGATGAACATAGACTTCTTGTGTATGAATACATGGAAAGAGGAAGTCTTGAAGAAAAACTTTTCAAAGGTTATTTAGCAACTTTACCTTGGTTAACAAGAATCAAAATAGCAATTGGTGCTGCTAAAGGACTAGCTTTTCTTCATGAAGAAGAGAAACCAGTTATATATAGAGATGTTAAAGCCTCAAACATTCTATTGGATGCTGATTACAATGCTAAGTTGTCAGATTTTGGTTTAGCAATAGATGGACCAGATAAAGATCAAACACATATTACAACTCGTGTGATGGGTACACATGGATATGCTGCTCCTGAATATATAAATACAGGTCGTTTGACAACAATGAGTGATGTATATAGCTTTGGAGTTGTTCTCTTAGAGCTACTAACAGGAAAGAAATCAGTGGACAAAAAAAGAACTCCAAGAGAGCAAGATTTAGTAGAATGGGCAAGGCCATCATTGAAGGATTCACACAGACTTGAAAGAATCATTGATTCAAGACTAGAGGATCAATACTCAATTGAAGGAGCTAGAAAATTAGCAATCTTGACTTATCAATGTTTAAGTCATCATGATAAAAGTAGACCAACAATGAGAACAGTTGTTAAGACCTTAGAGCAAGTCATGAAATTAAATGACATTCCAATTGGTCATTTTGTTTATGTAGCTCCAATTGAGGTAACAAATATTGAAGTGTCACTAAATGTGGATAAAAAAGGAAATGAAAATGAATGTGATGAGAATGAGATCAACAAAGGTGTTGTGAAAAGTAAAGATGAAGAAAAGGGAGAGAAAAATGAAAAGGGTCATCAAAGTCAACGGAGAAGTCGCAACAATAGACGACGGATTAAGCCATTGATGAAGTCTCGTTCTATTCATTCTGACACTGCTCTGTATAAGACTCTTGGAACTAGTTTGTACTCACCCAAGCAAAGCAAGGAGAACCAACAAGAAGTGAACCTTTGCCAATATTAG
Protein sequence

>MsG0880042744.01.T01

MPSKKIQWKSFVLGCFKDKNPSLETPKFVSKKTGSSRISLSDLSDYSSPSVMSDLSNSLVGSNLHIFTCKELQEITHNFDKSNFLGEGGFGKVYKGFIDDKLRPTLVPQAVAVKALNLDGKQGHREWLAEVIFLGQLKHRNLVNLIGYCYEDEHRLLVYEYMERGSLEEKLFKGYLATLPWLTRIKIAIGAAKGLAFLHEEEKPVIYRDVKASNILLDADYNAKLSDFGLAIDGPDKDQTHITTRVMGTHGYAAPEYINTGRLTTMSDVYSFGVVLLELLTGKKSVDKKRTPREQDLVEWARPSLKDSHRLERIIDSRLEDQYSIEGARKLAILTYQCLSHHDKSRPTMRTVVKTLEQVMKLNDIPIGHFVYVAPIEVTNIEVSLNVDKKGNENECDENEINKGVVKSKDEEKGEKNEKGHQSQRRSRNNRRRIKPLMKSRSIHSDTALYKTLGTSLYSPKQSKENQQEVNLCQY*