AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880042473.01

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MsG0880042473.01.T01 AT5G02290 40.199 301 160 7 78 360 54 352 1.85e-68 221
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MsG0880042473.01.T01 AT2G05940 38.742 302 169 7 80 366 75 375 4.20e-63 209
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MsG0880042473.01.T01 AT4G23320 36.250 320 198 3 42 355 133 452 6.56e-63 210
MsG0880042473.01.T01 AT1G52290 42.609 230 126 4 80 304 131 359 6.63e-63 207
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MsG0880042473.01.T01 AT4G35600 35.463 313 183 7 80 376 75 384 7.74e-63 207
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MsG0880042473.01.T01 AT4G23200 36.223 323 197 4 42 358 289 608 4.15e-62 211
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MsG0880042473.01.T01 AT1G61360 34.987 383 233 6 27 393 343 725 6.21e-60 207
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MsG0880042473.01.T01 AT1G56120 37.798 336 185 8 31 358 493 812 1.14e-59 208
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MsG0880042473.01.T01 AT1G34210 37.113 291 173 6 78 359 291 580 1.38e-59 204
MsG0880042473.01.T01 AT4G04510 38.434 281 166 4 79 355 328 605 1.43e-59 204
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MsG0880042473.01.T01 AT4G23190 41.985 262 143 3 31 288 294 550 1.46e-59 203
MsG0880042473.01.T01 AT4G04510 38.434 281 166 4 79 355 326 603 1.48e-59 204
MsG0880042473.01.T01 AT1G61360 34.987 383 233 6 27 393 424 806 1.53e-59 207
MsG0880042473.01.T01 AT4G23240 37.102 283 172 3 79 355 15 297 1.57e-59 197
MsG0880042473.01.T01 AT1G61380 33.854 384 233 8 28 394 426 805 1.69e-59 206
MsG0880042473.01.T01 AT1G61440 35.401 387 227 8 27 394 415 797 1.76e-59 206
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MsG0880042473.01.T01 AT1G61490 35.309 388 226 9 27 394 422 804 1.82e-59 206
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MsG0880042473.01.T01 AT1G48210 35.959 292 173 5 84 363 60 349 1.49e-57 192
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MsG0880042473.01.T01 AT3G16030 38.811 286 166 5 78 355 534 818 2.24e-57 201
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MsG0880042473.01.T01 AT1G74360 37.716 289 165 7 80 358 802 1085 2.41e-57 202
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MsG0880042473.01.T01 AT1G49730 41.135 282 135 5 31 290 258 530 3.33e-57 197
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MsG0880042473.01.T01 AT1G61430 34.375 384 235 6 27 394 398 780 4.19e-57 199
MsG0880042473.01.T01 AT4G23180 45.794 214 112 2 79 288 335 548 4.29e-57 196
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MsG0880042473.01.T01 AT1G61500 33.592 387 233 9 27 394 405 786 6.65e-57 199
MsG0880042473.01.T01 AT1G31420 34.985 343 205 8 27 355 232 570 8.18e-57 196
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MsG0880042473.01.T01 AT1G55610 38.567 293 169 6 78 360 845 1136 1.09e-56 201
MsG0880042473.01.T01 AT1G11410 35.000 360 200 9 28 358 324 678 1.26e-56 197
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MsG0880042473.01.T01 AT4G03230 34.167 360 208 6 28 358 502 861 1.61e-56 199
MsG0880042473.01.T01 AT1G52540 36.275 306 179 9 80 371 25 328 1.72e-56 189
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MsG0880042473.01.T01 AT3G15890 35.816 282 175 4 80 355 27 308 2.05e-56 189

Find 73 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 195 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CCTTTAGCTCTACCAATATT+TGG 0.153856 8:-9303116 None:intergenic
AATATCTCCTCCTTTAACTA+TGG 0.165804 8:-9302977 None:intergenic
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GATTGTTCATCATAGAAATT+TGG 0.259780 8:+9300853 MsG0880042473.01.T01:CDS
ATCATCAATGCAAGGTTATA+AGG 0.287528 8:+9300681 MsG0880042473.01.T01:CDS
TGGATATTCAGAAGACAAAA+AGG 0.309144 8:+9300152 MsG0880042473.01.T01:CDS
ATTATTCTTATTGATAGTTT+AGG 0.317603 8:-9303424 None:intergenic
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GATAACTTCAAAACTACTAT+TGG 0.335312 8:+9300583 MsG0880042473.01.T01:CDS
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ATCAATAAGAATAATGTGTT+TGG 0.350404 8:+9303432 MsG0880042473.01.T01:three_prime_UTR
ACTCGCCTTGCTGGTACATT+TGG 0.357302 8:+9301692 MsG0880042473.01.T01:CDS
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GACTAATGTACTAGGTCATT+TGG 0.375920 8:-9303289 None:intergenic
AAAATGATATCTACAGCTTT+GGG 0.378641 8:+9302869 MsG0880042473.01.T01:CDS
TTCAAAATATTGTTGATATG+AGG 0.379237 8:+9302998 MsG0880042473.01.T01:CDS
TTTGGTCTAAGTAGAGCTTT+TGG 0.381649 8:+9301644 MsG0880042473.01.T01:CDS
TGGGTTATTCCCATAGTTAA+AGG 0.385495 8:+9302967 MsG0880042473.01.T01:CDS
TTCAAATCTCTATGCATAAT+AGG 0.389612 8:-9301572 None:intergenic
GCCAGACATAAGCCAAATAT+TGG 0.390430 8:+9303104 MsG0880042473.01.T01:CDS
AAAACATTCACATACTTCAA+TGG 0.393496 8:+9302947 MsG0880042473.01.T01:CDS
CTTATTAGATATCAGAGAAC+AGG 0.394517 8:+9302832 MsG0880042473.01.T01:intron
TCATCTAATAATATGTTTGA+AGG 0.400624 8:-9301596 None:intergenic
CCAAATATTGGTAGAGCTAA+AGG 0.406316 8:+9303116 MsG0880042473.01.T01:CDS
CATATATCTACTCGCCTTGC+TGG 0.406547 8:+9301683 MsG0880042473.01.T01:CDS
ATTCTATTTGAGTTGGTCAC+TGG 0.426555 8:+9302895 MsG0880042473.01.T01:CDS
TTTGGAGTAACATTGTATAT+AGG 0.428197 8:-9303271 None:intergenic
AAACATTCACATACTTCAAT+GGG 0.434627 8:+9302948 MsG0880042473.01.T01:CDS
AAACTCAAGTCGCTGTTAAG+AGG 0.436850 8:+9300650 MsG0880042473.01.T01:CDS
AAAGCAATAGTAAGAGAATC+CGG 0.438493 8:+9302922 MsG0880042473.01.T01:CDS
GGACTGGATTATCTGCATAA+TGG 0.446343 8:+9301539 MsG0880042473.01.T01:intron
CTCATTGGATATTGTGATGA+AGG 0.452597 8:+9300881 MsG0880042473.01.T01:CDS
TGGTTATCTAGCTAAAATAG+TGG 0.462475 8:-9303226 None:intergenic
AAAATTCAAATATCTTAAGT+TGG 0.465234 8:+9301408 MsG0880042473.01.T01:CDS
GTCTTCATATTCAAAGGAAA+GGG 0.475973 8:+9300504 MsG0880042473.01.T01:CDS
GGATTTGGAAAAGTTTACTT+TGG 0.476489 8:+9300613 MsG0880042473.01.T01:CDS
TGGGATAATTCTATTTGAGT+TGG 0.481735 8:+9302888 MsG0880042473.01.T01:CDS
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ATATCTCCTCCTTTAACTAT+GGG 0.482987 8:-9302976 None:intergenic
AAAATCCAAGAGAAATCAAA+AGG 0.491798 8:-9300130 None:intergenic
TTATAACCTTGCATTGATGA+TGG 0.493034 8:-9300679 None:intergenic
GATTCTGTCATACAAAGATC+AGG 0.514539 8:-9300047 None:intergenic
ATAATACACTTACATTGGAT+CGG 0.516093 8:-9301720 None:intergenic
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ATTTATGAATACATGGCCAA+TGG 0.533355 8:+9300920 MsG0880042473.01.T01:CDS
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AAAGTGTTGGAGATTTCCAT+TGG 0.535255 8:-9300936 None:intergenic
TTCTATTTGAGTTGGTCACT+GGG 0.535463 8:+9302896 MsG0880042473.01.T01:CDS
ATATCTTAAGTTGGAATGAG+AGG 0.537026 8:+9301417 MsG0880042473.01.T01:CDS
CGTCTTCATATTCAAAGGAA+AGG 0.537201 8:+9300503 MsG0880042473.01.T01:CDS
TATTGTTGATATGAGGTTGA+AGG 0.551865 8:+9303005 MsG0880042473.01.T01:CDS
TTCAAAACTACTATTGGAGA+AGG 0.558520 8:+9300589 MsG0880042473.01.T01:CDS
TTTCACAAACTGTAGCTGAC+AGG 0.575189 8:+9303082 MsG0880042473.01.T01:CDS
TTATAAGGAATTTCGATCAG+AGG 0.588917 8:+9300696 MsG0880042473.01.T01:CDS
AAAACTACTATTGGAGAAGG+AGG 0.594587 8:+9300592 MsG0880042473.01.T01:CDS
ATTGTTGATATGAGGTTGAA+GGG 0.612773 8:+9303006 MsG0880042473.01.T01:CDS
CTTTCACCATCATCAATGCA+AGG 0.613023 8:+9300673 MsG0880042473.01.T01:CDS
GGCTGCGTCTTCATATTCAA+AGG 0.618953 8:+9300498 MsG0880042473.01.T01:CDS
AAATCTCTATGCATAATAGG+TGG 0.620528 8:-9301569 None:intergenic
GTTATTCCCATAGTTAAAGG+AGG 0.634238 8:+9302970 MsG0880042473.01.T01:CDS
TCATCACAATATCCAATGAG+AGG 0.634835 8:-9300878 None:intergenic
ACCTTTATCTTCTTTCAGTG+TGG 0.640103 8:+9300016 MsG0880042473.01.T01:CDS
TCTTCATATTCAAAGGAAAG+GGG 0.641585 8:+9300505 MsG0880042473.01.T01:CDS
CATCACAATATCCAATGAGA+GGG 0.644359 8:-9300877 None:intergenic
GCTGAAAACGATGCAACAAG+CGG 0.655169 8:-9300095 None:intergenic
AATTCAGCATCAATTCAGCA+TGG 0.655404 8:+9303031 MsG0880042473.01.T01:CDS
CGTAACCAAATGTACCAGCA+AGG 0.664290 8:-9301697 None:intergenic
ATTGCAGTTGACACAGCACA+TGG 0.685152 8:+9301446 MsG0880042473.01.T01:CDS
TGCTAACTTACTATGTCACA+AGG 0.719603 8:+9303498 MsG0880042473.01.T01:three_prime_UTR
AGTTTGTGAAATGCATGACA+TGG 0.734118 8:-9303070 None:intergenic
TTATTGTATATGATACAACA+AGG 0.741232 8:-9303311 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
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!! ATGAGAAATTATTATTAATA+AGG + Chr8:9301172-9301191 MsG0880042473.01.T01:intron 10.0%
!! TGAGAAATTATTATTAATAA+GGG + Chr8:9301173-9301192 MsG0880042473.01.T01:intron 10.0%
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!! AAAATTCAAATATCTTAAGT+TGG + Chr8:9301408-9301427 MsG0880042473.01.T01:CDS 15.0%
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!!! AATAAATCTTTTCAACAATT+AGG - Chr8:9303535-9303554 None:intergenic 15.0%
!!! ACATATAATACTATTTTAGT+TGG + Chr8:9302728-9302747 MsG0880042473.01.T01:intron 15.0%
!!! ATTATTCTTATTGATAGTTT+AGG - Chr8:9303427-9303446 None:intergenic 15.0%
!!! TACTCAATACTTAAAATTTT+CGG + Chr8:9301807-9301826 MsG0880042473.01.T01:intron 15.0%
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!! TCATCTAATAATATGTTTGA+AGG - Chr8:9301599-9301618 None:intergenic 20.0%
!! TGAATAGTGTATTAATACAT+TGG + Chr8:9300234-9300253 MsG0880042473.01.T01:intron 20.0%
!! TTATTGTATATGATACAACA+AGG - Chr8:9303314-9303333 None:intergenic 20.0%
!! TTCAAAATATTGTTGATATG+AGG + Chr8:9302998-9303017 MsG0880042473.01.T01:CDS 20.0%
!! TTTGCATACTATATATCTAT+AGG - Chr8:9302663-9302682 None:intergenic 20.0%
!!! ACAATATAGCTAAAGTTTTA+TGG - Chr8:9300374-9300393 None:intergenic 20.0%
!!! ACGGTATTTTAATATTTTGT+AGG + Chr8:9301762-9301781 MsG0880042473.01.T01:intron 20.0%
!!! AGAGATAAAATTTAAAATGC+AGG + Chr8:9300817-9300836 MsG0880042473.01.T01:intron 20.0%
!!! TTGTTACATGTTTTAAATTG+TGG + Chr8:9300278-9300297 MsG0880042473.01.T01:intron 20.0%
!!! TTTCAGAATAACTGAATTTT+TGG - Chr8:9300549-9300568 None:intergenic 20.0%
! AAAAATGATATCTACAGCTT+TGG + Chr8:9302868-9302887 MsG0880042473.01.T01:CDS 25.0%
! AAAACATTCACATACTTCAA+TGG + Chr8:9302947-9302966 MsG0880042473.01.T01:CDS 25.0%
! AAAATCCAAGAGAAATCAAA+AGG - Chr8:9300133-9300152 None:intergenic 25.0%
! AAAATGATATCTACAGCTTT+GGG + Chr8:9302869-9302888 MsG0880042473.01.T01:CDS 25.0%
! AAACATTCACATACTTCAAT+GGG + Chr8:9302948-9302967 MsG0880042473.01.T01:CDS 25.0%
! AATAACATAAACAAGGTAGA+GGG + Chr8:9302012-9302031 MsG0880042473.01.T01:intron 25.0%
! AATGAAAATATGTAAGGATG+TGG - Chr8:9300456-9300475 None:intergenic 25.0%
! AATTTCATCGAATTCAAATC+GGG + Chr8:9302435-9302454 MsG0880042473.01.T01:intron 25.0%
! AGTTAAGAATGCCAATTATT+GGG - Chr8:9301922-9301941 None:intergenic 25.0%
! ATAATACACTTACATTGGAT+CGG - Chr8:9301723-9301742 None:intergenic 25.0%
! ATGAAAATATGTAAGGATGT+GGG - Chr8:9300455-9300474 None:intergenic 25.0%
! CATAAATCAATGCTTTGATT+TGG - Chr8:9300907-9300926 None:intergenic 25.0%
! GAGATGTTTCAGAAAAATAA+TGG + Chr8:9303153-9303172 MsG0880042473.01.T01:CDS 25.0%
! GATAACTTCAAAACTACTAT+TGG + Chr8:9300583-9300602 MsG0880042473.01.T01:CDS 25.0%
! GATTATCAAATCTGAATCAA+GGG - Chr8:9302556-9302575 None:intergenic 25.0%
! GATTGTTCATCATAGAAATT+TGG + Chr8:9300853-9300872 MsG0880042473.01.T01:CDS 25.0%
! TAATCAAAATGAAGAGAACA+AGG + Chr8:9302571-9302590 MsG0880042473.01.T01:intron 25.0%
! TCCATAATATTATCTTCCAT+AGG + Chr8:9302255-9302274 MsG0880042473.01.T01:intron 25.0%
! TCCTATGGAAGATAATATTA+TGG - Chr8:9302259-9302278 None:intergenic 25.0%
! TGATTATCAAATCTGAATCA+AGG - Chr8:9302557-9302576 None:intergenic 25.0%
! TGGAAGTAGTAAATCTATTA+TGG - Chr8:9300997-9301016 None:intergenic 25.0%
! TTCAAATCTCTATGCATAAT+AGG - Chr8:9301575-9301594 None:intergenic 25.0%
!! AAAGAAGTTGCAGATAATTT+TGG - Chr8:9302307-9302326 None:intergenic 25.0%
!! ACATGGTAATGTATTGTTTA+TGG + Chr8:9301463-9301482 MsG0880042473.01.T01:intron 25.0%
!! ATAAATTACCCAAAAAGTGT+TGG - Chr8:9300952-9300971 None:intergenic 25.0%
!! ATGAAAACATACATTAGTCT+TGG - Chr8:9301381-9301400 None:intergenic 25.0%
!! TTGTATTCTTGAAGTTTTCT+AGG + Chr8:9303335-9303354 MsG0880042473.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
!! TTTGGAGTAACATTGTATAT+AGG - Chr8:9303274-9303293 None:intergenic 25.0%
!!! AATTTTATTTATCACAGCTG+TGG + Chr8:9300477-9300496 MsG0880042473.01.T01:intron 25.0%
!!! AGCATTGATTTATGAATACA+TGG + Chr8:9300913-9300932 MsG0880042473.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTGATGGCTTTTTATTGTAA+CGG - Chr8:9301895-9301914 None:intergenic 25.0%
!!! TTTTGATTTCTCTTGGATTT+TGG + Chr8:9300132-9300151 MsG0880042473.01.T01:CDS 25.0%
AAAGCAATAGTAAGAGAATC+CGG + Chr8:9302922-9302941 MsG0880042473.01.T01:CDS 30.0%
AAATCTCTATGCATAATAGG+TGG - Chr8:9301572-9301591 None:intergenic 30.0%
AACGGAGAATCACATAAAAT+AGG - Chr8:9301877-9301896 None:intergenic 30.0%
AATATCTCCTCCTTTAACTA+TGG - Chr8:9302980-9302999 None:intergenic 30.0%
AATTTACATAATTCCCTGCA+CGG + Chr8:9302396-9302415 MsG0880042473.01.T01:intron 30.0%
ATATCTCCTCCTTTAACTAT+GGG - Chr8:9302979-9302998 None:intergenic 30.0%
ATCATCAATGCAAGGTTATA+AGG + Chr8:9300681-9300700 MsG0880042473.01.T01:CDS 30.0%
ATTGTTGATATGAGGTTGAA+GGG + Chr8:9303006-9303025 MsG0880042473.01.T01:CDS 30.0%
ATTTATGAATACATGGCCAA+TGG + Chr8:9300920-9300939 MsG0880042473.01.T01:CDS 30.0%
CAATAACATAAACAAGGTAG+AGG + Chr8:9302011-9302030 MsG0880042473.01.T01:intron 30.0%
CCAATTATTGGGTAATTTGA+TGG - Chr8:9301911-9301930 None:intergenic 30.0%
CCAGTTTAGCTATACTTTAA+TGG + Chr8:9301014-9301033 MsG0880042473.01.T01:intron 30.0%
CCATCAAATTACCCAATAAT+TGG + Chr8:9301908-9301927 MsG0880042473.01.T01:intron 30.0%
CCATTAAAGTATAGCTAAAC+TGG - Chr8:9301017-9301036 None:intergenic 30.0%
CTGCACTAAAAACTTTATCT+GGG - Chr8:9301102-9301121 None:intergenic 30.0%
CTTATTAGATATCAGAGAAC+AGG + Chr8:9302832-9302851 MsG0880042473.01.T01:intron 30.0%
GACGACAAAAATTATGAACA+AGG + Chr8:9301294-9301313 MsG0880042473.01.T01:intron 30.0%
GAGTTAAGAATGCCAATTAT+TGG - Chr8:9301923-9301942 None:intergenic 30.0%
GGATTTGGAAAAGTTTACTT+TGG + Chr8:9300613-9300632 MsG0880042473.01.T01:CDS 30.0%
GTAGTATCATGTTCTAATGA+TGG + Chr8:9301834-9301853 MsG0880042473.01.T01:intron 30.0%
GTCTTCATATTCAAAGGAAA+GGG + Chr8:9300504-9300523 MsG0880042473.01.T01:CDS 30.0%
TATTGTTGATATGAGGTTGA+AGG + Chr8:9303005-9303024 MsG0880042473.01.T01:CDS 30.0%
TCTGCACTAAAAACTTTATC+TGG - Chr8:9301103-9301122 None:intergenic 30.0%
TCTTACAGTTTCAAAGAGAT+GGG + Chr8:9302046-9302065 MsG0880042473.01.T01:intron 30.0%
TCTTCATATTCAAAGGAAAG+GGG + Chr8:9300505-9300524 MsG0880042473.01.T01:CDS 30.0%
TGAATGATTGCAATAGTGTT+TGG - Chr8:9301990-9302009 None:intergenic 30.0%
TGGATATTCAGAAGACAAAA+AGG + Chr8:9300152-9300171 MsG0880042473.01.T01:CDS 30.0%
TGGGATAATTCTATTTGAGT+TGG + Chr8:9302888-9302907 MsG0880042473.01.T01:CDS 30.0%
TGGTTATCTAGCTAAAATAG+TGG - Chr8:9303229-9303248 None:intergenic 30.0%
TTATAAGGAATTTCGATCAG+AGG + Chr8:9300696-9300715 MsG0880042473.01.T01:CDS 30.0%
TTCAAAACTACTATTGGAGA+AGG + Chr8:9300589-9300608 MsG0880042473.01.T01:CDS 30.0%
TTCTTACAGTTTCAAAGAGA+TGG + Chr8:9302045-9302064 MsG0880042473.01.T01:intron 30.0%
! AACAATGTTCTTCTTTTTGC+AGG - Chr8:9300072-9300091 None:intergenic 30.0%
! AAGTATGTGAATGTTTTCTC+CGG - Chr8:9302944-9302963 None:intergenic 30.0%
! CATAATTTTTGTCGTCCATA+TGG - Chr8:9301290-9301309 None:intergenic 30.0%
! CATGCAAAGATTTCTGATTT+TGG + Chr8:9301626-9301645 MsG0880042473.01.T01:CDS 30.0%
! TAATGTATGTTTTCATGCAG+TGG + Chr8:9301385-9301404 MsG0880042473.01.T01:intron 30.0%
! TTATAACCTTGCATTGATGA+TGG - Chr8:9300682-9300701 None:intergenic 30.0%
!! ATATCTTAAGTTGGAATGAG+AGG + Chr8:9301417-9301436 MsG0880042473.01.T01:CDS 30.0%
!! ATTTTTCAACTGTCCCATAT+GGG + Chr8:9301209-9301228 MsG0880042473.01.T01:intron 30.0%
!!! GTAATCCTTTTGATTTCTCT+TGG + Chr8:9300125-9300144 MsG0880042473.01.T01:CDS 30.0%
AAAACTACTATTGGAGAAGG+AGG + Chr8:9300592-9300611 MsG0880042473.01.T01:CDS 35.0%
AAGGATGTGGGAAAAAAATG+TGG - Chr8:9300443-9300462 None:intergenic 35.0%
AATTCAGCATCAATTCAGCA+TGG + Chr8:9303031-9303050 MsG0880042473.01.T01:CDS 35.0%
ACAACAAGGACTAATGTACT+AGG - Chr8:9303300-9303319 None:intergenic 35.0%
ACAGAGTTCAAATCCCATAT+GGG - Chr8:9301225-9301244 None:intergenic 35.0%
ACCACTGAGTTAATACCATA+TGG + Chr8:9301272-9301291 MsG0880042473.01.T01:intron 35.0%
ACCTTTATCTTCTTTCAGTG+TGG + Chr8:9300016-9300035 MsG0880042473.01.T01:CDS 35.0%
AGTCCTGAAAATTGACACTA+AGG - Chr8:9301524-9301543 None:intergenic 35.0%
AGTTTATCTGTGTGTATCTC+AGG + Chr8:9302328-9302347 MsG0880042473.01.T01:intron 35.0%
AGTTTGTGAAATGCATGACA+TGG - Chr8:9303073-9303092 None:intergenic 35.0%
CATATGGGACAGTTGAAAAA+TGG - Chr8:9301210-9301229 None:intergenic 35.0%
CATCACAATATCCAATGAGA+GGG - Chr8:9300880-9300899 None:intergenic 35.0%
CCAAATATTGGTAGAGCTAA+AGG + Chr8:9303116-9303135 MsG0880042473.01.T01:CDS 35.0%
CGTCTTCATATTCAAAGGAA+AGG + Chr8:9300503-9300522 MsG0880042473.01.T01:CDS 35.0%
CTCATTGGATATTGTGATGA+AGG + Chr8:9300881-9300900 MsG0880042473.01.T01:CDS 35.0%
GACTAATGTACTAGGTCATT+TGG - Chr8:9303292-9303311 None:intergenic 35.0%
GATTCTGTCATACAAAGATC+AGG - Chr8:9300050-9300069 None:intergenic 35.0%
GCTAAAGGAATGTCTATCTT+TGG + Chr8:9303131-9303150 MsG0880042473.01.T01:CDS 35.0%
GCTATACTTTAATGGTTAGC+AGG + Chr8:9301022-9301041 MsG0880042473.01.T01:intron 35.0%
GTCCTGAAAATTGACACTAA+GGG - Chr8:9301523-9301542 None:intergenic 35.0%
GTTATTCCCATAGTTAAAGG+AGG + Chr8:9302970-9302989 MsG0880042473.01.T01:CDS 35.0%
TCATCACAATATCCAATGAG+AGG - Chr8:9300881-9300900 None:intergenic 35.0%
TCCACACTGAAAGAAGATAA+AGG - Chr8:9300020-9300039 None:intergenic 35.0%
TCCATATGGTATTAACTCAG+TGG - Chr8:9301276-9301295 None:intergenic 35.0%
TGCTAACTTACTATGTCACA+AGG + Chr8:9303498-9303517 MsG0880042473.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
TGGGTTATTCCCATAGTTAA+AGG + Chr8:9302967-9302986 MsG0880042473.01.T01:CDS 35.0%
TTTGGACAAGATTCTCTGAT+TGG - Chr8:9302289-9302308 None:intergenic 35.0%
! ACCAATATTTGGCTTATGTC+TGG - Chr8:9303108-9303127 None:intergenic 35.0%
! AGCATCTAAAACGAAAGCAT+AGG - Chr8:9301350-9301369 None:intergenic 35.0%
! TGGAAATCTCCAACACTTTT+TGG + Chr8:9300940-9300959 MsG0880042473.01.T01:CDS 35.0%
! TGGAGTTCTTAAAAGTGTGA+AGG - Chr8:9302239-9302258 None:intergenic 35.0%
! TTTGGTCTAAGTAGAGCTTT+TGG + Chr8:9301644-9301663 MsG0880042473.01.T01:CDS 35.0%
!! AAAGTGTTGGAGATTTCCAT+TGG - Chr8:9300939-9300958 None:intergenic 35.0%
!! ATTCTATTTGAGTTGGTCAC+TGG + Chr8:9302895-9302914 MsG0880042473.01.T01:CDS 35.0%
!! CATGTTTTAAATTGTGGCTG+TGG + Chr8:9300284-9300303 MsG0880042473.01.T01:intron 35.0%
!! CATTTTTCAACTGTCCCATA+TGG + Chr8:9301208-9301227 MsG0880042473.01.T01:intron 35.0%
!! CCTTTAGCTCTACCAATATT+TGG - Chr8:9303119-9303138 None:intergenic 35.0%
!! GGAAATCTCCAACACTTTTT+GGG + Chr8:9300941-9300960 MsG0880042473.01.T01:CDS 35.0%
!! TTAGTGTCAATTTTCAGGAC+TGG + Chr8:9301523-9301542 MsG0880042473.01.T01:intron 35.0%
!! TTCTATTTGAGTTGGTCACT+GGG + Chr8:9302896-9302915 MsG0880042473.01.T01:CDS 35.0%
AAACTCAAGTCGCTGTTAAG+AGG + Chr8:9300650-9300669 MsG0880042473.01.T01:CDS 40.0%
ACAAGATTCTCTGATTGGAG+AGG - Chr8:9302284-9302303 None:intergenic 40.0%
ACTATTGGAGAAGGAGGATT+TGG + Chr8:9300598-9300617 MsG0880042473.01.T01:CDS 40.0%
AGAAATTTGGTCCCTCTCAT+TGG + Chr8:9300866-9300885 MsG0880042473.01.T01:CDS 40.0%
AGATGGGAATGAGATGAATG+AGG + Chr8:9302062-9302081 MsG0880042473.01.T01:intron 40.0%
CAAGATTCTCTGATTGGAGA+GGG - Chr8:9302283-9302302 None:intergenic 40.0%
CCTATTATCCCTTCTGACAA+AGG + Chr8:9302608-9302627 MsG0880042473.01.T01:intron 40.0%
CCTTTGTCAGAAGGGATAAT+AGG - Chr8:9302611-9302630 None:intergenic 40.0%
CGAGTTCATGTTCTCAAACA+AGG + Chr8:9300197-9300216 MsG0880042473.01.T01:intron 40.0%
CTGGAAAACCTTTGTCAGAA+GGG - Chr8:9302619-9302638 None:intergenic 40.0%
CTTTCACCATCATCAATGCA+AGG + Chr8:9300673-9300692 MsG0880042473.01.T01:CDS 40.0%
GACAGAGTTCAAATCCCATA+TGG - Chr8:9301226-9301245 None:intergenic 40.0%
GCCAGACATAAGCCAAATAT+TGG + Chr8:9303104-9303123 MsG0880042473.01.T01:CDS 40.0%
GGACTGGATTATCTGCATAA+TGG + Chr8:9301539-9301558 MsG0880042473.01.T01:intron 40.0%
TATGAACAAGGCAGAGAGAA+GGG + Chr8:9301306-9301325 MsG0880042473.01.T01:intron 40.0%
TCAGAAGGGATAATAGGCAA+CGG - Chr8:9302605-9302624 None:intergenic 40.0%
TCTGAATGAGATGGAAGTAG+AGG + Chr8:9302148-9302167 MsG0880042473.01.T01:intron 40.0%
TGACACTAAGGGCAATGTAA+GGG - Chr8:9301512-9301531 None:intergenic 40.0%
TGTATCTCAGGAACTTCAGT+GGG + Chr8:9302340-9302359 MsG0880042473.01.T01:intron 40.0%
TTATGAACAAGGCAGAGAGA+AGG + Chr8:9301305-9301324 MsG0880042473.01.T01:intron 40.0%
TTGACACTAAGGGCAATGTA+AGG - Chr8:9301513-9301532 None:intergenic 40.0%
TTTCACAAACTGTAGCTGAC+AGG + Chr8:9303082-9303101 MsG0880042473.01.T01:CDS 40.0%
! TGCCCTTAGTGTCAATTTTC+AGG + Chr8:9301518-9301537 MsG0880042473.01.T01:intron 40.0%
ACGACACAATAGACAATGGC+TGG - Chr8:9302638-9302657 None:intergenic 45.0%
ATGAACAAGGCAGAGAGAAG+GGG + Chr8:9301307-9301326 MsG0880042473.01.T01:intron 45.0%
ATTGCAGTTGACACAGCACA+TGG + Chr8:9301446-9301465 MsG0880042473.01.T01:CDS 45.0%
CATATATCTACTCGCCTTGC+TGG + Chr8:9301683-9301702 MsG0880042473.01.T01:CDS 45.0%
CGTAACCAAATGTACCAGCA+AGG - Chr8:9301700-9301719 None:intergenic 45.0%
CTGATAAATTCCACCGTGCA+GGG - Chr8:9302412-9302431 None:intergenic 45.0%
CTGATGAGGTCTGAATGAGA+TGG + Chr8:9302139-9302158 MsG0880042473.01.T01:intron 45.0%
GAGAACGGAAAGATGAGATG+TGG + Chr8:9302108-9302127 MsG0880042473.01.T01:intron 45.0%
GCTGAAAACGATGCAACAAG+CGG - Chr8:9300098-9300117 None:intergenic 45.0%
GCTGGAAAACCTTTGTCAGA+AGG - Chr8:9302620-9302639 None:intergenic 45.0%
GGCAACGACACAATAGACAA+TGG - Chr8:9302642-9302661 None:intergenic 45.0%
GGCTGCGTCTTCATATTCAA+AGG + Chr8:9300498-9300517 MsG0880042473.01.T01:CDS 45.0%
GGGTTGTAACGAGACAGTTT+AGG - Chr8:9302536-9302555 None:intergenic 45.0%
GTGTATCTCAGGAACTTCAG+TGG + Chr8:9302339-9302358 MsG0880042473.01.T01:intron 45.0%
TCTGATAAATTCCACCGTGC+AGG - Chr8:9302413-9302432 None:intergenic 45.0%
TGGGATTTGAACTCTGTCTC+TGG + Chr8:9301228-9301247 MsG0880042473.01.T01:intron 45.0%
TTAAATTGTGGCTGTGGTCG+TGG + Chr8:9300290-9300309 MsG0880042473.01.T01:intron 45.0%
TTACATAATTCCCTGCACGG+TGG + Chr8:9302399-9302418 MsG0880042473.01.T01:intron 45.0%
TTCCTCATCGAGCTGTTTAC+TGG + Chr8:9302189-9302208 MsG0880042473.01.T01:intron 45.0%
!!! GAATATTTTTAAAAAAAAAT+TGG + Chr8:9301146-9301165 MsG0880042473.01.T01:intron 5.0%
AAGGGATAATAGGCAACGGC+TGG - Chr8:9302601-9302620 None:intergenic 50.0%
ACTCGCCTTGCTGGTACATT+TGG + Chr8:9301692-9301711 MsG0880042473.01.T01:CDS 50.0%
ATGTGGTCGAGCTTCTGATG+AGG + Chr8:9302125-9302144 MsG0880042473.01.T01:intron 50.0%
CTGATTGGAGAGGGATCCTA+TGG - Chr8:9302274-9302293 None:intergenic 50.0%
TGCCAGTAAACAGCTCGATG+AGG - Chr8:9302194-9302213 None:intergenic 50.0%
CGTTCTCACCAAGTCGCGTA+CGG - Chr8:9302095-9302114 None:intergenic 55.0%
GTTGTTGTCCGTACGCGACT+TGG + Chr8:9302084-9302103 MsG0880042473.01.T01:intron 55.0%
! GTTACGAGCACTGCGCAACA+CGG - Chr8:9300334-9300353 None:intergenic 55.0%
!! CGTACGCGACTTGGTGAGAA+CGG + Chr8:9302093-9302112 MsG0880042473.01.T01:intron 55.0%
TGTGGCTGTGGTCGTGGATG+TGG + Chr8:9300296-9300315 MsG0880042473.01.T01:intron 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
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Gene Sequence

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Protein sequence

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